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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 100               a calculation dialog box
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 104               model for alignments and groups
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 108               scripts
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 112               via Overview or sequence motif search operations
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 116               with alignment and overview windows
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 120               omitted in Overview
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 124               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 128               extension when importing structure files without embedded
 129               names or PDB accessions
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 133               opened by double clicking gaps within sequence feature
 134               extent
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 138               included in the example feature file
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 142               ungapped positions in each column of the alignment.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2533 -->File extension pruned from Sequence ID
 146               for sequences derived from structure files without
 147               embedded database accession
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 151               aligned positions were available to create a 3D structure
 152               superposition.
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 156               annotation input/output via stockholm flatfile
 157             </li>
 158
 159           </ul>
 160           <em>Application</em>
 161           <ul>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 164               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 165               the application.
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 169               there are not enough columns to superimpose structures in
 170               Chimera
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 174               file-based command exchange
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 178               cross-references provided by identifiers.org and the
 179               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 186               format sequence substitution matrices
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 190               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 191               structures are already available for sequences
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 195               the Jalview project rather than downloaded again when the
 196               project is reopened.
 197             </li>
 198
 199           </ul>
 200           <em>Experimental features</em>
 201           <ul>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 204               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 205               features, and vice-versa.
 206             </li>
 207           </ul>
 208           <em>Applet</em>
 209           <ul>
 210             <li>
 211               <!--  -->
 212             </li>
 213           </ul>
 214           <em>Test Suite</em>
 215           <ul>
 216             <li>
 217               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 221               during tests
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 225               Uniprot REST Free Text Search Client
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!--  --> <em>Scripting</em>
 229               <ul>
 230                 <li>
 231                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 232                   and identifying file formats (instead of String
 233                   constants)
 234                 </li>
 235                 <li>
 236                   <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 237                   efficiency when counting all displayed features (not
 238                   backwards compatible with 2.10.1)
 239                 </li>
 240                 <li></li>
 241
 242
 243               </ul>
 244           </ul>
 245         </div></td>
 246       <td><div align="left">
 247           <em>General</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 251               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 252               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 256               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 257               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 258               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 259               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 260               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 261               Jalview's PCAs were different to those produced by
 262               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 263               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 264               behaviour<br />
 265               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 266               2.10.1 mode<br />
 267               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 268               restore 2.10.2 mode
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 272               scaling of branch lengths for trees computed using
 273               Sequence Feature Similarity.
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 277               doesn't reselect a specific sequence's associated
 278               annotation after it was used for colouring a view
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 282               coloured in linked structure views
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 286               opened on a region of alignment without groups
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 290               of an alignment with overlapping groups
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 294               name and description match
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 298               hidden regions results in incorrect hidden regions
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 302               generating output report when working with highly
 303               redundant alignments
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 307               lightGray or darkGray via features file
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 311               erratically when hidden rows or columns are present
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 315               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 316               sequence colouring
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 320               colour and group colour menu for protein alignments
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 324               changing colour does not apply Conservation slider value
 325               to all groups
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 329               reflect currently selected view or group's shading
 330               thresholds
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 334               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 338               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 342               gaps before start of features
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 346               load
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 350               restored to UI when feature colour is edited
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 354               when rendered on overview and structures when opacity at
 355               100%
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 359               as graduate feature colour settings are modified via the
 360               dialog box
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 364               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 368               when a group defined on the alignment is resized
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 372               wrapped view result in positional status updates
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 376               amino acid and nucleotide symbols
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 380               alignment included gapped columns
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 384               overview when features overlaid on alignment
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 388               widgets don't permanently disappear
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 392               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 393               T-Coffee column reliability scores)
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2589 -->Gap colours in user-defined colourschemes
 397               are not shown
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 401               sequence feature on gaps only
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 405               right of selected region when gaps present on right-hand
 406               boundary
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 410               button from a Find inherit previously defined feature type
 411               rather than the Find query string
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 415               exporting tree calculated in Jalview
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 419               added after a sequence was imported are not written to
 420               Stockholm File
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 424               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 428               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 432               and then revealing them reorders sequences on the
 433               alignment
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 437               doesn't update to reflect available set of groups after
 438               interactively adding or modifying features
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 442               Linux
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL -->
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL -->
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL -->
 452             </li>
 453           </ul>
 454           <strong>Documentation</strong>
 455           <ul>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 458               with the built-in Java help viewer
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 462               sequence description' option
 463             </li>
 464           </ul>
 465           <em>Application</em>
 466           <ul>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser doesn't show
 469               available databases panel on Linux
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 473               release of Ensembl v.88
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 477               menu
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 481               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 482               new documentation and tooltips added)
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 486               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 490               new features are added to alignment
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 494               changes to feature colours via the Amend features dialog
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 498               edit graduated feature colour via amend features dialog
 499               box
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 503               selection menu changes colours of alignment views
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 507               appear enabled in Preferences->Connections
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 511               from alignment calculation workers after alignment has
 512               been closed
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 516               groups now 'Create Group'
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 520               Create/Undefine group doesn't always work
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 524               shown again after pressing 'Cancel'
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 528               removed from console output
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 532               when alignment view imported from project
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 536               structure and sequences extracted from structure files
 537               imported via URL and viewed in Jmol
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 541               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 542               the project is loaded and the structure viewed
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 546               adjusts start position in wrap mode
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 550               ambiguous amino acids
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 554               gaps in selection, current sequence and only within
 555               selected columns
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 559               Ensembl by Peptide ID
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 563               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 564               proteins
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2482 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings created
 568               from SIFTs for April 2017 update due to 'null' strings in
 569               RESNUM mapping field
 570             </li>
 571
 572
 573           </ul>
 574           <em>Applet</em>
 575           <ul>
 576             <li>
 577               <!-- JAL- -->
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 581               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 585               overview or linked structure view
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 589               work (since 2.8)
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 593               user-defined colourscheme doesn't restore original
 594               colourscheme
 595             </li>
 596           </ul>
 597           <em>New Known Issues</em>
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 601               phase after a sequence motif find operation
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 605               containing just upper and lower case letters are
 606               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 610               ortholog database
 611             </li>
 612           </ul>
 613           <em>Test Suite</em>
 614           <ul>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 617               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 621               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 622               problems with deep array comparison equality asserts in
 623               successive versions of TestNG
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 627               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 628             </li>
 629
 630           </ul>
 631         </div>
 632
 633     <tr>
 634       <td width="60" nowrap>
 635         <div align="center">
 636           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 637         </div>
 638       </td>
 639       <td><div align="left">
 640           <em>General</em>
 641           <ul>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 644               for all consensus calculations
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 648               3rd Oct 2016)
 649             </li>
 650             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 651               for 2016-2017</li>
 652           </ul>
 653           <em>Application</em>
 654           <ul>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 657               set of database cross-references, sorted alphabetically
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 661               from database cross references. Users with custom links
 662               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 663                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 667               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 668               Chimera session
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 672               the Chimera it is connected to is shut down
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 676               columns menu item to mark columns containing highlighted
 677               regions (e.g. from structure selections or results of a
 678               Find operation)
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 682               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 683               MSAviewer
 684             </li>
 685           </ul>
 686         </div></td>
 687       <td>
 688         <div align="left">
 689           <em>General</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 693               are not coloured or thresholded according to percent
 694               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 698               hydrophobic
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 702               threshold, amino acid properties)
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 706               reported as mapped to residues in a structure file in the
 707               View Mapping report
