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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width=="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>5/12/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78       </td>
  79       <td><div align="left">
  80           <ul><li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li><ul>
  81       </td>
  82     </tr>
  83     <tr>
  84       <td width="60" nowrap>
  85         <div align="center">
  86           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  87         </div>
  88       </td>
  89       <td><div align="left">
  90           <em></em>
  91           <ul>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  94               rendering of sequence features
  95             </li>
  96             <li>
  97               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  98               429 rate limit request hander
  99             </li>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 102               their colours have changed
 103             </li>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 106               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 110               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 111             </li>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 114               view from Ensembl locus cross-references
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 118               Alignment report
 119             </li>
 120             <li>
 121               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 122               feature can be disabled
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 126               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 130               Uniprot
 131             </li>
 132           </ul>
 133           <em>Scripting</em>
 134           <ul>
 135             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 136             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 137               percent identity scores for current alignment.</li>
 138           </ul>
 139           <em>Testing and Deployment</em>
 140           <ul>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 143             </li>
 144           </ul>
 145         </div></td>
 146       <td><div align="left">
 147           <em>General</em>
 148           <ul>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 151               threshold text field doesn't trigger an update to the
 152               alignment view
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 156               strings in parallel
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 160               alignment window is closed
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 164               group visibility
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 168               takes a long time in Cursor mode
 169             </li>
 170           </ul>
 171           <em>Desktop</em>
 172           <ul>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 175               cannot be viewed in Chimera
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 179               CDS/Protein view
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 183               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 184               Search Dialogs
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 194               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 198               scrolling right in unwapped alignment view
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 202               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 203               database
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 207               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 211               features of same type and group to be selected for
 212               amending
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 216               alignments when hidden columns are present
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 220               displaying several structures
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 224               moving a window
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 228               within the Jalview desktop on OSX
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 232               when in wrapped alignment mode
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 236               hand end of alignment
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 240               each selected sequence do not have correct start/end
 241               positions
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 245               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 249               restoring project until a new view is created
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 253               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 254               configured (since 2.10.2b2)
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 258               position is adjusted
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 262               in a multi-chain structure when viewing alignment
 263               involving more than one chain (since 2.10)
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 267               if new selection moves alignment window
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 271               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 275               that produces correctly annotated transcripts and products
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 279               doesn't update associated structure view
 280             </li>
 281           </ul>
 282           <em>Applet</em><br />
 283           <ul>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 286               closing alignment panel
 287             </li>
 288           </ul>
 289           <em>BioJSON</em><br />
 290           <ul>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 293               non-positional features
 294             </li>
 295           </ul>
 296           <em>New Known Issues</em>
 297           <ul>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 300               sequence features correctly (for many previous versions of
 301               Jalview)
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 305               using cursor in wrapped panel other than top
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 309               graduated colour threshold
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 313               always preserve numbering and sequence features
 314             </li>
 315           </ul>
 316           <em>Known Java 9 Issues</em>
 317           <ul>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 320               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 321               9.01, OSX 10.10)
 322             </li>
 323           </ul>
 324         </div></td>
 325     </tr>
 326     <tr>
 327       <td width="60" nowrap>
 328         <div align="center">
 329           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 330             <em>2/10/2017</em></strong>
 331         </div>
 332       </td>
 333       <td><div align="left">
 334           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 335           <ul>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 338             </li>
 339             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 340             </li>
 341           </ul>
 342         </div></td>
 343       <td><div align="left">
 344         </div></td>
 345     </tr>
 346     <tr>
 347       <td width="60" nowrap>
 348         <div align="center">
 349           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 350             <em>7/9/2017</em></strong>
 351         </div>
 352       </td>
 353       <td><div align="left">
 354           <em></em>
 355           <ul>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 358               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 359               white)
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 363               Preferences
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 367               in size and progress bar shown as higher resolution
 368               overview is recalculated
 369             </li>
 370
 371           </ul>
 372         </div></td>
 373       <td><div align="left">
 374           <em></em>
 375           <ul>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 378               column region row by row
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 382               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 386               format setting is unticked
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 390               if group has show boxes format setting unticked
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 394               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 395               include sequences and columns not currently displayed
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 399               assemblies are imported via CIF file
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 403               displayed when threshold or conservation colouring is also
 404               enabled.
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 408               server version
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 412               dragging a selected region off the visible region of the
 413               alignment
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 417               colourscheme to all groups in a view
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 421               initially after font size change using the Font chooser or
 422               middle-mouse zoom
 423             </li>
 424           </ul>
 425         </div></td>
 426     </tr>
 427     <tr>
 428       <td width="60" nowrap>
 429         <div align="center">
 430           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 431         </div>
 432       </td>
 433       <td><div align="left">
 434           <em>Calculations</em>
 435           <ul>
 436
 437             <li>
 438               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 439               ungapped positions in each column of the alignment.
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 443               a calculation dialog box
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 447               and memory efficiency (~30x faster)
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 451               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 452               and other calculations
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 456               files within the Jalview codebase
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 460               Similarity may have different topology due to increased
 461               precision
 462             </li>
 463           </ul>
 464           <em>Rendering</em>
 465           <ul>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 468               model for alignments and groups
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 472               scripts
 473             </li>
 474           </ul>
 475           <em>Overview</em>
 476           <ul>
 477             <li>
 478               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 479               with alignment and overview windows
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 483               overview
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 487               omitted in Overview
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 491               adjustment of visible position
 492             </li>
 493           </ul>
 494
 495           <em>Data import/export</em>
 496           <ul>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 499               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 503               annotation input/output via stockholm flatfile
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 507               extension when importing structure files without embedded
 508               names or PDB accessions
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 512               format sequence substitution matrices
 513             </li>
 514           </ul>
 515           <em>User Interface</em>
 516           <ul>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 519               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 520               the application.
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 524               via Overview or sequence motif search operations
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 528               opened by double clicking gaps within sequence feature
 529               extent
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 533               aligned positions were available to create a 3D structure
 534               superposition.
 535             </li>
 536           </ul>
 537           <em>3D Structure</em>
 538           <ul>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 541               coloured in linked structure views
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 545               file-based command exchange
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 549               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 550               structures are already available for sequences
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 554               the Jalview project rather than downloaded again when the
 555               project is reopened.
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 559               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 560               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 561                 Feature</strong>)
 562             </li>
 563           </ul>
 564           <em>Web Services</em>
 565           <ul>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 571               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 572               Analysis services
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 576               cross-references provided by identifiers.org and the
 577               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 578             </li>
 579           </ul>
 580
 581           <em>Scripting</em>
 582           <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 585               identifying file formats (instead of String constants)
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 589               efficiency when counting all displayed features (not
 590               backwards compatible with 2.10.1)
 591             </li>
 592           </ul>
 593           <em>Example files</em>
 594           <ul>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 597               included in the example feature file
 598             </li>
 599           </ul>
 600           <em>Documentation</em>
 601           <ul>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 604               with the built-in Java help viewer
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 608               sequence description' option
 609             </li>
 610           </ul>
 611           <em>Test Suite</em>
 612           <ul>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 615               Uniprot REST Free Text Search Client
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 622               during tests
 623             </li>
 624           </ul>
 625         </div></td>
 626       <td><div align="left">
 627           <em>Calculations</em>
 628           <ul>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 631               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 632               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 633             </li>
 634             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 635               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 636               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 637               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 638               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 639               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 640               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 641               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 642               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 643               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 644               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 645               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 646               // for 2.10.1 mode <br />
 647               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 648               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 649                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 650                 calculations (not recommended)</em></li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 653               scaling of branch lengths for trees computed using
 654               Sequence Feature Similarity.
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 658               generating output report when working with highly
 659               redundant alignments
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 663               right of selected region when gaps present on right-hand
 664               boundary
 665             </li>
 666           </ul>
 667           <em>User Interface</em>
 668           <ul>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 671               doesn't reselect a specific sequence's associated
 672               annotation after it was used for colouring a view
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 676               opened on a region of alignment without groups
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 680               of an alignment with overlapping groups
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 684               name and description match
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 688               hidden regions results in incorrect hidden regions
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 692               changing colour does not apply Conservation slider value
 693               to all groups
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 697               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 701               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 705               gaps before start of features
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 709               restored to UI when feature colour is edited
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 713               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 717               as graduate feature colour settings are modified via the
 718               dialog box
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 722               when a group defined on the alignment is resized
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 726               wrapped view result in positional status updates
 727             </li>
 728
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 731               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 735               alignment included gapped columns
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 739               widgets don't permanently disappear
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 743               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 744               T-Coffee column reliability scores)
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 748               sequence feature on gaps only
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 752               button from a Find inherit previously defined feature type
 753               rather than the Find query string
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 757               exporting tree calculated in Jalview
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 761               and then revealing them reorders sequences on the
 762               alignment
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 766               doesn't update to reflect available set of groups after
 767               interactively adding or modifying features
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 771               Linux
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 775               only excluded gaps in current sequence and ignored
 776               selection.
