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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
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  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
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  37    padding-left: 6px;
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  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
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  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom BLOSUM/Clustal type shading schemes can be created via groovy scripts</li>
  82
  83           <li><!-- JAL-2314, -->Test suite expanded and debugged (over 940 functional unit tests, only 3 failing due to ongoing work!)
  84           </ul>
  85           <em>Application</em>
  86           <ul>
  87           <li><!--  --></li>
  88           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  89           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  90
  91           </ul>
  92           <em>Applet</em>
  93           <ul>
  94           <li><!--  --></li>
  95           </ul>
  96           </div></td><td><div align="left">
  97           <em>General</em>
  98           <ul>
  99           <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 100           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 101           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 102           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 103           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 104           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 105           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 106           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 107           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 108           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 109           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 110           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 111           </ul>
 112           <em>Application</em>
 113           <ul>
 114           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 115           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 116           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 117           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 118           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 119           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 120           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 121           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 122           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 123           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 124
 125           </ul>
 126           <em>Applet</em>
 127           <ul>
 128           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 129           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 130           </ul>
 131           <em>New Known Issues</em>
 132           <ul>
 133           <li></li>
 134           </ul>
 135
 136           </div>
 137     <tr>
 138       <td width="60" nowrap>
 139         <div align="center">
 140           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 141             <em>29/11/2016</em></strong>
 142         </div>
 143       </td>
 144       <td><div align="left">
 145           <em>General</em>
 146           <ul>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 149               for all consensus calculations
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 153             </li>
 154             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 155               for 2016-2017</li>
 156           </ul>
 157           <em>Application</em>
 158           <ul>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 161               set of database cross-references, sorted alphabetically
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 165               from database cross references. Users with custom links
 166               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 167                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 171               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 172               Chimera session
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 176               the Chimera it is connected to is shut down
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 180               columns menu item to mark columns containing
 181               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 182               of a Find operation)
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 186               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 187               MSAviewer
 188             </li>
 189           </ul>
 190         </div></td>
 191       <td>
 192         <div align="left">
 193           <em>General</em>
 194           <ul>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 197               are not coloured or thresholded according to percent
 198               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 202               hydrophobic
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 206               threshold, amino acid properties)
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 210               reported as mapped to residues in a structure file in the
 211               View Mapping report
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 215               could be added multiple times to a sequence
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 219               bond features shown as two highlighted residues rather
 220               than a range in linked structure views, and treated
 221               correctly when selecting and computing trees from features
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 225               cross-references are matched to database name regardless
 226               of case
 227             </li>
 228
 229           </ul>
 230           <em>Application</em>
 231           <ul>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 234               names without regular expressions also offer links from
 235               Sequence ID
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 239               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 240               update Jalview configuration
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 244               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 248               files with similarly named sequences if dropped onto the
 249               alignment
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 253               entries where more chains exist in the PDB accession than
 254               are reported in the SIFTS file
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 258               the structure view when displayed with Chimera
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 262               panel's View->Show Chains submenu
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 266               work for wrapped alignment views
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 270               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 274               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 275               first annotation row
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 279               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 280             </li>
 281             <li>
 282             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 283             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 284           </ul>
 285 <!--           <em>New Known Issues</em>
 286           <ul>
 287             <li></li>
 288           </ul> -->
 289         </div>
 290       </td>
 291     </tr>
 292       <td width="60" nowrap>
 293         <div align="center">
 294           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 295             <em>25/10/2016</em></strong>
 296         </div>
 297       </td>
 298       <td><em>Application</em>
 299         <ul>
 300           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 301             view if structures already loaded</li>
 302           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 303             structure views</li>
 304         </ul></td>
 305       <td>
 306         <div align="left">
 307           <em>General</em>
 308           <ul>
 309             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 310               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 311             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 312               example sequences/projects/trees</li>
 313           </ul>
 314           <em>Application</em>
 315           <ul>
 316             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 317               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 318             <li>Multiple structure views can be opened and
 319               superposed without timeout for structures with multiple
 320               models or multiple sequences in alignment</li>
 321             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 322               a PDB ID HEADER line</li>
 323             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 324               superposition is performed</li>
 325             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 326               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 327             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 328             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 329               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 330               Refs UI option</li>
 331             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 332               view is created on the alignment</li>
 333             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 334               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 335               to open group pop-up menu</li>
 336           </ul>
 337           <em>Build and deployment</em>
 338           <ul>
 339             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 340               tags</li>
 341           </ul>
 342           <em>New Known Issues</em>
 343           <ul>
 344             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 345               work on Windows</li>
 346           </ul>
 347         </div>
 348       </td>
 349     </tr>
 350     <tr>
 351       <td width="60" nowrap>
 352         <div align="center">
 353           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 354         </div>
 355       </td>
 356       <td><em>General</em>
 357         <ul>
 358           <li>
 359           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 363             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 364             better PDB parsing.
 365           </li>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 368             reference sequence
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 372             mousing over sequence associated annotation
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 376             for manual entry
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 380             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 381             for each column
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 385             showing or hiding columns containing a feature
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 389             group and sequence associated annotation labels
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 393             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 394             dialogs
 395           </li>
 396
 397         </ul> <em>Application</em>
 398         <ul>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 401             gene/transcript view
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 405             dialog
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 409             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 413             Pfam sources to xfam.org
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 420             over sequences in Jalview
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 424             regions in ENA and EMBL
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 428             for record retrieval via ENA rest API
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 432             complement operator
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 436             groovy script execution
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 440             alignment window's Calculate menu
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 444             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 448             calculation workers from groovy scripts
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 452             Jalview projects
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 456             associations are now saved/restored from project
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 460             before sequence fetcher is opened
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 464             database chooser opens a sequence fetcher
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 468             the UniProt REST API
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 472             the news reader opening
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 476             querying stored in preferences
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 480             search results
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 487             menu for nucleotide sequences
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 491             and feature counts preserves alignment ordering (and
 492             debugged for complex feature sets).
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 496             viewing structures with Jalview 2.10
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 500             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 501             Ensembl Genomes REST API
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 505             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 506             (Ensembl)
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 510             sequences
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 514             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 515             data from external database records.
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 519             efficient recovery of sequence coding and alignment
 520             annotation relationships.
