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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80           </ul>
  81         </div></td>
  82       <td><div align="left">
  83           <em></em>
  84           <ul>
  85           </ul>
  86         </div></td>
  87
  88     <tr>
  89       <td width="60" nowrap>
  90         <div align="center">
  91           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
  92         </div>
  93       </td>
  94       <td><div align="left">
  95           <em>Calculations</em>
  96           <ul>
  97
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 100               ungapped positions in each column of the alignment.
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 104               a calculation dialog box
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 108               and memory efficiency (~30x faster)
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 112               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 113               and other calculations
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 117               files within the Jalview codebase
 118             </li>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 121               Similarity may have different topology due to increased
 122               precision
 123             </li>
 124           </ul>
 125           <em>Rendering</em>
 126           <ul>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 129               model for alignments and groups
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 133               scripts
 134             </li>
 135           </ul>
 136           <em>Overview</em>
 137           <ul>
 138             <li>
 139               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 140               with alignment and overview windows
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 144               overview
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 148               omitted in Overview
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 152               adjustment of visible position
 153             </li>
 154           </ul>
 155
 156           <em>Data import/export</em>
 157           <ul>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 160               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 164               annotation input/output via stockholm flatfile
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 168               extension when importing structure files without embedded
 169               names or PDB accessions
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 173               format sequence substitution matrices
 174             </li>
 175           </ul>
 176           <em>User Interface</em>
 177           <ul>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 180               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 181               the application.
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 185               via Overview or sequence motif search operations
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 189               opened by double clicking gaps within sequence feature
 190               extent
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 194               aligned positions were available to create a 3D structure
 195               superposition.
 196             </li>
 197           </ul>
 198           <em>3D Structure</em>
 199           <ul>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 202               coloured in linked structure views
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 206               file-based command exchange
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 210               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 211               structures are already available for sequences
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 215               the Jalview project rather than downloaded again when the
 216               project is reopened.
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 220               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 221               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 222                 Feature</strong>)
 223             </li>
 224           </ul>
 225           <em>Web Services</em>
 226           <ul>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and nucleotides when submitting to AACon and other MSA Analysis services
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 235               cross-references provided by identifiers.org and the
 236               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 237             </li>
 238           </ul>
 239
 240           <em>Scripting</em>
 241           <ul>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 244               identifying file formats (instead of String constants)
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 248               efficiency when counting all displayed features (not
 249               backwards compatible with 2.10.1)
 250             </li>
 251           </ul>
 252           <em>Example files</em>
 253           <ul>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 256               included in the example feature file
 257             </li>
 258           </ul>
 259           <em>Documentation</em>
 260           <ul>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 263               with the built-in Java help viewer
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 267               sequence description' option
 268             </li>
 269           </ul>
 270           <em>Test Suite</em>
 271           <ul>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 274               Uniprot REST Free Text Search Client
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 281               during tests
 282             </li>
 283           </ul>
 284         </div></td>
 285       <td><div align="left">
 286           <em>Calculations</em>
 287           <ul>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 290               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 291               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 292             </li>
 293             <li><a name="2102scoremodelbugs"/>
 294               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 295               and substitution matrix based Tree calculations.<br /> <br />In
 296               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 297               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 298               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 299               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 300               Jalview's PCAs were different to those produced by
 301               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 302               SeqSpace (ie it scores them as 0). <br /> <br />Enter
 303               the following in the Groovy console to restore pre-2.10.2
 304               behaviour:<br />
 305               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 306               // for 2.10.1 mode <br />
 307               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 308               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 309                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 310                 calculations (not recommended)</em>
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 314               scaling of branch lengths for trees computed using
 315               Sequence Feature Similarity.
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 319               generating output report when working with highly
 320               redundant alignments
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 324               right of selected region when gaps present on right-hand
 325               boundary
 326             </li>
 327           </ul>
 328           <em>User Interface</em>
 329           <ul>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 332               doesn't reselect a specific sequence's associated
 333               annotation after it was used for colouring a view
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 337               opened on a region of alignment without groups
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 341               of an alignment with overlapping groups
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 345               name and description match
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 349               hidden regions results in incorrect hidden regions
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 353               changing colour does not apply Conservation slider value
 354               to all groups
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 358               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 362               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 366               gaps before start of features
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 370               restored to UI when feature colour is edited
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 374               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 378               as graduate feature colour settings are modified via the
 379               dialog box
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 383               when a group defined on the alignment is resized
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 387               wrapped view result in positional status updates
 388             </li>
 389
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 392               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 396               alignment included gapped columns
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 400               widgets don't permanently disappear
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 404               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 405               T-Coffee column reliability scores)
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 409               sequence feature on gaps only
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 413               button from a Find inherit previously defined feature type
 414               rather than the Find query string
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 418               exporting tree calculated in Jalview
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 422               and then revealing them reorders sequences on the
 423               alignment
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 427               doesn't update to reflect available set of groups after
 428               interactively adding or modifying features
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 432               Linux
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 436               only excluded gaps in current sequence and ignored
 437               selection.
 438             </li>
 439           </ul>
 440           <em>Rendering</em>
 441           <ul>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 444               erratically when hidden rows or columns are present
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 448               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 449               sequence colouring
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 453               colour and group colour menu for protein alignments
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 457               reflect currently selected view or group's shading
 458               thresholds
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 462               when rendered on overview and structures when opacity at
 463               100%
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 467               overview when features overlaid on alignment
 468             </li>
 469           </ul>
 470           <em>Data import/export</em>
 471           <ul>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 474               load
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 478               added after a sequence was imported are not written to
 479               Stockholm File
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 483               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 487               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 491               with lightGray or darkGray via features file (but can
 492               specify lightgray)
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 496               when alignment view imported from project
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 500               structure and sequences extracted from structure files
 501               imported via URL and viewed in Jmol
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 505               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 506               the project is loaded and the structure viewed
 507             </li>
 508           </ul>
 509           <em>Web Services</em>
 510           <ul>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 513               release of Ensembl v.88
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 517               appear enabled in Preferences->Connections
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 521               removed from console output
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 525               Ensembl by Peptide ID
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 529               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 530               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 531               due to 'null' string rather than empty string used for
 532               residues with no corresponding PDB mapping).
 533             </li>
 534           </ul>
 535           <em>Application UI</em>
 536           <ul>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 539               menu
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 543               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 544               new documentation and tooltips added)
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 548               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 552               new features are added to alignment
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 556               changes to feature colours via the Amend features dialog
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 560               edit graduated feature colour via amend features dialog
 561               box
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 565               selection menu changes colours of alignment views
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 569               from alignment calculation workers after alignment has
 570               been closed
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 574               groups now 'Create Group'
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 578               Create/Undefine group doesn't always work
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 582               shown again after pressing 'Cancel'
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 586               adjusts start position in wrap mode
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 590               ambiguous amino acids
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 594               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 595               proteins
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 599               Defined' don't appear in Colours menu
 600             </li>
 601           </ul>
 602           <em>Applet</em>
 603           <ul>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 606               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 610               overview or linked structure view
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 614               work (since 2.8)
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 618               user-defined colourscheme doesn't restore original
 619               colourscheme
 620             </li>
 621           </ul>
 622           <em>Test Suite</em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 626               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 630               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 631               problems with deep array comparison equality asserts in
 632               successive versions of TestNG
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 636               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 637             </li>
 638           </ul>
 639           <em>New Known Issues</em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 643               phase after a sequence motif find operation
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 647               containing just upper and lower case letters are
 648               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 652               reliably from eggnog Ortholog database
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 656               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 657               to mark columns containing highlighted regions.
