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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.1">2.9.1</a><br /> <em>21/6/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55             <li><!-- JAL---></li>
  56         </ul> <em>Application</em>
  57         <ul>
  58             <li><!-- JAL---></li>
  59             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
  60             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for ENA record retrieval</li>
  61             <li><!--  JAL 1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
  62             <li><!--  JAL 1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
  63
  64         </ul> <em>Applet</em>
  65         <ul>
  66             <li><!-- JAL---></li>
  67         </ul></td>
  68       <td>
  69         <div align="left">
  70           <em>General</em>
  71           <ul>
  72             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
  73             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
  74             <li><!-- JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
  75             <li><!-- JAL-2053-->hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
  76             <li><!-- JAL-2067, JAL-  -->Tidied up links in help file table of contents</li>
  77             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
  78             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
  79             <li><!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show unconserved enabled for group on alignment</li>
  80             <li><!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when set as reference</li>
  81
  82           </ul>
  83           <em>Application</em>
  84           <ul>
  85             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
  86             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
  87             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
  88             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
  89             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
  90             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
  91             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
  92           </ul>
  93           <em>Applet</em>
  94           <ul>
  95             <li><!--  --></li>
  96           </ul>
  97         </div>
  98       </td>
  99     </tr>
 100     <tr>
 101       <td width="60" nowrap>
 102         <div align="center">
 103           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 104             <em>16/10/2015</em></strong>
 105         </div>
 106       </td>
 107       <td><em>General</em>
 108         <ul>
 109           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 110             jars</li>
 111         </ul></td>
 112       <td>
 113         <div align="left">
 114           <em>Application</em>
 115           <ul>
 116             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 117               shown when tree is partitioned</li>
 118             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 119               multiple cDNA/Protein split views</li>
 120           </ul>
 121         </div>
 122       </td>
 123     </tr>
 124     <tr>
 125       <td width="60" nowrap>
 126         <div align="center">
 127           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 128             <em>8/10/2015</em></strong>
 129         </div>
 130       </td>
 131       <td><em>General</em>
 132         <ul>
 133           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 134             2.9</li>
 135         </ul> <em>Application</em>
 136       <ul>
 137           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 138           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 139           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 140         </ul> <em>Applet</em>
 141         <ul>
 142           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 143         </ul></td>
 144       <td>
 145         <div align="left">
 146           <em>General</em>
 147           <ul>
 148             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 149               incorrect when sequence start > 1</li>
 150             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 151               documentation</li>
 152             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 153             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 154               loading a features file containing HTML tags in feature
 155               description</li>
 156
 157           </ul>
 158           <em>Application</em>
 159           <ul>
 160             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 161               reimport</li>
 162             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 163               with 'trim retrieved sequences'</li>
 164             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 165               deleting selected columns</li>
 166             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 167               JNLP templates for webstart launch</li>
 168             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 169               unreleased structures for download or viewing</li>
 170             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 171               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 172             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 173               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 174             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 175               recovered from jalview project</li>
 176             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 177               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 178               alignment view</li>
 179             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 180               color schemes from BioJSON</li>
 181           </ul>
 182           <em>Applet</em>
 183           <ul>
 184             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 185               frame</li>
 186             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 187           </ul>
 188         </div>
 189       </td>
 190     </tr>
 191     <tr>
 192       <td><div align="center">
 193           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 194         </div></td>
 195       <td><em>General</em>
 196         <ul>
 197           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 198             alignments:
 199             <ul>
 200               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 201                 and DNA alignment views</li>
 202               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 203                 cDNA alignment views</li>
 204               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 205                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 206               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 207                 protein sequences</li>
 208             </ul>
 209           </li>
 210           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 211           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 212             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 213           <li>New alignment annotation file statements for
 214             reference sequences and marking hidden columns</li>
 215           <li>Reference sequence based alignment shading to
 216             highlight variation</li>
 217           <li>Select or hide columns according to alignment
 218             annotation</li>
 219           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 220           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 221             acid conservation row</li>
 222           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 223         </ul> <em>Application</em>
 224         <ul>
 225           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 226             <ul>
 227               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 228                 view with cDNA/Protein</li>
 229               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 230                 sequences are placed in the same alignment</li>
 231               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 232                 projects</li>
 233             </ul>
 234           </li>
 235
 236           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 237           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 238             Jalview windows</li>
 239
 240           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 241           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 242           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 243             be shown in VARNA</li>
 244
 245           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 246             as the active selected region</li>
 247
 248           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 249             similarity</li>
 250           <li>New Export options
 251             <ul>
 252               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 253                 region export in flat file generation</li>
 254
 255               <li>Export alignment views for display with the <a
 256                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
 257
 258               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 259               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 260                 alignment figures to HTML</li>
 261           </li>
 262           <li>3D structure retrieval and display
 263             <ul>
 264               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 265                 Search API</li>
 266               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 267                 PDB structures for a sequence set</li>
 268             </ul>
 269           </li>
 270
 271           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 272             predictions</li>
 273           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 274             for one or a group of sequences</li>
 275           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 276             from the JPred4 web server</li>
 277           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 278             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 279             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 280           </li>
 281           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 282             VARNA 2D Structure'</li>
 283           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 284             Structure ..."</li>
 285
 286         </ul> <em>Applet</em>
 287         <ul>
 288           <li>New layout for applet example pages</li>
 289           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 290             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 291           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 292             Protein alignments</li>
 293         </ul> <em>Development and deployment</em>
 294         <ul>
 295           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 296           <li>Include installation type and git revision in build
 297             properties and console log output</li>
 298           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 299             storing BioJsMSA Templates</li>
 300           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 301         </ul></td>
 302       <td>
 303         <!-- <em>General</em>
 304         <ul>
 305         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 306         <ul>
 307           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 308           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 309           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 310             predictions are not highlighted in amber</li>
 311           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 312             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 313           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 314             associated structure views</li>
 315           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 316             width checkbox not enabled</li>
