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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width=="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>5/12/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78       </td>
  79       <td><div align="left">
  80           <ul>
  81             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
  82             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
  83             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
  84
  85           <ul>
  86       </td>
  87     </tr>
  88     <tr>
  89       <td width="60" nowrap>
  90         <div align="center">
  91           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  92         </div>
  93       </td>
  94       <td><div align="left">
  95           <em></em>
  96           <ul>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  99               rendering of sequence features
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 103               429 rate limit request hander
 104             </li>
 105             <li>
 106               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 107               their colours have changed
 108             </li>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 111               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 115               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 116             </li>
 117             <li>
 118               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 119               view from Ensembl locus cross-references
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 123               Alignment report
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 127               feature can be disabled
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 131               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 135               Uniprot
 136             </li>
 137           </ul>
 138           <em>Scripting</em>
 139           <ul>
 140             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 141             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 142               percent identity scores for current alignment.</li>
 143           </ul>
 144           <em>Testing and Deployment</em>
 145           <ul>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 148             </li>
 149           </ul>
 150         </div></td>
 151       <td><div align="left">
 152           <em>General</em>
 153           <ul>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 156               threshold text field doesn't trigger an update to the
 157               alignment view
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 161               strings in parallel
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 165               alignment window is closed
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 169               group visibility
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 173               takes a long time in Cursor mode
 174             </li>
 175           </ul>
 176           <em>Desktop</em>
 177           <ul>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 180               cannot be viewed in Chimera
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 184               CDS/Protein view
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 188               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 189               Search Dialogs
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 199               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 203               scrolling right in unwapped alignment view
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 207               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 208               database
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 212               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 216               features of same type and group to be selected for
 217               amending
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 221               alignments when hidden columns are present
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 225               displaying several structures
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 229               moving a window
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 233               within the Jalview desktop on OSX
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 237               when in wrapped alignment mode
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 241               hand end of alignment
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 245               each selected sequence do not have correct start/end
 246               positions
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 250               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 254               restoring project until a new view is created
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 258               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 259               configured (since 2.10.2b2)
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 263               position is adjusted
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 267               in a multi-chain structure when viewing alignment
 268               involving more than one chain (since 2.10)
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 272               if new selection moves alignment window
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 276               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 280               that produces correctly annotated transcripts and products
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 284               doesn't update associated structure view
 285             </li>
 286           </ul>
 287           <em>Applet</em><br />
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 291               closing alignment panel
 292             </li>
 293           </ul>
 294           <em>BioJSON</em><br />
 295           <ul>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 298               non-positional features
 299             </li>
 300           </ul>
 301           <em>New Known Issues</em>
 302           <ul>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 305               sequence features correctly (for many previous versions of
 306               Jalview)
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 310               using cursor in wrapped panel other than top
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 314               graduated colour threshold
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 318               always preserve numbering and sequence features
 319             </li>
 320           </ul>
 321           <em>Known Java 9 Issues</em>
 322           <ul>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 325               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 326               9.01, OSX 10.10)
 327             </li>
 328           </ul>
 329         </div></td>
 330     </tr>
 331     <tr>
 332       <td width="60" nowrap>
 333         <div align="center">
 334           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 335             <em>2/10/2017</em></strong>
 336         </div>
 337       </td>
 338       <td><div align="left">
 339           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 340           <ul>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 343             </li>
 344             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 345             </li>
 346           </ul>
 347         </div></td>
 348       <td><div align="left">
 349         </div></td>
 350     </tr>
 351     <tr>
 352       <td width="60" nowrap>
 353         <div align="center">
 354           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 355             <em>7/9/2017</em></strong>
 356         </div>
 357       </td>
 358       <td><div align="left">
 359           <em></em>
 360           <ul>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 363               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 364               white)
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 368               Preferences
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 372               in size and progress bar shown as higher resolution
 373               overview is recalculated
 374             </li>
 375
 376           </ul>
 377         </div></td>
 378       <td><div align="left">
 379           <em></em>
 380           <ul>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 383               column region row by row
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 387               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 391               format setting is unticked
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 395               if group has show boxes format setting unticked
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 399               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 400               include sequences and columns not currently displayed
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 404               assemblies are imported via CIF file
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 408               displayed when threshold or conservation colouring is also
 409               enabled.
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 413               server version
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 417               dragging a selected region off the visible region of the
 418               alignment
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 422               colourscheme to all groups in a view
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 426               initially after font size change using the Font chooser or
 427               middle-mouse zoom
 428             </li>
 429           </ul>
 430         </div></td>
 431     </tr>
 432     <tr>
 433       <td width="60" nowrap>
 434         <div align="center">
 435           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 436         </div>
 437       </td>
 438       <td><div align="left">
 439           <em>Calculations</em>
 440           <ul>
 441
 442             <li>
 443               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 444               ungapped positions in each column of the alignment.
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 448               a calculation dialog box
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 452               and memory efficiency (~30x faster)
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 456               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 457               and other calculations
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 461               files within the Jalview codebase
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 465               Similarity may have different topology due to increased
 466               precision
 467             </li>
 468           </ul>
 469           <em>Rendering</em>
 470           <ul>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 473               model for alignments and groups
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 477               scripts
 478             </li>
 479           </ul>
 480           <em>Overview</em>
 481           <ul>
 482             <li>
 483               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 484               with alignment and overview windows
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 488               overview
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 492               omitted in Overview
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 496               adjustment of visible position
 497             </li>
 498           </ul>
 499
 500           <em>Data import/export</em>
 501           <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 504               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 508               annotation input/output via stockholm flatfile
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 512               extension when importing structure files without embedded
 513               names or PDB accessions
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 517               format sequence substitution matrices
 518             </li>
 519           </ul>
 520           <em>User Interface</em>
 521           <ul>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 524               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 525               the application.
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 529               via Overview or sequence motif search operations
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 533               opened by double clicking gaps within sequence feature
 534               extent
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 538               aligned positions were available to create a 3D structure
 539               superposition.
 540             </li>
 541           </ul>
 542           <em>3D Structure</em>
 543           <ul>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 546               coloured in linked structure views
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 550               file-based command exchange
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 554               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 555               structures are already available for sequences
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 559               the Jalview project rather than downloaded again when the
 560               project is reopened.
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 564               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 565               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 566                 Feature</strong>)
 567             </li>
 568           </ul>
 569           <em>Web Services</em>
 570           <ul>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 576               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 577               Analysis services
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 581               cross-references provided by identifiers.org and the
 582               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 583             </li>
 584           </ul>
 585
 586           <em>Scripting</em>
 587           <ul>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 590               identifying file formats (instead of String constants)
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 594               efficiency when counting all displayed features (not
 595               backwards compatible with 2.10.1)
 596             </li>
 597           </ul>
 598           <em>Example files</em>
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 602               included in the example feature file
 603             </li>
 604           </ul>
 605           <em>Documentation</em>
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 609               with the built-in Java help viewer
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 613               sequence description' option
 614             </li>
 615           </ul>
 616           <em>Test Suite</em>
 617           <ul>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 620               Uniprot REST Free Text Search Client
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 627               during tests
 628             </li>
 629           </ul>
 630         </div></td>
 631       <td><div align="left">
 632           <em>Calculations</em>
 633           <ul>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 636               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 637               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 638             </li>
 639             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 640               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 641               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 642               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 643               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 644               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 645               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 646               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 647               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 648               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 649               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 650               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 651               // for 2.10.1 mode <br />
 652               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 653               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 654                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 655                 calculations (not recommended)</em></li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 658               scaling of branch lengths for trees computed using
 659               Sequence Feature Similarity.
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 663               generating output report when working with highly
 664               redundant alignments
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 668               right of selected region when gaps present on right-hand
 669               boundary
 670             </li>
 671           </ul>
 672           <em>User Interface</em>
 673           <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 676               doesn't reselect a specific sequence's associated
 677               annotation after it was used for colouring a view
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 681               opened on a region of alignment without groups
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 685               of an alignment with overlapping groups
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 689               name and description match
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 693               hidden regions results in incorrect hidden regions
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 697               changing colour does not apply Conservation slider value
 698               to all groups
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 702               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 706               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 710               gaps before start of features
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 714               restored to UI when feature colour is edited
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 718               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 722               as graduate feature colour settings are modified via the
 723               dialog box
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 727               when a group defined on the alignment is resized
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 731               wrapped view result in positional status updates
 732             </li>
 733
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 736               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 740               alignment included gapped columns
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 744               widgets don't permanently disappear
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 748               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 749               T-Coffee column reliability scores)
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 753               sequence feature on gaps only
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 757               button from a Find inherit previously defined feature type
 758               rather than the Find query string
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 762               exporting tree calculated in Jalview
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 766               and then revealing them reorders sequences on the
 767               alignment
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 771               doesn't update to reflect available set of groups after
 772               interactively adding or modifying features
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 776               Linux
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 780               only excluded gaps in current sequence and ignored
 781               selection.
