help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Annotation Colouring</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24         <p>
  25                 <strong> Annotation Colouring </strong>
  26         </p>
  27         <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using
  28                 any numerical annotation rows added to that alignment.</p>
  29         Select &quot;Colour&quot;
  30         <strong>&#8594;</strong> &quot;.. by Annotation&quot; to bring up the
  31         Colour by Annotation settings window.
  32         <br>
  33         <br>
  34         <div align="center">
  35                 <img src="annotationColourSetting.gif" width="471" height="256">
  36         </div>
  37         <ul>
  38                 <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using
  39                         the top left selection box.<br />If the <strong>Per-sequence
  40                                 only</strong> tick box is not greyed out, then ticking it will limit the
  41                         available annotation rows to just those that are sequence associated
  42                         (e.g. T-COFFEE scores and <a
  43                         href="../webServices/proteinDisorder.html">protein disorder
  44                                 predictions</a>), which will colour each sequence according to its own
  45                         per-residue scores.<br />
  46                 <em>Per-sequence associated annotation colouring was introduced
  47                                 in Jalview 2.8</em>
  48                 </li>
  49                 <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
  50                         representing the minimum value in the selected annotation to a colour
  51                         representing the maximum value in the selected annotation. Use the
  52                         &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max Colour&quot; to set the colour
  53                         gradient range.
  54                         <ul>
  55                                 <li>Press the &quot;Defaults&quot; button to reset the minimum
  56                                         and maximum colours to their default settings (these are configured
  57                                         in the applet's parameters or the <a
  58                                         href="../features/preferences.html">application's user
  59                                                 preferences</a>.).<br />
  60                                 <em>Default min and max colours were introduced in Jalview 2.7</em>
  61                         </ul>
  62                 </li>
  63
  64                 <li>Select whether to colour the alignment above or below an
  65                         adjustable threshold with the selection box center left of the
  66                         window.</li>
  67                 <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
  68                         exact value in the text box.</li>
  69                 <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
  70                         assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
  71                         values, otherwise the scale will be defined by the range of values in
  72                         the annotation row.</li>
  73         </ul>
  74         <p align="center">
  75                 <img src="annotationColourView.gif" width="581" height="148">
  76         </p>
  77 </body>
  78 </html>