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 661               doesn't always add secondary structure annotation.
 662             </li>
 663           </ul>
 664         </div><tr>
 665       <td width="60" nowrap>
 666         <div align="center">
 667           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 668         </div>
 669       </td>
 670       <td><div align="left">
 671           <em>General</em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 675               for all consensus calculations
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 679               3rd Oct 2016)
 680             </li>
 681             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 682               for 2016-2017</li>
 683           </ul>
 684           <em>Application</em>
 685           <ul>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 688               set of database cross-references, sorted alphabetically
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 692               from database cross references. Users with custom links
 693               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 694                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 698               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 699               Chimera session
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 703               the Chimera it is connected to is shut down
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 707               columns menu item to mark columns containing highlighted
 708               regions (e.g. from structure selections or results of a
 709               Find operation)
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 713               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 714               MSAviewer
 715             </li>
 716           </ul>
 717         </div></td>
 718       <td>
 719         <div align="left">
 720           <em>General</em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 724               are not coloured or thresholded according to percent
 725               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 729               hydrophobic
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 733               threshold, amino acid properties)
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 737               reported as mapped to residues in a structure file in the
 738               View Mapping report
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 742               could be added multiple times to a sequence
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 746               bond features shown as two highlighted residues rather
 747               than a range in linked structure views, and treated
 748               correctly when selecting and computing trees from features
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 752               cross-references are matched to database name regardless
 753               of case
 754             </li>
 755
 756           </ul>
 757           <em>Application</em>
 758           <ul>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 761               names without regular expressions also offer links from
 762               Sequence ID
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 766               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 767               update Jalview configuration
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 771               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 775               files with similarly named sequences if dropped onto the
 776               alignment
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 780               entries where more chains exist in the PDB accession than
 781               are reported in the SIFTS file
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 785               the structure view when displayed with Chimera
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 789               panel's View->Show Chains submenu
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 793               work for wrapped alignment views
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 797               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 801               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 802               first annotation row
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 806               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 810               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 811             </li>
 812             <!-- JAL-2319 -->
 813             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 814             coordindate data
 815             </li>
 816           </ul>
 817           <!--           <em>New Known Issues</em>
 818           <ul>
 819             <li></li>
 820           </ul> -->
 821         </div>
 822       </td>
 823     </tr>
 824     <td width="60" nowrap>
 825       <div align="center">
 826         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 827           <em>25/10/2016</em></strong>
 828       </div>
 829     </td>
 830     <td><em>Application</em>
 831       <ul>
 832         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 833           view if structures already loaded</li>
 834         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 835           structure views</li>
 836       </ul></td>
 837     <td>
 838       <div align="left">
 839         <em>General</em>
 840         <ul>
 841           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 842             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 843           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 844             example sequences/projects/trees</li>
 845         </ul>
 846         <em>Application</em>
 847         <ul>
 848           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 849             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 850           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 851             without timeout for structures with multiple models or
 852             multiple sequences in alignment</li>
 853           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 854             PDB ID HEADER line</li>
 855           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 856             is performed</li>
 857           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 858             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 859           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 860           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 861             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 862             option</li>
 863           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 864             is created on the alignment</li>
 865           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 866             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 867             pop-up menu</li>
 868         </ul>
 869         <em>Build and deployment</em>
 870         <ul>
 871           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 872             tags</li>
 873         </ul>
 874         <em>New Known Issues</em>
 875         <ul>
 876           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 877             on Windows</li>
 878         </ul>
 879       </div>
 880     </td>
 881     </tr>
 882     <tr>
 883       <td width="60" nowrap>
 884         <div align="center">
 885           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 886         </div>
 887       </td>
 888       <td><em>General</em>
 889         <ul>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 895             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 896             better PDB parsing.
 897           </li>
 898           <li>
 899             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 900             reference sequence
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 904             mousing over sequence associated annotation
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 908             for manual entry
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 912             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 913             for each column
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 917             showing or hiding columns containing a feature
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 921             group and sequence associated annotation labels
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 925             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 926             dialogs
 927           </li>
 928
 929         </ul> <em>Application</em>
 930         <ul>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 933             gene/transcript view
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 937             dialog
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 941             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 945             Pfam sources to xfam.org
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 949           </li>
 950           <li>
 951             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 952             over sequences in Jalview
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 956             regions in ENA and EMBL
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 960             for record retrieval via ENA rest API
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 964             complement operator
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 968             groovy script execution
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 972             alignment window's Calculate menu
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 976             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 980             calculation workers from groovy scripts
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 984             Jalview projects
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 988             associations are now saved/restored from project
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 992             before sequence fetcher is opened
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 996             database chooser opens a sequence fetcher
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1000             the UniProt REST API
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1004             the news reader opening
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1008             querying stored in preferences
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1012             search results
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1019             menu for nucleotide sequences
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1023             and feature counts preserves alignment ordering (and
1024             debugged for complex feature sets).
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1028             viewing structures with Jalview 2.10
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1032             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1033             Ensembl Genomes REST API
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1037             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1038             (Ensembl)
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1042             sequences
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1046             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1047             data from external database records.
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1051             efficient recovery of sequence coding and alignment
1052             annotation relationships.
1053           </li>
1054         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1055         <ul>
1056           <li>
1057             -- JAL---
1058           </li>
1059         </ul> --></td>
1060       <td>
1061         <div align="left">
1062           <em>General</em>
1063           <ul>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1066               menu on OSX
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1070               includes graduated colourschemes
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1074               working with big alignments and lots of hidden columns
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1078               at right of alignment window
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1082               contents
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1086               for DNA alignments
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1090               based tree calculation
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1094               unconserved enabled for group on alignment
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1098               set as reference
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1102               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1103               annotation
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1107               hidden columns present
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1111               user created annotation added to alignment
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1115               '()' base pair annotation
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1119               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1120               Consensus
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1124               feature not working
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1128               beginning of sequence
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1132               entry 3a6s
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1136               from a tree when t-coffee scores are shown
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1140               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1144               some structures
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1148               to Clustal, PIR and PileUp output
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1152               not visible causes alignment window to repaint
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1156               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1157               scores associated with features and annotation rows
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1161               calculation should be case independent
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1165               columns
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1169               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1170               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1174               problems when reference sequence defined and 'show
1175               non-conserved' enabled
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1179               load even when Consensus calculation is disabled
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1183               alignment does nothing
1184             </li>
1185           </ul>
1186           <em>Application</em>
1187           <ul>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1190               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1191               yet fixed for El Capitan)
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1195               output when running on non-gb/us i18n platforms
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1199               hidden sequences as flat-file alignment
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1203               launching Chimera
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1207               (also hotfix for 2.9.0b2)
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1211               reference sequence defined
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1215               alignments and views when revealing hidden columns
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1219               view in a cDNA/Protein splitframe
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1223               sequence from project when only one sequence is
1224               represented
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1228               in Structure Chooser
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1232               structure consensus didn't refresh annotation panel
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1236               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1240               dialogs format columns correctly, don't display array
1241               data, sort columns according to type
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1245               file chooser is cancelled during an image export
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1249               sequence name containing special characters
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1253               case insensitive
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1257               formatting don't wrap
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1261               truncated so L looks like I in consensus annotation
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1265               currently displayed features for the current selection or
1266               view
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1270               after fetching cross-references, and restoring from
1271               project
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1275               followed in the structure viewer
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1279               splitframe not restored from project
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1283               trailing end of protein alignment in transcript/product
1284               splitview when pad-gaps not enabled by default
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1288               is case dependent
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1292               article has been read (reopened issue due to
1293               internationalisation problems)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1297               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1298               cross-references
1299             </li>
1300
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1303               alignment as HTML
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1307               multiple structures are shown for one or more sequences.
