help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Fetcher</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
  27 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
  28 DBFetch service provided by the EMBL European Bioinformatics Institute, or, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
  29         <img src="seqfetcher.gif" align="center"
  30                 alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
  31         <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot;
  32   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
  33   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
  34   to import additional sequences. There may be a short delay when the sequence fetcher is first opened,
  35   whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the
  36   currently defined DAS server registry.
  37 </p>
  38         <p>First, <strong>select the database you want to retrieve sequences from</strong>
  39                 by clicking the button labeled 'Select database retrieval source'. If
  40                 a database source is already selected, then the button's label will
  41                 change to show the currently selected database.</p>
  42                 <img src="selectfetchdb.gif" align="left" alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)">
  43                 <p>Since Jalview 2.8, the
  44                 available databases are shown as a tree in a popup dialog box. The
  45                 databases are ordered alphabetically, and if there are many sources
  46                 for the same type of sequence identifier, they will be grouped
  47                 together in a sub-branch branch labeled with the identifier.</p>
  48         <p>Once you have selected the sequence database using the popup dialog box, <strong>enter
  49   one or more accession ids</strong> (as a semi-colon separated list), or press the
  50   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
  51    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
  52   <p>
  53     <strong>Fetching from The PDB with the EMBL-EBI PDBe Search
  54       Interface</strong>
  55   </p>
  56   <p>
  57     Since Jalview 2.9, selecting PDB as the sequence database will open
  58     the <a href="pdbsequencefetcher.html">PDB Sequence Fetcher</a> for
  59     discovering and retrieving structures.
  60   </p>
  61   <p>
  62     <strong>Only retrieving part of a sequence</strong>
  63   </p>
  64   <p>
  65     DAS sources (indicated by a &quot;<em>(DAS)</em>&quot;) allow a
  66     range to be specified in addition to a sequence ID. To retrieve 50
  67     residues starting at position 35 in UNIPROT sequence P73137 using
  68     the UNIPROT DAS server, you would enter &quot;'P73137:35,84'.<br />
  69     <em>Full support for DAS range queries was introduced in
  70       Jalview 2.8</em>
  71   </p>
  72
  73   <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PFAM, and RFAM)
  74    in work for publication, please cite:</p>
  75 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar
  76   S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>
  77   SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
  78   Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
  79   <br>
  80   </p>
  81 </body>
  82 </html>