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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>8/8/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94           <li><!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent</li>
  95           <li><!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example included in the example feature file</li>
  96           </ul>
  97           <em>Application</em>
  98           <ul>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-2447 -->
 101               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 102               menu to hide or show untested features in the application.
 103             </li>
 104             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 105           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 106           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 107           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 108           </ul>
 109           <em>Experimental features</em>
 110           <ul>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 113               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 114               features, and vice-versa.
 115             </li>
 116           </ul>
 117           <em>Applet</em>
 118           <ul>
 119           <li><!--  --></li>
 120           </ul>
 121           <em>Test Suite</em>
 122           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 123           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 124           <li><!--  -->
 125           </ul>
 126           </div></td><td><div align="left">
 127           <em>General</em>
 128           <ul>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 131               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored with
 132               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 136               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 137               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 138               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 139               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 140               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 141               Jalview's PCAs were different to those produced by
 142               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 143               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 144               behaviour<br />
 145               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 146               2.10.1 mode<br />
 147               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 148               restore 2.10.2 mode
 149             </li>
 150             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 151           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 152           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 153           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 154           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 155           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 156           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 157           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 158           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 159           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 160           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 161           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 162           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 163           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 164           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 165           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 166           <li><!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to load</li>
 167             <li><!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog ortholog database</li>
 168             <li><!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not restored to UI when feature colour is edited</li>
 169             <li><!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected when rendered on overview and structures when opacity at 100%</li>
 170             <li><!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update as graduate feature colour settings are modified via the dialog box</li>
 171             <li><!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at a time when scrolling vertically in wrapped mode.</li>
 172             <li><!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update when a group defined on the alignment is resized</li>
 173             <li><!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in wrapped view result in positional status updates</li>
 174           </ul>
 175           <em>Application</em>
 176           <ul>
 177           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 178           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 179           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 180           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 181           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 182           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 183           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 184           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 185           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 186           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 187           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 188           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 191               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 192               the project is loaded and the structure viewed
 193             </li>
 194             <li><!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode</li>
 195             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 196             <li><!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes gaps in selection, current sequence and only within selected columns</li>
 197           </ul>
 198           <em>Applet</em>
 199           <ul>
 200           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 201           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 202           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 203           </ul>
 204           <em>New Known Issues</em>
 205           <ul>
 206           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 207           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 208           </ul>
 209
 210           </div>
 211     <tr>
 212       <td width="60" nowrap>
 213         <div align="center">
 214           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 215             <em>29/11/2016</em></strong>
 216         </div>
 217       </td>
 218       <td><div align="left">
 219           <em>General</em>
 220           <ul>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 223               for all consensus calculations
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 227             </li>
 228             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 229               for 2016-2017</li>
 230           </ul>
 231           <em>Application</em>
 232           <ul>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 235               set of database cross-references, sorted alphabetically
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 239               from database cross references. Users with custom links
 240               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 241                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 245               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 246               Chimera session
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 250               the Chimera it is connected to is shut down
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 254               columns menu item to mark columns containing
 255               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 256               of a Find operation)
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 260               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 261               MSAviewer
 262             </li>
 263           </ul>
 264         </div></td>
 265       <td>
 266         <div align="left">
 267           <em>General</em>
 268           <ul>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 271               are not coloured or thresholded according to percent
 272               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 276               hydrophobic
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 280               threshold, amino acid properties)
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 284               reported as mapped to residues in a structure file in the
 285               View Mapping report
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 289               could be added multiple times to a sequence
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 293               bond features shown as two highlighted residues rather
 294               than a range in linked structure views, and treated
 295               correctly when selecting and computing trees from features
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 299               cross-references are matched to database name regardless
 300               of case
 301             </li>
 302
 303           </ul>
 304           <em>Application</em>
 305           <ul>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 308               names without regular expressions also offer links from
 309               Sequence ID
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 313               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 314               update Jalview configuration
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 318               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 322               files with similarly named sequences if dropped onto the
 323               alignment
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 327               entries where more chains exist in the PDB accession than
 328               are reported in the SIFTS file
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 332               the structure view when displayed with Chimera
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 336               panel's View->Show Chains submenu
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 340               work for wrapped alignment views
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 344               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 348               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 349               first annotation row
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 353               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 354             </li>
 355             <li>
 356             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 357             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 358           </ul>
 359 <!--           <em>New Known Issues</em>
 360           <ul>
 361             <li></li>
 362           </ul> -->
 363         </div>
 364       </td>
 365     </tr>
 366       <td width="60" nowrap>
 367         <div align="center">
 368           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 369             <em>25/10/2016</em></strong>
 370         </div>
 371       </td>
 372       <td><em>Application</em>
 373         <ul>
 374           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 375             view if structures already loaded</li>
 376           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 377             structure views</li>
 378         </ul></td>
 379       <td>
 380         <div align="left">
 381           <em>General</em>
 382           <ul>
 383             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 384               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 385             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 386               example sequences/projects/trees</li>
 387           </ul>
 388           <em>Application</em>
 389           <ul>
 390             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 391               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 392             <li>Multiple structure views can be opened and
 393               superposed without timeout for structures with multiple
 394               models or multiple sequences in alignment</li>
 395             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 396               a PDB ID HEADER line</li>
 397             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 398               superposition is performed</li>
 399             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 400               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 401             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 402             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 403               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 404               Refs UI option</li>
 405             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 406               view is created on the alignment</li>
 407             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 408               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 409               to open group pop-up menu</li>
 410           </ul>
 411           <em>Build and deployment</em>
 412           <ul>
 413             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 414               tags</li>
 415           </ul>
 416           <em>New Known Issues</em>
 417           <ul>
 418             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 419               work on Windows</li>
 420           </ul>
 421         </div>
 422       </td>
 423     </tr>
 424     <tr>
 425       <td width="60" nowrap>
 426         <div align="center">
 427           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 428         </div>
 429       </td>
 430       <td><em>General</em>
 431         <ul>
 432           <li>
 433           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 437             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 438             better PDB parsing.
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 442             reference sequence
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 446             mousing over sequence associated annotation
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 450             for manual entry
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 454             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 455             for each column
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 459             showing or hiding columns containing a feature
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 463             group and sequence associated annotation labels
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 467             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 468             dialogs
 469           </li>
 470
 471         </ul> <em>Application</em>
 472         <ul>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 475             gene/transcript view
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 479             dialog
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 483             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 487             Pfam sources to xfam.org
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 494             over sequences in Jalview
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 498             regions in ENA and EMBL
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 502             for record retrieval via ENA rest API
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 506             complement operator
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 510             groovy script execution
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 514             alignment window's Calculate menu
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 518             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 522             calculation workers from groovy scripts
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 526             Jalview projects
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 530             associations are now saved/restored from project
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 534             before sequence fetcher is opened
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 538             database chooser opens a sequence fetcher
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 542             the UniProt REST API
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 546             the news reader opening
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 550             querying stored in preferences
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 554             search results
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 561             menu for nucleotide sequences
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 565             and feature counts preserves alignment ordering (and
 566             debugged for complex feature sets).
