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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           </ul>
  83           <em>Application</em>
  84           <ul>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2447 -->
  87               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
  88               menu to hide or show untested features in the application.
  89             </li>
  90             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
  91           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  92           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  93
  94           </ul>
  95           <em>Experimental features</em>
  96           <ul>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
  99               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 100               features, and vice-versa.
 101             </li>
 102           </ul>
 103           <em>Applet</em>
 104           <ul>
 105           <li><!--  --></li>
 106           </ul>
 107           <em>Test Suite</em>
 108           <ul><li><!-- JAL-2314, -->Test suite expanded and debugged (over 940 functional unit tests, only 3 failing due to ongoing work!)</li>
 109           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 110           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 111           <li><!--  -->
 112           </ul>
 113           </div></td><td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 118               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 119               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 123               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 124               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 125               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 126               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 127               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 128               Jalview's PCAs were different to those produced by
 129               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 130               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 131               behaviour<br />
 132               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 133               2.10.1 mode<br />
 134               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 135               restore 2.10.2 mode
 136             </li>
 137             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 138           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 139           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 140           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 141           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 142           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 143           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 144           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 145           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 146           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 147           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 148           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 149           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 150           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 151           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 152           </ul>
 153           <em>Application</em>
 154           <ul>
 155           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 156           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 157           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 158           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 159           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 160           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 161           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 162           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 163           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 164           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 165           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 166
 167           </ul>
 168           <em>Applet</em>
 169           <ul>
 170           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 171           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 172           </ul>
 173           <em>New Known Issues</em>
 174           <ul>
 175           <li></li>
 176           </ul>
 177
 178           </div>
 179     <tr>
 180       <td width="60" nowrap>
 181         <div align="center">
 182           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 183             <em>29/11/2016</em></strong>
 184         </div>
 185       </td>
 186       <td><div align="left">
 187           <em>General</em>
 188           <ul>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 191               for all consensus calculations
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 195             </li>
 196             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 197               for 2016-2017</li>
 198           </ul>
 199           <em>Application</em>
 200           <ul>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 203               set of database cross-references, sorted alphabetically
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 207               from database cross references. Users with custom links
 208               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 209                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 213               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 214               Chimera session
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 218               the Chimera it is connected to is shut down
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 222               columns menu item to mark columns containing
 223               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 224               of a Find operation)
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 228               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 229               MSAviewer
 230             </li>
 231           </ul>
 232         </div></td>
 233       <td>
 234         <div align="left">
 235           <em>General</em>
 236           <ul>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 239               are not coloured or thresholded according to percent
 240               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 244               hydrophobic
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 248               threshold, amino acid properties)
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 252               reported as mapped to residues in a structure file in the
 253               View Mapping report
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 257               could be added multiple times to a sequence
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 261               bond features shown as two highlighted residues rather
 262               than a range in linked structure views, and treated
 263               correctly when selecting and computing trees from features
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 267               cross-references are matched to database name regardless
 268               of case
 269             </li>
 270
 271           </ul>
 272           <em>Application</em>
 273           <ul>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 276               names without regular expressions also offer links from
 277               Sequence ID
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 281               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 282               update Jalview configuration
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 286               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 290               files with similarly named sequences if dropped onto the
 291               alignment
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 295               entries where more chains exist in the PDB accession than
 296               are reported in the SIFTS file
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 300               the structure view when displayed with Chimera
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 304               panel's View->Show Chains submenu
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 308               work for wrapped alignment views
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 312               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 316               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 317               first annotation row
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 321               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 322             </li>
 323             <li>
 324             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 325             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 326           </ul>
 327 <!--           <em>New Known Issues</em>
 328           <ul>
 329             <li></li>
 330           </ul> -->
 331         </div>
 332       </td>
 333     </tr>
 334       <td width="60" nowrap>
 335         <div align="center">
 336           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 337             <em>25/10/2016</em></strong>
 338         </div>
 339       </td>
 340       <td><em>Application</em>
 341         <ul>
 342           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 343             view if structures already loaded</li>
 344           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 345             structure views</li>
 346         </ul></td>
 347       <td>
 348         <div align="left">
 349           <em>General</em>
 350           <ul>
 351             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 352               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 353             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 354               example sequences/projects/trees</li>
 355           </ul>
 356           <em>Application</em>
 357           <ul>
 358             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 359               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 360             <li>Multiple structure views can be opened and
 361               superposed without timeout for structures with multiple
 362               models or multiple sequences in alignment</li>
 363             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 364               a PDB ID HEADER line</li>
 365             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 366               superposition is performed</li>
 367             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 368               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 369             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 370             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 371               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 372               Refs UI option</li>
 373             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 374               view is created on the alignment</li>
 375             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 376               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 377               to open group pop-up menu</li>
 378           </ul>
 379           <em>Build and deployment</em>
 380           <ul>
 381             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 382               tags</li>
 383           </ul>
 384           <em>New Known Issues</em>
 385           <ul>
 386             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 387               work on Windows</li>
 388           </ul>
 389         </div>
 390       </td>
 391     </tr>
 392     <tr>
 393       <td width="60" nowrap>
 394         <div align="center">
 395           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 396         </div>
 397       </td>
 398       <td><em>General</em>
 399         <ul>
 400           <li>
 401           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 405             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 406             better PDB parsing.
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 410             reference sequence
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 414             mousing over sequence associated annotation
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 418             for manual entry
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 422             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 423             for each column
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 427             showing or hiding columns containing a feature
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 431             group and sequence associated annotation labels
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 435             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 436             dialogs
 437           </li>
 438
 439         </ul> <em>Application</em>
 440         <ul>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 443             gene/transcript view
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 447             dialog
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 451             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 455             Pfam sources to xfam.org
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 462             over sequences in Jalview
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 466             regions in ENA and EMBL
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 470             for record retrieval via ENA rest API
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 474             complement operator
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 478             groovy script execution
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 482             alignment window's Calculate menu
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 486             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 490             calculation workers from groovy scripts
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 494             Jalview projects
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 498             associations are now saved/restored from project
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 502             before sequence fetcher is opened
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 506             database chooser opens a sequence fetcher
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 510             the UniProt REST API
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 514             the news reader opening
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 518             querying stored in preferences
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 522             search results
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 529             menu for nucleotide sequences
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 533             and feature counts preserves alignment ordering (and
 534             debugged for complex feature sets).
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 538             viewing structures with Jalview 2.10
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 542             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 543             Ensembl Genomes REST API
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 547             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 548             (Ensembl)
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 552             sequences
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 556             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 557             data from external database records.
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 561             efficient recovery of sequence coding and alignment
 562             annotation relationships.
