help/html/menus/alwformat.html

   1 <html>\r
   2 <head>\r
   3 <p><strong>Alignment Window Format Menu</strong></p>\r
   4 <ul>\r
   5   <li><strong>Font...</strong><br>\r
   6     <em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to change the font \r
   7     of the display and enable or disable 'smooth fonts' (anti-aliasing) for faster \r
   8     alignment rendering. </em></em></li>\r
   9   <li><strong>Wrap<br>\r
  10     </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a\r
  11                 href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the alignment \r
  12     window. This is useful if your alignment has only a few sequences to view \r
  13     its full width at once.<br>\r
  14     Additional options for display of sequence numbering and scales are also visible \r
  15     in wrapped layout mode:</em>\r
  16     <ul>\r
  17       <li><strong>Scale Left</strong><br>\r
  18         <em>Show the sequence position for the first aligned residue in each row \r
  19         in the left column of the alignment.</em></li>\r
  20       <li><strong>Scale Right</strong><br>\r
  21         <em>Show the sequence position for the last aligned residue in each row \r
  22         in the right-most column of the alignment.</em></li>\r
  23     </ul>\r
  24   \r
  25   <li><strong>Scale Above</strong><br>\r
  26     <em>Show the alignment column position scale.</em></li>\r
  27   <li><strong>Show Sequence Limits<br>\r
  28     </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start \r
  29     and end position of the sequence appended to the name, in the format NAME/START-END</em></li>\r
  30   <li><strong>Right Align Sequence ID<br>\r
  31     </strong> <em>If this box is selected then the sequence names displayed in \r
  32     the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of the \r
  33     alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment window.</em></li>\r
  34   <li><strong>Show Hidden Markers<br>\r
  35     </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where rows \r
  36     and columns are hidden will be marked by blue arrows.</em></li>\r
  37   <li><strong>Boxes</strong><em><br>\r
  38     If this is selected the background of a residue will be coloured using the \r
  39     selected background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour \r
  40     Text.&quot; </em></li>\r
  41   <li><strong>Text<br>\r
  42     </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the \r
  43     standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>\r
  44   <li><strong>Colour Text<br>\r
  45     </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according to \r
  46     the background colour associated with that residue. The colour is slightly \r
  47     darker than background so the amino acid symbol remains visible. </em></li>\r
  48   <li><strong>Show Gaps<br>\r
  49     </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as &quot;.&quot; \r
  50     or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will appear as blank \r
  51     spaces. <br>\r
  52     You may set the default gap character in <a\r
  53                 href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>\r
  54 </ul>\r
  55 </body>\r
  56 </html>\r