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1311               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1312               is enabled.
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1316               specific PDB id for sequence
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1320               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1321               columns' is disabled.
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1325               selects lowest rather than highest resolution structures
1326               for each sequence
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1330               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1334               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1338               after clicking on it to create new annotation for a
1339               column.
1340             </li>
1341             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1342             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1343           </ul>
1344           <em>Applet</em>
1345           <ul>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1348               hidden columns present before start of sequence
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1352               (JSON jars)
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1356               sequences are hidden in applet
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1360               deployment on examples pages.
1361             </li>
1362           </ul>
1363         </div>
1364       </td>
1365     </tr>
1366     <tr>
1367       <td width="60" nowrap>
1368         <div align="center">
1369           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1370             <em>16/10/2015</em></strong>
1371         </div>
1372       </td>
1373       <td><em>General</em>
1374         <ul>
1375           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1376             jars</li>
1377         </ul></td>
1378       <td>
1379         <div align="left">
1380           <em>Application</em>
1381           <ul>
1382             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1383               shown when tree is partitioned</li>
1384             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1385               multiple cDNA/Protein split views</li>
1386           </ul>
1387         </div>
1388       </td>
1389     </tr>
1390     <tr>
1391       <td width="60" nowrap>
1392         <div align="center">
1393           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1394             <em>8/10/2015</em></strong>
1395         </div>
1396       </td>
1397       <td><em>General</em>
1398         <ul>
1399           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1400             2.9</li>
1401         </ul> <em>Application</em>
1402         <ul>
1403           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1404           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1405           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1406         </ul> <em>Applet</em>
1407         <ul>
1408           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1409         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1410         <ul>
1411           <li>
1412             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1413             suite
1414           </li>
1415         </ul></td>
1416       <td>
1417         <div align="left">
1418           <em>General</em>
1419           <ul>
1420             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1421               incorrect when sequence start > 1</li>
1422             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1423               documentation</li>
1424             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1425             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1426               loading a features file containing HTML tags in feature
1427               description</li>
1428
1429           </ul>
1430           <em>Application</em>
1431           <ul>
1432             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1433               reimport</li>
1434             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1435               with 'trim retrieved sequences'</li>
1436             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1437               deleting selected columns</li>
1438             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1439               JNLP templates for webstart launch</li>
1440             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1441               unreleased structures for download or viewing</li>
1442             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1443               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1444             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1445               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1446             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1447               recovered from jalview project</li>
1448             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1449               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1450               alignment view</li>
1451             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1452               color schemes from BioJSON</li>
1453           </ul>
1454           <em>Applet</em>
1455           <ul>
1456             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1457               frame</li>
1458             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1459           </ul>
1460         </div>
1461       </td>
1462     </tr>
1463     <tr>
1464       <td><div align="center">
1465           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1466         </div></td>
1467       <td><em>General</em>
1468         <ul>
1469           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1470             alignments:
1471             <ul>
1472               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1473                 and DNA alignment views</li>
1474               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1475                 cDNA alignment views</li>
1476               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1477                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1478               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1479                 protein sequences</li>
1480             </ul>
1481           </li>
1482           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1483           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1484             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1485           <li>New alignment annotation file statements for
1486             reference sequences and marking hidden columns</li>
1487           <li>Reference sequence based alignment shading to
1488             highlight variation</li>
1489           <li>Select or hide columns according to alignment
1490             annotation</li>
1491           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1492           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1493             acid conservation row</li>
1494           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1495         </ul> <em>Application</em>
1496         <ul>
1497           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1498             <ul>
1499               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1500                 view with cDNA/Protein</li>
1501               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1502                 sequences are placed in the same alignment</li>
1503               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1504                 projects</li>
1505             </ul>
1506           </li>
1507
1508           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1509           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1510             Jalview windows</li>
1511
1512           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1513           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1514           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1515             be shown in VARNA</li>
1516
1517           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1518             as the active selected region</li>
1519
1520           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1521             similarity</li>
1522           <li>New Export options
1523             <ul>
1524               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1525                 region export in flat file generation</li>
1526
1527               <li>Export alignment views for display with the <a
1528                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1529
1530               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1531               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1532                 alignment figures to HTML</li>
1533           </li>
1534           <li>3D structure retrieval and display
1535             <ul>
1536               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1537                 Search API</li>
1538               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1539                 PDB structures for a sequence set</li>
1540             </ul>
1541           </li>
1542
1543           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1544             predictions</li>
1545           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1546             for one or a group of sequences</li>
1547           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1548             from the JPred4 web server</li>
1549           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1550             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1551             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1552           </li>
1553           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1554             VARNA 2D Structure'</li>
1555           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1556             Structure ..."</li>
1557
1558         </ul> <em>Applet</em>
1559         <ul>
1560           <li>New layout for applet example pages</li>
1561           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1562             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1563           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1564             Protein alignments</li>
1565         </ul> <em>Development and deployment</em>
1566         <ul>
1567           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1568           <li>Include installation type and git revision in build
1569             properties and console log output</li>
1570           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1571             storing BioJsMSA Templates</li>
1572           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1573         </ul></td>
1574       <td>
1575         <!-- <em>General</em>
1576         <ul>
1577         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1578         <ul>
1579           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1580           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1581           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1582             predictions are not highlighted in amber</li>
1583           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1584             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1585           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1586             associated structure views</li>
1587           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1588             width checkbox not enabled</li>
1589           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1590             creating user defined colours</li>
1591           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1592             mappings for just that viewer's sequences</li>
1593           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1594             multiple models in Chimera</li>
1595           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1596             over Jmol structure</li>
1597           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1598             output to text box</li>
1599           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1600             have incorrect sequence start/end</li>
1601           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1602             Jalview fails</li>
1603           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1604             work for nucleotide</li>
1605           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1606             to a grey/invisible alignment window</li>
1607           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1608             imports to different position</li>
1609           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1610             on some platforms</li>
1611           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1612             populated</li>
1613           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1614             console if Chimera has been opened</li>
1615           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1616           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1617             retrieved</li>
1618           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1619           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1620             either sequence shows on first structure</li>
1621           <li>'Show annotations' options should not make
1622             non-positional annotations visible</li>
1623           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1624             in right place after 'view flanking regions'</li>
1625           <li>File Save As type unset when current file format is
1626             unknown</li>
1627           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1628             projects</li>
1629           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1630             responsive</li>
1631           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1632             several views on same alignment</li>
1633           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1634           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1635             spaces</li>
1636         </ul> <em>Applet</em>
1637         <ul>
1638           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1639           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1640             descriptions containing angle brackets</li>
1641         </ul> <em>General</em>
1642         <ul>
1643           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1644             via jalview annotation file</li>
1645           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1646             with RNA secondary structure</li>
1647           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1648             translation doesn't work.</li>
1649           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1650           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1651             positions</li>
1652           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1653             choosing 1pt font</li>
1654           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1655             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1656             'h'</li>
1657           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1658             new feature</li>
1659           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1660             order dependent</li>
1661           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1662             sequences</li>
1663           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1664         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1665         <ul>
1666           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1667             www.jalview.org</li>
1668         </ul> <em>Application Known issues</em>
1669         <ul>
1670           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1671           <li>Misleading message appears after trying to delete
