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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96           </ul>
  97           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  98           <em>Testing and Deployment</em>
  99           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 100       </td>
 101       <td><div align="left">
 102           <em>General</em>
 103           <ul>
 104             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 105             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 106             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 107           </ul>
 108           <em>Desktop</em>
 109           <ul>
 110             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 111             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 112             </li>
 113             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 114             </li>
 115             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 116             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 117             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 118             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 119             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 120             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 121             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 122             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 123             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 124             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 125            </ul>
 126           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 127            <ul>
 128             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 129           </ul>
 130       </td>
 131     </tr>
 132     <tr>
 133       <td width="60" nowrap>
 134         <div align="center">
 135           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 136             <em>2/10/2017</em></strong>
 137         </div>
 138       </td>
 139       <td><div align="left">
 140           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 141           <ul>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 144             </li>
 145             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 146             </li>
 147           </ul>
 148         </div></td>
 149       <td><div align="left">
 150         </div></td>
 151     </tr>
 152     <tr>
 153       <td width="60" nowrap>
 154         <div align="center">
 155           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 156             <em>7/9/2017</em></strong>
 157         </div>
 158       </td>
 159       <td><div align="left">
 160           <em></em>
 161           <ul>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 164               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 165               white)
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 169               Preferences
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 173               in size and progress bar shown as higher resolution
 174               overview is recalculated
 175             </li>
 176
 177           </ul>
 178         </div></td>
 179       <td><div align="left">
 180           <em></em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 184               column region row by row
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 188               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 192               format setting is unticked
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 196               if group has show boxes format setting unticked
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 200               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 201               include sequences and columns not currently displayed
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 205               assemblies are imported via CIF file
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 209               displayed when threshold or conservation colouring is also
 210               enabled.
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 214               server version
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 218               dragging a selected region off the visible region of the
 219               alignment
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 223               colourscheme to all groups in a view
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 227               initially after font size change using the Font chooser or
 228               middle-mouse zoom
 229             </li>
 230           </ul>
 231         </div></td>
 232     </tr>
 233     <tr>
 234       <td width="60" nowrap>
 235         <div align="center">
 236           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 237         </div>
 238       </td>
 239       <td><div align="left">
 240           <em>Calculations</em>
 241           <ul>
 242
 243             <li>
 244               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 245               ungapped positions in each column of the alignment.
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 249               a calculation dialog box
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 253               and memory efficiency (~30x faster)
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 257               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 258               and other calculations
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 262               files within the Jalview codebase
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 266               Similarity may have different topology due to increased
 267               precision
 268             </li>
 269           </ul>
 270           <em>Rendering</em>
 271           <ul>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 274               model for alignments and groups
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 278               scripts
 279             </li>
 280           </ul>
 281           <em>Overview</em>
 282           <ul>
 283             <li>
 284               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 285               with alignment and overview windows
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 289               overview
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 293               omitted in Overview
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 297               adjustment of visible position
 298             </li>
 299           </ul>
 300
 301           <em>Data import/export</em>
 302           <ul>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 305               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 309               annotation input/output via stockholm flatfile
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 313               extension when importing structure files without embedded
 314               names or PDB accessions
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 318               format sequence substitution matrices
 319             </li>
 320           </ul>
 321           <em>User Interface</em>
 322           <ul>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 325               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 326               the application.
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 330               via Overview or sequence motif search operations
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 334               opened by double clicking gaps within sequence feature
 335               extent
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 339               aligned positions were available to create a 3D structure
 340               superposition.
 341             </li>
 342           </ul>
 343           <em>3D Structure</em>
 344           <ul>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 347               coloured in linked structure views
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 351               file-based command exchange
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 355               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 356               structures are already available for sequences
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 360               the Jalview project rather than downloaded again when the
 361               project is reopened.