 317           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 318             creating user defined colours</li>
 319           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 320             mappings for just that viewer's sequences</li>
 321           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 322             multiple models in Chimera</li>
 323           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 324             over Jmol structure</li>
 325           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 326             output to text box</li>
 327           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 328             have incorrect sequence start/end</li>
 329           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 330             Jalview fails</li>
 331           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 332             work for nucleotide</li>
 333           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 334             to a grey/invisible alignment window</li>
 335           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 336             imports to different position</li>
 337           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 338             on some platforms</li>
 339           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 340             populated</li>
 341           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 342             console if Chimera has been opened</li>
 343           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 344           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 345             retrieved</li>
 346           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 347           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 348             either sequence shows on first structure</li>
 349           <li>'Show annotations' options should not make
 350             non-positional annotations visible</li>
 351           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 352             in right place after 'view flanking regions'</li>
 353           <li>File Save As type unset when current file format is
 354             unknown</li>
 355           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 356             projects</li>
 357           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 358             responsive</li>
 359           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 360             several views on same alignment</li>
 361           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 362           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 363             spaces</li>
 364         </ul> <em>Applet</em>
 365         <ul>
 366           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 367           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 368             descriptions containing angle brackets</li>
 369         </ul> <em>General</em>
 370         <ul>
 371           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 372             via jalview annotation file</li>
 373           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 374             with RNA secondary structure</li>
 375           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 376             translation doesn't work.</li>
 377           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 378           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 379             positions</li>
 380           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 381             choosing 1pt font</li>
 382           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 383             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 384             'h'</li>
 385           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 386             new feature</li>
 387           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 388             order dependent</li>
 389           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 390             sequences</li>
 391           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 392         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 393         <ul>
 394           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 395             www.jalview.org</li>
 396         </ul> <em>Application Known issues</em>
 397         <ul>
 398           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 399           <li>Misleading message appears after trying to delete
 400             solid column.</li>
 401           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 402             version launches</li>
 403           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 404             fails with a sequence mismatch</li>
 405           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 406             scrolling alignment to right</li>
 407           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 408             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 409           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 410             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 411           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 412             ultra-high resolution</li>
 413           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 414             quality and conservation</li>
 415           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 416             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 417         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 418         <ul>
 419           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 420           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 421             window is being resized</li>
 422
 423         </ul>
 424       </td>
 425     </tr>
 426     <tr>
 427       <td><div align="center">
 428           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 429         </div></td>
 430       <td><em>General</em>
 431         <ul>
 432           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 433             Certum.PL.</li>
 434           <li>Features and annotation preserved when performing
 435             pairwise alignment</li>
 436           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 437             imported/exported/displayed</li>
 438           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 439             protein secondary structure</li>
 440           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 441               post-hoc with 2.9 release</em>)
 442           </li>
 443
 444         </ul> <em>Application</em>
 445         <ul>
 446           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 447             with 3D structures</li>
 448           <li>Support for parsing RNAML</li>
 449           <li>Annotations menu for layout
 450             <ul>
 451               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 452               <li>place sequence annotation above/below alignment
 453                 annotation</li>
 454             </ul>
 455           <li>Output in Stockholm format</li>
 456           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 457             translation</li>
 458           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 459           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 460             shared between alignments</li>
 461           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 462             Jalview</li>
 463           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 464             all or current selection</li>
 465           <li>disorder and secondary structure predictions
 466             available as dataset annotation</li>
 467           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 468
 469
 470           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 471             alignments from Rfam</li>
 472           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 473
 474           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 475             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 476           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 477           <li>include installation type in build properties and
 478             console log output</li>
 479           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 480             annotation</li>
 481         </ul></td>
 482       <td>
 483         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 484         <ul>
 485           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 486             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 487           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 488             alignment</li>
 489           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 490           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 491           <li>Double click on sequence associated annotation
 492             selects only first column</li>
 493           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 494             leaves shown in tree</li>
 495           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 496             properly</li>
 497           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 498           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 499             screen and buttons not visible</li>
 500           <li>author list isn't updated if already written to
 501             Jalview properties</li>
 502           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 503             from database</li>
 504           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 505           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 506             browser search window</li>
 507           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 508             in feature settings dialog</li>
 509           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 510             desktop</li>
 511           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 512             pass validation</li>
 513           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 514             fit on screen</li>
 515           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 516             tooltip</li>
 517           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 518             defined user preset</li>
 519           <li>MSA web services warns user if they were launched
 520             with invalid input</li>
 521           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 522             Java 8</li>
 523           <li>
 524             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 525             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 526             created
 527           </li>
 528
 529         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 530                                 <ul>
 531                                 </ul> <em>General</em>
 532                                 <ul>
 533                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 534         <ul>
 535           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 536             memory allocation</li>
 537           <li>launchApp service doesn't automatically open
 538             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 539           <li>
 540             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 541             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 542             1.7_055 is available
 543           </li>
 544         </ul> <em>Application Known issues</em>
 545         <ul>
 546           <li>
 547             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 548             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 549             alignment to right
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 553             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 554             with large number of ID
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 558             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 559             start/end
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 563             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 564             structure tracks are rearranged
