help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li></li>
  81           </ul>
  82           <em>Application</em>
  83           <ul>
  84           <li></li>
  85           </ul>
  86           <em>Applet</em>
  87           <ul>
  88           <li></li>
  89           </ul>
  90           </div></td><td><div align="left">
  91           <em>General</em>
  92           <ul>
  93           <li></li>
  94           </ul>
  95           <em>Application</em>
  96           <ul>
  97           <li></li>
  98           </ul>
  99           <em>Applet</em>
 100           <ul>
 101           <li></li>
 102           </ul>
 103           <em>New Known Issues</em>
 104           <ul>
 105           <li></li>
 106           </ul>
 107
 108           </div>
 109     <tr>
 110       <td width="60" nowrap>
 111         <div align="center">
 112           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 113             <em>29/11/2016</em></strong>
 114         </div>
 115       </td>
 116       <td><div align="left">
 117           <em>General</em>
 118           <ul>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 121               for all consensus calculations
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 125             </li>
 126             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 127               for 2016-2017</li>
 128           </ul>
 129           <em>Application</em>
 130           <ul>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 133               set of database cross-references, sorted alphabetically
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 137               from database cross references. Users with custom links
 138               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 139                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 143               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 144               Chimera session
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 148               the Chimera it is connected to is shut down
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 152               columns menu item to mark columns containing
 153               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 154               of a Find operation)
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 158               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 159               MSAviewer
 160             </li>
 161           </ul>
 162         </div></td>
 163       <td>
 164         <div align="left">
 165           <em>General</em>
 166           <ul>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 169               are not coloured or thresholded according to percent
 170               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 174               hydrophobic
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 178               threshold, amino acid properties)
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 182               reported as mapped to residues in a structure file in the
 183               View Mapping report
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 187               could be added multiple times to a sequence
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 191               bond features shown as two highlighted residues rather
 192               than a range in linked structure views, and treated
 193               correctly when selecting and computing trees from features
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 197               cross-references are matched to database name regardless
 198               of case
 199             </li>
 200
 201           </ul>
 202           <em>Application</em>
 203           <ul>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 206               names without regular expressions also offer links from
 207               Sequence ID
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 211               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 212               update Jalview configuration
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 216               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 220               files with similarly named sequences if dropped onto the
 221               alignment
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 225               entries where more chains exist in the PDB accession than
 226               are reported in the SIFTS file
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 230               the structure view when displayed with Chimera
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 234               panel's View->Show Chains submenu
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 238               work for wrapped alignment views
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 242               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 246               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 247               first annotation row
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 251               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 252             </li>
 253           </ul>
 254 <!--           <em>New Known Issues</em>
 255           <ul>
 256             <li></li>
 257           </ul> -->
 258         </div>
 259       </td>
 260     </tr>
 261       <td width="60" nowrap>
 262         <div align="center">
 263           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 264             <em>25/10/2016</em></strong>
 265         </div>
 266       </td>
 267       <td><em>Application</em>
 268         <ul>
 269           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 270             view if structures already loaded</li>
 271           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 272             structure views</li>
 273         </ul></td>
 274       <td>
 275         <div align="left">
 276           <em>General</em>
 277           <ul>
 278             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 279               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 280             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 281               example sequences/projects/trees</li>
 282           </ul>
 283           <em>Application</em>
 284           <ul>
 285             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 286               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 287             <li>Multiple structure views can be opened and
 288               superposed without timeout for structures with multiple
 289               models or multiple sequences in alignment</li>
 290             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 291               a PDB ID HEADER line</li>
 292             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 293               superposition is performed</li>
 294             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 295               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 296             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 297             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 298               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 299               Refs UI option</li>
 300             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 301               view is created on the alignment</li>
 302             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 303               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 304               to open group pop-up menu</li>
 305           </ul>
 306           <em>Build and deployment</em>
 307           <ul>
 308             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 309               tags</li>
 310           </ul>
 311           <em>New Known Issues</em>
 312           <ul>
 313             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 314               work on Windows</li>
 315           </ul>
 316         </div>
 317       </td>
 318     </tr>
 319     <tr>
 320       <td width="60" nowrap>
 321         <div align="center">
 322           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 323         </div>
 324       </td>
 325       <td><em>General</em>
 326         <ul>
 327           <li>
 328           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 332             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 333             better PDB parsing.
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 337             reference sequence
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 341             mousing over sequence associated annotation
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 345             for manual entry
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 349             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 350             for each column
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 354             showing or hiding columns containing a feature
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 358             group and sequence associated annotation labels
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 362             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 363             dialogs
 364           </li>
 365
 366         </ul> <em>Application</em>
 367         <ul>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 370             gene/transcript view
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 374             dialog
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 378             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 382             Pfam sources to xfam.org
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 389             over sequences in Jalview
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 393             regions in ENA and EMBL
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 397             for record retrieval via ENA rest API
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 401             complement operator
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 405             groovy script execution
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 409             alignment window's Calculate menu
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 413             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 417             calculation workers from groovy scripts
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 421             Jalview projects
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 425             associations are now saved/restored from project
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 429             before sequence fetcher is opened
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 433             database chooser opens a sequence fetcher
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 437             the UniProt REST API
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 441             the news reader opening
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 445             querying stored in preferences
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 449             search results
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 456             menu for nucleotide sequences
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 460             and feature counts preserves alignment ordering (and
 461             debugged for complex feature sets).
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 465             viewing structures with Jalview 2.10
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 469             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 470             Ensembl Genomes REST API
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 474             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 475             (Ensembl)
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 479             sequences
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 483             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 484             data from external database records.
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 488             efficient recovery of sequence coding and alignment
 489             annotation relationships.
