help/html/features/uniprotqueryfields.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>UniProtKB query fields</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>UniProtKB query fields</strong>
  29   </p>
  30 <p>Supported query fields for searching specific data in UniProtKB (see also <a href="text-search">query syntax</a>).</p>
  31
  32 <table  border="1" width="95%">
  33   <tr>
  34     <th>Field</th>
  35     <th>Example</th>
  36     <th>Description</th>
  37   </tr>
  38   <tr>
  39     <td>accession</td>
  40     <td>
  41       <code>accession:P62988</code>
  42     </td>
  43     <td>
  44         Lists all entries with the primary or secondary
  45         accession number P62988.
  46     </td>
  47   </tr>
  48   <tr>
  49     <td>active</td>
  50     <td>
  51       <code>active:no </code>
  52     </td>
  53     <td>
  54         Lists all obsolete entries.
  55     </td>
  56   </tr>
  57   <tr>
  58     <td>annotation</td>
  59     <td>
  60       <code>
  61         annotation:(type:non-positional)
  62         <br />
  63         annotation:(type:positional)
  64         <br />
  65         annotation:(type:mod_res "Pyrrolidone carboxylic acid" evidence:experimental)
  66       </code>
  67     </td>
  68     <td>
  69       Lists all entries with:
  70       <ul>
  71         <li>any general annotation (comments [CC])</li>
  72         <li>any sequence annotation (features [FT])</li>
  73         <li>at least one amino acid modified with a Pyrrolidone carboxylic acid group</li>
  74       </ul>
  75     </td>
  76   </tr>
  77   <tr>
  78     <td>author</td>
  79     <td>
  80       <code>
  81         author:ashburner
  82       </code>
  83     </td>
  84     <td>
  85         Lists all entries with at least one reference co-authored by Michael Ashburner.
  86     </td>
  87   </tr>
  88   <tr>
  89     <td>cdantigen</td>
  90     <td>
  91       <code>
  92         cdantigen:CD233
  93       </code>
  94     </td>
  95     <td>
  96         Lists all entries whose cluster of differentiation number is CD233.
  97     </td>
  98   </tr>
  99   <tr>
 100     <td>citation</td>
 101     <td>
 102       <code>
 103         citation:("intracellular structural proteins")
 104         <br />
 105         citation:(author:ashburner journal:nature)
 106         citation:9169874
 107       </code>
 108     </td>
 109     <td>
 110       Lists all entries with a literature citation:
 111       <ul>
 112         <li>containing the phrase "intracellular structural proteins" in either title or abstract</li>
 113         <li>co-authored by Michael Ashburner and published in Nature</li>
 114         <li>with the PubMed identifier 9169874</li>
 115       </ul>
 116     </td>
 117   </tr>
 118   <tr>
 119     <td>cluster</td>
 120     <td>
 121       <code>
 122         cluster:UniRef90_A5YMT3
 123       </code>
 124     </td>
 125     <td>
 126         Lists all entries in the UniRef 90% identity cluster whose
 127         representative sequence is UniProtKB entry A5YMT3.
 128     </td>
 129   </tr>
 130   <tr>
 131         <td>count</td>
 132         <td>
 133                 <code>
 134                         annotation:(type:transmem count:5)<br />
 135                         annotation:(type:transmem count:[5 TO *])<br />
 136                         annotation:(type:cofactor count:[3 TO *])
 137                 </code>
 138         </td>
 139         <td>Lists all entries with:
 140                 <ul>
 141                         <li>exactly 5 transmembrane regions</li>
 142                         <li>5 or more transmembrane regions</li>
 143                         <li>3 or more Cofactor comments</li>
 144                 </ul>
 145         </td>
 146   </tr>
 147   <tr>
 148     <td>created</td>
 149     <td>
 150       <code>
 151         created:[20121001 TO *]<br />
 152         reviewed:yes AND created:[current TO *]