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 711               could be added multiple times to a sequence
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 715               bond features shown as two highlighted residues rather
 716               than a range in linked structure views, and treated
 717               correctly when selecting and computing trees from features
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 721               cross-references are matched to database name regardless
 722               of case
 723             </li>
 724
 725           </ul>
 726           <em>Application</em>
 727           <ul>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 730               names without regular expressions also offer links from
 731               Sequence ID
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 735               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 736               update Jalview configuration
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 740               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 744               files with similarly named sequences if dropped onto the
 745               alignment
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 749               entries where more chains exist in the PDB accession than
 750               are reported in the SIFTS file
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 754               the structure view when displayed with Chimera
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 758               panel's View->Show Chains submenu
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 762               work for wrapped alignment views
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 766               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 770               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 771               first annotation row
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 775               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 779               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 780             </li>
 781             <!-- JAL-2319 -->
 782             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 783             coordindate data
 784             </li>
 785           </ul>
 786           <!--           <em>New Known Issues</em>
 787           <ul>
 788             <li></li>
 789           </ul> -->
 790         </div>
 791       </td>
 792     </tr>
 793     <td width="60" nowrap>
 794       <div align="center">
 795         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 796           <em>25/10/2016</em></strong>
 797       </div>
 798     </td>
 799     <td><em>Application</em>
 800       <ul>
 801         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 802           view if structures already loaded</li>
 803         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 804           structure views</li>
 805       </ul></td>
 806     <td>
 807       <div align="left">
 808         <em>General</em>
 809         <ul>
 810           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 811             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 812           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 813             example sequences/projects/trees</li>
 814         </ul>
 815         <em>Application</em>
 816         <ul>
 817           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 818             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 819           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 820             without timeout for structures with multiple models or
 821             multiple sequences in alignment</li>
 822           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 823             PDB ID HEADER line</li>
 824           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 825             is performed</li>
 826           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 827             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 828           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 829           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 830             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 831             option</li>
 832           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 833             is created on the alignment</li>
 834           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 835             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 836             pop-up menu</li>
 837         </ul>
 838         <em>Build and deployment</em>
 839         <ul>
 840           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 841             tags</li>
 842         </ul>
 843         <em>New Known Issues</em>
 844         <ul>
 845           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 846             on Windows</li>
 847         </ul>
 848       </div>
 849     </td>
 850     </tr>
 851     <tr>
 852       <td width="60" nowrap>
 853         <div align="center">
 854           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 855         </div>
 856       </td>
 857       <td><em>General</em>
 858         <ul>
 859           <li>
 860             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 864             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 865             better PDB parsing.
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 869             reference sequence
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 873             mousing over sequence associated annotation
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 877             for manual entry
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 881             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 882             for each column
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 886             showing or hiding columns containing a feature
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 890             group and sequence associated annotation labels
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 894             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 895             dialogs
 896           </li>
 897
 898         </ul> <em>Application</em>
 899         <ul>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 902             gene/transcript view
 903           </li>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 906             dialog
 907           </li>
 908           <li>
 909             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 910             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 914             Pfam sources to xfam.org
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 921             over sequences in Jalview
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 925             regions in ENA and EMBL
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 929             for record retrieval via ENA rest API
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 933             complement operator
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 937             groovy script execution
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 941             alignment window's Calculate menu
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 945             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 949             calculation workers from groovy scripts
 950           </li>
 951           <li>
 952             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 953             Jalview projects
 954           </li>
 955           <li>
 956             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 957             associations are now saved/restored from project
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 961             before sequence fetcher is opened
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 965             database chooser opens a sequence fetcher
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 969             the UniProt REST API
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 973             the news reader opening
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 977             querying stored in preferences
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 981             search results
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 988             menu for nucleotide sequences
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 992             and feature counts preserves alignment ordering (and
 993             debugged for complex feature sets).
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 997             viewing structures with Jalview 2.10
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1001             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1002             Ensembl Genomes REST API
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1006             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1007             (Ensembl)
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1011             sequences
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1015             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1016             data from external database records.
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1020             efficient recovery of sequence coding and alignment
1021             annotation relationships.
1022           </li>
1023         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1024         <ul>
1025           <li>
1026             -- JAL---
1027           </li>
1028         </ul> --></td>
1029       <td>
1030         <div align="left">
1031           <em>General</em>
1032           <ul>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1035               menu on OSX
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1039               includes graduated colourschemes
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1043               working with big alignments and lots of hidden columns
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1047               at right of alignment window
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1051               contents
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1055               for DNA alignments
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1059               based tree calculation
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1063               unconserved enabled for group on alignment
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1067               set as reference
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1071               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1072               annotation
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1076               hidden columns present
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1080               user created annotation added to alignment
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1084               '()' base pair annotation
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1088               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1089               Consensus
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1093               feature not working
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1097               beginning of sequence
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1101               entry 3a6s
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1105               from a tree when t-coffee scores are shown
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1109               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1113               some structures
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1117               to Clustal, PIR and PileUp output
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1121               not visible causes alignment window to repaint
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1125               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1126               scores associated with features and annotation rows
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1130               calculation should be case independent
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1134               columns
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1138               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1139               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1143               problems when reference sequence defined and 'show
1144               non-conserved' enabled
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1148               load even when Consensus calculation is disabled
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1152               alignment does nothing
1153             </li>
1154           </ul>
1155           <em>Application</em>
1156           <ul>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1159               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1160               yet fixed for El Capitan)
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1164               output when running on non-gb/us i18n platforms
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1168               hidden sequences as flat-file alignment
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1172               launching Chimera
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1176               (also hotfix for 2.9.0b2)
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1180               reference sequence defined
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1184               alignments and views when revealing hidden columns
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1188               view in a cDNA/Protein splitframe
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1192               sequence from project when only one sequence is
1193               represented
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1197               in Structure Chooser
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1201               structure consensus didn't refresh annotation panel
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1205               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1209               dialogs format columns correctly, don't display array
1210               data, sort columns according to type
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1214               file chooser is cancelled during an image export
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1218               sequence name containing special characters
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1222               case insensitive
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1226               formatting don't wrap
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1230               truncated so L looks like I in consensus annotation
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1234               currently displayed features for the current selection or
1235               view
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1239               after fetching cross-references, and restoring from
1240               project
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1244               followed in the structure viewer
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1248               splitframe not restored from project
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1252               trailing end of protein alignment in transcript/product
1253               splitview when pad-gaps not enabled by default
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1257               is case dependent
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1261               article has been read (reopened issue due to
1262               internationalisation problems)
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1266               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1267               cross-references
1268             </li>
1269
1270             <li>
1271               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1272               alignment as HTML
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1276               multiple structures are shown for one or more sequences.
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1280               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1281               is enabled.
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1285               specific PDB id for sequence
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1289               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1290               columns' is disabled.
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1294               selects lowest rather than highest resolution structures
1295               for each sequence
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1299               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1303               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1307               after clicking on it to create new annotation for a
1308               column.
1309             </li>
1310             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1311             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1312           </ul>
1313           <em>Applet</em>
1314           <ul>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1317               hidden columns present before start of sequence
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1321               (JSON jars)
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1325               sequences are hidden in applet
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1329               deployment on examples pages.