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 570             viewing structures with Jalview 2.10
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 574             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 575             Ensembl Genomes REST API
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 579             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 580             (Ensembl)
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 584             sequences
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 588             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 589             data from external database records.
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 593             efficient recovery of sequence coding and alignment
 594             annotation relationships.
 595           </li>
 596         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 597         <ul>
 598           <li>
 599             -- JAL---
 600           </li>
 601         </ul> --></td>
 602       <td>
 603         <div align="left">
 604           <em>General</em>
 605           <ul>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 608               menu on OSX
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 612               includes graduated colourschemes
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 616               working with big alignments and lots of hidden columns
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 620               at right of alignment window
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 624               contents
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 628               for DNA alignments
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 632               based tree calculation
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 636               unconserved enabled for group on alignment
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 640               set as reference
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 644               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 645               annotation
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 649               hidden columns present
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 653               user created annotation added to alignment
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 657               '()' base pair annotation
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 661               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 662               Consensus
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 666               feature not working
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 670               beginning of sequence
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 674               entry 3a6s
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 678               from a tree when t-coffee scores are shown
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 682               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 686               some structures
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 690               to Clustal, PIR and PileUp output
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 694               not visible causes alignment window to repaint
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 698               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 699               scores associated with features and annotation rows
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 703               calculation should be case independent
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 707               columns
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 711               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 712               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 716               problems when reference sequence defined and 'show
 717               non-conserved' enabled
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 721               load even when Consensus calculation is disabled
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 725               alignment does nothing
 726             </li>
 727           </ul>
 728           <em>Application</em>
 729           <ul>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 732               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 733               yet fixed for El Capitan)
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 737               output when running on non-gb/us i18n platforms
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 741               hidden sequences as flat-file alignment
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 745               launching Chimera
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 749               (also hotfix for 2.9.0b2)
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 753               reference sequence defined
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 757               alignments and views when revealing hidden columns
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 761               view in a cDNA/Protein splitframe
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 765               sequence from project when only one sequence is
 766               represented
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 770               in Structure Chooser
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 774               structure consensus didn't refresh annotation panel
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 778               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 782               dialogs format columns correctly, don't display array
 783               data, sort columns according to type
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 787               file chooser is cancelled during an image export
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 791               sequence name containing special characters
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 795               case insensitive
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 799               formatting don't wrap
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 803               truncated so L looks like I in consensus annotation
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 807               currently displayed features for the current selection or
 808               view
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 812               after fetching cross-references, and restoring from project
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 816               followed in the structure viewer
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 820               splitframe not restored from project
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 824               trailing end of protein alignment in transcript/product
 825               splitview when pad-gaps not enabled by default
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 829               is case dependent
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 833               article has been read (reopened issue due to
 834               internationalisation problems)
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 838               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 839               cross-references
 840             </li>
 841
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 844               alignment as HTML
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 848               multiple structures are shown for one or more sequences.
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 852               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 853               is enabled.
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 857               specific PDB id for sequence
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 861               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 862               columns' is disabled.
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 866               selects lowest rather than highest resolution structures
 867               for each sequence
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 871               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 875               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 876             </li>
 877             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 878               after clicking on it to create new annotation for a
 879               column.
 880             </li>
 881             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 882             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 883           </ul>
 884           <em>Applet</em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 888               hidden columns present before start of sequence
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 892               (JSON jars)
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 896               sequences are hidden in applet
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 900               deployment on examples pages.
 901             </li>
 902           </ul>
 903         </div>
 904       </td>
 905     </tr>
 906     <tr>
 907       <td width="60" nowrap>
 908         <div align="center">
 909           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 910             <em>16/10/2015</em></strong>
 911         </div>
 912       </td>
 913       <td><em>General</em>
 914         <ul>
 915           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 916             jars</li>
 917         </ul></td>
 918       <td>
 919         <div align="left">
 920           <em>Application</em>
 921           <ul>
 922             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 923               shown when tree is partitioned</li>
 924             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 925               multiple cDNA/Protein split views</li>
 926           </ul>
 927         </div>
 928       </td>
 929     </tr>
 930     <tr>
 931       <td width="60" nowrap>
 932         <div align="center">
 933           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 934             <em>8/10/2015</em></strong>
 935         </div>
 936       </td>
 937       <td><em>General</em>
 938         <ul>
 939           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 940             2.9</li>
 941         </ul> <em>Application</em>
 942         <ul>
 943           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 944           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 945           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 946         </ul> <em>Applet</em>
 947         <ul>
 948           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 949         </ul><em>Build and Deployment</em>
 950         <ul>
 951           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 952         </ul></td>
 953       <td>
 954         <div align="left">
 955           <em>General</em>
 956           <ul>
 957             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 958               incorrect when sequence start > 1</li>
 959             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 960               documentation</li>
 961             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 962             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 963               loading a features file containing HTML tags in feature
 964               description</li>
 965
 966           </ul>
 967           <em>Application</em>
 968           <ul>
 969             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 970               reimport</li>
 971             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 972               with 'trim retrieved sequences'</li>
 973             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 974               deleting selected columns</li>
 975             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 976               JNLP templates for webstart launch</li>
 977             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 978               unreleased structures for download or viewing</li>
 979             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 980               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 981             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 982               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 983             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 984               recovered from jalview project</li>
 985             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 986               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 987               alignment view</li>
 988             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 989               color schemes from BioJSON</li>
 990           </ul>
 991           <em>Applet</em>
 992           <ul>
 993             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 994               frame</li>
 995             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 996           </ul>
 997         </div>
 998       </td>
 999     </tr>
1000     <tr>
1001       <td><div align="center">
1002           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1003         </div></td>
1004       <td><em>General</em>
1005         <ul>
1006           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1007             alignments:
1008             <ul>
1009               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1010                 and DNA alignment views</li>
1011               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1012                 cDNA alignment views</li>
1013               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1014                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1015               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1016                 protein sequences</li>
1017             </ul>
1018           </li>
1019           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1020           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1021             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1022           <li>New alignment annotation file statements for
1023             reference sequences and marking hidden columns</li>
1024           <li>Reference sequence based alignment shading to
1025             highlight variation</li>
1026           <li>Select or hide columns according to alignment
1027             annotation</li>
1028           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1029           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1030             acid conservation row</li>
1031           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1032         </ul> <em>Application</em>
1033         <ul>
1034           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1035             <ul>
