help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <title>Jalview Command Line Arguments
   3 </title>
   4 <body>
   5  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
   6  Arguments</strong></p>
   7  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
   8  line</a> for more information.<br>
   9  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  10  <tr >
  11  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  12  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  13  </tr>
  14
  15  <tr>
  16  <td><div align="center">-props FILE</div></td>
  17  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  18  of users default.</div></td>
  19  </tr>
  20  <tr>
  21  <td><div align="center">-features FILE</div></td>
  22  <td><div align="left">
  23  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  24  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  25  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  26
  27  </div></td>
  28  </tr>
  29         <tr>
  30                 <td>
  31                 <div align="center">-annotations FILE</div>
  32                 </td>
  33                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  34                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  35                 description.</td>
  36         </tr>
  37         <tr>
  38                 <td>
  39                 <div align="center"></div>
  40                 <td>
  41                 <div align="left"></div>
  42                 </td>
  43         </tr>
  44         <tr>
  45                 <td>
  46                 <div align="center">-tree FILE</div>
  47                 <td>
  48                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  49                 the alignment</div>
  50                 </td>
  51         </tr>
  52         <tr>
  53                 <td>
  54                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  55                 <td>
  56                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  57                 any Jalview user questionnaires</div>
  58                 </td>
  59         </tr>
  60         <tr>
  61                 <td>
  62                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  63                 <td>
  64                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  65                 </td>
  66         </tr>
  67         <tr><td>
  68                 <div align="center">-nousagestats</div>
  69                 <td>
  70                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  71                 </td>
  72         </tr>
  73         <tr>
  74                 <td>
  75                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
  76                 <td>
  77                 <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
  78                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
  79                 for all alignments<br>
  80                 Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
  81                 <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
  82                 </td>
  83         </tr>
  84         <tr>
  85                 <td>
  86                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
  87                 <td>
  88                 <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
  89                 and display them</div>
  90                 </td>
  91         </tr>
  92         <tr>
  93                 <td>
  94                 <div align="center">-groovy FILE</div>
  95                 <td>
  96                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
  97                 arguments have been processed</div>
  98                 </td>
  99         </tr>
 100         <tr>
 101                 <td>
 102                 <div align="center">-fasta FILE</div>
 103                 </td>
 104
 105                 <td>
 106                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 107                 </td>
 108         </tr>
 109         <tr>
 110  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 111  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 112  </tr>
 113  <tr>
 114  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 115
 116  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 117  </tr>
 118  <tr>
 119  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 120  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 121  </tr>
 122  <tr>
 123  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 124
 125  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 126  </tr>
 127  <tr>
 128  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 129  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 130  </tr>
 131  <tr>
 132  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 133  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 134  </tr>
 135  <tr>
 136  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 137
 138  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 139  </tr>
 140  <tr>
 141  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 142  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 143  </tr>
 144  <tr>
 145  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 146
 147  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 148  image.</div></td>
 149  </tr>
 150  <tr>
 151  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 152  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 153  </tr>
 154  </table>
 155 </body>
 156 </html>