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 365               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 366               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 367                 Feature</strong>)
 368             </li>
 369           </ul>
 370           <em>Web Services</em>
 371           <ul>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 377               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 378               Analysis services
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 382               cross-references provided by identifiers.org and the
 383               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 384             </li>
 385           </ul>
 386
 387           <em>Scripting</em>
 388           <ul>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 391               identifying file formats (instead of String constants)
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 395               efficiency when counting all displayed features (not
 396               backwards compatible with 2.10.1)
 397             </li>
 398           </ul>
 399           <em>Example files</em>
 400           <ul>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 403               included in the example feature file
 404             </li>
 405           </ul>
 406           <em>Documentation</em>
 407           <ul>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 410               with the built-in Java help viewer
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 414               sequence description' option
 415             </li>
 416           </ul>
 417           <em>Test Suite</em>
 418           <ul>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 421               Uniprot REST Free Text Search Client
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 428               during tests
 429             </li>
 430           </ul>
 431         </div></td>
 432       <td><div align="left">
 433           <em>Calculations</em>
 434           <ul>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 437               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 438               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 439             </li>
 440             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 441               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 442               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 443               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 444               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 445               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 446               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 447               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 448               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 449               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 450               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 451               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 452               // for 2.10.1 mode <br />
 453               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 454               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 455                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 456                 calculations (not recommended)</em></li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 459               scaling of branch lengths for trees computed using
 460               Sequence Feature Similarity.
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 464               generating output report when working with highly
 465               redundant alignments
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 469               right of selected region when gaps present on right-hand
 470               boundary
 471             </li>
 472           </ul>
 473           <em>User Interface</em>
 474           <ul>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 477               doesn't reselect a specific sequence's associated
 478               annotation after it was used for colouring a view
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 482               opened on a region of alignment without groups
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 486               of an alignment with overlapping groups
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 490               name and description match
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 494               hidden regions results in incorrect hidden regions
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 498               changing colour does not apply Conservation slider value
 499               to all groups
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 503               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 507               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 511               gaps before start of features
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 515               restored to UI when feature colour is edited
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 519               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 523               as graduate feature colour settings are modified via the
 524               dialog box
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 528               when a group defined on the alignment is resized
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 532               wrapped view result in positional status updates
 533             </li>
 534
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 537               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 541               alignment included gapped columns
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 545               widgets don't permanently disappear
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 549               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 550               T-Coffee column reliability scores)
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 554               sequence feature on gaps only
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 558               button from a Find inherit previously defined feature type
 559               rather than the Find query string
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 563               exporting tree calculated in Jalview
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 567               and then revealing them reorders sequences on the
 568               alignment
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 572               doesn't update to reflect available set of groups after
 573               interactively adding or modifying features
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 577               Linux
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 581               only excluded gaps in current sequence and ignored
 582               selection.
 583             </li>
 584           </ul>
 585           <em>Rendering</em>
 586           <ul>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 589               erratically when hidden rows or columns are present
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 593               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 594               sequence colouring
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 598               colour and group colour menu for protein alignments
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 602               reflect currently selected view or group's shading
 603               thresholds
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 607               when rendered on overview and structures when opacity at
 608               100%
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 612               overview when features overlaid on alignment
 613             </li>
 614           </ul>
 615           <em>Data import/export</em>
 616           <ul>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 619               load
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 623               added after a sequence was imported are not written to
 624               Stockholm File
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 628               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 632               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 636               with lightGray or darkGray via features file (but can
 637               specify lightgray)
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 641               when alignment view imported from project
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 645               structure and sequences extracted from structure files
 646               imported via URL and viewed in Jmol
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 650               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 651               the project is loaded and the structure viewed
 652             </li>
 653           </ul>
 654           <em>Web Services</em>
 655           <ul>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 658               release of Ensembl v.88
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 662               appear enabled in Preferences->Connections
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 666               removed from console output
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 670               Ensembl by Peptide ID
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 674               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 675               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 676               due to 'null' string rather than empty string used for
 677               residues with no corresponding PDB mapping).
 678             </li>
 679           </ul>
 680           <em>Application UI</em>
 681           <ul>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 684               menu
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 688               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 689               new documentation and tooltips added)
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 693               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 697               new features are added to alignment
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 701               changes to feature colours via the Amend features dialog
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 705               edit graduated feature colour via amend features dialog
 706               box
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 710               selection menu changes colours of alignment views
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 714               from alignment calculation workers after alignment has
 715               been closed
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 719               groups now 'Create Group'
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 723               Create/Undefine group doesn't always work
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 727               shown again after pressing 'Cancel'
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 731               adjusts start position in wrap mode
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 735               ambiguous amino acids
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 739               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 740               proteins
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 744               Defined' don't appear in Colours menu
 745             </li>
 746           </ul>
 747           <em>Applet</em>
 748           <ul>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 751               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 755               overview or linked structure view
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 759               work (since 2.8)
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 763               user-defined colourscheme doesn't restore original
 764               colourscheme
 765             </li>
 766           </ul>
 767           <em>Test Suite</em>
 768           <ul>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 771               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 775               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 776               problems with deep array comparison equality asserts in
 777               successive versions of TestNG
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 781               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 782             </li>
 783           </ul>
 784           <em>New Known Issues</em>
 785           <ul>
 786             <li>
 787               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 788               phase after a sequence motif find operation
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 792               containing just upper and lower case letters are
 793               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 797               reliably from eggnog Ortholog database
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 801               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 802               to mark columns containing highlighted regions.
