help/html/features/preferences.html

   1 <html>
   2
   3 <head>
   4 <title>Preferences</title>
   5 </head>
   6
   7 <body>
   8 <p><strong>Preferences</strong></p>
   9 <p>There are four tabs in the Preferences dialog box:
  10 <ul>
  11         <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong>
  12         Preferences</a> tab allows you to configure the default display for a new
  13         alignment window.</li>
  14         <li>The <a href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong>
  15         Preferences</a> tab allows you to change the links made from Jalview to
  16         your default web browser.</li>
  17         <li>The <a href="#output"><strong>&quot;Output&quot;</strong>
  18         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  19         alignments and EPS files.</li>
  20         <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong>
  21         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  22         alignments and EPS files.</li>
  23         <li>The <a href="dassettings.html"><strong>&quot;DAS
  24         Settings&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to select which DAS sources
  25         to use when fetching DAS Features.</li>
  26 </ul>
  27 </p>
  28 <p><strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong></p>
  29 <p><em>Maximise Window</em> - If this is selected, a new alignment
  30 window will stretch to fit the available space.</p>
  31 <p><em>Open Overview Window</em> - When this is selected, the <a
  32         href="overview.html">alignment overview</a> panel is opened by default
  33 for a new alignment window.</p>
  34 <p><em>Show Annotations</em> - If this is selected the new window
  35 will display an annotation panel below the sequences. This annotation
  36 panel may have several rows describing the whole alignment. The 3
  37 standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em> and <em>Consensus</em>
  38 for the alignment may be shown or hidden by default using the checkboxes
  39 below.</p>
  40 <p><em>Show group: Conservation and Consensus</em> controls the
  41 display of per-group automatic annotation.</p>
  42 <p><em>Consensus: Histogram and Logo</em> checkboxes control the
  43 display of the consensus histogram and sequence logo for consensus
  44 annotation rows.</p>
  45 <p><em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display
  46 the name of a sequence plus the start and end residues in the format
  47 name/start-end. If not selected, the displayed ID will be the name of
  48 the sequence.</p>
  49 <p><em>Right Align IDs</em> - select to align all sequence IDs to
  50 the left-hand edge of the sequence alignment, rather than the left-hand
  51 edge of the alignment display window.</p>
  52 <p><em>Font</em> - The default font name, size and style can be set
  53 for a new alignment window.</p>
  54 <p><em>Sequence ID Tooltip</em>: Control the display of Database
  55 References and Non-positional annotation in the tooltip displayed when
  56 the mouse is over a sequence's ID.</p>
  57 <p><em>Sequence Name Italics</em> - select to apply the italicised
  58 vbersion of the font to sequence labels.</p>
  59 <p><em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster
  60 rendering of the alignment.</p>
  61 <p><em>Wrap Alignment</em> - Select whether to open new alignment
  62 windows in wrapped mode or not.</p>
  63 <p><em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either
  64 &quot;-&quot; or &quot;.&quot;</p>
  65 <p><em>Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment
  66 window. If the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last
  67 User Defined Colour loaded or saved via the User Defined Colours panel
  68 will be loaded.</p>
  69 <p><em>Sort by</em> - When the alignment is loaded in, it will can
  70 be sorted by Id or pairwise identity.</p>
  71 <p><em>Open file</em> - If this is selected then the default
  72 alignment file will be opened when Jalview is started. You can change
  73 the default file by clicking on file name and either typing in the file
  74 path or selecting it from the file chooser window.</p>
  75 <p><a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot;
  76 Preferences tab</strong></a></p>
  77 <p><em>URL Link From Sequence ID</em><br>
  78 These definitions are used to generate URLs from a sequence's ID or
  79 database cross references. Read more about <a
  80         href="../webServices/urllinks.html#urllinks">configuring URL links
  81 here</a>.</p>
  82 <p><em>Default Browser (Unix)</em><br>
  83 Its difficult in Java to detect the default web browser for Unix users.
  84 If Jalview can't find your default web browser, enter the name or full
  85 path to your web browser application.</p>
  86 <p><em>Proxy Server</em><br>
  87 If you normally use a proxy server for using the internet, you must tick
  88 the box &quot;Use a Proxy Server&quot; and enter the address and port
  89 details as necessary. Web Services will not work if you are using a
  90 proxy server and do not enter the settings here.</p>
  91 <p><em>Usage statistics, Questionnaire and Version checks</em><br>
  92 Uncheck these options to prevent Jalview from submitting usage
  93 statistics to google analytics, checking for jalview questionnaires or
  94 retrieving details of the latest release version (at www.jalview.org).
  95 See the <a href="../privacy.html">user privacy statement</a> for more
  96 information.</p>
  97 <p><a name="output"><strong>Output Preferences tab</strong></a></p>
  98 <p><em>EPS Rendering Style</em><br>
  99 This is a selection box which allows the user to set a default rendering
 100 style for EPS export:
 101 <ul>
 102         <li>&quot;Lineart&quot;<br>
 103         EPS files will accurately reproduce the alignment view in Jalview and
 104         all characters will be converted into line art. Files generated in this
 105         way are large and are not easily editable, but have no font table
 106         dependencies.</li>
 107         <li>&quot;Text&quot;<br>
 108         EPS files will be a mixture of text and lineart. This produces compact
 109         files that can be edited easily in programs like Microsoft Word and
 110         Adobe Illustrator, but can be problematic if the fonts available to
 111         jalview are not accessible by the program reading the EPS file.
 112         <li>&quot;Prompt each time&quot;<br>
 113         Choose this to be asked select between Lineart and Text each time you
 114         make an EPS file.</li>
 115 </ul>
 116 </p>
 117 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>
 118 The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If
 119 these are ticked, then Jalview will write files with the start and end
 120 sequence positions appended to each sequence id: <pre>
 121   >ID/1-10
 122   AACDEAAFEA
 123 </pre>
 124 <p>If the boxes are left unchecked for a particular format, the
 125 sequence limits will not be appended to the sequence id.</p>
 126 </p>
 127 <p><em>Use Modeller Output</em></p>
 128 <p>This option only applies to PIR format output. Jalview
 129 automatically reads PIR files with sequence descriptions compatible with
 130 the program <a href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a>. If this
 131 option is selected <a href="../io/modellerpir.html">Jalview will
 132 write Modeller style PIR files</a> with correct start/end numbering and PDB
 133 file association (if available). The Jalview id/start-end option is
 134 ignored if Modeller output is selected.
 135 <p><a name="editing"><strong>Editing Preferences tab</strong></a></p>
 136 <p>There are currently 2 options available which can be selected /
 137 deselected.</p>
 138 <p><em>AutoCalculate Consensus</em> - For large alignments it can be
 139 useful to deselect &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing.
 140 This prevents lengthy calculations which are performed after each
 141 sequence edit. New alignment windows will have their &quot;Autocalculate
 142 Consensus&quot; option set according to this setting.</p>
 143 <p><em>Pad gaps when editing</em> - New alignment windows will
 144 &quot;Pad Gaps&quot; according to this setting.</p>
 145 <p>&nbsp;</p>
 146 <p>&nbsp;</p>
 147 </body>
 148 </html>