1672             solid column.</li>
1673           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1674             version launches</li>
1675           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1676             fails with a sequence mismatch</li>
1677           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1678             scrolling alignment to right</li>
1679           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1680             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1681           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1682             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1683           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1684             ultra-high resolution</li>
1685           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1686             quality and conservation</li>
1687           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1688             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1689         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1690         <ul>
1691           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1692           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1693             window is being resized</li>
1694
1695         </ul>
1696       </td>
1697     </tr>
1698     <tr>
1699       <td><div align="center">
1700           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1701         </div></td>
1702       <td><em>General</em>
1703         <ul>
1704           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1705             Certum.PL.</li>
1706           <li>Features and annotation preserved when performing
1707             pairwise alignment</li>
1708           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1709             imported/exported/displayed</li>
1710           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1711             protein secondary structure</li>
1712           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1713               post-hoc with 2.9 release</em>)
1714           </li>
1715
1716         </ul> <em>Application</em>
1717         <ul>
1718           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1719             with 3D structures</li>
1720           <li>Support for parsing RNAML</li>
1721           <li>Annotations menu for layout
1722             <ul>
1723               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1724               <li>place sequence annotation above/below alignment
1725                 annotation</li>
1726             </ul>
1727           <li>Output in Stockholm format</li>
1728           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1729             translation</li>
1730           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1731           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1732             shared between alignments</li>
1733           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1734             Jalview</li>
1735           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1736             all or current selection</li>
1737           <li>disorder and secondary structure predictions
1738             available as dataset annotation</li>
1739           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1740
1741
1742           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1743             alignments from Rfam</li>
1744           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1745
1746           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1747             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1748           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1749           <li>include installation type in build properties and
1750             console log output</li>
1751           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1752             annotation</li>
1753         </ul></td>
1754       <td>
1755         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1756         <ul>
1757           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1758             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1759           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1760             alignment</li>
1761           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1762           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1763           <li>Double click on sequence associated annotation
1764             selects only first column</li>
1765           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1766             leaves shown in tree</li>
1767           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1768             properly</li>
1769           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1770           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1771             screen and buttons not visible</li>
1772           <li>author list isn't updated if already written to
1773             Jalview properties</li>
1774           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1775             from database</li>
1776           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1777           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1778             browser search window</li>
1779           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1780             in feature settings dialog</li>
1781           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1782             desktop</li>
1783           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1784             pass validation</li>
1785           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1786             fit on screen</li>
1787           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1788             tooltip</li>
1789           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1790             defined user preset</li>
1791           <li>MSA web services warns user if they were launched
1792             with invalid input</li>
1793           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1794             Java 8</li>
1795           <li>
1796             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1797             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1798             created
1799           </li>
1800
1801         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1802         <ul>
1803         </ul> <em>General</em>
1804         <ul>
1805         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1806         <ul>
1807           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1808             memory allocation</li>
1809           <li>launchApp service doesn't automatically open
1810             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1811           <li>
1812             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1813             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1814             1.7_055 is available
1815           </li>
1816         </ul> <em>Application Known issues</em>
1817         <ul>
1818           <li>
1819             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1820             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1821             alignment to right
1822           </li>
1823           <li>
1824             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1825             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1826             with large number of ID
1827           </li>
1828           <li>
1829             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1830             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1831             start/end
1832           </li>
1833           <li>
1834             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1835             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1836             structure tracks are rearranged
1837           </li>
1838           <li>
1839             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1840             invalid rna structure positional highlighting does not
1841             highlight position of invalid base pairs
1842           </li>
1843           <li>
1844             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1845             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1846             project from alignment window file menu
1847           </li>
1848           <li>
1849             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1850             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1851             structures
1852           </li>
1853           <li>
1854             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1855             colour by RNA Helices not enabled when user created
1856             annotation added to alignment
1857           </li>
1858           <li>
1859             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1860             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1861           </li>
1862         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1863         <ul>
1864           <li>
1865             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1866             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1867           </li>
1868           <li>
1869             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1870             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1871           </li>
1872
1873           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1874             when selected</li>
1875         </ul>
1876       </td>
1877     </tr>
1878     <tr>
1879       <td><div align="center">
1880           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1881         </div></td>
1882       <td>
1883         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1884         <em>General</em>
1885         <ul>
1886           <li>Internationalisation of user interface (usually
1887             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1888           <li>Define/Undefine group on current selection with
1889             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1890           <li>Improved group creation/removal options in
1891             alignment/sequence Popup menu</li>
1892           <li>Sensible precision for symbol distribution
1893             percentages shown in logo tooltip.</li>
1894           <li>Annotation panel height set according to amount of
1895             annotation when alignment first opened</li>
1896         </ul> <em>Application</em>
1897         <ul>
1898           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1899             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1900           <li>Select columns containing particular features from
1901             Feature Settings dialog</li>
1902           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1903             sequences</li>
1904           <li>Update Jalview project format:
1905             <ul>
1906               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1907               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1908                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1909               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1910                 colouring</li>
1911             </ul>
1912           </li>
1913           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1914             (PAM250)</li>
1915           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1916             flanking regions for an alignment</li>
1917         </ul>
1918       </td>
1919       <td>
1920         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1921         <ul>
1922           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1923             running after job is cancelled</li>
1924           <li>cannot export features from alignments imported from
1925             Jalview/VAMSAS projects</li>
1926           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1927             float values</li>
1928           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1929             have 'display all symbols' flag set</li>
1930           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1931             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1932           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1933             Jalview</li>
1934           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1935             Lion/Webstart</li>
1936           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1937           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1938           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1939             alignment onto desktop</li>
1940           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1941             'extract scores' function</li>
1942           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1943             alignment window</li>
1944           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1945             performing IUPred disorder prediction</li>
1946           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1947             changing 'normalise logo' display setting</li>
1948           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1949             nothing matches query</li>
1950           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1951             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1952           </li>
1953           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1954             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1955           </li>
1956           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1957             Jalview's menu</li>
1958           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1959             'invalid literal/length code'</li>
1960           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1961             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1962           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1963             colourscheme</li>
1964
1965         </ul> <em>Applet</em>
1966         <ul>
1967           <li>Remove group option is shown even when selection is
1968             not a group</li>
1969           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1970             don't affect groups</li>
1971           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1972             colourscheme name</li>
1973           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1974             Annotation panel is not displayed</li>
1975           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1976             embedded windows</li>
1977         </ul> <em>Other</em>
1978         <ul>
1979           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1980             single sequence were not calculated</li>
1981           <li>annotation files that contain only groups imported as
1982             annotation and junk sequences</li>
1983           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1984             recognised as PFAM or BLC</li>
1985           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1986             doesn't affect background (2.8.0b1)
1987           <li></li>
1988           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1989           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1990             trailing gaps</li>
1991           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1992             registered correctly on import</li>
1993           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1994             certain alignments</li>
1995           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1996             existing annotation based 'use original colours'
1997             colourscheme loses original colours setting</li>
1998         </ul>
1999       </td>
2000     </tr>
2001     <tr>
2002       <td><div align="center">
2003           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2004             <em>30/1/2014</em></strong>
2005         </div></td>
2006       <td>
2007         <ul>
2008           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2009             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2010             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2011             open source project).