1330             </li>
1331           </ul>
1332         </div>
1333       </td>
1334     </tr>
1335     <tr>
1336       <td width="60" nowrap>
1337         <div align="center">
1338           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1339             <em>16/10/2015</em></strong>
1340         </div>
1341       </td>
1342       <td><em>General</em>
1343         <ul>
1344           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1345             jars</li>
1346         </ul></td>
1347       <td>
1348         <div align="left">
1349           <em>Application</em>
1350           <ul>
1351             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1352               shown when tree is partitioned</li>
1353             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1354               multiple cDNA/Protein split views</li>
1355           </ul>
1356         </div>
1357       </td>
1358     </tr>
1359     <tr>
1360       <td width="60" nowrap>
1361         <div align="center">
1362           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1363             <em>8/10/2015</em></strong>
1364         </div>
1365       </td>
1366       <td><em>General</em>
1367         <ul>
1368           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1369             2.9</li>
1370         </ul> <em>Application</em>
1371         <ul>
1372           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1373           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1374           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1375         </ul> <em>Applet</em>
1376         <ul>
1377           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1378         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1379         <ul>
1380           <li>
1381             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1382             suite
1383           </li>
1384         </ul></td>
1385       <td>
1386         <div align="left">
1387           <em>General</em>
1388           <ul>
1389             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1390               incorrect when sequence start > 1</li>
1391             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1392               documentation</li>
1393             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1394             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1395               loading a features file containing HTML tags in feature
1396               description</li>
1397
1398           </ul>
1399           <em>Application</em>
1400           <ul>
1401             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1402               reimport</li>
1403             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1404               with 'trim retrieved sequences'</li>
1405             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1406               deleting selected columns</li>
1407             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1408               JNLP templates for webstart launch</li>
1409             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1410               unreleased structures for download or viewing</li>
1411             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1412               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1413             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1414               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1415             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1416               recovered from jalview project</li>
1417             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1418               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1419               alignment view</li>
1420             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1421               color schemes from BioJSON</li>
1422           </ul>
1423           <em>Applet</em>
1424           <ul>
1425             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1426               frame</li>
1427             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1428           </ul>
1429         </div>
1430       </td>
1431     </tr>
1432     <tr>
1433       <td><div align="center">
1434           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1435         </div></td>
1436       <td><em>General</em>
1437         <ul>
1438           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1439             alignments:
1440             <ul>
1441               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1442                 and DNA alignment views</li>
1443               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1444                 cDNA alignment views</li>
1445               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1446                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1447               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1448                 protein sequences</li>
1449             </ul>
1450           </li>
1451           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1452           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1453             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1454           <li>New alignment annotation file statements for
1455             reference sequences and marking hidden columns</li>
1456           <li>Reference sequence based alignment shading to
1457             highlight variation</li>
1458           <li>Select or hide columns according to alignment
1459             annotation</li>
1460           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1461           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1462             acid conservation row</li>
1463           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1464         </ul> <em>Application</em>
1465         <ul>
1466           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1467             <ul>
1468               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1469                 view with cDNA/Protein</li>
1470               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1471                 sequences are placed in the same alignment</li>
1472               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1473                 projects</li>
1474             </ul>
1475           </li>
1476
1477           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1478           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1479             Jalview windows</li>
1480
1481           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1482           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1483           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1484             be shown in VARNA</li>
1485
1486           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1487             as the active selected region</li>
1488
1489           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1490             similarity</li>
1491           <li>New Export options
1492             <ul>
1493               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1494                 region export in flat file generation</li>
1495
1496               <li>Export alignment views for display with the <a
1497                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1498
1499               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1500               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1501                 alignment figures to HTML</li>
1502           </li>
1503           <li>3D structure retrieval and display
1504             <ul>
1505               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1506                 Search API</li>
1507               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1508                 PDB structures for a sequence set</li>
1509             </ul>
1510           </li>
1511
1512           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1513             predictions</li>
1514           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1515             for one or a group of sequences</li>
1516           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1517             from the JPred4 web server</li>
1518           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1519             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1520             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1521           </li>
1522           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1523             VARNA 2D Structure'</li>
1524           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1525             Structure ..."</li>
1526
1527         </ul> <em>Applet</em>
1528         <ul>
1529           <li>New layout for applet example pages</li>
1530           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1531             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1532           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1533             Protein alignments</li>
1534         </ul> <em>Development and deployment</em>
1535         <ul>
1536           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1537           <li>Include installation type and git revision in build
1538             properties and console log output</li>
1539           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1540             storing BioJsMSA Templates</li>
1541           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1542         </ul></td>
1543       <td>
1544         <!-- <em>General</em>
1545         <ul>
1546         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1547         <ul>
1548           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1549           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1550           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1551             predictions are not highlighted in amber</li>
1552           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1553             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1554           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1555             associated structure views</li>
1556           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1557             width checkbox not enabled</li>
1558           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1559             creating user defined colours</li>
1560           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1561             mappings for just that viewer's sequences</li>
1562           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1563             multiple models in Chimera</li>
1564           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1565             over Jmol structure</li>
1566           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1567             output to text box</li>
1568           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1569             have incorrect sequence start/end</li>
1570           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1571             Jalview fails</li>
1572           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1573             work for nucleotide</li>
1574           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1575             to a grey/invisible alignment window</li>
1576           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1577             imports to different position</li>
1578           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1579             on some platforms</li>
1580           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1581             populated</li>
1582           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1583             console if Chimera has been opened</li>
1584           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1585           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1586             retrieved</li>
1587           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1588           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1589             either sequence shows on first structure</li>
1590           <li>'Show annotations' options should not make
1591             non-positional annotations visible</li>
1592           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1593             in right place after 'view flanking regions'</li>
1594           <li>File Save As type unset when current file format is
1595             unknown</li>
1596           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1597             projects</li>
1598           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1599             responsive</li>
1600           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1601             several views on same alignment</li>
1602           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1603           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1604             spaces</li>
1605         </ul> <em>Applet</em>
1606         <ul>
1607           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1608           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1609             descriptions containing angle brackets</li>
1610         </ul> <em>General</em>
1611         <ul>
1612           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1613             via jalview annotation file</li>
1614           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1615             with RNA secondary structure</li>
1616           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1617             translation doesn't work.</li>
1618           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1619           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1620             positions</li>
1621           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1622             choosing 1pt font</li>
1623           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1624             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1625             'h'</li>
1626           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1627             new feature</li>
1628           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1629             order dependent</li>
1630           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1631             sequences</li>
1632           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1633         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1634         <ul>
1635           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1636             www.jalview.org</li>
1637         </ul> <em>Application Known issues</em>
1638         <ul>
1639           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1640           <li>Misleading message appears after trying to delete
1641             solid column.</li>
1642           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1643             version launches</li>
1644           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1645             fails with a sequence mismatch</li>
1646           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1647             scrolling alignment to right</li>
1648           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1649             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1650           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1651             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1652           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1653             ultra-high resolution</li>
