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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 108               overlapping alignment panel
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 112               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 116               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 120               columns in annotation row
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 124               honored in interactive and batch mode
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 128               for structures added to existing Jmol view
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 132               entries after importing project with multiple views
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 136               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 137               with negative residue numbers or missing residues fails
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 141               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 142               as generated by CONSURF)
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 146               very slow for alignments with large numbers of sequences
 147             </li>
 148             <li><!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus with 'StringIndexOutOfBounds'</li>
 149             <li><em>New Defects</em>
 150             <ul>
 151                 <li>
 152                   <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 153                   structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 154                   Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 155                   2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 156                 </li>
 157               </ul>
 158           </ul>
 159           <em>Applet</em>
 160           <ul>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 163               should copy the group consensus when popup is opened on it
 164             </li>
 165
 166           </ul>
 167
 168         </div></td>
 169     </tr>
 170     <tr>
 171       <td width="60" nowrap>
 172         <div align="center">
 173           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 174         </div>
 175       </td>
 176       <td><div align="left">
 177           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 178               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 179       <td><div align="left">
 180           <em>Desktop</em><ul>
 181           <ul>
 182             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 183             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 184             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 185             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 186             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 187             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 188             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 189           </ul>
 190           </div>
 191       </td>
 192     </tr>
 193     <tr>
 194       <td width="60" nowrap>
 195         <div align="center">
 196           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 197         </div>
 198       </td>
 199       <td><div align="left">
 200           <em></em>
 201           <ul>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 204               rendering of sequence features
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 208               429 rate limit request hander
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 212               their colours have changed
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 216               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 220               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 224               view from Ensembl locus cross-references
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 228               Alignment report
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 232               feature can be disabled
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 236               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 240               Uniprot
 241             </li>
 242           </ul>
 243           <em>Scripting</em>
 244           <ul>
 245             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 246             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 247               percent identity scores for current alignment.</li>
 248           </ul>
 249           <em>Testing and Deployment</em>
 250           <ul>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 253             </li>
 254           </ul>
 255         </div></td>
 256       <td><div align="left">
 257           <em>General</em>
 258           <ul>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 261               threshold text field doesn't trigger an update to the
 262               alignment view
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 266               strings in parallel
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 270               alignment window is closed
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 274               group visibility
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 278               takes a long time in Cursor mode
 279             </li>
 280           </ul>
 281           <em>Desktop</em>
 282           <ul>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 285               cannot be viewed in Chimera
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 289               CDS/Protein view
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 293               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 294               Search Dialogs
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 304               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 308               scrolling right in unwapped alignment view
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 312               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 313               database
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 317               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 321               features of same type and group to be selected for
 322               amending
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 326               alignments when hidden columns are present
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 330               displaying several structures
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 334               moving a window
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 338               within the Jalview desktop on OSX
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 342               when in wrapped alignment mode
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 346               hand end of alignment
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 350               each selected sequence do not have correct start/end
 351               positions
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 355               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 359               restoring project until a new view is created
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 363               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 364               configured (since 2.10.2b2)
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 368               position is adjusted
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 372               in a multi-chain structure when viewing alignment
 373               involving more than one chain (since 2.10)
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 377               if new selection moves alignment window
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 381               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 385               that produces correctly annotated transcripts and products
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 389               doesn't update associated structure view
 390             </li>
 391           </ul>
 392           <em>Applet</em><br />
 393           <ul>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 396               closing alignment panel
 397             </li>
 398           </ul>
 399           <em>BioJSON</em><br />
 400           <ul>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 403               non-positional features
 404             </li>
 405           </ul>
 406           <em>New Known Issues</em>
 407           <ul>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 410               sequence features correctly (for many previous versions of
 411               Jalview)
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 415               using cursor in wrapped panel other than top
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 419               graduated colour threshold
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 423               always preserve numbering and sequence features
 424             </li>
 425           </ul>
 426           <em>Known Java 9 Issues</em>
 427           <ul>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 430               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 431               9.01, OSX 10.10)
 432             </li>
 433           </ul>
 434         </div></td>
 435     </tr>
 436     <tr>
 437       <td width="60" nowrap>
 438         <div align="center">
 439           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 440             <em>2/10/2017</em></strong>
 441         </div>
 442       </td>
 443       <td><div align="left">
 444           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 445           <ul>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 448             </li>
 449             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 450             </li>
 451           </ul>
 452         </div></td>
 453       <td><div align="left">
 454         </div></td>
 455     </tr>
 456     <tr>
 457       <td width="60" nowrap>
 458         <div align="center">
 459           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 460             <em>7/9/2017</em></strong>
 461         </div>
 462       </td>
 463       <td><div align="left">
 464           <em></em>
 465           <ul>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 468               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 469               white)
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 473               Preferences
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 477               in size and progress bar shown as higher resolution
 478               overview is recalculated
 479             </li>
 480
 481           </ul>
 482         </div></td>
 483       <td><div align="left">
 484           <em></em>
 485           <ul>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 488               column region row by row
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 492               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 496               format setting is unticked
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 500               if group has show boxes format setting unticked
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 504               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 505               include sequences and columns not currently displayed
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 509               assemblies are imported via CIF file
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 513               displayed when threshold or conservation colouring is also
 514               enabled.
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 518               server version
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 522               dragging a selected region off the visible region of the
 523               alignment
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 527               colourscheme to all groups in a view
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 531               initially after font size change using the Font chooser or
 532               middle-mouse zoom
 533             </li>
 534           </ul>
 535         </div></td>
 536     </tr>
 537     <tr>
 538       <td width="60" nowrap>
 539         <div align="center">
 540           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 541         </div>
 542       </td>
 543       <td><div align="left">
 544           <em>Calculations</em>
 545           <ul>
 546
 547             <li>
 548               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 549               ungapped positions in each column of the alignment.
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 553               a calculation dialog box
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 557               and memory efficiency (~30x faster)
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 561               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 562               and other calculations
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 566               files within the Jalview codebase
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 570               Similarity may have different topology due to increased
 571               precision
 572             </li>
 573           </ul>
 574           <em>Rendering</em>
 575           <ul>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 578               model for alignments and groups
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 582               scripts
 583             </li>
 584           </ul>
 585           <em>Overview</em>
 586           <ul>
 587             <li>
 588               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 589               with alignment and overview windows
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 593               overview
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 597               omitted in Overview
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 601               adjustment of visible position
 602             </li>
 603           </ul>
 604
 605           <em>Data import/export</em>
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 609               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 613               annotation input/output via stockholm flatfile
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 617               extension when importing structure files without embedded
 618               names or PDB accessions
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 622               format sequence substitution matrices
 623             </li>
 624           </ul>
 625           <em>User Interface</em>
 626           <ul>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 629               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 630               the application.
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 634               via Overview or sequence motif search operations
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 638               opened by double clicking gaps within sequence feature
 639               extent
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 643               aligned positions were available to create a 3D structure
 644               superposition.
 645             </li>
 646           </ul>
 647           <em>3D Structure</em>
 648           <ul>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 651               coloured in linked structure views
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 655               file-based command exchange
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 659               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 660               structures are already available for sequences
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 664               the Jalview project rather than downloaded again when the
 665               project is reopened.