 782             </li>
 783           </ul>
 784           <em>Rendering</em>
 785           <ul>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 788               erratically when hidden rows or columns are present
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 792               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 793               sequence colouring
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 797               colour and group colour menu for protein alignments
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 801               reflect currently selected view or group's shading
 802               thresholds
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 806               when rendered on overview and structures when opacity at
 807               100%
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 811               overview when features overlaid on alignment
 812             </li>
 813           </ul>
 814           <em>Data import/export</em>
 815           <ul>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 818               load
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 822               added after a sequence was imported are not written to
 823               Stockholm File
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 827               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 831               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 835               with lightGray or darkGray via features file (but can
 836               specify lightgray)
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 840               when alignment view imported from project
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 844               structure and sequences extracted from structure files
 845               imported via URL and viewed in Jmol
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 849               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 850               the project is loaded and the structure viewed
 851             </li>
 852           </ul>
 853           <em>Web Services</em>
 854           <ul>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 857               release of Ensembl v.88
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 861               appear enabled in Preferences->Connections
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 865               removed from console output
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 869               Ensembl by Peptide ID
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 873               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 874               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 875               due to 'null' string rather than empty string used for
 876               residues with no corresponding PDB mapping).
 877             </li>
 878           </ul>
 879           <em>Application UI</em>
 880           <ul>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 883               menu
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 887               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 888               new documentation and tooltips added)
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 892               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 896               new features are added to alignment
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 900               changes to feature colours via the Amend features dialog
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 904               edit graduated feature colour via amend features dialog
 905               box
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 909               selection menu changes colours of alignment views
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 913               from alignment calculation workers after alignment has
 914               been closed
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 918               groups now 'Create Group'
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 922               Create/Undefine group doesn't always work
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 926               shown again after pressing 'Cancel'
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 930               adjusts start position in wrap mode
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 934               ambiguous amino acids
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 938               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 939               proteins
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 943               Defined' don't appear in Colours menu
 944             </li>
 945           </ul>
 946           <em>Applet</em>
 947           <ul>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 950               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 954               overview or linked structure view
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 958               work (since 2.8)
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 962               user-defined colourscheme doesn't restore original
 963               colourscheme
 964             </li>
 965           </ul>
 966           <em>Test Suite</em>
 967           <ul>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 970               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 974               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 975               problems with deep array comparison equality asserts in
 976               successive versions of TestNG
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 980               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 981             </li>
 982           </ul>
 983           <em>New Known Issues</em>
 984           <ul>
 985             <li>
 986               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 987               phase after a sequence motif find operation
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 991               containing just upper and lower case letters are
 992               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 996               reliably from eggnog Ortholog database
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1000               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1001               to mark columns containing highlighted regions.
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1005               doesn't always add secondary structure annotation.
1006             </li>
1007           </ul>
1008         </div>
1009     <tr>
1010       <td width="60" nowrap>
1011         <div align="center">
1012           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1013         </div>
1014       </td>
1015       <td><div align="left">
1016           <em>General</em>
1017           <ul>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1020               for all consensus calculations
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1024               3rd Oct 2016)
1025             </li>
1026             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1027               for 2016-2017</li>
1028           </ul>
1029           <em>Application</em>
1030           <ul>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1033               set of database cross-references, sorted alphabetically
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1037               from database cross references. Users with custom links
1038               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1039                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1043               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1044               Chimera session
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1048               the Chimera it is connected to is shut down
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1052               columns menu item to mark columns containing highlighted
1053               regions (e.g. from structure selections or results of a
1054               Find operation)
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1058               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1059               MSAviewer
1060             </li>
1061           </ul>
1062         </div></td>
1063       <td>
1064         <div align="left">
1065           <em>General</em>
1066           <ul>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1069               are not coloured or thresholded according to percent
1070               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1074               hydrophobic
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1078               threshold, amino acid properties)
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1082               reported as mapped to residues in a structure file in the
1083               View Mapping report
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1087               could be added multiple times to a sequence
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1091               bond features shown as two highlighted residues rather
1092               than a range in linked structure views, and treated
1093               correctly when selecting and computing trees from features
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1097               cross-references are matched to database name regardless
1098               of case
1099             </li>
1100
1101           </ul>
1102           <em>Application</em>
1103           <ul>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1106               names without regular expressions also offer links from
1107               Sequence ID
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1111               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1112               update Jalview configuration
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1116               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1120               files with similarly named sequences if dropped onto the
1121               alignment
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1125               entries where more chains exist in the PDB accession than
1126               are reported in the SIFTS file
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1130               the structure view when displayed with Chimera
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1134               panel's View->Show Chains submenu
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1138               work for wrapped alignment views
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1142               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1146               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1147               first annotation row
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1151               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1155               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1156             </li>
1157             <!-- JAL-2319 -->
1158             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1159             coordindate data
1160             </li>
1161           </ul>
1162           <!--           <em>New Known Issues</em>
1163           <ul>
1164             <li></li>
1165           </ul> -->
1166         </div>
1167       </td>
1168     </tr>
1169     <td width="60" nowrap>
1170       <div align="center">
1171         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1172           <em>25/10/2016</em></strong>
1173       </div>
1174     </td>
1175     <td><em>Application</em>
1176       <ul>
1177         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1178           view if structures already loaded</li>
1179         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1180           structure views</li>
1181       </ul></td>
1182     <td>
1183       <div align="left">
1184         <em>General</em>
1185         <ul>
1186           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1187             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1188           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1189             example sequences/projects/trees</li>
1190         </ul>
1191         <em>Application</em>
1192         <ul>
1193           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1194             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1195           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1196             without timeout for structures with multiple models or
1197             multiple sequences in alignment</li>
1198           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1199             PDB ID HEADER line</li>
1200           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1201             is performed</li>
1202           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1203             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1204           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1205           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1206             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1207             option</li>
1208           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1209             is created on the alignment</li>
1210           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1211             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1212             pop-up menu</li>
1213         </ul>
1214         <em>Build and deployment</em>
1215         <ul>
1216           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1217             tags</li>
1218         </ul>
1219         <em>New Known Issues</em>
1220         <ul>
1221           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1222             on Windows</li>
1223         </ul>
1224       </div>
1225     </td>
1226     </tr>
1227     <tr>
1228       <td width="60" nowrap>
1229         <div align="center">
1230           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1231         </div>
1232       </td>
1233       <td><em>General</em>
1234         <ul>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1237           </li>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1240             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1241             better PDB parsing.
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1245             reference sequence
1246           </li>
1247           <li>
1248             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1249             mousing over sequence associated annotation
1250           </li>
1251           <li>
1252             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1253             for manual entry
1254           </li>
1255           <li>
1256             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1257             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1258             for each column
1259           </li>
1260           <li>
1261             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1262             showing or hiding columns containing a feature
1263           </li>
1264           <li>
1265             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1266             group and sequence associated annotation labels
1267           </li>
1268           <li>
1269             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1270             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1271             dialogs
1272           </li>
1273
1274         </ul> <em>Application</em>
1275         <ul>
1276           <li>
1277             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1278             gene/transcript view
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1282             dialog
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1286             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1287           </li>
1288           <li>
1289             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1290             Pfam sources to xfam.org
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1294           </li>
1295           <li>
1296             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1297             over sequences in Jalview
1298           </li>
1299           <li>
1300             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1301             regions in ENA and EMBL
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1305             for record retrieval via ENA rest API
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1309             complement operator
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1313             groovy script execution
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1317             alignment window's Calculate menu
1318           </li>
1319           <li>
1320             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1321             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1325             calculation workers from groovy scripts
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1329             Jalview projects
1330           </li>
1331           <li>
1332             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1333             associations are now saved/restored from project
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1337             before sequence fetcher is opened
1338           </li>
1339           <li>
1340             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1341             database chooser opens a sequence fetcher
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1345             the UniProt REST API
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1349             the news reader opening
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1353             querying stored in preferences
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1357             search results
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1364             menu for nucleotide sequences
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1368             and feature counts preserves alignment ordering (and
1369             debugged for complex feature sets).