 153       </code>
 154     </td>
 155     <td>
 156         Lists all entries created since October 1st 2012.<br />
 157         Lists all new UniProtKB/Swiss-Prot entries in the last release.
 158     </td>
 159   </tr>
 160   <tr>
 161     <td>database</td>
 162     <td>
 163       <code>
 164         database:(type:pfam)
 165         <br />
 166         database:(type:pdb 1aut)
 167       </code>
 168     </td>
 169     <td>
 170       Lists all entries with:
 171       <ul>
 172         <li>a cross-reference to the Pfam database</li>
 173         <li>a cross-reference to the PDB database entry 1aut</li>
 174       </ul>
 175
 176     </td>
 177   </tr>
 178   <tr>
 179     <td>domain</td>
 180     <td>
 181       <code>
 182         domain:VWFA
 183       </code>
 184     </td>
 185     <td>
 186         Lists all entries with a Von Willebrand factor type A domain described
 187         in the 'Family and Domains' section.
 188     </td>
 189   </tr>
 190   <tr>
 191     <td>ec</td>
 192     <td>
 193       <code>
 194         ec:3.2.1.23
 195       </code>
 196     </td>
 197     <td>
 198         Lists all beta-galactosidases.
 199     </td>
 200   </tr>
 201   <tr>
 202         <td>evidence</td>
 203         <td>
 204                 <code>
 205                         annotation:(type:signal evidence:ECO_0000269)<br />
 206                         (type:mod_res phosphoserine evidence:ECO_0000269)<br />
 207                         annotation:(type:function AND evidence:ECO_0000255)
 208                 </code>
 209         </td>
 210         <td>Lists all entries with:
 211                 <ul>
 212                         <li>a signal sequence whose positions have been experimentally proven</li>
 213                         <li>experimentally proven phosphoserine sites</li>
 214                         <li>a function manually asserted according to rules</li>
 215                 </ul>
 216         </td>
 217   </tr>
 218   <tr>
 219     <td>family</td>
 220     <td>
 221       <code>
 222         family:serpin
 223       </code>
 224     </td>
 225     <td>
 226         Lists all entries belonging to the Serpin family of proteins.
 227     </td>
 228   </tr>
 229   <tr>
 230     <td>fragment</td>
 231     <td>
 232       <code>
 233         fragment:yes
 234       </code>
 235     </td>
 236     <td>
 237         Lists all entries with an incomplete sequence.
 238     </td>
 239   </tr>
 240
 241   <tr>
 242     <td>gene</td>
 243     <td>
 244       <code>
 245         gene:HSPC233
 246       </code>
 247     </td>
 248     <td>
 249         Lists all entries for proteins encoded by gene HSPC233.
 250     </td>
 251   </tr>
 252   <tr>
 253     <td>go</td>
 254     <td>
 255       <code>
 256         go:cytoskeleton
 257         <br />
 258         go:0015629
 259       </code>
 260     </td>
 261     <td>
 262       Lists all entries associated with:
 263       <ul>
 264         <li>a GO term containing the word "cytoskeleton"</li>
 265         <li>the GO term Actin cytoskeleton and any subclasses</li>
 266       </ul>
 267     </td>
 268   </tr>
 269   <tr>
 270     <td>host</td>
 271     <td>
 272       <code>
 273         host:mouse
 274         <br />
 275         host:10090
 276         <br />
 277         host:40674
 278       </code>
 279     </td>
 280     <td>
 281       Lists all entries for viruses infecting:
 282       <ul>
 283         <li>organisms with a name containing the word "mouse"</li>
 284         <li>Mus musculus (Mouse)</li>
 285         <li>all mammals (all taxa classified under the taxonomy node for Mammalia)</li>
 286       </ul>
 287     </td>
 288   </tr>
 289   <tr>
 290     <td>id</td>
 291     <td>
 292       <code>id:P00750</code>
 293     </td>
 294     <td>
 295         Returns the entry with the primary
 296         accession number P00750.
