help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   6  * This file is part of Jalview.
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  18 --!>
  19 <title>Jalview Command Line Arguments
  20 </title>
  21 <body>
  22  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
  23  Arguments</strong></p>
  24  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
  25  line</a> for more information.<br>
  26  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  27  <tr >
  28  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  29  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  30  </tr>
  31
  32  <tr>
  33  <td><div align="center">-props FILE</div></td>
  34  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  35  of users default.</div></td>
  36  </tr>
  37  <tr>
  38  <td><div align="center">-features FILE</div></td>
  39  <td><div align="left">
  40  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  41  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  42  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  43
  44  </div></td>
  45  </tr>
  46         <tr>
  47                 <td>
  48                 <div align="center">-annotations FILE</div>
  49                 </td>
  50                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  51                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  52                 description.</td>
  53         </tr>
  54         <tr>
  55                 <td>
  56                 <div align="center">-tree FILE</div>
  57                 <td>
  58                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  59                 the alignment</div>
  60                 </td>
  61         </tr>
  62         <tr>
  63                 <td>
  64                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  65                 <td>
  66                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  67                 any Jalview user questionnaires</div>
  68                 </td>
  69         </tr>
  70         <tr>
  71                 <td>
  72                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  73                 <td>
  74                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  75                 </td>
  76         </tr>
  77         <tr><td>
  78                 <div align="center">-nousagestats</div>
  79                 <td>
  80                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  81                 </td>
  82         </tr>
  83         <tr><td>
  84         <div align="center">-[no]sortbytree</div>
  85                 <td>
  86                 <div align="left">Enable or disable automatic sorting of associated view when a new tree is displayed</div>
  87                 </td>
  88         </tr>
  89         <tr>
  90                 <td>
  91                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
  92                 <td>
  93                 <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
  94                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
  95                 for all alignments<br>
  96                 Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
  97                 <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
  98                 </td>
  99         </tr>
 100         <tr>
 101                 <td>
 102                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
 103                 <td>
 104                 <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
 105                 and display them</div>
 106                 </td>
 107         </tr>
 108         <tr>
 109                 <td>
 110                 <div align="center">-groovy FILE</div>
 111                 <td>
 112                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
 113                 arguments have been processed</div>
 114                 </td>
 115         </tr>
 116         <tr>
 117         <td>
 118                 <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE or URL</div>
 119                 <td>
 120                 <div align="left">Import the given vamsas document into a new session.<br><em>New in 2.5</em></div>
 121                 </td>
 122         </tr>
 123         <tr>
 124                 <td>
 125                 <div align="center">-vsess VAMSAS SESSION URL</div>
 126                 <td>
 127                 <div align="left">Join the given vamsas session<br>If a document was also specified, this will be imported first and then committed as new data from Jalview to the specified session (Experimental - not yet enabled!).<em>New in 2.5</em></div></div>
 128                 </td>
 129         </tr>
 130         <tr>
 131                 <td>
 132                 <div align="center">-groovy FILE</div>
 133                 <td>
 134                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
 135                 arguments have been processed</div>
 136                 </td>
 137         </tr>
 138         <tr>
 139                 <td>
 140                 <div align="center">-fasta FILE</div>
 141                 </td>
 142
 143                 <td>
 144                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 145                 </td>
 146         </tr>
 147         <tr>
 148  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 149  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 150  </tr>
 151  <tr>
 152  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 153
 154  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 155  </tr>
 156  <tr>
 157  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 158  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 159  </tr>
 160  <tr>
 161  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 162
 163  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 164  </tr>
 165  <tr>
 166  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 167  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 168  </tr>
 169  <tr>
 170  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 171  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 172  </tr>
 173  <tr>
 174  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 175
 176  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 177  </tr>
 178  <tr>
 179  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 180  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 181  </tr>
 182  <tr>
 183  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 184
 185  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 186  image.</div></td>
 187  </tr>
 188  <tr>
 189  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 190  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 191  </tr>
 192  </table>
 193 </body>
 194 </html>