 521           </li>
 522         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 523         <ul>
 524           <li>
 525             -- JAL---
 526           </li>
 527         </ul> --></td>
 528       <td>
 529         <div align="left">
 530           <em>General</em>
 531           <ul>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 534               menu on OSX
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 538               includes graduated colourschemes
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 542               working with big alignments and lots of hidden columns
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 546               at right of alignment window
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 550               contents
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 554               for DNA alignments
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 558               based tree calculation
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 562               unconserved enabled for group on alignment
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 566               set as reference
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 570               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 571               annotation
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 575               hidden columns present
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 579               user created annotation added to alignment
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 583               '()' base pair annotation
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 587               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 588               Consensus
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 592               feature not working
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 596               beginning of sequence
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 600               entry 3a6s
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 604               from a tree when t-coffee scores are shown
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 608               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 612               some structures
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 616               to Clustal, PIR and PileUp output
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 620               not visible causes alignment window to repaint
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 624               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 625               scores associated with features and annotation rows
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 629               calculation should be case independent
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 633               columns
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 637               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 638               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 642               problems when reference sequence defined and 'show
 643               non-conserved' enabled
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 647               load even when Consensus calculation is disabled
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 651               alignment does nothing
 652             </li>
 653           </ul>
 654           <em>Application</em>
 655           <ul>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 658               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 659               yet fixed for El Capitan)
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 663               output when running on non-gb/us i18n platforms
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 667               hidden sequences as flat-file alignment
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 671               launching Chimera
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 675               (also hotfix for 2.9.0b2)
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 679               reference sequence defined
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 683               alignments and views when revealing hidden columns
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 687               view in a cDNA/Protein splitframe
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 691               sequence from project when only one sequence is
 692               represented
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 696               in Structure Chooser
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 700               structure consensus didn't refresh annotation panel
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 704               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 708               dialogs format columns correctly, don't display array
 709               data, sort columns according to type
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 713               file chooser is cancelled during an image export
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 717               sequence name containing special characters
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 721               case insensitive
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 725               formatting don't wrap
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 729               truncated so L looks like I in consensus annotation
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 733               currently displayed features for the current selection or
 734               view
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 738               after fetching cross-references, and restoring from project
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 742               followed in the structure viewer
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 746               splitframe not restored from project
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 750               trailing end of protein alignment in transcript/product
 751               splitview when pad-gaps not enabled by default
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 755               is case dependent
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 759               article has been read (reopened issue due to
 760               internationalisation problems)
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 764               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 765               cross-references
 766             </li>
 767
 768             <li>
 769               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 770               alignment as HTML
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 774               multiple structures are shown for one or more sequences.
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 778               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 779               is enabled.
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 783               specific PDB id for sequence
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 787               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 788               columns' is disabled.
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 792               selects lowest rather than highest resolution structures
 793               for each sequence
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 797               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 801               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 802             </li>
 803             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 804               after clicking on it to create new annotation for a
 805               column.
 806             </li>
 807             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 808             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 809           </ul>
 810           <em>Applet</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 814               hidden columns present before start of sequence
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 818               (JSON jars)
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 822               sequences are hidden in applet
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 826               deployment on examples pages.
 827             </li>
 828           </ul>
 829         </div>
 830       </td>
 831     </tr>
 832     <tr>
 833       <td width="60" nowrap>
 834         <div align="center">
 835           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 836             <em>16/10/2015</em></strong>
 837         </div>
 838       </td>
 839       <td><em>General</em>
 840         <ul>
 841           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 842             jars</li>
 843         </ul></td>
 844       <td>
 845         <div align="left">
 846           <em>Application</em>
 847           <ul>
 848             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 849               shown when tree is partitioned</li>
 850             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 851               multiple cDNA/Protein split views</li>
 852           </ul>
 853         </div>
 854       </td>
 855     </tr>
 856     <tr>
 857       <td width="60" nowrap>
 858         <div align="center">
 859           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 860             <em>8/10/2015</em></strong>
 861         </div>
 862       </td>
 863       <td><em>General</em>
 864         <ul>
 865           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 866             2.9</li>
 867         </ul> <em>Application</em>
 868         <ul>
 869           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 870           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 871           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 872         </ul> <em>Applet</em>
 873         <ul>
 874           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 875         </ul><em>Build and Deployment</em>
 876         <ul>
 877           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 878         </ul></td>
 879       <td>
 880         <div align="left">
 881           <em>General</em>
 882           <ul>
 883             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 884               incorrect when sequence start > 1</li>
 885             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 886               documentation</li>
 887             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 888             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 889               loading a features file containing HTML tags in feature
 890               description</li>
 891
 892           </ul>
 893           <em>Application</em>
 894           <ul>
 895             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 896               reimport</li>
 897             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 898               with 'trim retrieved sequences'</li>
 899             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 900               deleting selected columns</li>
 901             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 902               JNLP templates for webstart launch</li>
 903             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 904               unreleased structures for download or viewing</li>
 905             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 906               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 907             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 908               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 909             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 910               recovered from jalview project</li>
 911             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 912               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 913               alignment view</li>
 914             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 915               color schemes from BioJSON</li>
 916           </ul>
 917           <em>Applet</em>
 918           <ul>
 919             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 920               frame</li>
 921             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 922           </ul>
 923         </div>
 924       </td>
 925     </tr>
 926     <tr>
 927       <td><div align="center">
 928           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 929         </div></td>
 930       <td><em>General</em>
 931         <ul>
 932           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 933             alignments:
 934             <ul>
 935               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 936                 and DNA alignment views</li>
 937               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 938                 cDNA alignment views</li>
 939               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 940                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 941               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 942                 protein sequences</li>
 943             </ul>
 944           </li>
 945           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 946           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 947             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 948           <li>New alignment annotation file statements for
 949             reference sequences and marking hidden columns</li>
 950           <li>Reference sequence based alignment shading to
 951             highlight variation</li>
 952           <li>Select or hide columns according to alignment
 953             annotation</li>
 954           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 955           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 956             acid conservation row</li>
 957           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 958         </ul> <em>Application</em>
 959         <ul>
 960           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 961             <ul>
 962               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 963                 view with cDNA/Protein</li>
 964               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 965                 sequences are placed in the same alignment</li>
 966               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 967                 projects</li>
 968             </ul>
 969           </li>
 970
 971           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 972           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 973             Jalview windows</li>
 974
 975           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 976           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 977           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 978             be shown in VARNA</li>