1036               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1037                 view with cDNA/Protein</li>
1038               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1039                 sequences are placed in the same alignment</li>
1040               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1041                 projects</li>
1042             </ul>
1043           </li>
1044
1045           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1046           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1047             Jalview windows</li>
1048
1049           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1050           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1051           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1052             be shown in VARNA</li>
1053
1054           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1055             as the active selected region</li>
1056
1057           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1058             similarity</li>
1059           <li>New Export options
1060             <ul>
1061               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1062                 region export in flat file generation</li>
1063
1064               <li>Export alignment views for display with the <a
1065                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1066
1067               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1068               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1069                 alignment figures to HTML</li>
1070           </li>
1071           <li>3D structure retrieval and display
1072             <ul>
1073               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1074                 Search API</li>
1075               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1076                 PDB structures for a sequence set</li>
1077             </ul>
1078           </li>
1079
1080           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1081             predictions</li>
1082           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1083             for one or a group of sequences</li>
1084           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1085             from the JPred4 web server</li>
1086           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1087             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1088             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1089           </li>
1090           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1091             VARNA 2D Structure'</li>
1092           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1093             Structure ..."</li>
1094
1095         </ul> <em>Applet</em>
1096         <ul>
1097           <li>New layout for applet example pages</li>
1098           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1099             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1100           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1101             Protein alignments</li>
1102         </ul> <em>Development and deployment</em>
1103         <ul>
1104           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1105           <li>Include installation type and git revision in build
1106             properties and console log output</li>
1107           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1108             storing BioJsMSA Templates</li>
1109           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1110         </ul></td>
1111       <td>
1112         <!-- <em>General</em>
1113         <ul>
1114         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1115         <ul>
1116           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1117           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1118           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1119             predictions are not highlighted in amber</li>
1120           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1121             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1122           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1123             associated structure views</li>
1124           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1125             width checkbox not enabled</li>
1126           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1127             creating user defined colours</li>
1128           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1129             mappings for just that viewer's sequences</li>
1130           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1131             multiple models in Chimera</li>
1132           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1133             over Jmol structure</li>
1134           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1135             output to text box</li>
1136           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1137             have incorrect sequence start/end</li>
1138           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1139             Jalview fails</li>
1140           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1141             work for nucleotide</li>
1142           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1143             to a grey/invisible alignment window</li>
1144           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1145             imports to different position</li>
1146           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1147             on some platforms</li>
1148           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1149             populated</li>
1150           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1151             console if Chimera has been opened</li>
1152           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1153           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1154             retrieved</li>
1155           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1156           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1157             either sequence shows on first structure</li>
1158           <li>'Show annotations' options should not make
1159             non-positional annotations visible</li>
1160           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1161             in right place after 'view flanking regions'</li>
1162           <li>File Save As type unset when current file format is
1163             unknown</li>
1164           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1165             projects</li>
1166           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1167             responsive</li>
1168           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1169             several views on same alignment</li>
1170           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1171           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1172             spaces</li>
1173         </ul> <em>Applet</em>
1174         <ul>
1175           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1176           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1177             descriptions containing angle brackets</li>
1178         </ul> <em>General</em>
1179         <ul>
1180           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1181             via jalview annotation file</li>
1182           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1183             with RNA secondary structure</li>
1184           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1185             translation doesn't work.</li>
1186           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1187           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1188             positions</li>
1189           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1190             choosing 1pt font</li>
1191           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1192             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1193             'h'</li>
1194           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1195             new feature</li>
1196           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1197             order dependent</li>
1198           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1199             sequences</li>
1200           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1201         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1202         <ul>
1203           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1204             www.jalview.org</li>
1205         </ul> <em>Application Known issues</em>
1206         <ul>
1207           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1208           <li>Misleading message appears after trying to delete
1209             solid column.</li>
1210           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1211             version launches</li>
1212           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1213             fails with a sequence mismatch</li>
1214           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1215             scrolling alignment to right</li>
1216           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1217             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1218           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1219             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1220           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1221             ultra-high resolution</li>
1222           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1223             quality and conservation</li>
1224           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1225             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1226         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1227         <ul>
1228           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1229           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1230             window is being resized</li>
1231
1232         </ul>
1233       </td>
1234     </tr>
1235     <tr>
1236       <td><div align="center">
1237           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1238         </div></td>
1239       <td><em>General</em>
1240         <ul>
1241           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1242             Certum.PL.</li>
1243           <li>Features and annotation preserved when performing
1244             pairwise alignment</li>
1245           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1246             imported/exported/displayed</li>
1247           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1248             protein secondary structure</li>
1249           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1250               post-hoc with 2.9 release</em>)
1251           </li>
1252
1253         </ul> <em>Application</em>
1254         <ul>
1255           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1256             with 3D structures</li>
1257           <li>Support for parsing RNAML</li>
1258           <li>Annotations menu for layout
1259             <ul>
1260               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1261               <li>place sequence annotation above/below alignment
1262                 annotation</li>
1263             </ul>
1264           <li>Output in Stockholm format</li>
1265           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1266             translation</li>
1267           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1268           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1269             shared between alignments</li>
1270           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1271             Jalview</li>
1272           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1273             all or current selection</li>
1274           <li>disorder and secondary structure predictions
1275             available as dataset annotation</li>
1276           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1277
1278
1279           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1280             alignments from Rfam</li>
1281           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1282
1283           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1284             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1285           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1286           <li>include installation type in build properties and
1287             console log output</li>
1288           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1289             annotation</li>
1290         </ul></td>
1291       <td>
1292         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1293         <ul>
1294           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1295             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1296           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1297             alignment</li>
1298           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1299           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1300           <li>Double click on sequence associated annotation
1301             selects only first column</li>
1302           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1303             leaves shown in tree</li>
1304           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1305             properly</li>
1306           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1307           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1308             screen and buttons not visible</li>
1309           <li>author list isn't updated if already written to
1310             Jalview properties</li>
1311           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1312             from database</li>
1313           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1314           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1315             browser search window</li>
1316           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1317             in feature settings dialog</li>
1318           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1319             desktop</li>
1320           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1321             pass validation</li>
1322           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1323             fit on screen</li>
1324           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1325             tooltip</li>
1326           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1327             defined user preset</li>
1328           <li>MSA web services warns user if they were launched
1329             with invalid input</li>
1330           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1331             Java 8</li>
1332           <li>
1333             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1334             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1335             created