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1373             viewing structures with Jalview 2.10
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1377             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1378             Ensembl Genomes REST API
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1382             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1383             (Ensembl)
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1387             sequences
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1391             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1392             data from external database records.
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1396             efficient recovery of sequence coding and alignment
1397             annotation relationships.
1398           </li>
1399         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1400         <ul>
1401           <li>
1402             -- JAL---
1403           </li>
1404         </ul> --></td>
1405       <td>
1406         <div align="left">
1407           <em>General</em>
1408           <ul>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1411               menu on OSX
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1415               includes graduated colourschemes
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1419               working with big alignments and lots of hidden columns
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1423               at right of alignment window
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1427               contents
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1431               for DNA alignments
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1435               based tree calculation
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1439               unconserved enabled for group on alignment
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1443               set as reference
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1447               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1448               annotation
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1452               hidden columns present
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1456               user created annotation added to alignment
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1460               '()' base pair annotation
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1464               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1465               Consensus
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1469               feature not working
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1473               beginning of sequence
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1477               entry 3a6s
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1481               from a tree when t-coffee scores are shown
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1485               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1489               some structures
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1493               to Clustal, PIR and PileUp output
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1497               not visible causes alignment window to repaint
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1501               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1502               scores associated with features and annotation rows
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1506               calculation should be case independent
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1510               columns
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1514               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1515               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1519               problems when reference sequence defined and 'show
1520               non-conserved' enabled
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1524               load even when Consensus calculation is disabled
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1528               alignment does nothing
1529             </li>
1530           </ul>
1531           <em>Application</em>
1532           <ul>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1535               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1536               yet fixed for El Capitan)
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1540               output when running on non-gb/us i18n platforms
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1544               hidden sequences as flat-file alignment
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1548               launching Chimera
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1552               (also hotfix for 2.9.0b2)
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1556               reference sequence defined
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1560               alignments and views when revealing hidden columns
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1564               view in a cDNA/Protein splitframe
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1568               sequence from project when only one sequence is
1569               represented
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1573               in Structure Chooser
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1577               structure consensus didn't refresh annotation panel
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1581               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1585               dialogs format columns correctly, don't display array
1586               data, sort columns according to type
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1590               file chooser is cancelled during an image export
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1594               sequence name containing special characters
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1598               case insensitive
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1602               formatting don't wrap
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1606               truncated so L looks like I in consensus annotation
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1610               currently displayed features for the current selection or
1611               view
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1615               after fetching cross-references, and restoring from
1616               project
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1620               followed in the structure viewer
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1624               splitframe not restored from project
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1628               trailing end of protein alignment in transcript/product
1629               splitview when pad-gaps not enabled by default
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1633               is case dependent
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1637               article has been read (reopened issue due to
1638               internationalisation problems)
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1642               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1643               cross-references
1644             </li>
1645
1646             <li>
1647               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1648               alignment as HTML
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1652               multiple structures are shown for one or more sequences.
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1656               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1657               is enabled.
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1661               specific PDB id for sequence
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1665               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1666               columns' is disabled.
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1670               selects lowest rather than highest resolution structures
1671               for each sequence
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1675               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1679               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1683               after clicking on it to create new annotation for a
1684               column.
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1688               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1689             </li>
1690             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1691             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1692           </ul>
1693           <em>Applet</em>
1694           <ul>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1697               hidden columns present before start of sequence
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1701               (JSON jars)
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1705               sequences are hidden in applet
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1709               deployment on examples pages.
1710             </li>
1711           </ul>
1712         </div>
1713       </td>
1714     </tr>
1715     <tr>
1716       <td width="60" nowrap>
1717         <div align="center">
1718           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1719             <em>16/10/2015</em></strong>
1720         </div>
1721       </td>
1722       <td><em>General</em>
1723         <ul>
1724           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1725             jars</li>
1726         </ul></td>
1727       <td>
1728         <div align="left">
1729           <em>Application</em>
1730           <ul>
1731             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1732               shown when tree is partitioned</li>
1733             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1734               multiple cDNA/Protein split views</li>
1735           </ul>
1736         </div>
1737       </td>
1738     </tr>
1739     <tr>
1740       <td width="60" nowrap>
1741         <div align="center">
1742           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1743             <em>8/10/2015</em></strong>
1744         </div>
1745       </td>
1746       <td><em>General</em>
1747         <ul>
1748           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1749             2.9</li>
1750         </ul> <em>Application</em>
1751         <ul>
1752           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1753           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1754           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1755         </ul> <em>Applet</em>
1756         <ul>
1757           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1758         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1759         <ul>
1760           <li>
1761             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1762             suite
1763           </li>
1764         </ul></td>
1765       <td>
1766         <div align="left">
1767           <em>General</em>
1768           <ul>
1769             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1770               incorrect when sequence start > 1</li>
1771             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1772               documentation</li>
1773             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1774             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1775               loading a features file containing HTML tags in feature
1776               description</li>
1777
1778           </ul>
1779           <em>Application</em>
1780           <ul>
1781             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1782               reimport</li>
1783             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1784               with 'trim retrieved sequences'</li>
1785             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1786               deleting selected columns</li>
1787             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1788               JNLP templates for webstart launch</li>
1789             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1790               unreleased structures for download or viewing</li>
1791             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1792               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1793             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1794               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1795             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1796               recovered from jalview project</li>
1797             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1798               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1799               alignment view</li>
1800             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1801               color schemes from BioJSON</li>
1802           </ul>
1803           <em>Applet</em>
1804           <ul>
1805             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1806               frame</li>
1807             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1808           </ul>
1809         </div>
1810       </td>
1811     </tr>
1812     <tr>
1813       <td><div align="center">
1814           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1815         </div></td>
1816       <td><em>General</em>
1817         <ul>
1818           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1819             alignments:
1820             <ul>
1821               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1822                 and DNA alignment views</li>
1823               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1824                 cDNA alignment views</li>
1825               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1826                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1827               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1828                 protein sequences</li>
1829             </ul>
1830           </li>
1831           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1832           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1833             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1834           <li>New alignment annotation file statements for
1835             reference sequences and marking hidden columns</li>
1836           <li>Reference sequence based alignment shading to
1837             highlight variation</li>
1838           <li>Select or hide columns according to alignment
1839             annotation</li>
1840           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1841           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1842             acid conservation row</li>
1843           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1844         </ul> <em>Application</em>
1845         <ul>
1846           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1847             <ul>
1848               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1849                 view with cDNA/Protein</li>
1850               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1851                 sequences are placed in the same alignment</li>
1852               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1853                 projects</li>
1854             </ul>
1855           </li>
1856
1857           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1858           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1859             Jalview windows</li>
1860
1861           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1862           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1863           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1864             be shown in VARNA</li>
1865
1866           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1867             as the active selected region</li>
1868
1869           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1870             similarity</li>
1871           <li>New Export options
1872             <ul>
1873               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1874                 region export in flat file generation</li>
1875
1876               <li>Export alignment views for display with the <a
1877                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1878
1879               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1880               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1881                 alignment figures to HTML</li>
1882           </li>
1883           <li>3D structure retrieval and display
1884             <ul>
1885               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1886                 Search API</li>
1887               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1888                 PDB structures for a sequence set</li>
1889             </ul>
1890           </li>
1891
1892           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1893             predictions</li>
1894           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1895             for one or a group of sequences</li>
1896           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1897             from the JPred4 web server</li>
1898           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1899             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1900             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1901           </li>
1902           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1903             VARNA 2D Structure'</li>
1904           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1905             Structure ..."</li>
1906
1907         </ul> <em>Applet</em>
1908         <ul>
1909           <li>New layout for applet example pages</li>
1910           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1911             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1912           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1913             Protein alignments</li>
1914         </ul> <em>Development and deployment</em>
1915         <ul>
1916           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1917           <li>Include installation type and git revision in build
1918             properties and console log output</li>
1919           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1920             storing BioJsMSA Templates</li>
1921           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1922         </ul></td>
1923       <td>
1924         <!-- <em>General</em>
1925         <ul>
1926         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1927         <ul>
1928           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1929           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1930           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1931             predictions are not highlighted in amber</li>
1932           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1933             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1934           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1935             associated structure views</li>
1936           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1937             width checkbox not enabled</li>
1938           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1939             creating user defined colours</li>
1940           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1941             mappings for just that viewer's sequences</li>
1942           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1943             multiple models in Chimera</li>
1944           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1945             over Jmol structure</li>