 777             </li>
 778           </ul>
 779           <em>Rendering</em>
 780           <ul>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 783               erratically when hidden rows or columns are present
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 787               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 788               sequence colouring
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 792               colour and group colour menu for protein alignments
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 796               reflect currently selected view or group's shading
 797               thresholds
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 801               when rendered on overview and structures when opacity at
 802               100%
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 806               overview when features overlaid on alignment
 807             </li>
 808           </ul>
 809           <em>Data import/export</em>
 810           <ul>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 813               load
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 817               added after a sequence was imported are not written to
 818               Stockholm File
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 822               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 826               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 830               with lightGray or darkGray via features file (but can
 831               specify lightgray)
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 835               when alignment view imported from project
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 839               structure and sequences extracted from structure files
 840               imported via URL and viewed in Jmol
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 844               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 845               the project is loaded and the structure viewed
 846             </li>
 847           </ul>
 848           <em>Web Services</em>
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 852               release of Ensembl v.88
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 856               appear enabled in Preferences->Connections
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 860               removed from console output
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 864               Ensembl by Peptide ID
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 868               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 869               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 870               due to 'null' string rather than empty string used for
 871               residues with no corresponding PDB mapping).
 872             </li>
 873           </ul>
 874           <em>Application UI</em>
 875           <ul>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 878               menu
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 882               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 883               new documentation and tooltips added)
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 887               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 891               new features are added to alignment
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 895               changes to feature colours via the Amend features dialog
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 899               edit graduated feature colour via amend features dialog
 900               box
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 904               selection menu changes colours of alignment views
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 908               from alignment calculation workers after alignment has
 909               been closed
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 913               groups now 'Create Group'
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 917               Create/Undefine group doesn't always work
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 921               shown again after pressing 'Cancel'
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 925               adjusts start position in wrap mode
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 929               ambiguous amino acids
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 933               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 934               proteins
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 938               Defined' don't appear in Colours menu
 939             </li>
 940           </ul>
 941           <em>Applet</em>
 942           <ul>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 945               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 949               overview or linked structure view
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 953               work (since 2.8)
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 957               user-defined colourscheme doesn't restore original
 958               colourscheme
 959             </li>
 960           </ul>
 961           <em>Test Suite</em>
 962           <ul>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 965               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 969               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 970               problems with deep array comparison equality asserts in
 971               successive versions of TestNG
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 975               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 976             </li>
 977           </ul>
 978           <em>New Known Issues</em>
 979           <ul>
 980             <li>
 981               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 982               phase after a sequence motif find operation
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 986               containing just upper and lower case letters are
 987               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 991               reliably from eggnog Ortholog database
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 995               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 996               to mark columns containing highlighted regions.
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1000               doesn't always add secondary structure annotation.
1001             </li>
1002           </ul>
1003         </div>
1004     <tr>
1005       <td width="60" nowrap>
1006         <div align="center">
1007           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1008         </div>
1009       </td>
1010       <td><div align="left">
1011           <em>General</em>
1012           <ul>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1015               for all consensus calculations
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1019               3rd Oct 2016)
1020             </li>
1021             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1022               for 2016-2017</li>
1023           </ul>
1024           <em>Application</em>
1025           <ul>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1028               set of database cross-references, sorted alphabetically
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1032               from database cross references. Users with custom links
1033               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1034                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1038               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1039               Chimera session
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1043               the Chimera it is connected to is shut down
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1047               columns menu item to mark columns containing highlighted
1048               regions (e.g. from structure selections or results of a
1049               Find operation)
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1053               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1054               MSAviewer
1055             </li>
1056           </ul>
1057         </div></td>
1058       <td>
1059         <div align="left">
1060           <em>General</em>
1061           <ul>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1064               are not coloured or thresholded according to percent
1065               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1069               hydrophobic
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1073               threshold, amino acid properties)
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1077               reported as mapped to residues in a structure file in the
1078               View Mapping report
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1082               could be added multiple times to a sequence
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1086               bond features shown as two highlighted residues rather
1087               than a range in linked structure views, and treated
1088               correctly when selecting and computing trees from features
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1092               cross-references are matched to database name regardless
1093               of case
1094             </li>
1095
1096           </ul>
1097           <em>Application</em>
1098           <ul>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1101               names without regular expressions also offer links from
1102               Sequence ID
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1106               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1107               update Jalview configuration
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1111               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1115               files with similarly named sequences if dropped onto the
1116               alignment
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1120               entries where more chains exist in the PDB accession than
1121               are reported in the SIFTS file
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1125               the structure view when displayed with Chimera
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1129               panel's View->Show Chains submenu
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1133               work for wrapped alignment views
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1137               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1141               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1142               first annotation row
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1146               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1150               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1151             </li>
1152             <!-- JAL-2319 -->
1153             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1154             coordindate data
1155             </li>
1156           </ul>
1157           <!--           <em>New Known Issues</em>
1158           <ul>
1159             <li></li>
1160           </ul> -->
1161         </div>
1162       </td>
1163     </tr>
1164     <td width="60" nowrap>
1165       <div align="center">
1166         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1167           <em>25/10/2016</em></strong>
1168       </div>
1169     </td>
1170     <td><em>Application</em>
1171       <ul>
1172         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1173           view if structures already loaded</li>
1174         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1175           structure views</li>
1176       </ul></td>
1177     <td>
1178       <div align="left">
1179         <em>General</em>
1180         <ul>
1181           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1182             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1183           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1184             example sequences/projects/trees</li>
1185         </ul>
1186         <em>Application</em>
1187         <ul>
1188           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1189             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1190           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1191             without timeout for structures with multiple models or
1192             multiple sequences in alignment</li>
1193           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1194             PDB ID HEADER line</li>
1195           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1196             is performed</li>
1197           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1198             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1199           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1200           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1201             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1202             option</li>
1203           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1204             is created on the alignment</li>
1205           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1206             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1207             pop-up menu</li>
1208         </ul>
1209         <em>Build and deployment</em>
1210         <ul>
1211           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1212             tags</li>
1213         </ul>
1214         <em>New Known Issues</em>
1215         <ul>
1216           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1217             on Windows</li>
1218         </ul>
1219       </div>
1220     </td>
1221     </tr>
1222     <tr>
1223       <td width="60" nowrap>
1224         <div align="center">
1225           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1226         </div>
1227       </td>
1228       <td><em>General</em>
1229         <ul>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1232           </li>
1233           <li>
1234             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1235             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1236             better PDB parsing.
1237           </li>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1240             reference sequence
1241           </li>
1242           <li>
1243             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1244             mousing over sequence associated annotation
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1248             for manual entry
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1252             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1253             for each column
1254           </li>
1255           <li>
1256             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1257             showing or hiding columns containing a feature
1258           </li>
1259           <li>
1260             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1261             group and sequence associated annotation labels
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1265             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1266             dialogs
1267           </li>
1268
1269         </ul> <em>Application</em>
1270         <ul>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1273             gene/transcript view
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1277             dialog
1278           </li>
1279           <li>
1280             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1281             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1285             Pfam sources to xfam.org
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1292             over sequences in Jalview
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1296             regions in ENA and EMBL
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1300             for record retrieval via ENA rest API
1301           </li>
1302           <li>
1303             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1304             complement operator
1305           </li>
1306           <li>
1307             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1308             groovy script execution
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1312             alignment window's Calculate menu
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1316             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1320             calculation workers from groovy scripts
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1324             Jalview projects
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1328             associations are now saved/restored from project
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1332             before sequence fetcher is opened
1333           </li>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1336             database chooser opens a sequence fetcher
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1340             the UniProt REST API
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1344             the news reader opening
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1348             querying stored in preferences
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1352             search results
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1359             menu for nucleotide sequences
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1363             and feature counts preserves alignment ordering (and
1364             debugged for complex feature sets).