 297     </td>
 298   </tr>
 299   <tr>
 300     <td>inn</td>
 301     <td>
 302       <code>
 303         inn:Anakinra
 304       </code>
 305     </td>
 306     <td>
 307         Lists all entries whose "International Nonproprietary Name" is Anakinra.
 308     </td>
 309   </tr>
 310   <tr>
 311     <td>interactor</td>
 312     <td>
 313       <code>
 314         interactor:P00520
 315       </code>
 316     </td>
 317     <td>
 318         Lists all entries describing interactions with the protein described by
 319         entry P00520.
 320     </td>
 321   </tr>
 322   <tr>
 323     <td>keyword</td>
 324     <td>
 325       <code>
 326         keyword:toxin
 327       </code>
 328     </td>
 329     <td>
 330         Lists all entries associated with the keyword Toxin.
 331     </td>
 332   </tr>
 333   <tr>
 334     <td>length</td>
 335     <td>
 336       <code>
 337         length:[500 TO 700]
 338       </code>
 339     </td>
 340     <td>
 341         Lists all entries describing sequences of length between 500 and 700 residues.
 342     </td>
 343   </tr>
 344   <tr>
 345     <td>lineage</td>
 346     <td />
 347     <td>
 348       This field is a synonym for the field <code>taxonomy</code>.
 349     </td>
 350   </tr>
 351   <tr>
 352     <td>mass</td>
 353     <td>
 354       <code>
 355         mass:[500000 TO *]
 356       </code>
 357     </td>
 358     <td>
 359         Lists all entries describing sequences with a mass of at least 500,000 Da.
 360     </td>
 361   </tr>
 362   <tr>
 363     <td>method</td>
 364     <td>
 365       <code>
 366         method:maldi
 367         <br />
 368         method:xray
 369       </code>
 370     </td>
 371     <td>
 372         Lists all entries for proteins identified by: matrix-assisted laser
 373         desorption/ionization (MALDI), crystallography (X-Ray). The
 374         <code>method</code> field searches names of physico-chemical
 375         identification methods in the 'Biophysicochemical properties' subsection of the 'Function' section, the 'Publications' and
 376         'Cross-references' sections.
 377     </td>
 378   </tr>
 379   <tr>
 380     <td>mnemonic</td>
 381     <td>
 382       <code>
 383         mnemonic:ATP6_HUMAN
 384       </code>
 385     </td>
 386     <td>
 387         Lists all entries with entry name (ID) ATP6_HUMAN. Searches also
 388         obsolete entry names.
 389     </td>
 390   </tr>
 391   <tr>
 392     <td>modified</td>
 393     <td>
 394       <code>
 395         modified:[20120101 TO 20120301]<br />
 396         reviewed:yes AND modified:[current TO *]
 397       </code>
 398     </td>
 399     <td>
 400         Lists all entries that were last modified between January and March 2012.<br />
 401         Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries modified in the last release.
 402     </td>
 403   </tr>
 404   <tr>
 405     <td>name</td>
 406     <td>
 407       <code>
 408         name:"prion protein"
 409       </code>
 410     </td>
 411     <td>
 412         Lists all entries for prion proteins.
 413     </td>
 414   </tr>
 415   <tr>
 416     <td>organelle</td>
 417     <td>
 418       <code>
 419         organelle:Mitochondrion
 420       </code>
 421     </td>
 422     <td>
 423         Lists all entries for proteins encoded by a gene of the mitochondrial
 424         chromosome.
 425     </td>
 426   </tr>
 427   <tr>
 428     <td>organism</td>
 429     <td>
 430       <code>
 431         organism:"Ovis aries"
 432         <br />
 433         organism:9940
 434         <br />
 435         organism:sheep
 436         <br />
 437       </code>
 438     </td>
 439     <td>
 440         Lists all entries for proteins expressed in sheep (first 2 examples) and
 441         organisms whose name contains the term "sheep".