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 568             invalid rna structure positional highlighting does not
 569             highlight position of invalid base pairs
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 573             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 574             project from alignment window file menu
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 578             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 579             structures
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 583             colour by RNA Helices not enabled when user created
 584             annotation added to alignment
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 588             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 589           </li>
 590         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 591         <ul>
 592           <li>
 593             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 594             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 598             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 599           </li>
 600
 601           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 602             when selected</li>
 603         </ul>
 604       </td>
 605     </tr>
 606     <tr>
 607       <td><div align="center">
 608           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 609         </div></td>
 610       <td>
 611         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 612         <em>General</em>
 613         <ul>
 614           <li>Internationalisation of user interface (usually
 615             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 616           <li>Define/Undefine group on current selection with
 617             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 618           <li>Improved group creation/removal options in
 619             alignment/sequence Popup menu</li>
 620           <li>Sensible precision for symbol distribution
 621             percentages shown in logo tooltip.</li>
 622           <li>Annotation panel height set according to amount of
 623             annotation when alignment first opened</li>
 624         </ul> <em>Application</em>
 625         <ul>
 626           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 627             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 628           <li>Select columns containing particular features from
 629             Feature Settings dialog</li>
 630           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 631             sequences</li>
 632           <li>Update Jalview project format:
 633             <ul>
 634               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 635               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 636                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 637               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 638                 colouring</li>
 639             </ul>
 640           </li>
 641           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 642             (PAM250)</li>
 643           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 644             flanking regions for an alignment</li>
 645         </ul>
 646       </td>
 647       <td>
 648         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 649         <ul>
 650           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 651             running after job is cancelled</li>
 652           <li>cannot export features from alignments imported from
 653             Jalview/VAMSAS projects</li>
 654           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 655             float values</li>
 656           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 657             have 'display all symbols' flag set</li>
 658           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 659             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 660           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 661             Jalview</li>
 662           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 663             Lion/Webstart</li>
 664           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 665           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 666           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 667             alignment onto desktop</li>
 668           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 669             'extract scores' function</li>
 670           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 671             alignment window</li>
 672           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 673             performing IUPred disorder prediction</li>
 674           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 675             changing 'normalise logo' display setting</li>
 676           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 677             nothing matches query</li>
 678           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 679             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 680           </li>
 681           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 682             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 683           </li>
 684           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 685             Jalview's menu</li>
 686           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 687             'invalid literal/length code'</li>
 688           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 689             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 690           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 691             colourscheme</li>
 692
 693         </ul> <em>Applet</em>
 694         <ul>
 695           <li>Remove group option is shown even when selection is
 696             not a group</li>
 697           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 698             don't affect groups</li>
 699           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 700             colourscheme name</li>
 701           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 702             Annotation panel is not displayed</li>
 703           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 704             embedded windows</li>
 705         </ul> <em>Other</em>
 706         <ul>
 707           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 708             single sequence were not calculated</li>
 709           <li>annotation files that contain only groups imported as
 710             annotation and junk sequences</li>
 711           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 712             recognised as PFAM or BLC</li>
 713           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 714             doesn't affect background (2.8.0b1)
 715           <li></li>
 716           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 717           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 718             trailing gaps</li>
 719           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 720             registered correctly on import</li>
 721           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 722             certain alignments</li>
 723           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 724             existing annotation based 'use original colours'
 725             colourscheme loses original colours setting</li>
 726         </ul>
 727       </td>
 728     </tr>
 729     <tr>
 730       <td><div align="center">
 731           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 732             <em>30/1/2014</em></strong>
 733         </div></td>
 734       <td>
 735         <ul>
 736           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 737             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 738             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 739             open source project).
 740           </li>
 741           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
 742           </li>
 743           <li>Output in Stockholm format</li>
 744           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 745           <li>Export/import group and sequence associated line
 746             graph thresholds</li>
 747           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 748             ambiguity codes</li>
 749           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 750             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 751             works</li>
 752           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 753         </ul> <em>Other improvements</em>
 754         <ul>
 755           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 756           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 757             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 758           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 759             files</li>
 760           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 761           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 762             link but no description</li>
 763           <li>Select primary source when selecting authority in
 764             database fetcher GUI</li>
 765           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 766             Jalview</li>
 767           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 768         </ul>
 769       </td>
 770       <td>
 771         <ul>
 772           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 773             displayed</li>
 774           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 775             secondary structure annotation line</li>
 776           <li>Sequence database accessions not imported when
 777             fetching alignments from Rfam</li>
 778           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 779             identical IDs</li>
 780           <li>View all structures does not always superpose
 781             structures</li>
 782           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 783             reflect user or preset settings</li>
 784           <li>Null pointer exceptions for some services without
 785             presets or adjustable parameters</li>
 786           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 787             discover PDB xRefs</li>
 788           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 789             features with DAS</li>
 790           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 791             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 792           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 793             residue follows a gap</li>
 794           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 795             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 796           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 797             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 798           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 799             annotation already exists on alignment</li>
 800           <li>oninit javascript function should be called after
 801             initialisation completes</li>
 802           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 803             alignment window display</li>
 804           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 805           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 806             to annotation file</li>
 807           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 808             groups created</li>
 809           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 810             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 811           <li>Pressing return several times causes Number Format
 812             exceptions in keyboard mode</li>
 813           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 814             correct partitions for input data</li>
 815           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 816           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 817           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 818           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 819             mode</li>