1336           </li>
1337
1338         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1339                                 <ul>
1340                                 </ul> <em>General</em>
1341                                 <ul>
1342                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1343         <ul>
1344           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1345             memory allocation</li>
1346           <li>launchApp service doesn't automatically open
1347             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1348           <li>
1349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1350             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1351             1.7_055 is available
1352           </li>
1353         </ul> <em>Application Known issues</em>
1354         <ul>
1355           <li>
1356             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1357             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1358             alignment to right
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1362             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1363             with large number of ID
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1367             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1368             start/end
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1372             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1373             structure tracks are rearranged
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1377             invalid rna structure positional highlighting does not
1378             highlight position of invalid base pairs
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1382             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1383             project from alignment window file menu
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1387             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1388             structures
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1392             colour by RNA Helices not enabled when user created
1393             annotation added to alignment
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1397             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1398           </li>
1399         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1400         <ul>
1401           <li>
1402             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1403             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1407             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1408           </li>
1409
1410           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1411             when selected</li>
1412         </ul>
1413       </td>
1414     </tr>
1415     <tr>
1416       <td><div align="center">
1417           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1418         </div></td>
1419       <td>
1420         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1421         <em>General</em>
1422         <ul>
1423           <li>Internationalisation of user interface (usually
1424             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1425           <li>Define/Undefine group on current selection with
1426             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1427           <li>Improved group creation/removal options in
1428             alignment/sequence Popup menu</li>
1429           <li>Sensible precision for symbol distribution
1430             percentages shown in logo tooltip.</li>
1431           <li>Annotation panel height set according to amount of
1432             annotation when alignment first opened</li>
1433         </ul> <em>Application</em>
1434         <ul>
1435           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1436             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1437           <li>Select columns containing particular features from
1438             Feature Settings dialog</li>
1439           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1440             sequences</li>
1441           <li>Update Jalview project format:
1442             <ul>
1443               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1444               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1445                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1446               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1447                 colouring</li>
1448             </ul>
1449           </li>
1450           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1451             (PAM250)</li>
1452           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1453             flanking regions for an alignment</li>
1454         </ul>
1455       </td>
1456       <td>
1457         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1458         <ul>
1459           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1460             running after job is cancelled</li>
1461           <li>cannot export features from alignments imported from
1462             Jalview/VAMSAS projects</li>
1463           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1464             float values</li>
1465           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1466             have 'display all symbols' flag set</li>
1467           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1468             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1469           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1470             Jalview</li>
1471           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1472             Lion/Webstart</li>
1473           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1474           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1475           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1476             alignment onto desktop</li>
1477           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1478             'extract scores' function</li>
1479           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1480             alignment window</li>
1481           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1482             performing IUPred disorder prediction</li>
1483           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1484             changing 'normalise logo' display setting</li>
1485           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1486             nothing matches query</li>
1487           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1488             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1489           </li>
1490           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1491             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1492           </li>
1493           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1494             Jalview's menu</li>
1495           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1496             'invalid literal/length code'</li>
1497           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1498             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1499           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1500             colourscheme</li>
1501
1502         </ul> <em>Applet</em>
1503         <ul>
1504           <li>Remove group option is shown even when selection is
1505             not a group</li>
1506           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1507             don't affect groups</li>
1508           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1509             colourscheme name</li>
1510           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1511             Annotation panel is not displayed</li>
1512           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1513             embedded windows</li>
1514         </ul> <em>Other</em>
1515         <ul>
1516           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1517             single sequence were not calculated</li>
1518           <li>annotation files that contain only groups imported as
1519             annotation and junk sequences</li>
1520           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1521             recognised as PFAM or BLC</li>
1522           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1523             doesn't affect background (2.8.0b1)
1524           <li></li>
1525           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1526           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1527             trailing gaps</li>
1528           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1529             registered correctly on import</li>
1530           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1531             certain alignments</li>
1532           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1533             existing annotation based 'use original colours'
1534             colourscheme loses original colours setting</li>
1535         </ul>
1536       </td>
1537     </tr>
1538     <tr>
1539       <td><div align="center">
1540           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1541             <em>30/1/2014</em></strong>
1542         </div></td>
1543       <td>
1544         <ul>
1545           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1546             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1547             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1548             open source project).
1549           </li>
1550           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1551           </li>
1552           <li>Output in Stockholm format</li>
1553           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1554           <li>Export/import group and sequence associated line
1555             graph thresholds</li>
1556           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1557             ambiguity codes</li>
1558           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1559             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1560             works</li>
1561           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1562         </ul> <em>Other improvements</em>
1563         <ul>
1564           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1565           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1566             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1567           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1568             files</li>
1569           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1570           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1571             link but no description</li>
1572           <li>Select primary source when selecting authority in
1573             database fetcher GUI</li>
1574           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1575             Jalview</li>
1576           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1577         </ul>
1578       </td>
1579       <td>
1580         <ul>
1581           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1582             displayed</li>
1583           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1584             secondary structure annotation line</li>
1585           <li>Sequence database accessions not imported when
1586             fetching alignments from Rfam</li>
1587           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1588             identical IDs</li>
1589           <li>View all structures does not always superpose
1590             structures</li>
1591           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1592             reflect user or preset settings</li>
1593           <li>Null pointer exceptions for some services without
1594             presets or adjustable parameters</li>
1595           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1596             discover PDB xRefs</li>
1597           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1598             features with DAS</li>
1599           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1600             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1601           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1602             residue follows a gap</li>
1603           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1604             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1605           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1606             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1607           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1608             annotation already exists on alignment</li>
1609           <li>oninit javascript function should be called after
1610             initialisation completes</li>
1611           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1612             alignment window display</li>
1613           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1614           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1615             to annotation file</li>
1616           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1617             groups created</li>
1618           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1619             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1620           <li>Pressing return several times causes Number Format
1621             exceptions in keyboard mode</li>
1622           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1623             correct partitions for input data</li>
1624           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1625           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1626           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1627           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1628             mode</li>
1629           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1630             changes one row&#39;s threshold</li>
1631           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1632             doesn&#39;t open</li>
1633           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1634             quality histograms</li>
1635         </ul>
1636       </td>
1637     </tr>
1638     <tr>
1639       <td><div align="center">
1640           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1641         </div></td>
1642       <td><em>Application</em>
1643         <ul>
1644           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1645             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1646           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1647             preferences</li>
1648           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1649             in Jalview alignment window</li>
1650           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1651             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1652           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1653             RNA and ambiguity codes</li>
1654
1655           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1656           <li>Support fetching and database reference look up