 490           </li>
 491         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 492         <ul>
 493           <li>
 494             -- JAL---
 495           </li>
 496         </ul> --></td>
 497       <td>
 498         <div align="left">
 499           <em>General</em>
 500           <ul>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 503               menu on OSX
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 507               includes graduated colourschemes
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 511               working with big alignments and lots of hidden columns
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 515               at right of alignment window
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 519               contents
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 523               for DNA alignments
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 527               based tree calculation
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 531               unconserved enabled for group on alignment
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 535               set as reference
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 539               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 540               annotation
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 544               hidden columns present
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 548               user created annotation added to alignment
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 552               '()' base pair annotation
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 556               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 557               Consensus
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 561               feature not working
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 565               beginning of sequence
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 569               entry 3a6s
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 573               from a tree when t-coffee scores are shown
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 577               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 581               some structures
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 585               to Clustal, PIR and PileUp output
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 589               not visible causes alignment window to repaint
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 593               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 594               scores associated with features and annotation rows
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 598               calculation should be case independent
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 602               columns
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 606               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 607               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 611               problems when reference sequence defined and 'show
 612               non-conserved' enabled
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 616               load even when Consensus calculation is disabled
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 620               alignment does nothing
 621             </li>
 622           </ul>
 623           <em>Application</em>
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 627               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 628               yet fixed for El Capitan)
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 632               output when running on non-gb/us i18n platforms
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 636               hidden sequences as flat-file alignment
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 640               launching Chimera
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 644               (also hotfix for 2.9.0b2)
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 648               reference sequence defined
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 652               alignments and views when revealing hidden columns
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 656               view in a cDNA/Protein splitframe
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 660               sequence from project when only one sequence is
 661               represented
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 665               in Structure Chooser
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 669               structure consensus didn't refresh annotation panel
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 673               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 677               dialogs format columns correctly, don't display array
 678               data, sort columns according to type
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 682               file chooser is cancelled during an image export
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 686               sequence name containing special characters
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 690               case insensitive
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 694               formatting don't wrap
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 698               truncated so L looks like I in consensus annotation
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 702               currently displayed features for the current selection or
 703               view
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 707               after fetching cross-references, and restoring from project
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 711               followed in the structure viewer
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 715               splitframe not restored from project
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 719               trailing end of protein alignment in transcript/product
 720               splitview when pad-gaps not enabled by default
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 724               is case dependent
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 728               article has been read (reopened issue due to
 729               internationalisation problems)
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 733               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 734               cross-references
 735             </li>
 736
 737             <li>
 738               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 739               alignment as HTML
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 743               multiple structures are shown for one or more sequences.
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 747               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 748               is enabled.
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 752               specific PDB id for sequence
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 756               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 757               columns' is disabled.
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 761               selects lowest rather than highest resolution structures
 762               for each sequence
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 766               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 770               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 771             </li>
 772             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 773               after clicking on it to create new annotation for a
 774               column.
 775             </li>
 776             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 777             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 778           </ul>
 779           <em>Applet</em>
 780           <ul>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 783               hidden columns present before start of sequence
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 787               (JSON jars)
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 791               sequences are hidden in applet
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 795               deployment on examples pages.
 796             </li>
 797           </ul>
 798         </div>
 799       </td>
 800     </tr>
 801     <tr>
 802       <td width="60" nowrap>
 803         <div align="center">
 804           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 805             <em>16/10/2015</em></strong>
 806         </div>
 807       </td>
 808       <td><em>General</em>
 809         <ul>
 810           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 811             jars</li>
 812         </ul></td>
 813       <td>
 814         <div align="left">
 815           <em>Application</em>
 816           <ul>
 817             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 818               shown when tree is partitioned</li>
 819             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 820               multiple cDNA/Protein split views</li>
 821           </ul>
 822         </div>
 823       </td>
 824     </tr>
 825     <tr>
 826       <td width="60" nowrap>
 827         <div align="center">
 828           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 829             <em>8/10/2015</em></strong>
 830         </div>
 831       </td>
 832       <td><em>General</em>
 833         <ul>
 834           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 835             2.9</li>
 836         </ul> <em>Application</em>
 837         <ul>
 838           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 839           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 840           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 841         </ul> <em>Applet</em>
 842         <ul>
 843           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 844         </ul><em>Build and Deployment</em>
 845         <ul>
 846           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 847         </ul></td>
 848       <td>
 849         <div align="left">
 850           <em>General</em>
 851           <ul>
 852             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 853               incorrect when sequence start > 1</li>
 854             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 855               documentation</li>
 856             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 857             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 858               loading a features file containing HTML tags in feature
 859               description</li>
 860
 861           </ul>
 862           <em>Application</em>
 863           <ul>
 864             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 865               reimport</li>
 866             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 867               with 'trim retrieved sequences'</li>
 868             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 869               deleting selected columns</li>
 870             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 871               JNLP templates for webstart launch</li>
 872             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 873               unreleased structures for download or viewing</li>
 874             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 875               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 876             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 877               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 878             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 879               recovered from jalview project</li>
 880             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 881               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 882               alignment view</li>
 883             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 884               color schemes from BioJSON</li>
 885           </ul>
 886           <em>Applet</em>
 887           <ul>
 888             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 889               frame</li>
 890             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 891           </ul>
 892         </div>
 893       </td>
 894     </tr>
 895     <tr>
 896       <td><div align="center">
 897           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 898         </div></td>
 899       <td><em>General</em>
 900         <ul>
 901           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 902             alignments:
 903             <ul>
 904               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 905                 and DNA alignment views</li>
 906               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 907                 cDNA alignment views</li>
 908               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 909                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 910               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 911                 protein sequences</li>
 912             </ul>
 913           </li>
 914           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 915           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 916             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 917           <li>New alignment annotation file statements for
 918             reference sequences and marking hidden columns</li>
 919           <li>Reference sequence based alignment shading to
 920             highlight variation</li>
 921           <li>Select or hide columns according to alignment
 922             annotation</li>
 923           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 924           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 925             acid conservation row</li>
 926           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 927         </ul> <em>Application</em>
 928         <ul>
 929           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 930             <ul>
 931               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 932                 view with cDNA/Protein</li>
 933               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 934                 sequences are placed in the same alignment</li>
 935               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 936                 projects</li>
 937             </ul>
 938           </li>
 939
 940           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 941           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 942             Jalview windows</li>
 943