2012           </li>
2013           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2014           <li>Output in Stockholm format</li>
2015           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2016           <li>Export/import group and sequence associated line
2017             graph thresholds</li>
2018           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2019             ambiguity codes</li>
2020           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2021             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2022             works</li>
2023           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2024         </ul> <em>Other improvements</em>
2025         <ul>
2026           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2027           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2028             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2029           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2030             files</li>
2031           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2032           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2033             link but no description</li>
2034           <li>Select primary source when selecting authority in
2035             database fetcher GUI</li>
2036           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2037             Jalview</li>
2038           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2039         </ul>
2040       </td>
2041       <td>
2042         <ul>
2043           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2044             displayed</li>
2045           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2046             secondary structure annotation line</li>
2047           <li>Sequence database accessions not imported when
2048             fetching alignments from Rfam</li>
2049           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2050             identical IDs</li>
2051           <li>View all structures does not always superpose
2052             structures</li>
2053           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2054             reflect user or preset settings</li>
2055           <li>Null pointer exceptions for some services without
2056             presets or adjustable parameters</li>
2057           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2058             discover PDB xRefs</li>
2059           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2060             features with DAS</li>
2061           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2062             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2063           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2064             residue follows a gap</li>
2065           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2066             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2067           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2068             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2069           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2070             annotation already exists on alignment</li>
2071           <li>oninit javascript function should be called after
2072             initialisation completes</li>
2073           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2074             alignment window display</li>
2075           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2076           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2077             to annotation file</li>
2078           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2079             groups created</li>
2080           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2081             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2082           <li>Pressing return several times causes Number Format
2083             exceptions in keyboard mode</li>
2084           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2085             correct partitions for input data</li>
2086           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2087           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2088           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2089           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2090             mode</li>
2091           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2092             changes one row&#39;s threshold</li>
2093           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2094             doesn&#39;t open</li>
2095           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2096             quality histograms</li>
2097         </ul>
2098       </td>
2099     </tr>
2100     <tr>
2101       <td><div align="center">
2102           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2103         </div></td>
2104       <td><em>Application</em>
2105         <ul>
2106           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2107             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2108           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2109             preferences</li>
2110           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2111             in Jalview alignment window</li>
2112           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2113             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2114           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2115             RNA and ambiguity codes</li>
2116
2117           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2118           <li>Support fetching and database reference look up
2119             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2120             refs')</li>
2121           <li>Jalview project improvements
2122             <ul>
2123               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2124                 flag for annotation</li>
2125               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2126                 alignment</li>
2127               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2128                 Jalview project</li>
2129
2130             </ul>
2131           </li>
2132           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2133           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2134             running</li>
2135           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2136           <li>visual indication that web service results are still
2137             being retrieved from server</li>
2138           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2139             starts up for first time</li>
2140           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2141             services</li>
2142           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2143             client library</li>
2144           <li>Examples directory and Groovy library included in
2145             InstallAnywhere distribution</li>
2146         </ul> <em>Applet</em>
2147         <ul>
2148           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2149             visualization applet example</li>
2150         </ul> <em>General</em>
2151         <ul>
2152           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2153           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2154             defaults</li>
2155           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2156             calculation</li>
2157           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2158             matrices
2159           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2160             in HTML</li>
2161           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2162             structure contacts</li>
2163           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2164           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2165           <li>Parse sequence associated secondary structure
2166             information in Stockholm files</li>
2167           <li>HTML Export database accessions and annotation
2168             information presented in tooltip for sequences</li>
2169           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2170             style RNA alignment files</li>
2171           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2172             alignment</li>
2173           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2174             shade each sequence according to its associated alignment
2175             annotation</li>
2176           <li>New Jalview Logo</li>
2177         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2178         <ul>
2179           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2180           <li>New Website!</li>
2181         </ul></td>
2182       <td><em>Application</em>
2183         <ul>
2184           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2185             wsdbfetch REST service</li>
2186           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2187           <li>Filetype associations not installed for webstart
2188             launch</li>
2189           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2190             job execution in full once it is complete</li>
2191           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2192             uploaded via ali_file parameter</li>
2193           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2194           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2195           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2196             submitted for prediction</li>
2197           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2198             desktop window</li>
2199           <li>Putting fractional value into integer text box in
2200             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2201           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2202             windows 7</li>
2203           <li>View all structures fails with exception shown in
2204             structure view</li>
2205           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2206             escaped in a platform independent way</li>
2207           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2208             using proxy</li>
2209           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2210             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2211           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2212             failure when java web start temporary file caching is
2213             disabled</li>
2214           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2215             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2216           <li>Errors during processing of command line arguments
2217             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2218           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2219             DAS sources in sequence fetcher</li>
2220           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2221             dialog is shown</li>
2222           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2223           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2224           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2225           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2226             on OSX Mountain Lion</li>
2227           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2228             sequences with alignment annotation are pasted into the
2229             alignment</li>
2230           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2231             when loaded from Jalview project</li>
2232           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2233           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2234             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2235           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2236             associated with all views</li>
2237           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2238             annotation rows to new window</li>
2239         </ul> <em>Applet</em>
2240         <ul>
2241           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2242             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2243           <li>loading features via javascript API automatically
2244             enables feature display</li>
2245           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2246             work</li>
2247         </ul> <em>General</em>
2248         <ul>
2249           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2250           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2251             and then deselected</li>
2252           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2253           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2254             coloured with clustalx</li>
2255           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2256             exceptions and redraw errors</li>
2257           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2258             reconfigured view</li>
2259           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2260             colour</li>
2261           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2262             for lots of labels</li>
2263         </ul>
2264     </tr>
2265     <tr>
2266       <td>
2267         <div align="center">
2268           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2269         </div>
2270       </td>
2271       <td><em>Application</em>
2272         <ul>
2273           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2274           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2275           <li>View/alignment association menu to enable user to
2276             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2277             its colours/correspondences from</li>
2278           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2279           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2280             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2281           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2282           <li>Annotation row column label formatting attributes
2283             stored in project file</li>
2284           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2285             rows preserved in Jalview project file</li>
2286           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2287             saved using Desktop window menu</li>
2288           <li>Visual indication that command line arguments are
2289             still being processed</li>
2290           <li>Groovy script execution from URL</li>
2291           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2292             preferences</li>
2293           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2294             alignment with sequences that have high similarity and
2295             matching IDs</li>
2296           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2297           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2298             structures in same window</li>
2299           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2300           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2301             analysis function in its own submenu</li>
2302         </ul> <em>Applet</em>
2303         <ul>
2304           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2305             groups</li>
2306           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2307           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2308           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2309           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2310           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2311             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2312           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2313           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2314             parameters are treated as such</li>
2315           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2316             <ul>
2317               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2318               <li>Javascript callbacks for
2319                 <ul>
2320                   <li>Applet initialisation</li>
2321                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2322                 </ul>