1657             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1658             refs')</li>
1659           <li>Jalview project improvements
1660             <ul>
1661               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1662                 flag for annotation</li>
1663               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1664                 alignment</li>
1665               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1666                 Jalview project</li>
1667
1668             </ul>
1669           </li>
1670           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1671           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1672             running</li>
1673           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1674           <li>visual indication that web service results are still
1675             being retrieved from server</li>
1676           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1677             starts up for first time</li>
1678           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1679             services</li>
1680           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1681             client library</li>
1682           <li>Examples directory and Groovy library included in
1683             InstallAnywhere distribution</li>
1684         </ul> <em>Applet</em>
1685         <ul>
1686           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1687             visualization applet example</li>
1688         </ul> <em>General</em>
1689         <ul>
1690           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1691           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1692             defaults</li>
1693           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1694             calculation</li>
1695           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1696             matrices
1697           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1698             in HTML</li>
1699           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1700             structure contacts</li>
1701           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1702           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1703           <li>Parse sequence associated secondary structure
1704             information in Stockholm files</li>
1705           <li>HTML Export database accessions and annotation
1706             information presented in tooltip for sequences</li>
1707           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1708             style RNA alignment files</li>
1709           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1710             alignment</li>
1711           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1712             shade each sequence according to its associated alignment
1713             annotation</li>
1714           <li>New Jalview Logo</li>
1715         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1716         <ul>
1717           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1718           <li>New Website!</li>
1719         </ul></td>
1720       <td><em>Application</em>
1721         <ul>
1722           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1723             wsdbfetch REST service</li>
1724           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1725           <li>Filetype associations not installed for webstart
1726             launch</li>
1727           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1728             job execution in full once it is complete</li>
1729           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1730             uploaded via ali_file parameter</li>
1731           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1732           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1733           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1734             submitted for prediction</li>
1735           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1736             desktop window</li>
1737           <li>Putting fractional value into integer text box in
1738             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1739           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1740             windows 7</li>
1741           <li>View all structures fails with exception shown in
1742             structure view</li>
1743           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1744             escaped in a platform independent way</li>
1745           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1746             using proxy</li>
1747           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1748             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1749           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1750             failure when java web start temporary file caching is
1751             disabled</li>
1752           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1753             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1754           <li>Errors during processing of command line arguments
1755             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1756           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1757             DAS sources in sequence fetcher</li>
1758           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1759             dialog is shown</li>
1760           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1761           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1762           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1763           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1764             on OSX Mountain Lion</li>
1765           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1766             sequences with alignment annotation are pasted into the
1767             alignment</li>
1768           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1769             when loaded from Jalview project</li>
1770           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1771           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1772             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1773           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1774             associated with all views</li>
1775           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1776             annotation rows to new window</li>
1777         </ul> <em>Applet</em>
1778         <ul>
1779           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1780             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1781           <li>loading features via javascript API automatically
1782             enables feature display</li>
1783           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1784             work</li>
1785         </ul> <em>General</em>
1786         <ul>
1787           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1788           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1789             and then deselected</li>
1790           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1791           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1792             coloured with clustalx</li>
1793           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1794             exceptions and redraw errors</li>
1795           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1796             reconfigured view</li>
1797           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1798             colour</li>
1799           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1800             for lots of labels</li>
1801         </ul>
1802     </tr>
1803     <tr>
1804       <td>
1805         <div align="center">
1806           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1807         </div>
1808       </td>
1809       <td><em>Application</em>
1810         <ul>
1811           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1812           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1813           <li>View/alignment association menu to enable user to
1814             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1815             its colours/correspondences from</li>
1816           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1817           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1818             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1819           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1820           <li>Annotation row column label formatting attributes
1821             stored in project file</li>
1822           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1823             rows preserved in Jalview project file</li>
1824           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1825             saved using Desktop window menu</li>
1826           <li>Visual indication that command line arguments are
1827             still being processed</li>
1828           <li>Groovy script execution from URL</li>
1829           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1830             preferences</li>
1831           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1832             alignment with sequences that have high similarity and
1833             matching IDs</li>
1834           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1835           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1836             structures in same window</li>
1837           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1838           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1839             analysis function in its own submenu</li>
1840         </ul> <em>Applet</em>
1841         <ul>
1842           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1843             groups</li>
1844           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1845           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1846           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1847           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1848           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1849             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1850           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1851           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1852             parameters are treated as such</li>
1853           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1854             <ul>
1855               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1856               <li>Javascript callbacks for
1857                 <ul>
1858                   <li>Applet initialisation</li>
1859                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1860                 </ul>
1861               </li>
1862               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1863                 functions</li>
1864               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1865               <li>javascript structure viewer harness to pass
1866                 messages between Jmol and Jalview when running as
1867                 distinct applets</li>
1868               <li>sortBy method</li>
1869               <li>Set of applet and application examples shipped
1870                 with documentation</li>
1871               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1872                 javascript message exchange</li>
1873             </ul>
1874         </ul> <em>General</em>
1875         <ul>
1876           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1877             multiple alignments</li>
1878           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1879           <li>User configurable link to enable redirects to a
1880             www.Jalview.org mirror</li>
1881           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1882           <li>Configurable newline string when writing alignment
1883             and other flat files</li>
1884           <li>Allow alignment annotation description lines to
1885             contain html tags</li>
1886         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1887         <ul>
1888           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1889             examples</li>
1890           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1891             using a web service before displaying the result in the
1892             Jalview desktop</li>
1893           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1894           <li>Ant target to publish example html files with applet
1895             archive</li>
1896           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1897           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1898         </ul></td>
1899       <td><em>Application</em>
1900         <ul>
1901           <li>User defined colourscheme throws exception when
1902             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1903           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1904             dialog for valid filename/format</li>
1905           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1906           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1907             P37173</li>
1908           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1909             which sequence is to be associated with the file</li>
1910           <li>Find All raises null pointer exception when query
1911             only matches sequence IDs</li>
1912           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1913           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1914             2.4 cannot be loaded</li>
1915           <li>Filetype associations not installed for webstart
1916             launch</li>
1917           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1918             with sequences in different alignments do not get coloured
1919             by their associated sequence</li>
1920           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1921             not preserved when project is loaded</li>
1922           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1923             stored in Jalview project</li>
1924           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1925             Jalview project</li>
1926           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1927           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1928             by conservation</li>
1929           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1930             created on new view</li>
1931           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1932             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1933           <li>Alignment quality not updated after alignment
1934             annotation row is hidden then shown</li>
1935           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1936             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1937           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1938             properly</li>
