help/html/features/multipleViews.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Multiple Alignment Views</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Multiple Alignment Views</strong></p>
   7 <p>Multiple alignment views allows the same alignment to be viewed
   8 independently in many different ways simultaneously. Each view is an
   9 independent visualization of the same alignment, so each may have a
  10 different ordering, colouring, row and column hiding and seuqence
  11 feature and annotation display setting, but alignment, feature and
  12 annotation edits are common to all, since this affects the underlying
  13 data.</p>
  14 <p>Create a new view using the <strong>&quot;View&#8594;New
  15 View&quot;</strong> menu item, or by pressing <strong>Control+T</strong>. A newly
  16 created view will be identical to the view it was created from, but any
  17 changes to the way the alignment is coloured or displayed will only
  18 affect the new view.</p>
  19 <p>A particular view may focus on some specific aspect of an
  20 alignment - for example, hiding all but the region of an alignment
  21 containing a particular domain. <strong>Right-clicking</strong> a view's
  22 tab opens the View Name dialog box, allowing it to be renamed to
  23 something more meaningful.</p>
  24 <p><strong>Viewing Multiple Views Simultaneously</strong></p>
  25 <p>Multiple views of an alignment are, by default, gathered together
  26 as tabs within a single alignment window. They can be viewed
  27 simultanously by pressing <strong>X</strong> (or via <strong>&quot;View&#8594;Expand&quot;</strong>)
  28 to expand each view into its own linked alignment window. Expanded views
  29 are gathered back into into a single tabbed alignment window by pressing
  30 <strong>G</strong>, or by selecting <strong>&quot;View&#8594;Gather&quot;</strong>).
  31 </p>
  32 <p><strong>Hidden Sequence Representatives and Multiple
  33 Views</strong></p>
  34 <p>There are some unexpected interactions between hidden sequence
  35 representatives and their display in multiple views. See the
  36 corresponding entry in the <a href="hiddenRegions.html">documentation
  37 for hidden regions</a>.</p>
  38 <p><strong>Structure and Analysis Viewers and Multiple
  39 Views</strong></p>
  40 <p>A tree calculated on a particular view, or loaded onto it, is by
  41 default associated with just that view. However, the <a
  42         href="../calculations/treeviewer.html">Tree Viewer's</a> <strong>&quot;View&#8594;Associate
  43 leaves&quot;</strong> submenu allows a tree's view association to be changed to
  44 to any or all other views.</p>
  45 <p>The results of a <a href="../calculations/pca.html">PCA
  46 calculation</a> on a particular view may also be associated with other
  47 views, using the PCA Viewer's <strong>&quot;View&#8594;Associate
  48 Nodes&quot;</strong> submenu.</p>
  49 <p><a href="jmol.html">PDB Structure Viewers</a>
  50 opened on a structure associated with a sequence in a particular view are now (as of Jalview 2.3) associated with the same sequence in all views. This means that when 'Colour by Sequence' is selected in the structure view, the colour will be updated to the colours given in the view with the current input focus.
  51 <!--
  52  also, by default, only be associated
  53 with the sequence as it is displayed in that view. The
  54 &quot;View&#8594;Associate View&quot; submenu allows the association of
  55 alternative views.</p> -->
  56 <p><em>Multiple Views were introduced in Jalview 2.2</em></p>
  57 </body>
  58 </html>