2323               </li>
2324               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2325                 functions</li>
2326               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2327               <li>javascript structure viewer harness to pass
2328                 messages between Jmol and Jalview when running as
2329                 distinct applets</li>
2330               <li>sortBy method</li>
2331               <li>Set of applet and application examples shipped
2332                 with documentation</li>
2333               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2334                 javascript message exchange</li>
2335             </ul>
2336         </ul> <em>General</em>
2337         <ul>
2338           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2339             multiple alignments</li>
2340           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2341           <li>User configurable link to enable redirects to a
2342             www.Jalview.org mirror</li>
2343           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2344           <li>Configurable newline string when writing alignment
2345             and other flat files</li>
2346           <li>Allow alignment annotation description lines to
2347             contain html tags</li>
2348         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2349         <ul>
2350           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2351             examples</li>
2352           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2353             using a web service before displaying the result in the
2354             Jalview desktop</li>
2355           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2356           <li>Ant target to publish example html files with applet
2357             archive</li>
2358           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2359           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2360         </ul></td>
2361       <td><em>Application</em>
2362         <ul>
2363           <li>User defined colourscheme throws exception when
2364             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2365           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2366             dialog for valid filename/format</li>
2367           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2368           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2369             P37173</li>
2370           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2371             which sequence is to be associated with the file</li>
2372           <li>Find All raises null pointer exception when query
2373             only matches sequence IDs</li>
2374           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2375           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2376             2.4 cannot be loaded</li>
2377           <li>Filetype associations not installed for webstart
2378             launch</li>
2379           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2380             with sequences in different alignments do not get coloured
2381             by their associated sequence</li>
2382           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2383             not preserved when project is loaded</li>
2384           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2385             stored in Jalview project</li>
2386           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2387             Jalview project</li>
2388           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2389           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2390             by conservation</li>
2391           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2392             created on new view</li>
2393           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2394             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2395           <li>Alignment quality not updated after alignment
2396             annotation row is hidden then shown</li>
2397           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2398             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2399           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2400             properly</li>
2401           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2402             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2403           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2404           <li>Structures imported from file and saved in project
2405             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2406           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2407             job execution in full once it is complete</li>
2408         </ul> <em>Applet</em>
2409         <ul>
2410           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2411             annotation rows are displayed</li>
2412           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2413             codebase</li>
2414           <li>View follows highlighting does not work for positions
2415             in sequences</li>
2416           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2417           <li>Export features raises exception when no features
2418             exist</li>
2419           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2420             for javascript api is modified when separator string
2421             provided as parameter</li>
2422           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2423             alignment with no existing selection</li>
2424           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2425             to applet&#39;s codebase</li>
2426           <li>Status bar not updated after finished searching and
2427             search wraps around to first result</li>
2428           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2429             several Jalview applets causes race conditions and memory
2430             leaks</li>
2431           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2432             not sent from Jmol in applet</li>
2433           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2434             applet API fatally hang browser</li>
2435         </ul> <em>General</em>
2436         <ul>
2437           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2438             position with wrapped view and hidden regions</li>
2439           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2440             with/without hidden columns</li>
2441           <li>Sequence length given in alignment properties window
2442             is off by 1</li>
2443           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2444             import PDB like structure files</li>
2445           <li>Positional search results are only highlighted
2446             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2447           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2448           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2449             given sequence position</li>
2450           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2451             output</li>
2452           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2453             from nucleotide chains correctly</li>
2454           <li>Structure colours not updated when tree partition
2455             changed in alignment</li>
2456           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2457             parsed in interleaved stockholm</li>
2458           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2459             state</li>
2460           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2461             properly</li>
2462           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2463             properly associated with their pdb files</li>
2464         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2465         <ul>
2466           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2467             ApplyCopyright tool</li>
2468         </ul></td>
2469     </tr>
2470     <tr>
2471       <td>
2472         <div align="center">
2473           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2474         </div>
2475       </td>
2476       <td><em>Application</em>
2477         <ul>
2478           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2479             contact web services</li>
2480           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2481             service job window</li>
2482           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2483         </ul></td>
2484       <td>
2485         <ul>
2486           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2487             pir file emitted by Jalview</li>
2488           <li>Existing feature settings transferred to new
2489             alignment view created from cut'n'paste</li>
2490           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2491             parsing PDB files</li>
2492           <li>Consensus and conservation annotation rows
2493             occasionally become blank for all new windows</li>
2494           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2495             in wrapped view mode</li>
2496         </ul> <em>Application</em>
2497         <ul>
2498           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2499             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2500           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2501             parameter names</li>
2502           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2503             is down</li>
2504         </ul>
2505       </td>
2506     </tr>
2507     <tr>
2508       <td>
2509         <div align="center">
2510           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2511         </div>
2512       </td>
2513       <td><em>Application</em>
2514         <ul>
2515           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2516             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2517             (JABAWS)
2518           </li>
2519           <li>Web Services preference tab</li>
2520           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2521             preferences</li>
2522           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2523           <li>Superpose structures using associated sequence
2524             alignment</li>
2525           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2526             viewer</li>
2527         </ul> <em>Applet</em>
2528         <ul>
2529           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2530             link out mechanism</li>
2531         </ul> <em>Other</em>
2532         <ul>
2533           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2534             series 12</li>
2535           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2536             require Java 1.5</li>
2537           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2538             sequence annotation files</li>
2539           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2540             type colour specification</li>
2541           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2542             script to check if it being run in an interactive session or
2543             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2544         </ul></td>
2545       <td>
2546         <ul>
2547           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2548             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2549         </ul> <em>Application</em>
2550         <ul>
2551           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2552             selected Regions menu item</li>
2553           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2554             part of a valid accession ID</li>
2555           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2556             runs out of memory</li>
2557           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2558             analysis results</li>
2559           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2560             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2561           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2562         </ul> <em>Applet</em>
2563         <ul>
2564           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2565             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2566             defined.</li>
2567         </ul>
2568       </td>
2569     </tr>
2570     <tr>
2571       <td>
2572         <div align="center">
2573           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2574         </div>
2575       </td>
2576       <td></td>
2577       <td>
2578         <ul>
2579           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2580             sequence IDs</li>
2581           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2582             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2583           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2584             import correctly</li>
2585           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2586             number of columns are hidden</li>
2587           <li>annotation label popup menu not providing correct
2588             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2589             present</li>
2590           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2591             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2592           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2593             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2594
2595         </ul> <em>Applet</em>
2596         <ul>
2597           <li>annotation panel disappears when annotation is
2598             hidden/removed</li>
2599         </ul> <em>Application</em>
2600         <ul>
2601           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2602             alignment opened where annotation panel is visible but no
2603             annotations are present on alignment</li>
2604           <li>pasted region containing hidden columns is
2605             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2606           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2607             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2608           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2609             selected Rregions menu item.</li>
2610           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2611             'Un' or 'Non'conserved</li>
2612           <li>Sequence feature settings are being shared by
2613             multiple distinct alignments</li>
2614           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2615             changed</li>
2616           <li>double click on group annotation to select sequences
2617             does not propagate to associated trees</li>
2618           <li>Mac OSX specific issues:
2619             <ul>
2620               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2621                 window background</li>
2622               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2623                 name set correctly</li>
2624               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2625                 save feature colourscheme button</li>
2626             </ul>
2627           </li>
2628         </ul>
2629       </td>
2630     </tr>
2631     <tr>
2632
2633       <td>
2634         <div align="center">
2635           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2636         </div>
2637       </td>
2638       <td><em>New Capabilities</em>
2639         <ul>
2640           <li>URL links generated from description line for
2641             regular-expression based URL links (applet and application)
2642
2643           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2644             menu</li>
2645           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2646             structures</li>
2647           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2648             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2649           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2650             average score or total feature count for each sequence.</li>
2651           <li>Shading features by score or associated description</li>
2652           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2653             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2654           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2655             hide everything but the currently selected region.</li>