1939           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1940             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1941           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1942           <li>Structures imported from file and saved in project
1943             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1944           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1945             job execution in full once it is complete</li>
1946         </ul> <em>Applet</em>
1947         <ul>
1948           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1949             annotation rows are displayed</li>
1950           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1951             codebase</li>
1952           <li>View follows highlighting does not work for positions
1953             in sequences</li>
1954           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1955           <li>Export features raises exception when no features
1956             exist</li>
1957           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1958             for javascript api is modified when separator string
1959             provided as parameter</li>
1960           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1961             alignment with no existing selection</li>
1962           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1963             to applet&#39;s codebase</li>
1964           <li>Status bar not updated after finished searching and
1965             search wraps around to first result</li>
1966           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1967             several Jalview applets causes race conditions and memory
1968             leaks</li>
1969           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1970             not sent from Jmol in applet</li>
1971           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1972             applet API fatally hang browser</li>
1973         </ul> <em>General</em>
1974         <ul>
1975           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1976             position with wrapped view and hidden regions</li>
1977           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1978             with/without hidden columns</li>
1979           <li>Sequence length given in alignment properties window
1980             is off by 1</li>
1981           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1982             import PDB like structure files</li>
1983           <li>Positional search results are only highlighted
1984             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1985           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1986           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1987             given sequence position</li>
1988           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1989             output</li>
1990           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1991             from nucleotide chains correctly</li>
1992           <li>Structure colours not updated when tree partition
1993             changed in alignment</li>
1994           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1995             parsed in interleaved stockholm</li>
1996           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1997             state</li>
1998           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1999             properly</li>
2000           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2001             properly associated with their pdb files</li>
2002         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2003         <ul>
2004           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2005             ApplyCopyright tool</li>
2006         </ul></td>
2007     </tr>
2008     <tr>
2009       <td>
2010         <div align="center">
2011           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2012         </div>
2013       </td>
2014       <td><em>Application</em>
2015         <ul>
2016           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2017             contact web services</li>
2018           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2019             service job window</li>
2020           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2021         </ul></td>
2022       <td>
2023         <ul>
2024           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2025             pir file emitted by Jalview</li>
2026           <li>Existing feature settings transferred to new
2027             alignment view created from cut'n'paste</li>
2028           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2029             parsing PDB files</li>
2030           <li>Consensus and conservation annotation rows
2031             occasionally become blank for all new windows</li>
2032           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2033             in wrapped view mode</li>
2034         </ul> <em>Application</em>
2035         <ul>
2036           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2037             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2038           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2039             parameter names</li>
2040           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2041             is down</li>
2042         </ul>
2043       </td>
2044     </tr>
2045     <tr>
2046       <td>
2047         <div align="center">
2048           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2049         </div>
2050       </td>
2051       <td><em>Application</em>
2052         <ul>
2053           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2054             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2055             (JABAWS)
2056           </li>
2057           <li>Web Services preference tab</li>
2058           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2059             preferences</li>
2060           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2061           <li>Superpose structures using associated sequence
2062             alignment</li>
2063           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2064             viewer</li>
2065         </ul> <em>Applet</em>
2066         <ul>
2067           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2068             link out mechanism</li>
2069         </ul> <em>Other</em>
2070         <ul>
2071           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2072             series 12</li>
2073           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2074             require Java 1.5</li>
2075           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2076             sequence annotation files</li>
2077           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2078             type colour specification</li>
2079           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2080             script to check if it being run in an interactive session or
2081             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2082         </ul></td>
2083       <td>
2084         <ul>
2085           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2086             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2087         </ul> <em>Application</em>
2088         <ul>
2089           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2090             selected Regions menu item</li>
2091           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2092             part of a valid accession ID</li>
2093           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2094             runs out of memory</li>
2095           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2096             analysis results</li>
2097           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2098             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2099           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2100         </ul> <em>Applet</em>
2101         <ul>
2102           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2103             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2104             defined.</li>
2105         </ul>
2106       </td>
2107     </tr>
2108     <tr>
2109       <td>
2110         <div align="center">
2111           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2112         </div>
2113       </td>
2114       <td></td>
2115       <td>
2116         <ul>
2117           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2118             sequence IDs</li>
2119           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2120             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2121           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2122             import correctly</li>
2123           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2124             number of columns are hidden</li>
2125           <li>annotation label popup menu not providing correct
2126             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2127             present</li>
2128           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2129             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2130           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2131             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2132
2133         </ul> <em>Applet</em>
2134         <ul>
2135           <li>annotation panel disappears when annotation is
2136             hidden/removed</li>
2137         </ul> <em>Application</em>
2138         <ul>
2139           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2140             alignment opened where annotation panel is visible but no
2141             annotations are present on alignment</li>
2142           <li>pasted region containing hidden columns is
2143             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2144           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2145             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2146           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2147             selected Rregions menu item.</li>
2148           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2149             'Un' or 'Non'conserved</li>
2150           <li>Sequence feature settings are being shared by
2151             multiple distinct alignments</li>
2152           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2153             changed</li>
2154           <li>double click on group annotation to select sequences
2155             does not propagate to associated trees</li>
2156           <li>Mac OSX specific issues:
2157             <ul>
2158               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2159                 window background</li>
2160               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2161                 name set correctly</li>
2162               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2163                 save feature colourscheme button</li>
2164             </ul>
2165           </li>
2166         </ul>
2167       </td>
2168     </tr>
2169     <tr>
2170
2171       <td>
2172         <div align="center">
2173           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2174         </div>
2175       </td>
2176       <td><em>New Capabilities</em>
2177         <ul>
2178           <li>URL links generated from description line for
2179             regular-expression based URL links (applet and application)
2180
2181
2182
2183
2184
2185
2186           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2187             menu</li>
2188           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2189             structures</li>
2190           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2191             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2192           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2193             average score or total feature count for each sequence.</li>
2194           <li>Shading features by score or associated description</li>
2195           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2196             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2197           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2198             hide everything but the currently selected region.</li>
2199           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2200         </ul> <em>Application</em>
2201         <ul>
2202           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2203             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2204           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2205             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2206           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2207             database references and protein_name is parsed as
2208             description line (BioSapiens terms).</li>
2209           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2210             references in sequence ID tooltip from View menu in
2211             application.</li>
2212           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2213                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2214           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2215             conservation plots</li>
2216           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2217             and visualized as sequence logos</li>
2218           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2219             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2220           </li>
2221           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2222             when a new tree is opened.</li>
2223           <li>Jalview Java Console</li>
2224           <li>Better placement of desktop window when moving
2225             between different screens.</li>
2226           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2227             consensus annotation</li>
2228           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2229             Workflows</li>
2230           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2231             <ul>
2232               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2233                 used to preserve views, structures, and tree display
2234                 settings)</li>
2235               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2236                 command line</li>
2237               <li>Sharing of selected regions between views and
2238                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2239               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2240             </ul></li>
2241         </ul> <em>Applet</em>
2242         <ul>
2243           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2244           <li>New Parameters
2245             <ul>
2246               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2247                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2248                 opened.</li>