 563           </li>
 564         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 565         <ul>
 566           <li>
 567             -- JAL---
 568           </li>
 569         </ul> --></td>
 570       <td>
 571         <div align="left">
 572           <em>General</em>
 573           <ul>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 576               menu on OSX
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 580               includes graduated colourschemes
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 584               working with big alignments and lots of hidden columns
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 588               at right of alignment window
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 592               contents
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 596               for DNA alignments
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 600               based tree calculation
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 604               unconserved enabled for group on alignment
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 608               set as reference
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 612               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 613               annotation
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 617               hidden columns present
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 621               user created annotation added to alignment
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 625               '()' base pair annotation
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 629               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 630               Consensus
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 634               feature not working
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 638               beginning of sequence
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 642               entry 3a6s
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 646               from a tree when t-coffee scores are shown
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 650               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 654               some structures
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 658               to Clustal, PIR and PileUp output
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 662               not visible causes alignment window to repaint
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 666               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 667               scores associated with features and annotation rows
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 671               calculation should be case independent
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 675               columns
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 679               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 680               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 684               problems when reference sequence defined and 'show
 685               non-conserved' enabled
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 689               load even when Consensus calculation is disabled
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 693               alignment does nothing
 694             </li>
 695           </ul>
 696           <em>Application</em>
 697           <ul>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 700               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 701               yet fixed for El Capitan)
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 705               output when running on non-gb/us i18n platforms
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 709               hidden sequences as flat-file alignment
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 713               launching Chimera
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 717               (also hotfix for 2.9.0b2)
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 721               reference sequence defined
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 725               alignments and views when revealing hidden columns
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 729               view in a cDNA/Protein splitframe
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 733               sequence from project when only one sequence is
 734               represented
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 738               in Structure Chooser
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 742               structure consensus didn't refresh annotation panel
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 746               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 750               dialogs format columns correctly, don't display array
 751               data, sort columns according to type
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 755               file chooser is cancelled during an image export
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 759               sequence name containing special characters
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 763               case insensitive
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 767               formatting don't wrap
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 771               truncated so L looks like I in consensus annotation
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 775               currently displayed features for the current selection or
 776               view
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 780               after fetching cross-references, and restoring from project
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 784               followed in the structure viewer
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 788               splitframe not restored from project
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 792               trailing end of protein alignment in transcript/product
 793               splitview when pad-gaps not enabled by default
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 797               is case dependent
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 801               article has been read (reopened issue due to
 802               internationalisation problems)
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 806               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 807               cross-references
 808             </li>
 809
 810             <li>
 811               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 812               alignment as HTML
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 816               multiple structures are shown for one or more sequences.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 820               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 821               is enabled.
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 825               specific PDB id for sequence
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 829               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 830               columns' is disabled.
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 834               selects lowest rather than highest resolution structures
 835               for each sequence
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 839               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 843               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 844             </li>
 845             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 846               after clicking on it to create new annotation for a
 847               column.
 848             </li>
 849             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 850             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 851           </ul>
 852           <em>Applet</em>
 853           <ul>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 856               hidden columns present before start of sequence
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 860               (JSON jars)
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 864               sequences are hidden in applet
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 868               deployment on examples pages.
 869             </li>
 870           </ul>
 871         </div>
 872       </td>
 873     </tr>
 874     <tr>
 875       <td width="60" nowrap>
 876         <div align="center">
 877           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 878             <em>16/10/2015</em></strong>
 879         </div>
 880       </td>
 881       <td><em>General</em>
 882         <ul>
 883           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 884             jars</li>
 885         </ul></td>
 886       <td>
 887         <div align="left">
 888           <em>Application</em>
 889           <ul>
 890             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 891               shown when tree is partitioned</li>
 892             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 893               multiple cDNA/Protein split views</li>
 894           </ul>
 895         </div>
 896       </td>
 897     </tr>
 898     <tr>
 899       <td width="60" nowrap>
 900         <div align="center">
 901           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 902             <em>8/10/2015</em></strong>
 903         </div>
 904       </td>
 905       <td><em>General</em>
 906         <ul>
 907           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 908             2.9</li>
 909         </ul> <em>Application</em>
 910         <ul>
 911           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 912           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 913           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 914         </ul> <em>Applet</em>
 915         <ul>
 916           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 917         </ul><em>Build and Deployment</em>
 918         <ul>
 919           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 920         </ul></td>
 921       <td>
 922         <div align="left">
 923           <em>General</em>
 924           <ul>
 925             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 926               incorrect when sequence start > 1</li>
 927             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 928               documentation</li>
 929             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 930             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 931               loading a features file containing HTML tags in feature
 932               description</li>
 933
 934           </ul>
 935           <em>Application</em>
 936           <ul>
 937             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 938               reimport</li>
 939             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 940               with 'trim retrieved sequences'</li>
 941             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 942               deleting selected columns</li>
 943             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 944               JNLP templates for webstart launch</li>
 945             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 946               unreleased structures for download or viewing</li>
 947             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 948               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 949             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 950               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 951             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 952               recovered from jalview project</li>
 953             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 954               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 955               alignment view</li>
 956             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 957               color schemes from BioJSON</li>
 958           </ul>
 959           <em>Applet</em>
 960           <ul>
 961             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 962               frame</li>
 963             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 964           </ul>
 965         </div>
 966       </td>
 967     </tr>
 968     <tr>
 969       <td><div align="center">
 970           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 971         </div></td>
 972       <td><em>General</em>
 973         <ul>
 974           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 975             alignments:
 976             <ul>
 977               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 978                 and DNA alignment views</li>
 979               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 980                 cDNA alignment views</li>
 981               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 982                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 983               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 984                 protein sequences</li>
 985             </ul>
 986           </li>
 987           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 988           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 989             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 990           <li>New alignment annotation file statements for
 991             reference sequences and marking hidden columns</li>
 992           <li>Reference sequence based alignment shading to
 993             highlight variation</li>
 994           <li>Select or hide columns according to alignment
 995             annotation</li>
 996           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 997           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 998             acid conservation row</li>
 999           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1000         </ul> <em>Application</em>
1001         <ul>
1002           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1003             <ul>
1004               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1005                 view with cDNA/Protein</li>
1006               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1007                 sequences are placed in the same alignment</li>
1008               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1009                 projects</li>
1010             </ul>
1011           </li>
1012
1013           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1014           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1015             Jalview windows</li>
1016