2656           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2657         </ul> <em>Application</em>
2658         <ul>
2659           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2660             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2661           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2662             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2663           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2664             database references and protein_name is parsed as
2665             description line (BioSapiens terms).</li>
2666           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2667             references in sequence ID tooltip from View menu in
2668             application.</li>
2669           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2670       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2671           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2672             conservation plots</li>
2673           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2674             and visualized as sequence logos</li>
2675           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2676             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2677           </li>
2678           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2679             when a new tree is opened.</li>
2680           <li>Jalview Java Console</li>
2681           <li>Better placement of desktop window when moving
2682             between different screens.</li>
2683           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2684             consensus annotation</li>
2685           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2686             Workflows</li>
2687           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2688             <ul>
2689               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2690                 used to preserve views, structures, and tree display
2691                 settings)</li>
2692               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2693                 command line</li>
2694               <li>Sharing of selected regions between views and
2695                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2696               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2697             </ul></li>
2698         </ul> <em>Applet</em>
2699         <ul>
2700           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2701           <li>New Parameters
2702             <ul>
2703               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2704                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2705                 opened.</li>
2706               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2707                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2708               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2709                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2710               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2711                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2712                 view</li>
2713               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2714                 increase the height or width of a cell in the alignment
2715                 grid relative to the current font size.</li>
2716             </ul>
2717           </li>
2718           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2719             tooltip</li>
2720         </ul> <em>Other</em>
2721         <ul>
2722           <li>Features format: graduated colour definitions and
2723             specification of feature scores</li>
2724           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2725             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2726             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2727           <li>XML formats extended to support graduated feature
2728             colourschemes, group associated annotation, and profile
2729             visualization settings.</li></td>
2730       <td>
2731         <ul>
2732           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2733             rather than description</li>
2734           <li>Non-positional features are now included in sequence
2735             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2736             visibility in tooltip).</li>
2737           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2738           <li>Added URL embedding instructions to features file
2739             documentation.</li>
2740           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2741             'X' in peptide product</li>
2742           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2743             sequence ID and sequence string and query strings do not
2744             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2745           <li>AMSA files only contain first column of
2746             multi-character column annotation labels</li>
2747           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2748             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2749             exported and re-imported)</li>
2750           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2751             name</li>
2752           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2753             as subsequence matches, and correctly reports total number
2754             of both.</li>
2755           <li>Application:
2756             <ul>
2757               <li>Better handling of exceptions during sequence
2758                 retrieval</li>
2759               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2760                 link text excludes the start_end suffix</li>
2761               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2762                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2763               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2764               <li>Sequence description lines properly shared via
2765                 VAMSAS</li>
2766               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2767                 data sources</li>
2768               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2769                 completes before alignment figures are generated.</li>
2770               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2771                 first time.</li>
2772               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2773                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2774               <li>User defined group colours properly recovered
2775                 from Jalview projects.</li>
2776             </ul>
2777           </li>
2778         </ul>
2779       </td>
2780
2781     </tr>
2782     <tr>
2783       <td>
2784         <div align="center">
2785           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2786         </div>
2787       </td>
2788       <td>
2789         <ul>
2790           <li>Experimental support for google analytics usage
2791             tracking.</li>
2792           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2793         </ul>
2794       </td>
2795       <td>
2796         <ul>
2797           <li>Race condition in applet preventing startup in
2798             jre1.6.0u12+.</li>
2799           <li>Exception when feature created from selection beyond
2800             length of sequence.</li>
2801           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2802           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2803             all sequences with a given id</li>
2804           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2805             ID string searches</li>
2806           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2807             alignment to fail with exception</li>
2808         </ul> <em>Application Issues</em>
2809         <ul>
2810           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2811           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2812             data sources</li>
2813         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2814         <ul>
2815           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2816             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2817           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2818             version (java class versioning error fixed)</li>
2819         </ul>
2820       </td>
2821     </tr>
2822     <tr>
2823       <td>
2824
2825         <div align="center">
2826           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2827         </div>
2828       </td>
2829       <td><em>User Interface</em>
2830         <ul>
2831           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2832             translation and protein products</li>
2833           <li>Linked highlighting of structure associated with
2834             residue mapping to codon position</li>
2835           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2836             and 'clear' button</li>
2837           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2838             Tools menu</li>
2839           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2840             numeric data in description line</li>
2841           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2842           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2843             of sequence</li>
2844         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2845         <ul>
2846           <li>JPred3 web service</li>
2847           <li>Prototype sequence search client (no public services
2848             available yet)</li>
2849           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2850             PFAM</li>
2851           <li>URL Links created for matching database cross
2852             references as well as sequence ID</li>
2853           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2854         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2855         <ul>
2856           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2857             databases</li>
2858           <li>Generalised database reference retrieval and
2859             validation to all fetchable databases</li>
2860           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2861             sequence command</li>
2862         </ul> <em>Import and Export</em>
2863         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2864         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2865           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2866         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2867           File</li>
2868         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2869           triplet as name of colourscheme</li>
2870         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2871         <ul>
2872           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2873           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2874             alignments (experimental)</li>
2875           <li>Create new or select existing session to join</li>
2876           <li>load and save of vamsas documents</li>
2877         </ul> <em>Application command line</em>
2878         <ul>
2879           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2880             from applet)</li>
2881           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2882             of DAS servers to query for alignment features</li>
2883           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2884             that are also automatically queried for features</li>
2885           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2886             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2887         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2888         <ul>
2889           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2890             application (when using &quot;View in full
2891             application&quot;)</li>
2892         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2893         <ul>
2894           <li>feature group display control parameter</li>
2895           <li>debug parameter</li>
2896           <li>showbutton parameter</li>
2897         </ul> <em>Applet API methods</em>
2898         <ul>
2899           <li>newView public method</li>
2900           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2901           <li>Feature display control methods</li>
2902           <li>get list of currently selected sequences</li>
2903         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2904         <ul>
2905           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2906           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2907             Jalview release.</li>
2908           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2909             property controls execution of obfuscator</li>
2910           <li>Build target for generating source distribution</li>
2911           <li>Debug flag for javacc</li>
2912           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2913             jalview.bin.Cache</li>
2914           <li>Continuous Build Integration for stable and
2915             development version of Application, Applet and source
2916             distribution</li>
2917         </ul></td>
2918       <td>
2919         <ul>
2920           <li>selected region output includes visible annotations
2921             (for certain formats)</li>
2922           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2923             for editing</li>
2924           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2925           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2926           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2927           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2928             comments</li>
2929           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2930             filenames containing a ':'</li>
2931           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2932             global sequence features</li>
2933           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2934             references from alignment sequences goes to zero</li>
2935           <li>Close of tree branch colour box without colour
2936             selection causes cascading exceptions</li>
2937           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2938           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2939             file parsing fails.</li>
2940           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2941           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2942             not a valid output format</li>
2943           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2944             vamsas</li>
2945           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2946           <li>error messages passed up and output when data read
2947             fails</li>
2948           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2949             sequence is edited</li>
2950           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2951             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2952           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2953             filetype</li>
2954           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2955             import fixed for PFAM records</li>
2956           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2957             window list</li>
2958           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2959             can be read and written correctly to annotation file</li>
2960           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2961             correctly</li>
2962           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2963             non-italic font for representatives in Applet</li>
2964           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2965             Macs.</li>
2966           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2967             Applet)</li>
2968           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2969             due to null pointer exceptions</li>
2970           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2971             first column of alignment</li>