1654           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1655             quality and conservation</li>
1656           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1657             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1658         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1659         <ul>
1660           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1661           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1662             window is being resized</li>
1663
1664         </ul>
1665       </td>
1666     </tr>
1667     <tr>
1668       <td><div align="center">
1669           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1670         </div></td>
1671       <td><em>General</em>
1672         <ul>
1673           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1674             Certum.PL.</li>
1675           <li>Features and annotation preserved when performing
1676             pairwise alignment</li>
1677           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1678             imported/exported/displayed</li>
1679           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1680             protein secondary structure</li>
1681           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1682               post-hoc with 2.9 release</em>)
1683           </li>
1684
1685         </ul> <em>Application</em>
1686         <ul>
1687           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1688             with 3D structures</li>
1689           <li>Support for parsing RNAML</li>
1690           <li>Annotations menu for layout
1691             <ul>
1692               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1693               <li>place sequence annotation above/below alignment
1694                 annotation</li>
1695             </ul>
1696           <li>Output in Stockholm format</li>
1697           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1698             translation</li>
1699           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1700           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1701             shared between alignments</li>
1702           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1703             Jalview</li>
1704           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1705             all or current selection</li>
1706           <li>disorder and secondary structure predictions
1707             available as dataset annotation</li>
1708           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1709
1710
1711           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1712             alignments from Rfam</li>
1713           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1714
1715           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1716             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1717           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1718           <li>include installation type in build properties and
1719             console log output</li>
1720           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1721             annotation</li>
1722         </ul></td>
1723       <td>
1724         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1725         <ul>
1726           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1727             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1728           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1729             alignment</li>
1730           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1731           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1732           <li>Double click on sequence associated annotation
1733             selects only first column</li>
1734           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1735             leaves shown in tree</li>
1736           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1737             properly</li>
1738           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1739           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1740             screen and buttons not visible</li>
1741           <li>author list isn't updated if already written to
1742             Jalview properties</li>
1743           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1744             from database</li>
1745           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1746           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1747             browser search window</li>
1748           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1749             in feature settings dialog</li>
1750           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1751             desktop</li>
1752           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1753             pass validation</li>
1754           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1755             fit on screen</li>
1756           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1757             tooltip</li>
1758           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1759             defined user preset</li>
1760           <li>MSA web services warns user if they were launched
1761             with invalid input</li>
1762           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1763             Java 8</li>
1764           <li>
1765             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1766             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1767             created
1768           </li>
1769
1770         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1771         <ul>
1772         </ul> <em>General</em>
1773         <ul>
1774         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1775         <ul>
1776           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1777             memory allocation</li>
1778           <li>launchApp service doesn't automatically open
1779             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1780           <li>
1781             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1782             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1783             1.7_055 is available
1784           </li>
1785         </ul> <em>Application Known issues</em>
1786         <ul>
1787           <li>
1788             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1789             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1790             alignment to right
1791           </li>
1792           <li>
1793             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1794             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1795             with large number of ID
1796           </li>
1797           <li>
1798             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1799             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1800             start/end
1801           </li>
1802           <li>
1803             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1804             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1805             structure tracks are rearranged
1806           </li>
1807           <li>
1808             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1809             invalid rna structure positional highlighting does not
1810             highlight position of invalid base pairs
1811           </li>
1812           <li>
1813             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1814             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1815             project from alignment window file menu
1816           </li>
1817           <li>
1818             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1819             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1820             structures
1821           </li>
1822           <li>
1823             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1824             colour by RNA Helices not enabled when user created
1825             annotation added to alignment
1826           </li>
1827           <li>
1828             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1829             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1830           </li>
1831         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1832         <ul>
1833           <li>
1834             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1835             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1836           </li>
1837           <li>
1838             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1839             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1840           </li>
1841
1842           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1843             when selected</li>
1844         </ul>
1845       </td>
1846     </tr>
1847     <tr>
1848       <td><div align="center">
1849           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1850         </div></td>
1851       <td>
1852         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1853         <em>General</em>
1854         <ul>
1855           <li>Internationalisation of user interface (usually
1856             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1857           <li>Define/Undefine group on current selection with
1858             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1859           <li>Improved group creation/removal options in
1860             alignment/sequence Popup menu</li>
1861           <li>Sensible precision for symbol distribution
1862             percentages shown in logo tooltip.</li>
1863           <li>Annotation panel height set according to amount of
1864             annotation when alignment first opened</li>
1865         </ul> <em>Application</em>
1866         <ul>
1867           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1868             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1869           <li>Select columns containing particular features from
1870             Feature Settings dialog</li>
1871           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1872             sequences</li>
1873           <li>Update Jalview project format:
1874             <ul>
1875               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1876               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1877                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1878               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1879                 colouring</li>
1880             </ul>
1881           </li>
1882           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1883             (PAM250)</li>
1884           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1885             flanking regions for an alignment</li>
1886         </ul>
1887       </td>
1888       <td>
1889         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1890         <ul>
1891           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1892             running after job is cancelled</li>
1893           <li>cannot export features from alignments imported from
1894             Jalview/VAMSAS projects</li>
1895           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1896             float values</li>
1897           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1898             have 'display all symbols' flag set</li>
1899           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1900             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1901           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1902             Jalview</li>
1903           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1904             Lion/Webstart</li>
1905           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1906           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1907           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1908             alignment onto desktop</li>
1909           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1910             'extract scores' function</li>
1911           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1912             alignment window</li>
1913           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1914             performing IUPred disorder prediction</li>
1915           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1916             changing 'normalise logo' display setting</li>
1917           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1918             nothing matches query</li>
1919           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1920             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1921           </li>
1922           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1923             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1924           </li>
1925           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1926             Jalview's menu</li>
1927           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1928             'invalid literal/length code'</li>
1929           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1930             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1931           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1932             colourscheme</li>
1933
1934         </ul> <em>Applet</em>
1935         <ul>
1936           <li>Remove group option is shown even when selection is
1937             not a group</li>
1938           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1939             don't affect groups</li>
1940           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1941             colourscheme name</li>
1942           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1943             Annotation panel is not displayed</li>
1944           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1945             embedded windows</li>
1946         </ul> <em>Other</em>
1947         <ul>
1948           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1949             single sequence were not calculated</li>
1950           <li>annotation files that contain only groups imported as
1951             annotation and junk sequences</li>
1952           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1953             recognised as PFAM or BLC</li>
1954           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1955             doesn't affect background (2.8.0b1)
1956           <li></li>
1957           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1958           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1959             trailing gaps</li>
1960           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1961             registered correctly on import</li>
1962           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1963             certain alignments</li>
1964           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1965             existing annotation based 'use original colours'
1966             colourscheme loses original colours setting</li>
1967         </ul>
1968       </td>
1969     </tr>
1970     <tr>
1971       <td><div align="center">
1972           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1973             <em>30/1/2014</em></strong>
1974         </div></td>
1975       <td>
1976         <ul>
1977           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1978             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1979             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1980             open source project).
