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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Discovering and Viewing PDB Structures</strong>
  28   </p>
  29   Jalview can be used to explore the 3D structures of sequences in an
  30   alignment by following the steps below:
  31   <ol>
  32     <li>Select the <strong>"3D Structure Data..."</strong> option
  33       from a sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
  34         menu</a> to open the <a href="structurechooser.html">Structure
  35         Chooser</a> dialog box.
  36       <ul>
  37         <li>If one or more structures exists for the given
  38           sequence, the <a href="structurechooser.html">Structure
  39             Chooser</a> dialog will open with them listed in the results
  40           pane.
  41         </li>
  42         <li>However, if no structure was found, the <a
  43           href="structurechooser.html">Structure Chooser</a> interface
  44           will present options for manual association of PDB structures.
  45         </li>
  46       </ul>
  47     </li>
  48     <li><strong>Selecting Structures</strong><br />You can select
  49       the structures that you want to open and view by selecting them
  50       with the mouse and keyboard.<br />By default, if structures were
  51       discovered, then some will already be selected according to the
  52       criteria shown in the drop-down menu. The default criteria is
  53       'highest resolution', simply choose another to pick structures in
  54       a different way.<br />
  55       <ul>
  56         <li><strong>Viewing Cached Structures</strong><br />If
  57           previously downloaded structures are available for your
  58           sequences, the structure chooser will automatically offer them
  59           via the <strong>Cached PDB Entries</strong> view. If you wish
  60           to download new structures, select one of the PDBe selection
  61           criteria from the drop-down menu.</li>
  62       </ul></li>
  63     <li><strong>To view selected structures, click the <strong>"View"</strong>
  64         button.
  65     </strong><br />
  66       <ul>
  67         <li>Additional structure data will be downloaded with the
  68           EMBL-EBI's dbfetch service</li>
  69         <li><a href="siftsmapping.html">SIFTS</a> records will also
  70           be downloaded for mapping UniProt protein sequence data to PDB
  71           coordinates.</li>
  72         <li>A new structure viewer will open, or you will be
  73           prompted to add structures to existing viewers (see <a
  74           href="#afterviewbutton">below</a> for details).
  75         </li>
  76       </ul></li>
  77   </ol>
  78   <p>
  79   <strong>Structure Viewers in the Jalview Desktop</strong><br/>
  80   The
  81   <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
  82   2.3. Jalview 2.8.2 included support for
  83   <a href="chimera.html">Chimera</a>, provided it is installed and can
  84   be launched by Jalview. The default viewer can be configured in the
  85   <a href="preferences.html#structure">Structure tab</a> in the
  86   <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
  87   <p>
  88     Structure data imported into Jalview can also be processed to
  89     display secondary structure and temperature factor annotation. See
  90     the <a href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page
  91     for more information.
  92   </p>
  93   <p>
  94     <strong><a name="afterviewbutton">After pressing the
  95         'View' button in the Structure Chooser</a></strong><br /> The behaviour of
  96     the 'View' button depends on the number of structures selected, and
  97     whether structure views already exist for the selected structures or
  98     aligned sequences.
  99   </p>
 100   <p>If multiple structures are selected, then Jalview will always
 101     create a new structure view. The selected structures will be
 102     imported into this view, and superposed with the matched positions
 103     from the aligned sequences. A message in the structure viewer's
 104     status bar will be shown if not enough aligned columns were
 105     available to perform a superposition.</p>
 106   <p>
 107     If a <strong>single</strong> PDB structure is selected, one of the
 108     following will happen:
 109   </p>
 110
 111   <ul>
 112     <li>If no structures are open, then an interactive display of
 113       the structure will be opened in a new window.</li>
 114
 115     <li>If another structure is already shown for the current
 116       alignment, then you will be asked if you want to add and <a
 117       href="jmol.html#align"></a> to
 118     the structure in the existing view. (<em>new feature in Jalview
 119       2.6</em>).
 120   </li>
 121
 122     <li>If the structure is already shown, then you will be
 123       prompted to associate the sequence with an existing view of the
 124       selected structure. This is useful when working with multi-domain
 125       or multi-chain PDB files.</li>
 126
 127     <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
 128     </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> PDB viewer help pages for
 129       more information about the display.
 130     </li>
 131   </ul>
 132
 133
 134   <p>
 135     <strong>Retrieving sequences from the PDB</strong><br>You can
 136     retrieve sequences from the PDB using the <a
 137       href="pdbsequencefetcher.html">Sequence Fetcher</a>. The sequences
 138     retrieved with this service are derived directly from the PDB 3D
 139     structure data, which can be viewed in the same way above. Secondary
 140     structure and temperature factor annotation can also be added. <br />
 141
 142     <br>Jalview will also read PDB files directly - either in PDB
 143     format, or <a href="mmcif.html">mmCIF</a>. Simply load in the file
 144     as you would an alignment file. The sequences of any protein or
 145     nucleotide chains will be extracted from the file and viewed in the
 146     alignment window.
 147   </p>
 148
 149   <p>
 150     <strong>Associating a large number of PDB files to
 151       sequences in an alignment</strong><br /> It is often the case when working
 152     with structure alignments that you will have a directory of PDB
 153     files, and an alignment involving one or more of the structures. If
 154     you drag a number of PDB files onto an alignment in the Jalview
 155     desktop, Jalview will give you the option of associating PDB files
 156     with sequences that have the same filename. This means, for example,
 157     you can automatically associate PDB files with names like '1gaq.pdb'
 158     with sequences that have an ID like '1gaq'. <br /> <em>Note:
 159       This feature was added in Jalview 2.7</em>
 160   </p>
 161   <p>
 162     <em>Note for Jalview applet users:<br> Due to the applet
 163       security constraints, PDB Files can currently only be imported by
 164       cut and paste of the PDB file text into the text box opened by the
 165       'From File' entry of the structure menu.
 166     </em>
 167   </p>
 168
 169   <p>
 170     <strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 171     Sequences which have PDB entry or PDB file associations are
 172     annotated with sequence features from a group named with the
 173     associated PDB accession number or file name. Each feature gives the
 174     corresponding PDB Residue Number for each mapped residue in the
 175     sequence. The display of these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 176       Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 177       Settings dialog box</a>.
 178   </p>
 179   <br />
 180   <hr>
 181   <p>
 182     <strong>Switching between mmCIF and PDB format for
 183       downloading files from the PDB</strong><br /> Jalview now employs the <a
 184       href="mmcif.html">mmCIF format</a> for importing 3D structure data
 185     from flat file and EMBL-PDBe web-service, as recommended by the
 186     wwwPDB. If you prefer (for any reason) to download data as PDB files
 187     instead, then first close Jalview, and add the following line to
 188     your .jalview_properties file:<br />
 189     <code> PDB_DOWNLOAD_FORMAT=PDB </code>
 190     <br /> When this setting is configured, Jalview will only request
 191     PDB format files from EMBL-EBI's PDBe.<br /> <em>mmCIF format
 192       file support was added in Jalview 2.10.</em>
 193   </p>
 194
 195   <p>
 196     <em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 197         files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>Structures imported
 198       via the cut'n'paste dialog box will not be correctly highlighted
 199       or coloured when they are displayed in structure views, especially
 200       if they contain more than one PDB structure. See the bug report at
 201       http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em>
 202   </p>
 203
 204 </body>
 205 </html>
 206