help/html/releases.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Release History</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Release History</strong> </p>\r
   5 <table border="1">\r
   6   <tr> \r
   7     <td width="60" nowrap><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>\r
   8     <td ><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>\r
   9     <td ><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>\r
  10   </tr>\r
  11   <tr> \r
  12     <td>\r
  13 <div align="center"><strong>2.1.1</strong><br>\r
  14         12/9/06</div></td>\r
  15     <td>&nbsp;</td>\r
  16     <td><ul>\r
  17         <li>Image output - rightmost residues are rendered if sequence id panel \r
  18           has been resized</li>\r
  19         <li>Image output - all offscreen group boundaries are rendered </li>\r
  20         <li>Annotation files with sequence references - all elements in file are \r
  21           relative to sequence position</li>\r
  22       </ul></td>\r
  23   </tr>\r
  24   <tr> \r
  25     <td><div align="center"><strong>2.1</strong><br>\r
  26         22/8/06</div></td>\r
  27     <td><ul>\r
  28         <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>\r
  29         <li>DAS Feature fetching</li>\r
  30         <li>Hide sequences and columns</li>\r
  31         <li>Export Annotations and Features</li>\r
  32         <li>GFF file reading / writing</li>\r
  33         <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>\r
  34         <li>Add sequences to exisiting alignment</li>\r
  35         <li>Recently opened files / URL lists</li>\r
  36         <li>Applet can launch the full application</li>\r
  37         <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>\r
  38         <li>Applet has user defined colours parameter</li>\r
  39         <li>Applet can load sequences from parameter &quot;sequence<em>x</em>&quot;</li>\r
  40       </ul></td>\r
  41     <td><ul>\r
  42         <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>\r
  43         <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>\r
  44         <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>\r
  45       </ul></td>\r
  46   </tr>\r
  47   <tr> \r
  48     <td><div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>\r
  49         2/5/06</div></td>\r
  50     <td><ul>\r
  51         <li>Change case of selected region from Popup menu</li>\r
  52         <li>Choose to match case when searching</li>\r
  53         <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand the visible \r
  54           width and height of the alignment</li>\r
  55       </ul></td>\r
  56     <td><ul>\r
  57         <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>\r
  58       </ul></td>\r
  59   </tr>\r
  60   <tr> \r
  61     <td><div align="center"><strong>2.08b</strong><br>\r
  62         18/4/06</div></td>\r
  63     <td>&nbsp;</td>\r
  64     <td><ul>\r
  65         <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>\r
  66         <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>\r
  67       </ul></td>\r
  68   </tr>\r
  69   <tr> \r
  70     <td><div align="center"><strong>2.08</strong><br>\r
  71         10/4/06</div></td>\r
  72     <td><ul>\r
  73         <li>Editing can be locked to the selection area</li>\r
  74         <li>Keyboard editing</li>\r
  75         <li>Create sequence features from searches</li>\r
  76         <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>\r
  77         <li>Features file allows grouping of features</li>\r
  78         <li>Annotation Colouring scheme added</li>\r
  79         <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>\r
  80         <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>\r
  81       </ul></td>\r
  82     <td><ul>\r
  83         <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>\r
  84         <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved. \r
  85         </li>\r
  86       </ul></td>\r
  87   </tr>\r
  88   <tr> \r
  89     <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>\r
  90         12/12/05</div></td>\r
  91     <td><ul>\r
  92         <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>\r
  93         <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>\r
  94         <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>\r
  95         <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>\r
  96         <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML \r
  97           form input</li>\r
  98       </ul></td>\r
  99     <td><ul>\r
 100         <li>HTML output writes groups and features</li>\r
 101         <li>Group editing is Control and mouse click</li>\r
 102         <li>File IO bugs</li>\r
 103       </ul></td>\r
 104   </tr>\r
 105   <tr> \r
 106     <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>\r
 107         28/9/05</div></td>\r
 108     <td><ul>\r
 109         <li>View annotations in wrapped mode</li>\r
 110         <li>More options for PCA viewer</li>\r
 111       </ul></td>\r
 112     <td><ul>\r
 113         <li>GUI bugs resolved</li>\r
 114         <li>Runs with -nodisplay from command line</li>\r
 115       </ul></td>\r
 116   </tr>\r
 117   <tr> \r
 118     <td height="63"> <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>\r
 119         15/9/05</div></td>\r
 120     <td><ul>\r
 121         <li>Choose EPS export as lineart or text</li>\r
 122         <li>Jar files are executable</li>\r
 123         <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>\r
 124       </ul></td>\r
 125     <td><ul>\r
 126         <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>\r
 127         <li>Overview window calculated more efficiently</li>\r
 128         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 129       </ul></td>\r
 130   </tr>\r
 131   <tr> \r
 132     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>\r
 133         30/8/05</div></td>\r
 134     <td><ul>\r
 135         <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>\r
 136       </ul></td>\r
 137     <td><ul>\r
 138         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 139       </ul></td>\r
 140   </tr>\r
 141   <tr> \r
 142     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>\r
 143         24/8/05</div></td>\r
 144     <td><ul>\r
 145         <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>\r
 146       </ul></td>\r
 147     <td><ul>\r
 148         <li>Improved JPred client reliability</li>\r
 149         <li>Improved loading of Jalview files</li>\r
 150       </ul></td>\r
 151   </tr>\r
 152   <tr> \r
 153     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>\r
 154         18/8/05</div></td>\r
 155     <td><ul>\r
 156         <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>\r
 157         <li>Multiple URL links from sequence ids</li>\r
 158         <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>\r
 159         <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>\r
 160         <li>Unix users can set default web browser</li>\r
 161         <li>Runs without GUI for batch processing</li>\r
 162         <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>\r
 163       </ul></td>\r
 164     <td><ul>\r
 165         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>\r
 166       </ul></td>\r
 167   </tr>\r
 168   <tr> \r
 169     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>\r
 170         18/7/05</div></td>\r
 171     <td>&nbsp;</td>\r
 172     <td><ul>\r
 173         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>\r
 174       </ul></td>\r
 175   </tr>\r
 176   <tr> \r
 177     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>\r
 178         12/7/05</div></td>\r
 179     <td><ul>\r
 180         <li>Use delete key for deleting selection.</li>\r
 181         <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>\r
 182         <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>\r
 183         <li>Version and build date written to build properties file.</li>\r
 184         <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>\r
 185       </ul></td>\r
 186     <td><ul>\r
 187         <li>Delete gaps bug fixed.</li>\r
 188         <li>FileChooser sorts columns.</li>\r
 189         <li>Can remove groups one by one.</li>\r
 190         <li>Filechooser icons installed.</li>\r
 191         <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate \r
 192           a search.<br>\r
 193         </li>\r
 194       </ul></td>\r
 195   </tr>\r
 196   <tr> \r
 197     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>\r
 198         20/6/05</div></td>\r
 199     <td ><ul>\r
 200         <li> New codebase</li>\r
 201       </ul></td>\r
 202     <td >&nbsp;</td>\r
 203   </tr>\r
 204 </table>\r
 205 <p>&nbsp;</p>\r
 206 </body>\r
 207 </html>\r