 979
 980           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 981             as the active selected region</li>
 982
 983           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 984             similarity</li>
 985           <li>New Export options
 986             <ul>
 987               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 988                 region export in flat file generation</li>
 989
 990               <li>Export alignment views for display with the <a
 991                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 992
 993               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 994               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 995                 alignment figures to HTML</li>
 996           </li>
 997           <li>3D structure retrieval and display
 998             <ul>
 999               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1000                 Search API</li>
1001               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1002                 PDB structures for a sequence set</li>
1003             </ul>
1004           </li>
1005
1006           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1007             predictions</li>
1008           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1009             for one or a group of sequences</li>
1010           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1011             from the JPred4 web server</li>
1012           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1013             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1014             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1015           </li>
1016           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1017             VARNA 2D Structure'</li>
1018           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1019             Structure ..."</li>
1020
1021         </ul> <em>Applet</em>
1022         <ul>
1023           <li>New layout for applet example pages</li>
1024           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1025             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1026           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1027             Protein alignments</li>
1028         </ul> <em>Development and deployment</em>
1029         <ul>
1030           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1031           <li>Include installation type and git revision in build
1032             properties and console log output</li>
1033           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1034             storing BioJsMSA Templates</li>
1035           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1036         </ul></td>
1037       <td>
1038         <!-- <em>General</em>
1039         <ul>
1040         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1041         <ul>
1042           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1043           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1044           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1045             predictions are not highlighted in amber</li>
1046           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1047             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1048           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1049             associated structure views</li>
1050           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1051             width checkbox not enabled</li>
1052           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1053             creating user defined colours</li>
1054           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1055             mappings for just that viewer's sequences</li>
1056           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1057             multiple models in Chimera</li>
1058           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1059             over Jmol structure</li>
1060           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1061             output to text box</li>
1062           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1063             have incorrect sequence start/end</li>
1064           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1065             Jalview fails</li>
1066           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1067             work for nucleotide</li>
1068           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1069             to a grey/invisible alignment window</li>
1070           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1071             imports to different position</li>
1072           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1073             on some platforms</li>
1074           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1075             populated</li>
1076           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1077             console if Chimera has been opened</li>
1078           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1079           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1080             retrieved</li>
1081           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1082           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1083             either sequence shows on first structure</li>
1084           <li>'Show annotations' options should not make
1085             non-positional annotations visible</li>
1086           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1087             in right place after 'view flanking regions'</li>
1088           <li>File Save As type unset when current file format is
1089             unknown</li>
1090           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1091             projects</li>
1092           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1093             responsive</li>
1094           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1095             several views on same alignment</li>
1096           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1097           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1098             spaces</li>
1099         </ul> <em>Applet</em>
1100         <ul>
1101           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1102           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1103             descriptions containing angle brackets</li>
1104         </ul> <em>General</em>
1105         <ul>
1106           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1107             via jalview annotation file</li>
1108           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1109             with RNA secondary structure</li>
1110           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1111             translation doesn't work.</li>
1112           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1113           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1114             positions</li>
1115           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1116             choosing 1pt font</li>
1117           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1118             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1119             'h'</li>
1120           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1121             new feature</li>
1122           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1123             order dependent</li>
1124           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1125             sequences</li>
1126           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1127         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1128         <ul>
1129           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1130             www.jalview.org</li>
1131         </ul> <em>Application Known issues</em>
1132         <ul>
1133           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1134           <li>Misleading message appears after trying to delete
1135             solid column.</li>
1136           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1137             version launches</li>
1138           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1139             fails with a sequence mismatch</li>
1140           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1141             scrolling alignment to right</li>
1142           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1143             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1144           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1145             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1146           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1147             ultra-high resolution</li>
1148           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1149             quality and conservation</li>
1150           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1151             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1152         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1153         <ul>
1154           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1155           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1156             window is being resized</li>
1157
1158         </ul>
1159       </td>
1160     </tr>
1161     <tr>
1162       <td><div align="center">
1163           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1164         </div></td>
1165       <td><em>General</em>
1166         <ul>
1167           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1168             Certum.PL.</li>
1169           <li>Features and annotation preserved when performing
1170             pairwise alignment</li>
1171           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1172             imported/exported/displayed</li>
1173           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1174             protein secondary structure</li>
1175           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1176               post-hoc with 2.9 release</em>)
1177           </li>
1178
1179         </ul> <em>Application</em>
1180         <ul>
1181           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1182             with 3D structures</li>
1183           <li>Support for parsing RNAML</li>
1184           <li>Annotations menu for layout
1185             <ul>
1186               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1187               <li>place sequence annotation above/below alignment
1188                 annotation</li>
1189             </ul>
1190           <li>Output in Stockholm format</li>
1191           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1192             translation</li>
1193           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1194           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1195             shared between alignments</li>
1196           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1197             Jalview</li>
1198           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1199             all or current selection</li>
1200           <li>disorder and secondary structure predictions
1201             available as dataset annotation</li>
1202           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1203
1204
1205           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1206             alignments from Rfam</li>
1207           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1208
1209           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1210             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1211           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1212           <li>include installation type in build properties and
1213             console log output</li>
1214           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1215             annotation</li>
1216         </ul></td>
1217       <td>
1218         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1219         <ul>
1220           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1221             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1222           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1223             alignment</li>
1224           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1225           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1226           <li>Double click on sequence associated annotation
1227             selects only first column</li>
1228           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1229             leaves shown in tree</li>
1230           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1231             properly</li>
1232           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1233           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1234             screen and buttons not visible</li>
1235           <li>author list isn't updated if already written to
1236             Jalview properties</li>
1237           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1238             from database</li>
1239           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1240           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1241             browser search window</li>
1242           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1243             in feature settings dialog</li>
1244           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1245             desktop</li>
1246           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1247             pass validation</li>
1248           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1249             fit on screen</li>
1250           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1251             tooltip</li>
1252           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1253             defined user preset</li>
1254           <li>MSA web services warns user if they were launched
1255             with invalid input</li>
1256           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1257             Java 8</li>
1258           <li>
1259             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1260             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1261             created
1262           </li>
1263
1264         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1265                                 <ul>
1266                                 </ul> <em>General</em>
1267                                 <ul>
1268                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1269         <ul>
1270           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1271             memory allocation</li>
1272           <li>launchApp service doesn't automatically open
1273             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1274           <li>