1981           </li>
1982           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1983           <li>Output in Stockholm format</li>
1984           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1985           <li>Export/import group and sequence associated line
1986             graph thresholds</li>
1987           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1988             ambiguity codes</li>
1989           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1990             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1991             works</li>
1992           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1993         </ul> <em>Other improvements</em>
1994         <ul>
1995           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1996           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1997             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1998           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1999             files</li>
2000           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2001           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2002             link but no description</li>
2003           <li>Select primary source when selecting authority in
2004             database fetcher GUI</li>
2005           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2006             Jalview</li>
2007           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2008         </ul>
2009       </td>
2010       <td>
2011         <ul>
2012           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2013             displayed</li>
2014           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2015             secondary structure annotation line</li>
2016           <li>Sequence database accessions not imported when
2017             fetching alignments from Rfam</li>
2018           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2019             identical IDs</li>
2020           <li>View all structures does not always superpose
2021             structures</li>
2022           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2023             reflect user or preset settings</li>
2024           <li>Null pointer exceptions for some services without
2025             presets or adjustable parameters</li>
2026           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2027             discover PDB xRefs</li>
2028           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2029             features with DAS</li>
2030           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2031             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2032           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2033             residue follows a gap</li>
2034           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2035             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2036           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2037             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2038           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2039             annotation already exists on alignment</li>
2040           <li>oninit javascript function should be called after
2041             initialisation completes</li>
2042           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2043             alignment window display</li>
2044           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2045           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2046             to annotation file</li>
2047           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2048             groups created</li>
2049           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2050             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2051           <li>Pressing return several times causes Number Format
2052             exceptions in keyboard mode</li>
2053           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2054             correct partitions for input data</li>
2055           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2056           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2057           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2058           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2059             mode</li>
2060           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2061             changes one row&#39;s threshold</li>
2062           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2063             doesn&#39;t open</li>
2064           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2065             quality histograms</li>
2066         </ul>
2067       </td>
2068     </tr>
2069     <tr>
2070       <td><div align="center">
2071           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2072         </div></td>
2073       <td><em>Application</em>
2074         <ul>
2075           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2076             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2077           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2078             preferences</li>
2079           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2080             in Jalview alignment window</li>
2081           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2082             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2083           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2084             RNA and ambiguity codes</li>
2085
2086           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2087           <li>Support fetching and database reference look up
2088             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2089             refs')</li>
2090           <li>Jalview project improvements
2091             <ul>
2092               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2093                 flag for annotation</li>
2094               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2095                 alignment</li>
2096               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2097                 Jalview project</li>
2098
2099             </ul>
2100           </li>
2101           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2102           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2103             running</li>
2104           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2105           <li>visual indication that web service results are still
2106             being retrieved from server</li>
2107           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2108             starts up for first time</li>
2109           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2110             services</li>
2111           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2112             client library</li>
2113           <li>Examples directory and Groovy library included in
2114             InstallAnywhere distribution</li>
2115         </ul> <em>Applet</em>
2116         <ul>
2117           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2118             visualization applet example</li>
2119         </ul> <em>General</em>
2120         <ul>
2121           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2122           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2123             defaults</li>
2124           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2125             calculation</li>
2126           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2127             matrices
2128           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2129             in HTML</li>
2130           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2131             structure contacts</li>
2132           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2133           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2134           <li>Parse sequence associated secondary structure
2135             information in Stockholm files</li>
2136           <li>HTML Export database accessions and annotation
2137             information presented in tooltip for sequences</li>
2138           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2139             style RNA alignment files</li>
2140           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2141             alignment</li>
2142           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2143             shade each sequence according to its associated alignment
2144             annotation</li>
2145           <li>New Jalview Logo</li>
2146         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2147         <ul>
2148           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2149           <li>New Website!</li>
2150         </ul></td>
2151       <td><em>Application</em>
2152         <ul>
2153           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2154             wsdbfetch REST service</li>
2155           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2156           <li>Filetype associations not installed for webstart
2157             launch</li>
2158           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2159             job execution in full once it is complete</li>
2160           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2161             uploaded via ali_file parameter</li>
2162           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2163           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2164           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2165             submitted for prediction</li>
2166           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2167             desktop window</li>
2168           <li>Putting fractional value into integer text box in
2169             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2170           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2171             windows 7</li>
2172           <li>View all structures fails with exception shown in
2173             structure view</li>
2174           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2175             escaped in a platform independent way</li>
2176           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2177             using proxy</li>
2178           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2179             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2180           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2181             failure when java web start temporary file caching is
2182             disabled</li>
2183           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2184             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2185           <li>Errors during processing of command line arguments
2186             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2187           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2188             DAS sources in sequence fetcher</li>
2189           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2190             dialog is shown</li>
2191           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2192           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2193           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2194           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2195             on OSX Mountain Lion</li>
2196           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2197             sequences with alignment annotation are pasted into the
2198             alignment</li>
2199           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2200             when loaded from Jalview project</li>
2201           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2202           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2203             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2204           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2205             associated with all views</li>
2206           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2207             annotation rows to new window</li>
2208         </ul> <em>Applet</em>
2209         <ul>
2210           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2211             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2212           <li>loading features via javascript API automatically
2213             enables feature display</li>
2214           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2215             work</li>
2216         </ul> <em>General</em>
2217         <ul>
2218           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2219           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2220             and then deselected</li>
2221           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2222           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2223             coloured with clustalx</li>
2224           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2225             exceptions and redraw errors</li>
2226           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2227             reconfigured view</li>
2228           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2229             colour</li>
2230           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2231             for lots of labels</li>
2232         </ul>
2233     </tr>
2234     <tr>
2235       <td>
2236         <div align="center">
2237           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2238         </div>
2239       </td>
2240       <td><em>Application</em>
2241         <ul>
2242           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2243           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2244           <li>View/alignment association menu to enable user to
2245             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2246             its colours/correspondences from</li>
2247           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2248           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2249             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2250           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2251           <li>Annotation row column label formatting attributes
2252             stored in project file</li>
2253           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2254             rows preserved in Jalview project file</li>
2255           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2256             saved using Desktop window menu</li>
2257           <li>Visual indication that command line arguments are
2258             still being processed</li>
2259           <li>Groovy script execution from URL</li>
2260           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2261             preferences</li>
2262           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2263             alignment with sequences that have high similarity and
2264             matching IDs</li>
2265           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2266           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2267             structures in same window</li>
2268           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2269           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2270             analysis function in its own submenu</li>
2271         </ul> <em>Applet</em>
2272         <ul>
2273           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2274             groups</li>
2275           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2276           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2277           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2278           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2279           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2280             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2281           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2282           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2283             parameters are treated as such</li>
2284           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2285             <ul>
2286               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2287               <li>Javascript callbacks for
2288                 <ul>
2289                   <li>Applet initialisation</li>