2249               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2250                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2251               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2252                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2253               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2254                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2255                 view</li>
2256               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2257                 increase the height or width of a cell in the alignment
2258                 grid relative to the current font size.</li>
2259             </ul>
2260           </li>
2261           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2262             tooltip</li>
2263         </ul> <em>Other</em>
2264         <ul>
2265           <li>Features format: graduated colour definitions and
2266             specification of feature scores</li>
2267           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2268             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2269             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2270           <li>XML formats extended to support graduated feature
2271             colourschemes, group associated annotation, and profile
2272             visualization settings.</li></td>
2273       <td>
2274         <ul>
2275           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2276             rather than description</li>
2277           <li>Non-positional features are now included in sequence
2278             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2279             visibility in tooltip).</li>
2280           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2281           <li>Added URL embedding instructions to features file
2282             documentation.</li>
2283           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2284             'X' in peptide product</li>
2285           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2286             sequence ID and sequence string and query strings do not
2287             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2288           <li>AMSA files only contain first column of
2289             multi-character column annotation labels</li>
2290           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2291             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2292             exported and re-imported)</li>
2293           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2294             name</li>
2295           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2296             as subsequence matches, and correctly reports total number
2297             of both.</li>
2298           <li>Application:
2299             <ul>
2300               <li>Better handling of exceptions during sequence
2301                 retrieval</li>
2302               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2303                 link text excludes the start_end suffix</li>
2304               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2305                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2306               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2307               <li>Sequence description lines properly shared via
2308                 VAMSAS</li>
2309               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2310                 data sources</li>
2311               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2312                 completes before alignment figures are generated.</li>
2313               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2314                 first time.</li>
2315               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2316                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2317               <li>User defined group colours properly recovered
2318                 from Jalview projects.</li>
2319             </ul>
2320           </li>
2321         </ul>
2322       </td>
2323
2324     </tr>
2325     <tr>
2326       <td>
2327         <div align="center">
2328           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2329         </div>
2330       </td>
2331       <td>
2332         <ul>
2333           <li>Experimental support for google analytics usage
2334             tracking.</li>
2335           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2336         </ul>
2337       </td>
2338       <td>
2339         <ul>
2340           <li>Race condition in applet preventing startup in
2341             jre1.6.0u12+.</li>
2342           <li>Exception when feature created from selection beyond
2343             length of sequence.</li>
2344           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2345           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2346             all sequences with a given id</li>
2347           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2348             ID string searches</li>
2349           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2350             alignment to fail with exception</li>
2351         </ul> <em>Application Issues</em>
2352         <ul>
2353           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2354           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2355             data sources</li>
2356         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2357         <ul>
2358           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2359             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2360           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2361             version (java class versioning error fixed)</li>
2362         </ul>
2363       </td>
2364     </tr>
2365     <tr>
2366       <td>
2367
2368         <div align="center">
2369           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2370         </div>
2371       </td>
2372       <td><em>User Interface</em>
2373         <ul>
2374           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2375             translation and protein products</li>
2376           <li>Linked highlighting of structure associated with
2377             residue mapping to codon position</li>
2378           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2379             and 'clear' button</li>
2380           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2381             Tools menu</li>
2382           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2383             numeric data in description line</li>
2384           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2385           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2386             of sequence</li>
2387         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2388         <ul>
2389           <li>JPred3 web service</li>
2390           <li>Prototype sequence search client (no public services
2391             available yet)</li>
2392           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2393             PFAM</li>
2394           <li>URL Links created for matching database cross
2395             references as well as sequence ID</li>
2396           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2397         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2398         <ul>
2399           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2400             databases</li>
2401           <li>Generalised database reference retrieval and
2402             validation to all fetchable databases</li>
2403           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2404             sequence command</li>
2405         </ul> <em>Import and Export</em>
2406         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2407         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2408           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2409         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2410           File</li>
2411         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2412           triplet as name of colourscheme</li>
2413         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2414         <ul>
2415           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2416           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2417             alignments (experimental)</li>
2418           <li>Create new or select existing session to join</li>
2419           <li>load and save of vamsas documents</li>
2420         </ul> <em>Application command line</em>
2421         <ul>
2422           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2423             from applet)</li>
2424           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2425             of DAS servers to query for alignment features</li>
2426           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2427             that are also automatically queried for features</li>
2428           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2429             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2430         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2431         <ul>
2432           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2433             application (when using &quot;View in full
2434             application&quot;)</li>
2435         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2436         <ul>
2437           <li>feature group display control parameter</li>
2438           <li>debug parameter</li>
2439           <li>showbutton parameter</li>
2440         </ul> <em>Applet API methods</em>
2441         <ul>
2442           <li>newView public method</li>
2443           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2444           <li>Feature display control methods</li>
2445           <li>get list of currently selected sequences</li>
2446         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2447         <ul>
2448           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2449           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2450             Jalview release.</li>
2451           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2452             property controls execution of obfuscator</li>
2453           <li>Build target for generating source distribution</li>
2454           <li>Debug flag for javacc</li>
2455           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2456             jalview.bin.Cache</li>
2457           <li>Continuous Build Integration for stable and
2458             development version of Application, Applet and source
2459             distribution</li>
2460         </ul></td>
2461       <td>
2462         <ul>
2463           <li>selected region output includes visible annotations
2464             (for certain formats)</li>
2465           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2466             for editing</li>
2467           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2468           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2469           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2470           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2471             comments</li>
2472           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2473             filenames containing a ':'</li>
2474           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2475             global sequence features</li>
2476           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2477             references from alignment sequences goes to zero</li>
2478           <li>Close of tree branch colour box without colour
2479             selection causes cascading exceptions</li>
2480           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2481           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2482             file parsing fails.</li>
2483           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2484           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2485             not a valid output format</li>
2486           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2487             vamsas</li>
2488           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2489           <li>error messages passed up and output when data read
2490             fails</li>
2491           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2492             sequence is edited</li>
2493           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2494             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2495           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2496             filetype</li>
2497           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2498             import fixed for PFAM records</li>
2499           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2500             window list</li>
2501           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2502             can be read and written correctly to annotation file</li>
2503           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2504             correctly</li>
2505           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2506             non-italic font for representatives in Applet</li>
2507           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2508             Macs.</li>
2509           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2510             Applet)</li>
2511           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2512             due to null pointer exceptions</li>
2513           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2514             first column of alignment</li>
2515           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2516             July 2008</li>
2517           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2518             file is case-insensitive</li>
2519           <li>Sequence features read from Features file appended to
2520             all sequences with matching IDs</li>
2521           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2522             containing a sub-sequence</li>
2523           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2524           <li>feature and annotation file applet parameters
2525             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2526           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2527           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2528             splash-screen version check to complete</li>
2529           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2530             when passing them to the launchApp service</li>
2531           <li>display name and local features preserved in results
2532             retrieved from web service</li>
2533           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2534             sequence fetcher initialisation</li>
2535           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2536             dasobert DAS client</li>
2537           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2538             association</li>
2539           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2540             sequences
2541           </li>
2542         </ul>
2543       </td>
2544     </tr>
2545     <tr>
2546       <td>
2547         <div align="center">