1275             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1276             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1277             1.7_055 is available
1278           </li>
1279         </ul> <em>Application Known issues</em>
1280         <ul>
1281           <li>
1282             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1283             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1284             alignment to right
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1288             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1289             with large number of ID
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1293             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1294             start/end
1295           </li>
1296           <li>
1297             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1298             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1299             structure tracks are rearranged
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1303             invalid rna structure positional highlighting does not
1304             highlight position of invalid base pairs
1305           </li>
1306           <li>
1307             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1308             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1309             project from alignment window file menu
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1313             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1314             structures
1315           </li>
1316           <li>
1317             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1318             colour by RNA Helices not enabled when user created
1319             annotation added to alignment
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1323             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1324           </li>
1325         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1326         <ul>
1327           <li>
1328             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1329             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1330           </li>
1331           <li>
1332             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1333             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1334           </li>
1335
1336           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1337             when selected</li>
1338         </ul>
1339       </td>
1340     </tr>
1341     <tr>
1342       <td><div align="center">
1343           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1344         </div></td>
1345       <td>
1346         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1347         <em>General</em>
1348         <ul>
1349           <li>Internationalisation of user interface (usually
1350             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1351           <li>Define/Undefine group on current selection with
1352             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1353           <li>Improved group creation/removal options in
1354             alignment/sequence Popup menu</li>
1355           <li>Sensible precision for symbol distribution
1356             percentages shown in logo tooltip.</li>
1357           <li>Annotation panel height set according to amount of
1358             annotation when alignment first opened</li>
1359         </ul> <em>Application</em>
1360         <ul>
1361           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1362             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1363           <li>Select columns containing particular features from
1364             Feature Settings dialog</li>
1365           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1366             sequences</li>
1367           <li>Update Jalview project format:
1368             <ul>
1369               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1370               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1371                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1372               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1373                 colouring</li>
1374             </ul>
1375           </li>
1376           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1377             (PAM250)</li>
1378           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1379             flanking regions for an alignment</li>
1380         </ul>
1381       </td>
1382       <td>
1383         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1384         <ul>
1385           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1386             running after job is cancelled</li>
1387           <li>cannot export features from alignments imported from
1388             Jalview/VAMSAS projects</li>
1389           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1390             float values</li>
1391           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1392             have 'display all symbols' flag set</li>
1393           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1394             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1395           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1396             Jalview</li>
1397           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1398             Lion/Webstart</li>
1399           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1400           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1401           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1402             alignment onto desktop</li>
1403           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1404             'extract scores' function</li>
1405           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1406             alignment window</li>
1407           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1408             performing IUPred disorder prediction</li>
1409           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1410             changing 'normalise logo' display setting</li>
1411           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1412             nothing matches query</li>
1413           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1414             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1415           </li>
1416           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1417             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1418           </li>
1419           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1420             Jalview's menu</li>
1421           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1422             'invalid literal/length code'</li>
1423           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1424             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1425           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1426             colourscheme</li>
1427
1428         </ul> <em>Applet</em>
1429         <ul>
1430           <li>Remove group option is shown even when selection is
1431             not a group</li>
1432           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1433             don't affect groups</li>
1434           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1435             colourscheme name</li>
1436           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1437             Annotation panel is not displayed</li>
1438           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1439             embedded windows</li>
1440         </ul> <em>Other</em>
1441         <ul>
1442           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1443             single sequence were not calculated</li>
1444           <li>annotation files that contain only groups imported as
1445             annotation and junk sequences</li>
1446           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1447             recognised as PFAM or BLC</li>
1448           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1449             doesn't affect background (2.8.0b1)
1450           <li></li>
1451           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1452           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1453             trailing gaps</li>
1454           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1455             registered correctly on import</li>
1456           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1457             certain alignments</li>
1458           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1459             existing annotation based 'use original colours'
1460             colourscheme loses original colours setting</li>
1461         </ul>
1462       </td>
1463     </tr>
1464     <tr>
1465       <td><div align="center">
1466           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1467             <em>30/1/2014</em></strong>
1468         </div></td>
1469       <td>
1470         <ul>
1471           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1472             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1473             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1474             open source project).
1475           </li>
1476           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1477           </li>
1478           <li>Output in Stockholm format</li>
1479           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1480           <li>Export/import group and sequence associated line
1481             graph thresholds</li>
1482           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1483             ambiguity codes</li>
1484           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1485             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1486             works</li>
1487           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1488         </ul> <em>Other improvements</em>
1489         <ul>
1490           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1491           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1492             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1493           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1494             files</li>
1495           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1496           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1497             link but no description</li>
1498           <li>Select primary source when selecting authority in
1499             database fetcher GUI</li>
1500           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1501             Jalview</li>
1502           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1503         </ul>
1504       </td>
1505       <td>
1506         <ul>
1507           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1508             displayed</li>
1509           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1510             secondary structure annotation line</li>
1511           <li>Sequence database accessions not imported when
1512             fetching alignments from Rfam</li>
1513           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1514             identical IDs</li>
1515           <li>View all structures does not always superpose
1516             structures</li>
1517           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1518             reflect user or preset settings</li>
1519           <li>Null pointer exceptions for some services without
1520             presets or adjustable parameters</li>
1521           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1522             discover PDB xRefs</li>
1523           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1524             features with DAS</li>
1525           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1526             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1527           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1528             residue follows a gap</li>
1529           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1530             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1531           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1532             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1533           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1534             annotation already exists on alignment</li>
1535           <li>oninit javascript function should be called after
1536             initialisation completes</li>
1537           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1538             alignment window display</li>
1539           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1540           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1541             to annotation file</li>
1542           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1543             groups created</li>
1544           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1545             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1546           <li>Pressing return several times causes Number Format
1547             exceptions in keyboard mode</li>
1548           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1549             correct partitions for input data</li>
1550           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1551           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1552           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1553           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1554             mode</li>
1555           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1556             changes one row&#39;s threshold</li>
1557           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1558             doesn&#39;t open</li>
1559           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1560             quality histograms</li>
1561         </ul>
1562       </td>
1563     </tr>
1564     <tr>
1565       <td><div align="center">
1566           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1567         </div></td>
1568       <td><em>Application</em>
1569         <ul>
1570           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1571             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1572           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1573             preferences</li>
1574           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1575             in Jalview alignment window</li>
1576           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1577             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1578           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1579             RNA and ambiguity codes</li>
1580
1581           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1582           <li>Support fetching and database reference look up
1583             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1584             refs')</li>
1585           <li>Jalview project improvements
1586             <ul>
1587               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1588                 flag for annotation</li>