2290                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2291                 </ul>
2292               </li>
2293               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2294                 functions</li>
2295               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2296               <li>javascript structure viewer harness to pass
2297                 messages between Jmol and Jalview when running as
2298                 distinct applets</li>
2299               <li>sortBy method</li>
2300               <li>Set of applet and application examples shipped
2301                 with documentation</li>
2302               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2303                 javascript message exchange</li>
2304             </ul>
2305         </ul> <em>General</em>
2306         <ul>
2307           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2308             multiple alignments</li>
2309           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2310           <li>User configurable link to enable redirects to a
2311             www.Jalview.org mirror</li>
2312           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2313           <li>Configurable newline string when writing alignment
2314             and other flat files</li>
2315           <li>Allow alignment annotation description lines to
2316             contain html tags</li>
2317         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2318         <ul>
2319           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2320             examples</li>
2321           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2322             using a web service before displaying the result in the
2323             Jalview desktop</li>
2324           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2325           <li>Ant target to publish example html files with applet
2326             archive</li>
2327           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2328           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2329         </ul></td>
2330       <td><em>Application</em>
2331         <ul>
2332           <li>User defined colourscheme throws exception when
2333             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2334           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2335             dialog for valid filename/format</li>
2336           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2337           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2338             P37173</li>
2339           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2340             which sequence is to be associated with the file</li>
2341           <li>Find All raises null pointer exception when query
2342             only matches sequence IDs</li>
2343           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2344           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2345             2.4 cannot be loaded</li>
2346           <li>Filetype associations not installed for webstart
2347             launch</li>
2348           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2349             with sequences in different alignments do not get coloured
2350             by their associated sequence</li>
2351           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2352             not preserved when project is loaded</li>
2353           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2354             stored in Jalview project</li>
2355           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2356             Jalview project</li>
2357           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2358           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2359             by conservation</li>
2360           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2361             created on new view</li>
2362           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2363             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2364           <li>Alignment quality not updated after alignment
2365             annotation row is hidden then shown</li>
2366           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2367             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2368           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2369             properly</li>
2370           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2371             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2372           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2373           <li>Structures imported from file and saved in project
2374             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2375           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2376             job execution in full once it is complete</li>
2377         </ul> <em>Applet</em>
2378         <ul>
2379           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2380             annotation rows are displayed</li>
2381           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2382             codebase</li>
2383           <li>View follows highlighting does not work for positions
2384             in sequences</li>
2385           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2386           <li>Export features raises exception when no features
2387             exist</li>
2388           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2389             for javascript api is modified when separator string
2390             provided as parameter</li>
2391           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2392             alignment with no existing selection</li>
2393           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2394             to applet&#39;s codebase</li>
2395           <li>Status bar not updated after finished searching and
2396             search wraps around to first result</li>
2397           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2398             several Jalview applets causes race conditions and memory
2399             leaks</li>
2400           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2401             not sent from Jmol in applet</li>
2402           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2403             applet API fatally hang browser</li>
2404         </ul> <em>General</em>
2405         <ul>
2406           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2407             position with wrapped view and hidden regions</li>
2408           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2409             with/without hidden columns</li>
2410           <li>Sequence length given in alignment properties window
2411             is off by 1</li>
2412           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2413             import PDB like structure files</li>
2414           <li>Positional search results are only highlighted
2415             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2416           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2417           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2418             given sequence position</li>
2419           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2420             output</li>
2421           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2422             from nucleotide chains correctly</li>
2423           <li>Structure colours not updated when tree partition
2424             changed in alignment</li>
2425           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2426             parsed in interleaved stockholm</li>
2427           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2428             state</li>
2429           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2430             properly</li>
2431           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2432             properly associated with their pdb files</li>
2433         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2434         <ul>
2435           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2436             ApplyCopyright tool</li>
2437         </ul></td>
2438     </tr>
2439     <tr>
2440       <td>
2441         <div align="center">
2442           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2443         </div>
2444       </td>
2445       <td><em>Application</em>
2446         <ul>
2447           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2448             contact web services</li>
2449           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2450             service job window</li>
2451           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2452         </ul></td>
2453       <td>
2454         <ul>
2455           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2456             pir file emitted by Jalview</li>
2457           <li>Existing feature settings transferred to new
2458             alignment view created from cut'n'paste</li>
2459           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2460             parsing PDB files</li>
2461           <li>Consensus and conservation annotation rows
2462             occasionally become blank for all new windows</li>
2463           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2464             in wrapped view mode</li>
2465         </ul> <em>Application</em>
2466         <ul>
2467           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2468             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2469           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2470             parameter names</li>
2471           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2472             is down</li>
2473         </ul>
2474       </td>
2475     </tr>
2476     <tr>
2477       <td>
2478         <div align="center">
2479           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2480         </div>
2481       </td>
2482       <td><em>Application</em>
2483         <ul>
2484           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2485             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2486             (JABAWS)
2487           </li>
2488           <li>Web Services preference tab</li>
2489           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2490             preferences</li>
2491           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2492           <li>Superpose structures using associated sequence
2493             alignment</li>
2494           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2495             viewer</li>
2496         </ul> <em>Applet</em>
2497         <ul>
2498           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2499             link out mechanism</li>
2500         </ul> <em>Other</em>
2501         <ul>
2502           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2503             series 12</li>
2504           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2505             require Java 1.5</li>
2506           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2507             sequence annotation files</li>
2508           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2509             type colour specification</li>
2510           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2511             script to check if it being run in an interactive session or
2512             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2513         </ul></td>
2514       <td>
2515         <ul>
2516           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2517             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2518         </ul> <em>Application</em>
2519         <ul>
2520           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2521             selected Regions menu item</li>
2522           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2523             part of a valid accession ID</li>
2524           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2525             runs out of memory</li>
2526           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2527             analysis results</li>
2528           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2529             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2530           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2531         </ul> <em>Applet</em>
2532         <ul>
2533           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2534             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2535             defined.</li>
2536         </ul>
2537       </td>
2538     </tr>
2539     <tr>
2540       <td>
2541         <div align="center">
2542           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2543         </div>
2544       </td>
2545       <td></td>
2546       <td>
2547         <ul>
2548           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2549             sequence IDs</li>
2550           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2551             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2552           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2553             import correctly</li>
2554           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2555             number of columns are hidden</li>
2556           <li>annotation label popup menu not providing correct
2557             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2558             present</li>
2559           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2560             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2561           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2562             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2563
2564         </ul> <em>Applet</em>
2565         <ul>
2566           <li>annotation panel disappears when annotation is
2567             hidden/removed</li>
2568         </ul> <em>Application</em>
2569         <ul>
2570           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2571             alignment opened where annotation panel is visible but no
2572             annotations are present on alignment</li>
2573           <li>pasted region containing hidden columns is
2574             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2575           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2576             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2577           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2578             selected Rregions menu item.</li>
2579           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2580             'Un' or 'Non'conserved</li>
2581           <li>Sequence feature settings are being shared by
2582             multiple distinct alignments</li>
2583           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2584             changed</li>
2585           <li>double click on group annotation to select sequences
2586             does not propagate to associated trees</li>
2587           <li>Mac OSX specific issues:
2588             <ul>
2589               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2590                 window background</li>
2591               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2592                 name set correctly</li>
2593               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2594                 save feature colourscheme button</li>
2595             </ul>
2596           </li>
2597         </ul>
2598       </td>
2599     </tr>
2600     <tr>
2601
2602       <td>
2603         <div align="center">
2604           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2605         </div>
2606       </td>
2607       <td><em>New Capabilities</em>
2608         <ul>
2609           <li>URL links generated from description line for
2610             regular-expression based URL links (applet and application)
2611
2612           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2613             menu</li>
2614           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2615             structures</li>
2616           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2617             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2618           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2619             average score or total feature count for each sequence.</li>
2620           <li>Shading features by score or associated description</li>
