help/html/features/seqfeatures.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Sequence Features</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Sequence Features</strong></p>\r
   5 <p>This displays Uniprot sequence features on the alignment if a 100% sequence\r
   6   match is found. </p>\r
   7 <p>The first step in this process is to match the id (name) of each sequence with\r
   8   Uniprot. If there is no match, a Blast search is performed to try to obtain\r
   9   the Uniprot Id for each sequence. You will be notified of any 100% matches with\r
  10   Uniprot, which you must manually assign to each sequence in your input alignment,\r
  11   then save the file.</p>\r
  12 <p>\r
  13   The input sequence will be matched with the returned Uniprot record, the start\r
  14   and end residues can then be correctly assigned to each sequence. </p>\r
  15 <p>Sequence features which are 1 residue in length are coloured red. Features\r
  16   which span a region are coloured blue. </p>\r
  17 <p>By moving the mouse pointer over a sequence feature on the alignment a small\r
  18   label will appear with the description of that sequence feature.</p>\r
  19 <p>A local cache of retrieved uniprot entries is recorded on your local machine.\r
  20 </p>\r
  21 </body>\r
  22 </html>\r