 820           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 821             changes one row&#39;s threshold</li>
 822           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 823             doesn&#39;t open</li>
 824           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 825             quality histograms</li>
 826         </ul>
 827       </td>
 828     </tr>
 829     <tr>
 830       <td><div align="center">
 831           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 832         </div></td>
 833       <td><em>Application</em>
 834         <ul>
 835           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 836             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 837           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 838             preferences</li>
 839           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 840             in Jalview alignment window</li>
 841           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 842             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 843           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 844             RNA and ambiguity codes</li>
 845
 846           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 847           <li>Support fetching and database reference look up
 848             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 849             refs')</li>
 850           <li>Jalview project improvements
 851             <ul>
 852               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 853                 flag for annotation</li>
 854               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 855                 alignment</li>
 856               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 857                 Jalview project</li>
 858
 859             </ul>
 860           </li>
 861           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 862           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 863             running</li>
 864           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 865           <li>visual indication that web service results are still
 866             being retrieved from server</li>
 867           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 868             starts up for first time</li>
 869           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 870             services</li>
 871           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 872             client library</li>
 873           <li>Examples directory and Groovy library included in
 874             InstallAnywhere distribution</li>
 875         </ul> <em>Applet</em>
 876         <ul>
 877           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 878             visualization applet example</li>
 879         </ul> <em>General</em>
 880         <ul>
 881           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 882           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 883             defaults</li>
 884           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 885             calculation</li>
 886           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 887             matrices
 888           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 889             in HTML</li>
 890           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 891             structure contacts</li>
 892           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 893           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 894           <li>Parse sequence associated secondary structure
 895             information in Stockholm files</li>
 896           <li>HTML Export database accessions and annotation
 897             information presented in tooltip for sequences</li>
 898           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 899             style RNA alignment files</li>
 900           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 901             alignment</li>
 902           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 903             shade each sequence according to its associated alignment
 904             annotation</li>
 905           <li>New Jalview Logo</li>
 906         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 907         <ul>
 908           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 909           <li>New Website!</li>
 910         </ul></td>
 911       <td><em>Application</em>
 912         <ul>
 913           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 914             wsdbfetch REST service</li>
 915           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 916           <li>Filetype associations not installed for webstart
 917             launch</li>
 918           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 919             job execution in full once it is complete</li>
 920           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 921             uploaded via ali_file parameter</li>
 922           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 923           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 924           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 925             submitted for prediction</li>
 926           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 927             desktop window</li>
 928           <li>Putting fractional value into integer text box in
 929             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 930           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 931             windows 7</li>
 932           <li>View all structures fails with exception shown in
 933             structure view</li>
 934           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 935             escaped in a platform independent way</li>
 936           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 937             using proxy</li>
 938           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 939             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 940           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 941             failure when java web start temporary file caching is
 942             disabled</li>
 943           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 944             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 945           <li>Errors during processing of command line arguments
 946             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 947           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 948             DAS sources in sequence fetcher</li>
 949           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 950             dialog is shown</li>
 951           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 952           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 953           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 954           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 955             on OSX Mountain Lion</li>
 956           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 957             sequences with alignment annotation are pasted into the
 958             alignment</li>
 959           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 960             when loaded from Jalview project</li>
 961           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 962           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 963             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 964           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 965             associated with all views</li>
 966           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 967             annotation rows to new window</li>
 968         </ul> <em>Applet</em>
 969         <ul>
 970           <li>Sequence features are momentarily displayed before
 971             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 972           <li>loading features via javascript API automatically
 973             enables feature display</li>
 974           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
 975             work</li>
 976         </ul> <em>General</em>
 977         <ul>
 978           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 979           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
 980             and then deselected</li>
 981           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 982           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 983             coloured with clustalx</li>
 984           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
 985             exceptions and redraw errors</li>
 986           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
 987             reconfigured view</li>
 988           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
 989             colour</li>
 990           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
 991             for lots of labels</li>
 992         </ul>
 993     </tr>
 994     <tr>
 995       <td>
 996         <div align="center">
 997           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
 998         </div>
 999       </td>
1000       <td><em>Application</em>
1001         <ul>
1002           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1003           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1004           <li>View/alignment association menu to enable user to
1005             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1006             its colours/correspondences from</li>
1007           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1008           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1009             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1010           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1011           <li>Annotation row column label formatting attributes
1012             stored in project file</li>
1013           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1014             rows preserved in Jalview project file</li>
1015           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1016             saved using Desktop window menu</li>
1017           <li>Visual indication that command line arguments are
1018             still being processed</li>
1019           <li>Groovy script execution from URL</li>
1020           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1021             preferences</li>
1022           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1023             alignment with sequences that have high similarity and
1024             matching IDs</li>
1025           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1026           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1027             structures in same window</li>
1028           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1029           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1030             analysis function in its own submenu</li>
1031         </ul> <em>Applet</em>
1032         <ul>
1033           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1034             groups</li>
1035           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1036           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1037           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1038           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1039           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1040             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1041           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1042           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1043             parameters are treated as such</li>
1044           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1045             <ul>
1046               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1047               <li>Javascript callbacks for
1048                 <ul>
1049                   <li>Applet initialisation</li>
1050                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1051                 </ul>
1052               </li>
1053               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1054                 functions</li>
1055               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1056               <li>javascript structure viewer harness to pass