1017           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1018           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1019           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1020             be shown in VARNA</li>
1021
1022           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1023             as the active selected region</li>
1024
1025           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1026             similarity</li>
1027           <li>New Export options
1028             <ul>
1029               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1030                 region export in flat file generation</li>
1031
1032               <li>Export alignment views for display with the <a
1033                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1034
1035               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1036               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1037                 alignment figures to HTML</li>
1038           </li>
1039           <li>3D structure retrieval and display
1040             <ul>
1041               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1042                 Search API</li>
1043               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1044                 PDB structures for a sequence set</li>
1045             </ul>
1046           </li>
1047
1048           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1049             predictions</li>
1050           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1051             for one or a group of sequences</li>
1052           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1053             from the JPred4 web server</li>
1054           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1055             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1056             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1057           </li>
1058           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1059             VARNA 2D Structure'</li>
1060           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1061             Structure ..."</li>
1062
1063         </ul> <em>Applet</em>
1064         <ul>
1065           <li>New layout for applet example pages</li>
1066           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1067             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1068           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1069             Protein alignments</li>
1070         </ul> <em>Development and deployment</em>
1071         <ul>
1072           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1073           <li>Include installation type and git revision in build
1074             properties and console log output</li>
1075           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1076             storing BioJsMSA Templates</li>
1077           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1078         </ul></td>
1079       <td>
1080         <!-- <em>General</em>
1081         <ul>
1082         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1083         <ul>
1084           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1085           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1086           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1087             predictions are not highlighted in amber</li>
1088           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1089             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1090           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1091             associated structure views</li>
1092           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1093             width checkbox not enabled</li>
1094           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1095             creating user defined colours</li>
1096           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1097             mappings for just that viewer's sequences</li>
1098           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1099             multiple models in Chimera</li>
1100           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1101             over Jmol structure</li>
1102           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1103             output to text box</li>
1104           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1105             have incorrect sequence start/end</li>
1106           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1107             Jalview fails</li>
1108           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1109             work for nucleotide</li>
1110           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1111             to a grey/invisible alignment window</li>
1112           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1113             imports to different position</li>
1114           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1115             on some platforms</li>
1116           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1117             populated</li>
1118           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1119             console if Chimera has been opened</li>
1120           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1121           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1122             retrieved</li>
1123           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1124           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1125             either sequence shows on first structure</li>
1126           <li>'Show annotations' options should not make
1127             non-positional annotations visible</li>
1128           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1129             in right place after 'view flanking regions'</li>
1130           <li>File Save As type unset when current file format is
1131             unknown</li>
1132           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1133             projects</li>
1134           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1135             responsive</li>
1136           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1137             several views on same alignment</li>
1138           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1139           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1140             spaces</li>
1141         </ul> <em>Applet</em>
1142         <ul>
1143           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1144           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1145             descriptions containing angle brackets</li>
1146         </ul> <em>General</em>
1147         <ul>
1148           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1149             via jalview annotation file</li>
1150           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1151             with RNA secondary structure</li>
1152           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1153             translation doesn't work.</li>
1154           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1155           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1156             positions</li>
1157           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1158             choosing 1pt font</li>
1159           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1160             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1161             'h'</li>
1162           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1163             new feature</li>
1164           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1165             order dependent</li>
1166           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1167             sequences</li>
1168           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1169         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1170         <ul>
1171           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1172             www.jalview.org</li>
1173         </ul> <em>Application Known issues</em>
1174         <ul>
1175           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1176           <li>Misleading message appears after trying to delete
1177             solid column.</li>
1178           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1179             version launches</li>
1180           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1181             fails with a sequence mismatch</li>
1182           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1183             scrolling alignment to right</li>
1184           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1185             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1186           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1187             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1188           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1189             ultra-high resolution</li>
1190           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1191             quality and conservation</li>
1192           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1193             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1194         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1195         <ul>
1196           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1197           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1198             window is being resized</li>
1199
1200         </ul>
1201       </td>
1202     </tr>
1203     <tr>
1204       <td><div align="center">
1205           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1206         </div></td>
1207       <td><em>General</em>
1208         <ul>
1209           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1210             Certum.PL.</li>
1211           <li>Features and annotation preserved when performing
1212             pairwise alignment</li>
1213           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1214             imported/exported/displayed</li>
1215           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1216             protein secondary structure</li>
1217           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1218               post-hoc with 2.9 release</em>)
1219           </li>
1220
1221         </ul> <em>Application</em>
1222         <ul>
1223           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1224             with 3D structures</li>
1225           <li>Support for parsing RNAML</li>
1226           <li>Annotations menu for layout
1227             <ul>
1228               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1229               <li>place sequence annotation above/below alignment
1230                 annotation</li>
1231             </ul>
1232           <li>Output in Stockholm format</li>
1233           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1234             translation</li>
1235           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1236           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1237             shared between alignments</li>
1238           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1239             Jalview</li>
1240           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1241             all or current selection</li>
1242           <li>disorder and secondary structure predictions
1243             available as dataset annotation</li>
1244           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1245
1246
1247           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1248             alignments from Rfam</li>
1249           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1250
1251           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1252             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1253           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1254           <li>include installation type in build properties and
1255             console log output</li>
1256           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1257             annotation</li>
1258         </ul></td>
1259       <td>
1260         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1261         <ul>
1262           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1263             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1264           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1265             alignment</li>
1266           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1267           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1268           <li>Double click on sequence associated annotation
1269             selects only first column</li>
1270           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1271             leaves shown in tree</li>
1272           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1273             properly</li>
1274           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1275           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1276             screen and buttons not visible</li>
1277           <li>author list isn't updated if already written to
1278             Jalview properties</li>
1279           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1280             from database</li>
1281           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1282           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1283             browser search window</li>
1284           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1285             in feature settings dialog</li>
1286           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1287             desktop</li>
1288           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1289             pass validation</li>
1290           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1291             fit on screen</li>
1292           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1293             tooltip</li>
1294           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1295             defined user preset</li>
1296           <li>MSA web services warns user if they were launched
1297             with invalid input</li>
1298           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1299             Java 8</li>
1300           <li>
1301             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1302             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1303             created
1304           </li>
1305
1306         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1307                                 <ul>
1308                                 </ul> <em>General</em>
1309                                 <ul>
1310                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1311         <ul>
1312           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1313             memory allocation</li>
1314           <li>launchApp service doesn't automatically open
1315             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1316           <li>