2621           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2622             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2623           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2624             hide everything but the currently selected region.</li>
2625           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2626         </ul> <em>Application</em>
2627         <ul>
2628           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2629             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2630           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2631             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2632           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2633             database references and protein_name is parsed as
2634             description line (BioSapiens terms).</li>
2635           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2636             references in sequence ID tooltip from View menu in
2637             application.</li>
2638           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2639       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2640           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2641             conservation plots</li>
2642           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2643             and visualized as sequence logos</li>
2644           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2645             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2646           </li>
2647           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2648             when a new tree is opened.</li>
2649           <li>Jalview Java Console</li>
2650           <li>Better placement of desktop window when moving
2651             between different screens.</li>
2652           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2653             consensus annotation</li>
2654           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2655             Workflows</li>
2656           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2657             <ul>
2658               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2659                 used to preserve views, structures, and tree display
2660                 settings)</li>
2661               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2662                 command line</li>
2663               <li>Sharing of selected regions between views and
2664                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2665               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2666             </ul></li>
2667         </ul> <em>Applet</em>
2668         <ul>
2669           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2670           <li>New Parameters
2671             <ul>
2672               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2673                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2674                 opened.</li>
2675               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2676                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2677               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2678                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2679               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2680                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2681                 view</li>
2682               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2683                 increase the height or width of a cell in the alignment
2684                 grid relative to the current font size.</li>
2685             </ul>
2686           </li>
2687           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2688             tooltip</li>
2689         </ul> <em>Other</em>
2690         <ul>
2691           <li>Features format: graduated colour definitions and
2692             specification of feature scores</li>
2693           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2694             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2695             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2696           <li>XML formats extended to support graduated feature
2697             colourschemes, group associated annotation, and profile
2698             visualization settings.</li></td>
2699       <td>
2700         <ul>
2701           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2702             rather than description</li>
2703           <li>Non-positional features are now included in sequence
2704             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2705             visibility in tooltip).</li>
2706           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2707           <li>Added URL embedding instructions to features file
2708             documentation.</li>
2709           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2710             'X' in peptide product</li>
2711           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2712             sequence ID and sequence string and query strings do not
2713             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2714           <li>AMSA files only contain first column of
2715             multi-character column annotation labels</li>
2716           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2717             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2718             exported and re-imported)</li>
2719           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2720             name</li>
2721           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2722             as subsequence matches, and correctly reports total number
2723             of both.</li>
2724           <li>Application:
2725             <ul>
2726               <li>Better handling of exceptions during sequence
2727                 retrieval</li>
2728               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2729                 link text excludes the start_end suffix</li>
2730               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2731                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2732               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2733               <li>Sequence description lines properly shared via
2734                 VAMSAS</li>
2735               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2736                 data sources</li>
2737               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2738                 completes before alignment figures are generated.</li>
2739               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2740                 first time.</li>
2741               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2742                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2743               <li>User defined group colours properly recovered
2744                 from Jalview projects.</li>
2745             </ul>
2746           </li>
2747         </ul>
2748       </td>
2749
2750     </tr>
2751     <tr>
2752       <td>
2753         <div align="center">
2754           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2755         </div>
2756       </td>
2757       <td>
2758         <ul>
2759           <li>Experimental support for google analytics usage
2760             tracking.</li>
2761           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2762         </ul>
2763       </td>
2764       <td>
2765         <ul>
2766           <li>Race condition in applet preventing startup in
2767             jre1.6.0u12+.</li>
2768           <li>Exception when feature created from selection beyond
2769             length of sequence.</li>
2770           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2771           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2772             all sequences with a given id</li>
2773           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2774             ID string searches</li>
2775           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2776             alignment to fail with exception</li>
2777         </ul> <em>Application Issues</em>
2778         <ul>
2779           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2780           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2781             data sources</li>
2782         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2783         <ul>
2784           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2785             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2786           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2787             version (java class versioning error fixed)</li>
2788         </ul>
2789       </td>
2790     </tr>
2791     <tr>
2792       <td>
2793
2794         <div align="center">
2795           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2796         </div>
2797       </td>
2798       <td><em>User Interface</em>
2799         <ul>
2800           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2801             translation and protein products</li>
2802           <li>Linked highlighting of structure associated with
2803             residue mapping to codon position</li>
2804           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2805             and 'clear' button</li>
2806           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2807             Tools menu</li>
2808           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2809             numeric data in description line</li>
2810           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2811           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2812             of sequence</li>
2813         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2814         <ul>
2815           <li>JPred3 web service</li>
2816           <li>Prototype sequence search client (no public services
2817             available yet)</li>
2818           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2819             PFAM</li>
2820           <li>URL Links created for matching database cross
2821             references as well as sequence ID</li>
2822           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2823         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2824         <ul>
2825           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2826             databases</li>
2827           <li>Generalised database reference retrieval and
2828             validation to all fetchable databases</li>
2829           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2830             sequence command</li>
2831         </ul> <em>Import and Export</em>
2832         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2833         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2834           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2835         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2836           File</li>
2837         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2838           triplet as name of colourscheme</li>
2839         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2840         <ul>
2841           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2842           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2843             alignments (experimental)</li>
2844           <li>Create new or select existing session to join</li>
2845           <li>load and save of vamsas documents</li>
2846         </ul> <em>Application command line</em>
2847         <ul>
2848           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2849             from applet)</li>
2850           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2851             of DAS servers to query for alignment features</li>
2852           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2853             that are also automatically queried for features</li>
2854           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2855             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2856         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2857         <ul>
2858           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2859             application (when using &quot;View in full
2860             application&quot;)</li>
2861         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2862         <ul>
2863           <li>feature group display control parameter</li>
2864           <li>debug parameter</li>
2865           <li>showbutton parameter</li>
2866         </ul> <em>Applet API methods</em>
2867         <ul>
2868           <li>newView public method</li>
2869           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2870           <li>Feature display control methods</li>
2871           <li>get list of currently selected sequences</li>
2872         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2873         <ul>
2874           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2875           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2876             Jalview release.</li>
2877           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2878             property controls execution of obfuscator</li>
2879           <li>Build target for generating source distribution</li>
2880           <li>Debug flag for javacc</li>
2881           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2882             jalview.bin.Cache</li>
2883           <li>Continuous Build Integration for stable and
2884             development version of Application, Applet and source
2885             distribution</li>
2886         </ul></td>
2887       <td>
2888         <ul>
2889           <li>selected region output includes visible annotations
2890             (for certain formats)</li>
2891           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2892             for editing</li>
2893           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2894           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2895           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2896           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2897             comments</li>
2898           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2899             filenames containing a ':'</li>
2900           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2901             global sequence features</li>
2902           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2903             references from alignment sequences goes to zero</li>
2904           <li>Close of tree branch colour box without colour
2905             selection causes cascading exceptions</li>
2906           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2907           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2908             file parsing fails.</li>
2909           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2910           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2911             not a valid output format</li>
2912           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2913             vamsas</li>
2914           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2915           <li>error messages passed up and output when data read
2916             fails</li>
2917           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2918             sequence is edited</li>
2919           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2920             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2921           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2922             filetype</li>
2923           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2924             import fixed for PFAM records</li>
2925           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2926             window list</li>
2927           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2928             can be read and written correctly to annotation file</li>
2929           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2930             correctly</li>
2931           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2932             non-italic font for representatives in Applet</li>
2933           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2934             Macs.</li>
2935           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2936             Applet)</li>