1946           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1947             output to text box</li>
1948           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1949             have incorrect sequence start/end</li>
1950           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1951             Jalview fails</li>
1952           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1953             work for nucleotide</li>
1954           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1955             to a grey/invisible alignment window</li>
1956           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1957             imports to different position</li>
1958           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1959             on some platforms</li>
1960           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1961             populated</li>
1962           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1963             console if Chimera has been opened</li>
1964           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1965           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1966             retrieved</li>
1967           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1968           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1969             either sequence shows on first structure</li>
1970           <li>'Show annotations' options should not make
1971             non-positional annotations visible</li>
1972           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1973             in right place after 'view flanking regions'</li>
1974           <li>File Save As type unset when current file format is
1975             unknown</li>
1976           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1977             projects</li>
1978           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1979             responsive</li>
1980           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1981             several views on same alignment</li>
1982           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1983           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1984             spaces</li>
1985         </ul> <em>Applet</em>
1986         <ul>
1987           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1988           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1989             descriptions containing angle brackets</li>
1990         </ul> <em>General</em>
1991         <ul>
1992           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1993             via jalview annotation file</li>
1994           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1995             with RNA secondary structure</li>
1996           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1997             translation doesn't work.</li>
1998           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1999           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2000             positions</li>
2001           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2002             choosing 1pt font</li>
2003           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2004             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2005             'h'</li>
2006           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2007             new feature</li>
2008           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2009             order dependent</li>
2010           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2011             sequences</li>
2012           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2013         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2014         <ul>
2015           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2016             www.jalview.org</li>
2017         </ul> <em>Application Known issues</em>
2018         <ul>
2019           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2020           <li>Misleading message appears after trying to delete
2021             solid column.</li>
2022           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2023             version launches</li>
2024           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2025             fails with a sequence mismatch</li>
2026           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2027             scrolling alignment to right</li>
2028           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2029             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2030           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2031             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2032           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2033             ultra-high resolution</li>
2034           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2035             quality and conservation</li>
2036           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2037             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2038         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2039         <ul>
2040           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2041           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2042             window is being resized</li>
2043
2044         </ul>
2045       </td>
2046     </tr>
2047     <tr>
2048       <td><div align="center">
2049           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2050         </div></td>
2051       <td><em>General</em>
2052         <ul>
2053           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2054             Certum.PL.</li>
2055           <li>Features and annotation preserved when performing
2056             pairwise alignment</li>
2057           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2058             imported/exported/displayed</li>
2059           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2060             protein secondary structure</li>
2061           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2062               post-hoc with 2.9 release</em>)
2063           </li>
2064
2065         </ul> <em>Application</em>
2066         <ul>
2067           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2068             with 3D structures</li>
2069           <li>Support for parsing RNAML</li>
2070           <li>Annotations menu for layout
2071             <ul>
2072               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2073               <li>place sequence annotation above/below alignment
2074                 annotation</li>
2075             </ul>
2076           <li>Output in Stockholm format</li>
2077           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2078             translation</li>
2079           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2080           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2081             shared between alignments</li>
2082           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2083             Jalview</li>
2084           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2085             all or current selection</li>
2086           <li>disorder and secondary structure predictions
2087             available as dataset annotation</li>
2088           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2089
2090
2091           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2092             alignments from Rfam</li>
2093           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2094
2095           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2096             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2097           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2098           <li>include installation type in build properties and
2099             console log output</li>
2100           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2101             annotation</li>
2102         </ul></td>
2103       <td>
2104         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2105         <ul>
2106           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2107             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2108           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2109             alignment</li>
2110           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2111           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2112           <li>Double click on sequence associated annotation
2113             selects only first column</li>
2114           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2115             leaves shown in tree</li>
2116           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2117             properly</li>
2118           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2119           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2120             screen and buttons not visible</li>
2121           <li>author list isn't updated if already written to
2122             Jalview properties</li>
2123           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2124             from database</li>
2125           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2126           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2127             browser search window</li>
2128           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2129             in feature settings dialog</li>
2130           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2131             desktop</li>
2132           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2133             pass validation</li>
2134           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2135             fit on screen</li>
2136           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2137             tooltip</li>
2138           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2139             defined user preset</li>
2140           <li>MSA web services warns user if they were launched
2141             with invalid input</li>
2142           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2143             Java 8</li>
2144           <li>
2145             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2146             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2147             created
2148           </li>
2149
2150         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2151         <ul>
2152         </ul> <em>General</em>
2153         <ul>
2154         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2155         <ul>
2156           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2157             memory allocation</li>
2158           <li>launchApp service doesn't automatically open
2159             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2160           <li>
2161             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2162             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2163             1.7_055 is available
2164           </li>
2165         </ul> <em>Application Known issues</em>
2166         <ul>
2167           <li>
2168             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2169             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2170             alignment to right
2171           </li>
2172           <li>
2173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2174             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2175             with large number of ID
2176           </li>
2177           <li>
2178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2179             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2180             start/end
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2184             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2185             structure tracks are rearranged
2186           </li>
2187           <li>
2188             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2189             invalid rna structure positional highlighting does not
2190             highlight position of invalid base pairs
2191           </li>
2192           <li>
2193             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2194             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2195             project from alignment window file menu
2196           </li>
2197           <li>
2198             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2199             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2200             structures
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2204             colour by RNA Helices not enabled when user created
2205             annotation added to alignment
2206           </li>
2207           <li>
2208             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2209             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2210           </li>
2211         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2212         <ul>
2213           <li>
2214             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2215             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2216           </li>
2217           <li>
2218             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2219             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2220           </li>
2221
2222           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2223             when selected</li>
2224         </ul>
2225       </td>
2226     </tr>
2227     <tr>
2228       <td><div align="center">
2229           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2230         </div></td>
2231       <td>
2232         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2233         <em>General</em>
2234         <ul>
2235           <li>Internationalisation of user interface (usually
2236             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2237           <li>Define/Undefine group on current selection with
2238             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2239           <li>Improved group creation/removal options in
2240             alignment/sequence Popup menu</li>
2241           <li>Sensible precision for symbol distribution
2242             percentages shown in logo tooltip.</li>
2243           <li>Annotation panel height set according to amount of
2244             annotation when alignment first opened</li>
2245         </ul> <em>Application</em>
2246         <ul>
2247           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2248             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2249           <li>Select columns containing particular features from
2250             Feature Settings dialog</li>
2251           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2252             sequences</li>
2253           <li>Update Jalview project format:
2254             <ul>
2255               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2256               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2257                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2258               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2259                 colouring</li>
2260             </ul>
2261           </li>
2262           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2263             (PAM250)</li>
2264           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2265             flanking regions for an alignment</li>
2266         </ul>
2267       </td>
2268       <td>
2269         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2270         <ul>
2271           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2272             running after job is cancelled</li>
2273           <li>cannot export features from alignments imported from
2274             Jalview/VAMSAS projects</li>
2275           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2276             float values</li>
2277           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2278             have 'display all symbols' flag set</li>
2279           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2280             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2281           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2282             Jalview</li>
2283           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2284             Lion/Webstart</li>
2285           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2286           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2287           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2288             alignment onto desktop</li>
2289           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2290             'extract scores' function</li>
2291           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2292             alignment window</li>
2293           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2294             performing IUPred disorder prediction</li>
2295           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2296             changing 'normalise logo' display setting</li>
2297           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2298             nothing matches query</li>
2299           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2300             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2301           </li>
2302           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2303             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2304           </li>
2305           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2306             Jalview's menu</li>
2307           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2308             'invalid literal/length code'</li>
2309           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2310             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2311           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2312             colourscheme</li>
2313
2314         </ul> <em>Applet</em>
2315         <ul>
2316           <li>Remove group option is shown even when selection is
2317             not a group</li>
2318           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2319             don't affect groups</li>
2320           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2321             colourscheme name</li>
2322           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2323             Annotation panel is not displayed</li>
2324           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2325             embedded windows</li>
2326         </ul> <em>Other</em>
2327         <ul>
2328           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2329             single sequence were not calculated</li>
2330           <li>annotation files that contain only groups imported as
2331             annotation and junk sequences</li>
2332           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2333             recognised as PFAM or BLC</li>
2334           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2335             doesn't affect background (2.8.0b1)
2336           <li></li>
2337           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2338           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2339             trailing gaps</li>
2340           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2341             registered correctly on import</li>
2342           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2343             certain alignments</li>
2344           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2345             existing annotation based 'use original colours'
2346             colourscheme loses original colours setting</li>
2347         </ul>
2348       </td>
2349     </tr>
2350     <tr>
2351       <td><div align="center">
2352           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2353             <em>30/1/2014</em></strong>
2354         </div></td>
2355       <td>
2356         <ul>
2357           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2358             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2359             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2360             open source project).