1317             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1318             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1319             1.7_055 is available
1320           </li>
1321         </ul> <em>Application Known issues</em>
1322         <ul>
1323           <li>
1324             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1325             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1326             alignment to right
1327           </li>
1328           <li>
1329             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1330             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1331             with large number of ID
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1335             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1336             start/end
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1340             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1341             structure tracks are rearranged
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1345             invalid rna structure positional highlighting does not
1346             highlight position of invalid base pairs
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1350             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1351             project from alignment window file menu
1352           </li>
1353           <li>
1354             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1355             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1356             structures
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1360             colour by RNA Helices not enabled when user created
1361             annotation added to alignment
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1365             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1366           </li>
1367         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1368         <ul>
1369           <li>
1370             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1371             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1375             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1376           </li>
1377
1378           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1379             when selected</li>
1380         </ul>
1381       </td>
1382     </tr>
1383     <tr>
1384       <td><div align="center">
1385           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1386         </div></td>
1387       <td>
1388         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1389         <em>General</em>
1390         <ul>
1391           <li>Internationalisation of user interface (usually
1392             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1393           <li>Define/Undefine group on current selection with
1394             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1395           <li>Improved group creation/removal options in
1396             alignment/sequence Popup menu</li>
1397           <li>Sensible precision for symbol distribution
1398             percentages shown in logo tooltip.</li>
1399           <li>Annotation panel height set according to amount of
1400             annotation when alignment first opened</li>
1401         </ul> <em>Application</em>
1402         <ul>
1403           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1404             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1405           <li>Select columns containing particular features from
1406             Feature Settings dialog</li>
1407           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1408             sequences</li>
1409           <li>Update Jalview project format:
1410             <ul>
1411               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1412               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1413                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1414               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1415                 colouring</li>
1416             </ul>
1417           </li>
1418           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1419             (PAM250)</li>
1420           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1421             flanking regions for an alignment</li>
1422         </ul>
1423       </td>
1424       <td>
1425         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1426         <ul>
1427           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1428             running after job is cancelled</li>
1429           <li>cannot export features from alignments imported from
1430             Jalview/VAMSAS projects</li>
1431           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1432             float values</li>
1433           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1434             have 'display all symbols' flag set</li>
1435           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1436             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1437           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1438             Jalview</li>
1439           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1440             Lion/Webstart</li>
1441           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1442           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1443           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1444             alignment onto desktop</li>
1445           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1446             'extract scores' function</li>
1447           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1448             alignment window</li>
1449           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1450             performing IUPred disorder prediction</li>
1451           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1452             changing 'normalise logo' display setting</li>
1453           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1454             nothing matches query</li>
1455           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1456             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1457           </li>
1458           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1459             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1460           </li>
1461           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1462             Jalview's menu</li>
1463           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1464             'invalid literal/length code'</li>
1465           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1466             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1467           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1468             colourscheme</li>
1469
1470         </ul> <em>Applet</em>
1471         <ul>
1472           <li>Remove group option is shown even when selection is
1473             not a group</li>
1474           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1475             don't affect groups</li>
1476           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1477             colourscheme name</li>
1478           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1479             Annotation panel is not displayed</li>
1480           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1481             embedded windows</li>
1482         </ul> <em>Other</em>
1483         <ul>
1484           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1485             single sequence were not calculated</li>
1486           <li>annotation files that contain only groups imported as
1487             annotation and junk sequences</li>
1488           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1489             recognised as PFAM or BLC</li>
1490           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1491             doesn't affect background (2.8.0b1)
1492           <li></li>
1493           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1494           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1495             trailing gaps</li>
1496           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1497             registered correctly on import</li>
1498           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1499             certain alignments</li>
1500           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1501             existing annotation based 'use original colours'
1502             colourscheme loses original colours setting</li>
1503         </ul>
1504       </td>
1505     </tr>
1506     <tr>
1507       <td><div align="center">
1508           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1509             <em>30/1/2014</em></strong>
1510         </div></td>
1511       <td>
1512         <ul>
1513           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1514             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1515             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1516             open source project).
1517           </li>
1518           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1519           </li>
1520           <li>Output in Stockholm format</li>
1521           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1522           <li>Export/import group and sequence associated line
1523             graph thresholds</li>
1524           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1525             ambiguity codes</li>
1526           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1527             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1528             works</li>
1529           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1530         </ul> <em>Other improvements</em>
1531         <ul>
1532           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1533           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1534             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1535           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1536             files</li>
1537           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1538           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1539             link but no description</li>
1540           <li>Select primary source when selecting authority in
1541             database fetcher GUI</li>
1542           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1543             Jalview</li>
1544           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1545         </ul>
1546       </td>
1547       <td>
1548         <ul>
1549           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1550             displayed</li>
1551           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1552             secondary structure annotation line</li>
1553           <li>Sequence database accessions not imported when
1554             fetching alignments from Rfam</li>
1555           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1556             identical IDs</li>
1557           <li>View all structures does not always superpose
1558             structures</li>
1559           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1560             reflect user or preset settings</li>
1561           <li>Null pointer exceptions for some services without
1562             presets or adjustable parameters</li>
1563           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1564             discover PDB xRefs</li>
1565           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1566             features with DAS</li>
1567           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1568             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1569           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1570             residue follows a gap</li>
1571           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1572             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1573           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1574             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1575           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1576             annotation already exists on alignment</li>
1577           <li>oninit javascript function should be called after
1578             initialisation completes</li>
1579           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1580             alignment window display</li>
1581           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1582           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1583             to annotation file</li>
1584           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1585             groups created</li>
1586           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1587             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1588           <li>Pressing return several times causes Number Format
1589             exceptions in keyboard mode</li>
1590           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1591             correct partitions for input data</li>
1592           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1593           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1594           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1595           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1596             mode</li>
1597           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1598             changes one row&#39;s threshold</li>
1599           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1600             doesn&#39;t open</li>
1601           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1602             quality histograms</li>
1603         </ul>
1604       </td>
1605     </tr>
1606     <tr>
1607       <td><div align="center">
1608           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1609         </div></td>
1610       <td><em>Application</em>
1611         <ul>
1612           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1613             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1614           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1615             preferences</li>
1616           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1617             in Jalview alignment window</li>
1618           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1619             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1620           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1621             RNA and ambiguity codes</li>
1622
1623           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1624           <li>Support fetching and database reference look up
1625             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1626             refs')</li>
1627           <li>Jalview project improvements
1628             <ul>
1629               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1630                 flag for annotation</li>