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1368             viewing structures with Jalview 2.10
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1372             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1373             Ensembl Genomes REST API
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1377             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1378             (Ensembl)
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1382             sequences
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1386             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1387             data from external database records.
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1391             efficient recovery of sequence coding and alignment
1392             annotation relationships.
1393           </li>
1394         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1395         <ul>
1396           <li>
1397             -- JAL---
1398           </li>
1399         </ul> --></td>
1400       <td>
1401         <div align="left">
1402           <em>General</em>
1403           <ul>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1406               menu on OSX
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1410               includes graduated colourschemes
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1414               working with big alignments and lots of hidden columns
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1418               at right of alignment window
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1422               contents
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1426               for DNA alignments
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1430               based tree calculation
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1434               unconserved enabled for group on alignment
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1438               set as reference
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1442               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1443               annotation
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1447               hidden columns present
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1451               user created annotation added to alignment
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1455               '()' base pair annotation
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1459               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1460               Consensus
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1464               feature not working
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1468               beginning of sequence
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1472               entry 3a6s
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1476               from a tree when t-coffee scores are shown
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1480               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1484               some structures
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1488               to Clustal, PIR and PileUp output
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1492               not visible causes alignment window to repaint
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1496               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1497               scores associated with features and annotation rows
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1501               calculation should be case independent
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1505               columns
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1509               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1510               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1514               problems when reference sequence defined and 'show
1515               non-conserved' enabled
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1519               load even when Consensus calculation is disabled
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1523               alignment does nothing
1524             </li>
1525           </ul>
1526           <em>Application</em>
1527           <ul>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1530               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1531               yet fixed for El Capitan)
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1535               output when running on non-gb/us i18n platforms
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1539               hidden sequences as flat-file alignment
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1543               launching Chimera
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1547               (also hotfix for 2.9.0b2)
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1551               reference sequence defined
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1555               alignments and views when revealing hidden columns
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1559               view in a cDNA/Protein splitframe
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1563               sequence from project when only one sequence is
1564               represented
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1568               in Structure Chooser
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1572               structure consensus didn't refresh annotation panel
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1576               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1580               dialogs format columns correctly, don't display array
1581               data, sort columns according to type
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1585               file chooser is cancelled during an image export
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1589               sequence name containing special characters
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1593               case insensitive
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1597               formatting don't wrap
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1601               truncated so L looks like I in consensus annotation
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1605               currently displayed features for the current selection or
1606               view
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1610               after fetching cross-references, and restoring from
1611               project
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1615               followed in the structure viewer
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1619               splitframe not restored from project
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1623               trailing end of protein alignment in transcript/product
1624               splitview when pad-gaps not enabled by default
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1628               is case dependent
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1632               article has been read (reopened issue due to
1633               internationalisation problems)
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1637               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1638               cross-references
1639             </li>
1640
1641             <li>
1642               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1643               alignment as HTML
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1647               multiple structures are shown for one or more sequences.
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1651               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1652               is enabled.
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1656               specific PDB id for sequence
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1660               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1661               columns' is disabled.
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1665               selects lowest rather than highest resolution structures
1666               for each sequence
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1670               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1674               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1678               after clicking on it to create new annotation for a
1679               column.
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1683               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1684             </li>
1685             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1686             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1687           </ul>
1688           <em>Applet</em>
1689           <ul>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1692               hidden columns present before start of sequence
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1696               (JSON jars)
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1700               sequences are hidden in applet
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1704               deployment on examples pages.
1705             </li>
1706           </ul>
1707         </div>
1708       </td>
1709     </tr>
1710     <tr>
1711       <td width="60" nowrap>
1712         <div align="center">
1713           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1714             <em>16/10/2015</em></strong>
1715         </div>
1716       </td>
1717       <td><em>General</em>
1718         <ul>
1719           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1720             jars</li>
1721         </ul></td>
1722       <td>
1723         <div align="left">
1724           <em>Application</em>
1725           <ul>
1726             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1727               shown when tree is partitioned</li>
1728             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1729               multiple cDNA/Protein split views</li>
1730           </ul>
1731         </div>
1732       </td>
1733     </tr>
1734     <tr>
1735       <td width="60" nowrap>
1736         <div align="center">
1737           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1738             <em>8/10/2015</em></strong>
1739         </div>
1740       </td>
1741       <td><em>General</em>
1742         <ul>
1743           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1744             2.9</li>
1745         </ul> <em>Application</em>
1746         <ul>
1747           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1748           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1749           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1750         </ul> <em>Applet</em>
1751         <ul>
1752           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1753         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1754         <ul>
1755           <li>
1756             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1757             suite
1758           </li>
1759         </ul></td>
1760       <td>
1761         <div align="left">
1762           <em>General</em>
1763           <ul>
1764             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1765               incorrect when sequence start > 1</li>
1766             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1767               documentation</li>
1768             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1769             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1770               loading a features file containing HTML tags in feature
1771               description</li>
1772
1773           </ul>
1774           <em>Application</em>
1775           <ul>
1776             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1777               reimport</li>
1778             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1779               with 'trim retrieved sequences'</li>
1780             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1781               deleting selected columns</li>
1782             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1783               JNLP templates for webstart launch</li>
1784             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1785               unreleased structures for download or viewing</li>
1786             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1787               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1788             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1789               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1790             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1791               recovered from jalview project</li>
1792             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1793               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1794               alignment view</li>
1795             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1796               color schemes from BioJSON</li>
1797           </ul>
1798           <em>Applet</em>
1799           <ul>
1800             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1801               frame</li>
1802             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1803           </ul>
1804         </div>
1805       </td>
1806     </tr>
1807     <tr>
1808       <td><div align="center">
1809           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1810         </div></td>
1811       <td><em>General</em>
1812         <ul>
1813           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1814             alignments:
1815             <ul>
1816               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1817                 and DNA alignment views</li>
1818               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1819                 cDNA alignment views</li>
1820               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1821                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1822               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1823                 protein sequences</li>
1824             </ul>
1825           </li>
1826           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1827           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1828             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1829           <li>New alignment annotation file statements for
1830             reference sequences and marking hidden columns</li>
1831           <li>Reference sequence based alignment shading to
1832             highlight variation</li>
1833           <li>Select or hide columns according to alignment
1834             annotation</li>
1835           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1836           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1837             acid conservation row</li>
1838           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1839         </ul> <em>Application</em>
1840         <ul>
1841           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1842             <ul>
1843               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1844                 view with cDNA/Protein</li>
1845               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1846                 sequences are placed in the same alignment</li>
1847               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1848                 projects</li>
1849             </ul>
1850           </li>
1851
1852           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1853           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1854             Jalview windows</li>
1855
1856           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1857           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1858           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1859             be shown in VARNA</li>
1860
1861           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1862             as the active selected region</li>
1863
1864           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1865             similarity</li>
1866           <li>New Export options
1867             <ul>
1868               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1869                 region export in flat file generation</li>
1870
1871               <li>Export alignment views for display with the <a
1872                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1873
1874               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1875               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1876                 alignment figures to HTML</li>
1877           </li>
1878           <li>3D structure retrieval and display
1879             <ul>
1880               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1881                 Search API</li>
1882               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1883                 PDB structures for a sequence set</li>
1884             </ul>
1885           </li>
1886
1887           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1888             predictions</li>
1889           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1890             for one or a group of sequences</li>
1891           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1892             from the JPred4 web server</li>
1893           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1894             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1895             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1896           </li>
1897           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1898             VARNA 2D Structure'</li>
1899           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1900             Structure ..."</li>
1901
1902         </ul> <em>Applet</em>
1903         <ul>
1904           <li>New layout for applet example pages</li>
1905           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1906             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1907           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1908             Protein alignments</li>
1909         </ul> <em>Development and deployment</em>
1910         <ul>
1911           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1912           <li>Include installation type and git revision in build
1913             properties and console log output</li>
1914           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1915             storing BioJsMSA Templates</li>
1916           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1917         </ul></td>
1918       <td>
1919         <!-- <em>General</em>
1920         <ul>
1921         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1922         <ul>
1923           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1924           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1925           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1926             predictions are not highlighted in amber</li>
1927           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1928             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1929           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1930             associated structure views</li>
1931           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1932             width checkbox not enabled</li>
1933           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1934             creating user defined colours</li>
1935           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1936             mappings for just that viewer's sequences</li>
1937           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1938             multiple models in Chimera</li>
1939           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1940             over Jmol structure</li>