 944           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 945           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 946           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 947             be shown in VARNA</li>
 948
 949           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 950             as the active selected region</li>
 951
 952           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 953             similarity</li>
 954           <li>New Export options
 955             <ul>
 956               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 957                 region export in flat file generation</li>
 958
 959               <li>Export alignment views for display with the <a
 960                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 961
 962               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 963               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 964                 alignment figures to HTML</li>
 965           </li>
 966           <li>3D structure retrieval and display
 967             <ul>
 968               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 969                 Search API</li>
 970               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 971                 PDB structures for a sequence set</li>
 972             </ul>
 973           </li>
 974
 975           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 976             predictions</li>
 977           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 978             for one or a group of sequences</li>
 979           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 980             from the JPred4 web server</li>
 981           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 982             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 983             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 984           </li>
 985           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 986             VARNA 2D Structure'</li>
 987           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 988             Structure ..."</li>
 989
 990         </ul> <em>Applet</em>
 991         <ul>
 992           <li>New layout for applet example pages</li>
 993           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 994             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 995           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 996             Protein alignments</li>
 997         </ul> <em>Development and deployment</em>
 998         <ul>
 999           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1000           <li>Include installation type and git revision in build
1001             properties and console log output</li>
1002           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1003             storing BioJsMSA Templates</li>
1004           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1005         </ul></td>
1006       <td>
1007         <!-- <em>General</em>
1008         <ul>
1009         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1010         <ul>
1011           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1012           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1013           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1014             predictions are not highlighted in amber</li>
1015           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1016             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1017           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1018             associated structure views</li>
1019           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1020             width checkbox not enabled</li>
1021           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1022             creating user defined colours</li>
1023           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1024             mappings for just that viewer's sequences</li>
1025           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1026             multiple models in Chimera</li>
1027           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1028             over Jmol structure</li>
1029           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1030             output to text box</li>
1031           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1032             have incorrect sequence start/end</li>
1033           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1034             Jalview fails</li>
1035           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1036             work for nucleotide</li>
1037           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1038             to a grey/invisible alignment window</li>
1039           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1040             imports to different position</li>
1041           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1042             on some platforms</li>
1043           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1044             populated</li>
1045           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1046             console if Chimera has been opened</li>
1047           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1048           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1049             retrieved</li>
1050           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1051           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1052             either sequence shows on first structure</li>
1053           <li>'Show annotations' options should not make
1054             non-positional annotations visible</li>
1055           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1056             in right place after 'view flanking regions'</li>
1057           <li>File Save As type unset when current file format is
1058             unknown</li>
1059           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1060             projects</li>
1061           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1062             responsive</li>
1063           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1064             several views on same alignment</li>
1065           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1066           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1067             spaces</li>
1068         </ul> <em>Applet</em>
1069         <ul>
1070           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1071           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1072             descriptions containing angle brackets</li>
1073         </ul> <em>General</em>
1074         <ul>
1075           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1076             via jalview annotation file</li>
1077           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1078             with RNA secondary structure</li>
1079           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1080             translation doesn't work.</li>
1081           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1082           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1083             positions</li>
1084           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1085             choosing 1pt font</li>
1086           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1087             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1088             'h'</li>
1089           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1090             new feature</li>
1091           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1092             order dependent</li>
1093           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1094             sequences</li>
1095           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1096         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1097         <ul>
1098           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1099             www.jalview.org</li>
1100         </ul> <em>Application Known issues</em>
1101         <ul>
1102           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1103           <li>Misleading message appears after trying to delete
1104             solid column.</li>
1105           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1106             version launches</li>
1107           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1108             fails with a sequence mismatch</li>
1109           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1110             scrolling alignment to right</li>
1111           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1112             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1113           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1114             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1115           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1116             ultra-high resolution</li>
1117           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1118             quality and conservation</li>
1119           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1120             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1121         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1122         <ul>
1123           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1124           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1125             window is being resized</li>
1126
1127         </ul>
1128       </td>
1129     </tr>
1130     <tr>
1131       <td><div align="center">
1132           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1133         </div></td>
1134       <td><em>General</em>
1135         <ul>
1136           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1137             Certum.PL.</li>
1138           <li>Features and annotation preserved when performing
1139             pairwise alignment</li>
1140           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1141             imported/exported/displayed</li>
1142           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1143             protein secondary structure</li>
1144           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1145               post-hoc with 2.9 release</em>)
1146           </li>
1147
1148         </ul> <em>Application</em>
1149         <ul>
1150           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1151             with 3D structures</li>
1152           <li>Support for parsing RNAML</li>
1153           <li>Annotations menu for layout
1154             <ul>
1155               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1156               <li>place sequence annotation above/below alignment
1157                 annotation</li>
1158             </ul>
1159           <li>Output in Stockholm format</li>
1160           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1161             translation</li>
1162           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1163           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1164             shared between alignments</li>
1165           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1166             Jalview</li>
1167           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1168             all or current selection</li>
1169           <li>disorder and secondary structure predictions
1170             available as dataset annotation</li>
1171           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1172
1173
1174           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1175             alignments from Rfam</li>
1176           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1177
1178           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1179             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1180           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1181           <li>include installation type in build properties and
1182             console log output</li>
1183           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1184             annotation</li>
1185         </ul></td>
1186       <td>
1187         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1188         <ul>
1189           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1190             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1191           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1192             alignment</li>
1193           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1194           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1195           <li>Double click on sequence associated annotation
1196             selects only first column</li>
1197           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1198             leaves shown in tree</li>
1199           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1200             properly</li>
1201           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1202           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1203             screen and buttons not visible</li>
1204           <li>author list isn't updated if already written to
1205             Jalview properties</li>
1206           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1207             from database</li>
1208           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1209           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1210             browser search window</li>
1211           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1212             in feature settings dialog</li>
1213           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1214             desktop</li>
1215           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1216             pass validation</li>
1217           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1218             fit on screen</li>
1219           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1220             tooltip</li>
1221           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1222             defined user preset</li>
1223           <li>MSA web services warns user if they were launched
1224             with invalid input</li>
1225           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1226             Java 8</li>
1227           <li>
1228             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1229             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1230             created
1231           </li>
1232
1233         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1234                                 <ul>
1235                                 </ul> <em>General</em>
1236                                 <ul>
1237                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1238         <ul>
1239           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1240             memory allocation</li>
1241           <li>launchApp service doesn't automatically open
1242             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1243           <li>
