help/html/menus/alwcolour.html

   1 <html>
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
   3
   4 <body>
   5 <p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>
   6   <ul>
   7     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
   8       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour
   9       will be applied to all currently defined groups.<br>
  10       </em></li>
  11       <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
  12   Text ...</a></strong><em><br>
  13       Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for light and dark background, and the intensity threshold for transition between them.
  14       </em></li>
  15     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage
  16       Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity,
  17       Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, User Defined<br>
  18       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for
  19       a description of all colour schemes.</em><br>
  20     </li>
  21     <li><strong>By Conservation<br>
  22       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
  23       by Conservation</a>.</em><br>
  24     </li>
  25     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
  26       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
  27       Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option
  28       appears to be doing nothing!</em><br>
  29     </li>
  30     <li><strong>Above Identity Threshold<br>
  31       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage
  32       Identity</a></em><strong>.<br>
  33       </strong></li>
  34     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
  35       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.
  36       Useful if the window has been closed.<br>
  37       </em></li>
  38     <li><strong>By Annotation</strong><br>
  39       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation.
  40       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>
  41     </li>
  42   </ul>
  43 </body>
  44 </html>