1941           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1942             output to text box</li>
1943           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1944             have incorrect sequence start/end</li>
1945           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1946             Jalview fails</li>
1947           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1948             work for nucleotide</li>
1949           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1950             to a grey/invisible alignment window</li>
1951           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1952             imports to different position</li>
1953           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1954             on some platforms</li>
1955           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1956             populated</li>
1957           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1958             console if Chimera has been opened</li>
1959           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1960           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1961             retrieved</li>
1962           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1963           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1964             either sequence shows on first structure</li>
1965           <li>'Show annotations' options should not make
1966             non-positional annotations visible</li>
1967           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1968             in right place after 'view flanking regions'</li>
1969           <li>File Save As type unset when current file format is
1970             unknown</li>
1971           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1972             projects</li>
1973           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1974             responsive</li>
1975           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1976             several views on same alignment</li>
1977           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1978           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1979             spaces</li>
1980         </ul> <em>Applet</em>
1981         <ul>
1982           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1983           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1984             descriptions containing angle brackets</li>
1985         </ul> <em>General</em>
1986         <ul>
1987           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1988             via jalview annotation file</li>
1989           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1990             with RNA secondary structure</li>
1991           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1992             translation doesn't work.</li>
1993           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1994           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1995             positions</li>
1996           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1997             choosing 1pt font</li>
1998           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1999             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2000             'h'</li>
2001           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2002             new feature</li>
2003           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2004             order dependent</li>
2005           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2006             sequences</li>
2007           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2008         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2009         <ul>
2010           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2011             www.jalview.org</li>
2012         </ul> <em>Application Known issues</em>
2013         <ul>
2014           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2015           <li>Misleading message appears after trying to delete
2016             solid column.</li>
2017           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2018             version launches</li>
2019           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2020             fails with a sequence mismatch</li>
2021           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2022             scrolling alignment to right</li>
2023           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2024             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2025           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2026             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2027           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2028             ultra-high resolution</li>
2029           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2030             quality and conservation</li>
2031           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2032             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2033         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2034         <ul>
2035           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2036           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2037             window is being resized</li>
2038
2039         </ul>
2040       </td>
2041     </tr>
2042     <tr>
2043       <td><div align="center">
2044           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2045         </div></td>
2046       <td><em>General</em>
2047         <ul>
2048           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2049             Certum.PL.</li>
2050           <li>Features and annotation preserved when performing
2051             pairwise alignment</li>
2052           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2053             imported/exported/displayed</li>
2054           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2055             protein secondary structure</li>
2056           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2057               post-hoc with 2.9 release</em>)
2058           </li>
2059
2060         </ul> <em>Application</em>
2061         <ul>
2062           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2063             with 3D structures</li>
2064           <li>Support for parsing RNAML</li>
2065           <li>Annotations menu for layout
2066             <ul>
2067               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2068               <li>place sequence annotation above/below alignment
2069                 annotation</li>
2070             </ul>
2071           <li>Output in Stockholm format</li>
2072           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2073             translation</li>
2074           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2075           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2076             shared between alignments</li>
2077           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2078             Jalview</li>
2079           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2080             all or current selection</li>
2081           <li>disorder and secondary structure predictions
2082             available as dataset annotation</li>
2083           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2084
2085
2086           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2087             alignments from Rfam</li>
2088           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2089
2090           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2091             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2092           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2093           <li>include installation type in build properties and
2094             console log output</li>
2095           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2096             annotation</li>
2097         </ul></td>
2098       <td>
2099         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2100         <ul>
2101           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2102             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2103           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2104             alignment</li>
2105           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2106           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2107           <li>Double click on sequence associated annotation
2108             selects only first column</li>
2109           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2110             leaves shown in tree</li>
2111           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2112             properly</li>
2113           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2114           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2115             screen and buttons not visible</li>
2116           <li>author list isn't updated if already written to
2117             Jalview properties</li>
2118           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2119             from database</li>
2120           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2121           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2122             browser search window</li>
2123           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2124             in feature settings dialog</li>
2125           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2126             desktop</li>
2127           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2128             pass validation</li>
2129           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2130             fit on screen</li>
2131           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2132             tooltip</li>
2133           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2134             defined user preset</li>
2135           <li>MSA web services warns user if they were launched
2136             with invalid input</li>
2137           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2138             Java 8</li>
2139           <li>
2140             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2141             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2142             created
2143           </li>
2144
2145         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2146         <ul>
2147         </ul> <em>General</em>
2148         <ul>
2149         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2150         <ul>
2151           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2152             memory allocation</li>
2153           <li>launchApp service doesn't automatically open
2154             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2155           <li>
2156             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2157             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2158             1.7_055 is available
2159           </li>
2160         </ul> <em>Application Known issues</em>
2161         <ul>
2162           <li>
2163             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2164             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2165             alignment to right
2166           </li>
2167           <li>
2168             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2169             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2170             with large number of ID
2171           </li>
2172           <li>
2173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2174             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2175             start/end
2176           </li>
2177           <li>
2178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2179             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2180             structure tracks are rearranged
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2184             invalid rna structure positional highlighting does not
2185             highlight position of invalid base pairs
2186           </li>
2187           <li>
2188             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2189             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2190             project from alignment window file menu
2191           </li>
2192           <li>
2193             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2194             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2195             structures
2196           </li>
2197           <li>
2198             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2199             colour by RNA Helices not enabled when user created
2200             annotation added to alignment
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2204             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2205           </li>
2206         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2207         <ul>
2208           <li>
2209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2210             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2211           </li>
2212           <li>
2213             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2214             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2215           </li>
2216
2217           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2218             when selected</li>
2219         </ul>
2220       </td>
2221     </tr>
2222     <tr>
2223       <td><div align="center">
2224           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2225         </div></td>
2226       <td>
2227         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2228         <em>General</em>
2229         <ul>
2230           <li>Internationalisation of user interface (usually
2231             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2232           <li>Define/Undefine group on current selection with
2233             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2234           <li>Improved group creation/removal options in
2235             alignment/sequence Popup menu</li>
2236           <li>Sensible precision for symbol distribution
2237             percentages shown in logo tooltip.</li>
2238           <li>Annotation panel height set according to amount of
2239             annotation when alignment first opened</li>
2240         </ul> <em>Application</em>
2241         <ul>
2242           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2243             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2244           <li>Select columns containing particular features from
2245             Feature Settings dialog</li>
2246           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2247             sequences</li>
2248           <li>Update Jalview project format:
2249             <ul>
2250               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2251               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2252                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2253               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2254                 colouring</li>
2255             </ul>
2256           </li>
2257           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2258             (PAM250)</li>
2259           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2260             flanking regions for an alignment</li>
2261         </ul>
2262       </td>
2263       <td>
2264         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2265         <ul>
2266           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2267             running after job is cancelled</li>
2268           <li>cannot export features from alignments imported from
2269             Jalview/VAMSAS projects</li>
2270           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2271             float values</li>
2272           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2273             have 'display all symbols' flag set</li>
2274           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2275             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2276           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2277             Jalview</li>
2278           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2279             Lion/Webstart</li>
2280           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2281           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2282           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2283             alignment onto desktop</li>
2284           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2285             'extract scores' function</li>
2286           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2287             alignment window</li>
2288           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2289             performing IUPred disorder prediction</li>
2290           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2291             changing 'normalise logo' display setting</li>
2292           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2293             nothing matches query</li>
2294           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2295             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2296           </li>
2297           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2298             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2299           </li>
2300           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2301             Jalview's menu</li>
2302           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2303             'invalid literal/length code'</li>
2304           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2305             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2306           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2307             colourscheme</li>
2308
2309         </ul> <em>Applet</em>
2310         <ul>
2311           <li>Remove group option is shown even when selection is
2312             not a group</li>
2313           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2314             don't affect groups</li>
2315           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2316             colourscheme name</li>
2317           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2318             Annotation panel is not displayed</li>
2319           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2320             embedded windows</li>
2321         </ul> <em>Other</em>
2322         <ul>
2323           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2324             single sequence were not calculated</li>
2325           <li>annotation files that contain only groups imported as
2326             annotation and junk sequences</li>
2327           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2328             recognised as PFAM or BLC</li>
2329           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2330             doesn't affect background (2.8.0b1)
2331           <li></li>
2332           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2333           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2334             trailing gaps</li>
2335           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2336             registered correctly on import</li>
2337           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2338             certain alignments</li>
2339           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2340             existing annotation based 'use original colours'
2341             colourscheme loses original colours setting</li>
2342         </ul>
2343       </td>
2344     </tr>
2345     <tr>
2346       <td><div align="center">
2347           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2348             <em>30/1/2014</em></strong>
2349         </div></td>
2350       <td>
2351         <ul>
2352           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2353             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2354             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2355             open source project).