1589               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1590                 alignment</li>
1591               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1592                 Jalview project</li>
1593
1594             </ul>
1595           </li>
1596           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1597           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1598             running</li>
1599           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1600           <li>visual indication that web service results are still
1601             being retrieved from server</li>
1602           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1603             starts up for first time</li>
1604           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1605             services</li>
1606           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1607             client library</li>
1608           <li>Examples directory and Groovy library included in
1609             InstallAnywhere distribution</li>
1610         </ul> <em>Applet</em>
1611         <ul>
1612           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1613             visualization applet example</li>
1614         </ul> <em>General</em>
1615         <ul>
1616           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1617           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1618             defaults</li>
1619           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1620             calculation</li>
1621           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1622             matrices
1623           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1624             in HTML</li>
1625           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1626             structure contacts</li>
1627           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1628           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1629           <li>Parse sequence associated secondary structure
1630             information in Stockholm files</li>
1631           <li>HTML Export database accessions and annotation
1632             information presented in tooltip for sequences</li>
1633           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1634             style RNA alignment files</li>
1635           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1636             alignment</li>
1637           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1638             shade each sequence according to its associated alignment
1639             annotation</li>
1640           <li>New Jalview Logo</li>
1641         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1642         <ul>
1643           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1644           <li>New Website!</li>
1645         </ul></td>
1646       <td><em>Application</em>
1647         <ul>
1648           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1649             wsdbfetch REST service</li>
1650           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1651           <li>Filetype associations not installed for webstart
1652             launch</li>
1653           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1654             job execution in full once it is complete</li>
1655           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1656             uploaded via ali_file parameter</li>
1657           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1658           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1659           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1660             submitted for prediction</li>
1661           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1662             desktop window</li>
1663           <li>Putting fractional value into integer text box in
1664             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1665           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1666             windows 7</li>
1667           <li>View all structures fails with exception shown in
1668             structure view</li>
1669           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1670             escaped in a platform independent way</li>
1671           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1672             using proxy</li>
1673           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1674             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1675           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1676             failure when java web start temporary file caching is
1677             disabled</li>
1678           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1679             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1680           <li>Errors during processing of command line arguments
1681             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1682           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1683             DAS sources in sequence fetcher</li>
1684           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1685             dialog is shown</li>
1686           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1687           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1688           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1689           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1690             on OSX Mountain Lion</li>
1691           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1692             sequences with alignment annotation are pasted into the
1693             alignment</li>
1694           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1695             when loaded from Jalview project</li>
1696           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1697           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1698             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1699           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1700             associated with all views</li>
1701           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1702             annotation rows to new window</li>
1703         </ul> <em>Applet</em>
1704         <ul>
1705           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1706             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1707           <li>loading features via javascript API automatically
1708             enables feature display</li>
1709           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1710             work</li>
1711         </ul> <em>General</em>
1712         <ul>
1713           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1714           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1715             and then deselected</li>
1716           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1717           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1718             coloured with clustalx</li>
1719           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1720             exceptions and redraw errors</li>
1721           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1722             reconfigured view</li>
1723           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1724             colour</li>
1725           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1726             for lots of labels</li>
1727         </ul>
1728     </tr>
1729     <tr>
1730       <td>
1731         <div align="center">
1732           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1733         </div>
1734       </td>
1735       <td><em>Application</em>
1736         <ul>
1737           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1738           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1739           <li>View/alignment association menu to enable user to
1740             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1741             its colours/correspondences from</li>
1742           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1743           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1744             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1745           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1746           <li>Annotation row column label formatting attributes
1747             stored in project file</li>
1748           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1749             rows preserved in Jalview project file</li>
1750           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1751             saved using Desktop window menu</li>
1752           <li>Visual indication that command line arguments are
1753             still being processed</li>
1754           <li>Groovy script execution from URL</li>
1755           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1756             preferences</li>
1757           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1758             alignment with sequences that have high similarity and
1759             matching IDs</li>
1760           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1761           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1762             structures in same window</li>
1763           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1764           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1765             analysis function in its own submenu</li>
1766         </ul> <em>Applet</em>
1767         <ul>
1768           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1769             groups</li>
1770           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1771           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1772           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1773           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1774           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1775             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1776           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1777           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1778             parameters are treated as such</li>
1779           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1780             <ul>
1781               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1782               <li>Javascript callbacks for
1783                 <ul>
1784                   <li>Applet initialisation</li>
1785                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1786                 </ul>
1787               </li>
1788               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1789                 functions</li>
1790               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1791               <li>javascript structure viewer harness to pass
1792                 messages between Jmol and Jalview when running as
1793                 distinct applets</li>
1794               <li>sortBy method</li>
1795               <li>Set of applet and application examples shipped
1796                 with documentation</li>
1797               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1798                 javascript message exchange</li>
1799             </ul>
1800         </ul> <em>General</em>
1801         <ul>
1802           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1803             multiple alignments</li>
1804           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1805           <li>User configurable link to enable redirects to a
1806             www.Jalview.org mirror</li>
1807           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1808           <li>Configurable newline string when writing alignment
1809             and other flat files</li>
1810           <li>Allow alignment annotation description lines to
1811             contain html tags</li>
1812         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1813         <ul>
1814           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1815             examples</li>
1816           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1817             using a web service before displaying the result in the
1818             Jalview desktop</li>
1819           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1820           <li>Ant target to publish example html files with applet
1821             archive</li>
1822           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1823           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1824         </ul></td>
1825       <td><em>Application</em>
1826         <ul>
1827           <li>User defined colourscheme throws exception when
1828             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1829           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1830             dialog for valid filename/format</li>
1831           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1832           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1833             P37173</li>
1834           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1835             which sequence is to be associated with the file</li>
1836           <li>Find All raises null pointer exception when query
1837             only matches sequence IDs</li>
1838           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1839           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1840             2.4 cannot be loaded</li>
1841           <li>Filetype associations not installed for webstart
1842             launch</li>
1843           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1844             with sequences in different alignments do not get coloured
1845             by their associated sequence</li>
1846           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1847             not preserved when project is loaded</li>
1848           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1849             stored in Jalview project</li>
1850           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1851             Jalview project</li>
1852           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1853           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1854             by conservation</li>
1855           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1856             created on new view</li>
1857           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1858             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1859           <li>Alignment quality not updated after alignment
1860             annotation row is hidden then shown</li>
1861           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1862             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1863           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1864             properly</li>
1865           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1866             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1867           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1868           <li>Structures imported from file and saved in project
