help/html/menus/alwformat.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 Alignment Window Menus
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Alignment Window Format Menu</strong></p>
   7 <ul>
   8         <li><strong>Font...<br>
   9         </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to
  10         change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'
  11         (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></li>
  12         <li><strong>Wrap<br>
  13         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
  14                 href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the
  15         alignment window. This is useful if your alignment has only a few
  16         sequences to view its full width at once.<br>
  17         Additional options for display of sequence numbering and scales are
  18         also visible in wrapped layout mode:<br>
  19         <ul>
  20         <li><strong>Scale Above</strong><br>Show the alignment column position scale.</li>
  21         <li><strong>Scale Left</strong><br>Show the sequence position for the first aligned residue in each row in the left column of the alignment.</li>
  22         <li><strong>Scale Right</strong><br>Show the sequence position for the last aligned residue in each row in the right-most column of the alignment.</li>
  23         </em></li>
  24         <li><strong>Show Sequence Limits<br>
  25         </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
  26         and end position of the sequence appended to the name, in the format
  27         NAME/START-END</em></li>
  28         <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
  29         </strong><em>If this box is selected then the sequence names displayed in
  30         the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of
  31         the alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment
  32         window.</li>
  33         <li><strong>Show Hidden Markers<br>
  34         </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
  35         rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</li>
  36         <li><strong>Boxes</strong><em><br>
  37         If this is selected the background of a residue will be coloured using
  38         the selected background colour. Useful if used in conjunction with
  39         &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
  40         <li><strong>Text<br>
  41         </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
  42         standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
  43         <li><strong>Colour Text<br>
  44         </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according to
  45         the background colour associated with that residue. The colour is
  46         slightly darker than background so the amino acid symbol remains
  47         visible. </em></li>
  48         <li><strong>Show Gaps<br>
  49         </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
  50         &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will
  51         appear as blank spaces. <br>
  52         You may set the default gap character in <a
  53                 href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>
  54 </ul>
  55 </body>
  56 </html>