1631               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1632                 alignment</li>
1633               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1634                 Jalview project</li>
1635
1636             </ul>
1637           </li>
1638           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1639           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1640             running</li>
1641           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1642           <li>visual indication that web service results are still
1643             being retrieved from server</li>
1644           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1645             starts up for first time</li>
1646           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1647             services</li>
1648           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1649             client library</li>
1650           <li>Examples directory and Groovy library included in
1651             InstallAnywhere distribution</li>
1652         </ul> <em>Applet</em>
1653         <ul>
1654           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1655             visualization applet example</li>
1656         </ul> <em>General</em>
1657         <ul>
1658           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1659           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1660             defaults</li>
1661           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1662             calculation</li>
1663           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1664             matrices
1665           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1666             in HTML</li>
1667           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1668             structure contacts</li>
1669           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1670           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1671           <li>Parse sequence associated secondary structure
1672             information in Stockholm files</li>
1673           <li>HTML Export database accessions and annotation
1674             information presented in tooltip for sequences</li>
1675           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1676             style RNA alignment files</li>
1677           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1678             alignment</li>
1679           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1680             shade each sequence according to its associated alignment
1681             annotation</li>
1682           <li>New Jalview Logo</li>
1683         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1684         <ul>
1685           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1686           <li>New Website!</li>
1687         </ul></td>
1688       <td><em>Application</em>
1689         <ul>
1690           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1691             wsdbfetch REST service</li>
1692           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1693           <li>Filetype associations not installed for webstart
1694             launch</li>
1695           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1696             job execution in full once it is complete</li>
1697           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1698             uploaded via ali_file parameter</li>
1699           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1700           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1701           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1702             submitted for prediction</li>
1703           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1704             desktop window</li>
1705           <li>Putting fractional value into integer text box in
1706             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1707           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1708             windows 7</li>
1709           <li>View all structures fails with exception shown in
1710             structure view</li>
1711           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1712             escaped in a platform independent way</li>
1713           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1714             using proxy</li>
1715           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1716             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1717           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1718             failure when java web start temporary file caching is
1719             disabled</li>
1720           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1721             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1722           <li>Errors during processing of command line arguments
1723             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1724           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1725             DAS sources in sequence fetcher</li>
1726           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1727             dialog is shown</li>
1728           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1729           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1730           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1731           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1732             on OSX Mountain Lion</li>
1733           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1734             sequences with alignment annotation are pasted into the
1735             alignment</li>
1736           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1737             when loaded from Jalview project</li>
1738           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1739           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1740             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1741           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1742             associated with all views</li>
1743           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1744             annotation rows to new window</li>
1745         </ul> <em>Applet</em>
1746         <ul>
1747           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1748             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1749           <li>loading features via javascript API automatically
1750             enables feature display</li>
1751           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1752             work</li>
1753         </ul> <em>General</em>
1754         <ul>
1755           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1756           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1757             and then deselected</li>
1758           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1759           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1760             coloured with clustalx</li>
1761           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1762             exceptions and redraw errors</li>
1763           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1764             reconfigured view</li>
1765           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1766             colour</li>
1767           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1768             for lots of labels</li>
1769         </ul>
1770     </tr>
1771     <tr>
1772       <td>
1773         <div align="center">
1774           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1775         </div>
1776       </td>
1777       <td><em>Application</em>
1778         <ul>
1779           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1780           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1781           <li>View/alignment association menu to enable user to
1782             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1783             its colours/correspondences from</li>
1784           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1785           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1786             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1787           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1788           <li>Annotation row column label formatting attributes
1789             stored in project file</li>
1790           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1791             rows preserved in Jalview project file</li>
1792           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1793             saved using Desktop window menu</li>
1794           <li>Visual indication that command line arguments are
1795             still being processed</li>
1796           <li>Groovy script execution from URL</li>
1797           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1798             preferences</li>
1799           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1800             alignment with sequences that have high similarity and
1801             matching IDs</li>
1802           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1803           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1804             structures in same window</li>
1805           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1806           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1807             analysis function in its own submenu</li>
1808         </ul> <em>Applet</em>
1809         <ul>
1810           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1811             groups</li>
1812           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1813           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1814           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1815           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1816           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1817             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1818           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1819           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1820             parameters are treated as such</li>
1821           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1822             <ul>
1823               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1824               <li>Javascript callbacks for
1825                 <ul>
1826                   <li>Applet initialisation</li>
1827                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1828                 </ul>
1829               </li>
1830               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1831                 functions</li>
1832               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1833               <li>javascript structure viewer harness to pass
1834                 messages between Jmol and Jalview when running as
1835                 distinct applets</li>
1836               <li>sortBy method</li>
1837               <li>Set of applet and application examples shipped
1838                 with documentation</li>
1839               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1840                 javascript message exchange</li>
1841             </ul>
1842         </ul> <em>General</em>
1843         <ul>
1844           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1845             multiple alignments</li>
1846           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1847           <li>User configurable link to enable redirects to a
1848             www.Jalview.org mirror</li>
1849           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1850           <li>Configurable newline string when writing alignment
1851             and other flat files</li>
1852           <li>Allow alignment annotation description lines to
1853             contain html tags</li>
1854         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1855         <ul>
1856           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1857             examples</li>
1858           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1859             using a web service before displaying the result in the
1860             Jalview desktop</li>
1861           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1862           <li>Ant target to publish example html files with applet
1863             archive</li>
1864           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1865           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1866         </ul></td>
1867       <td><em>Application</em>
1868         <ul>
1869           <li>User defined colourscheme throws exception when
1870             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1871           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1872             dialog for valid filename/format</li>
1873           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1874           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1875             P37173</li>
1876           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1877             which sequence is to be associated with the file</li>
1878           <li>Find All raises null pointer exception when query
1879             only matches sequence IDs</li>
1880           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1881           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1882             2.4 cannot be loaded</li>
1883           <li>Filetype associations not installed for webstart
1884             launch</li>
1885           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1886             with sequences in different alignments do not get coloured
1887             by their associated sequence</li>
1888           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1889             not preserved when project is loaded</li>
1890           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1891             stored in Jalview project</li>
1892           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1893             Jalview project</li>
1894           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1895           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1896             by conservation</li>
1897           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1898             created on new view</li>
1899           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1900             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1901           <li>Alignment quality not updated after alignment
1902             annotation row is hidden then shown</li>
1903           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1904             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1905           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1906             properly</li>
1907           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1908             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1909           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1910           <li>Structures imported from file and saved in project