1244             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1245             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1246             1.7_055 is available
1247           </li>
1248         </ul> <em>Application Known issues</em>
1249         <ul>
1250           <li>
1251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1252             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1253             alignment to right
1254           </li>
1255           <li>
1256             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1257             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1258             with large number of ID
1259           </li>
1260           <li>
1261             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1262             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1263             start/end
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1267             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1268             structure tracks are rearranged
1269           </li>
1270           <li>
1271             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1272             invalid rna structure positional highlighting does not
1273             highlight position of invalid base pairs
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1277             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1278             project from alignment window file menu
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1282             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1283             structures
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1287             colour by RNA Helices not enabled when user created
1288             annotation added to alignment
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1292             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1293           </li>
1294         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1295         <ul>
1296           <li>
1297             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1298             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1299           </li>
1300           <li>
1301             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1302             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1303           </li>
1304
1305           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1306             when selected</li>
1307         </ul>
1308       </td>
1309     </tr>
1310     <tr>
1311       <td><div align="center">
1312           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1313         </div></td>
1314       <td>
1315         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1316         <em>General</em>
1317         <ul>
1318           <li>Internationalisation of user interface (usually
1319             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1320           <li>Define/Undefine group on current selection with
1321             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1322           <li>Improved group creation/removal options in
1323             alignment/sequence Popup menu</li>
1324           <li>Sensible precision for symbol distribution
1325             percentages shown in logo tooltip.</li>
1326           <li>Annotation panel height set according to amount of
1327             annotation when alignment first opened</li>
1328         </ul> <em>Application</em>
1329         <ul>
1330           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1331             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1332           <li>Select columns containing particular features from
1333             Feature Settings dialog</li>
1334           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1335             sequences</li>
1336           <li>Update Jalview project format:
1337             <ul>
1338               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1339               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1340                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1341               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1342                 colouring</li>
1343             </ul>
1344           </li>
1345           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1346             (PAM250)</li>
1347           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1348             flanking regions for an alignment</li>
1349         </ul>
1350       </td>
1351       <td>
1352         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1353         <ul>
1354           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1355             running after job is cancelled</li>
1356           <li>cannot export features from alignments imported from
1357             Jalview/VAMSAS projects</li>
1358           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1359             float values</li>
1360           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1361             have 'display all symbols' flag set</li>
1362           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1363             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1364           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1365             Jalview</li>
1366           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1367             Lion/Webstart</li>
1368           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1369           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1370           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1371             alignment onto desktop</li>
1372           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1373             'extract scores' function</li>
1374           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1375             alignment window</li>
1376           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1377             performing IUPred disorder prediction</li>
1378           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1379             changing 'normalise logo' display setting</li>
1380           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1381             nothing matches query</li>
1382           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1383             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1384           </li>
1385           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1386             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1387           </li>
1388           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1389             Jalview's menu</li>
1390           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1391             'invalid literal/length code'</li>
1392           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1393             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1394           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1395             colourscheme</li>
1396
1397         </ul> <em>Applet</em>
1398         <ul>
1399           <li>Remove group option is shown even when selection is
1400             not a group</li>
1401           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1402             don't affect groups</li>
1403           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1404             colourscheme name</li>
1405           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1406             Annotation panel is not displayed</li>
1407           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1408             embedded windows</li>
1409         </ul> <em>Other</em>
1410         <ul>
1411           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1412             single sequence were not calculated</li>
1413           <li>annotation files that contain only groups imported as
1414             annotation and junk sequences</li>
1415           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1416             recognised as PFAM or BLC</li>
1417           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1418             doesn't affect background (2.8.0b1)
1419           <li></li>
1420           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1421           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1422             trailing gaps</li>
1423           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1424             registered correctly on import</li>
1425           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1426             certain alignments</li>
1427           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1428             existing annotation based 'use original colours'
1429             colourscheme loses original colours setting</li>
1430         </ul>
1431       </td>
1432     </tr>
1433     <tr>
1434       <td><div align="center">
1435           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1436             <em>30/1/2014</em></strong>
1437         </div></td>
1438       <td>
1439         <ul>
1440           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1441             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1442             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1443             open source project).
1444           </li>
1445           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1446           </li>
1447           <li>Output in Stockholm format</li>
1448           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1449           <li>Export/import group and sequence associated line
1450             graph thresholds</li>
1451           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1452             ambiguity codes</li>
1453           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1454             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1455             works</li>
1456           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1457         </ul> <em>Other improvements</em>
1458         <ul>
1459           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1460           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1461             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1462           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1463             files</li>
1464           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1465           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1466             link but no description</li>
1467           <li>Select primary source when selecting authority in
1468             database fetcher GUI</li>
1469           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1470             Jalview</li>
1471           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1472         </ul>
1473       </td>
1474       <td>
1475         <ul>
1476           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1477             displayed</li>
1478           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1479             secondary structure annotation line</li>
1480           <li>Sequence database accessions not imported when
1481             fetching alignments from Rfam</li>
1482           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1483             identical IDs</li>
1484           <li>View all structures does not always superpose
1485             structures</li>
1486           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1487             reflect user or preset settings</li>
1488           <li>Null pointer exceptions for some services without
1489             presets or adjustable parameters</li>
1490           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1491             discover PDB xRefs</li>
1492           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1493             features with DAS</li>
1494           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1495             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1496           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1497             residue follows a gap</li>
1498           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1499             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1500           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1501             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1502           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1503             annotation already exists on alignment</li>
1504           <li>oninit javascript function should be called after
1505             initialisation completes</li>
1506           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1507             alignment window display</li>
1508           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1509           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1510             to annotation file</li>
1511           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1512             groups created</li>
1513           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1514             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1515           <li>Pressing return several times causes Number Format
1516             exceptions in keyboard mode</li>
1517           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1518             correct partitions for input data</li>
1519           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1520           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1521           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1522           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1523             mode</li>
1524           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1525             changes one row&#39;s threshold</li>
1526           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1527             doesn&#39;t open</li>
1528           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1529             quality histograms</li>
1530         </ul>
1531       </td>
1532     </tr>
1533     <tr>
1534       <td><div align="center">
1535           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1536         </div></td>
1537       <td><em>Application</em>
1538         <ul>
1539           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1540             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1541           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1542             preferences</li>
1543           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1544             in Jalview alignment window</li>
1545           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1546             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1547           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1548             RNA and ambiguity codes</li>
1549
1550           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1551           <li>Support fetching and database reference look up
1552             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1553             refs')</li>
1554           <li>Jalview project improvements
1555             <ul>