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 669               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 670               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 671                 Feature</strong>)
 672             </li>
 673           </ul>
 674           <em>Web Services</em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 681               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 682               Analysis services
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 686               cross-references provided by identifiers.org and the
 687               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 688             </li>
 689           </ul>
 690
 691           <em>Scripting</em>
 692           <ul>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 695               identifying file formats (instead of String constants)
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 699               efficiency when counting all displayed features (not
 700               backwards compatible with 2.10.1)
 701             </li>
 702           </ul>
 703           <em>Example files</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 707               included in the example feature file
 708             </li>
 709           </ul>
 710           <em>Documentation</em>
 711           <ul>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 714               with the built-in Java help viewer
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 718               sequence description' option
 719             </li>
 720           </ul>
 721           <em>Test Suite</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 725               Uniprot REST Free Text Search Client
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 732               during tests
 733             </li>
 734           </ul>
 735         </div></td>
 736       <td><div align="left">
 737           <em>Calculations</em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 741               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 742               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 743             </li>
 744             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 745               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 746               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 747               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 748               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 749               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 750               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 751               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 752               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 753               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 754               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 755               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 756               // for 2.10.1 mode <br />
 757               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 758               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 759                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 760                 calculations (not recommended)</em></li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 763               scaling of branch lengths for trees computed using
 764               Sequence Feature Similarity.
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 768               generating output report when working with highly
 769               redundant alignments
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 773               right of selected region when gaps present on right-hand
 774               boundary
 775             </li>
 776           </ul>
 777           <em>User Interface</em>
 778           <ul>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 781               doesn't reselect a specific sequence's associated
 782               annotation after it was used for colouring a view
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 786               opened on a region of alignment without groups
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 790               of an alignment with overlapping groups
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 794               name and description match
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 798               hidden regions results in incorrect hidden regions
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 802               changing colour does not apply Conservation slider value
 803               to all groups
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 807               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 811               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 815               gaps before start of features
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 819               restored to UI when feature colour is edited
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 823               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 827               as graduate feature colour settings are modified via the
 828               dialog box
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 832               when a group defined on the alignment is resized
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 836               wrapped view result in positional status updates
 837             </li>
 838
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 841               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 845               alignment included gapped columns
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 849               widgets don't permanently disappear
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 853               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 854               T-Coffee column reliability scores)
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 858               sequence feature on gaps only
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 862               button from a Find inherit previously defined feature type
 863               rather than the Find query string
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 867               exporting tree calculated in Jalview
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 871               and then revealing them reorders sequences on the
 872               alignment
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 876               doesn't update to reflect available set of groups after
 877               interactively adding or modifying features
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 881               Linux
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 885               only excluded gaps in current sequence and ignored
 886               selection.
 887             </li>
 888           </ul>
 889           <em>Rendering</em>
 890           <ul>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 893               erratically when hidden rows or columns are present
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 897               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 898               sequence colouring
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 902               colour and group colour menu for protein alignments
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 906               reflect currently selected view or group's shading
 907               thresholds
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 911               when rendered on overview and structures when opacity at
 912               100%
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 916               overview when features overlaid on alignment
 917             </li>
 918           </ul>
 919           <em>Data import/export</em>
 920           <ul>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 923               load
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 927               added after a sequence was imported are not written to
 928               Stockholm File
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 932               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 936               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 940               with lightGray or darkGray via features file (but can
 941               specify lightgray)
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 945               when alignment view imported from project
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 949               structure and sequences extracted from structure files
 950               imported via URL and viewed in Jmol
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 954               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 955               the project is loaded and the structure viewed
 956             </li>
 957           </ul>
 958           <em>Web Services</em>
 959           <ul>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 962               release of Ensembl v.88
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 966               appear enabled in Preferences->Connections
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 970               removed from console output
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 974               Ensembl by Peptide ID
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 978               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 979               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 980               due to 'null' string rather than empty string used for
 981               residues with no corresponding PDB mapping).
 982             </li>
 983           </ul>
 984           <em>Application UI</em>
 985           <ul>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 988               menu
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 992               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 993               new documentation and tooltips added)
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 997               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1001               new features are added to alignment
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1005               changes to feature colours via the Amend features dialog
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1009               edit graduated feature colour via amend features dialog
1010               box
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1014               selection menu changes colours of alignment views
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1018               from alignment calculation workers after alignment has
1019               been closed
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1023               groups now 'Create Group'
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1027               Create/Undefine group doesn't always work
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1031               shown again after pressing 'Cancel'
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1035               adjusts start position in wrap mode
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1039               ambiguous amino acids
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1043               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1044               proteins
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1048               Defined' don't appear in Colours menu
1049             </li>
1050           </ul>
1051           <em>Applet</em>
1052           <ul>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1055               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1059               overview or linked structure view
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1063               work (since 2.8)
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1067               user-defined colourscheme doesn't restore original
1068               colourscheme
1069             </li>
1070           </ul>
1071           <em>Test Suite</em>
1072           <ul>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1075               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1079               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1080               problems with deep array comparison equality asserts in
1081               successive versions of TestNG
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1085               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1086             </li>
1087           </ul>
1088           <em>New Known Issues</em>
1089           <ul>
1090             <li>
1091               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1092               phase after a sequence motif find operation
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1096               containing just upper and lower case letters are
1097               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1101               reliably from eggnog Ortholog database
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1105               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1106               to mark columns containing highlighted regions.
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1110               doesn't always add secondary structure annotation.
1111             </li>
1112           </ul>
1113         </div>
1114     <tr>
1115       <td width="60" nowrap>
1116         <div align="center">
1117           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1118         </div>
1119       </td>
1120       <td><div align="left">
1121           <em>General</em>
1122           <ul>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1125               for all consensus calculations
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1129               3rd Oct 2016)
1130             </li>
1131             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1132               for 2016-2017</li>
1133           </ul>
1134           <em>Application</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1138               set of database cross-references, sorted alphabetically
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1142               from database cross references. Users with custom links
1143               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1144                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1148               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1149               Chimera session
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1153               the Chimera it is connected to is shut down
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1157               columns menu item to mark columns containing highlighted
1158               regions (e.g. from structure selections or results of a
1159               Find operation)
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1163               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1164               MSAviewer
1165             </li>
1166           </ul>
1167         </div></td>
1168       <td>
1169         <div align="left">
1170           <em>General</em>
1171           <ul>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1174               are not coloured or thresholded according to percent
1175               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1179               hydrophobic
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1183               threshold, amino acid properties)
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1187               reported as mapped to residues in a structure file in the
1188               View Mapping report
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1192               could be added multiple times to a sequence
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1196               bond features shown as two highlighted residues rather
1197               than a range in linked structure views, and treated
1198               correctly when selecting and computing trees from features
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1202               cross-references are matched to database name regardless
1203               of case
1204             </li>
1205
1206           </ul>
1207           <em>Application</em>
1208           <ul>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1211               names without regular expressions also offer links from
1212               Sequence ID
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1216               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1217               update Jalview configuration
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1221               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1225               files with similarly named sequences if dropped onto the
1226               alignment
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1230               entries where more chains exist in the PDB accession than
1231               are reported in the SIFTS file
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1235               the structure view when displayed with Chimera
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1239               panel's View->Show Chains submenu
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1243               work for wrapped alignment views
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1247               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1251               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1252               first annotation row
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1256               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1260               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1261             </li>
1262             <!-- JAL-2319 -->
1263             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1264             coordindate data
1265             </li>
1266           </ul>
1267           <!--           <em>New Known Issues</em>
1268           <ul>
1269             <li></li>
1270           </ul> -->
1271         </div>
1272       </td>
1273     </tr>
1274     <td width="60" nowrap>
1275       <div align="center">
1276         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1277           <em>25/10/2016</em></strong>
1278       </div>
1279     </td>
1280     <td><em>Application</em>
1281       <ul>
1282         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1283           view if structures already loaded</li>
1284         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1285           structure views</li>
1286       </ul></td>
1287     <td>
1288       <div align="left">
1289         <em>General</em>
1290         <ul>
1291           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1292             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1293           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1294             example sequences/projects/trees</li>
1295         </ul>
1296         <em>Application</em>
1297         <ul>
1298           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1299             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1300           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1301             without timeout for structures with multiple models or
1302             multiple sequences in alignment</li>
1303           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1304             PDB ID HEADER line</li>
1305           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1306             is performed</li>
1307           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1308             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1309           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1310           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1311             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1312             option</li>
1313           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1314             is created on the alignment</li>
1315           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1316             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1317             pop-up menu</li>
1318         </ul>
1319         <em>Build and deployment</em>
1320         <ul>
1321           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1322             tags</li>
1323         </ul>
1324         <em>New Known Issues</em>
1325         <ul>
1326           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1327             on Windows</li>
1328         </ul>
1329       </div>
1330     </td>
1331     </tr>
1332     <tr>
1333       <td width="60" nowrap>
1334         <div align="center">
1335           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1336         </div>
1337       </td>
1338       <td><em>General</em>
1339         <ul>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1345             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1346             better PDB parsing.