2548           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2549         </div>
2550       </td>
2551       <td>
2552         <ul>
2553           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2554           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2555           <li>Slide sequences</li>
2556           <li>Edit sequence in place</li>
2557           <li>EMBL CDS features</li>
2558           <li>DAS Feature mapping</li>
2559           <li>Feature ordering</li>
2560           <li>Alignment Properties</li>
2561           <li>Annotation Scores</li>
2562           <li>Sort by scores</li>
2563           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2564         </ul>
2565       </td>
2566       <td>
2567         <ul>
2568           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2569           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2570           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2571           <li>Feature group display state in XML</li>
2572           <li>Feature ordering in XML</li>
2573           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2574           <li>Stockholm alignment properties</li>
2575           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2576           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2577           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2578           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2579         </ul>
2580       </td>
2581
2582     </tr>
2583     <tr>
2584       <td>
2585         <div align="center">
2586           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2587         </div>
2588       </td>
2589       <td>
2590         <ul>
2591           <li>Non standard characters can be read and displayed
2592           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2593             applet via textbox
2594           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2595             name &amp; description
2596           <li>Preference setting to display sequence name in
2597             italics
2598           <li>Annotation file format extended to allow
2599             Sequence_groups to be defined
2600           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2601             specified in preferences
2602           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2603             sequences
2604         </ul>
2605       </td>
2606       <td>
2607         <ul>
2608           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2609             installed
2610           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2611           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2612         </ul>
2613       </td>
2614     </tr>
2615     <tr>
2616       <td>
2617         <div align="center">
2618           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2619         </div>
2620       </td>
2621       <td>
2622         <ul>
2623           <li>Multiple views on alignment
2624           <li>Sequence feature editing
2625           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2626           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2627           <li>Background dependent text colour
2628           <li>Right align sequence ids
2629           <li>User-defined lower case residue colours
2630           <li>Format Menu
2631           <li>Select Menu
2632           <li>Menu item accelerator keys
2633           <li>Control-V pastes to current alignment
2634           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2635           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2636           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2637
2638
2639
2640
2641
2642
2643           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2644         </ul>
2645       </td>
2646       <td>
2647         <ul>
2648           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2649           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2650             calculations
2651           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2652             edits
2653           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2654             of alignment)
2655           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2656
2657
2658
2659
2660
2661
2662           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2663             display correctly
2664           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2665           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2666             analysis results
2667           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2668             &#8739;
2669           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2670           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2671           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2672
2673
2674
2675
2676
2677
2678         </ul>
2679       </td>
2680     </tr>
2681     <tr>
2682       <td>
2683         <div align="center">
2684           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2685         </div>
2686       </td>
2687       <td>
2688         <ul>
2689           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2690         </ul>
2691       </td>
2692       <td>
2693         <ul>
2694           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2695             sequence id panel has been resized</li>
2696           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2697             rendered</li>
2698           <li>Annotation files with sequence references - all
2699             elements in file are relative to sequence position</li>
2700           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2701         </ul>
2702       </td>
2703     </tr>
2704     <tr>
2705       <td>
2706         <div align="center">
2707           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2708         </div>
2709       </td>
2710       <td>
2711         <ul>
2712           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2713           <li>DAS Feature fetching</li>
2714           <li>Hide sequences and columns</li>
2715           <li>Export Annotations and Features</li>
2716           <li>GFF file reading / writing</li>
2717           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2718             files</li>
2719           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2720           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2721           <li>Applet can launch the full application</li>
2722           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2723             required)</li>
2724           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2725           <li>Applet can load sequences from parameter
2726             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2727           </li>
2728         </ul>
2729       </td>
2730       <td>
2731         <ul>
2732           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2733           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2734           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2735         </ul>
2736       </td>
2737     </tr>
2738     <tr>
2739       <td>
2740         <div align="center">
2741           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2742         </div>
2743       </td>
2744       <td>
2745         <ul>
2746           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2747           <li>Choose to match case when searching</li>
2748           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2749             expand the visible width and height of the alignment</li>
2750         </ul>
2751       </td>
2752       <td>
2753         <ul>
2754           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2755         </ul>
2756       </td>
2757     </tr>
2758     <tr>
2759       <td>
2760         <div align="center">
2761           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2762         </div>
2763       </td>
2764       <td>&nbsp;</td>
2765       <td>
2766         <ul>
2767           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2768           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2769             value</li>
2770         </ul>
2771       </td>
2772     </tr>
2773     <tr>
2774       <td>
2775         <div align="center">
2776           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2777         </div>
2778       </td>
2779       <td>
2780         <ul>
2781           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2782           <li>Keyboard editing</li>
2783           <li>Create sequence features from searches</li>
2784           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2785             alignments</li>
2786           <li>Features file allows grouping of features</li>
2787           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2788           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2789           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2790         </ul>
2791       </td>
2792       <td>
2793         <ul>
2794           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2795           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2796             descriptions saved.</li>
2797         </ul>
2798       </td>
2799     </tr>
2800     <tr>
2801       <td>
2802         <div align="center">
2803           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2804         </div>
2805       </td>
2806       <td>
2807         <ul>
2808           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2809           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2810           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2811             name for file output</li>
2812           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2813           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2814             used for HTML form input</li>
2815         </ul>
2816       </td>
2817       <td>
2818         <ul>
2819           <li>HTML output writes groups and features</li>
2820           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2821           <li>File IO bugs</li>
2822         </ul>
2823       </td>
2824     </tr>
2825     <tr>
2826       <td>
2827         <div align="center">
2828           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2829         </div>
2830       </td>
2831       <td>
2832         <ul>
2833           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2834           <li>More options for PCA viewer</li>
2835         </ul>
2836       </td>
2837       <td>
2838         <ul>
2839           <li>GUI bugs resolved</li>
2840           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2841         </ul>
2842       </td>
2843     </tr>
2844     <tr>
2845       <td height="63">
2846         <div align="center">
2847           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2848         </div>
2849       </td>
2850       <td>
2851         <ul>
2852           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2853           <li>Jar files are executable</li>
2854           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2855         </ul>
2856       </td>
2857       <td>
2858         <ul>
2859           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2860           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2861           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2862         </ul>
2863       </td>
2864     </tr>
2865     <tr>
2866       <td>
2867         <div align="center">
2868           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2869         </div>
2870       </td>
2871       <td>
2872         <ul>
2873           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2874         </ul>
2875       </td>
2876       <td>
2877         <ul>
2878           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2879         </ul>
2880       </td>
2881     </tr>
2882     <tr>
2883       <td>
2884         <div align="center">
2885           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2886         </div>
2887       </td>
2888       <td>
2889         <ul>
2890           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2891             size</li>
2892         </ul>
2893       </td>
2894       <td>
2895         <ul>
2896           <li>Improved JPred client reliability</li>
2897           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2898         </ul>
2899       </td>
2900     </tr>
2901     <tr>
2902       <td>
2903         <div align="center">
2904           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2905         </div>
2906       </td>
2907       <td>
2908         <ul>
2909           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2910           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2911           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2912             to Colour Menu</li>
2913           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2914           <li>Unix users can set default web browser</li>
2915           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2916           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2917         </ul>
2918       </td>
2919       <td>
2920         <ul>
2921           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2922         </ul>
2923       </td>
2924     </tr>
2925     <tr>
2926       <td>
2927         <div align="center">
2928           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2929         </div>
2930       </td>
2931       <td>&nbsp;</td>
2932       <td>
2933         <ul>
2934           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2935             alignment order.</li>
2936         </ul>
2937       </td>
2938     </tr>
2939     <tr>
2940       <td>
2941         <div align="center">
2942           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2943         </div>
2944       </td>
2945       <td>
2946         <ul>
2947           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2948           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2949           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2950             annotations.</li>
2951           <li>Version and build date written to build properties
2952             file.</li>
2953           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2954             at launch of Jalview.</li>
2955         </ul>
2956       </td>
2957       <td>
2958         <ul>
2959           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2960           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2961           <li>Can remove groups one by one.</li>
2962           <li>Filechooser icons installed.</li>
2963           <li>Finder ignores return character when searching.
2964             Return key will initiate a search.<br>
2965           </li>
2966         </ul>
2967       </td>
2968     </tr>
2969     <tr>
2970       <td>
2971         <div align="center">
2972           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2973         </div>
2974       </td>
2975       <td>
2976         <ul>
2977           <li>New codebase</li>
2978         </ul>
2979       </td>
2980       <td>&nbsp;</td>
2981     </tr>
2982   </table>
2983   <p>&nbsp;</p>
2984 </body>
2985 </html>