help/html/menus/alwannotations.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Annotation Panel Menus</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Annotation Panel Menus</strong></p>
   7 <ul>
   8 <li>
   9 <strong>Annotation Label Popup Menu</strong><br>
  10 <em>This menu is opened by clicking anywhere on the annotation row labels
  11 area (below the sequence ID area).</em>
  12 <ul>
  13 <li><strong>
  14 Add New Row</strong><br>
  15 <em>Adds a new, named annotation row (a dialog box will pop up for you
  16 to enter the label for the new row). </em>
  17 </li><li><strong>Hide Row</strong><br>
  18 <em>Hides the annotation row whose label was clicked in order to bring
  19 up the menu.</em>
  20 </li><li><strong>Delete Row</strong><br>
  21 <em>Deletes the annotation row whose label was clicked in order to bring
  22 up the menu.</em>
  23 </li><li><strong>Show All Hidden Rows</strong><br>
  24 <em>Shows all hidden annotation rows.</em>
  25 </li><li><strong>Show Values in Text Box</strong><br>
  26 <em>Opens a text box with a list of comma-separated values
  27 corresponding to the annotation (numerical or otherwise) at each
  28 position in the row. This is useful to export alignment quality
  29 measurements for further analysis.</em>
  30 </li>
  31 </ul>
  32 </li>
  33 <li><strong>Annotation Popup Menu<br></strong><em>This menu is opened when
  34 right-clicking on the selected positions of an annotation.</em>
  35 <ul>
  36 <li><strong>Helix</strong><br><em>Mark selected positions with a helix glyph (a red
  37 oval), and optional text label (see below). Consecutive ovals
  38 will be rendered as an unbroken red line.</em>
  39 </li>
  40 <li><strong>Sheet</strong><br><em>Mark selected positions with a sheet glyph (a green
  41 arrow oriented from left to right), and optional text label (see
  42 below). Consecutive arrows will be joined together to form a single
  43 green arrow.</em>
  44 </li>
  45 <li><strong>Label</strong><br><em>Sets the text label at the selected positions. If
  46 more that one consecutive position is marked with the same label, only
  47 the first position's label will be rendered.</em>
  48 </li>
  49 <li><strong>Colour</strong><br><em>Changes the colour of the annotation text label.</em>
  50 </li>
  51 <li><strong>Remove Annotation</strong><br><em>Blanks any annotation at the selected positions on
  52 the row. Note: <strong>This cannot be undone</strong></em>
  53 </li>
  54 </ul>
  55 </li>
  56 </ul>
  57 </body>
  58 </html>