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1350             reference sequence
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1354             mousing over sequence associated annotation
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1358             for manual entry
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1362             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1363             for each column
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1367             showing or hiding columns containing a feature
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1371             group and sequence associated annotation labels
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1375             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1376             dialogs
1377           </li>
1378
1379         </ul> <em>Application</em>
1380         <ul>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1383             gene/transcript view
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1387             dialog
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1391             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1395             Pfam sources to xfam.org
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1402             over sequences in Jalview
1403           </li>
1404           <li>
1405             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1406             regions in ENA and EMBL
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1410             for record retrieval via ENA rest API
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1414             complement operator
1415           </li>
1416           <li>
1417             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1418             groovy script execution
1419           </li>
1420           <li>
1421             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1422             alignment window's Calculate menu
1423           </li>
1424           <li>
1425             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1426             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1430             calculation workers from groovy scripts
1431           </li>
1432           <li>
1433             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1434             Jalview projects
1435           </li>
1436           <li>
1437             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1438             associations are now saved/restored from project
1439           </li>
1440           <li>
1441             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1442             before sequence fetcher is opened
1443           </li>
1444           <li>
1445             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1446             database chooser opens a sequence fetcher
1447           </li>
1448           <li>
1449             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1450             the UniProt REST API
1451           </li>
1452           <li>
1453             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1454             the news reader opening
1455           </li>
1456           <li>
1457             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1458             querying stored in preferences
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1462             search results
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1466           </li>
1467           <li>
1468             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1469             menu for nucleotide sequences
1470           </li>
1471           <li>
1472             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1473             and feature counts preserves alignment ordering (and
1474             debugged for complex feature sets).
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1478             viewing structures with Jalview 2.10
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1482             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1483             Ensembl Genomes REST API
1484           </li>
1485           <li>
1486             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1487             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1488             (Ensembl)
1489           </li>
1490           <li>
1491             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1492             sequences
1493           </li>
1494           <li>
1495             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1496             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1497             data from external database records.
1498           </li>
1499           <li>
1500             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1501             efficient recovery of sequence coding and alignment
1502             annotation relationships.
1503           </li>
1504         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1505         <ul>
1506           <li>
1507             -- JAL---
1508           </li>
1509         </ul> --></td>
1510       <td>
1511         <div align="left">
1512           <em>General</em>
1513           <ul>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1516               menu on OSX
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1520               includes graduated colourschemes
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1524               working with big alignments and lots of hidden columns
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1528               at right of alignment window
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1532               contents
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1536               for DNA alignments
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1540               based tree calculation
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1544               unconserved enabled for group on alignment
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1548               set as reference
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1552               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1553               annotation
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1557               hidden columns present
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1561               user created annotation added to alignment
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1565               '()' base pair annotation
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1569               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1570               Consensus
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1574               feature not working
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1578               beginning of sequence
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1582               entry 3a6s
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1586               from a tree when t-coffee scores are shown
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1590               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1594               some structures
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1598               to Clustal, PIR and PileUp output
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1602               not visible causes alignment window to repaint
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1606               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1607               scores associated with features and annotation rows
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1611               calculation should be case independent
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1615               columns
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1619               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1620               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1624               problems when reference sequence defined and 'show
1625               non-conserved' enabled
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1629               load even when Consensus calculation is disabled
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1633               alignment does nothing
1634             </li>
1635           </ul>
1636           <em>Application</em>
1637           <ul>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1640               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1641               yet fixed for El Capitan)
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1645               output when running on non-gb/us i18n platforms
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1649               hidden sequences as flat-file alignment
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1653               launching Chimera
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1657               (also hotfix for 2.9.0b2)
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1661               reference sequence defined
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1665               alignments and views when revealing hidden columns
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1669               view in a cDNA/Protein splitframe
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1673               sequence from project when only one sequence is
1674               represented
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1678               in Structure Chooser
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1682               structure consensus didn't refresh annotation panel
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1686               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1690               dialogs format columns correctly, don't display array
1691               data, sort columns according to type
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1695               file chooser is cancelled during an image export
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1699               sequence name containing special characters
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1703               case insensitive
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1707               formatting don't wrap
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1711               truncated so L looks like I in consensus annotation
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1715               currently displayed features for the current selection or
1716               view
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1720               after fetching cross-references, and restoring from
1721               project
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1725               followed in the structure viewer
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1729               splitframe not restored from project
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1733               trailing end of protein alignment in transcript/product
1734               splitview when pad-gaps not enabled by default
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1738               is case dependent
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1742               article has been read (reopened issue due to
1743               internationalisation problems)
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1747               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1748               cross-references
1749             </li>
1750
1751             <li>
1752               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1753               alignment as HTML
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1757               multiple structures are shown for one or more sequences.
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1761               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1762               is enabled.
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1766               specific PDB id for sequence
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1770               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1771               columns' is disabled.
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1775               selects lowest rather than highest resolution structures
1776               for each sequence
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1780               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1784               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1788               after clicking on it to create new annotation for a
1789               column.
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1793               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1794             </li>
1795             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1796             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1797           </ul>
1798           <em>Applet</em>
1799           <ul>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1802               hidden columns present before start of sequence
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1806               (JSON jars)
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1810               sequences are hidden in applet
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1814               deployment on examples pages.
1815             </li>
1816           </ul>
1817         </div>
1818       </td>
1819     </tr>
1820     <tr>
1821       <td width="60" nowrap>
1822         <div align="center">
1823           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1824             <em>16/10/2015</em></strong>
1825         </div>
1826       </td>
1827       <td><em>General</em>
1828         <ul>
1829           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1830             jars</li>
1831         </ul></td>
1832       <td>
1833         <div align="left">
1834           <em>Application</em>
1835           <ul>
1836             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1837               shown when tree is partitioned</li>
1838             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1839               multiple cDNA/Protein split views</li>
1840           </ul>
1841         </div>
1842       </td>
1843     </tr>
1844     <tr>
1845       <td width="60" nowrap>
1846         <div align="center">
1847           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1848             <em>8/10/2015</em></strong>
1849         </div>
1850       </td>
1851       <td><em>General</em>
1852         <ul>
1853           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1854             2.9</li>
1855         </ul> <em>Application</em>
1856         <ul>
1857           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1858           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1859           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1860         </ul> <em>Applet</em>
1861         <ul>
1862           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1863         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1864         <ul>
1865           <li>
1866             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1867             suite
1868           </li>
1869         </ul></td>
1870       <td>
1871         <div align="left">
1872           <em>General</em>
1873           <ul>
1874             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1875               incorrect when sequence start > 1</li>
1876             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1877               documentation</li>
1878             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1879             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1880               loading a features file containing HTML tags in feature
1881               description</li>
1882
1883           </ul>
1884           <em>Application</em>
1885           <ul>
1886             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1887               reimport</li>
1888             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1889               with 'trim retrieved sequences'</li>
1890             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1891               deleting selected columns</li>
1892             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1893               JNLP templates for webstart launch</li>
1894             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1895               unreleased structures for download or viewing</li>
1896             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1897               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1898             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1899               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1900             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1901               recovered from jalview project</li>
1902             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1903               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1904               alignment view</li>
1905             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1906               color schemes from BioJSON</li>
1907           </ul>
1908           <em>Applet</em>
1909           <ul>
1910             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1911               frame</li>
1912             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1913           </ul>
1914         </div>
1915       </td>
1916     </tr>
1917     <tr>
1918       <td><div align="center">
1919           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1920         </div></td>
1921       <td><em>General</em>
1922         <ul>
1923           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1924             alignments:
1925             <ul>
1926               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1927                 and DNA alignment views</li>
1928               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1929                 cDNA alignment views</li>
1930               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1931                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1932               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1933                 protein sequences</li>
1934             </ul>
1935           </li>
1936           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1937           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1938             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1939           <li>New alignment annotation file statements for
1940             reference sequences and marking hidden columns</li>
1941           <li>Reference sequence based alignment shading to
1942             highlight variation</li>
1943           <li>Select or hide columns according to alignment
1944             annotation</li>
1945           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1946           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1947             acid conservation row</li>
1948           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1949         </ul> <em>Application</em>
1950         <ul>
1951           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1952             <ul>
1953               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1954                 view with cDNA/Protein</li>
1955               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1956                 sequences are placed in the same alignment</li>
1957               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1958                 projects</li>
1959             </ul>
1960           </li>
1961
1962           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1963           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1964             Jalview windows</li>
1965
1966           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1967           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1968           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1969             be shown in VARNA</li>
1970
1971           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1972             as the active selected region</li>
1973
1974           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1975             similarity</li>
1976           <li>New Export options
1977             <ul>
1978               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1979                 region export in flat file generation</li>
1980
1981               <li>Export alignment views for display with the <a
1982                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1983
1984               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1985               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1986                 alignment figures to HTML</li>
1987           </li>
1988           <li>3D structure retrieval and display
1989             <ul>
1990               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1991                 Search API</li>
1992               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1993                 PDB structures for a sequence set</li>
1994             </ul>
1995           </li>
1996
1997           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1998             predictions</li>
1999           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2000             for one or a group of sequences</li>
2001           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2002             from the JPred4 web server</li>
2003           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2004             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2005             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2006           </li>
2007           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2008             VARNA 2D Structure'</li>
2009           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2010             Structure ..."</li>
2011
2012         </ul> <em>Applet</em>
2013         <ul>
2014           <li>New layout for applet example pages</li>
