help/html/features/featureschemes.html

   1 <html>
   2
   3 <head>
   4 <title>Sequence feature colour schemes</title>
   5 </head>
   6
   7 <body>
   8 <p><strong>Sequence feature colour schemes</strong></p>
   9 <p>Jalview can visualize annotation present on parts of a sequence by
  10 overlaying colours according to the annotation present at each position.
  11 It allows features to be colored either according to type, or for a
  12 particular type, according to an individual feature's associated label
  13 or score. The <a href="featuresettings.html">Feature Settings dialog
  14 box</a> controls the order and display of each sequence annotation type, and
  15 also allows the colour scheme used for the the feature to be changed <em>via</em>
  16 the 'Graduated Colour' option in the sequence feature pop-up menu
  17 (obtained by right-clicking on a sequence feature).</p>
  18
  19 <center><img src="featurecoloursettings.gif"><br/>Graduated
  20 feature colour scheme settings dialog box</img></center>
  21 <p>The Graduated Feature Colour dialog box has the following
  22 controls:
  23 <ul>
  24         <li><em>Colour by Label</em> - when checked this derives a colour
  25         for each feature based on the label text.</li>
  26         <li><em>Min and Max Color boxes</em> - Click on these boxes to set
  27         the minimum and maximum colours used to shade features by their
  28         associated score.</li>
  29         <li><em>Threshold type combo box</em> - Allows features to be
  30         hidden features if their score is below or above a given threshold.<br />
  31         <em>Set the threshold using the slider or type it in to the text
  32         box. The threshold cannot be set outside the available range of feature
  33         scores.</em>
  34         </li>
  35         <li><em>Threshold is Min/Max</em> - When checked, the threshold
  36         will be used as the upper or lower limit when shading the features
  37         according to their score using the Min and Max colour.</li>
  38 </ul>
  39 </p>
  40 <p><strong>Icon styles for graduated feature styles</strong><br/>
  41 <p>When a graduated colourscheme is applied to a feature, it is indicated in the feature settings or amend feature dialog box by the following types of icon:<br/>
  42 <center><table width="50%" border="1">
  43 <tr><td><strong>Type of Colouring</strong></td><td><strong>Icon</strong></td></tr>
  44 <tr><td><em>Graduated colour by Feature Score</em></td><td><img src="fcsminmax.gif"/></td></tr>
  45 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (less than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsltthan.gif"/></td></tr>
  46 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (greater than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsgtthan.gif"/></td></tr>
  47 <tr><td><em>Colour by Feature Label (may also be thresholded)</em></td><td><img src="fcsntlabel.gif"/></td></tr>
  48 <tr>
  49         <td align="center" colspan="2">
  50                 <em>
  51                         <strong>The current threshold is given in the
  52         icon's tooltip.</strong>
  53                 </em>
  54         </td></tr></table></center></p>
  55 <em>Graduated feature colours were introduced in Jalview 2.5</em>
  56 </body>
  57 </html>