1869             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1870           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1871             job execution in full once it is complete</li>
1872         </ul> <em>Applet</em>
1873         <ul>
1874           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1875             annotation rows are displayed</li>
1876           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1877             codebase</li>
1878           <li>View follows highlighting does not work for positions
1879             in sequences</li>
1880           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1881           <li>Export features raises exception when no features
1882             exist</li>
1883           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1884             for javascript api is modified when separator string
1885             provided as parameter</li>
1886           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1887             alignment with no existing selection</li>
1888           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1889             to applet&#39;s codebase</li>
1890           <li>Status bar not updated after finished searching and
1891             search wraps around to first result</li>
1892           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1893             several Jalview applets causes race conditions and memory
1894             leaks</li>
1895           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1896             not sent from Jmol in applet</li>
1897           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1898             applet API fatally hang browser</li>
1899         </ul> <em>General</em>
1900         <ul>
1901           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1902             position with wrapped view and hidden regions</li>
1903           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1904             with/without hidden columns</li>
1905           <li>Sequence length given in alignment properties window
1906             is off by 1</li>
1907           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1908             import PDB like structure files</li>
1909           <li>Positional search results are only highlighted
1910             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1911           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1912           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1913             given sequence position</li>
1914           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1915             output</li>
1916           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1917             from nucleotide chains correctly</li>
1918           <li>Structure colours not updated when tree partition
1919             changed in alignment</li>
1920           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1921             parsed in interleaved stockholm</li>
1922           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1923             state</li>
1924           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1925             properly</li>
1926           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1927             properly associated with their pdb files</li>
1928         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1929         <ul>
1930           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1931             ApplyCopyright tool</li>
1932         </ul></td>
1933     </tr>
1934     <tr>
1935       <td>
1936         <div align="center">
1937           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1938         </div>
1939       </td>
1940       <td><em>Application</em>
1941         <ul>
1942           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1943             contact web services</li>
1944           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1945             service job window</li>
1946           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1947         </ul></td>
1948       <td>
1949         <ul>
1950           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1951             pir file emitted by Jalview</li>
1952           <li>Existing feature settings transferred to new
1953             alignment view created from cut'n'paste</li>
1954           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1955             parsing PDB files</li>
1956           <li>Consensus and conservation annotation rows
1957             occasionally become blank for all new windows</li>
1958           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1959             in wrapped view mode</li>
1960         </ul> <em>Application</em>
1961         <ul>
1962           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1963             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1964           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1965             parameter names</li>
1966           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1967             is down</li>
1968         </ul>
1969       </td>
1970     </tr>
1971     <tr>
1972       <td>
1973         <div align="center">
1974           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1975         </div>
1976       </td>
1977       <td><em>Application</em>
1978         <ul>
1979           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1980             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1981             (JABAWS)
1982           </li>
1983           <li>Web Services preference tab</li>
1984           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1985             preferences</li>
1986           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1987           <li>Superpose structures using associated sequence
1988             alignment</li>
1989           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1990             viewer</li>
1991         </ul> <em>Applet</em>
1992         <ul>
1993           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1994             link out mechanism</li>
1995         </ul> <em>Other</em>
1996         <ul>
1997           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1998             series 12</li>
1999           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2000             require Java 1.5</li>
2001           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2002             sequence annotation files</li>
2003           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2004             type colour specification</li>
2005           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2006             script to check if it being run in an interactive session or
2007             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2008         </ul></td>
2009       <td>
2010         <ul>
2011           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2012             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2013         </ul> <em>Application</em>
2014         <ul>
2015           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2016             selected Regions menu item</li>
2017           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2018             part of a valid accession ID</li>
2019           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2020             runs out of memory</li>
2021           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2022             analysis results</li>
2023           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2024             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2025           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2026         </ul> <em>Applet</em>
2027         <ul>
2028           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2029             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2030             defined.</li>
2031         </ul>
2032       </td>
2033     </tr>
2034     <tr>
2035       <td>
2036         <div align="center">
2037           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2038         </div>
2039       </td>
2040       <td></td>
2041       <td>
2042         <ul>
2043           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2044             sequence IDs</li>
2045           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2046             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2047           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2048             import correctly</li>
2049           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2050             number of columns are hidden</li>
2051           <li>annotation label popup menu not providing correct
2052             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2053             present</li>
2054           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2055             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2056           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2057             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2058
2059         </ul> <em>Applet</em>
2060         <ul>
2061           <li>annotation panel disappears when annotation is
2062             hidden/removed</li>
2063         </ul> <em>Application</em>
2064         <ul>
2065           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2066             alignment opened where annotation panel is visible but no
2067             annotations are present on alignment</li>
2068           <li>pasted region containing hidden columns is
2069             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2070           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2071             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2072           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2073             selected Rregions menu item.</li>
2074           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2075             'Un' or 'Non'conserved</li>
2076           <li>Sequence feature settings are being shared by
2077             multiple distinct alignments</li>
2078           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2079             changed</li>
2080           <li>double click on group annotation to select sequences
2081             does not propagate to associated trees</li>
2082           <li>Mac OSX specific issues:
2083             <ul>
2084               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2085                 window background</li>
2086               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2087                 name set correctly</li>
2088               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2089                 save feature colourscheme button</li>
2090             </ul>
2091           </li>
2092         </ul>
2093       </td>
2094     </tr>
2095     <tr>
2096
2097       <td>
2098         <div align="center">
2099           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2100         </div>
2101       </td>
2102       <td><em>New Capabilities</em>
2103         <ul>
2104           <li>URL links generated from description line for
2105             regular-expression based URL links (applet and application)
2106
2107
2108
2109
2110
2111
2112           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2113             menu</li>
2114           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2115             structures</li>
2116           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2117             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2118           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2119             average score or total feature count for each sequence.</li>
2120           <li>Shading features by score or associated description</li>
2121           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2122             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2123           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2124             hide everything but the currently selected region.</li>
2125           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2126         </ul> <em>Application</em>
2127         <ul>
2128           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2129             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2130           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2131             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2132           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2133             database references and protein_name is parsed as
2134             description line (BioSapiens terms).</li>
2135           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2136             references in sequence ID tooltip from View menu in
2137             application.</li>
2138           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2139                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2140           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2141             conservation plots</li>
2142           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2143             and visualized as sequence logos</li>
2144           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2145             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2146           </li>
2147           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2148             when a new tree is opened.</li>
2149           <li>Jalview Java Console</li>
2150           <li>Better placement of desktop window when moving
2151             between different screens.</li>
2152           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2153             consensus annotation</li>
2154           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2155             Workflows</li>
2156           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2157             <ul>
2158               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2159                 used to preserve views, structures, and tree display
2160                 settings)</li>
2161               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2162                 command line</li>
2163               <li>Sharing of selected regions between views and
2164                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2165               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2166             </ul></li>
2167         </ul> <em>Applet</em>
2168         <ul>
2169           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2170           <li>New Parameters
2171             <ul>
2172               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2173                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2174                 opened.</li>
2175               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2176                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2177               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2178                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2179               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2180                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2181                 view</li>