2015           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2016             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2017           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2018             Protein alignments</li>
2019         </ul> <em>Development and deployment</em>
2020         <ul>
2021           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2022           <li>Include installation type and git revision in build
2023             properties and console log output</li>
2024           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2025             storing BioJsMSA Templates</li>
2026           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2027         </ul></td>
2028       <td>
2029         <!-- <em>General</em>
2030         <ul>
2031         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2032         <ul>
2033           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2034           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2035           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2036             predictions are not highlighted in amber</li>
2037           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2038             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2039           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2040             associated structure views</li>
2041           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2042             width checkbox not enabled</li>
2043           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2044             creating user defined colours</li>
2045           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2046             mappings for just that viewer's sequences</li>
2047           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2048             multiple models in Chimera</li>
2049           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2050             over Jmol structure</li>
2051           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2052             output to text box</li>
2053           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2054             have incorrect sequence start/end</li>
2055           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2056             Jalview fails</li>
2057           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2058             work for nucleotide</li>
2059           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2060             to a grey/invisible alignment window</li>
2061           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2062             imports to different position</li>
2063           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2064             on some platforms</li>
2065           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2066             populated</li>
2067           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2068             console if Chimera has been opened</li>
2069           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2070           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2071             retrieved</li>
2072           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2073           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2074             either sequence shows on first structure</li>
2075           <li>'Show annotations' options should not make
2076             non-positional annotations visible</li>
2077           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2078             in right place after 'view flanking regions'</li>
2079           <li>File Save As type unset when current file format is
2080             unknown</li>
2081           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2082             projects</li>
2083           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2084             responsive</li>
2085           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2086             several views on same alignment</li>
2087           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2088           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2089             spaces</li>
2090         </ul> <em>Applet</em>
2091         <ul>
2092           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2093           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2094             descriptions containing angle brackets</li>
2095         </ul> <em>General</em>
2096         <ul>
2097           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2098             via jalview annotation file</li>
2099           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2100             with RNA secondary structure</li>
2101           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2102             translation doesn't work.</li>
2103           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2104           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2105             positions</li>
2106           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2107             choosing 1pt font</li>
2108           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2109             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2110             'h'</li>
2111           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2112             new feature</li>
2113           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2114             order dependent</li>
2115           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2116             sequences</li>
2117           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2118         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2119         <ul>
2120           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2121             www.jalview.org</li>
2122         </ul> <em>Application Known issues</em>
2123         <ul>
2124           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2125           <li>Misleading message appears after trying to delete
2126             solid column.</li>
2127           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2128             version launches</li>
2129           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2130             fails with a sequence mismatch</li>
2131           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2132             scrolling alignment to right</li>
2133           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2134             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2135           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2136             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2137           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2138             ultra-high resolution</li>
2139           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2140             quality and conservation</li>
2141           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2142             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2143         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2144         <ul>
2145           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2146           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2147             window is being resized</li>
2148
2149         </ul>
2150       </td>
2151     </tr>
2152     <tr>
2153       <td><div align="center">
2154           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2155         </div></td>
2156       <td><em>General</em>
2157         <ul>
2158           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2159             Certum.PL.</li>
2160           <li>Features and annotation preserved when performing
2161             pairwise alignment</li>
2162           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2163             imported/exported/displayed</li>
2164           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2165             protein secondary structure</li>
2166           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2167               post-hoc with 2.9 release</em>)
2168           </li>
2169
2170         </ul> <em>Application</em>
2171         <ul>
2172           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2173             with 3D structures</li>
2174           <li>Support for parsing RNAML</li>
2175           <li>Annotations menu for layout
2176             <ul>
2177               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2178               <li>place sequence annotation above/below alignment
2179                 annotation</li>
2180             </ul>
2181           <li>Output in Stockholm format</li>
2182           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2183             translation</li>
2184           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2185           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2186             shared between alignments</li>
2187           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2188             Jalview</li>
2189           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2190             all or current selection</li>
2191           <li>disorder and secondary structure predictions
2192             available as dataset annotation</li>
2193           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2194
2195
2196           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2197             alignments from Rfam</li>
2198           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2199
2200           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2201             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2202           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2203           <li>include installation type in build properties and
2204             console log output</li>
2205           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2206             annotation</li>
2207         </ul></td>
2208       <td>
2209         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2210         <ul>
2211           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2212             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2213           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2214             alignment</li>
2215           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2216           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2217           <li>Double click on sequence associated annotation
2218             selects only first column</li>
2219           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2220             leaves shown in tree</li>
2221           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2222             properly</li>
2223           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2224           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2225             screen and buttons not visible</li>
2226           <li>author list isn't updated if already written to
2227             Jalview properties</li>
2228           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2229             from database</li>
2230           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2231           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2232             browser search window</li>
2233           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2234             in feature settings dialog</li>
2235           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2236             desktop</li>
2237           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2238             pass validation</li>
2239           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2240             fit on screen</li>
2241           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2242             tooltip</li>
2243           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2244             defined user preset</li>
2245           <li>MSA web services warns user if they were launched
2246             with invalid input</li>
2247           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2248             Java 8</li>
2249           <li>
2250             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2251             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2252             created
2253           </li>
2254
2255         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2256         <ul>
2257         </ul> <em>General</em>
2258         <ul>
2259         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2260         <ul>
2261           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2262             memory allocation</li>
2263           <li>launchApp service doesn't automatically open
2264             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2265           <li>
2266             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2267             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2268             1.7_055 is available
2269           </li>
2270         </ul> <em>Application Known issues</em>
2271         <ul>
2272           <li>
2273             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2274             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2275             alignment to right
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2279             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2280             with large number of ID
2281           </li>
2282           <li>
2283             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2284             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2285             start/end
2286           </li>
2287           <li>
2288             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2289             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2290             structure tracks are rearranged
2291           </li>
2292           <li>
2293             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2294             invalid rna structure positional highlighting does not
2295             highlight position of invalid base pairs
2296           </li>
2297           <li>
2298             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2299             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2300             project from alignment window file menu
2301           </li>
2302           <li>
2303             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2304             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2305             structures
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2309             colour by RNA Helices not enabled when user created
2310             annotation added to alignment
2311           </li>
2312           <li>
2313             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2314             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2315           </li>
2316         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2317         <ul>
2318           <li>
2319             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2320             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2321           </li>
2322           <li>
2323             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2324             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2325           </li>
2326
2327           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2328             when selected</li>
2329         </ul>
2330       </td>
2331     </tr>
2332     <tr>
2333       <td><div align="center">
2334           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2335         </div></td>
2336       <td>
2337         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2338         <em>General</em>
2339         <ul>
2340           <li>Internationalisation of user interface (usually
2341             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2342           <li>Define/Undefine group on current selection with
2343             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2344           <li>Improved group creation/removal options in
2345             alignment/sequence Popup menu</li>
2346           <li>Sensible precision for symbol distribution
2347             percentages shown in logo tooltip.</li>
2348           <li>Annotation panel height set according to amount of
2349             annotation when alignment first opened</li>
2350         </ul> <em>Application</em>
2351         <ul>
2352           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2353             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2354           <li>Select columns containing particular features from
2355             Feature Settings dialog</li>
2356           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2357             sequences</li>
2358           <li>Update Jalview project format:
2359             <ul>
2360               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2361               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2362                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2363               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2364                 colouring</li>
2365             </ul>
2366           </li>
2367           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2368             (PAM250)</li>
2369           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2370             flanking regions for an alignment</li>
2371         </ul>
2372       </td>
2373       <td>
2374         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2375         <ul>
2376           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2377             running after job is cancelled</li>
2378           <li>cannot export features from alignments imported from
2379             Jalview/VAMSAS projects</li>
2380           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2381             float values</li>
2382           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2383             have 'display all symbols' flag set</li>
2384           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2385             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2386           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2387             Jalview</li>
2388           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2389             Lion/Webstart</li>
2390           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2391           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2392           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2393             alignment onto desktop</li>
2394           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2395             'extract scores' function</li>
2396           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2397             alignment window</li>
2398           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2399             performing IUPred disorder prediction</li>
2400           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2401             changing 'normalise logo' display setting</li>
2402           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2403             nothing matches query</li>
2404           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2405             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2406           </li>
2407           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2408             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2409           </li>
2410           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2411             Jalview's menu</li>
2412           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2413             'invalid literal/length code'</li>
2414           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2415             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2416           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2417             colourscheme</li>
2418
2419         </ul> <em>Applet</em>
2420         <ul>
2421           <li>Remove group option is shown even when selection is
2422             not a group</li>
2423           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2424             don't affect groups</li>
2425           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2426             colourscheme name</li>
2427           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2428             Annotation panel is not displayed</li>
2429           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2430             embedded windows</li>
2431         </ul> <em>Other</em>
2432         <ul>
2433           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2434             single sequence were not calculated</li>
2435           <li>annotation files that contain only groups imported as
2436             annotation and junk sequences</li>
2437           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2438             recognised as PFAM or BLC</li>
2439           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2440             doesn't affect background (2.8.0b1)
2441           <li></li>
2442           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2443           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2444             trailing gaps</li>
2445           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2446             registered correctly on import</li>
2447           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2448             certain alignments</li>
2449           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2450             existing annotation based 'use original colours'
2451             colourscheme loses original colours setting</li>
2452         </ul>
2453       </td>
2454     </tr>
2455     <tr>
2456       <td><div align="center">
2457           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2458             <em>30/1/2014</em></strong>
2459         </div></td>
2460       <td>
2461         <ul>
2462           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2463             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2464             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2465             open source project).
