help/html/menus/desktopMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head>\r
   3 <title>Desktop Menus</title>\r
   4 </head>\r
   5 \r
   6 <body>\r
   7 <p><strong>Desktop Menus</strong></p>\r
   8 <ul>\r
   9         <li><em> <strong>File</strong></em>\r
  10         <ul>\r
  11                 <li><strong>Input Alignment from</strong><em> (See more on <a\r
  12                         href="../io/index.html">file formats</a>) </em>\r
  13                 <ul>\r
  14                         <li><strong>File (Control O)</strong><br>\r
  15                         <em>open file(s) on your local file system</em></li>\r
  16                         <li><strong>URL</strong><br>\r
  17                         <em>open a file from a website. The URL MUST start with http://</em></li>\r
  18                         <li><strong>Textbox</strong><br>\r
  19                         <em>copy and paste an alignment into a text window</em></li>\r
  20                 </ul>\r
  21                 </li>\r
  22                 <li><strong>Fetch Sequence<br>\r
  23                 </strong><em>Shows a dialog window in which you can select known ids from\r
  24                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by\r
  25                 the European Bioinformatics Institute.</em></li>\r
  26                 <li><strong>Save Project</strong><br>\r
  27                 <em>Saves all currently open alignment windows with their current\r
  28                 view settings and any associated trees, as a <a\r
  29                         href="../features/jalarchive.html">Jalview Archive</a> (which has a\r
  30                 .jar extension).</em></li>\r
  31                 <li><strong>Load Project</strong><br>\r
  32                 <em>Loads Jalview archives <strong>only</strong>.</em></li>\r
  33                 <li><strong>Quit</strong><br>\r
  34         <em>Close Jalview. <br>\r
  35         <strong>Note - any annotation you have made on alignments will be lost \r
  36         unless you Save your work before quitting.</strong></em><br>\r
  37       </li>\r
  38         </ul>\r
  39         </li>\r
  40         <li><strong>Tools </strong>\r
  41         <ul>\r
  42                 <li><strong><a href="../features/preferences.html">Preferences<br>\r
  43                 </a></strong><em>Change the default visual settings for opening new alignment\r
  44                 windows.</em><strong><br>\r
  45                 </strong></li>\r
  46         </ul>\r
  47         </li>\r
  48         <li><strong>Help </strong>\r
  49         <ul>\r
  50                 <li><strong>About<br>\r
  51                 </strong><em>Displays the version and creation date of the application, as\r
  52                 well as acknowledgements and a citation reference. </em></li>\r
  53                 <li><strong>Documentation<br>\r
  54                 </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of pages\r
  55                 with a table of contents. </em><strong><br>\r
  56                 </strong></li>\r
  57         </ul>\r
  58         </li>\r
  59         <li><strong>Window</strong><br>\r
  60         <em>Each time a new window is added to the Jalview Desktop a\r
  61         corresponding menu item will be added to the &quot;Window&quot; menu\r
  62         that will bring the window to the top of the pile when it is selected.\r
  63         <ul>\r
  64                 <li><strong>Close All</strong><br>\r
  65                 Close all alignment and analysis windows.<br><strong>Note: This will erase all alignments from memory, and cannot be undone!</strong></li>\r
  66                 <li><strong>Raise Associated Windows</strong><br>\r
  67                 Bring all windows associated with the current alignment to the top of the pile. \r
  68                 </li>\r
  69                 <li><strong>Minimise Associated Windows</strong><br>\r
  70                 Hide all windows related to the current alignment behind icons on the Jalview Desktop.\r
  71                 </ul>\r
  72                 </em></li>\r
  73         </ul>\r
  74 </body>\r
  75 </html>\r