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 806               doesn't always add secondary structure annotation.
 807             </li>
 808           </ul>
 809         </div>
 810     <tr>
 811       <td width="60" nowrap>
 812         <div align="center">
 813           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 814         </div>
 815       </td>
 816       <td><div align="left">
 817           <em>General</em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 821               for all consensus calculations
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 825               3rd Oct 2016)
 826             </li>
 827             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 828               for 2016-2017</li>
 829           </ul>
 830           <em>Application</em>
 831           <ul>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 834               set of database cross-references, sorted alphabetically
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 838               from database cross references. Users with custom links
 839               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 840                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 844               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 845               Chimera session
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 849               the Chimera it is connected to is shut down
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 853               columns menu item to mark columns containing highlighted
 854               regions (e.g. from structure selections or results of a
 855               Find operation)
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 859               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 860               MSAviewer
 861             </li>
 862           </ul>
 863         </div></td>
 864       <td>
 865         <div align="left">
 866           <em>General</em>
 867           <ul>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 870               are not coloured or thresholded according to percent
 871               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 875               hydrophobic
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 879               threshold, amino acid properties)
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 883               reported as mapped to residues in a structure file in the
 884               View Mapping report
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 888               could be added multiple times to a sequence
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 892               bond features shown as two highlighted residues rather
 893               than a range in linked structure views, and treated
 894               correctly when selecting and computing trees from features
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 898               cross-references are matched to database name regardless
 899               of case
 900             </li>
 901
 902           </ul>
 903           <em>Application</em>
 904           <ul>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 907               names without regular expressions also offer links from
 908               Sequence ID
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 912               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 913               update Jalview configuration
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 917               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 921               files with similarly named sequences if dropped onto the
 922               alignment
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 926               entries where more chains exist in the PDB accession than
 927               are reported in the SIFTS file
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 931               the structure view when displayed with Chimera
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 935               panel's View->Show Chains submenu
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 939               work for wrapped alignment views
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 943               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 947               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 948               first annotation row
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 952               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 956               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 957             </li>
 958             <!-- JAL-2319 -->
 959             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 960             coordindate data
 961             </li>
 962           </ul>
 963           <!--           <em>New Known Issues</em>
 964           <ul>
 965             <li></li>
 966           </ul> -->
 967         </div>
 968       </td>
 969     </tr>
 970     <td width="60" nowrap>
 971       <div align="center">
 972         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 973           <em>25/10/2016</em></strong>
 974       </div>
 975     </td>
 976     <td><em>Application</em>
 977       <ul>
 978         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 979           view if structures already loaded</li>
 980         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 981           structure views</li>
 982       </ul></td>
 983     <td>
 984       <div align="left">
 985         <em>General</em>
 986         <ul>
 987           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 988             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 989           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 990             example sequences/projects/trees</li>
 991         </ul>
 992         <em>Application</em>
 993         <ul>
 994           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 995             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 996           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 997             without timeout for structures with multiple models or
 998             multiple sequences in alignment</li>
 999           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1000             PDB ID HEADER line</li>
1001           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1002             is performed</li>
1003           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1004             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1005           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1006           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1007             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1008             option</li>
1009           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1010             is created on the alignment</li>
1011           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1012             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1013             pop-up menu</li>
1014         </ul>
1015         <em>Build and deployment</em>
1016         <ul>
1017           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1018             tags</li>
1019         </ul>
1020         <em>New Known Issues</em>
1021         <ul>
1022           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1023             on Windows</li>
1024         </ul>
1025       </div>
1026     </td>
1027     </tr>
1028     <tr>
1029       <td width="60" nowrap>
1030         <div align="center">
1031           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1032         </div>
1033       </td>
1034       <td><em>General</em>
1035         <ul>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1041             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1042             better PDB parsing.