2466           </li>
2467           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2468           <li>Output in Stockholm format</li>
2469           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2470           <li>Export/import group and sequence associated line
2471             graph thresholds</li>
2472           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2473             ambiguity codes</li>
2474           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2475             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2476             works</li>
2477           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2478         </ul> <em>Other improvements</em>
2479         <ul>
2480           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2481           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2482             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2483           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2484             files</li>
2485           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2486           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2487             link but no description</li>
2488           <li>Select primary source when selecting authority in
2489             database fetcher GUI</li>
2490           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2491             Jalview</li>
2492           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2493         </ul>
2494       </td>
2495       <td>
2496         <ul>
2497           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2498             displayed</li>
2499           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2500             secondary structure annotation line</li>
2501           <li>Sequence database accessions not imported when
2502             fetching alignments from Rfam</li>
2503           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2504             identical IDs</li>
2505           <li>View all structures does not always superpose
2506             structures</li>
2507           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2508             reflect user or preset settings</li>
2509           <li>Null pointer exceptions for some services without
2510             presets or adjustable parameters</li>
2511           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2512             discover PDB xRefs</li>
2513           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2514             features with DAS</li>
2515           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2516             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2517           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2518             residue follows a gap</li>
2519           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2520             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2521           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2522             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2523           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2524             annotation already exists on alignment</li>
2525           <li>oninit javascript function should be called after
2526             initialisation completes</li>
2527           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2528             alignment window display</li>
2529           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2530           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2531             to annotation file</li>
2532           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2533             groups created</li>
2534           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2535             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2536           <li>Pressing return several times causes Number Format
2537             exceptions in keyboard mode</li>
2538           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2539             correct partitions for input data</li>
2540           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2541           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2542           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2543           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2544             mode</li>
2545           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2546             changes one row&#39;s threshold</li>
2547           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2548             doesn&#39;t open</li>
2549           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2550             quality histograms</li>
2551         </ul>
2552       </td>
2553     </tr>
2554     <tr>
2555       <td><div align="center">
2556           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2557         </div></td>
2558       <td><em>Application</em>
2559         <ul>
2560           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2561             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2562           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2563             preferences</li>
2564           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2565             in Jalview alignment window</li>
2566           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2567             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2568           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2569             RNA and ambiguity codes</li>
2570
2571           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2572           <li>Support fetching and database reference look up
2573             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2574             refs')</li>
2575           <li>Jalview project improvements
2576             <ul>
2577               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2578                 flag for annotation</li>
2579               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2580                 alignment</li>
2581               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2582                 Jalview project</li>
2583
2584             </ul>
2585           </li>
2586           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2587           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2588             running</li>
2589           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2590           <li>visual indication that web service results are still
2591             being retrieved from server</li>
2592           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2593             starts up for first time</li>
2594           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2595             services</li>
2596           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2597             client library</li>
2598           <li>Examples directory and Groovy library included in
2599             InstallAnywhere distribution</li>
2600         </ul> <em>Applet</em>
2601         <ul>
2602           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2603             visualization applet example</li>
2604         </ul> <em>General</em>
2605         <ul>
2606           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2607           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2608             defaults</li>
2609           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2610             calculation</li>
2611           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2612             matrices
2613           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2614             in HTML</li>
2615           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2616             structure contacts</li>
2617           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2618           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2619           <li>Parse sequence associated secondary structure
2620             information in Stockholm files</li>
2621           <li>HTML Export database accessions and annotation
2622             information presented in tooltip for sequences</li>
2623           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2624             style RNA alignment files</li>
2625           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2626             alignment</li>
2627           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2628             shade each sequence according to its associated alignment
2629             annotation</li>
2630           <li>New Jalview Logo</li>
2631         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2632         <ul>
2633           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2634           <li>New Website!</li>
2635         </ul></td>
2636       <td><em>Application</em>
2637         <ul>
2638           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2639             wsdbfetch REST service</li>
2640           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2641           <li>Filetype associations not installed for webstart
2642             launch</li>
2643           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2644             job execution in full once it is complete</li>
2645           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2646             uploaded via ali_file parameter</li>
2647           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2648           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2649           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2650             submitted for prediction</li>
2651           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2652             desktop window</li>
2653           <li>Putting fractional value into integer text box in
2654             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2655           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2656             windows 7</li>
2657           <li>View all structures fails with exception shown in
2658             structure view</li>
2659           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2660             escaped in a platform independent way</li>
2661           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2662             using proxy</li>
2663           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2664             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2665           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2666             failure when java web start temporary file caching is
2667             disabled</li>
2668           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2669             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2670           <li>Errors during processing of command line arguments
2671             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2672           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2673             DAS sources in sequence fetcher</li>
2674           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2675             dialog is shown</li>
2676           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2677           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2678           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2679           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2680             on OSX Mountain Lion</li>
2681           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2682             sequences with alignment annotation are pasted into the
2683             alignment</li>
2684           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2685             when loaded from Jalview project</li>
2686           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2687           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2688             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2689           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2690             associated with all views</li>
2691           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2692             annotation rows to new window</li>
2693         </ul> <em>Applet</em>
2694         <ul>
2695           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2696             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2697           <li>loading features via javascript API automatically
2698             enables feature display</li>
2699           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2700             work</li>
2701         </ul> <em>General</em>
2702         <ul>
2703           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2704           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2705             and then deselected</li>
2706           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2707           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2708             coloured with clustalx</li>
2709           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2710             exceptions and redraw errors</li>
2711           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2712             reconfigured view</li>
2713           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2714             colour</li>
2715           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2716             for lots of labels</li>
2717         </ul>
2718     </tr>
2719     <tr>
2720       <td>
2721         <div align="center">
2722           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2723         </div>
2724       </td>
2725       <td><em>Application</em>
2726         <ul>
2727           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2728           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2729           <li>View/alignment association menu to enable user to
2730             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2731             its colours/correspondences from</li>
2732           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2733           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2734             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2735           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2736           <li>Annotation row column label formatting attributes
2737             stored in project file</li>
2738           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2739             rows preserved in Jalview project file</li>
2740           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2741             saved using Desktop window menu</li>
2742           <li>Visual indication that command line arguments are
2743             still being processed</li>
2744           <li>Groovy script execution from URL</li>
2745           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2746             preferences</li>
2747           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2748             alignment with sequences that have high similarity and
2749             matching IDs</li>
2750           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2751           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2752             structures in same window</li>
2753           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2754           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2755             analysis function in its own submenu</li>
2756         </ul> <em>Applet</em>
2757         <ul>
2758           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2759             groups</li>
2760           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2761           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2762           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2763           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2764           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2765             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2766           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2767           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2768             parameters are treated as such</li>
2769           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2770             <ul>
2771               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2772               <li>Javascript callbacks for
2773                 <ul>
2774                   <li>Applet initialisation</li>
2775                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2776                 </ul>
2777               </li>
