help/html/keys.html

   1 <html>
   2 <head><title>Key Strokes</title></head>
   3 <body>
   4 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
   5 <p>
   6 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
   7  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
   8  provide short cuts to common commands. In <a
   9  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  10  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  11  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  12  and editing operations.
  13 </p>
  14 <table border="1">
  15   <tr>
  16     <td><strong>Key</strong></td>
  17     <td><strong>Which Mode</strong></td>
  18     <td><strong>Action</strong></td>
  19   </tr>
  20   <!--<tr>
  21 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  22 <td>The Panic button.</td></tr>
  23 <tr> -->
  24   <tr>
  25     <td><strong> Escape</strong></td>
  26     <td>Normal</td>
  27     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted
  28       residues. </td>
  29   </tr>
  30   <tr>
  31     <td><strong>Escape</strong></td>
  32     <td>Cursor</td>
  33     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
  34   </tr>
  35   <tr>
  36     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  37     <td>Both</td>
  38     <td>Show Help Documentation</td>
  39   </tr>
  40   <tr>
  41     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  42     <td></td>
  43     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  44   </tr>
  45   <tr>
  46     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  47     <td>Both</td>
  48     <td>Undoes the last sequence edit</td>
  49   </tr>
  50   <tr>
  51     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  52     <td>Both</td>
  53     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  54   </tr>
  55   <tr>
  56     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  57     <td>Normal</td>
  58     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
  59   </tr>
  60   <tr>
  61     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  62     <td>Normal</td>
  63     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
  64   </tr>
  65   <tr>
  66     <td><strong>Left Arrow</strong></td>
  67     <td>Normal </td>
  68     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  69   </tr>
  70   <tr>
  71     <td><strong>Right Arrow</strong></td>
  72     <td>Normal</td>
  73     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  74   </tr>
  75   <tr>
  76     <td><strong>Cursor Keys<br>
  77       (Arrow Keys)</strong></td>
  78     <td>Cursor</td>
  79     <td>Move cursor around alignment</td>
  80   </tr>
  81   <tr>
  82     <td><strong>Page Up</strong></td>
  83     <td>Both</td>
  84     <td>Scroll up the alignment view</td>
  85   </tr>
  86   <tr>
  87     <td><strong>Page Down</strong></td>
  88     <td>Both</td>
  89     <td>Scroll down the alignment view</td>
  90   </tr>
  91   <tr>
  92     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
  93     <td>Both</td>
  94     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
  95   </tr>
  96   <tr>
  97     <td><strong>Control 'I'</strong></td>
  98     <td>Both </td>
  99     <td>Invert sequence selection. </td>
 100   </tr>
 101   <tr>
 102     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 103     <td>Both </td>
 104     <td>Invert column selection. </td>
 105   </tr>
 106   <tr>
 107     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 108     <td>Both</td>
 109     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br>
 110       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
 111   </tr>
 112   <tr>
 113     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 114     <td>Both</td>
 115     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window.
 116       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the
 117       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations
 118       will also be copied over.</em></td>
 119   </tr>
 120   <tr>
 121     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 122     <td>Both</td>
 123     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment
 124       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 125   </tr>
 126   <tr>
 127     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 128     <td>Both</td>
 129     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment.
 130       <!-- not yet in this version
 131 This will not happen if only some
 132 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 133     </td>
 134   </tr>
 135   <tr>
 136     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 137     <td>Both</td>
 138     <td>Launches the search window</td>
 139   </tr>
 140   <tr>
 141     <td><strong>H</strong></td>
 142     <td>Both</td>
 143     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 144   </tr>
 145   <tr>
 146     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 147     <td>Both</td>
 148     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 149   </tr>
 150   <tr>
 151     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 152     <td>Both</td>
 153     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 154   </tr>
 155   <tr>
 156     <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 157     <td>Both</td>
 158     <td>Hides everything but the current selection</td>
 159   </tr>
 160   <tr>
 161     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 162     <td>Both</td>
 163     <td>Input new alignment from file</td>
 164   </tr>
 165   <tr>
 166     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 167     <td>Both</td>
 168     <td>Save alignment with current filename and format</td>
 169   </tr>
 170   <tr>
 171     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 172     <td>Both</td>
 173     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 174   </tr>
 175   <tr>
 176     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 177     <td>Both</td>
 178     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 179   </tr>
 180   <tr>
 181     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 182     <td>Both</td>
 183     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 184   </tr>
 185   <tr>
 186     <td><strong>Backspace</strong></td>
 187     <td>Normal</td>
 188     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
 189   </tr>
 190   <tr>
 191     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 192     <td>Left</td>
 193     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 194   </tr>
 195   <tr>
 196     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 197     <td>Both</td>
 198     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 199   </tr>
 200   <tr>
 201     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 202     <td>Both</td>
 203     <td>Remove gapped columns</td>
 204   </tr>
 205   <tr>
 206     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 207     <td>Both</td>
 208     <td>Remove all gaps</td>
 209   </tr>
 210   <tr>
 211     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 212     <td>Both</td>
 213     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 214   </tr>
 215   <tr>
 216     <td><strong></strong></td>
 217     <td>Normal</td>
 218     <td></td>
 219   </tr>
 220 </table>
 221 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
 222 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
 223 number, and some more complex commands take one or more numeric
 224 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
 225 <table border=1><tr><td><strong>Compound
 226 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
 227 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
 228 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
 229 command.</td></tr>
 230 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
 231 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
 232 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
 233 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
 234 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
 235 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
 236 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
 237 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
 238 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
 239 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 240 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 241 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 242 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 243 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
 244 <p>&nbsp;</p>
 245 <p>&nbsp;</p>
 246 </body>
 247 </html>