2182               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2183                 increase the height or width of a cell in the alignment
2184                 grid relative to the current font size.</li>
2185             </ul>
2186           </li>
2187           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2188             tooltip</li>
2189         </ul> <em>Other</em>
2190         <ul>
2191           <li>Features format: graduated colour definitions and
2192             specification of feature scores</li>
2193           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2194             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2195             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2196           <li>XML formats extended to support graduated feature
2197             colourschemes, group associated annotation, and profile
2198             visualization settings.</li></td>
2199       <td>
2200         <ul>
2201           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2202             rather than description</li>
2203           <li>Non-positional features are now included in sequence
2204             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2205             visibility in tooltip).</li>
2206           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2207           <li>Added URL embedding instructions to features file
2208             documentation.</li>
2209           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2210             'X' in peptide product</li>
2211           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2212             sequence ID and sequence string and query strings do not
2213             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2214           <li>AMSA files only contain first column of
2215             multi-character column annotation labels</li>
2216           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2217             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2218             exported and re-imported)</li>
2219           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2220             name</li>
2221           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2222             as subsequence matches, and correctly reports total number
2223             of both.</li>
2224           <li>Application:
2225             <ul>
2226               <li>Better handling of exceptions during sequence
2227                 retrieval</li>
2228               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2229                 link text excludes the start_end suffix</li>
2230               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2231                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2232               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2233               <li>Sequence description lines properly shared via
2234                 VAMSAS</li>
2235               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2236                 data sources</li>
2237               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2238                 completes before alignment figures are generated.</li>
2239               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2240                 first time.</li>
2241               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2242                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2243               <li>User defined group colours properly recovered
2244                 from Jalview projects.</li>
2245             </ul>
2246           </li>
2247         </ul>
2248       </td>
2249
2250     </tr>
2251     <tr>
2252       <td>
2253         <div align="center">
2254           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2255         </div>
2256       </td>
2257       <td>
2258         <ul>
2259           <li>Experimental support for google analytics usage
2260             tracking.</li>
2261           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2262         </ul>
2263       </td>
2264       <td>
2265         <ul>
2266           <li>Race condition in applet preventing startup in
2267             jre1.6.0u12+.</li>
2268           <li>Exception when feature created from selection beyond
2269             length of sequence.</li>
2270           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2271           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2272             all sequences with a given id</li>
2273           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2274             ID string searches</li>
2275           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2276             alignment to fail with exception</li>
2277         </ul> <em>Application Issues</em>
2278         <ul>
2279           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2280           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2281             data sources</li>
2282         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2283         <ul>
2284           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2285             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2286           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2287             version (java class versioning error fixed)</li>
2288         </ul>
2289       </td>
2290     </tr>
2291     <tr>
2292       <td>
2293
2294         <div align="center">
2295           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2296         </div>
2297       </td>
2298       <td><em>User Interface</em>
2299         <ul>
2300           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2301             translation and protein products</li>
2302           <li>Linked highlighting of structure associated with
2303             residue mapping to codon position</li>
2304           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2305             and 'clear' button</li>
2306           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2307             Tools menu</li>
2308           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2309             numeric data in description line</li>
2310           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2311           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2312             of sequence</li>
2313         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2314         <ul>
2315           <li>JPred3 web service</li>
2316           <li>Prototype sequence search client (no public services
2317             available yet)</li>
2318           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2319             PFAM</li>
2320           <li>URL Links created for matching database cross
2321             references as well as sequence ID</li>
2322           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2323         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2324         <ul>
2325           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2326             databases</li>
2327           <li>Generalised database reference retrieval and
2328             validation to all fetchable databases</li>
2329           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2330             sequence command</li>
2331         </ul> <em>Import and Export</em>
2332         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2333         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2334           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2335         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2336           File</li>
2337         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2338           triplet as name of colourscheme</li>
2339         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2340         <ul>
2341           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2342           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2343             alignments (experimental)</li>
2344           <li>Create new or select existing session to join</li>
2345           <li>load and save of vamsas documents</li>
2346         </ul> <em>Application command line</em>
2347         <ul>
2348           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2349             from applet)</li>
2350           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2351             of DAS servers to query for alignment features</li>
2352           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2353             that are also automatically queried for features</li>
2354           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2355             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2356         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2357         <ul>
2358           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2359             application (when using &quot;View in full
2360             application&quot;)</li>
2361         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2362         <ul>
2363           <li>feature group display control parameter</li>
2364           <li>debug parameter</li>
2365           <li>showbutton parameter</li>
2366         </ul> <em>Applet API methods</em>
2367         <ul>
2368           <li>newView public method</li>
2369           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2370           <li>Feature display control methods</li>
2371           <li>get list of currently selected sequences</li>
2372         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2373         <ul>
2374           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2375           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2376             Jalview release.</li>
2377           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2378             property controls execution of obfuscator</li>
2379           <li>Build target for generating source distribution</li>
2380           <li>Debug flag for javacc</li>
2381           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2382             jalview.bin.Cache</li>
2383           <li>Continuous Build Integration for stable and
2384             development version of Application, Applet and source
2385             distribution</li>
2386         </ul></td>
2387       <td>
2388         <ul>
2389           <li>selected region output includes visible annotations
2390             (for certain formats)</li>
2391           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2392             for editing</li>
2393           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2394           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2395           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2396           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2397             comments</li>
2398           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2399             filenames containing a ':'</li>
2400           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2401             global sequence features</li>
2402           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2403             references from alignment sequences goes to zero</li>
2404           <li>Close of tree branch colour box without colour
2405             selection causes cascading exceptions</li>
2406           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2407           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2408             file parsing fails.</li>
2409           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2410           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2411             not a valid output format</li>
2412           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2413             vamsas</li>
2414           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2415           <li>error messages passed up and output when data read
2416             fails</li>
2417           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2418             sequence is edited</li>
2419           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2420             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2421           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2422             filetype</li>
2423           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2424             import fixed for PFAM records</li>
2425           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2426             window list</li>
2427           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2428             can be read and written correctly to annotation file</li>
2429           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2430             correctly</li>
2431           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2432             non-italic font for representatives in Applet</li>
2433           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2434             Macs.</li>
2435           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2436             Applet)</li>
2437           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2438             due to null pointer exceptions</li>
2439           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2440             first column of alignment</li>
2441           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2442             July 2008</li>
2443           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2444             file is case-insensitive</li>
2445           <li>Sequence features read from Features file appended to
2446             all sequences with matching IDs</li>
2447           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2448             containing a sub-sequence</li>
2449           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2450           <li>feature and annotation file applet parameters
2451             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2452           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2453           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2454             splash-screen version check to complete</li>
2455           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2456             when passing them to the launchApp service</li>
2457           <li>display name and local features preserved in results
2458             retrieved from web service</li>
2459           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2460             sequence fetcher initialisation</li>
2461           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2462             dasobert DAS client</li>
2463           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2464             association</li>
2465           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2466             sequences
2467           </li>
2468         </ul>
2469       </td>
2470     </tr>
2471     <tr>
2472       <td>
2473         <div align="center">
2474           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2475         </div>