2356           </li>
2357           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2358           <li>Output in Stockholm format</li>
2359           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2360           <li>Export/import group and sequence associated line
2361             graph thresholds</li>
2362           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2363             ambiguity codes</li>
2364           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2365             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2366             works</li>
2367           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2368         </ul> <em>Other improvements</em>
2369         <ul>
2370           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2371           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2372             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2373           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2374             files</li>
2375           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2376           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2377             link but no description</li>
2378           <li>Select primary source when selecting authority in
2379             database fetcher GUI</li>
2380           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2381             Jalview</li>
2382           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2383         </ul>
2384       </td>
2385       <td>
2386         <ul>
2387           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2388             displayed</li>
2389           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2390             secondary structure annotation line</li>
2391           <li>Sequence database accessions not imported when
2392             fetching alignments from Rfam</li>
2393           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2394             identical IDs</li>
2395           <li>View all structures does not always superpose
2396             structures</li>
2397           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2398             reflect user or preset settings</li>
2399           <li>Null pointer exceptions for some services without
2400             presets or adjustable parameters</li>
2401           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2402             discover PDB xRefs</li>
2403           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2404             features with DAS</li>
2405           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2406             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2407           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2408             residue follows a gap</li>
2409           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2410             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2411           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2412             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2413           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2414             annotation already exists on alignment</li>
2415           <li>oninit javascript function should be called after
2416             initialisation completes</li>
2417           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2418             alignment window display</li>
2419           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2420           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2421             to annotation file</li>
2422           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2423             groups created</li>
2424           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2425             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2426           <li>Pressing return several times causes Number Format
2427             exceptions in keyboard mode</li>
2428           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2429             correct partitions for input data</li>
2430           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2431           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2432           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2433           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2434             mode</li>
2435           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2436             changes one row&#39;s threshold</li>
2437           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2438             doesn&#39;t open</li>
2439           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2440             quality histograms</li>
2441         </ul>
2442       </td>
2443     </tr>
2444     <tr>
2445       <td><div align="center">
2446           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2447         </div></td>
2448       <td><em>Application</em>
2449         <ul>
2450           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2451             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2452           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2453             preferences</li>
2454           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2455             in Jalview alignment window</li>
2456           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2457             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2458           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2459             RNA and ambiguity codes</li>
2460
2461           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2462           <li>Support fetching and database reference look up
2463             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2464             refs')</li>
2465           <li>Jalview project improvements
2466             <ul>
2467               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2468                 flag for annotation</li>
2469               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2470                 alignment</li>
2471               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2472                 Jalview project</li>
2473
2474             </ul>
2475           </li>
2476           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2477           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2478             running</li>
2479           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2480           <li>visual indication that web service results are still
2481             being retrieved from server</li>
2482           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2483             starts up for first time</li>
2484           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2485             services</li>
2486           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2487             client library</li>
2488           <li>Examples directory and Groovy library included in
2489             InstallAnywhere distribution</li>
2490         </ul> <em>Applet</em>
2491         <ul>
2492           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2493             visualization applet example</li>
2494         </ul> <em>General</em>
2495         <ul>
2496           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2497           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2498             defaults</li>
2499           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2500             calculation</li>
2501           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2502             matrices
2503           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2504             in HTML</li>
2505           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2506             structure contacts</li>
2507           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2508           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2509           <li>Parse sequence associated secondary structure
2510             information in Stockholm files</li>
2511           <li>HTML Export database accessions and annotation
2512             information presented in tooltip for sequences</li>
2513           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2514             style RNA alignment files</li>
2515           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2516             alignment</li>
2517           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2518             shade each sequence according to its associated alignment
2519             annotation</li>
2520           <li>New Jalview Logo</li>
2521         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2522         <ul>
2523           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2524           <li>New Website!</li>
2525         </ul></td>
2526       <td><em>Application</em>
2527         <ul>
2528           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2529             wsdbfetch REST service</li>
2530           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2531           <li>Filetype associations not installed for webstart
2532             launch</li>
2533           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2534             job execution in full once it is complete</li>
2535           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2536             uploaded via ali_file parameter</li>
2537           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2538           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2539           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2540             submitted for prediction</li>
2541           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2542             desktop window</li>
2543           <li>Putting fractional value into integer text box in
2544             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2545           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2546             windows 7</li>
2547           <li>View all structures fails with exception shown in
2548             structure view</li>
2549           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2550             escaped in a platform independent way</li>
2551           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2552             using proxy</li>
2553           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2554             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2555           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2556             failure when java web start temporary file caching is
2557             disabled</li>
2558           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2559             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2560           <li>Errors during processing of command line arguments
2561             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2562           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2563             DAS sources in sequence fetcher</li>
2564           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2565             dialog is shown</li>
2566           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2567           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2568           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2569           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2570             on OSX Mountain Lion</li>
2571           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2572             sequences with alignment annotation are pasted into the
2573             alignment</li>
2574           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2575             when loaded from Jalview project</li>
2576           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2577           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2578             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2579           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2580             associated with all views</li>
2581           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2582             annotation rows to new window</li>
2583         </ul> <em>Applet</em>
2584         <ul>
2585           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2586             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2587           <li>loading features via javascript API automatically
2588             enables feature display</li>
2589           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2590             work</li>
2591         </ul> <em>General</em>
2592         <ul>
2593           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2594           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2595             and then deselected</li>
2596           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2597           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2598             coloured with clustalx</li>
2599           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2600             exceptions and redraw errors</li>
2601           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2602             reconfigured view</li>
2603           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2604             colour</li>
2605           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2606             for lots of labels</li>
2607         </ul>
2608     </tr>
2609     <tr>
2610       <td>
2611         <div align="center">
2612           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2613         </div>
2614       </td>
2615       <td><em>Application</em>
2616         <ul>
2617           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2618           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2619           <li>View/alignment association menu to enable user to
2620             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2621             its colours/correspondences from</li>
2622           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2623           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2624             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2625           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2626           <li>Annotation row column label formatting attributes
2627             stored in project file</li>
2628           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2629             rows preserved in Jalview project file</li>
2630           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2631             saved using Desktop window menu</li>
2632           <li>Visual indication that command line arguments are
2633             still being processed</li>
2634           <li>Groovy script execution from URL</li>
2635           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2636             preferences</li>
2637           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2638             alignment with sequences that have high similarity and
2639             matching IDs</li>
2640           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2641           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2642             structures in same window</li>
2643           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2644           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2645             analysis function in its own submenu</li>
2646         </ul> <em>Applet</em>
2647         <ul>
2648           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2649             groups</li>
2650           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2651           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2652           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2653           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2654           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2655             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2656           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2657           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2658             parameters are treated as such</li>
2659           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2660             <ul>
2661               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2662               <li>Javascript callbacks for
2663                 <ul>
2664                   <li>Applet initialisation</li>
2665                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2666                 </ul>