1911             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1912           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1913             job execution in full once it is complete</li>
1914         </ul> <em>Applet</em>
1915         <ul>
1916           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1917             annotation rows are displayed</li>
1918           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1919             codebase</li>
1920           <li>View follows highlighting does not work for positions
1921             in sequences</li>
1922           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1923           <li>Export features raises exception when no features
1924             exist</li>
1925           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1926             for javascript api is modified when separator string
1927             provided as parameter</li>
1928           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1929             alignment with no existing selection</li>
1930           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1931             to applet&#39;s codebase</li>
1932           <li>Status bar not updated after finished searching and
1933             search wraps around to first result</li>
1934           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1935             several Jalview applets causes race conditions and memory
1936             leaks</li>
1937           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1938             not sent from Jmol in applet</li>
1939           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1940             applet API fatally hang browser</li>
1941         </ul> <em>General</em>
1942         <ul>
1943           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1944             position with wrapped view and hidden regions</li>
1945           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1946             with/without hidden columns</li>
1947           <li>Sequence length given in alignment properties window
1948             is off by 1</li>
1949           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1950             import PDB like structure files</li>
1951           <li>Positional search results are only highlighted
1952             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1953           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1954           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1955             given sequence position</li>
1956           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1957             output</li>
1958           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1959             from nucleotide chains correctly</li>
1960           <li>Structure colours not updated when tree partition
1961             changed in alignment</li>
1962           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1963             parsed in interleaved stockholm</li>
1964           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1965             state</li>
1966           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1967             properly</li>
1968           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1969             properly associated with their pdb files</li>
1970         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1971         <ul>
1972           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1973             ApplyCopyright tool</li>
1974         </ul></td>
1975     </tr>
1976     <tr>
1977       <td>
1978         <div align="center">
1979           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1980         </div>
1981       </td>
1982       <td><em>Application</em>
1983         <ul>
1984           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1985             contact web services</li>
1986           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1987             service job window</li>
1988           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1989         </ul></td>
1990       <td>
1991         <ul>
1992           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1993             pir file emitted by Jalview</li>
1994           <li>Existing feature settings transferred to new
1995             alignment view created from cut'n'paste</li>
1996           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1997             parsing PDB files</li>
1998           <li>Consensus and conservation annotation rows
1999             occasionally become blank for all new windows</li>
2000           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2001             in wrapped view mode</li>
2002         </ul> <em>Application</em>
2003         <ul>
2004           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2005             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2006           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2007             parameter names</li>
2008           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2009             is down</li>
2010         </ul>
2011       </td>
2012     </tr>
2013     <tr>
2014       <td>
2015         <div align="center">
2016           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2017         </div>
2018       </td>
2019       <td><em>Application</em>
2020         <ul>
2021           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2022             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2023             (JABAWS)
2024           </li>
2025           <li>Web Services preference tab</li>
2026           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2027             preferences</li>
2028           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2029           <li>Superpose structures using associated sequence
2030             alignment</li>
2031           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2032             viewer</li>
2033         </ul> <em>Applet</em>
2034         <ul>
2035           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2036             link out mechanism</li>
2037         </ul> <em>Other</em>
2038         <ul>
2039           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2040             series 12</li>
2041           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2042             require Java 1.5</li>
2043           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2044             sequence annotation files</li>
2045           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2046             type colour specification</li>
2047           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2048             script to check if it being run in an interactive session or
2049             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2050         </ul></td>
2051       <td>
2052         <ul>
2053           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2054             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2055         </ul> <em>Application</em>
2056         <ul>
2057           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2058             selected Regions menu item</li>
2059           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2060             part of a valid accession ID</li>
2061           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2062             runs out of memory</li>
2063           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2064             analysis results</li>
2065           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2066             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2067           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2068         </ul> <em>Applet</em>
2069         <ul>
2070           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2071             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2072             defined.</li>
2073         </ul>
2074       </td>
2075     </tr>
2076     <tr>
2077       <td>
2078         <div align="center">
2079           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2080         </div>
2081       </td>
2082       <td></td>
2083       <td>
2084         <ul>
2085           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2086             sequence IDs</li>
2087           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2088             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2089           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2090             import correctly</li>
2091           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2092             number of columns are hidden</li>
2093           <li>annotation label popup menu not providing correct
2094             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2095             present</li>
2096           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2097             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2098           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2099             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2100
2101         </ul> <em>Applet</em>
2102         <ul>
2103           <li>annotation panel disappears when annotation is
2104             hidden/removed</li>
2105         </ul> <em>Application</em>
2106         <ul>
2107           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2108             alignment opened where annotation panel is visible but no
2109             annotations are present on alignment</li>
2110           <li>pasted region containing hidden columns is
2111             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2112           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2113             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2114           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2115             selected Rregions menu item.</li>
2116           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2117             'Un' or 'Non'conserved</li>
2118           <li>Sequence feature settings are being shared by
2119             multiple distinct alignments</li>
2120           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2121             changed</li>
2122           <li>double click on group annotation to select sequences
2123             does not propagate to associated trees</li>
2124           <li>Mac OSX specific issues:
2125             <ul>
2126               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2127                 window background</li>
2128               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2129                 name set correctly</li>
2130               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2131                 save feature colourscheme button</li>
2132             </ul>
2133           </li>
2134         </ul>
2135       </td>
2136     </tr>
2137     <tr>
2138
2139       <td>
2140         <div align="center">
2141           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2142         </div>
2143       </td>
2144       <td><em>New Capabilities</em>
2145         <ul>
2146           <li>URL links generated from description line for
2147             regular-expression based URL links (applet and application)
2148
2149
2150
2151
2152
2153
2154           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2155             menu</li>
2156           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2157             structures</li>
2158           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2159             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2160           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2161             average score or total feature count for each sequence.</li>
2162           <li>Shading features by score or associated description</li>
2163           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2164             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2165           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2166             hide everything but the currently selected region.</li>
2167           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2168         </ul> <em>Application</em>
2169         <ul>
2170           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2171             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2172           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2173             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2174           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2175             database references and protein_name is parsed as
2176             description line (BioSapiens terms).</li>
2177           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2178             references in sequence ID tooltip from View menu in
2179             application.</li>
2180           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2181                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2182           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2183             conservation plots</li>
2184           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2185             and visualized as sequence logos</li>
2186           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2187             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2188           </li>
2189           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2190             when a new tree is opened.</li>
2191           <li>Jalview Java Console</li>
2192           <li>Better placement of desktop window when moving
2193             between different screens.</li>
2194           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2195             consensus annotation</li>
2196           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2197             Workflows</li>
2198           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2199             <ul>
2200               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2201                 used to preserve views, structures, and tree display
2202                 settings)</li>
2203               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2204                 command line</li>
2205               <li>Sharing of selected regions between views and
2206                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2207               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2208             </ul></li>
2209         </ul> <em>Applet</em>
2210         <ul>
2211           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2212           <li>New Parameters
2213             <ul>
2214               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2215                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2216                 opened.</li>
2217               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2218                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2219               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2220                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2221               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2222                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2223                 view</li>