2476       </td>
2477       <td>
2478         <ul>
2479           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2480           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2481           <li>Slide sequences</li>
2482           <li>Edit sequence in place</li>
2483           <li>EMBL CDS features</li>
2484           <li>DAS Feature mapping</li>
2485           <li>Feature ordering</li>
2486           <li>Alignment Properties</li>
2487           <li>Annotation Scores</li>
2488           <li>Sort by scores</li>
2489           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2490         </ul>
2491       </td>
2492       <td>
2493         <ul>
2494           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2495           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2496           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2497           <li>Feature group display state in XML</li>
2498           <li>Feature ordering in XML</li>
2499           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2500           <li>Stockholm alignment properties</li>
2501           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2502           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2503           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2504           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2505         </ul>
2506       </td>
2507
2508     </tr>
2509     <tr>
2510       <td>
2511         <div align="center">
2512           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2513         </div>
2514       </td>
2515       <td>
2516         <ul>
2517           <li>Non standard characters can be read and displayed
2518           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2519             applet via textbox
2520           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2521             name &amp; description
2522           <li>Preference setting to display sequence name in
2523             italics
2524           <li>Annotation file format extended to allow
2525             Sequence_groups to be defined
2526           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2527             specified in preferences
2528           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2529             sequences
2530         </ul>
2531       </td>
2532       <td>
2533         <ul>
2534           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2535             installed
2536           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2537           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2538         </ul>
2539       </td>
2540     </tr>
2541     <tr>
2542       <td>
2543         <div align="center">
2544           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2545         </div>
2546       </td>
2547       <td>
2548         <ul>
2549           <li>Multiple views on alignment
2550           <li>Sequence feature editing
2551           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2552           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2553           <li>Background dependent text colour
2554           <li>Right align sequence ids
2555           <li>User-defined lower case residue colours
2556           <li>Format Menu
2557           <li>Select Menu
2558           <li>Menu item accelerator keys
2559           <li>Control-V pastes to current alignment
2560           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2561           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2562           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2563
2564
2565
2566
2567
2568
2569           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2570         </ul>
2571       </td>
2572       <td>
2573         <ul>
2574           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2575           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2576             calculations
2577           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2578             edits
2579           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2580             of alignment)
2581           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2582
2583
2584
2585
2586
2587
2588           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2589             display correctly
2590           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2591           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2592             analysis results
2593           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2594             &#8739;
2595           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2596           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2597           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2598
2599
2600
2601
2602
2603
2604         </ul>
2605       </td>
2606     </tr>
2607     <tr>
2608       <td>
2609         <div align="center">
2610           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2611         </div>
2612       </td>
2613       <td>
2614         <ul>
2615           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2616         </ul>
2617       </td>
2618       <td>
2619         <ul>
2620           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2621             sequence id panel has been resized</li>
2622           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2623             rendered</li>
2624           <li>Annotation files with sequence references - all
2625             elements in file are relative to sequence position</li>
2626           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2627         </ul>
2628       </td>
2629     </tr>
2630     <tr>
2631       <td>
2632         <div align="center">
2633           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2634         </div>
2635       </td>
2636       <td>
2637         <ul>
2638           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2639           <li>DAS Feature fetching</li>
2640           <li>Hide sequences and columns</li>
2641           <li>Export Annotations and Features</li>
2642           <li>GFF file reading / writing</li>
2643           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2644             files</li>
2645           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2646           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2647           <li>Applet can launch the full application</li>
2648           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2649             required)</li>
2650           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2651           <li>Applet can load sequences from parameter
2652             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2653           </li>
2654         </ul>
2655       </td>
2656       <td>
2657         <ul>
2658           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2659           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2660           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2661         </ul>
2662       </td>
2663     </tr>
2664     <tr>
2665       <td>
2666         <div align="center">
2667           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2668         </div>
2669       </td>
2670       <td>
2671         <ul>
2672           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2673           <li>Choose to match case when searching</li>
2674           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2675             expand the visible width and height of the alignment</li>
2676         </ul>
2677       </td>
2678       <td>
2679         <ul>
2680           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2681         </ul>
2682       </td>
2683     </tr>
2684     <tr>
2685       <td>
2686         <div align="center">
2687           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2688         </div>
2689       </td>
2690       <td>&nbsp;</td>
2691       <td>
2692         <ul>
2693           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2694           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2695             value</li>
2696         </ul>
2697       </td>
2698     </tr>
2699     <tr>
2700       <td>
2701         <div align="center">
2702           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2703         </div>
2704       </td>
2705       <td>
2706         <ul>
2707           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2708           <li>Keyboard editing</li>
2709           <li>Create sequence features from searches</li>
2710           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2711             alignments</li>
2712           <li>Features file allows grouping of features</li>
2713           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2714           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2715           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2716         </ul>
2717       </td>
2718       <td>
2719         <ul>
2720           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2721           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2722             descriptions saved.</li>
2723         </ul>
2724       </td>
2725     </tr>
2726     <tr>
2727       <td>
2728         <div align="center">
2729           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2730         </div>
2731       </td>
2732       <td>
2733         <ul>
2734           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2735           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2736           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2737             name for file output</li>
2738           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2739           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2740             used for HTML form input</li>
2741         </ul>
2742       </td>
2743       <td>
2744         <ul>
2745           <li>HTML output writes groups and features</li>
2746           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2747           <li>File IO bugs</li>
2748         </ul>
2749       </td>
2750     </tr>
2751     <tr>
2752       <td>
2753         <div align="center">
2754           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2755         </div>
2756       </td>
2757       <td>
2758         <ul>
2759           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2760           <li>More options for PCA viewer</li>
2761         </ul>
2762       </td>
2763       <td>
2764         <ul>
2765           <li>GUI bugs resolved</li>
2766           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2767         </ul>
2768       </td>
2769     </tr>
2770     <tr>
2771       <td height="63">
2772         <div align="center">
2773           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2774         </div>
2775       </td>
2776       <td>
2777         <ul>
2778           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2779           <li>Jar files are executable</li>
2780           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2781         </ul>
2782       </td>
2783       <td>
2784         <ul>
2785           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2786           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2787           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2788         </ul>
2789       </td>
2790     </tr>
2791     <tr>
2792       <td>
2793         <div align="center">
2794           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2795         </div>
2796       </td>
2797       <td>
2798         <ul>
2799           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2800         </ul>
2801       </td>
2802       <td>
2803         <ul>
2804           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2805         </ul>
2806       </td>
2807     </tr>
2808     <tr>
2809       <td>
2810         <div align="center">
2811           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2812         </div>
2813       </td>
2814       <td>
2815         <ul>
2816           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2817             size</li>
2818         </ul>
2819       </td>
2820       <td>
2821         <ul>
2822           <li>Improved JPred client reliability</li>
2823           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2824         </ul>
2825       </td>
2826     </tr>
2827     <tr>
2828       <td>
2829         <div align="center">
2830           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2831         </div>
2832       </td>
2833       <td>
2834         <ul>
2835           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2836           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2837           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2838             to Colour Menu</li>
2839           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2840           <li>Unix users can set default web browser</li>
2841           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2842           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2843         </ul>
2844       </td>
2845       <td>
2846         <ul>
2847           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2848         </ul>
2849       </td>
2850     </tr>
2851     <tr>
2852       <td>
2853         <div align="center">
2854           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2855         </div>
2856       </td>
2857       <td>&nbsp;</td>
2858       <td>
2859         <ul>
2860           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2861             alignment order.</li>
2862         </ul>
2863       </td>
2864     </tr>
2865     <tr>
2866       <td>
2867         <div align="center">
2868           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2869         </div>
2870       </td>
2871       <td>
2872         <ul>
2873           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2874           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2875           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2876             annotations.</li>
2877           <li>Version and build date written to build properties
2878             file.</li>
2879           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2880             at launch of Jalview.</li>
2881         </ul>
2882       </td>
2883       <td>
2884         <ul>
2885           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2886           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2887           <li>Can remove groups one by one.</li>
2888           <li>Filechooser icons installed.</li>
2889           <li>Finder ignores return character when searching.
2890             Return key will initiate a search.<br>
2891           </li>
2892         </ul>
2893       </td>
2894     </tr>
2895     <tr>
2896       <td>
2897         <div align="center">
2898           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2899         </div>
2900       </td>
2901       <td>
2902         <ul>
2903           <li>New codebase</li>
2904         </ul>
2905       </td>
2906       <td>&nbsp;</td>
2907     </tr>
2908   </table>
2909   <p>&nbsp;</p>
2910 </body>
2911 </html>