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1046             reference sequence
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1050             mousing over sequence associated annotation
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1054             for manual entry
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1058             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1059             for each column
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1063             showing or hiding columns containing a feature
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1067             group and sequence associated annotation labels
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1071             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1072             dialogs
1073           </li>
1074
1075         </ul> <em>Application</em>
1076         <ul>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1079             gene/transcript view
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1083             dialog
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1087             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1091             Pfam sources to xfam.org
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1098             over sequences in Jalview
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1102             regions in ENA and EMBL
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1106             for record retrieval via ENA rest API
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1110             complement operator
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1114             groovy script execution
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1118             alignment window's Calculate menu
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1122             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1126             calculation workers from groovy scripts
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1130             Jalview projects
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1134             associations are now saved/restored from project
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1138             before sequence fetcher is opened
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1142             database chooser opens a sequence fetcher
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1146             the UniProt REST API
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1150             the news reader opening
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1154             querying stored in preferences
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1158             search results
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1165             menu for nucleotide sequences
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1169             and feature counts preserves alignment ordering (and
1170             debugged for complex feature sets).
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1174             viewing structures with Jalview 2.10
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1178             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1179             Ensembl Genomes REST API
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1183             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1184             (Ensembl)
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1188             sequences
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1192             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1193             data from external database records.
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1197             efficient recovery of sequence coding and alignment
1198             annotation relationships.
1199           </li>
1200         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1201         <ul>
1202           <li>
1203             -- JAL---
1204           </li>
1205         </ul> --></td>
1206       <td>
1207         <div align="left">
1208           <em>General</em>
1209           <ul>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1212               menu on OSX
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1216               includes graduated colourschemes
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1220               working with big alignments and lots of hidden columns
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1224               at right of alignment window
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1228               contents
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1232               for DNA alignments
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1236               based tree calculation
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1240               unconserved enabled for group on alignment
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1244               set as reference
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1248               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1249               annotation
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1253               hidden columns present
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1257               user created annotation added to alignment
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1261               '()' base pair annotation
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1265               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1266               Consensus
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1270               feature not working
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1274               beginning of sequence
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1278               entry 3a6s
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1282               from a tree when t-coffee scores are shown
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1286               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1290               some structures
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1294               to Clustal, PIR and PileUp output
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1298               not visible causes alignment window to repaint
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1302               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1303               scores associated with features and annotation rows
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1307               calculation should be case independent
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1311               columns
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1315               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1316               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1320               problems when reference sequence defined and 'show
1321               non-conserved' enabled
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1325               load even when Consensus calculation is disabled
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1329               alignment does nothing
1330             </li>
1331           </ul>
1332           <em>Application</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1336               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1337               yet fixed for El Capitan)
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1341               output when running on non-gb/us i18n platforms
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1345               hidden sequences as flat-file alignment
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1349               launching Chimera
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1353               (also hotfix for 2.9.0b2)
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1357               reference sequence defined
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1361               alignments and views when revealing hidden columns
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1365               view in a cDNA/Protein splitframe
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1369               sequence from project when only one sequence is
1370               represented
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1374               in Structure Chooser
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1378               structure consensus didn't refresh annotation panel
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1382               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1386               dialogs format columns correctly, don't display array
1387               data, sort columns according to type
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1391               file chooser is cancelled during an image export
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1395               sequence name containing special characters
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1399               case insensitive
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1403               formatting don't wrap
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1407               truncated so L looks like I in consensus annotation
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1411               currently displayed features for the current selection or
1412               view
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1416               after fetching cross-references, and restoring from
1417               project
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1421               followed in the structure viewer
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1425               splitframe not restored from project
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1429               trailing end of protein alignment in transcript/product
1430               splitview when pad-gaps not enabled by default
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1434               is case dependent
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1438               article has been read (reopened issue due to
1439               internationalisation problems)
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1443               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1444               cross-references
1445             </li>
1446
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1449               alignment as HTML
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1453               multiple structures are shown for one or more sequences.
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1457               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1458               is enabled.
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1462               specific PDB id for sequence
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1466               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1467               columns' is disabled.
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1471               selects lowest rather than highest resolution structures
1472               for each sequence
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1476               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1480               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1484               after clicking on it to create new annotation for a
1485               column.