2361           </li>
2362           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2363           <li>Output in Stockholm format</li>
2364           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2365           <li>Export/import group and sequence associated line
2366             graph thresholds</li>
2367           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2368             ambiguity codes</li>
2369           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2370             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2371             works</li>
2372           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2373         </ul> <em>Other improvements</em>
2374         <ul>
2375           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2376           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2377             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2378           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2379             files</li>
2380           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2381           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2382             link but no description</li>
2383           <li>Select primary source when selecting authority in
2384             database fetcher GUI</li>
2385           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2386             Jalview</li>
2387           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2388         </ul>
2389       </td>
2390       <td>
2391         <ul>
2392           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2393             displayed</li>
2394           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2395             secondary structure annotation line</li>
2396           <li>Sequence database accessions not imported when
2397             fetching alignments from Rfam</li>
2398           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2399             identical IDs</li>
2400           <li>View all structures does not always superpose
2401             structures</li>
2402           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2403             reflect user or preset settings</li>
2404           <li>Null pointer exceptions for some services without
2405             presets or adjustable parameters</li>
2406           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2407             discover PDB xRefs</li>
2408           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2409             features with DAS</li>
2410           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2411             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2412           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2413             residue follows a gap</li>
2414           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2415             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2416           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2417             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2418           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2419             annotation already exists on alignment</li>
2420           <li>oninit javascript function should be called after
2421             initialisation completes</li>
2422           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2423             alignment window display</li>
2424           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2425           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2426             to annotation file</li>
2427           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2428             groups created</li>
2429           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2430             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2431           <li>Pressing return several times causes Number Format
2432             exceptions in keyboard mode</li>
2433           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2434             correct partitions for input data</li>
2435           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2436           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2437           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2438           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2439             mode</li>
2440           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2441             changes one row&#39;s threshold</li>
2442           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2443             doesn&#39;t open</li>
2444           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2445             quality histograms</li>
2446         </ul>
2447       </td>
2448     </tr>
2449     <tr>
2450       <td><div align="center">
2451           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2452         </div></td>
2453       <td><em>Application</em>
2454         <ul>
2455           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2456             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2457           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2458             preferences</li>
2459           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2460             in Jalview alignment window</li>
2461           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2462             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2463           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2464             RNA and ambiguity codes</li>
2465
2466           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2467           <li>Support fetching and database reference look up
2468             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2469             refs')</li>
2470           <li>Jalview project improvements
2471             <ul>
2472               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2473                 flag for annotation</li>
2474               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2475                 alignment</li>
2476               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2477                 Jalview project</li>
2478
2479             </ul>
2480           </li>
2481           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2482           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2483             running</li>
2484           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2485           <li>visual indication that web service results are still
2486             being retrieved from server</li>
2487           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2488             starts up for first time</li>
2489           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2490             services</li>
2491           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2492             client library</li>
2493           <li>Examples directory and Groovy library included in
2494             InstallAnywhere distribution</li>
2495         </ul> <em>Applet</em>
2496         <ul>
2497           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2498             visualization applet example</li>
2499         </ul> <em>General</em>
2500         <ul>
2501           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2502           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2503             defaults</li>
2504           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2505             calculation</li>
2506           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2507             matrices
2508           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2509             in HTML</li>
2510           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2511             structure contacts</li>
2512           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2513           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2514           <li>Parse sequence associated secondary structure
2515             information in Stockholm files</li>
2516           <li>HTML Export database accessions and annotation
2517             information presented in tooltip for sequences</li>
2518           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2519             style RNA alignment files</li>
2520           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2521             alignment</li>
2522           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2523             shade each sequence according to its associated alignment
2524             annotation</li>
2525           <li>New Jalview Logo</li>
2526         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2527         <ul>
2528           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2529           <li>New Website!</li>
2530         </ul></td>
2531       <td><em>Application</em>
2532         <ul>
2533           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2534             wsdbfetch REST service</li>
2535           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2536           <li>Filetype associations not installed for webstart
2537             launch</li>
2538           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2539             job execution in full once it is complete</li>
2540           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2541             uploaded via ali_file parameter</li>
2542           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2543           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2544           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2545             submitted for prediction</li>
2546           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2547             desktop window</li>
2548           <li>Putting fractional value into integer text box in
2549             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2550           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2551             windows 7</li>
2552           <li>View all structures fails with exception shown in
2553             structure view</li>
2554           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2555             escaped in a platform independent way</li>
2556           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2557             using proxy</li>
2558           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2559             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2560           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2561             failure when java web start temporary file caching is
2562             disabled</li>
2563           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2564             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2565           <li>Errors during processing of command line arguments
2566             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2567           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2568             DAS sources in sequence fetcher</li>
2569           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2570             dialog is shown</li>
2571           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2572           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2573           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2574           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2575             on OSX Mountain Lion</li>
2576           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2577             sequences with alignment annotation are pasted into the
2578             alignment</li>
2579           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2580             when loaded from Jalview project</li>
2581           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2582           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2583             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2584           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2585             associated with all views</li>
2586           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2587             annotation rows to new window</li>
2588         </ul> <em>Applet</em>
2589         <ul>
2590           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2591             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2592           <li>loading features via javascript API automatically
2593             enables feature display</li>
2594           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2595             work</li>
2596         </ul> <em>General</em>
2597         <ul>
2598           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2599           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2600             and then deselected</li>
2601           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2602           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2603             coloured with clustalx</li>
2604           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2605             exceptions and redraw errors</li>
2606           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2607             reconfigured view</li>
2608           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2609             colour</li>
2610           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2611             for lots of labels</li>
2612         </ul>
2613     </tr>
2614     <tr>
2615       <td>
2616         <div align="center">
2617           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2618         </div>
2619       </td>
2620       <td><em>Application</em>
2621         <ul>
2622           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2623           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2624           <li>View/alignment association menu to enable user to
2625             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2626             its colours/correspondences from</li>
2627           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2628           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2629             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2630           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2631           <li>Annotation row column label formatting attributes
2632             stored in project file</li>
2633           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2634             rows preserved in Jalview project file</li>
2635           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2636             saved using Desktop window menu</li>
2637           <li>Visual indication that command line arguments are
2638             still being processed</li>
2639           <li>Groovy script execution from URL</li>
2640           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2641             preferences</li>
2642           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2643             alignment with sequences that have high similarity and
2644             matching IDs</li>
2645           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2646           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2647             structures in same window</li>
2648           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2649           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2650             analysis function in its own submenu</li>
2651         </ul> <em>Applet</em>
2652         <ul>
2653           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2654             groups</li>
2655           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2656           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2657           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2658           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2659           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2660             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2661           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2662           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2663             parameters are treated as such</li>
2664           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2665             <ul>
2666               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2667               <li>Javascript callbacks for
2668                 <ul>
2669                   <li>Applet initialisation</li>
2670                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2671                 </ul>
