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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Preferences</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>Preferences</strong></p>
  28 <p>The preferences panel is opened from the Jalview Desktop&rsquo;s <strong><em>Tools</em></strong> menu.</p>
  29 <p>There are six tabs in the Preferences dialog box:
  30 <ul>
  31         <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong>
  32         Preferences</a> tab allows you to configure the default display for a new
  33         alignment window.</li>
  34         <li>The <a href="#colours"><strong>&quot;Colours&quot;</strong>
  35         Preferences</a> tab allows you to configure default colourschemes for a new
  36         alignment window.</li>
  37         <li>The <a href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong>
  38         Preferences</a> tab allows you to change the links made from Jalview to
  39         your default web browser.</li>
  40         <li>The <a href="#output"><strong>&quot;Output&quot;</strong>
  41         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  42         alignments and EPS files.</li>
  43         <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong>
  44         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  45         alignments and EPS files.</li>
  46         <li>The <a href="dassettings.html"><strong>&quot;DAS
  47         Settings&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to select which DAS sources
  48         to use when fetching DAS Features.</li>
  49         <li>The <a href="../webServices/webServicesPrefs.html"><strong>&quot;Web Service&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to configure the <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a> servers that Jalview uses, and change the layout of the alignment's Web Services menu.</li>
  50 </ul>
  51 </p>
  52 <p><strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong></p>
  53 <p><em>Maximise Window</em> - If this is selected, a new alignment
  54 window will stretch to fit the available space.</p>
  55 <p><em>Open Overview Window</em> - When this is selected, the <a
  56         href="overview.html">alignment overview</a> panel is opened by default
  57 for a new alignment window.</p>
  58 <p><em>Show Annotations</em> - If this is selected the new window
  59 will display an annotation panel below the sequences. This annotation
  60 panel may have several rows describing the whole alignment. The 3
  61 standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em> and <em>Consensus</em>
  62 for the alignment may be shown or hidden by default using the checkboxes
  63 below.</p>
  64 <p><em>Show group: Conservation and Consensus</em> controls the
  65 display of per-group automatic annotation.</p>
  66 <p><em>Consensus: Histogram and Logo</em> checkboxes control the
  67 display of the consensus histogram and sequence logo for consensus
  68 annotation rows.</p>
  69 <p><em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display
  70 the name of a sequence plus the start and end residues in the format
  71 name/start-end. If not selected, the displayed ID will be the name of
  72 the sequence.</p>
  73 <p><em>Right Align IDs</em> - select to align all sequence IDs to
  74 the left-hand edge of the sequence alignment, rather than the left-hand
  75 edge of the alignment display window.</p>
  76 <p><em>Font</em> - The default font name, size and style can be set
  77 for a new alignment window.</p>
  78 <p><em>Sequence ID Tooltip</em>: Control the display of Database
  79 References and Non-positional annotation in the tooltip displayed when
  80 the mouse is over a sequence's ID.</p>
  81 <p><em>Sequence Name Italics</em> - select to apply the italicised
  82 version of the font to sequence labels.</p>
  83 <p><em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster
  84 rendering of the alignment.</p>
  85 <p><em>Wrap Alignment</em> - Select whether to open new alignment
  86 windows in wrapped mode or not.</p>
  87 <p><em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either
  88 &quot;-&quot; or &quot;.&quot;</p>
  89 <p><em>Sort alignment by</em> - When the alignment is loaded in, it can
  90 be ordered as read (No sort), or sorted by Id or pairwise identity.</p>
  91 <p><em>Sort annotations by</em> - Annotations can be unsorted, sorted by the order of the related sequences in
  92 the alignment, or by label. Autocalculated annotations (e.g. Consensus) can be shown either last (below sequence
  93 annotations) or first (above sequence annotations). <em>Since Jalview 2.8.2.</em></p>
  94 <p><em>Open file</em> - If this is selected then the default
  95 alignment file will be opened when Jalview is started. You can change
  96 the default file by clicking on file name and either typing in the file
  97 path or selecting it from the file chooser window.<br/><em>Note: The default example alignment is updated periodically to demonstrate new features in Jalview.</em></p>
  98 <p><a name="colours"><strong>&quot;Colours&quot; Preferences tab</strong></p>
  99 <p><em>Alignment Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment
 100 window. If the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last
 101 User Defined Colour loaded or saved via the User Defined Colours panel
 102 will be loaded.</p>
 103         <p>
 104                 <em>Annotation Shading Default</em> - set the default minimum
 105                 and maximum colours used when <a
 106                         href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour by
