help/html/keys.html

   1 <html>
   2 <head><title>Key Strokes</title></head>
   3 <body>
   4 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
   5 <p>
   6 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
   7  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
   8  provide short cuts to common commands. In <a
   9  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  10  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  11  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  12  and editing operations.
  13 </p>
  14 <table border="1">
  15   <tr>
  16     <td><strong>Key</strong></td>
  17     <td><strong>Which Mode</strong></td>
  18     <td><strong>Action</strong></td>
  19   </tr>
  20   <!--<tr>
  21 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  22 <td>The Panic button.</td></tr>
  23 <tr> -->
  24   <tr><td><strong> Escape</strong></td>
  25   <td>Normal</td>
  26   <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted
  27     residues. </td>
  28   </tr>
  29   <tr>
  30     <td><strong>Escape</strong></td>
  31     <td>Cursor</td>
  32     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td></tr>
  33   <tr>
  34     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  35     <td>Both</td>
  36     <td>Show Help Documentation</td></tr>
  37   <tr>
  38     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  39     <td></td>
  40     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  41   </tr>
  42   <tr>
  43     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  44     <td>Both</td>
  45     <td>Undoes the last sequence edit</td>
  46   </tr>
  47   <tr>
  48     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  49     <td>Both</td>
  50     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  51   </tr>
  52   <tr>
  53     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  54     <td>Normal</td>
  55     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td></tr>
  56   <tr>
  57     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  58     <td>Normal</td>
  59     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td></tr>
  60   <tr><td><strong>Cursor Keys<br>
  61     (Arrow Keys)</strong></td>
  62     <td>Cursor</td>
  63     <td>Move cursor around alignment</td>
  64   </tr>
  65   <tr>
  66     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
  67     <td>Both</td>
  68     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
  69   </tr>
  70   <tr>
  71   <td><strong>Control 'I'</strong></td>
  72   <td>Both
  73   </td>
  74   <td>Invert sequence selection.
  75   </td>
  76   </tr>
  77   <tr>
  78   <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
  79   <td>Both
  80   </td>
  81   <td>Invert column selection.
  82   </td>
  83   </tr>
  84   <tr>
  85     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
  86     <td>Both</td>
  87     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br>
  88       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
  89   </tr>
  90   <tr>
  91     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
  92     <td>Both</td>
  93     <td>
  94     Paste the contents of the clipboard to the current alignment
  95     window. (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br>
  96     <em>nb. if the paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment
  97     annotations will also be copied over.</em></td></tr>
  98   <tr>
  99     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 100     <td>Both</td>
 101     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment
 102     window. (Alignment Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 103   </tr>
 104   <tr>
 105     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 106     <td>Both</td>
 107     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment.
 108       <!-- not yet in this version
 109 This will not happen if only some
 110 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 111     </td>
 112   </tr>
 113   <tr>
 114     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 115     <td>Both</td>
 116     <td>Launches the search window</td>
 117   </tr>
 118   <tr>
 119     <td><strong>H</strong></td>
 120     <td>Both</td>
 121     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 122   </tr>
 123   <tr>
 124     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 125     <td>Both</td>
 126     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 127   </tr>
 128   <tr>
 129     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 130     <td>Both</td>
 131     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 132   </tr>
 133   <tr>
 134     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 135     <td>Both</td>
 136     <td>Input new alignment from file</td>
 137   </tr>
 138   <tr>
 139     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 140     <td>Both</td>
 141     <td>Save alignment with current filename and format</td>
 142   </tr>
 143   <tr>
 144     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 145     <td>Both</td>
 146     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 147   </tr>
 148   <tr>
 149     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 150     <td>Both</td>
 151     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 152   </tr>
 153   <tr>
 154     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 155     <td>Both</td>
 156     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 157   </tr>
 158   <tr>
 159     <td><strong>Backspace</strong></td>
 160     <td>Normal</td>
 161     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
 162   </tr>
 163   <tr>
 164     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 165     <td>Left</td>
 166     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 167   </tr>
 168   <tr>
 169     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 170     <td>Both</td>
 171     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 172   </tr>
 173   <tr>
 174     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 175     <td>Both</td>
 176     <td>Remove gapped columns</td>
 177   </tr>
 178   <tr>
 179     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 180     <td>Both</td>
 181     <td>Remove all gaps</td>
 182   </tr>
 183   <tr>
 184     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 185     <td>Both</td>
 186     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 187   </tr>
 188
 189   <tr>
 190     <td><strong></strong></td>
 191     <td>Normal</td>
 192     <td></td>
 193   </tr>
 194
 195
 196 </table>
 197 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
 198 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
 199 number, and some more complex commands take one or more numeric
 200 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
 201 <table border=1><tr><td><strong>Compound
 202 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
 203 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
 204 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
 205 command.</td></tr>
 206 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
 207 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
 208 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
 209 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
 210 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
 211 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
 212 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
 213 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
 214 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
 215 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 216 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 217 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 218 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 219 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
 220 <p>&nbsp;</p>
 221 <p>&nbsp;</p>
 222 </body>
 223 </html>