1057                 messages between Jmol and Jalview when running as
1058                 distinct applets</li>
1059               <li>sortBy method</li>
1060               <li>Set of applet and application examples shipped
1061                 with documentation</li>
1062               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1063                 javascript message exchange</li>
1064             </ul>
1065         </ul> <em>General</em>
1066         <ul>
1067           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1068             multiple alignments</li>
1069           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1070           <li>User configurable link to enable redirects to a
1071             www.Jalview.org mirror</li>
1072           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1073           <li>Configurable newline string when writing alignment
1074             and other flat files</li>
1075           <li>Allow alignment annotation description lines to
1076             contain html tags</li>
1077         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1078         <ul>
1079           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1080             examples</li>
1081           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1082             using a web service before displaying the result in the
1083             Jalview desktop</li>
1084           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1085           <li>Ant target to publish example html files with applet
1086             archive</li>
1087           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1088           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1089         </ul></td>
1090       <td><em>Application</em>
1091         <ul>
1092           <li>User defined colourscheme throws exception when
1093             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1094           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1095             dialog for valid filename/format</li>
1096           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
1097           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
1098             P37173</li>
1099           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1100             which sequence is to be associated with the file</li>
1101           <li>Find All raises null pointer exception when query
1102             only matches sequence IDs</li>
1103           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1104           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1105             2.4 cannot be loaded</li>
1106           <li>Filetype associations not installed for webstart
1107             launch</li>
1108           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1109             with sequences in different alignments do not get coloured
1110             by their associated sequence</li>
1111           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1112             not preserved when project is loaded</li>
1113           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1114             stored in Jalview project</li>
1115           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1116             Jalview project</li>
1117           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1118           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1119             by conservation</li>
1120           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1121             created on new view</li>
1122           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1123             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1124           <li>Alignment quality not updated after alignment
1125             annotation row is hidden then shown</li>
1126           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1127             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1128           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1129             properly</li>
1130           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1131             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1132           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1133           <li>Structures imported from file and saved in project
1134             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1135           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1136             job execution in full once it is complete</li>
1137         </ul> <em>Applet</em>
1138         <ul>
1139           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1140             annotation rows are displayed</li>
1141           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1142             codebase</li>
1143           <li>View follows highlighting does not work for positions
1144             in sequences</li>
1145           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1146           <li>Export features raises exception when no features
1147             exist</li>
1148           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1149             for javascript api is modified when separator string
1150             provided as parameter</li>
1151           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1152             alignment with no existing selection</li>
1153           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1154             to applet&#39;s codebase</li>
1155           <li>Status bar not updated after finished searching and
1156             search wraps around to first result</li>
1157           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1158             several Jalview applets causes race conditions and memory
1159             leaks</li>
1160           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1161             not sent from Jmol in applet</li>
1162           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1163             applet API fatally hang browser</li>
1164         </ul> <em>General</em>
1165         <ul>
1166           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1167             position with wrapped view and hidden regions</li>
1168           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1169             with/without hidden columns</li>
1170           <li>Sequence length given in alignment properties window
1171             is off by 1</li>
1172           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1173             import PDB like structure files</li>
1174           <li>Positional search results are only highlighted
1175             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1176           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1177           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1178             given sequence position</li>
1179           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1180             output</li>
1181           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1182             from nucleotide chains correctly</li>
1183           <li>Structure colours not updated when tree partition
1184             changed in alignment</li>
1185           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1186             parsed in interleaved stockholm</li>
1187           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1188             state</li>
1189           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1190             properly</li>
1191           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1192             properly associated with their pdb files</li>
1193         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1194         <ul>
1195           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1196             ApplyCopyright tool</li>
1197         </ul></td>
1198     </tr>
1199     <tr>
1200       <td>
1201         <div align="center">
1202           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1203         </div>
1204       </td>
1205       <td><em>Application</em>
1206         <ul>
1207           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1208             contact web services</li>
1209           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1210             service job window</li>
1211           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1212         </ul></td>
1213       <td>
1214         <ul>
1215           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1216             pir file emitted by Jalview</li>
1217           <li>Existing feature settings transferred to new
1218             alignment view created from cut'n'paste</li>
1219           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1220             parsing PDB files</li>
1221           <li>Consensus and conservation annotation rows
1222             occasionally become blank for all new windows</li>
1223           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1224             in wrapped view mode</li>
1225         </ul> <em>Application</em>
1226         <ul>
1227           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1228             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1229           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1230             parameter names</li>
1231           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1232             is down</li>
1233         </ul>
1234       </td>
1235     </tr>
1236     <tr>
1237       <td>
1238         <div align="center">
1239           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1240         </div>
1241       </td>
1242       <td><em>Application</em>
1243         <ul>
1244           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1245             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1246             (JABAWS)
1247           </li>
1248           <li>Web Services preference tab</li>
1249           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1250             preferences</li>
1251           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1252           <li>Superpose structures using associated sequence
1253             alignment</li>
1254           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1255             viewer</li>
1256         </ul> <em>Applet</em>
1257         <ul>
1258           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1259             link out mechanism</li>
1260         </ul> <em>Other</em>
1261         <ul>
1262           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1263             series 12</li>
1264           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1265             require Java 1.5</li>
1266           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1267             sequence annotation files</li>
1268           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1269             type colour specification</li>
1270           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1271             script to check if it being run in an interactive session or
1272             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1273         </ul></td>
1274       <td>
1275         <ul>
1276           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1277             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1278         </ul> <em>Application</em>
1279         <ul>
1280           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1281             selected Regions menu item</li>
1282           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1283             part of a valid accession ID</li>
1284           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1285             runs out of memory</li>
1286           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1287             analysis results</li>
1288           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1289             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1290           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1291         </ul> <em>Applet</em>
1292         <ul>
1293           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1294             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1295             defined.</li>
1296         </ul>
1297       </td>
1298     </tr>
1299     <tr>
1300       <td>
1301         <div align="center">