 107                         Annotation ..</a> is selected from the alignment window's colours menu.
 108         </p>
 109         <br>
 110         </p>
 111 <p><a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot;
 112 Preferences tab</strong></a></p>
 113 <p><em>URL Link From Sequence ID</em><br>
 114 These definitions are used to generate URLs from a sequence's ID or
 115 database cross references. Read more about <a
 116         href="../webServices/urllinks.html#urllinks">configuring URL links
 117 here</a>.</p>
 118 <p><em>Default Browser (Unix)</em><br>
 119 Its difficult in Java to detect the default web browser for Unix users.
 120 If Jalview can't find your default web browser, enter the name or full
 121 path to your web browser application.</p>
 122 <p><em>Proxy Server</em><br>
 123 If you normally use a proxy server for using the internet, you must tick
 124 the box &quot;Use a Proxy Server&quot; and enter the address and port
 125 details as necessary. Web Services will not work if you are using a
 126 proxy server and do not enter the settings here.</p>
 127 <p><em>Usage statistics, Questionnaire and Version checks</em><br>
 128 Uncheck these options to prevent Jalview from submitting usage
 129 statistics to google analytics, checking for jalview questionnaires or
 130 retrieving details of the latest release version (at www.jalview.org).
 131 See the <a href="../privacy.html">user privacy statement</a> for more
 132 information.</p>
 133 <p><a name="output"><strong>Output Preferences tab</strong></a></p>
 134 <p><em>EPS Rendering Style</em><br>
 135 This is a selection box which allows the user to set a default rendering
 136 style for EPS export:
 137 <ul>
 138         <li>&quot;Lineart&quot;<br>
 139         EPS files will accurately reproduce the alignment view in Jalview and
 140         all characters will be converted into line art. Files generated in this
 141         way are large and are not easily editable, but have no font table
 142         dependencies.</li>
 143         <li>&quot;Text&quot;<br>
 144         EPS files will be a mixture of text and lineart. This produces compact
 145         files that can be edited easily in programs like Microsoft Word and
 146         Adobe Illustrator, but can be problematic if the fonts available to
 147         jalview are not accessible by the program reading the EPS file.
 148         <li>&quot;Prompt each time&quot;<br>
 149         Choose this to be asked select between Lineart and Text each time you
 150         make an EPS file.</li>
 151 </ul>
 152 </p>
 153 <p><em>Automatically set ID width</em><br>
 154 When enabled, the column containing sequence and annotation labels at the left hand side of an exported figure will be made large enough to display each sequence ID and annotation label in its own line. Enable this if you have particularly long sequence IDs and need to generate EPS or PNG figures or web pages.</p>
 155 <p><em>Figure ID column width</em><br>
 156 Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if <em>&quot;Automatically set ID width&quot;</em> is set.
 157 </p>
 158 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>
 159 The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If
 160 these are ticked, then Jalview will write files with the start and end
 161 sequence positions appended to each sequence id: <pre>
 162   >ID/1-10
 163   AACDEAAFEA
 164 </pre>
 165 <p>If the boxes are left unchecked for a particular format, the
 166 sequence limits will not be appended to the sequence id.</p>
 167 </p>
 168 <p><em>Use Modeller Output</em></p>
 169 <p>This option only applies to PIR format output. Jalview
 170 automatically reads PIR files with sequence descriptions compatible with
 171 the program <a href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a>. If this
 172 option is selected <a href="../io/modellerpir.html">Jalview will
 173 write Modeller style PIR files</a> with correct start/end numbering and PDB
 174 file association (if available). The Jalview id/start-end option is
 175 ignored if Modeller output is selected.
 176 <p><a name="editing"><strong>Editing Preferences tab</strong></a></p>
 177 <p>There are currently 2 options available which can be selected /
 178 deselected.</p>
 179 <p><em>AutoCalculate Consensus</em> - For large alignments it can be
 180 useful to deselect &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing.
 181 This prevents lengthy calculations which are performed after each
 182 sequence edit. New alignment windows will have their &quot;Autocalculate
 183 Consensus&quot; option set according to this setting.</p>
 184 <p><em>Pad gaps when editing</em> - New alignment windows will
 185 &quot;Pad Gaps&quot; according to this setting.</p>
 186 <p>&nbsp;</p>
 187 <p>&nbsp;</p>
 188 </body>
 189 </html>