1556               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1557                 flag for annotation</li>
1558               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1559                 alignment</li>
1560               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1561                 Jalview project</li>
1562
1563             </ul>
1564           </li>
1565           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1566           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1567             running</li>
1568           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1569           <li>visual indication that web service results are still
1570             being retrieved from server</li>
1571           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1572             starts up for first time</li>
1573           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1574             services</li>
1575           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1576             client library</li>
1577           <li>Examples directory and Groovy library included in
1578             InstallAnywhere distribution</li>
1579         </ul> <em>Applet</em>
1580         <ul>
1581           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1582             visualization applet example</li>
1583         </ul> <em>General</em>
1584         <ul>
1585           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1586           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1587             defaults</li>
1588           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1589             calculation</li>
1590           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1591             matrices
1592           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1593             in HTML</li>
1594           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1595             structure contacts</li>
1596           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1597           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1598           <li>Parse sequence associated secondary structure
1599             information in Stockholm files</li>
1600           <li>HTML Export database accessions and annotation
1601             information presented in tooltip for sequences</li>
1602           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1603             style RNA alignment files</li>
1604           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1605             alignment</li>
1606           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1607             shade each sequence according to its associated alignment
1608             annotation</li>
1609           <li>New Jalview Logo</li>
1610         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1611         <ul>
1612           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1613           <li>New Website!</li>
1614         </ul></td>
1615       <td><em>Application</em>
1616         <ul>
1617           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1618             wsdbfetch REST service</li>
1619           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1620           <li>Filetype associations not installed for webstart
1621             launch</li>
1622           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1623             job execution in full once it is complete</li>
1624           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1625             uploaded via ali_file parameter</li>
1626           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1627           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1628           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1629             submitted for prediction</li>
1630           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1631             desktop window</li>
1632           <li>Putting fractional value into integer text box in
1633             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1634           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1635             windows 7</li>
1636           <li>View all structures fails with exception shown in
1637             structure view</li>
1638           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1639             escaped in a platform independent way</li>
1640           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1641             using proxy</li>
1642           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1643             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1644           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1645             failure when java web start temporary file caching is
1646             disabled</li>
1647           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1648             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1649           <li>Errors during processing of command line arguments
1650             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1651           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1652             DAS sources in sequence fetcher</li>
1653           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1654             dialog is shown</li>
1655           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1656           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1657           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1658           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1659             on OSX Mountain Lion</li>
1660           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1661             sequences with alignment annotation are pasted into the
1662             alignment</li>
1663           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1664             when loaded from Jalview project</li>
1665           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1666           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1667             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1668           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1669             associated with all views</li>
1670           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1671             annotation rows to new window</li>
1672         </ul> <em>Applet</em>
1673         <ul>
1674           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1675             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1676           <li>loading features via javascript API automatically
1677             enables feature display</li>
1678           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1679             work</li>
1680         </ul> <em>General</em>
1681         <ul>
1682           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1683           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1684             and then deselected</li>
1685           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1686           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1687             coloured with clustalx</li>
1688           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1689             exceptions and redraw errors</li>
1690           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1691             reconfigured view</li>
1692           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1693             colour</li>
1694           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1695             for lots of labels</li>
1696         </ul>
1697     </tr>
1698     <tr>
1699       <td>
1700         <div align="center">
1701           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1702         </div>
1703       </td>
1704       <td><em>Application</em>
1705         <ul>
1706           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1707           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1708           <li>View/alignment association menu to enable user to
1709             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1710             its colours/correspondences from</li>
1711           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1712           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1713             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1714           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1715           <li>Annotation row column label formatting attributes
1716             stored in project file</li>
1717           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1718             rows preserved in Jalview project file</li>
1719           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1720             saved using Desktop window menu</li>
1721           <li>Visual indication that command line arguments are
1722             still being processed</li>
1723           <li>Groovy script execution from URL</li>
1724           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1725             preferences</li>
1726           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1727             alignment with sequences that have high similarity and
1728             matching IDs</li>
1729           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1730           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1731             structures in same window</li>
1732           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1733           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1734             analysis function in its own submenu</li>
1735         </ul> <em>Applet</em>
1736         <ul>
1737           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1738             groups</li>
1739           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1740           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1741           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1742           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1743           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1744             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1745           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1746           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1747             parameters are treated as such</li>
1748           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1749             <ul>
1750               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1751               <li>Javascript callbacks for
1752                 <ul>
1753                   <li>Applet initialisation</li>
1754                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1755                 </ul>
1756               </li>
1757               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1758                 functions</li>
1759               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1760               <li>javascript structure viewer harness to pass
1761                 messages between Jmol and Jalview when running as
1762                 distinct applets</li>
1763               <li>sortBy method</li>
1764               <li>Set of applet and application examples shipped
1765                 with documentation</li>
1766               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1767                 javascript message exchange</li>
1768             </ul>
1769         </ul> <em>General</em>
1770         <ul>
1771           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1772             multiple alignments</li>
1773           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1774           <li>User configurable link to enable redirects to a
1775             www.Jalview.org mirror</li>
1776           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1777           <li>Configurable newline string when writing alignment
1778             and other flat files</li>
1779           <li>Allow alignment annotation description lines to
1780             contain html tags</li>
1781         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1782         <ul>
1783           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1784             examples</li>
1785           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1786             using a web service before displaying the result in the
1787             Jalview desktop</li>
1788           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1789           <li>Ant target to publish example html files with applet
1790             archive</li>
1791           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1792           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1793         </ul></td>
1794       <td><em>Application</em>
1795         <ul>
1796           <li>User defined colourscheme throws exception when
1797             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1798           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1799             dialog for valid filename/format</li>
1800           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1801           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1802             P37173</li>
1803           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1804             which sequence is to be associated with the file</li>
1805           <li>Find All raises null pointer exception when query
1806             only matches sequence IDs</li>
1807           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1808           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1809             2.4 cannot be loaded</li>
1810           <li>Filetype associations not installed for webstart
1811             launch</li>
1812           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1813             with sequences in different alignments do not get coloured
1814             by their associated sequence</li>
1815           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1816             not preserved when project is loaded</li>
1817           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1818             stored in Jalview project</li>
1819           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1820             Jalview project</li>
1821           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1822           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1823             by conservation</li>
1824           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1825             created on new view</li>
1826           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1827             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1828           <li>Alignment quality not updated after alignment
1829             annotation row is hidden then shown</li>
1830           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1831             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1832           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1833             properly</li>
1834           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1835             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1836           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1837           <li>Structures imported from file and saved in project