 442     </td>
 443   </tr>
 444
 445   <tr>
 446     <td>plasmid</td>
 447     <td>
 448       <code>
 449         plasmid:ColE1
 450       </code>
 451     </td>
 452     <td>
 453         Lists all entries for proteins encoded by a gene of plasmid ColE1.
 454     </td>
 455   </tr>
 456   <tr>
 457     <td>proteome</td>
 458     <td>
 459       <code>
 460         proteome:UP000005640
 461       </code>
 462     </td>
 463     <td>
 464         Lists all entries from the human proteome.
 465     </td>
 466   </tr>
 467   <tr>
 468     <td>proteomecomponent</td>
 469     <td>
 470       <code>
 471         proteomecomponent:"chromosome 1" and organism:9606
 472       </code>
 473     </td>
 474     <td>
 475         Lists all entries from the human chromosome 1.
 476     </td>
 477   </tr>
 478   <tr>
 479     <td>replaces</td>
 480     <td>
 481       <code>
 482         replaces:P02023
 483       </code>
 484     </td>
 485     <td>
 486         Lists all entries that were created from a merge with entry P02023.
 487     </td>
 488   </tr>
 489   <tr>
 490     <td>reviewed</td>
 491     <td>
 492       <code>
 493         reviewed:yes
 494       </code>
 495     </td>
 496     <td>
 497         Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries.
 498     </td>
 499   </tr>
 500   <tr>
 501     <td>scope</td>
 502     <td>
 503       <code>
 504         scope:mutagenesis
 505       </code>
 506     </td>
 507     <td>
 508         Lists all entries containing a reference that was used to gather
 509         information about mutagenesis.
 510     </td>
 511   </tr>
 512   <tr>
 513     <td>sequence</td>
 514     <td>
 515       <code>
 516         sequence:P05067-9
 517       </code>
 518     </td>
 519     <td>
 520         Lists all entries containing a link to isoform 9 of the sequence
 521         described in entry P05067. Allows searching by specific sequence
 522         identifier.
 523     </td>
 524   </tr>
 525   <tr>
 526     <td>sequence_modified</td>
 527     <td>
 528       <code>
 529         sequence_modified:[20120101 TO 20120301]<br />
 530         reviewed:yes AND sequence_modified:[current TO *]
 531       </code>
 532     </td>
 533     <td>
 534         Lists all entries whose sequences were last modified between January and March 2012.<br />
 535         Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries whose sequences were modified in the last release.
 536     </td>
 537   </tr>
 538   <tr>
 539     <td>source</td>
 540     <td>
 541       <code>
 542         source:intact
 543       </code>
 544     </td>
 545     <td>
 546         Lists all entries containing a GO term whose annotation source is the
 547         IntAct database.
 548     </td>
 549   </tr>
 550   <tr>
 551     <td>strain</td>
 552     <td>
 553       <code>
 554         strain:wistar
 555       </code>
 556     </td>
 557     <td>
 558         Lists all entries containing a reference relevant to strain wistar.
 559     </td>
 560   </tr>
 561   <tr>
 562     <td>taxonomy</td>
 563     <td>
 564       <code>
 565         taxonomy:40674
 566       </code>
 567     </td>
 568     <td>
 569         Lists all entries for proteins expressed in Mammals. This field is used to retrieve
 570         entries for all organisms classified below a given taxonomic node taxonomy classification).
 571     </td>
 572   </tr>
 573   <tr>
 574     <td>tissue</td>
 575     <td>
 576       <code>
 577         tissue:liver
 578       </code>
 579     </td>
 580     <td>
 581         Lists all entries containing a reference describing the protein sequence
 582         obtained from a clone isolated from liver.
 583     </td>
 584   </tr>
 585   <tr>
 586     <td>web</td>
 587     <td>
 588       <code>
 589         web:wikipedia
 590       </code>
 591     </td>
 592     <td>
 593         Lists all entries for proteins that are described in Wikipedia.
 594     </td>
 595   </tr>
 596 </table>
 597
 598 </body>
 599 </html>