1302           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1303         </div>
1304       </td>
1305       <td></td>
1306       <td>
1307         <ul>
1308           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1309             sequence IDs</li>
1310           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1311             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1312           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1313             import correctly</li>
1314           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1315             number of columns are hidden</li>
1316           <li>annotation label popup menu not providing correct
1317             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1318             present</li>
1319           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1320             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1321           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1322             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1323
1324         </ul> <em>Applet</em>
1325         <ul>
1326           <li>annotation panel disappears when annotation is
1327             hidden/removed</li>
1328         </ul> <em>Application</em>
1329         <ul>
1330           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1331             alignment opened where annotation panel is visible but no
1332             annotations are present on alignment</li>
1333           <li>pasted region containing hidden columns is
1334             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1335           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1336             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1337           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1338             selected Rregions menu item.</li>
1339           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1340             'Un' or 'Non'conserved</li>
1341           <li>Sequence feature settings are being shared by
1342             multiple distinct alignments</li>
1343           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1344             changed</li>
1345           <li>double click on group annotation to select sequences
1346             does not propagate to associated trees</li>
1347           <li>Mac OSX specific issues:
1348             <ul>
1349               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1350                 window background</li>
1351               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1352                 name set correctly</li>
1353               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1354                 save feature colourscheme button</li>
1355             </ul>
1356           </li>
1357         </ul>
1358       </td>
1359     </tr>
1360     <tr>
1361
1362       <td>
1363         <div align="center">
1364           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1365         </div>
1366       </td>
1367       <td><em>New Capabilities</em>
1368         <ul>
1369           <li>URL links generated from description line for
1370             regular-expression based URL links (applet and application)
1371
1372
1373           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1374             menu</li>
1375           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1376             structures</li>
1377           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1378             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1379           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1380             average score or total feature count for each sequence.</li>
1381           <li>Shading features by score or associated description</li>
1382           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1383             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1384           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1385             hide everything but the currently selected region.</li>
1386           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1387         </ul> <em>Application</em>
1388         <ul>
1389           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1390             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1391           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1392             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1393           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1394             database references and protein_name is parsed as
1395             description line (BioSapiens terms).</li>
1396           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1397             references in sequence ID tooltip from View menu in
1398             application.</li>
1399           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1400                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1401           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1402             conservation plots</li>
1403           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1404             and visualized as sequence logos</li>
1405           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1406             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1407           </li>
1408           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1409             when a new tree is opened.</li>
1410           <li>Jalview Java Console</li>
1411           <li>Better placement of desktop window when moving
1412             between different screens.</li>
1413           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1414             consensus annotation</li>
1415           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1416           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1417             <ul>
1418               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1419                 used to preserve views, structures, and tree display
1420                 settings)</li>
1421               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1422                 command line</li>
1423               <li>Sharing of selected regions between views and
1424                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1425               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1426             </ul></li>
1427         </ul> <em>Applet</em>
1428         <ul>
1429           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1430           <li>New Parameters
1431             <ul>
1432               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1433                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1434                 opened.</li>
1435               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1436                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1437               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1438                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1439               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1440                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1441                 view</li>
1442               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1443                 increase the height or width of a cell in the alignment
1444                 grid relative to the current font size.</li>
1445             </ul>
1446           </li>
1447           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1448             tooltip</li>
1449         </ul> <em>Other</em>
1450         <ul>
1451           <li>Features format: graduated colour definitions and
1452             specification of feature scores</li>
1453           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1454             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1455             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1456           <li>XML formats extended to support graduated feature
1457             colourschemes, group associated annotation, and profile
1458             visualization settings.</li></td>
1459       <td>
1460         <ul>
1461           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1462             rather than description</li>
1463           <li>Non-positional features are now included in sequence
1464             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1465             visibility in tooltip).</li>
1466           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1467           <li>Added URL embedding instructions to features file
1468             documentation.</li>
1469           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1470             'X' in peptide product</li>
1471           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1472             sequence ID and sequence string and query strings do not
1473             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1474           <li>AMSA files only contain first column of
1475             multi-character column annotation labels</li>
1476           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1477             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1478             exported and re-imported)</li>
1479           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1480             name</li>
1481           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1482             as subsequence matches, and correctly reports total number
1483             of both.</li>
1484           <li>Application:
1485             <ul>
1486               <li>Better handling of exceptions during sequence
1487                 retrieval</li>
1488               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1489                 link text excludes the start_end suffix</li>
1490               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1491                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1492               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1493               <li>Sequence description lines properly shared via
1494                 VAMSAS</li>
1495               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1496                 data sources</li>
1497               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1498                 completes before alignment figures are generated.</li>
1499               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1500                 first time.</li>
1501               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1502                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1503               <li>User defined group colours properly recovered
1504                 from Jalview projects.</li>
1505             </ul>
1506           </li>
1507         </ul>
1508       </td>
1509
1510     </tr>
1511     <tr>
1512       <td>
1513         <div align="center">
1514           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1515         </div>
1516       </td>
1517       <td>
1518         <ul>
1519           <li>Experimental support for google analytics usage
1520             tracking.</li>
1521           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1522         </ul>
1523       </td>
1524       <td>
1525         <ul>
1526           <li>Race condition in applet preventing startup in
1527             jre1.6.0u12+.</li>
1528           <li>Exception when feature created from selection beyond
1529             length of sequence.</li>
1530           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1531           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1532             all sequences with a given id</li>
1533           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1534             ID string searches</li>
1535           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1536             alignment to fail with exception</li>
1537         </ul> <em>Application Issues</em>
1538         <ul>
1539           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1540           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1541             data sources</li>
1542         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1543         <ul>
1544           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1545             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1546           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1547             version (java class versioning error fixed)</li>
