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1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">\r
2 <html>\r
3 <head>\r
4 <title>Untitled Document</title>\r
5 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">\r
6 <style type="text/css">\r
7 <!--\r
8 td {\r
9         text-align: center;\r
10 }\r
11 -->\r
12 </style>\r
13 </head>\r
14 \r
15 <body>\r
16 <p><em><a name="zappo">Zappo Colour</a>s</em><br>\r
17   <br>\r
18   The residues are coloured according to their physico-chemical properties as \r
19   follows: </p>\r
20 <div align="center">\r
21   <table width="400" border="1">\r
22     <tr> \r
23       <td > Aliphatic/hydrophobic</td>\r
24       <td bgcolor="#ffafaf">ILVAM </td>\r
25     </tr>\r
26     <tr> \r
27       <td>Aromatic</td>\r
28       <td bgcolor="#ffc800">FWY</td>\r
29     </tr>\r
30     <tr> \r
31       <td>Positive</td>\r
32       <td bgcolor="#6464ff">KRH</td>\r
33     </tr>\r
34     <tr> \r
35       <td> Negative</td>\r
36       <td bgcolor="#ff0000">DE</td>\r
37     </tr>\r
38     <tr> \r
39       <td>Hydrophilic</td>\r
40       <td bgcolor="#00ff00">STNQ</td>\r
41     </tr>\r
42     <tr> \r
43       <td>conformationally special</td>\r
44       <td bgcolor="#ff00ff">PG</td>\r
45     </tr>\r
46     <tr> \r
47       <td>Cysteine</td>\r
48       <td bgcolor="#ffff00">C</td>\r
49     </tr>\r
50   </table>\r
51 </div>\r
52 <p align="center"></p>\r
53 <p><em><a name="taylor">Taylor</a></em></p>\r
54 <p>These colours were invented by Willie Taylor and an entertaining description \r
55   of their birth can be found in Protein Engineering, Vol 10 , 743-746 (1997)</p>\r
56 <div align="center">\r
57   <table width="400" border="1">\r
58     <tr> \r
59       <td bgcolor="#ccff00">A</td>\r
60       <td bgcolor="#99ff00">V</td>\r
61       <td bgcolor="#66ff00">I</td>\r
62       <td bgcolor="#33ff00">L</td>\r
63     </tr>\r
64     <tr> \r
65       <td bgcolor="#00ff00">M</td>\r
66       <td bgcolor="#00ff66">F</td>\r
67       <td bgcolor="#00ffcc">Y</td>\r
68       <td bgcolor="#00ccff">W</td>\r
69     </tr>\r
70     <tr> \r
71       <td bgcolor="#0066ff">H</td>\r
72       <td bgcolor="#0000ff">R</td>\r
73       <td bgcolor="#6600ff">K</td>\r
74       <td bgcolor="#cc00ff">N</td>\r
75     </tr>\r
76     <tr> \r
77       <td bgcolor="#ff00cc">Q</td>\r
78       <td bgcolor="#ff0066">E</td>\r
79       <td bgcolor="#ff0000">D</td>\r
80       <td bgcolor="#ff3300">S</td>\r
81     </tr>\r
82     <tr> \r
83       <td bgcolor="#ff6600">T</td>\r
84       <td bgcolor="#ff9900">G</td>\r
85       <td bgcolor="#ffcc00">P</td>\r
86       <td bgcolor="#ffff00">C</td>\r
87     </tr>\r
88   </table>\r
89 </div>\r
90 <p align="center">&nbsp;</p>\r
91 <p><em><a name="hydrophobic">Hydrophobicity</a></em></p>\r
92 <p>According to the hydrophobicity table of Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. \r
93   Mol. Biol. 1157, 105-132, 1982. The most hydrophobic residues according to this \r
94   table are coloured red and the most hydrophilic ones are coloured blue.</p>\r
95 <div align="center">\r
96   <table width="400" border="1">\r
97     <tr> \r
98       <td bgcolor="#ff0000">I</td>\r
99       <td bgcolor="#f60009">V</td>\r
100       <td bgcolor="#ea0015">L</td>\r
101       <td bgcolor="#cb0034">F</td>\r
102       <td bgcolor="#c2003d">C</td>\r
103     </tr>\r
104     <tr> \r
105       <td bgcolor="#b0004f">M</td>\r
106       <td bgcolor="#ad0052">A</td>\r
107       <td bgcolor="#6a0095">G</td>\r
108       <td bgcolor="#680097">X</td>\r
109       <td bgcolor="#61009e">T</td>\r
110     </tr>\r
111     <tr> \r
112       <td bgcolor="#5e00a1">S</td>\r
113       <td bgcolor="#5b00a4">W</td>\r
114       <td bgcolor="#4f00b0">Y</td>\r
115       <td bgcolor="#4600b9">P</td>\r
116       <td bgcolor="#1500ea">H</td>\r