2972           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2973             July 2008</li>
2974           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2975             file is case-insensitive</li>
2976           <li>Sequence features read from Features file appended to
2977             all sequences with matching IDs</li>
2978           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2979             containing a sub-sequence</li>
2980           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2981           <li>feature and annotation file applet parameters
2982             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2983           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2984           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2985             splash-screen version check to complete</li>
2986           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2987             when passing them to the launchApp service</li>
2988           <li>display name and local features preserved in results
2989             retrieved from web service</li>
2990           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2991             sequence fetcher initialisation</li>
2992           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2993             dasobert DAS client</li>
2994           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2995             association</li>
2996           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2997             sequences
2998           </li>
2999         </ul>
3000       </td>
3001     </tr>
3002     <tr>
3003       <td>
3004         <div align="center">
3005           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3006         </div>
3007       </td>
3008       <td>
3009         <ul>
3010           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3011           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3012           <li>Slide sequences</li>
3013           <li>Edit sequence in place</li>
3014           <li>EMBL CDS features</li>
3015           <li>DAS Feature mapping</li>
3016           <li>Feature ordering</li>
3017           <li>Alignment Properties</li>
3018           <li>Annotation Scores</li>
3019           <li>Sort by scores</li>
3020           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3021         </ul>
3022       </td>
3023       <td>
3024         <ul>
3025           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3026           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3027           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3028           <li>Feature group display state in XML</li>
3029           <li>Feature ordering in XML</li>
3030           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3031           <li>Stockholm alignment properties</li>
3032           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3033           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3034           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3035           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3036         </ul>
3037       </td>
3038
3039     </tr>
3040     <tr>
3041       <td>
3042         <div align="center">
3043           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3044         </div>
3045       </td>
3046       <td>
3047         <ul>
3048           <li>Non standard characters can be read and displayed
3049           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3050             applet via textbox
3051           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3052             name &amp; description
3053           <li>Preference setting to display sequence name in
3054             italics
3055           <li>Annotation file format extended to allow
3056             Sequence_groups to be defined
3057           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3058             specified in preferences
3059           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3060             sequences
3061         </ul>
3062       </td>
3063       <td>
3064         <ul>
3065           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3066             installed
3067           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3068           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3069         </ul>
3070       </td>
3071     </tr>
3072     <tr>
3073       <td>
3074         <div align="center">
3075           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3076         </div>
3077       </td>
3078       <td>
3079         <ul>
3080           <li>Multiple views on alignment
3081           <li>Sequence feature editing
3082           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3083           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3084           <li>Background dependent text colour
3085           <li>Right align sequence ids
3086           <li>User-defined lower case residue colours
3087           <li>Format Menu
3088           <li>Select Menu
3089           <li>Menu item accelerator keys
3090           <li>Control-V pastes to current alignment
3091           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3092           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3093           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3094
3095           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3096         </ul>
3097       </td>
3098       <td>
3099         <ul>
3100           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3101           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3102             calculations
3103           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3104             edits
3105           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3106             of alignment)
3107           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3108
3109           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3110             display correctly
3111           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3112           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3113             analysis results
3114           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3115             &#8739;
3116           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3117           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3118           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3119
3120         </ul>
3121       </td>
3122     </tr>
3123     <tr>
3124       <td>
3125         <div align="center">
3126           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3127         </div>
3128       </td>
3129       <td>
3130         <ul>
3131           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3132         </ul>
3133       </td>
3134       <td>
3135         <ul>
3136           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3137             sequence id panel has been resized</li>
3138           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3139             rendered</li>
3140           <li>Annotation files with sequence references - all
3141             elements in file are relative to sequence position</li>
3142           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3143         </ul>
3144       </td>
3145     </tr>
3146     <tr>
3147       <td>
3148         <div align="center">
3149           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3150         </div>
3151       </td>
3152       <td>
3153         <ul>
3154           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3155           <li>DAS Feature fetching</li>
3156           <li>Hide sequences and columns</li>
3157           <li>Export Annotations and Features</li>
3158           <li>GFF file reading / writing</li>
3159           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3160             files</li>
3161           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3162           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3163           <li>Applet can launch the full application</li>
3164           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3165             required)</li>
3166           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3167           <li>Applet can load sequences from parameter
3168             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3169           </li>
3170         </ul>
3171       </td>
3172       <td>
3173         <ul>
3174           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3175           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3176           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3177         </ul>
3178       </td>
3179     </tr>
3180     <tr>
3181       <td>
3182         <div align="center">
3183           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3184         </div>
3185       </td>
3186       <td>
3187         <ul>
3188           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3189           <li>Choose to match case when searching</li>
3190           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3191             expand the visible width and height of the alignment</li>
3192         </ul>
3193       </td>
3194       <td>
3195         <ul>
3196           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3197         </ul>
3198       </td>
3199     </tr>
3200     <tr>
3201       <td>
3202         <div align="center">
3203           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3204         </div>
3205       </td>
3206       <td>&nbsp;</td>
3207       <td>
3208         <ul>
3209           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3210           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3211             value</li>
3212         </ul>
3213       </td>
3214     </tr>
3215     <tr>
3216       <td>
3217         <div align="center">
3218           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3219         </div>
3220       </td>
3221       <td>
3222         <ul>
3223           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3224           <li>Keyboard editing</li>
3225           <li>Create sequence features from searches</li>
3226           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3227             alignments</li>
3228           <li>Features file allows grouping of features</li>
3229           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3230           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3231           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3232         </ul>
3233       </td>
3234       <td>
3235         <ul>
3236           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3237           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3238             descriptions saved.</li>
3239         </ul>
3240       </td>
3241     </tr>
3242     <tr>
3243       <td>
3244         <div align="center">
3245           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3246         </div>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3251           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3252           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3253             name for file output</li>
3254           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3255           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3256             used for HTML form input</li>
3257         </ul>
3258       </td>
3259       <td>
3260         <ul>
3261           <li>HTML output writes groups and features</li>
3262           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3263           <li>File IO bugs</li>
3264         </ul>
3265       </td>
3266     </tr>
3267     <tr>
3268       <td>
3269         <div align="center">
3270           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3271         </div>
3272       </td>
3273       <td>
3274         <ul>
3275           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3276           <li>More options for PCA viewer</li>
3277         </ul>
3278       </td>
3279       <td>
3280         <ul>
3281           <li>GUI bugs resolved</li>
3282           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3283         </ul>
3284       </td>
3285     </tr>
3286     <tr>
3287       <td height="63">
3288         <div align="center">
3289           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3290         </div>
3291       </td>
3292       <td>
3293         <ul>
3294           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3295           <li>Jar files are executable</li>
3296           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3297         </ul>
3298       </td>
3299       <td>
3300         <ul>
3301           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3302           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3303           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3304         </ul>
3305       </td>
3306     </tr>
3307     <tr>
3308       <td>
3309         <div align="center">
3310           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3311         </div>
3312       </td>
3313       <td>
3314         <ul>
3315           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3316         </ul>
3317       </td>
3318       <td>
3319         <ul>
3320           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3321         </ul>
3322       </td>
3323     </tr>
3324     <tr>
3325       <td>
3326         <div align="center">
3327           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3328         </div>
3329       </td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3333             size</li>
3334         </ul>
3335       </td>
3336       <td>
3337         <ul>
3338           <li>Improved JPred client reliability</li>
3339           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3340         </ul>
3341       </td>
3342     </tr>
3343     <tr>
3344       <td>
3345         <div align="center">
3346           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3347         </div>
3348       </td>
3349       <td>
3350         <ul>
3351           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3352           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3353           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3354             to Colour Menu</li>
3355           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3356           <li>Unix users can set default web browser</li>
3357           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3358           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3359         </ul>
3360       </td>
3361       <td>
3362         <ul>
3363           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3364         </ul>
3365       </td>
3366     </tr>
3367     <tr>
3368       <td>
3369         <div align="center">
3370           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3371         </div>
3372       </td>
3373       <td>&nbsp;</td>
3374       <td>
3375         <ul>
3376           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3377             alignment order.</li>
3378         </ul>
3379       </td>
3380     </tr>
3381     <tr>
3382       <td>
3383         <div align="center">
3384           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3385         </div>
3386       </td>
3387       <td>
3388         <ul>
3389           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3390           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3391           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3392             annotations.</li>
3393           <li>Version and build date written to build properties
3394             file.</li>
3395           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3396             at launch of Jalview.</li>
3397         </ul>
3398       </td>
3399       <td>
3400         <ul>
3401           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3402           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3403           <li>Can remove groups one by one.</li>
3404           <li>Filechooser icons installed.</li>
3405           <li>Finder ignores return character when searching.
3406             Return key will initiate a search.<br>
3407           </li>
3408         </ul>
3409       </td>
3410     </tr>
3411     <tr>
3412       <td>
3413         <div align="center">
3414           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3415         </div>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
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