help/html/menus/alwfile.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Alignment Window Menus</title>
   4 </head>
   5
   6 <body>
   7 <p><strong>Alignment Window File Menu</strong></p>
   8 <ul>
   9         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  10         <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  11         Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  12         the European Bioinformatics Institute. See <a
  13                 href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  14         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  15         Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  16         paste window </em></li>
  17         <li><strong>Reload</strong><em><br>
  18         Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  19         <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  20         colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  21         undone.</strong></em></li>
  22         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  23         Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  24         the same format, updating the original in place. </em></li>
  25         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  26         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window will
  27         open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine
  28         which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em></li>
  29         <li><strong>Output to Textbox<br>
  30         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window,
  31         which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or
  32         your standard operating system copy and paste keys. The output window
  33         also has a <strong>&quot;New Window&quot;</strong> button to import the
  34         (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  35         Select the format of the text by selecting one of the following menu
  36         items.</em>
  37         <ul>
  38                 <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  39                 <li><strong>MSF</strong></li>
  40                 <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  41                 <li><strong>BLC</strong></li>
  42                 <li><strong>PIR</strong></li>
  43                 <li><strong>PFAM</strong></li>
  44         </ul>
  45         </li>
  46         <li><strong>Print (Control P)<br>
  47         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  48         colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  49         these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  50         the number of residues per line of your alignment will depend on the
  51         paper width or your alignment window width, whichever is the smaller. </em></li>
  52         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  53         Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  54         alignment background colours and group colours. If the alignment is <a
  55                 href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  56         wrapped and will have the same visible residue width as the open
  57         alignment. </em>
  58         <ul>
  59                 <li><strong>HTML<br>
  60                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  61                 alignment.</em></li>
  62                 <li><strong>EPS<br>
  63                 </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  64                 Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
  65                 <li><strong>PNG<br>
  66                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
  67                 Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
  68         </ul>
  69         </li>
  70         <li><strong>Export Features</strong><em><br>
  71         All features visible on the alignment can be saved to file or displayed
  72         in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
  73         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
  74         All annotations visible on the alignment can be saved to file or
  75         displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
  76         <li><strong>Load Associated Tree<br>
  77         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
  78         trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
  79         alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
  80         the same.</em></li>
  81         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
  82         </strong><em>Load files describing precalculated <a
  83                 href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
  84                 href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
  85         <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
  86         <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
  87         alignment before you close - either as a Jalview project or by using
  88         the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
  89 </ul>
  90 </body>
  91 </html>