2224               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2225                 increase the height or width of a cell in the alignment
2226                 grid relative to the current font size.</li>
2227             </ul>
2228           </li>
2229           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2230             tooltip</li>
2231         </ul> <em>Other</em>
2232         <ul>
2233           <li>Features format: graduated colour definitions and
2234             specification of feature scores</li>
2235           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2236             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2237             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2238           <li>XML formats extended to support graduated feature
2239             colourschemes, group associated annotation, and profile
2240             visualization settings.</li></td>
2241       <td>
2242         <ul>
2243           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2244             rather than description</li>
2245           <li>Non-positional features are now included in sequence
2246             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2247             visibility in tooltip).</li>
2248           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2249           <li>Added URL embedding instructions to features file
2250             documentation.</li>
2251           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2252             'X' in peptide product</li>
2253           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2254             sequence ID and sequence string and query strings do not
2255             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2256           <li>AMSA files only contain first column of
2257             multi-character column annotation labels</li>
2258           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2259             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2260             exported and re-imported)</li>
2261           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2262             name</li>
2263           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2264             as subsequence matches, and correctly reports total number
2265             of both.</li>
2266           <li>Application:
2267             <ul>
2268               <li>Better handling of exceptions during sequence
2269                 retrieval</li>
2270               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2271                 link text excludes the start_end suffix</li>
2272               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2273                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2274               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2275               <li>Sequence description lines properly shared via
2276                 VAMSAS</li>
2277               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2278                 data sources</li>
2279               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2280                 completes before alignment figures are generated.</li>
2281               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2282                 first time.</li>
2283               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2284                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2285               <li>User defined group colours properly recovered
2286                 from Jalview projects.</li>
2287             </ul>
2288           </li>
2289         </ul>
2290       </td>
2291
2292     </tr>
2293     <tr>
2294       <td>
2295         <div align="center">
2296           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2297         </div>
2298       </td>
2299       <td>
2300         <ul>
2301           <li>Experimental support for google analytics usage
2302             tracking.</li>
2303           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2304         </ul>
2305       </td>
2306       <td>
2307         <ul>
2308           <li>Race condition in applet preventing startup in
2309             jre1.6.0u12+.</li>
2310           <li>Exception when feature created from selection beyond
2311             length of sequence.</li>
2312           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2313           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2314             all sequences with a given id</li>
2315           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2316             ID string searches</li>
2317           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2318             alignment to fail with exception</li>
2319         </ul> <em>Application Issues</em>
2320         <ul>
2321           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2322           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2323             data sources</li>
2324         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2325         <ul>
2326           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2327             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2328           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2329             version (java class versioning error fixed)</li>
2330         </ul>
2331       </td>
2332     </tr>
2333     <tr>
2334       <td>
2335
2336         <div align="center">
2337           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2338         </div>
2339       </td>
2340       <td><em>User Interface</em>
2341         <ul>
2342           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2343             translation and protein products</li>
2344           <li>Linked highlighting of structure associated with
2345             residue mapping to codon position</li>
2346           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2347             and 'clear' button</li>
2348           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2349             Tools menu</li>
2350           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2351             numeric data in description line</li>
2352           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2353           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2354             of sequence</li>
2355         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2356         <ul>
2357           <li>JPred3 web service</li>
2358           <li>Prototype sequence search client (no public services
2359             available yet)</li>
2360           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2361             PFAM</li>
2362           <li>URL Links created for matching database cross
2363             references as well as sequence ID</li>
2364           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2365         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2366         <ul>
2367           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2368             databases</li>
2369           <li>Generalised database reference retrieval and
2370             validation to all fetchable databases</li>
2371           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2372             sequence command</li>
2373         </ul> <em>Import and Export</em>
2374         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2375         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2376           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2377         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2378           File</li>
2379         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2380           triplet as name of colourscheme</li>
2381         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2382         <ul>
2383           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2384           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2385             alignments (experimental)</li>
2386           <li>Create new or select existing session to join</li>
2387           <li>load and save of vamsas documents</li>
2388         </ul> <em>Application command line</em>
2389         <ul>
2390           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2391             from applet)</li>
2392           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2393             of DAS servers to query for alignment features</li>
2394           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2395             that are also automatically queried for features</li>
2396           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2397             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2398         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2399         <ul>
2400           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2401             application (when using &quot;View in full
2402             application&quot;)</li>
2403         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2404         <ul>
2405           <li>feature group display control parameter</li>
2406           <li>debug parameter</li>
2407           <li>showbutton parameter</li>
2408         </ul> <em>Applet API methods</em>
2409         <ul>
2410           <li>newView public method</li>
2411           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2412           <li>Feature display control methods</li>
2413           <li>get list of currently selected sequences</li>
2414         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2415         <ul>
2416           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2417           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2418             Jalview release.</li>
2419           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2420             property controls execution of obfuscator</li>
2421           <li>Build target for generating source distribution</li>
2422           <li>Debug flag for javacc</li>
2423           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2424             jalview.bin.Cache</li>
2425           <li>Continuous Build Integration for stable and
2426             development version of Application, Applet and source
2427             distribution</li>
2428         </ul></td>
2429       <td>
2430         <ul>
2431           <li>selected region output includes visible annotations
2432             (for certain formats)</li>
2433           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2434             for editing</li>
2435           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2436           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2437           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2438           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2439             comments</li>
2440           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2441             filenames containing a ':'</li>
2442           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2443             global sequence features</li>
2444           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2445             references from alignment sequences goes to zero</li>
2446           <li>Close of tree branch colour box without colour
2447             selection causes cascading exceptions</li>
2448           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2449           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2450             file parsing fails.</li>
2451           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2452           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2453             not a valid output format</li>
2454           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2455             vamsas</li>
2456           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2457           <li>error messages passed up and output when data read
2458             fails</li>
2459           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2460             sequence is edited</li>
2461           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2462             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2463           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2464             filetype</li>
2465           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2466             import fixed for PFAM records</li>
2467           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2468             window list</li>
2469           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2470             can be read and written correctly to annotation file</li>
2471           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2472             correctly</li>
2473           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2474             non-italic font for representatives in Applet</li>
2475           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2476             Macs.</li>
2477           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2478             Applet)</li>
2479           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2480             due to null pointer exceptions</li>
2481           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2482             first column of alignment</li>
2483           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2484             July 2008</li>
2485           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2486             file is case-insensitive</li>
2487           <li>Sequence features read from Features file appended to
2488             all sequences with matching IDs</li>
2489           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2490             containing a sub-sequence</li>
2491           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2492           <li>feature and annotation file applet parameters
2493             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2494           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2495           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2496             splash-screen version check to complete</li>
2497           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2498             when passing them to the launchApp service</li>
2499           <li>display name and local features preserved in results
2500             retrieved from web service</li>
2501           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2502             sequence fetcher initialisation</li>
2503           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2504             dasobert DAS client</li>
2505           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2506             association</li>
2507           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2508             sequences
2509           </li>
2510         </ul>
2511       </td>
2512     </tr>
2513     <tr>
2514       <td>
2515         <div align="center">
2516           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2517         </div>
