help/html/features/seqfeatures.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Sequence Features</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Sequence Features</strong></p>\r
   5 <p>Jalview can colour parts of a sequence based on the presence of\r
   6 sequence features - which may be retrieved from database records (such\r
   7 as Uniprot), the result of <a href="../search.html">sequence motif\r
   8 searches</a> or simply read from a <a href="featuresFormat.html">sequence features file</a>.</p>\r
   9 <p><strong>View&#8594;Fetch Sequence Features</strong></p>\r
  10 <p>When this option is selected, sequence features extracted from the <a href="http://www.ebi.uniprot.org/">Uniprot</a> \r
  11   record for each sequence are displayed on the alignment.</p>\r
  12 <p>Jalview will attempt to retrieve sequence features from Uniprot files using \r
  13   the EBI dbFetch web service using the given sequence names (or\r
  14   Uniprot ID, if available). A 100% match with \r
  15   the Uniprot record is required for Uniprot features to be view on a sequence.</p>\r
  16 <p>More information about the feature is given in a tooltip, which is viewed by \r
  17   moving the mouse pointer over a sequence feature. The description associated \r
  18   with the feature will then be displayed in a small label near the pointer.</p>\r
  19 <p><strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong></p>\r
  20 <p>Toggle the display of sequence features in this alignment.</p>\r
  21 <p><strong>View&#8594;Feature Settings...</strong>\r
  22 <p>Once sequence features have been loaded, their display can be fully\r
  23   controlled using the alignment window's Feature Settings dialog box\r
  24   :</p>\r
  25 <img src="appFeatureSettings.gif" align="left"/>\r
  26 \r
  27 <p> features can be hidden \r
  28   or have their rendering priority changed using the Feature Settings dialog. \r
  29   This displays all the features loaded, the colour and whether to display the \r
  30   feature or not. You can easily change the colour by clicking the colour box.<br>\r
  31   It is important to realise that the order in which features are drawn to the \r
  32   alignment may result in overlapping features being hidden. Features at the foot \r
  33   of the table are rendered first. Therefore features higher up the table will \r
  34   be drawn over the top of lower featrues. You can change the order of the feature \r
  35   priority by dragging the feature with your mouse. <br>\r
  36   Use the transparency setting as another way to visualise overlapping features. \r
  37 <p><strong><em>You can save all features, with their current colours and visibility \r
  38   in a Jalview format file. </em></strong>\r
  39 <p><strong>The Sequence Identification Process</strong>\r
  40 \r
  41   </p>\r
  42 <p>The first step in the procedure for matching uniprot IDs to\r
  43   sequences is to use the ID (name) of\r
  44   each sequence to retrieve Uniprot records directly.</p>\r
  45 <p>\r
  46   If a uniprot record (or set of records) is found for a sequence,\r
  47   then the sequence is aligned to the one in the Uniprot record\r
  48   to determine the correct start and end residue positions (which are\r
  49   displayed when the 'Show Full Sequence ID' option is set).\r
  50 </p>\r
  51 \r
  52 <p>If the alignment reveals differences between the sequence in the\r
  53   alignment and the one in the record, then Jalview will assume that\r
  54   the aligned sequence is not the one in the uniprot record.\r
  55 \r
  56   </p>\r
  57 \r
  58   <p> \r
  59   In some cases, the ID used to retrieve Uniprot records may be out of\r
  60   date and you will be notified of that a 100% match between the\r
  61   sequence and a Uniprot record was identified, but the sequence name\r
  62   must be manually changed (by right clicking on the sequence ID and selecting\r
  63   <strong>Sequence&#8594;Edit Name</strong>), before Jalview will show its sequence\r
  64   features.\r
  65 <ul>\r
  66   <li>remember to save your alignment if you have updated any of the sequence \r
  67     IDs! </li>\r
  68 </ul>\r
  69 <p>Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from the command \r
  70   line, drag and drop, or from the &quot;File-&gt;Load Features / Annotations&quot; \r
  71   menu item. See the <a href="featuresFormat.html">Features File Format</a> for \r
  72   more details.</p>\r
  73 </body>\r
  74 </html>\r