117     </tr>\r
118     <tr> \r
119       <td bgcolor="#0c00f3">E</td>\r
120       <td bgcolor="#0c00f3">Z</td>\r
121       <td bgcolor="#0c00f3">Q</td>\r
122       <td bgcolor="#0c00f3">D</td>\r
123       <td bgcolor="#0c00f3">B</td>\r
124     </tr>\r
125     <tr> </td>\r
126       <td bgcolor="#0c00f3">N</td>\r
127       <td bgcolor="#0000ff">K</td>\r
128       <td bgcolor="#0000ff">R</td>\r
129     </tr>\r
130   </table>\r
131 </div>\r
132 <p align="center">&nbsp;</p>\r
133 <p><em><a name="helix">Helix Propensity</a></em></p>\r
134 <div align="center">\r
135   <table width="400" border="1">\r
136     <tr> \r
137       <td bgcolor="#ff00ff">E</td>\r
138       <td bgcolor="#ef10ef">M</td>\r
139       <td bgcolor="#e718e7">A</td>\r
140       <td bgcolor="#c936c9">Z</td>\r
141       <td bgcolor="#ae51ae">L</td>\r
142     </tr>\r
143     <tr> \r
144       <td bgcolor="#a05fa0">K</td>\r
145       <td bgcolor="#986798">F</td>\r
146       <td bgcolor="#926d92">Q</td>\r
147       <td bgcolor="#8a758a">I</td>\r
148       <td bgcolor="#8a758a">W</td>\r
149     </tr>\r
150     <tr> \r
151       <td bgcolor="#857a85">V</td>\r
152       <td bgcolor="#778877">D</td>\r
153       <td bgcolor="#758a75">X</td>\r
154       <td bgcolor="#758a75">H</td>\r
155       <td bgcolor="#6f906f">R</td>\r
156     </tr>\r
157     <tr> \r
158       <td bgcolor="#49b649">B</td>\r
159       <td bgcolor="#47b847">T</td>\r
160       <td bgcolor="#36c936">S</td>\r
161       <td bgcolor="#23dc23">C</td>\r
162       <td bgcolor="#21de21">Y</td>\r
163     </tr>\r
164     <tr> </td>\r
165       <td bgcolor="#1be41b">N</td>\r
166       <td bgcolor="#00ff00">G</td>\r
167       <td bgcolor="#00ff00">P</td>\r
168     </tr>\r
169   </table>\r
170 </div>\r
171 <p align="center">&nbsp;</p>\r
172 <p><em><a name="strand">Strand propensity</a></em></p>\r
173 <div align="center">\r
174   <table width="400" border="1">\r
175     <tr> \r
176       <td bgcolor="#ffff00">V</td>\r
177       <td bgcolor="#ecec13">I</td>\r
178       <td bgcolor="#d3d32c">Y</td>\r
179       <td bgcolor="#c2c23d">F</td>\r
180       <td bgcolor="#c0c03f">W</td>\r
181     </tr>\r
182     <tr> \r
183       <td bgcolor="#b2b24d">L</td>\r
184       <td bgcolor="#9d9d62">T</td>\r
185       <td bgcolor="#9d9d62">C</td>\r
186       <td bgcolor="#8c8c73">Q</td>\r
187       <td bgcolor="#82827d">M</td>\r
188     </tr>\r
189     <tr> \r
190       <td bgcolor="#797986">X</td>\r
191       <td bgcolor="#6b6b94">R</td>\r
192       <td bgcolor="#64649b">N</td>\r
193       <td bgcolor="#60609f">H</td>\r
194       <td bgcolor="#5858a7">A</td>\r
195     </tr>\r
196     <tr> \r
197       <td bgcolor="#4949b6">S</td>\r
198       <td bgcolor="#4949b6">G</td>\r
199       <td bgcolor="#4747b8">Z</td>\r
200       <td bgcolor="#4747b8">K</td>\r
201       <td bgcolor="#4343bc">B</td>\r
202     </tr>\r
203     <tr> </td>\r
204       <td bgcolor="#2323dc">P</td>\r
205       <td bgcolor="#2121de">D</td>\r
206       <td bgcolor="#0000ff">E</td>\r
207     </tr>\r
208   </table>\r
209 </div>\r
210 <p align="center">&nbsp;</p>\r
211 <p><em><a name="turn">Turn propensity</a></em></p>\r
212 <div align="center">\r
213   <table width="400" border="1">\r
214     <tr> \r
215       <td bgcolor="#ff0000">N</td>\r
216       <td bgcolor="#ff0000">G</td>\r
217       <td bgcolor="#f60909">P</td>\r
218       <td bgcolor="#f30c0c">B</td>\r
219       <td bgcolor="#e81717">D</td>\r
220     </tr>\r
221     <tr> \r
222       <td bgcolor="#e11e1e">S</td>\r
223       <td bgcolor="#a85757">C</td>\r
224       <td bgcolor="#9d6262">Y</td>\r
225       <td bgcolor="#7e8181">K</td>\r
226       <td bgcolor="#7c8383">X</td>\r
227     </tr>\r
228     <tr> \r
229       <td bgcolor="#778888">Q</td>\r
230       <td bgcolor="#738c8c">W</td>\r