2937           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2938             due to null pointer exceptions</li>
2939           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2940             first column of alignment</li>
2941           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2942             July 2008</li>
2943           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2944             file is case-insensitive</li>
2945           <li>Sequence features read from Features file appended to
2946             all sequences with matching IDs</li>
2947           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2948             containing a sub-sequence</li>
2949           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2950           <li>feature and annotation file applet parameters
2951             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2952           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2953           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2954             splash-screen version check to complete</li>
2955           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2956             when passing them to the launchApp service</li>
2957           <li>display name and local features preserved in results
2958             retrieved from web service</li>
2959           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2960             sequence fetcher initialisation</li>
2961           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2962             dasobert DAS client</li>
2963           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2964             association</li>
2965           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2966             sequences
2967           </li>
2968         </ul>
2969       </td>
2970     </tr>
2971     <tr>
2972       <td>
2973         <div align="center">
2974           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2975         </div>
2976       </td>
2977       <td>
2978         <ul>
2979           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2980           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2981           <li>Slide sequences</li>
2982           <li>Edit sequence in place</li>
2983           <li>EMBL CDS features</li>
2984           <li>DAS Feature mapping</li>
2985           <li>Feature ordering</li>
2986           <li>Alignment Properties</li>
2987           <li>Annotation Scores</li>
2988           <li>Sort by scores</li>
2989           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2990         </ul>
2991       </td>
2992       <td>
2993         <ul>
2994           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2995           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2996           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2997           <li>Feature group display state in XML</li>
2998           <li>Feature ordering in XML</li>
2999           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3000           <li>Stockholm alignment properties</li>
3001           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3002           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3003           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3004           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3005         </ul>
3006       </td>
3007
3008     </tr>
3009     <tr>
3010       <td>
3011         <div align="center">
3012           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3013         </div>
3014       </td>
3015       <td>
3016         <ul>
3017           <li>Non standard characters can be read and displayed
3018           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3019             applet via textbox
3020           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3021             name &amp; description
3022           <li>Preference setting to display sequence name in
3023             italics
3024           <li>Annotation file format extended to allow
3025             Sequence_groups to be defined
3026           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3027             specified in preferences
3028           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3029             sequences
3030         </ul>
3031       </td>
3032       <td>
3033         <ul>
3034           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3035             installed
3036           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3037           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3038         </ul>
3039       </td>
3040     </tr>
3041     <tr>
3042       <td>
3043         <div align="center">
3044           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3045         </div>
3046       </td>
3047       <td>
3048         <ul>
3049           <li>Multiple views on alignment
3050           <li>Sequence feature editing
3051           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3052           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3053           <li>Background dependent text colour
3054           <li>Right align sequence ids
3055           <li>User-defined lower case residue colours
3056           <li>Format Menu
3057           <li>Select Menu
3058           <li>Menu item accelerator keys
3059           <li>Control-V pastes to current alignment
3060           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3061           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3062           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3063
3064           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3065         </ul>
3066       </td>
3067       <td>
3068         <ul>
3069           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3070           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3071             calculations
3072           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3073             edits
3074           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3075             of alignment)
3076           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3077
3078           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3079             display correctly
3080           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3081           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3082             analysis results
3083           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3084             &#8739;
3085           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3086           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3087           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3088
3089         </ul>
3090       </td>
3091     </tr>
3092     <tr>
3093       <td>
3094         <div align="center">
3095           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3096         </div>
3097       </td>
3098       <td>
3099         <ul>
3100           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3101         </ul>
3102       </td>
3103       <td>
3104         <ul>
3105           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3106             sequence id panel has been resized</li>
3107           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3108             rendered</li>
3109           <li>Annotation files with sequence references - all
3110             elements in file are relative to sequence position</li>
3111           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3112         </ul>
3113       </td>
3114     </tr>
3115     <tr>
3116       <td>
3117         <div align="center">
3118           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3119         </div>
3120       </td>
3121       <td>
3122         <ul>
3123           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3124           <li>DAS Feature fetching</li>
3125           <li>Hide sequences and columns</li>
3126           <li>Export Annotations and Features</li>
3127           <li>GFF file reading / writing</li>
3128           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3129             files</li>
3130           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3131           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3132           <li>Applet can launch the full application</li>
3133           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3134             required)</li>
3135           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3136           <li>Applet can load sequences from parameter
3137             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3138           </li>
3139         </ul>
3140       </td>
3141       <td>
3142         <ul>
3143           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3144           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3145           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3146         </ul>
3147       </td>
3148     </tr>
3149     <tr>
3150       <td>
3151         <div align="center">
3152           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3153         </div>
3154       </td>
3155       <td>
3156         <ul>
3157           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3158           <li>Choose to match case when searching</li>
3159           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3160             expand the visible width and height of the alignment</li>
3161         </ul>
3162       </td>
3163       <td>
3164         <ul>
3165           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3166         </ul>
3167       </td>
3168     </tr>
3169     <tr>
3170       <td>
3171         <div align="center">
3172           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3173         </div>
3174       </td>
3175       <td>&nbsp;</td>
3176       <td>
3177         <ul>
3178           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3179           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3180             value</li>
3181         </ul>
3182       </td>
3183     </tr>
3184     <tr>
3185       <td>
3186         <div align="center">
3187           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3188         </div>
3189       </td>
3190       <td>
3191         <ul>
3192           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3193           <li>Keyboard editing</li>
3194           <li>Create sequence features from searches</li>
3195           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3196             alignments</li>
3197           <li>Features file allows grouping of features</li>
3198           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3199           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3200           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3201         </ul>
3202       </td>
3203       <td>
3204         <ul>
3205           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3206           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3207             descriptions saved.</li>
3208         </ul>
3209       </td>
3210     </tr>
3211     <tr>
3212       <td>
3213         <div align="center">
3214           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3215         </div>
3216       </td>
3217       <td>
3218         <ul>
3219           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3220           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3221           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3222             name for file output</li>
3223           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3224           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3225             used for HTML form input</li>
3226         </ul>
3227       </td>
3228       <td>
3229         <ul>
3230           <li>HTML output writes groups and features</li>
3231           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3232           <li>File IO bugs</li>
3233         </ul>
3234       </td>
3235     </tr>
3236     <tr>
3237       <td>
3238         <div align="center">
3239           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3240         </div>
3241       </td>
3242       <td>
3243         <ul>
3244           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3245           <li>More options for PCA viewer</li>
3246         </ul>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>GUI bugs resolved</li>
3251           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3252         </ul>
3253       </td>
3254     </tr>
3255     <tr>
3256       <td height="63">
3257         <div align="center">
3258           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3259         </div>
3260       </td>
3261       <td>
3262         <ul>
3263           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3264           <li>Jar files are executable</li>
3265           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3266         </ul>
3267       </td>
3268       <td>
3269         <ul>
3270           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3271           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3272           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3273         </ul>
3274       </td>
3275     </tr>
3276     <tr>
3277       <td>
3278         <div align="center">
3279           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3280         </div>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287       <td>
3288         <ul>
3289           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3290         </ul>
3291       </td>
3292     </tr>
3293     <tr>
3294       <td>
3295         <div align="center">
3296           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3297         </div>
3298       </td>
3299       <td>
3300         <ul>
3301           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3302             size</li>
3303         </ul>
3304       </td>
3305       <td>
3306         <ul>
3307           <li>Improved JPred client reliability</li>
3308           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3309         </ul>
3310       </td>
3311     </tr>
3312     <tr>
3313       <td>
3314         <div align="center">
3315           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3316         </div>
3317       </td>
3318       <td>
3319         <ul>
3320           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3321           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3322           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3323             to Colour Menu</li>
3324           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3325           <li>Unix users can set default web browser</li>
3326           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3327           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335     </tr>
3336     <tr>
3337       <td>
3338         <div align="center">
3339           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3340         </div>
3341       </td>
3342       <td>&nbsp;</td>
3343       <td>
3344         <ul>
3345           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3346             alignment order.</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td>
3352         <div align="center">
3353           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3359           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3360           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3361             annotations.</li>
3362           <li>Version and build date written to build properties
3363             file.</li>
3364           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3365             at launch of Jalview.</li>
3366         </ul>
3367       </td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3371           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3372           <li>Can remove groups one by one.</li>
3373           <li>Filechooser icons installed.</li>
3374           <li>Finder ignores return character when searching.
3375             Return key will initiate a search.<br>
3376           </li>
3377         </ul>
3378       </td>
3379     </tr>
3380     <tr>
3381       <td>
3382         <div align="center">
3383           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3384         </div>
3385       </td>
3386       <td>
3387         <ul>
3388           <li>New codebase</li>
3389         </ul>
3390       </td>
3391       <td>&nbsp;</td>
3392     </tr>
3393   </table>
3394   <p>&nbsp;</p>
3395 </body>
3396 </html>