help/html/features/seqfeatures.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Sequence Features</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Sequence Features</strong></p>
   7 <p>Jalview can colour parts of a sequence based on the presence of
   8 sequence features - which may be retrieved from database records (such
   9 as Uniprot), the result of <a href="search.html">sequence motif
  10 searches</a> or simply read from a <a href="featuresFormat.html">sequence
  11 features file</a>. You can also <a href="creatinFeatures.html">create
  12 features</a> from the results of searches or the current selection, and <a
  13         href="editingFeatures.html">edit features</a> by double clicking on
  14 them.</p>
  15 <p><strong>Sequence Feature Colouring Styles</strong></p>
  16 <p>By default, Jalview will assign a color to each feature based on
  17 its type. These colours can be changed from the <a
  18         href="featuresettings.html">feature settings</a> and <a
  19         href="editingFeatures.html">amend features</a> dialog boxes. Since
  20 Jalview 2.5, it is also possible to define <a href="featureschemes.html">feature
  21 colourschemes</a> to shade features based on their associated scores or text
  22 labels.</p>
  23 <p><strong>Sequence Feature Groups</strong></p>
  24 <p>Since Jalview 2.08, sequence features assigned to a sequence can
  25 be organised into groups, which may indicate that the features were all
  26 retrieved from the same database (such as Uniprot features), or
  27 generated by the same analysis process (as might be specified in a <a
  28         href="featuresFormat.html">sequence features file</a>).</p>
  29 <p><strong>Sequence Feature Inheritance</strong></p>
  30 <p>Since Jalview 2.08, sequence features are <em>global</em> to a
  31 set of sequences appearing (independently or together) in many different
  32 alignments. Practically, this means features loaded onto one alignment
  33 can be viewed in any alignments involving the same sequences. The same
  34 sequence appears in different alignments when a new alignment is
  35 generated by submitting an existing set of sequences to one of the
  36 alignment or prediction web services, and when sequences are copied and
  37 pasted into other alignment windows.</p>
  38 <p><strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong></p>
  39 <p>Toggle the display of sequence features in this alignment. If
  40 feature retrieval has not already been carried out, then Jalview will
  41 automatically try to fetch sequence features (as described below).</p>
  42 <p><strong>View&#8594;Sequence Feature Settings...</strong></p>
  43 <p>Once sequence features have been loaded, their display can be
  44 fully controlled using the alignment window's <a
  45         href="featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a> dialog box.
  46 Feature colour schemes and display parameters are unique to a particular
  47 alignment, so it is possible to colour the same sequence features
  48 differently in different alignment views.<br>
  49 Since Jalview 2.1, it is possible to add <a href="dassettings.html">DAS
  50 features</a> to an alignment via the DAS tabbed pane of the feature settings
  51 window.</p>
  52 <p><strong>View&#8594;Sequence ID Tooltip&#8594;Show
  53 Non-Positional features</strong><br>
  54 <em>Only available in application</em></br>
  55 </p>
  56 <p>Toggles the display of non-positional features in the sequence ID
  57 tooltip, and whether they will be included when sequence features are
  58 exported using &quot;File&#8594;Export Features&quot;.</p>
  59 <p>Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from
  60 the command line, drag and drop, or from the &quot;File&#8594;Load
  61 Features / Annotations&quot; menu item. See the <a
  62         href="featuresFormat.html">Features File Format</a> for more details.</p>
  63 </body>
  64 </html>