1548         </ul>
1549       </td>
1550     </tr>
1551     <tr>
1552       <td>
1553
1554         <div align="center">
1555           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1556         </div>
1557       </td>
1558       <td><em>User Interface</em>
1559         <ul>
1560           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1561             translation and protein products</li>
1562           <li>Linked highlighting of structure associated with
1563             residue mapping to codon position</li>
1564           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1565             and 'clear' button</li>
1566           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1567             Tools menu</li>
1568           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1569             numeric data in description line</li>
1570           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1571           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1572             of sequence</li>
1573         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1574         <ul>
1575           <li>JPred3 web service</li>
1576           <li>Prototype sequence search client (no public services
1577             available yet)</li>
1578           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1579             PFAM</li>
1580           <li>URL Links created for matching database cross
1581             references as well as sequence ID</li>
1582           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1583         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1584         <ul>
1585           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1586             databases</li>
1587           <li>Generalised database reference retrieval and
1588             validation to all fetchable databases</li>
1589           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1590             sequence command</li>
1591         </ul> <em>Import and Export</em>
1592         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1593         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1594           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1595         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1596           File</li>
1597         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1598           triplet as name of colourscheme</li>
1599         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1600         <ul>
1601           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1602           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1603             alignments (experimental)</li>
1604           <li>Create new or select existing session to join</li>
1605           <li>load and save of vamsas documents</li>
1606         </ul> <em>Application command line</em>
1607         <ul>
1608           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1609             from applet)</li>
1610           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1611             of DAS servers to query for alignment features</li>
1612           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1613             that are also automatically queried for features</li>
1614           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1615             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1616         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1617         <ul>
1618           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1619             application (when using &quot;View in full
1620             application&quot;)</li>
1621         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1622         <ul>
1623           <li>feature group display control parameter</li>
1624           <li>debug parameter</li>
1625           <li>showbutton parameter</li>
1626         </ul> <em>Applet API methods</em>
1627         <ul>
1628           <li>newView public method</li>
1629           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1630           <li>Feature display control methods</li>
1631           <li>get list of currently selected sequences</li>
1632         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1633         <ul>
1634           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1635           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1636             Jalview release.</li>
1637           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1638             property controls execution of obfuscator</li>
1639           <li>Build target for generating source distribution</li>
1640           <li>Debug flag for javacc</li>
1641           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1642             jalview.bin.Cache</li>
1643           <li>Continuous Build Integration for stable and
1644             development version of Application, Applet and source
1645             distribution</li>
1646         </ul></td>
1647       <td>
1648         <ul>
1649           <li>selected region output includes visible annotations
1650             (for certain formats)</li>
1651           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1652             for editing</li>
1653           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1654           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1655           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1656           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1657             comments</li>
1658           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1659             filenames containing a ':'</li>
1660           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1661             global sequence features</li>
1662           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1663             references from alignment sequences goes to zero</li>
1664           <li>Close of tree branch colour box without colour
1665             selection causes cascading exceptions</li>
1666           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1667           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1668             file parsing fails.</li>
1669           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1670           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1671             not a valid output format</li>
1672           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1673             vamsas</li>
1674           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1675           <li>error messages passed up and output when data read
1676             fails</li>
1677           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1678             sequence is edited</li>
1679           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1680             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1681           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1682             filetype</li>
1683           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1684             import fixed for PFAM records</li>
1685           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1686             window list</li>
1687           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1688             can be read and written correctly to annotation file</li>
1689           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1690             correctly</li>
1691           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1692             non-italic font for representatives in Applet</li>
1693           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1694             Macs.</li>
1695           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1696             Applet)</li>
1697           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1698             due to null pointer exceptions</li>
1699           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1700             first column of alignment</li>
1701           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1702             July 2008</li>
1703           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1704             file is case-insensitive</li>
1705           <li>Sequence features read from Features file appended to
1706             all sequences with matching IDs</li>
1707           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1708             containing a sub-sequence</li>
1709           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1710           <li>feature and annotation file applet parameters
1711             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1712           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1713           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1714             splash-screen version check to complete</li>
1715           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1716             when passing them to the launchApp service</li>
1717           <li>display name and local features preserved in results
1718             retrieved from web service</li>
1719           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1720             sequence fetcher initialisation</li>
1721           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1722             dasobert DAS client</li>
1723           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1724             association</li>
1725           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1726             sequences
1727           </li>
1728         </ul>
1729       </td>
1730     </tr>
1731     <tr>
1732       <td>
1733         <div align="center">
1734           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1735         </div>
1736       </td>
1737       <td>
1738         <ul>
1739           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1740           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1741           <li>Slide sequences</li>
1742           <li>Edit sequence in place</li>
1743           <li>EMBL CDS features</li>
1744           <li>DAS Feature mapping</li>
1745           <li>Feature ordering</li>
1746           <li>Alignment Properties</li>
1747           <li>Annotation Scores</li>
1748           <li>Sort by scores</li>
1749           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1750         </ul>
1751       </td>
1752       <td>
1753         <ul>
1754           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1755           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1756           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1757           <li>Feature group display state in XML</li>
1758           <li>Feature ordering in XML</li>
1759           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1760           <li>Stockholm alignment properties</li>
1761           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1762           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1763           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1764           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1765         </ul>
1766       </td>
1767
1768     </tr>
1769     <tr>
1770       <td>
1771         <div align="center">
1772           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1773         </div>
1774       </td>
1775       <td>
1776         <ul>
1777           <li>Non standard characters can be read and displayed
1778           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1779             applet via textbox
1780           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1781             name &amp; description
1782           <li>Preference setting to display sequence name in
1783             italics
1784           <li>Annotation file format extended to allow
1785             Sequence_groups to be defined
1786           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1787             specified in preferences
1788           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1789             sequences
1790         </ul>
1791       </td>
1792       <td>
1793         <ul>
1794           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1795             installed
1796           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1797           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1798         </ul>
1799       </td>
1800     </tr>
1801     <tr>