2778               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2779                 functions</li>
2780               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2781               <li>javascript structure viewer harness to pass
2782                 messages between Jmol and Jalview when running as
2783                 distinct applets</li>
2784               <li>sortBy method</li>
2785               <li>Set of applet and application examples shipped
2786                 with documentation</li>
2787               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2788                 javascript message exchange</li>
2789             </ul>
2790         </ul> <em>General</em>
2791         <ul>
2792           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2793             multiple alignments</li>
2794           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2795           <li>User configurable link to enable redirects to a
2796             www.Jalview.org mirror</li>
2797           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2798           <li>Configurable newline string when writing alignment
2799             and other flat files</li>
2800           <li>Allow alignment annotation description lines to
2801             contain html tags</li>
2802         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2803         <ul>
2804           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2805             examples</li>
2806           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2807             using a web service before displaying the result in the
2808             Jalview desktop</li>
2809           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2810           <li>Ant target to publish example html files with applet
2811             archive</li>
2812           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2813           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2814         </ul></td>
2815       <td><em>Application</em>
2816         <ul>
2817           <li>User defined colourscheme throws exception when
2818             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2819           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2820             dialog for valid filename/format</li>
2821           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2822           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2823             P37173</li>
2824           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2825             which sequence is to be associated with the file</li>
2826           <li>Find All raises null pointer exception when query
2827             only matches sequence IDs</li>
2828           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2829           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2830             2.4 cannot be loaded</li>
2831           <li>Filetype associations not installed for webstart
2832             launch</li>
2833           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2834             with sequences in different alignments do not get coloured
2835             by their associated sequence</li>
2836           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2837             not preserved when project is loaded</li>
2838           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2839             stored in Jalview project</li>
2840           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2841             Jalview project</li>
2842           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2843           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2844             by conservation</li>
2845           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2846             created on new view</li>
2847           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2848             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2849           <li>Alignment quality not updated after alignment
2850             annotation row is hidden then shown</li>
2851           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2852             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2853           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2854             properly</li>
2855           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2856             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2857           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2858           <li>Structures imported from file and saved in project
2859             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2860           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2861             job execution in full once it is complete</li>
2862         </ul> <em>Applet</em>
2863         <ul>
2864           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2865             annotation rows are displayed</li>
2866           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2867             codebase</li>
2868           <li>View follows highlighting does not work for positions
2869             in sequences</li>
2870           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2871           <li>Export features raises exception when no features
2872             exist</li>
2873           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2874             for javascript api is modified when separator string
2875             provided as parameter</li>
2876           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2877             alignment with no existing selection</li>
2878           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2879             to applet&#39;s codebase</li>
2880           <li>Status bar not updated after finished searching and
2881             search wraps around to first result</li>
2882           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2883             several Jalview applets causes race conditions and memory
2884             leaks</li>
2885           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2886             not sent from Jmol in applet</li>
2887           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2888             applet API fatally hang browser</li>
2889         </ul> <em>General</em>
2890         <ul>
2891           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2892             position with wrapped view and hidden regions</li>
2893           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2894             with/without hidden columns</li>
2895           <li>Sequence length given in alignment properties window
2896             is off by 1</li>
2897           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2898             import PDB like structure files</li>
2899           <li>Positional search results are only highlighted
2900             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2901           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2902           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2903             given sequence position</li>
2904           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2905             output</li>
2906           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2907             from nucleotide chains correctly</li>
2908           <li>Structure colours not updated when tree partition
2909             changed in alignment</li>
2910           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2911             parsed in interleaved stockholm</li>
2912           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2913             state</li>
2914           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2915             properly</li>
2916           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2917             properly associated with their pdb files</li>
2918         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2919         <ul>
2920           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2921             ApplyCopyright tool</li>
2922         </ul></td>
2923     </tr>
2924     <tr>
2925       <td>
2926         <div align="center">
2927           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2928         </div>
2929       </td>
2930       <td><em>Application</em>
2931         <ul>
2932           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2933             contact web services</li>
2934           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2935             service job window</li>
2936           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2937         </ul></td>
2938       <td>
2939         <ul>
2940           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2941             pir file emitted by Jalview</li>
2942           <li>Existing feature settings transferred to new
2943             alignment view created from cut'n'paste</li>
2944           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2945             parsing PDB files</li>
2946           <li>Consensus and conservation annotation rows
2947             occasionally become blank for all new windows</li>
2948           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2949             in wrapped view mode</li>
2950         </ul> <em>Application</em>
2951         <ul>
2952           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2953             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2954           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2955             parameter names</li>
2956           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2957             is down</li>
2958         </ul>
2959       </td>
2960     </tr>
2961     <tr>
2962       <td>
2963         <div align="center">
2964           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2965         </div>
2966       </td>
2967       <td><em>Application</em>
2968         <ul>
2969           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2970             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2971             (JABAWS)
2972           </li>
2973           <li>Web Services preference tab</li>
2974           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2975             preferences</li>
2976           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2977           <li>Superpose structures using associated sequence
2978             alignment</li>
2979           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2980             viewer</li>
2981         </ul> <em>Applet</em>
2982         <ul>
2983           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2984             link out mechanism</li>
2985         </ul> <em>Other</em>
2986         <ul>
2987           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2988             series 12</li>
2989           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2990             require Java 1.5</li>
2991           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2992             sequence annotation files</li>
2993           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2994             type colour specification</li>
2995           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2996             script to check if it being run in an interactive session or
2997             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2998         </ul></td>
2999       <td>
3000         <ul>
3001           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3002             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3003         </ul> <em>Application</em>
3004         <ul>
3005           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3006             selected Regions menu item</li>
3007           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3008             part of a valid accession ID</li>
3009           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3010             runs out of memory</li>
3011           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3012             analysis results</li>
3013           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3014             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3015           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3016         </ul> <em>Applet</em>
3017         <ul>
3018           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3019             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3020             defined.</li>
3021         </ul>
3022       </td>
3023     </tr>
3024     <tr>
3025       <td>
3026         <div align="center">
3027           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3028         </div>
3029       </td>
3030       <td></td>
3031       <td>
3032         <ul>
3033           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3034             sequence IDs</li>
3035           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3036             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3037           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3038             import correctly</li>
3039           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3040             number of columns are hidden</li>
3041           <li>annotation label popup menu not providing correct
3042             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3043             present</li>
3044           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3045             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3046           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3047             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3048
3049         </ul> <em>Applet</em>
3050         <ul>
3051           <li>annotation panel disappears when annotation is
3052             hidden/removed</li>
3053         </ul> <em>Application</em>
3054         <ul>
3055           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3056             alignment opened where annotation panel is visible but no
3057             annotations are present on alignment</li>
3058           <li>pasted region containing hidden columns is
3059             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3060           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3061             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3062           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3063             selected Rregions menu item.</li>
3064           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3065             'Un' or 'Non'conserved</li>
3066           <li>Sequence feature settings are being shared by
3067             multiple distinct alignments</li>
3068           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3069             changed</li>
3070           <li>double click on group annotation to select sequences
3071             does not propagate to associated trees</li>
3072           <li>Mac OSX specific issues:
3073             <ul>
3074               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3075                 window background</li>
3076               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3077                 name set correctly</li>
3078               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3079                 save feature colourscheme button</li>
3080             </ul>
3081           </li>
3082         </ul>
3083       </td>
3084     </tr>
3085     <tr>
3086
3087       <td>
3088         <div align="center">
3089           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3090         </div>
3091       </td>
3092       <td><em>New Capabilities</em>
3093         <ul>
3094           <li>URL links generated from description line for
3095             regular-expression based URL links (applet and application)
3096
3097           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3098             menu</li>
3099           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3100             structures</li>
3101           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3102             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3103           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3104             average score or total feature count for each sequence.</li>
3105           <li>Shading features by score or associated description</li>
3106           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3107             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3108           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3109             hide everything but the currently selected region.</li>