2672               </li>
2673               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2674                 functions</li>
2675               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2676               <li>javascript structure viewer harness to pass
2677                 messages between Jmol and Jalview when running as
2678                 distinct applets</li>
2679               <li>sortBy method</li>
2680               <li>Set of applet and application examples shipped
2681                 with documentation</li>
2682               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2683                 javascript message exchange</li>
2684             </ul>
2685         </ul> <em>General</em>
2686         <ul>
2687           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2688             multiple alignments</li>
2689           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2690           <li>User configurable link to enable redirects to a
2691             www.Jalview.org mirror</li>
2692           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2693           <li>Configurable newline string when writing alignment
2694             and other flat files</li>
2695           <li>Allow alignment annotation description lines to
2696             contain html tags</li>
2697         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2698         <ul>
2699           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2700             examples</li>
2701           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2702             using a web service before displaying the result in the
2703             Jalview desktop</li>
2704           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2705           <li>Ant target to publish example html files with applet
2706             archive</li>
2707           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2708           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2709         </ul></td>
2710       <td><em>Application</em>
2711         <ul>
2712           <li>User defined colourscheme throws exception when
2713             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2714           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2715             dialog for valid filename/format</li>
2716           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2717           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2718             P37173</li>
2719           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2720             which sequence is to be associated with the file</li>
2721           <li>Find All raises null pointer exception when query
2722             only matches sequence IDs</li>
2723           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2724           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2725             2.4 cannot be loaded</li>
2726           <li>Filetype associations not installed for webstart
2727             launch</li>
2728           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2729             with sequences in different alignments do not get coloured
2730             by their associated sequence</li>
2731           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2732             not preserved when project is loaded</li>
2733           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2734             stored in Jalview project</li>
2735           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2736             Jalview project</li>
2737           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2738           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2739             by conservation</li>
2740           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2741             created on new view</li>
2742           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2743             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2744           <li>Alignment quality not updated after alignment
2745             annotation row is hidden then shown</li>
2746           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2747             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2748           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2749             properly</li>
2750           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2751             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2752           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2753           <li>Structures imported from file and saved in project
2754             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2755           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2756             job execution in full once it is complete</li>
2757         </ul> <em>Applet</em>
2758         <ul>
2759           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2760             annotation rows are displayed</li>
2761           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2762             codebase</li>
2763           <li>View follows highlighting does not work for positions
2764             in sequences</li>
2765           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2766           <li>Export features raises exception when no features
2767             exist</li>
2768           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2769             for javascript api is modified when separator string
2770             provided as parameter</li>
2771           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2772             alignment with no existing selection</li>
2773           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2774             to applet&#39;s codebase</li>
2775           <li>Status bar not updated after finished searching and
2776             search wraps around to first result</li>
2777           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2778             several Jalview applets causes race conditions and memory
2779             leaks</li>
2780           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2781             not sent from Jmol in applet</li>
2782           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2783             applet API fatally hang browser</li>
2784         </ul> <em>General</em>
2785         <ul>
2786           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2787             position with wrapped view and hidden regions</li>
2788           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2789             with/without hidden columns</li>
2790           <li>Sequence length given in alignment properties window
2791             is off by 1</li>
2792           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2793             import PDB like structure files</li>
2794           <li>Positional search results are only highlighted
2795             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2796           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2797           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2798             given sequence position</li>
2799           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2800             output</li>
2801           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2802             from nucleotide chains correctly</li>
2803           <li>Structure colours not updated when tree partition
2804             changed in alignment</li>
2805           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2806             parsed in interleaved stockholm</li>
2807           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2808             state</li>
2809           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2810             properly</li>
2811           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2812             properly associated with their pdb files</li>
2813         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2814         <ul>
2815           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2816             ApplyCopyright tool</li>
2817         </ul></td>
2818     </tr>
2819     <tr>
2820       <td>
2821         <div align="center">
2822           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2823         </div>
2824       </td>
2825       <td><em>Application</em>
2826         <ul>
2827           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2828             contact web services</li>
2829           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2830             service job window</li>
2831           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2832         </ul></td>
2833       <td>
2834         <ul>
2835           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2836             pir file emitted by Jalview</li>
2837           <li>Existing feature settings transferred to new
2838             alignment view created from cut'n'paste</li>
2839           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2840             parsing PDB files</li>
2841           <li>Consensus and conservation annotation rows
2842             occasionally become blank for all new windows</li>
2843           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2844             in wrapped view mode</li>
2845         </ul> <em>Application</em>
2846         <ul>
2847           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2848             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2849           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2850             parameter names</li>
2851           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2852             is down</li>
2853         </ul>
2854       </td>
2855     </tr>
2856     <tr>
2857       <td>
2858         <div align="center">
2859           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2860         </div>
2861       </td>
2862       <td><em>Application</em>
2863         <ul>
2864           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2865             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2866             (JABAWS)
2867           </li>
2868           <li>Web Services preference tab</li>
2869           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2870             preferences</li>
2871           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2872           <li>Superpose structures using associated sequence
2873             alignment</li>
2874           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2875             viewer</li>
2876         </ul> <em>Applet</em>
2877         <ul>
2878           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2879             link out mechanism</li>
2880         </ul> <em>Other</em>
2881         <ul>
2882           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2883             series 12</li>
2884           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2885             require Java 1.5</li>
2886           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2887             sequence annotation files</li>
2888           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2889             type colour specification</li>
2890           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2891             script to check if it being run in an interactive session or
2892             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2893         </ul></td>
2894       <td>
2895         <ul>
2896           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2897             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2898         </ul> <em>Application</em>
2899         <ul>
2900           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2901             selected Regions menu item</li>
2902           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2903             part of a valid accession ID</li>
2904           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2905             runs out of memory</li>
2906           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2907             analysis results</li>
2908           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2909             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2910           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2911         </ul> <em>Applet</em>
2912         <ul>
2913           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2914             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2915             defined.</li>
2916         </ul>
2917       </td>
2918     </tr>
2919     <tr>
2920       <td>
2921         <div align="center">
2922           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2923         </div>
2924       </td>
2925       <td></td>
2926       <td>
2927         <ul>
2928           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2929             sequence IDs</li>
2930           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2931             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2932           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2933             import correctly</li>
2934           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2935             number of columns are hidden</li>
2936           <li>annotation label popup menu not providing correct
2937             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2938             present</li>
2939           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2940             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2941           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2942             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2943
2944         </ul> <em>Applet</em>
2945         <ul>
2946           <li>annotation panel disappears when annotation is
2947             hidden/removed</li>
2948         </ul> <em>Application</em>
2949         <ul>
2950           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2951             alignment opened where annotation panel is visible but no
2952             annotations are present on alignment</li>
2953           <li>pasted region containing hidden columns is
2954             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2955           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2956             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2957           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2958             selected Rregions menu item.</li>
2959           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2960             'Un' or 'Non'conserved</li>
2961           <li>Sequence feature settings are being shared by
2962             multiple distinct alignments</li>
2963           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2964             changed</li>
2965           <li>double click on group annotation to select sequences
2966             does not propagate to associated trees</li>
2967           <li>Mac OSX specific issues:
2968             <ul>
2969               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2970                 window background</li>
2971               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2972                 name set correctly</li>
2973               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2974                 save feature colourscheme button</li>
2975             </ul>
2976           </li>
2977         </ul>
2978       </td>
2979     </tr>
2980     <tr>
2981
2982       <td>
2983         <div align="center">
2984           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2985         </div>
2986       </td>
2987       <td><em>New Capabilities</em>
2988         <ul>
2989           <li>URL links generated from description line for
2990             regular-expression based URL links (applet and application)
2991
2992           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2993             menu</li>
2994           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2995             structures</li>
2996           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2997             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2998           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2999             average score or total feature count for each sequence.</li>
3000           <li>Shading features by score or associated description</li>
3001           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3002             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3003           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3004             hide everything but the currently selected region.</li>