1838             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1839           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1840             job execution in full once it is complete</li>
1841         </ul> <em>Applet</em>
1842         <ul>
1843           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1844             annotation rows are displayed</li>
1845           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1846             codebase</li>
1847           <li>View follows highlighting does not work for positions
1848             in sequences</li>
1849           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1850           <li>Export features raises exception when no features
1851             exist</li>
1852           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1853             for javascript api is modified when separator string
1854             provided as parameter</li>
1855           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1856             alignment with no existing selection</li>
1857           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1858             to applet&#39;s codebase</li>
1859           <li>Status bar not updated after finished searching and
1860             search wraps around to first result</li>
1861           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1862             several Jalview applets causes race conditions and memory
1863             leaks</li>
1864           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1865             not sent from Jmol in applet</li>
1866           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1867             applet API fatally hang browser</li>
1868         </ul> <em>General</em>
1869         <ul>
1870           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1871             position with wrapped view and hidden regions</li>
1872           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1873             with/without hidden columns</li>
1874           <li>Sequence length given in alignment properties window
1875             is off by 1</li>
1876           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1877             import PDB like structure files</li>
1878           <li>Positional search results are only highlighted
1879             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1880           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1881           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1882             given sequence position</li>
1883           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1884             output</li>
1885           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1886             from nucleotide chains correctly</li>
1887           <li>Structure colours not updated when tree partition
1888             changed in alignment</li>
1889           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1890             parsed in interleaved stockholm</li>
1891           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1892             state</li>
1893           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1894             properly</li>
1895           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1896             properly associated with their pdb files</li>
1897         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1898         <ul>
1899           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1900             ApplyCopyright tool</li>
1901         </ul></td>
1902     </tr>
1903     <tr>
1904       <td>
1905         <div align="center">
1906           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1907         </div>
1908       </td>
1909       <td><em>Application</em>
1910         <ul>
1911           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1912             contact web services</li>
1913           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1914             service job window</li>
1915           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1916         </ul></td>
1917       <td>
1918         <ul>
1919           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1920             pir file emitted by Jalview</li>
1921           <li>Existing feature settings transferred to new
1922             alignment view created from cut'n'paste</li>
1923           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1924             parsing PDB files</li>
1925           <li>Consensus and conservation annotation rows
1926             occasionally become blank for all new windows</li>
1927           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1928             in wrapped view mode</li>
1929         </ul> <em>Application</em>
1930         <ul>
1931           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1932             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1933           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1934             parameter names</li>
1935           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1936             is down</li>
1937         </ul>
1938       </td>
1939     </tr>
1940     <tr>
1941       <td>
1942         <div align="center">
1943           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1944         </div>
1945       </td>
1946       <td><em>Application</em>
1947         <ul>
1948           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1949             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1950             (JABAWS)
1951           </li>
1952           <li>Web Services preference tab</li>
1953           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1954             preferences</li>
1955           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1956           <li>Superpose structures using associated sequence
1957             alignment</li>
1958           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1959             viewer</li>
1960         </ul> <em>Applet</em>
1961         <ul>
1962           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1963             link out mechanism</li>
1964         </ul> <em>Other</em>
1965         <ul>
1966           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1967             series 12</li>
1968           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1969             require Java 1.5</li>
1970           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1971             sequence annotation files</li>
1972           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1973             type colour specification</li>
1974           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1975             script to check if it being run in an interactive session or
1976             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1977         </ul></td>
1978       <td>
1979         <ul>
1980           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1981             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1982         </ul> <em>Application</em>
1983         <ul>
1984           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1985             selected Regions menu item</li>
1986           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1987             part of a valid accession ID</li>
1988           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1989             runs out of memory</li>
1990           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1991             analysis results</li>
1992           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1993             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1994           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1995         </ul> <em>Applet</em>
1996         <ul>
1997           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1998             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1999             defined.</li>
2000         </ul>
2001       </td>
2002     </tr>
2003     <tr>
2004       <td>
2005         <div align="center">
2006           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2007         </div>
2008       </td>
2009       <td></td>
2010       <td>
2011         <ul>
2012           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2013             sequence IDs</li>
2014           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2015             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2016           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2017             import correctly</li>
2018           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2019             number of columns are hidden</li>
2020           <li>annotation label popup menu not providing correct
2021             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2022             present</li>
2023           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2024             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2025           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2026             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2027
2028         </ul> <em>Applet</em>
2029         <ul>
2030           <li>annotation panel disappears when annotation is
2031             hidden/removed</li>
2032         </ul> <em>Application</em>
2033         <ul>
2034           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2035             alignment opened where annotation panel is visible but no
2036             annotations are present on alignment</li>
2037           <li>pasted region containing hidden columns is
2038             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2039           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2040             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2041           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2042             selected Rregions menu item.</li>
2043           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2044             'Un' or 'Non'conserved</li>
2045           <li>Sequence feature settings are being shared by
2046             multiple distinct alignments</li>
2047           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2048             changed</li>
2049           <li>double click on group annotation to select sequences
2050             does not propagate to associated trees</li>
2051           <li>Mac OSX specific issues:
2052             <ul>
2053               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2054                 window background</li>
2055               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2056                 name set correctly</li>
2057               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2058                 save feature colourscheme button</li>
2059             </ul>
2060           </li>
2061         </ul>
2062       </td>
2063     </tr>
2064     <tr>
2065
2066       <td>
2067         <div align="center">
2068           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2069         </div>
2070       </td>
2071       <td><em>New Capabilities</em>
2072         <ul>
2073           <li>URL links generated from description line for
2074             regular-expression based URL links (applet and application)
2075
2076
2077
2078
2079
2080
2081           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2082             menu</li>
2083           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2084             structures</li>
2085           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2086             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2087           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2088             average score or total feature count for each sequence.</li>
2089           <li>Shading features by score or associated description</li>
2090           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2091             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2092           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2093             hide everything but the currently selected region.</li>
2094           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2095         </ul> <em>Application</em>
2096         <ul>
2097           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2098             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2099           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2100             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2101           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2102             database references and protein_name is parsed as
2103             description line (BioSapiens terms).</li>
2104           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2105             references in sequence ID tooltip from View menu in
2106             application.</li>
2107           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2108                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2109           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2110             conservation plots</li>
2111           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2112             and visualized as sequence logos</li>
2113           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2114             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2115           </li>
2116           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2117             when a new tree is opened.</li>
2118           <li>Jalview Java Console</li>
2119           <li>Better placement of desktop window when moving
2120             between different screens.</li>
2121           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2122             consensus annotation</li>
2123           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2124             Workflows</li>
2125           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2126             <ul>
2127               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2128                 used to preserve views, structures, and tree display
2129                 settings)</li>
2130               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2131                 command line</li>
2132               <li>Sharing of selected regions between views and
2133                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2134               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2135             </ul></li>
2136         </ul> <em>Applet</em>
2137         <ul>
2138           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2139           <li>New Parameters
2140             <ul>
2141               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2142                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2143                 opened.</li>
2144               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2145                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2146               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2147                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2148               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2149                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2150                 view</li>