2667               </li>
2668               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2669                 functions</li>
2670               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2671               <li>javascript structure viewer harness to pass
2672                 messages between Jmol and Jalview when running as
2673                 distinct applets</li>
2674               <li>sortBy method</li>
2675               <li>Set of applet and application examples shipped
2676                 with documentation</li>
2677               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2678                 javascript message exchange</li>
2679             </ul>
2680         </ul> <em>General</em>
2681         <ul>
2682           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2683             multiple alignments</li>
2684           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2685           <li>User configurable link to enable redirects to a
2686             www.Jalview.org mirror</li>
2687           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2688           <li>Configurable newline string when writing alignment
2689             and other flat files</li>
2690           <li>Allow alignment annotation description lines to
2691             contain html tags</li>
2692         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2693         <ul>
2694           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2695             examples</li>
2696           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2697             using a web service before displaying the result in the
2698             Jalview desktop</li>
2699           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2700           <li>Ant target to publish example html files with applet
2701             archive</li>
2702           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2703           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2704         </ul></td>
2705       <td><em>Application</em>
2706         <ul>
2707           <li>User defined colourscheme throws exception when
2708             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2709           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2710             dialog for valid filename/format</li>
2711           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2712           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2713             P37173</li>
2714           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2715             which sequence is to be associated with the file</li>
2716           <li>Find All raises null pointer exception when query
2717             only matches sequence IDs</li>
2718           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2719           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2720             2.4 cannot be loaded</li>
2721           <li>Filetype associations not installed for webstart
2722             launch</li>
2723           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2724             with sequences in different alignments do not get coloured
2725             by their associated sequence</li>
2726           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2727             not preserved when project is loaded</li>
2728           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2729             stored in Jalview project</li>
2730           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2731             Jalview project</li>
2732           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2733           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2734             by conservation</li>
2735           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2736             created on new view</li>
2737           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2738             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2739           <li>Alignment quality not updated after alignment
2740             annotation row is hidden then shown</li>
2741           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2742             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2743           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2744             properly</li>
2745           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2746             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2747           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2748           <li>Structures imported from file and saved in project
2749             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2750           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2751             job execution in full once it is complete</li>
2752         </ul> <em>Applet</em>
2753         <ul>
2754           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2755             annotation rows are displayed</li>
2756           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2757             codebase</li>
2758           <li>View follows highlighting does not work for positions
2759             in sequences</li>
2760           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2761           <li>Export features raises exception when no features
2762             exist</li>
2763           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2764             for javascript api is modified when separator string
2765             provided as parameter</li>
2766           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2767             alignment with no existing selection</li>
2768           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2769             to applet&#39;s codebase</li>
2770           <li>Status bar not updated after finished searching and
2771             search wraps around to first result</li>
2772           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2773             several Jalview applets causes race conditions and memory
2774             leaks</li>
2775           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2776             not sent from Jmol in applet</li>
2777           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2778             applet API fatally hang browser</li>
2779         </ul> <em>General</em>
2780         <ul>
2781           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2782             position with wrapped view and hidden regions</li>
2783           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2784             with/without hidden columns</li>
2785           <li>Sequence length given in alignment properties window
2786             is off by 1</li>
2787           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2788             import PDB like structure files</li>
2789           <li>Positional search results are only highlighted
2790             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2791           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2792           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2793             given sequence position</li>
2794           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2795             output</li>
2796           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2797             from nucleotide chains correctly</li>
2798           <li>Structure colours not updated when tree partition
2799             changed in alignment</li>
2800           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2801             parsed in interleaved stockholm</li>
2802           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2803             state</li>
2804           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2805             properly</li>
2806           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2807             properly associated with their pdb files</li>
2808         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2809         <ul>
2810           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2811             ApplyCopyright tool</li>
2812         </ul></td>
2813     </tr>
2814     <tr>
2815       <td>
2816         <div align="center">
2817           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2818         </div>
2819       </td>
2820       <td><em>Application</em>
2821         <ul>
2822           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2823             contact web services</li>
2824           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2825             service job window</li>
2826           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2827         </ul></td>
2828       <td>
2829         <ul>
2830           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2831             pir file emitted by Jalview</li>
2832           <li>Existing feature settings transferred to new
2833             alignment view created from cut'n'paste</li>
2834           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2835             parsing PDB files</li>
2836           <li>Consensus and conservation annotation rows
2837             occasionally become blank for all new windows</li>
2838           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2839             in wrapped view mode</li>
2840         </ul> <em>Application</em>
2841         <ul>
2842           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2843             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2844           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2845             parameter names</li>
2846           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2847             is down</li>
2848         </ul>
2849       </td>
2850     </tr>
2851     <tr>
2852       <td>
2853         <div align="center">
2854           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2855         </div>
2856       </td>
2857       <td><em>Application</em>
2858         <ul>
2859           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2860             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2861             (JABAWS)
2862           </li>
2863           <li>Web Services preference tab</li>
2864           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2865             preferences</li>
2866           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2867           <li>Superpose structures using associated sequence
2868             alignment</li>
2869           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2870             viewer</li>
2871         </ul> <em>Applet</em>
2872         <ul>
2873           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2874             link out mechanism</li>
2875         </ul> <em>Other</em>
2876         <ul>
2877           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2878             series 12</li>
2879           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2880             require Java 1.5</li>
2881           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2882             sequence annotation files</li>
2883           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2884             type colour specification</li>
2885           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2886             script to check if it being run in an interactive session or
2887             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2888         </ul></td>
2889       <td>
2890         <ul>
2891           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2892             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2893         </ul> <em>Application</em>
2894         <ul>
2895           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2896             selected Regions menu item</li>
2897           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2898             part of a valid accession ID</li>
2899           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2900             runs out of memory</li>
2901           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2902             analysis results</li>
2903           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2904             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2905           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2906         </ul> <em>Applet</em>
2907         <ul>
2908           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2909             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2910             defined.</li>
2911         </ul>
2912       </td>
2913     </tr>
2914     <tr>
2915       <td>
2916         <div align="center">
2917           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2918         </div>
2919       </td>
2920       <td></td>
2921       <td>
2922         <ul>
2923           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2924             sequence IDs</li>
2925           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2926             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2927           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2928             import correctly</li>
2929           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2930             number of columns are hidden</li>
2931           <li>annotation label popup menu not providing correct
2932             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2933             present</li>
2934           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2935             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2936           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2937             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2938
2939         </ul> <em>Applet</em>
2940         <ul>
2941           <li>annotation panel disappears when annotation is
2942             hidden/removed</li>
2943         </ul> <em>Application</em>
2944         <ul>
2945           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2946             alignment opened where annotation panel is visible but no
2947             annotations are present on alignment</li>
2948           <li>pasted region containing hidden columns is
2949             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2950           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2951             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2952           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2953             selected Rregions menu item.</li>
2954           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2955             'Un' or 'Non'conserved</li>
2956           <li>Sequence feature settings are being shared by
2957             multiple distinct alignments</li>
2958           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2959             changed</li>
2960           <li>double click on group annotation to select sequences
2961             does not propagate to associated trees</li>
2962           <li>Mac OSX specific issues:
2963             <ul>
2964               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2965                 window background</li>
2966               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2967                 name set correctly</li>
2968               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2969                 save feature colourscheme button</li>
2970             </ul>
2971           </li>
2972         </ul>
2973       </td>
2974     </tr>
2975     <tr>
2976
2977       <td>
2978         <div align="center">
2979           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2980         </div>
2981       </td>
2982       <td><em>New Capabilities</em>
2983         <ul>
2984           <li>URL links generated from description line for
2985             regular-expression based URL links (applet and application)
2986
2987           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2988             menu</li>
2989           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2990             structures</li>
2991           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2992             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2993           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2994             average score or total feature count for each sequence.</li>
2995           <li>Shading features by score or associated description</li>