231       <td bgcolor="#738c8c">T</td>\r
232       <td bgcolor="#708f8f">R</td>\r
233       <td bgcolor="#708f8f">H</td>\r
234     </tr>\r
235     <tr> \r
236       <td bgcolor="#5ba4a4">Z</td>\r
237       <td bgcolor="#3fc0c0">E</td>\r
238       <td bgcolor="#2cd3d3">A</td>\r
239       <td bgcolor="#1ee1e1">F</td>\r
240       <td bgcolor="#1ee1e1">M</td>\r
241     </tr>\r
242     <tr> </td>\r
243       <td bgcolor="#1ce3e3">L</td>\r
244       <td bgcolor="#07f8f8">V</td>\r
245       <td bgcolor="#00ffff">I</td>\r
246     </tr>\r
247   </table>\r
248 </div>\r
249 <p align="center">&nbsp;</p>\r
250 <p><em><a name="buried"></a>Buried index</a></em></p>\r
251 <div align="center">\r
252   <table width="400" border="1">\r
253     <tr> \r
254       <td bgcolor="#0000ff">C</td>\r
255       <td bgcolor="#0054ab">I</td>\r
256       <td bgcolor="#005fa0">V</td>\r
257       <td bgcolor="#007b84">L</td>\r
258       <td bgcolor="#008778">F</td>\r
259     </tr>\r
260     <tr> \r
261       <td bgcolor="#009768">M</td>\r
262       <td bgcolor="#009d62">G</td>\r
263       <td bgcolor="#00a35c">A</td>\r
264       <td bgcolor="#00a857">W</td>\r
265       <td bgcolor="#00b649">X</td>\r
266     </tr>\r
267     <tr> \r
268       <td bgcolor="#00d52a">S</td>\r
269       <td bgcolor="#00d52a">H</td>\r
270       <td bgcolor="#00db24">T</td>\r
271       <td bgcolor="#00e01f">P</td>\r
272       <td bgcolor="#00e619">Y</td>\r
273     </tr>\r
274     <tr> \r
275       <td bgcolor="#00eb14">N</td>\r
276       <td bgcolor="#00eb14">B</td>\r
277       <td bgcolor="#00eb14">D</td>\r
278       <td bgcolor="#00f10e">Q</td>\r
279       <td bgcolor="#00f10e">Z</td>\r
280     </tr>\r
281     <tr> </td>\r
282       <td bgcolor="#00f10e">E</td>\r
283       <td bgcolor="#00fc03">R</td>\r
284       <td bgcolor="#00ff00">K</td>\r
285     </tr>\r
286   </table>\r
287 </div>\r
288 <p align="center">&nbsp;</p>\r
289 <p><em></em><a name="nucleotide">Nucleotide Colours</a></em></p>\r
290 <div align="center">\r
291   <table width="200" border="1">\r
292     <tr> \r
293       <td bgcolor="#64F73F">A</td>\r
294       <td bgcolor="#FFB340">C</td>\r
295       <td bgcolor="#EB413C">G</td>\r
296       <td bgcolor="#3C88EE">T</td>\r
297     </tr>\r
298   </table>\r
299 </div>\r
300 <p align="center">&nbsp;</p>\r
301 <p><em><a name="blosum"></a>Blosum62</a></em></p>\r
302 <p>Gaps are coloured white. If a residue matchs the consensus sequence residue \r
303   at that position it is colored dark blue. If it does not match the consensus \r
304   residue but the 2 residues have a positive Blosum62 score, it is colored light \r
305   blue.</p>\r
306 <p>&nbsp;</p>\r
307 <p><em><a name="pid">Colouring above a percentage identity threshold</a></em><br>\r
308   Selecting this option causes the colour scheme to be applied to only those residues \r
309   that occur in that column more than a certain percentage of the time. For instance \r
310   selecting the threshold to be 100 will only colour those columns with 100 % \r
311   identity. This threshold option can be applied to the Zappo, Taylor, Hydrophobicity \r
312   and User colour schemes. <br>\r
313   This option depends on a consensus calculation having been performed. If no \r
314   consensus exists (e.g. after a copy or a clustalw alignment) then no residues \r
315   are coloured.</p>\r
316 <p><em>PID Colours</em><br>\r
317   This depends on the applet having performed a consensus calculation on the alignment.<br>\r
318   The PID option colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage \r
319   of the residues in each column that agree with the consensus sequence. Only \r
320   the residues that agree with the consensus residue for each column are coloured.<br>\r
321 </p>\r
322 <p>&nbsp;</p>\r
323 <p> </p>\r
324 </body>\r
325 </html>\r