3110           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3111         </ul> <em>Application</em>
3112         <ul>
3113           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3114             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3115           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3116             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3117           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3118             database references and protein_name is parsed as
3119             description line (BioSapiens terms).</li>
3120           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3121             references in sequence ID tooltip from View menu in
3122             application.</li>
3123           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3124       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3125           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3126             conservation plots</li>
3127           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3128             and visualized as sequence logos</li>
3129           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3130             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3131           </li>
3132           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3133             when a new tree is opened.</li>
3134           <li>Jalview Java Console</li>
3135           <li>Better placement of desktop window when moving
3136             between different screens.</li>
3137           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3138             consensus annotation</li>
3139           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3140             Workflows</li>
3141           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3142             <ul>
3143               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3144                 used to preserve views, structures, and tree display
3145                 settings)</li>
3146               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3147                 command line</li>
3148               <li>Sharing of selected regions between views and
3149                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3150               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3151             </ul></li>
3152         </ul> <em>Applet</em>
3153         <ul>
3154           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3155           <li>New Parameters
3156             <ul>
3157               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3158                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3159                 opened.</li>
3160               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3161                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3162               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3163                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3164               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3165                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3166                 view</li>
3167               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3168                 increase the height or width of a cell in the alignment
3169                 grid relative to the current font size.</li>
3170             </ul>
3171           </li>
3172           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3173             tooltip</li>
3174         </ul> <em>Other</em>
3175         <ul>
3176           <li>Features format: graduated colour definitions and
3177             specification of feature scores</li>
3178           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3179             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3180             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3181           <li>XML formats extended to support graduated feature
3182             colourschemes, group associated annotation, and profile
3183             visualization settings.</li></td>
3184       <td>
3185         <ul>
3186           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3187             rather than description</li>
3188           <li>Non-positional features are now included in sequence
3189             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3190             visibility in tooltip).</li>
3191           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3192           <li>Added URL embedding instructions to features file
3193             documentation.</li>
3194           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3195             'X' in peptide product</li>
3196           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3197             sequence ID and sequence string and query strings do not
3198             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3199           <li>AMSA files only contain first column of
3200             multi-character column annotation labels</li>
3201           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3202             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3203             exported and re-imported)</li>
3204           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3205             name</li>
3206           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3207             as subsequence matches, and correctly reports total number
3208             of both.</li>
3209           <li>Application:
3210             <ul>
3211               <li>Better handling of exceptions during sequence
3212                 retrieval</li>
3213               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3214                 link text excludes the start_end suffix</li>
3215               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3216                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3217               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3218               <li>Sequence description lines properly shared via
3219                 VAMSAS</li>
3220               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3221                 data sources</li>
3222               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3223                 completes before alignment figures are generated.</li>
3224               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3225                 first time.</li>
3226               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3227                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3228               <li>User defined group colours properly recovered
3229                 from Jalview projects.</li>
3230             </ul>
3231           </li>
3232         </ul>
3233       </td>
3234
3235     </tr>
3236     <tr>
3237       <td>
3238         <div align="center">
3239           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3240         </div>
3241       </td>
3242       <td>
3243         <ul>
3244           <li>Experimental support for google analytics usage
3245             tracking.</li>
3246           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3247         </ul>
3248       </td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>Race condition in applet preventing startup in
3252             jre1.6.0u12+.</li>
3253           <li>Exception when feature created from selection beyond
3254             length of sequence.</li>
3255           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3256           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3257             all sequences with a given id</li>
3258           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3259             ID string searches</li>
3260           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3261             alignment to fail with exception</li>
3262         </ul> <em>Application Issues</em>
3263         <ul>
3264           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3265           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3266             data sources</li>
3267         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3268         <ul>
3269           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3270             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3271           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3272             version (java class versioning error fixed)</li>
3273         </ul>
3274       </td>
3275     </tr>
3276     <tr>
3277       <td>
3278
3279         <div align="center">
3280           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3281         </div>
3282       </td>
3283       <td><em>User Interface</em>
3284         <ul>
3285           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3286             translation and protein products</li>
3287           <li>Linked highlighting of structure associated with
3288             residue mapping to codon position</li>
3289           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3290             and 'clear' button</li>
3291           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3292             Tools menu</li>
3293           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3294             numeric data in description line</li>
3295           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3296           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3297             of sequence</li>
3298         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3299         <ul>
3300           <li>JPred3 web service</li>
3301           <li>Prototype sequence search client (no public services
3302             available yet)</li>
3303           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3304             PFAM</li>
3305           <li>URL Links created for matching database cross
3306             references as well as sequence ID</li>
3307           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3308         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3309         <ul>
3310           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3311             databases</li>
3312           <li>Generalised database reference retrieval and
3313             validation to all fetchable databases</li>
3314           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3315             sequence command</li>
3316         </ul> <em>Import and Export</em>
3317         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3318         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3319           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3320         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3321           File</li>
3322         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3323           triplet as name of colourscheme</li>
3324         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3325         <ul>
3326           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3327           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3328             alignments (experimental)</li>
3329           <li>Create new or select existing session to join</li>
3330           <li>load and save of vamsas documents</li>
3331         </ul> <em>Application command line</em>
3332         <ul>
3333           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3334             from applet)</li>
3335           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3336             of DAS servers to query for alignment features</li>
3337           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3338             that are also automatically queried for features</li>
3339           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3340             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3341         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3342         <ul>
3343           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3344             application (when using &quot;View in full
3345             application&quot;)</li>
3346         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3347         <ul>
3348           <li>feature group display control parameter</li>
3349           <li>debug parameter</li>
3350           <li>showbutton parameter</li>
3351         </ul> <em>Applet API methods</em>
3352         <ul>
3353           <li>newView public method</li>
3354           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3355           <li>Feature display control methods</li>
3356           <li>get list of currently selected sequences</li>
3357         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3358         <ul>
3359           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3360           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3361             Jalview release.</li>
3362           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3363             property controls execution of obfuscator</li>
3364           <li>Build target for generating source distribution</li>
3365           <li>Debug flag for javacc</li>
3366           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3367             jalview.bin.Cache</li>
3368           <li>Continuous Build Integration for stable and
3369             development version of Application, Applet and source
3370             distribution</li>
3371         </ul></td>
3372       <td>
3373         <ul>
3374           <li>selected region output includes visible annotations
3375             (for certain formats)</li>
3376           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3377             for editing</li>
3378           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3379           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3380           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3381           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3382             comments</li>
3383           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3384             filenames containing a ':'</li>
3385           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3386             global sequence features</li>
3387           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3388             references from alignment sequences goes to zero</li>
3389           <li>Close of tree branch colour box without colour
3390             selection causes cascading exceptions</li>
3391           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3392           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3393             file parsing fails.</li>
3394           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3395           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3396             not a valid output format</li>
3397           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3398             vamsas</li>
3399           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3400           <li>error messages passed up and output when data read
3401             fails</li>
3402           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3403             sequence is edited</li>
3404           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3405             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3406           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3407             filetype</li>
3408           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3409             import fixed for PFAM records</li>
3410           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3411             window list</li>
3412           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3413             can be read and written correctly to annotation file</li>
3414           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3415             correctly</li>
3416           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3417             non-italic font for representatives in Applet</li>
3418           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3419             Macs.</li>
3420           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3421             Applet)</li>
3422           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3423             due to null pointer exceptions</li>
3424           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3425             first column of alignment</li>
3426           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3427             July 2008</li>