2996           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2997             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2998           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2999             hide everything but the currently selected region.</li>
3000           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3001         </ul> <em>Application</em>
3002         <ul>
3003           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3004             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3005           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3006             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3007           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3008             database references and protein_name is parsed as
3009             description line (BioSapiens terms).</li>
3010           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3011             references in sequence ID tooltip from View menu in
3012             application.</li>
3013           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3014       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3015           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3016             conservation plots</li>
3017           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3018             and visualized as sequence logos</li>
3019           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3020             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3021           </li>
3022           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3023             when a new tree is opened.</li>
3024           <li>Jalview Java Console</li>
3025           <li>Better placement of desktop window when moving
3026             between different screens.</li>
3027           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3028             consensus annotation</li>
3029           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3030             Workflows</li>
3031           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3032             <ul>
3033               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3034                 used to preserve views, structures, and tree display
3035                 settings)</li>
3036               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3037                 command line</li>
3038               <li>Sharing of selected regions between views and
3039                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3040               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3041             </ul></li>
3042         </ul> <em>Applet</em>
3043         <ul>
3044           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3045           <li>New Parameters
3046             <ul>
3047               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3048                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3049                 opened.</li>
3050               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3051                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3052               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3053                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3054               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3055                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3056                 view</li>
3057               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3058                 increase the height or width of a cell in the alignment
3059                 grid relative to the current font size.</li>
3060             </ul>
3061           </li>
3062           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3063             tooltip</li>
3064         </ul> <em>Other</em>
3065         <ul>
3066           <li>Features format: graduated colour definitions and
3067             specification of feature scores</li>
3068           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3069             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3070             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3071           <li>XML formats extended to support graduated feature
3072             colourschemes, group associated annotation, and profile
3073             visualization settings.</li></td>
3074       <td>
3075         <ul>
3076           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3077             rather than description</li>
3078           <li>Non-positional features are now included in sequence
3079             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3080             visibility in tooltip).</li>
3081           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3082           <li>Added URL embedding instructions to features file
3083             documentation.</li>
3084           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3085             'X' in peptide product</li>
3086           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3087             sequence ID and sequence string and query strings do not
3088             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3089           <li>AMSA files only contain first column of
3090             multi-character column annotation labels</li>
3091           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3092             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3093             exported and re-imported)</li>
3094           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3095             name</li>
3096           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3097             as subsequence matches, and correctly reports total number
3098             of both.</li>
3099           <li>Application:
3100             <ul>
3101               <li>Better handling of exceptions during sequence
3102                 retrieval</li>
3103               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3104                 link text excludes the start_end suffix</li>
3105               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3106                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3107               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3108               <li>Sequence description lines properly shared via
3109                 VAMSAS</li>
3110               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3111                 data sources</li>
3112               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3113                 completes before alignment figures are generated.</li>
3114               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3115                 first time.</li>
3116               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3117                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3118               <li>User defined group colours properly recovered
3119                 from Jalview projects.</li>
3120             </ul>
3121           </li>
3122         </ul>
3123       </td>
3124
3125     </tr>
3126     <tr>
3127       <td>
3128         <div align="center">
3129           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3130         </div>
3131       </td>
3132       <td>
3133         <ul>
3134           <li>Experimental support for google analytics usage
3135             tracking.</li>
3136           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3137         </ul>
3138       </td>
3139       <td>
3140         <ul>
3141           <li>Race condition in applet preventing startup in
3142             jre1.6.0u12+.</li>
3143           <li>Exception when feature created from selection beyond
3144             length of sequence.</li>
3145           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3146           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3147             all sequences with a given id</li>
3148           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3149             ID string searches</li>
3150           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3151             alignment to fail with exception</li>
3152         </ul> <em>Application Issues</em>
3153         <ul>
3154           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3155           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3156             data sources</li>
3157         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3158         <ul>
3159           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3160             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3161           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3162             version (java class versioning error fixed)</li>
3163         </ul>
3164       </td>
3165     </tr>
3166     <tr>
3167       <td>
3168
3169         <div align="center">
3170           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3171         </div>
3172       </td>
3173       <td><em>User Interface</em>
3174         <ul>
3175           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3176             translation and protein products</li>
3177           <li>Linked highlighting of structure associated with
3178             residue mapping to codon position</li>
3179           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3180             and 'clear' button</li>
3181           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3182             Tools menu</li>
3183           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3184             numeric data in description line</li>
3185           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3186           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3187             of sequence</li>
3188         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3189         <ul>
3190           <li>JPred3 web service</li>
3191           <li>Prototype sequence search client (no public services
3192             available yet)</li>
3193           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3194             PFAM</li>
3195           <li>URL Links created for matching database cross
3196             references as well as sequence ID</li>
3197           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3198         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3199         <ul>
3200           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3201             databases</li>
3202           <li>Generalised database reference retrieval and
3203             validation to all fetchable databases</li>
3204           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3205             sequence command</li>
3206         </ul> <em>Import and Export</em>
3207         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3208         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3209           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3210         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3211           File</li>
3212         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3213           triplet as name of colourscheme</li>
3214         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3215         <ul>
3216           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3217           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3218             alignments (experimental)</li>
3219           <li>Create new or select existing session to join</li>
3220           <li>load and save of vamsas documents</li>
3221         </ul> <em>Application command line</em>
3222         <ul>
3223           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3224             from applet)</li>
3225           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3226             of DAS servers to query for alignment features</li>
3227           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3228             that are also automatically queried for features</li>
3229           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3230             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3231         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3232         <ul>
3233           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3234             application (when using &quot;View in full
3235             application&quot;)</li>
3236         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3237         <ul>
3238           <li>feature group display control parameter</li>
3239           <li>debug parameter</li>
3240           <li>showbutton parameter</li>
3241         </ul> <em>Applet API methods</em>
3242         <ul>
3243           <li>newView public method</li>
3244           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3245           <li>Feature display control methods</li>
3246           <li>get list of currently selected sequences</li>
3247         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3248         <ul>
3249           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3250           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3251             Jalview release.</li>
3252           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3253             property controls execution of obfuscator</li>
3254           <li>Build target for generating source distribution</li>
3255           <li>Debug flag for javacc</li>
3256           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3257             jalview.bin.Cache</li>
3258           <li>Continuous Build Integration for stable and
3259             development version of Application, Applet and source
3260             distribution</li>
3261         </ul></td>
3262       <td>
3263         <ul>
3264           <li>selected region output includes visible annotations
3265             (for certain formats)</li>
3266           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3267             for editing</li>
3268           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3269           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3270           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3271           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3272             comments</li>
3273           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3274             filenames containing a ':'</li>
3275           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3276             global sequence features</li>
3277           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3278             references from alignment sequences goes to zero</li>
3279           <li>Close of tree branch colour box without colour
3280             selection causes cascading exceptions</li>
3281           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3282           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3283             file parsing fails.</li>
3284           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3285           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3286             not a valid output format</li>
3287           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3288             vamsas</li>
3289           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3290           <li>error messages passed up and output when data read
3291             fails</li>
3292           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3293             sequence is edited</li>
3294           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3295             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3296           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3297             filetype</li>
3298           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3299             import fixed for PFAM records</li>
3300           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3301             window list</li>
3302           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3303             can be read and written correctly to annotation file</li>
3304           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3305             correctly</li>
3306           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3307             non-italic font for representatives in Applet</li>
3308           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3309             Macs.</li>
3310           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3311             Applet)</li>
3312           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3313             due to null pointer exceptions</li>