3005           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3006         </ul> <em>Application</em>
3007         <ul>
3008           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3009             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3010           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3011             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3012           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3013             database references and protein_name is parsed as
3014             description line (BioSapiens terms).</li>
3015           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3016             references in sequence ID tooltip from View menu in
3017             application.</li>
3018           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3019       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3020           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3021             conservation plots</li>
3022           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3023             and visualized as sequence logos</li>
3024           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3025             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3026           </li>
3027           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3028             when a new tree is opened.</li>
3029           <li>Jalview Java Console</li>
3030           <li>Better placement of desktop window when moving
3031             between different screens.</li>
3032           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3033             consensus annotation</li>
3034           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3035             Workflows</li>
3036           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3037             <ul>
3038               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3039                 used to preserve views, structures, and tree display
3040                 settings)</li>
3041               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3042                 command line</li>
3043               <li>Sharing of selected regions between views and
3044                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3045               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3046             </ul></li>
3047         </ul> <em>Applet</em>
3048         <ul>
3049           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3050           <li>New Parameters
3051             <ul>
3052               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3053                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3054                 opened.</li>
3055               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3056                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3057               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3058                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3059               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3060                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3061                 view</li>
3062               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3063                 increase the height or width of a cell in the alignment
3064                 grid relative to the current font size.</li>
3065             </ul>
3066           </li>
3067           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3068             tooltip</li>
3069         </ul> <em>Other</em>
3070         <ul>
3071           <li>Features format: graduated colour definitions and
3072             specification of feature scores</li>
3073           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3074             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3075             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3076           <li>XML formats extended to support graduated feature
3077             colourschemes, group associated annotation, and profile
3078             visualization settings.</li></td>
3079       <td>
3080         <ul>
3081           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3082             rather than description</li>
3083           <li>Non-positional features are now included in sequence
3084             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3085             visibility in tooltip).</li>
3086           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3087           <li>Added URL embedding instructions to features file
3088             documentation.</li>
3089           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3090             'X' in peptide product</li>
3091           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3092             sequence ID and sequence string and query strings do not
3093             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3094           <li>AMSA files only contain first column of
3095             multi-character column annotation labels</li>
3096           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3097             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3098             exported and re-imported)</li>
3099           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3100             name</li>
3101           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3102             as subsequence matches, and correctly reports total number
3103             of both.</li>
3104           <li>Application:
3105             <ul>
3106               <li>Better handling of exceptions during sequence
3107                 retrieval</li>
3108               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3109                 link text excludes the start_end suffix</li>
3110               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3111                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3112               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3113               <li>Sequence description lines properly shared via
3114                 VAMSAS</li>
3115               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3116                 data sources</li>
3117               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3118                 completes before alignment figures are generated.</li>
3119               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3120                 first time.</li>
3121               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3122                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3123               <li>User defined group colours properly recovered
3124                 from Jalview projects.</li>
3125             </ul>
3126           </li>
3127         </ul>
3128       </td>
3129
3130     </tr>
3131     <tr>
3132       <td>
3133         <div align="center">
3134           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3135         </div>
3136       </td>
3137       <td>
3138         <ul>
3139           <li>Experimental support for google analytics usage
3140             tracking.</li>
3141           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3142         </ul>
3143       </td>
3144       <td>
3145         <ul>
3146           <li>Race condition in applet preventing startup in
3147             jre1.6.0u12+.</li>
3148           <li>Exception when feature created from selection beyond
3149             length of sequence.</li>
3150           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3151           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3152             all sequences with a given id</li>
3153           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3154             ID string searches</li>
3155           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3156             alignment to fail with exception</li>
3157         </ul> <em>Application Issues</em>
3158         <ul>
3159           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3160           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3161             data sources</li>
3162         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3163         <ul>
3164           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3165             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3166           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3167             version (java class versioning error fixed)</li>
3168         </ul>
3169       </td>
3170     </tr>
3171     <tr>
3172       <td>
3173
3174         <div align="center">
3175           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3176         </div>
3177       </td>
3178       <td><em>User Interface</em>
3179         <ul>
3180           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3181             translation and protein products</li>
3182           <li>Linked highlighting of structure associated with
3183             residue mapping to codon position</li>
3184           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3185             and 'clear' button</li>
3186           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3187             Tools menu</li>
3188           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3189             numeric data in description line</li>
3190           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3191           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3192             of sequence</li>
3193         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3194         <ul>
3195           <li>JPred3 web service</li>
3196           <li>Prototype sequence search client (no public services
3197             available yet)</li>
3198           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3199             PFAM</li>
3200           <li>URL Links created for matching database cross
3201             references as well as sequence ID</li>
3202           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3203         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3204         <ul>
3205           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3206             databases</li>
3207           <li>Generalised database reference retrieval and
3208             validation to all fetchable databases</li>
3209           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3210             sequence command</li>
3211         </ul> <em>Import and Export</em>
3212         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3213         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3214           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3215         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3216           File</li>
3217         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3218           triplet as name of colourscheme</li>
3219         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3220         <ul>
3221           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3222           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3223             alignments (experimental)</li>
3224           <li>Create new or select existing session to join</li>
3225           <li>load and save of vamsas documents</li>
3226         </ul> <em>Application command line</em>
3227         <ul>
3228           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3229             from applet)</li>
3230           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3231             of DAS servers to query for alignment features</li>
3232           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3233             that are also automatically queried for features</li>
3234           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3235             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3236         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3237         <ul>
3238           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3239             application (when using &quot;View in full
3240             application&quot;)</li>
3241         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3242         <ul>
3243           <li>feature group display control parameter</li>
3244           <li>debug parameter</li>
3245           <li>showbutton parameter</li>
3246         </ul> <em>Applet API methods</em>
3247         <ul>
3248           <li>newView public method</li>
3249           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3250           <li>Feature display control methods</li>
3251           <li>get list of currently selected sequences</li>
3252         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3253         <ul>
3254           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3255           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3256             Jalview release.</li>
3257           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3258             property controls execution of obfuscator</li>
3259           <li>Build target for generating source distribution</li>
3260           <li>Debug flag for javacc</li>
3261           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3262             jalview.bin.Cache</li>
3263           <li>Continuous Build Integration for stable and
3264             development version of Application, Applet and source
3265             distribution</li>
3266         </ul></td>
3267       <td>
3268         <ul>
3269           <li>selected region output includes visible annotations
3270             (for certain formats)</li>
3271           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3272             for editing</li>
3273           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3274           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3275           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3276           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3277             comments</li>
3278           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3279             filenames containing a ':'</li>
3280           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3281             global sequence features</li>
3282           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3283             references from alignment sequences goes to zero</li>
3284           <li>Close of tree branch colour box without colour
3285             selection causes cascading exceptions</li>
3286           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3287           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3288             file parsing fails.</li>
3289           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3290           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3291             not a valid output format</li>
3292           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3293             vamsas</li>
3294           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3295           <li>error messages passed up and output when data read
3296             fails</li>
3297           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3298             sequence is edited</li>
3299           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3300             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3301           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3302             filetype</li>
3303           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3304             import fixed for PFAM records</li>
3305           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3306             window list</li>
3307           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3308             can be read and written correctly to annotation file</li>
3309           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3310             correctly</li>
3311           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3312             non-italic font for representatives in Applet</li>
3313           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3314             Macs.</li>
3315           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3316             Applet)</li>
3317           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3318             due to null pointer exceptions</li>
3319           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3320             first column of alignment</li>