1802       <td>
1803         <div align="center">
1804           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1805         </div>
1806       </td>
1807       <td>
1808         <ul>
1809           <li>Multiple views on alignment
1810           <li>Sequence feature editing
1811           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1812           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1813           <li>Background dependent text colour
1814           <li>Right align sequence ids
1815           <li>User-defined lower case residue colours
1816           <li>Format Menu
1817           <li>Select Menu
1818           <li>Menu item accelerator keys
1819           <li>Control-V pastes to current alignment
1820           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1821           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1822           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1823
1824
1825           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1826         </ul>
1827       </td>
1828       <td>
1829         <ul>
1830           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1831           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1832             calculations
1833           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1834             edits
1835           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1836             of alignment)
1837           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1838
1839
1840           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1841             display correctly
1842           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1843           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1844             analysis results
1845           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1846             &#8739;
1847           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1848           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1849           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1850
1851
1852         </ul>
1853       </td>
1854     </tr>
1855     <tr>
1856       <td>
1857         <div align="center">
1858           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1859         </div>
1860       </td>
1861       <td>
1862         <ul>
1863           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1864         </ul>
1865       </td>
1866       <td>
1867         <ul>
1868           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1869             sequence id panel has been resized</li>
1870           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1871             rendered</li>
1872           <li>Annotation files with sequence references - all
1873             elements in file are relative to sequence position</li>
1874           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1875         </ul>
1876       </td>
1877     </tr>
1878     <tr>
1879       <td>
1880         <div align="center">
1881           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1882         </div>
1883       </td>
1884       <td>
1885         <ul>
1886           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1887           <li>DAS Feature fetching</li>
1888           <li>Hide sequences and columns</li>
1889           <li>Export Annotations and Features</li>
1890           <li>GFF file reading / writing</li>
1891           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1892             files</li>
1893           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1894           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1895           <li>Applet can launch the full application</li>
1896           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1897             required)</li>
1898           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1899           <li>Applet can load sequences from parameter
1900             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1901           </li>
1902         </ul>
1903       </td>
1904       <td>
1905         <ul>
1906           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1907           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1908           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1909         </ul>
1910       </td>
1911     </tr>
1912     <tr>
1913       <td>
1914         <div align="center">
1915           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1916         </div>
1917       </td>
1918       <td>
1919         <ul>
1920           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1921           <li>Choose to match case when searching</li>
1922           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1923             expand the visible width and height of the alignment</li>
1924         </ul>
1925       </td>
1926       <td>
1927         <ul>
1928           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1929         </ul>
1930       </td>
1931     </tr>
1932     <tr>
1933       <td>
1934         <div align="center">
1935           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1936         </div>
1937       </td>
1938       <td>&nbsp;</td>
1939       <td>
1940         <ul>
1941           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1942           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1943             value</li>
1944         </ul>
1945       </td>
1946     </tr>
1947     <tr>
1948       <td>
1949         <div align="center">
1950           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1951         </div>
1952       </td>
1953       <td>
1954         <ul>
1955           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1956           <li>Keyboard editing</li>
1957           <li>Create sequence features from searches</li>
1958           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1959             alignments</li>
1960           <li>Features file allows grouping of features</li>
1961           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1962           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1963           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1964         </ul>
1965       </td>
1966       <td>
1967         <ul>
1968           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1969           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1970             descriptions saved.</li>
1971         </ul>
1972       </td>
1973     </tr>
1974     <tr>
1975       <td>
1976         <div align="center">
1977           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1978         </div>
1979       </td>
1980       <td>
1981         <ul>
1982           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1983           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1984           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1985             name for file output</li>
1986           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1987           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1988             used for HTML form input</li>
1989         </ul>
1990       </td>
1991       <td>
1992         <ul>
1993           <li>HTML output writes groups and features</li>
1994           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1995           <li>File IO bugs</li>
1996         </ul>
1997       </td>
1998     </tr>
1999     <tr>
2000       <td>
2001         <div align="center">
2002           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2003         </div>
2004       </td>
2005       <td>
2006         <ul>
2007           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2008           <li>More options for PCA viewer</li>
2009         </ul>
2010       </td>
2011       <td>
2012         <ul>
2013           <li>GUI bugs resolved</li>
2014           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2015         </ul>
2016       </td>
2017     </tr>
2018     <tr>
2019       <td height="63">
2020         <div align="center">
2021           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2022         </div>
2023       </td>
2024       <td>
2025         <ul>
2026           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2027           <li>Jar files are executable</li>
2028           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2029         </ul>
2030       </td>
2031       <td>
2032         <ul>
2033           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2034           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2035           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2036         </ul>
2037       </td>
2038     </tr>
2039     <tr>
2040       <td>
2041         <div align="center">
2042           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2043         </div>
2044       </td>
2045       <td>
2046         <ul>
2047           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2048         </ul>
2049       </td>
2050       <td>
2051         <ul>
2052           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2053         </ul>
2054       </td>
2055     </tr>
2056     <tr>
2057       <td>
2058         <div align="center">
2059           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2060         </div>
2061       </td>
2062       <td>
2063         <ul>
2064           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2065             size</li>
2066         </ul>
2067       </td>
2068       <td>
2069         <ul>
2070           <li>Improved JPred client reliability</li>
2071           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2072         </ul>
2073       </td>
2074     </tr>
2075     <tr>
2076       <td>
2077         <div align="center">
2078           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2079         </div>
2080       </td>
2081       <td>
2082         <ul>
2083           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2084           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2085           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2086             to Colour Menu</li>
2087           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2088           <li>Unix users can set default web browser</li>
2089           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2090           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2091         </ul>
2092       </td>
2093       <td>
2094         <ul>
2095           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2096         </ul>
2097       </td>
2098     </tr>
2099     <tr>
2100       <td>
2101         <div align="center">
2102           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2103         </div>
2104       </td>
2105       <td>&nbsp;</td>
2106       <td>
2107         <ul>
2108           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2109             alignment order.</li>
2110         </ul>
2111       </td>
2112     </tr>
2113     <tr>
2114       <td>
2115         <div align="center">
2116           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2117         </div>
2118       </td>
2119       <td>
2120         <ul>
2121           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2122           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2123           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2124             annotations.</li>
2125           <li>Version and build date written to build properties
2126             file.</li>
2127           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2128             at launch of Jalview.</li>
2129         </ul>
2130       </td>
2131       <td>
2132         <ul>
2133           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2134           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2135           <li>Can remove groups one by one.</li>
2136           <li>Filechooser icons installed.</li>
2137           <li>Finder ignores return character when searching.
2138             Return key will initiate a search.<br>
2139           </li>
2140         </ul>
2141       </td>
2142     </tr>
2143     <tr>
2144       <td>
2145         <div align="center">
2146           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2147         </div>
2148       </td>
2149       <td>
2150         <ul>
2151           <li>New codebase</li>
2152         </ul>
2153       </td>
2154       <td>&nbsp;</td>
2155     </tr>
2156   </table>
2157   <p>&nbsp;</p>
2158 </body>
2159 </html>