2151               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2152                 increase the height or width of a cell in the alignment
2153                 grid relative to the current font size.</li>
2154             </ul>
2155           </li>
2156           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2157             tooltip</li>
2158         </ul> <em>Other</em>
2159         <ul>
2160           <li>Features format: graduated colour definitions and
2161             specification of feature scores</li>
2162           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2163             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2164             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2165           <li>XML formats extended to support graduated feature
2166             colourschemes, group associated annotation, and profile
2167             visualization settings.</li></td>
2168       <td>
2169         <ul>
2170           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2171             rather than description</li>
2172           <li>Non-positional features are now included in sequence
2173             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2174             visibility in tooltip).</li>
2175           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2176           <li>Added URL embedding instructions to features file
2177             documentation.</li>
2178           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2179             'X' in peptide product</li>
2180           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2181             sequence ID and sequence string and query strings do not
2182             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2183           <li>AMSA files only contain first column of
2184             multi-character column annotation labels</li>
2185           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2186             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2187             exported and re-imported)</li>
2188           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2189             name</li>
2190           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2191             as subsequence matches, and correctly reports total number
2192             of both.</li>
2193           <li>Application:
2194             <ul>
2195               <li>Better handling of exceptions during sequence
2196                 retrieval</li>
2197               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2198                 link text excludes the start_end suffix</li>
2199               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2200                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2201               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2202               <li>Sequence description lines properly shared via
2203                 VAMSAS</li>
2204               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2205                 data sources</li>
2206               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2207                 completes before alignment figures are generated.</li>
2208               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2209                 first time.</li>
2210               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2211                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2212               <li>User defined group colours properly recovered
2213                 from Jalview projects.</li>
2214             </ul>
2215           </li>
2216         </ul>
2217       </td>
2218
2219     </tr>
2220     <tr>
2221       <td>
2222         <div align="center">
2223           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2224         </div>
2225       </td>
2226       <td>
2227         <ul>
2228           <li>Experimental support for google analytics usage
2229             tracking.</li>
2230           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2231         </ul>
2232       </td>
2233       <td>
2234         <ul>
2235           <li>Race condition in applet preventing startup in
2236             jre1.6.0u12+.</li>
2237           <li>Exception when feature created from selection beyond
2238             length of sequence.</li>
2239           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2240           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2241             all sequences with a given id</li>
2242           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2243             ID string searches</li>
2244           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2245             alignment to fail with exception</li>
2246         </ul> <em>Application Issues</em>
2247         <ul>
2248           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2249           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2250             data sources</li>
2251         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2252         <ul>
2253           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2254             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2255           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2256             version (java class versioning error fixed)</li>
2257         </ul>
2258       </td>
2259     </tr>
2260     <tr>
2261       <td>
2262
2263         <div align="center">
2264           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2265         </div>
2266       </td>
2267       <td><em>User Interface</em>
2268         <ul>
2269           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2270             translation and protein products</li>
2271           <li>Linked highlighting of structure associated with
2272             residue mapping to codon position</li>
2273           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2274             and 'clear' button</li>
2275           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2276             Tools menu</li>
2277           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2278             numeric data in description line</li>
2279           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2280           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2281             of sequence</li>
2282         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2283         <ul>
2284           <li>JPred3 web service</li>
2285           <li>Prototype sequence search client (no public services
2286             available yet)</li>
2287           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2288             PFAM</li>
2289           <li>URL Links created for matching database cross
2290             references as well as sequence ID</li>
2291           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2292         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2293         <ul>
2294           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2295             databases</li>
2296           <li>Generalised database reference retrieval and
2297             validation to all fetchable databases</li>
2298           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2299             sequence command</li>
2300         </ul> <em>Import and Export</em>
2301         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2302         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2303           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2304         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2305           File</li>
2306         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2307           triplet as name of colourscheme</li>
2308         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2309         <ul>
2310           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2311           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2312             alignments (experimental)</li>
2313           <li>Create new or select existing session to join</li>
2314           <li>load and save of vamsas documents</li>
2315         </ul> <em>Application command line</em>
2316         <ul>
2317           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2318             from applet)</li>
2319           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2320             of DAS servers to query for alignment features</li>
2321           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2322             that are also automatically queried for features</li>
2323           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2324             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2325         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2326         <ul>
2327           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2328             application (when using &quot;View in full
2329             application&quot;)</li>
2330         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2331         <ul>
2332           <li>feature group display control parameter</li>
2333           <li>debug parameter</li>
2334           <li>showbutton parameter</li>
2335         </ul> <em>Applet API methods</em>
2336         <ul>
2337           <li>newView public method</li>
2338           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2339           <li>Feature display control methods</li>
2340           <li>get list of currently selected sequences</li>
2341         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2342         <ul>
2343           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2344           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2345             Jalview release.</li>
2346           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2347             property controls execution of obfuscator</li>
2348           <li>Build target for generating source distribution</li>
2349           <li>Debug flag for javacc</li>
2350           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2351             jalview.bin.Cache</li>
2352           <li>Continuous Build Integration for stable and
2353             development version of Application, Applet and source
2354             distribution</li>
2355         </ul></td>
2356       <td>
2357         <ul>
2358           <li>selected region output includes visible annotations
2359             (for certain formats)</li>
2360           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2361             for editing</li>
2362           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2363           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2364           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2365           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2366             comments</li>
2367           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2368             filenames containing a ':'</li>
2369           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2370             global sequence features</li>
2371           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2372             references from alignment sequences goes to zero</li>
2373           <li>Close of tree branch colour box without colour
2374             selection causes cascading exceptions</li>
2375           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2376           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2377             file parsing fails.</li>
2378           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2379           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2380             not a valid output format</li>
2381           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2382             vamsas</li>
2383           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2384           <li>error messages passed up and output when data read
2385             fails</li>
2386           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2387             sequence is edited</li>
2388           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2389             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2390           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2391             filetype</li>
2392           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2393             import fixed for PFAM records</li>
2394           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2395             window list</li>
2396           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2397             can be read and written correctly to annotation file</li>
2398           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2399             correctly</li>
2400           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2401             non-italic font for representatives in Applet</li>
2402           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2403             Macs.</li>
2404           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2405             Applet)</li>
2406           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2407             due to null pointer exceptions</li>
2408           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2409             first column of alignment</li>
2410           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2411             July 2008</li>
2412           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2413             file is case-insensitive</li>
2414           <li>Sequence features read from Features file appended to
2415             all sequences with matching IDs</li>
2416           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2417             containing a sub-sequence</li>
2418           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2419           <li>feature and annotation file applet parameters
2420             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2421           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2422           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2423             splash-screen version check to complete</li>
2424           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2425             when passing them to the launchApp service</li>
2426           <li>display name and local features preserved in results
2427             retrieved from web service</li>
2428           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2429             sequence fetcher initialisation</li>
2430           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2431             dasobert DAS client</li>
2432           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2433             association</li>
2434           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2435             sequences
2436           </li>
2437         </ul>
2438       </td>
2439     </tr>
2440     <tr>
2441       <td>
2442         <div align="center">
