help/html/menus/popupMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Popup Menu</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Popup Menu</strong><br>\r
   6   <em>This menu is visible when right clicking either within a selected region \r
   7   on the alignment or on a selected sequence name. It may not be\r
   8   accessible when in 'Cursor Mode' (toggled with the F2 key).</em></p>\r
   9 <ul>\r
  10   <li><strong>Define</strong> \r
  11     <ul>\r
  12       <li><strong>Group<br>\r
  13         </strong><em>This will display a window asking for the name of the currently \r
  14         selected group. Click OK to set the name, cancel to use the default group \r
  15         name. </em><strong><br>\r
  16         </strong></li>\r
  17       <li><strong>Remove Group<br>\r
  18         </strong><em>This will undefine the selected group. </em><strong> <br>\r
  19         </strong></li>\r
  20       <li><strong>Group Colour<br>\r
  21         </strong><em>Sets the <a href="../colourSchemes/index.html">colour</a> \r
  22         of the group.</em><strong> <br>\r
  23         </strong></li>\r
  24       <li><strong>Boxes<br>\r
  25         </strong><em>If selected the background of a residue within the selected \r
  26         group will be coloured according to the assigned colour scheme.</em><strong> \r
  27         <br>\r
  28         </strong></li>\r
  29       <li><strong> Text<br>\r
  30         </strong><em>If selected the selected group will display text. </em><strong><br>\r
  31         </strong></li>\r
  32       <li><strong>Colour Text<br>\r
  33         </strong><em>If selected the selected group will display text in a colour \r
  34         slightly darker than the background colour of that residue.</em><strong><br>\r
  35         </strong></li>\r
  36       <li><strong>Border Colour <br>\r
  37         </strong><em>Selecting this will display a &quot;Colour Chooser&quot; \r
  38         window. Select a colour than press OK to set the border colour of a group.<br>\r
  39         </em></li>\r
  40     </ul>\r
  41   </li>\r
  42   <li><strong>Edit </strong> \r
  43     <ul>\r
  44       <li><strong>Copy</strong><br>\r
  45         <em>Copys the selected region. In the applet version, the copied sequences \r
  46         are not available to the system clipboard.</em> <br>\r
  47       </li>\r
  48       <li><strong>Cut<br>\r
  49         </strong><em>Cuts the selected region from the alignment. In the applet \r
  50         version, the copied sequences are not available to the system clipboard.</em> \r
  51         <em><br>\r
  52         </em></li>\r
  53       <li><strong>To Lower Case<br>\r
  54         </strong><em>Changes the case of selected region to upper case.</em><strong><br>\r
  55         </strong></li>\r
  56       <li><strong>To Upper Case<br>\r
  57         </strong><em>Changes the case of selected region to lower case.</em><strong><br>\r
  58         </strong></li>\r
  59       <li><strong>Toggle Case</strong><br>\r
  60         <em>Switches the case of all residues within the selected region.</em> \r
  61         <br>\r
  62         <br>\r
  63       </li>\r
  64     </ul>\r
  65   </li>\r
  66   <li><strong>Sequence <br>\r
  67     </strong><em>This menu is only visible if you right-click on a sequence name. \r
  68     </em> \r
  69     <ul>\r
  70       <li><strong>Edit Name/Description<br>\r
  71         </strong><em>You may edit the name and description of each sequence. A \r
  72         window will be displayed asking for a new sequence name and sequence description \r
  73         to be entered. Press OK to accept your edit. To save sequence descriptions, \r
  74         you must save in Fasta, PIR or Jalview File format.</em><strong><br>\r
  75         </strong></li>\r
  76       <li><strong>View PDB Structure<br>\r
  77         </strong><em> If the sequence has a PDB file associated with it Jalview \r
  78         will display a 3D interactive viewer of the file.<br>\r
  79         This entry is only present if the sequence has an <a href="../features/viewingpdbs.html">associated \r
  80         PDB structure</a>. If you can't see this entry for your sequence, and \r
  81         the sequence name is a uniprot identifier, then try enabling the &quot;View \r
  82         -&gt; Sequence Features&quot; and opening the popup menu again.</em> </li>\r
  83     </ul>\r
  84   </li>\r
  85   <li><strong><em>Link</em></strong><br>\r
  86     <em>This menu item lists all links which have been set up in the <a href="../features/preferences.html">Preferences</a> \r
  87     Connections tab. It is only displayed when you right click (Apple click) on \r
  88     a sequence id. </em><strong><br>\r
  89     <br>\r
  90     </strong></li>\r
  91 </ul>\r
  92 </body>\r
  93 </html>\r