3321           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3322             July 2008</li>
3323           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3324             file is case-insensitive</li>
3325           <li>Sequence features read from Features file appended to
3326             all sequences with matching IDs</li>
3327           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3328             containing a sub-sequence</li>
3329           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3330           <li>feature and annotation file applet parameters
3331             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3332           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3333           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3334             splash-screen version check to complete</li>
3335           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3336             when passing them to the launchApp service</li>
3337           <li>display name and local features preserved in results
3338             retrieved from web service</li>
3339           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3340             sequence fetcher initialisation</li>
3341           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3342             dasobert DAS client</li>
3343           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3344             association</li>
3345           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3346             sequences
3347           </li>
3348         </ul>
3349       </td>
3350     </tr>
3351     <tr>
3352       <td>
3353         <div align="center">
3354           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3355         </div>
3356       </td>
3357       <td>
3358         <ul>
3359           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3360           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3361           <li>Slide sequences</li>
3362           <li>Edit sequence in place</li>
3363           <li>EMBL CDS features</li>
3364           <li>DAS Feature mapping</li>
3365           <li>Feature ordering</li>
3366           <li>Alignment Properties</li>
3367           <li>Annotation Scores</li>
3368           <li>Sort by scores</li>
3369           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3370         </ul>
3371       </td>
3372       <td>
3373         <ul>
3374           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3375           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3376           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3377           <li>Feature group display state in XML</li>
3378           <li>Feature ordering in XML</li>
3379           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3380           <li>Stockholm alignment properties</li>
3381           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3382           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3383           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3384           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387
3388     </tr>
3389     <tr>
3390       <td>
3391         <div align="center">
3392           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3393         </div>
3394       </td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>Non standard characters can be read and displayed
3398           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3399             applet via textbox
3400           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3401             name &amp; description
3402           <li>Preference setting to display sequence name in
3403             italics
3404           <li>Annotation file format extended to allow
3405             Sequence_groups to be defined
3406           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3407             specified in preferences
3408           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3409             sequences
3410         </ul>
3411       </td>
3412       <td>
3413         <ul>
3414           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3415             installed
3416           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3417           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3418         </ul>
3419       </td>
3420     </tr>
3421     <tr>
3422       <td>
3423         <div align="center">
3424           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3425         </div>
3426       </td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>Multiple views on alignment
3430           <li>Sequence feature editing
3431           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3432           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3433           <li>Background dependent text colour
3434           <li>Right align sequence ids
3435           <li>User-defined lower case residue colours
3436           <li>Format Menu
3437           <li>Select Menu
3438           <li>Menu item accelerator keys
3439           <li>Control-V pastes to current alignment
3440           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3441           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3442           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3443
3444           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3445         </ul>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <ul>
3449           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3450           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3451             calculations
3452           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3453             edits
3454           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3455             of alignment)
3456           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3457
3458           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3459             display correctly
3460           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3461           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3462             analysis results
3463           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3464             &#8739;
3465           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3466           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3467           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3468
3469         </ul>
3470       </td>
3471     </tr>
3472     <tr>
3473       <td>
3474         <div align="center">
3475           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3476         </div>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <ul>
3480           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3481         </ul>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3486             sequence id panel has been resized</li>
3487           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3488             rendered</li>
3489           <li>Annotation files with sequence references - all
3490             elements in file are relative to sequence position</li>
3491           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3492         </ul>
3493       </td>
3494     </tr>
3495     <tr>
3496       <td>
3497         <div align="center">
3498           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3499         </div>
3500       </td>
3501       <td>
3502         <ul>
3503           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3504           <li>DAS Feature fetching</li>
3505           <li>Hide sequences and columns</li>
3506           <li>Export Annotations and Features</li>
3507           <li>GFF file reading / writing</li>
3508           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3509             files</li>
3510           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3511           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3512           <li>Applet can launch the full application</li>
3513           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3514             required)</li>
3515           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3516           <li>Applet can load sequences from parameter
3517             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3518           </li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3524           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3525           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528     </tr>
3529     <tr>
3530       <td>
3531         <div align="center">
3532           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3533         </div>
3534       </td>
3535       <td>
3536         <ul>
3537           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3538           <li>Choose to match case when searching</li>
3539           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3540             expand the visible width and height of the alignment</li>
3541         </ul>
3542       </td>
3543       <td>
3544         <ul>
3545           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3546         </ul>
3547       </td>
3548     </tr>
3549     <tr>
3550       <td>
3551         <div align="center">
3552           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3553         </div>
3554       </td>
3555       <td>&nbsp;</td>
3556       <td>
3557         <ul>
3558           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3559           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3560             value</li>
3561         </ul>
3562       </td>
3563     </tr>
3564     <tr>
3565       <td>
3566         <div align="center">
3567           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3568         </div>
3569       </td>
3570       <td>
3571         <ul>
3572           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3573           <li>Keyboard editing</li>
3574           <li>Create sequence features from searches</li>
3575           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3576             alignments</li>
3577           <li>Features file allows grouping of features</li>
3578           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3579           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3580           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3581         </ul>
3582       </td>
3583       <td>
3584         <ul>
3585           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3586           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3587             descriptions saved.</li>
3588         </ul>
3589       </td>
3590     </tr>
3591     <tr>
3592       <td>
3593         <div align="center">
3594           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3595         </div>
3596       </td>
3597       <td>
3598         <ul>
3599           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3600           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3601           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3602             name for file output</li>
3603           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3604           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3605             used for HTML form input</li>
3606         </ul>
3607       </td>
3608       <td>
3609         <ul>
3610           <li>HTML output writes groups and features</li>
3611           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3612           <li>File IO bugs</li>
3613         </ul>
3614       </td>
3615     </tr>
3616     <tr>
3617       <td>
3618         <div align="center">
3619           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3620         </div>
3621       </td>
3622       <td>
3623         <ul>
3624           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3625           <li>More options for PCA viewer</li>
3626         </ul>
3627       </td>
3628       <td>
3629         <ul>
3630           <li>GUI bugs resolved</li>
3631           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3632         </ul>
3633       </td>
3634     </tr>
3635     <tr>
3636       <td height="63">
3637         <div align="center">
3638           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3639         </div>
3640       </td>
3641       <td>
3642         <ul>
3643           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3644           <li>Jar files are executable</li>
3645           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3646         </ul>
3647       </td>
3648       <td>
3649         <ul>
3650           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3651           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3652           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3653         </ul>
3654       </td>
3655     </tr>
3656     <tr>
3657       <td>
3658         <div align="center">
3659           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3660         </div>
3661       </td>
3662       <td>
3663         <ul>
3664           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3665         </ul>
3666       </td>
3667       <td>
3668         <ul>
3669           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3670         </ul>
3671       </td>
3672     </tr>
3673     <tr>
3674       <td>
3675         <div align="center">
3676           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3677         </div>
3678       </td>
3679       <td>
3680         <ul>
3681           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3682             size</li>
3683         </ul>
3684       </td>
3685       <td>
3686         <ul>
3687           <li>Improved JPred client reliability</li>
3688           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3689         </ul>
3690       </td>
3691     </tr>
3692     <tr>
3693       <td>
3694         <div align="center">
3695           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3696         </div>
3697       </td>
3698       <td>
3699         <ul>
3700           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3701           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3702           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3703             to Colour Menu</li>
3704           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3705           <li>Unix users can set default web browser</li>
3706           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3707           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3708         </ul>
3709       </td>
3710       <td>
3711         <ul>
3712           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3713         </ul>
3714       </td>
3715     </tr>
3716     <tr>
3717       <td>
3718         <div align="center">
3719           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3720         </div>
3721       </td>
3722       <td>&nbsp;</td>
3723       <td>
3724         <ul>
3725           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3726             alignment order.</li>
3727         </ul>
3728       </td>
3729     </tr>
3730     <tr>
3731       <td>
3732         <div align="center">
3733           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3734         </div>
3735       </td>
3736       <td>
3737         <ul>
3738           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3739           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3740           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3741             annotations.</li>
3742           <li>Version and build date written to build properties
3743             file.</li>
3744           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3745             at launch of Jalview.</li>
3746         </ul>
3747       </td>
3748       <td>
3749         <ul>
3750           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3751           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3752           <li>Can remove groups one by one.</li>
3753           <li>Filechooser icons installed.</li>
3754           <li>Finder ignores return character when searching.
3755             Return key will initiate a search.<br>
3756           </li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759     </tr>
3760     <tr>
3761       <td>
3762         <div align="center">
3763           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3764         </div>
3765       </td>
3766       <td>
3767         <ul>
3768           <li>New codebase</li>
3769         </ul>
3770       </td>
3771       <td>&nbsp;</td>
3772     </tr>
3773   </table>
3774   <p>&nbsp;</p>
3775 </body>
3776 </html>