2518       </td>
2519       <td>
2520         <ul>
2521           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2522           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2523           <li>Slide sequences</li>
2524           <li>Edit sequence in place</li>
2525           <li>EMBL CDS features</li>
2526           <li>DAS Feature mapping</li>
2527           <li>Feature ordering</li>
2528           <li>Alignment Properties</li>
2529           <li>Annotation Scores</li>
2530           <li>Sort by scores</li>
2531           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2532         </ul>
2533       </td>
2534       <td>
2535         <ul>
2536           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2537           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2538           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2539           <li>Feature group display state in XML</li>
2540           <li>Feature ordering in XML</li>
2541           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2542           <li>Stockholm alignment properties</li>
2543           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2544           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2545           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2546           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2547         </ul>
2548       </td>
2549
2550     </tr>
2551     <tr>
2552       <td>
2553         <div align="center">
2554           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2555         </div>
2556       </td>
2557       <td>
2558         <ul>
2559           <li>Non standard characters can be read and displayed
2560           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2561             applet via textbox
2562           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2563             name &amp; description
2564           <li>Preference setting to display sequence name in
2565             italics
2566           <li>Annotation file format extended to allow
2567             Sequence_groups to be defined
2568           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2569             specified in preferences
2570           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2571             sequences
2572         </ul>
2573       </td>
2574       <td>
2575         <ul>
2576           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2577             installed
2578           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2579           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2580         </ul>
2581       </td>
2582     </tr>
2583     <tr>
2584       <td>
2585         <div align="center">
2586           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2587         </div>
2588       </td>
2589       <td>
2590         <ul>
2591           <li>Multiple views on alignment
2592           <li>Sequence feature editing
2593           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2594           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2595           <li>Background dependent text colour
2596           <li>Right align sequence ids
2597           <li>User-defined lower case residue colours
2598           <li>Format Menu
2599           <li>Select Menu
2600           <li>Menu item accelerator keys
2601           <li>Control-V pastes to current alignment
2602           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2603           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2604           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2605
2606
2607
2608
2609
2610
2611           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2612         </ul>
2613       </td>
2614       <td>
2615         <ul>
2616           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2617           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2618             calculations
2619           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2620             edits
2621           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2622             of alignment)
2623           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2624
2625
2626
2627
2628
2629
2630           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2631             display correctly
2632           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2633           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2634             analysis results
2635           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2636             &#8739;
2637           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2638           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2639           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2640
2641
2642
2643
2644
2645
2646         </ul>
2647       </td>
2648     </tr>
2649     <tr>
2650       <td>
2651         <div align="center">
2652           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2653         </div>
2654       </td>
2655       <td>
2656         <ul>
2657           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2658         </ul>
2659       </td>
2660       <td>
2661         <ul>
2662           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2663             sequence id panel has been resized</li>
2664           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2665             rendered</li>
2666           <li>Annotation files with sequence references - all
2667             elements in file are relative to sequence position</li>
2668           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2669         </ul>
2670       </td>
2671     </tr>
2672     <tr>
2673       <td>
2674         <div align="center">
2675           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2676         </div>
2677       </td>
2678       <td>
2679         <ul>
2680           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2681           <li>DAS Feature fetching</li>
2682           <li>Hide sequences and columns</li>
2683           <li>Export Annotations and Features</li>
2684           <li>GFF file reading / writing</li>
2685           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2686             files</li>
2687           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2688           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2689           <li>Applet can launch the full application</li>
2690           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2691             required)</li>
2692           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2693           <li>Applet can load sequences from parameter
2694             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2695           </li>
2696         </ul>
2697       </td>
2698       <td>
2699         <ul>
2700           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2701           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2702           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2703         </ul>
2704       </td>
2705     </tr>
2706     <tr>
2707       <td>
2708         <div align="center">
2709           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2710         </div>
2711       </td>
2712       <td>
2713         <ul>
2714           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2715           <li>Choose to match case when searching</li>
2716           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2717             expand the visible width and height of the alignment</li>
2718         </ul>
2719       </td>
2720       <td>
2721         <ul>
2722           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2723         </ul>
2724       </td>
2725     </tr>
2726     <tr>
2727       <td>
2728         <div align="center">
2729           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2730         </div>
2731       </td>
2732       <td>&nbsp;</td>
2733       <td>
2734         <ul>
2735           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2736           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2737             value</li>
2738         </ul>
2739       </td>
2740     </tr>
2741     <tr>
2742       <td>
2743         <div align="center">
2744           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2745         </div>
2746       </td>
2747       <td>
2748         <ul>
2749           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2750           <li>Keyboard editing</li>
2751           <li>Create sequence features from searches</li>
2752           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2753             alignments</li>
2754           <li>Features file allows grouping of features</li>
2755           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2756           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2757           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2758         </ul>
2759       </td>
2760       <td>
2761         <ul>
2762           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2763           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2764             descriptions saved.</li>
2765         </ul>
2766       </td>
2767     </tr>
2768     <tr>
2769       <td>
2770         <div align="center">
2771           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2772         </div>
2773       </td>
2774       <td>
2775         <ul>
2776           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2777           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2778           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2779             name for file output</li>
2780           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2781           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2782             used for HTML form input</li>
2783         </ul>
2784       </td>
2785       <td>
2786         <ul>
2787           <li>HTML output writes groups and features</li>
2788           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2789           <li>File IO bugs</li>
2790         </ul>
2791       </td>
2792     </tr>
2793     <tr>
2794       <td>
2795         <div align="center">
2796           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2797         </div>
2798       </td>
2799       <td>
2800         <ul>
2801           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2802           <li>More options for PCA viewer</li>
2803         </ul>
2804       </td>
2805       <td>
2806         <ul>
2807           <li>GUI bugs resolved</li>
2808           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2809         </ul>
2810       </td>
2811     </tr>
2812     <tr>
2813       <td height="63">
2814         <div align="center">
2815           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2816         </div>
2817       </td>
2818       <td>
2819         <ul>
2820           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2821           <li>Jar files are executable</li>
2822           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2823         </ul>
2824       </td>
2825       <td>
2826         <ul>
2827           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2828           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2829           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2830         </ul>
2831       </td>
2832     </tr>
2833     <tr>
2834       <td>
2835         <div align="center">
2836           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2837         </div>
2838       </td>
2839       <td>
2840         <ul>
2841           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844       <td>
2845         <ul>
2846           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2847         </ul>
2848       </td>
2849     </tr>
2850     <tr>
2851       <td>
2852         <div align="center">
2853           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2854         </div>
2855       </td>
2856       <td>
2857         <ul>
2858           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2859             size</li>
2860         </ul>
2861       </td>
2862       <td>
2863         <ul>
2864           <li>Improved JPred client reliability</li>
2865           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2866         </ul>
2867       </td>
2868     </tr>
2869     <tr>
2870       <td>
2871         <div align="center">
2872           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2873         </div>
2874       </td>
2875       <td>
2876         <ul>
2877           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2878           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2879           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2880             to Colour Menu</li>
2881           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2882           <li>Unix users can set default web browser</li>
2883           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2884           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2885         </ul>
2886       </td>
2887       <td>
2888         <ul>
2889           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2890         </ul>
2891       </td>
2892     </tr>
2893     <tr>
2894       <td>
2895         <div align="center">
2896           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2897         </div>
2898       </td>
2899       <td>&nbsp;</td>
2900       <td>
2901         <ul>
2902           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2903             alignment order.</li>
2904         </ul>
2905       </td>
2906     </tr>
2907     <tr>
2908       <td>
2909         <div align="center">
2910           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2911         </div>
2912       </td>
2913       <td>
2914         <ul>
2915           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2916           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2917           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2918             annotations.</li>
2919           <li>Version and build date written to build properties
2920             file.</li>
2921           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2922             at launch of Jalview.</li>
2923         </ul>
2924       </td>
2925       <td>
2926         <ul>
2927           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2928           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2929           <li>Can remove groups one by one.</li>
2930           <li>Filechooser icons installed.</li>
2931           <li>Finder ignores return character when searching.
2932             Return key will initiate a search.<br>
2933           </li>
2934         </ul>
2935       </td>
2936     </tr>
2937     <tr>
2938       <td>
2939         <div align="center">
2940           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2941         </div>
2942       </td>
2943       <td>
2944         <ul>
2945           <li>New codebase</li>
2946         </ul>
2947       </td>
2948       <td>&nbsp;</td>
2949     </tr>
2950   </table>
2951   <p>&nbsp;</p>
2952 </body>
2953 </html>