2443           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2444         </div>
2445       </td>
2446       <td>
2447         <ul>
2448           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2449           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2450           <li>Slide sequences</li>
2451           <li>Edit sequence in place</li>
2452           <li>EMBL CDS features</li>
2453           <li>DAS Feature mapping</li>
2454           <li>Feature ordering</li>
2455           <li>Alignment Properties</li>
2456           <li>Annotation Scores</li>
2457           <li>Sort by scores</li>
2458           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2459         </ul>
2460       </td>
2461       <td>
2462         <ul>
2463           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2464           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2465           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2466           <li>Feature group display state in XML</li>
2467           <li>Feature ordering in XML</li>
2468           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2469           <li>Stockholm alignment properties</li>
2470           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2471           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2472           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2473           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2474         </ul>
2475       </td>
2476
2477     </tr>
2478     <tr>
2479       <td>
2480         <div align="center">
2481           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2482         </div>
2483       </td>
2484       <td>
2485         <ul>
2486           <li>Non standard characters can be read and displayed
2487           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2488             applet via textbox
2489           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2490             name &amp; description
2491           <li>Preference setting to display sequence name in
2492             italics
2493           <li>Annotation file format extended to allow
2494             Sequence_groups to be defined
2495           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2496             specified in preferences
2497           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2498             sequences
2499         </ul>
2500       </td>
2501       <td>
2502         <ul>
2503           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2504             installed
2505           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2506           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2507         </ul>
2508       </td>
2509     </tr>
2510     <tr>
2511       <td>
2512         <div align="center">
2513           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2514         </div>
2515       </td>
2516       <td>
2517         <ul>
2518           <li>Multiple views on alignment
2519           <li>Sequence feature editing
2520           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2521           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2522           <li>Background dependent text colour
2523           <li>Right align sequence ids
2524           <li>User-defined lower case residue colours
2525           <li>Format Menu
2526           <li>Select Menu
2527           <li>Menu item accelerator keys
2528           <li>Control-V pastes to current alignment
2529           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2530           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2531           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2532
2533
2534
2535
2536
2537
2538           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2539         </ul>
2540       </td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2544           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2545             calculations
2546           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2547             edits
2548           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2549             of alignment)
2550           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2551
2552
2553
2554
2555
2556
2557           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2558             display correctly
2559           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2560           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2561             analysis results
2562           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2563             &#8739;
2564           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2565           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2566           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2567
2568
2569
2570
2571
2572
2573         </ul>
2574       </td>
2575     </tr>
2576     <tr>
2577       <td>
2578         <div align="center">
2579           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2580         </div>
2581       </td>
2582       <td>
2583         <ul>
2584           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2585         </ul>
2586       </td>
2587       <td>
2588         <ul>
2589           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2590             sequence id panel has been resized</li>
2591           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2592             rendered</li>
2593           <li>Annotation files with sequence references - all
2594             elements in file are relative to sequence position</li>
2595           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2596         </ul>
2597       </td>
2598     </tr>
2599     <tr>
2600       <td>
2601         <div align="center">
2602           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2603         </div>
2604       </td>
2605       <td>
2606         <ul>
2607           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2608           <li>DAS Feature fetching</li>
2609           <li>Hide sequences and columns</li>
2610           <li>Export Annotations and Features</li>
2611           <li>GFF file reading / writing</li>
2612           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2613             files</li>
2614           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2615           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2616           <li>Applet can launch the full application</li>
2617           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2618             required)</li>
2619           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2620           <li>Applet can load sequences from parameter
2621             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2622           </li>
2623         </ul>
2624       </td>
2625       <td>
2626         <ul>
2627           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2628           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2629           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2630         </ul>
2631       </td>
2632     </tr>
2633     <tr>
2634       <td>
2635         <div align="center">
2636           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2637         </div>
2638       </td>
2639       <td>
2640         <ul>
2641           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2642           <li>Choose to match case when searching</li>
2643           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2644             expand the visible width and height of the alignment</li>
2645         </ul>
2646       </td>
2647       <td>
2648         <ul>
2649           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2650         </ul>
2651       </td>
2652     </tr>
2653     <tr>
2654       <td>
2655         <div align="center">
2656           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2657         </div>
2658       </td>
2659       <td>&nbsp;</td>
2660       <td>
2661         <ul>
2662           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2663           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2664             value</li>
2665         </ul>
2666       </td>
2667     </tr>
2668     <tr>
2669       <td>
2670         <div align="center">
2671           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2672         </div>
2673       </td>
2674       <td>
2675         <ul>
2676           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2677           <li>Keyboard editing</li>
2678           <li>Create sequence features from searches</li>
2679           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2680             alignments</li>
2681           <li>Features file allows grouping of features</li>
2682           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2683           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2684           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2685         </ul>
2686       </td>
2687       <td>
2688         <ul>
2689           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2690           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2691             descriptions saved.</li>
2692         </ul>
2693       </td>
2694     </tr>
2695     <tr>
2696       <td>
2697         <div align="center">
2698           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2699         </div>
2700       </td>
2701       <td>
2702         <ul>
2703           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2704           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2705           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2706             name for file output</li>
2707           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2708           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2709             used for HTML form input</li>
2710         </ul>
2711       </td>
2712       <td>
2713         <ul>
2714           <li>HTML output writes groups and features</li>
2715           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2716           <li>File IO bugs</li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719     </tr>
2720     <tr>
2721       <td>
2722         <div align="center">
2723           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2724         </div>
2725       </td>
2726       <td>
2727         <ul>
2728           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2729           <li>More options for PCA viewer</li>
2730         </ul>
2731       </td>
2732       <td>
2733         <ul>
2734           <li>GUI bugs resolved</li>
2735           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2736         </ul>
2737       </td>
2738     </tr>
2739     <tr>
2740       <td height="63">
2741         <div align="center">
2742           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2743         </div>
2744       </td>
2745       <td>
2746         <ul>
2747           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2748           <li>Jar files are executable</li>
2749           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2750         </ul>
2751       </td>
2752       <td>
2753         <ul>
2754           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2755           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2756           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2757         </ul>
2758       </td>
2759     </tr>
2760     <tr>
2761       <td>
2762         <div align="center">
2763           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2764         </div>
2765       </td>
2766       <td>
2767         <ul>
2768           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2769         </ul>
2770       </td>
2771       <td>
2772         <ul>
2773           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2774         </ul>
2775       </td>
2776     </tr>
2777     <tr>
2778       <td>
2779         <div align="center">
2780           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2781         </div>
2782       </td>
2783       <td>
2784         <ul>
2785           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2786             size</li>
2787         </ul>
2788       </td>
2789       <td>
2790         <ul>
2791           <li>Improved JPred client reliability</li>
2792           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2793         </ul>
2794       </td>
2795     </tr>
2796     <tr>
2797       <td>
2798         <div align="center">
2799           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2800         </div>
2801       </td>
2802       <td>
2803         <ul>
2804           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2805           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2806           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2807             to Colour Menu</li>
2808           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2809           <li>Unix users can set default web browser</li>
2810           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2811           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2812         </ul>
2813       </td>
2814       <td>
2815         <ul>
2816           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2817         </ul>
2818       </td>
2819     </tr>
2820     <tr>
2821       <td>
2822         <div align="center">
2823           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2824         </div>
2825       </td>
2826       <td>&nbsp;</td>
2827       <td>
2828         <ul>
2829           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2830             alignment order.</li>
2831         </ul>
2832       </td>
2833     </tr>
2834     <tr>
2835       <td>
2836         <div align="center">
2837           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2838         </div>
2839       </td>
2840       <td>
2841         <ul>
2842           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2843           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2844           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2845             annotations.</li>
2846           <li>Version and build date written to build properties
2847             file.</li>
2848           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2849             at launch of Jalview.</li>
2850         </ul>
2851       </td>
2852       <td>
2853         <ul>
2854           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2855           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2856           <li>Can remove groups one by one.</li>
2857           <li>Filechooser icons installed.</li>
2858           <li>Finder ignores return character when searching.
2859             Return key will initiate a search.<br>
2860           </li>
2861         </ul>
2862       </td>
2863     </tr>
2864     <tr>
2865       <td>
2866         <div align="center">
2867           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2868         </div>
2869       </td>
2870       <td>
2871         <ul>
2872           <li>New codebase</li>
2873         </ul>
2874       </td>
2875       <td>&nbsp;</td>
2876     </tr>
2877   </table>
2878   <p>&nbsp;</p>
2879 </body>
2880 </html>