3428           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3429             file is case-insensitive</li>
3430           <li>Sequence features read from Features file appended to
3431             all sequences with matching IDs</li>
3432           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3433             containing a sub-sequence</li>
3434           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3435           <li>feature and annotation file applet parameters
3436             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3437           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3438           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3439             splash-screen version check to complete</li>
3440           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3441             when passing them to the launchApp service</li>
3442           <li>display name and local features preserved in results
3443             retrieved from web service</li>
3444           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3445             sequence fetcher initialisation</li>
3446           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3447             dasobert DAS client</li>
3448           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3449             association</li>
3450           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3451             sequences
3452           </li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455     </tr>
3456     <tr>
3457       <td>
3458         <div align="center">
3459           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3460         </div>
3461       </td>
3462       <td>
3463         <ul>
3464           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3465           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3466           <li>Slide sequences</li>
3467           <li>Edit sequence in place</li>
3468           <li>EMBL CDS features</li>
3469           <li>DAS Feature mapping</li>
3470           <li>Feature ordering</li>
3471           <li>Alignment Properties</li>
3472           <li>Annotation Scores</li>
3473           <li>Sort by scores</li>
3474           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477       <td>
3478         <ul>
3479           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3480           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3481           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3482           <li>Feature group display state in XML</li>
3483           <li>Feature ordering in XML</li>
3484           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3485           <li>Stockholm alignment properties</li>
3486           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3487           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3488           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3489           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3490         </ul>
3491       </td>
3492
3493     </tr>
3494     <tr>
3495       <td>
3496         <div align="center">
3497           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3498         </div>
3499       </td>
3500       <td>
3501         <ul>
3502           <li>Non standard characters can be read and displayed
3503           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3504             applet via textbox
3505           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3506             name &amp; description
3507           <li>Preference setting to display sequence name in
3508             italics
3509           <li>Annotation file format extended to allow
3510             Sequence_groups to be defined
3511           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3512             specified in preferences
3513           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3514             sequences
3515         </ul>
3516       </td>
3517       <td>
3518         <ul>
3519           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3520             installed
3521           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3522           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3523         </ul>
3524       </td>
3525     </tr>
3526     <tr>
3527       <td>
3528         <div align="center">
3529           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3530         </div>
3531       </td>
3532       <td>
3533         <ul>
3534           <li>Multiple views on alignment
3535           <li>Sequence feature editing
3536           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3537           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3538           <li>Background dependent text colour
3539           <li>Right align sequence ids
3540           <li>User-defined lower case residue colours
3541           <li>Format Menu
3542           <li>Select Menu
3543           <li>Menu item accelerator keys
3544           <li>Control-V pastes to current alignment
3545           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3546           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3547           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3548
3549           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3550         </ul>
3551       </td>
3552       <td>
3553         <ul>
3554           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3555           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3556             calculations
3557           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3558             edits
3559           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3560             of alignment)
3561           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3562
3563           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3564             display correctly
3565           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3566           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3567             analysis results
3568           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3569             &#8739;
3570           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3571           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3572           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3573
3574         </ul>
3575       </td>
3576     </tr>
3577     <tr>
3578       <td>
3579         <div align="center">
3580           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3581         </div>
3582       </td>
3583       <td>
3584         <ul>
3585           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3586         </ul>
3587       </td>
3588       <td>
3589         <ul>
3590           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3591             sequence id panel has been resized</li>
3592           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3593             rendered</li>
3594           <li>Annotation files with sequence references - all
3595             elements in file are relative to sequence position</li>
3596           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3597         </ul>
3598       </td>
3599     </tr>
3600     <tr>
3601       <td>
3602         <div align="center">
3603           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3604         </div>
3605       </td>
3606       <td>
3607         <ul>
3608           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3609           <li>DAS Feature fetching</li>
3610           <li>Hide sequences and columns</li>
3611           <li>Export Annotations and Features</li>
3612           <li>GFF file reading / writing</li>
3613           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3614             files</li>
3615           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3616           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3617           <li>Applet can launch the full application</li>
3618           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3619             required)</li>
3620           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3621           <li>Applet can load sequences from parameter
3622             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3623           </li>
3624         </ul>
3625       </td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3629           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3630           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3631         </ul>
3632       </td>
3633     </tr>
3634     <tr>
3635       <td>
3636         <div align="center">
3637           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3638         </div>
3639       </td>
3640       <td>
3641         <ul>
3642           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3643           <li>Choose to match case when searching</li>
3644           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3645             expand the visible width and height of the alignment</li>
3646         </ul>
3647       </td>
3648       <td>
3649         <ul>
3650           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3651         </ul>
3652       </td>
3653     </tr>
3654     <tr>
3655       <td>
3656         <div align="center">
3657           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3658         </div>
3659       </td>
3660       <td>&nbsp;</td>
3661       <td>
3662         <ul>
3663           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3664           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3665             value</li>
3666         </ul>
3667       </td>
3668     </tr>
3669     <tr>
3670       <td>
3671         <div align="center">
3672           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3673         </div>
3674       </td>
3675       <td>
3676         <ul>
3677           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3678           <li>Keyboard editing</li>
3679           <li>Create sequence features from searches</li>
3680           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3681             alignments</li>
3682           <li>Features file allows grouping of features</li>
3683           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3684           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3685           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3686         </ul>
3687       </td>
3688       <td>
3689         <ul>
3690           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3691           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3692             descriptions saved.</li>
3693         </ul>
3694       </td>
3695     </tr>
3696     <tr>
3697       <td>
3698         <div align="center">
3699           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3700         </div>
3701       </td>
3702       <td>
3703         <ul>
3704           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3705           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3706           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3707             name for file output</li>
3708           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3709           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3710             used for HTML form input</li>
3711         </ul>
3712       </td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>HTML output writes groups and features</li>
3716           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3717           <li>File IO bugs</li>
3718         </ul>
3719       </td>
3720     </tr>
3721     <tr>
3722       <td>
3723         <div align="center">
3724           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3725         </div>
3726       </td>
3727       <td>
3728         <ul>
3729           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3730           <li>More options for PCA viewer</li>
3731         </ul>
3732       </td>
3733       <td>
3734         <ul>
3735           <li>GUI bugs resolved</li>
3736           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3737         </ul>
3738       </td>
3739     </tr>
3740     <tr>
3741       <td height="63">
3742         <div align="center">
3743           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3744         </div>
3745       </td>
3746       <td>
3747         <ul>
3748           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3749           <li>Jar files are executable</li>
3750           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3751         </ul>
3752       </td>
3753       <td>
3754         <ul>
3755           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3756           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3757           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3758         </ul>
3759       </td>
3760     </tr>
3761     <tr>
3762       <td>
3763         <div align="center">
3764           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3765         </div>
3766       </td>
3767       <td>
3768         <ul>
3769           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772       <td>
3773         <ul>
3774           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3775         </ul>
3776       </td>
3777     </tr>
3778     <tr>
3779       <td>
3780         <div align="center">
3781           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3782         </div>
3783       </td>
3784       <td>
3785         <ul>
3786           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3787             size</li>
3788         </ul>
3789       </td>
3790       <td>
3791         <ul>
3792           <li>Improved JPred client reliability</li>
3793           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3794         </ul>
3795       </td>
3796     </tr>
3797     <tr>
3798       <td>
3799         <div align="center">
3800           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3801         </div>
3802       </td>
3803       <td>
3804         <ul>
3805           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3806           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3807           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3808             to Colour Menu</li>
3809           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3810           <li>Unix users can set default web browser</li>
3811           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3812           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3813         </ul>
3814       </td>
3815       <td>
3816         <ul>
3817           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3818         </ul>
3819       </td>
3820     </tr>
3821     <tr>
3822       <td>
3823         <div align="center">
3824           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3825         </div>
3826       </td>
3827       <td>&nbsp;</td>
3828       <td>
3829         <ul>
3830           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3831             alignment order.</li>
3832         </ul>
3833       </td>
3834     </tr>
3835     <tr>
3836       <td>
3837         <div align="center">
3838           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3839         </div>
3840       </td>
3841       <td>
3842         <ul>
3843           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3844           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3845           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3846             annotations.</li>
3847           <li>Version and build date written to build properties
3848             file.</li>
3849           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3850             at launch of Jalview.</li>
3851         </ul>
3852       </td>
3853       <td>
3854         <ul>
3855           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3856           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3857           <li>Can remove groups one by one.</li>
3858           <li>Filechooser icons installed.</li>
3859           <li>Finder ignores return character when searching.
3860             Return key will initiate a search.<br>
3861           </li>
3862         </ul>
3863       </td>
3864     </tr>
3865     <tr>
3866       <td>
3867         <div align="center">
3868           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3869         </div>
3870       </td>
3871       <td>
3872         <ul>
3873           <li>New codebase</li>
3874         </ul>
3875       </td>
3876       <td>&nbsp;</td>
3877     </tr>
3878   </table>
3879   <p>&nbsp;</p>
3880 </body>
3881 </html>