help/html/keys.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Key Strokes</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Key Strokes</strong></p>\r
   5 <p>\r
   6 Jalview responds a number of key strokes, and has two distinct modes of\r
   7 keyboard operation. The <em>F2</em> key switches between 'Normal' and\r
   8 <a href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode operation.\r
   9 </p>\r
  10 <table border="1">\r
  11 <tr>\r
  12 <td><strong>Key</strong></td><td><strong>Which Mode</strong></td><td><strong>Action</strong></td>\r
  13 </tr>\r
  14 <!--<tr>\r
  15 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>\r
  16 <td>The Panic button.</td></tr>\r
  17 <tr> -->\r
  18 <td><strong>\r
  19 Escape</strong></td><td>Normal</td>\r
  20 <td>Clears the current selection region,\r
  21 highlighted columns and highlghted residues.\r
  22 </td></tr><tr>\r
  23 <td><strong>Escape</strong></td><td>Cursor</td>\r
  24 As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>\r
  25 </tr>\r
  26 <tr>\r
  27 <td><strong><em>F1</em></strong></td><td>Both</td>Show Help Documentation</td></tr>\r
  28 <tr>\r
  29 <td><strong><em>F2</em></strong></td><td></td><td>Toggle Cursor mode on / off</td>\r
  30 </tr>\r
  31 <tr>\r
  32 <td><strong>Control 'Z'</strong></td><td>Both</td><td>Undoes the last sequence edit</td>\r
  33 </tr>\r
  34 <tr>\r
  35 <td><strong>Up Arrow</strong></td><td>Normal</td>Moves selected sequence(s) up the\r
  36 alignment</td></tr>\r
  37 <tr>\r
  38 <td><strong>Down Arrow</strong></td><td>Normal</td>Moves selected sequence(s) down the\r
  39 alignment.</td></tr>\r
  40 <tr><strong>Cursor Keys<br>(Arrow Keys)</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor around alignment</td>\r
  41 </tr>\r
  42 <tr>\r
  43 <td><strong>Control 'A'</strong></td><td>Both</td><td>Selects all sequences in the alignment</td>\r
  44 </tr>\r
  45 <tr>\r
  46 <td><strong>Control 'C'</strong></td><td>Both</td><td>Copies the selected region into\r
  47 the clipboard as a Fasta format file<br><em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>\r
  48 </tr>\r
  49 <tr><td><strong>Control 'V'</strong></td><td>Both</td>Pastes the contents of the clipboard\r
  50 to a new \r
  51   alignment window. (same as the Alignment Window menu Edit->Paste\r
  52   command)<br><em>nb. if the paste is from a Jalview alignment, any\r
  53   sequence and alignment annotations will also be copied over.</em></td>\r
  54 </tr>\r
  55 <tr>\r
  56 <td><strong>Control 'X'</strong></td><td>Both</td><td>Cuts the (fully) selected\r
  57 sequences from the alignment.<!-- not yet in this version \r
  58 This will not happen if only some\r
  59 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.--></td>\r
  60 </tr>\r
  61 <tr>\r
  62 <td><strong>Control 'F'</strong></td><td>Both</td><td>Launches the search\r
  63 window</td></tr>\r
  64 </table>\r
  65 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised\r
  66 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition\r
  67 number, and some more complex commands take one or more numeric\r
  68 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>\r
  69 <table border=1><tr><td><strong>Compound\r
  70 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>\r
  71 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a\r
  72 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit\r
  73 command.</td></tr>\r
  74 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or\r
  75 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>\r
  76 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>\r
  77 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>\r
  78 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>\r
  79 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>\r
  80 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>\r
  81 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>\r
  82 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts\r
  83 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>\r
  84 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes\r
  85 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>\r
  86 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes\r
  87 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>\r
  88 <p>&nbsp;</p>\r
  89 <p>&nbsp;</p>\r
  90 </body>\r
  91 </html>\r