3314           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3315             first column of alignment</li>
3316           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3317             July 2008</li>
3318           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3319             file is case-insensitive</li>
3320           <li>Sequence features read from Features file appended to
3321             all sequences with matching IDs</li>
3322           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3323             containing a sub-sequence</li>
3324           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3325           <li>feature and annotation file applet parameters
3326             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3327           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3328           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3329             splash-screen version check to complete</li>
3330           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3331             when passing them to the launchApp service</li>
3332           <li>display name and local features preserved in results
3333             retrieved from web service</li>
3334           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3335             sequence fetcher initialisation</li>
3336           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3337             dasobert DAS client</li>
3338           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3339             association</li>
3340           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3341             sequences
3342           </li>
3343         </ul>
3344       </td>
3345     </tr>
3346     <tr>
3347       <td>
3348         <div align="center">
3349           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3350         </div>
3351       </td>
3352       <td>
3353         <ul>
3354           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3355           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3356           <li>Slide sequences</li>
3357           <li>Edit sequence in place</li>
3358           <li>EMBL CDS features</li>
3359           <li>DAS Feature mapping</li>
3360           <li>Feature ordering</li>
3361           <li>Alignment Properties</li>
3362           <li>Annotation Scores</li>
3363           <li>Sort by scores</li>
3364           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3370           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3371           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3372           <li>Feature group display state in XML</li>
3373           <li>Feature ordering in XML</li>
3374           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3375           <li>Stockholm alignment properties</li>
3376           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3377           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3378           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3379           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382
3383     </tr>
3384     <tr>
3385       <td>
3386         <div align="center">
3387           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3388         </div>
3389       </td>
3390       <td>
3391         <ul>
3392           <li>Non standard characters can be read and displayed
3393           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3394             applet via textbox
3395           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3396             name &amp; description
3397           <li>Preference setting to display sequence name in
3398             italics
3399           <li>Annotation file format extended to allow
3400             Sequence_groups to be defined
3401           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3402             specified in preferences
3403           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3404             sequences
3405         </ul>
3406       </td>
3407       <td>
3408         <ul>
3409           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3410             installed
3411           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3412           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3413         </ul>
3414       </td>
3415     </tr>
3416     <tr>
3417       <td>
3418         <div align="center">
3419           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3420         </div>
3421       </td>
3422       <td>
3423         <ul>
3424           <li>Multiple views on alignment
3425           <li>Sequence feature editing
3426           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3427           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3428           <li>Background dependent text colour
3429           <li>Right align sequence ids
3430           <li>User-defined lower case residue colours
3431           <li>Format Menu
3432           <li>Select Menu
3433           <li>Menu item accelerator keys
3434           <li>Control-V pastes to current alignment
3435           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3436           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3437           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3438
3439           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3440         </ul>
3441       </td>
3442       <td>
3443         <ul>
3444           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3445           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3446             calculations
3447           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3448             edits
3449           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3450             of alignment)
3451           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3452
3453           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3454             display correctly
3455           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3456           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3457             analysis results
3458           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3459             &#8739;
3460           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3461           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3462           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3463
3464         </ul>
3465       </td>
3466     </tr>
3467     <tr>
3468       <td>
3469         <div align="center">
3470           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3471         </div>
3472       </td>
3473       <td>
3474         <ul>
3475           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <ul>
3480           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3481             sequence id panel has been resized</li>
3482           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3483             rendered</li>
3484           <li>Annotation files with sequence references - all
3485             elements in file are relative to sequence position</li>
3486           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489     </tr>
3490     <tr>
3491       <td>
3492         <div align="center">
3493           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3494         </div>
3495       </td>
3496       <td>
3497         <ul>
3498           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3499           <li>DAS Feature fetching</li>
3500           <li>Hide sequences and columns</li>
3501           <li>Export Annotations and Features</li>
3502           <li>GFF file reading / writing</li>
3503           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3504             files</li>
3505           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3506           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3507           <li>Applet can launch the full application</li>
3508           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3509             required)</li>
3510           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3511           <li>Applet can load sequences from parameter
3512             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3513           </li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3519           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3520           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3521         </ul>
3522       </td>
3523     </tr>
3524     <tr>
3525       <td>
3526         <div align="center">
3527           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3528         </div>
3529       </td>
3530       <td>
3531         <ul>
3532           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3533           <li>Choose to match case when searching</li>
3534           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3535             expand the visible width and height of the alignment</li>
3536         </ul>
3537       </td>
3538       <td>
3539         <ul>
3540           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3541         </ul>
3542       </td>
3543     </tr>
3544     <tr>
3545       <td>
3546         <div align="center">
3547           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3548         </div>
3549       </td>
3550       <td>&nbsp;</td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3554           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3555             value</li>
3556         </ul>
3557       </td>
3558     </tr>
3559     <tr>
3560       <td>
3561         <div align="center">
3562           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3563         </div>
3564       </td>
3565       <td>
3566         <ul>
3567           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3568           <li>Keyboard editing</li>
3569           <li>Create sequence features from searches</li>
3570           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3571             alignments</li>
3572           <li>Features file allows grouping of features</li>
3573           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3574           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3575           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3576         </ul>
3577       </td>
3578       <td>
3579         <ul>
3580           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3581           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3582             descriptions saved.</li>
3583         </ul>
3584       </td>
3585     </tr>
3586     <tr>
3587       <td>
3588         <div align="center">
3589           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3590         </div>
3591       </td>
3592       <td>
3593         <ul>
3594           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3595           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3596           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3597             name for file output</li>
3598           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3599           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3600             used for HTML form input</li>
3601         </ul>
3602       </td>
3603       <td>
3604         <ul>
3605           <li>HTML output writes groups and features</li>
3606           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3607           <li>File IO bugs</li>
3608         </ul>
3609       </td>
3610     </tr>
3611     <tr>
3612       <td>
3613         <div align="center">
3614           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3615         </div>
3616       </td>
3617       <td>
3618         <ul>
3619           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3620           <li>More options for PCA viewer</li>
3621         </ul>
3622       </td>
3623       <td>
3624         <ul>
3625           <li>GUI bugs resolved</li>
3626           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3627         </ul>
3628       </td>
3629     </tr>
3630     <tr>
3631       <td height="63">
3632         <div align="center">
3633           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3634         </div>
3635       </td>
3636       <td>
3637         <ul>
3638           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3639           <li>Jar files are executable</li>
3640           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3641         </ul>
3642       </td>
3643       <td>
3644         <ul>
3645           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3646           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3647           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3648         </ul>
3649       </td>
3650     </tr>
3651     <tr>
3652       <td>
3653         <div align="center">
3654           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3655         </div>
3656       </td>
3657       <td>
3658         <ul>
3659           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3660         </ul>
3661       </td>
3662       <td>
3663         <ul>
3664           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3665         </ul>
3666       </td>
3667     </tr>
3668     <tr>
3669       <td>
3670         <div align="center">
3671           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3672         </div>
3673       </td>
3674       <td>
3675         <ul>
3676           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3677             size</li>
3678         </ul>
3679       </td>
3680       <td>
3681         <ul>
3682           <li>Improved JPred client reliability</li>
3683           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3684         </ul>
3685       </td>
3686     </tr>
3687     <tr>
3688       <td>
3689         <div align="center">
3690           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3691         </div>
3692       </td>
3693       <td>
3694         <ul>
3695           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3696           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3697           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3698             to Colour Menu</li>
3699           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3700           <li>Unix users can set default web browser</li>
3701           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3702           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3703         </ul>
3704       </td>
3705       <td>
3706         <ul>
3707           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3708         </ul>
3709       </td>
3710     </tr>
3711     <tr>
3712       <td>
3713         <div align="center">
3714           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3715         </div>
3716       </td>
3717       <td>&nbsp;</td>
3718       <td>
3719         <ul>
3720           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3721             alignment order.</li>
3722         </ul>
3723       </td>
3724     </tr>
3725     <tr>
3726       <td>
3727         <div align="center">
3728           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3729         </div>
3730       </td>
3731       <td>
3732         <ul>
3733           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3734           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3735           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3736             annotations.</li>
3737           <li>Version and build date written to build properties
3738             file.</li>
3739           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3740             at launch of Jalview.</li>
3741         </ul>
3742       </td>
3743       <td>
3744         <ul>
3745           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3746           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3747           <li>Can remove groups one by one.</li>
3748           <li>Filechooser icons installed.</li>
3749           <li>Finder ignores return character when searching.
3750             Return key will initiate a search.<br>
3751           </li>
3752         </ul>
3753       </td>
3754     </tr>
3755     <tr>
3756       <td>
3757         <div align="center">
3758           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3759         </div>
3760       </td>
3761       <td>
3762         <ul>
3763           <li>New codebase</li>
3764         </ul>
3765       </td>
3766       <td>&nbsp;</td>
3767     </tr>
3768   </table>
3769   <p>&nbsp;</p>
3770 </body>
3771 </html>