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1489               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1490             </li>
1491             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1492             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1493           </ul>
1494           <em>Applet</em>
1495           <ul>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1498               hidden columns present before start of sequence
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1502               (JSON jars)
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1506               sequences are hidden in applet
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1510               deployment on examples pages.
1511             </li>
1512           </ul>
1513         </div>
1514       </td>
1515     </tr>
1516     <tr>
1517       <td width="60" nowrap>
1518         <div align="center">
1519           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1520             <em>16/10/2015</em></strong>
1521         </div>
1522       </td>
1523       <td><em>General</em>
1524         <ul>
1525           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1526             jars</li>
1527         </ul></td>
1528       <td>
1529         <div align="left">
1530           <em>Application</em>
1531           <ul>
1532             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1533               shown when tree is partitioned</li>
1534             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1535               multiple cDNA/Protein split views</li>
1536           </ul>
1537         </div>
1538       </td>
1539     </tr>
1540     <tr>
1541       <td width="60" nowrap>
1542         <div align="center">
1543           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1544             <em>8/10/2015</em></strong>
1545         </div>
1546       </td>
1547       <td><em>General</em>
1548         <ul>
1549           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1550             2.9</li>
1551         </ul> <em>Application</em>
1552         <ul>
1553           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1554           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1555           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1556         </ul> <em>Applet</em>
1557         <ul>
1558           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1559         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1560         <ul>
1561           <li>
1562             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1563             suite
1564           </li>
1565         </ul></td>
1566       <td>
1567         <div align="left">
1568           <em>General</em>
1569           <ul>
1570             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1571               incorrect when sequence start > 1</li>
1572             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1573               documentation</li>
1574             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1575             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1576               loading a features file containing HTML tags in feature
1577               description</li>
1578
1579           </ul>
1580           <em>Application</em>
1581           <ul>
1582             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1583               reimport</li>
1584             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1585               with 'trim retrieved sequences'</li>
1586             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1587               deleting selected columns</li>
1588             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1589               JNLP templates for webstart launch</li>
1590             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1591               unreleased structures for download or viewing</li>
1592             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1593               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1594             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1595               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1596             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1597               recovered from jalview project</li>
1598             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1599               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1600               alignment view</li>
1601             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1602               color schemes from BioJSON</li>
1603           </ul>
1604           <em>Applet</em>
1605           <ul>
1606             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1607               frame</li>
1608             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1609           </ul>
1610         </div>
1611       </td>
1612     </tr>
1613     <tr>
1614       <td><div align="center">
1615           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1616         </div></td>
1617       <td><em>General</em>
1618         <ul>
1619           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1620             alignments:
1621             <ul>
1622               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1623                 and DNA alignment views</li>
1624               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1625                 cDNA alignment views</li>
1626               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1627                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1628               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1629                 protein sequences</li>
1630             </ul>
1631           </li>
1632           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1633           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1634             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1635           <li>New alignment annotation file statements for
1636             reference sequences and marking hidden columns</li>
1637           <li>Reference sequence based alignment shading to
1638             highlight variation</li>
1639           <li>Select or hide columns according to alignment
1640             annotation</li>
1641           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1642           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1643             acid conservation row</li>
1644           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1645         </ul> <em>Application</em>
1646         <ul>
1647           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1648             <ul>
1649               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1650                 view with cDNA/Protein</li>
1651               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1652                 sequences are placed in the same alignment</li>
1653               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1654                 projects</li>
1655             </ul>
1656           </li>
1657
1658           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1659           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1660             Jalview windows</li>
1661
1662           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1663           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1664           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1665             be shown in VARNA</li>
1666
1667           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1668             as the active selected region</li>
1669
1670           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1671             similarity</li>
1672           <li>New Export options
1673             <ul>
1674               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1675                 region export in flat file generation</li>
1676
1677               <li>Export alignment views for display with the <a
1678                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1679
1680               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1681               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1682                 alignment figures to HTML</li>
1683           </li>
1684           <li>3D structure retrieval and display
1685             <ul>
1686               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1687                 Search API</li>
1688               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1689                 PDB structures for a sequence set</li>
1690             </ul>
1691           </li>
1692
1693           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1694             predictions</li>
1695           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1696             for one or a group of sequences</li>
1697           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1698             from the JPred4 web server</li>
1699           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1700             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1701             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1702           </li>
1703           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1704             VARNA 2D Structure'</li>
1705           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1706             Structure ..."</li>
1707
1708         </ul> <em>Applet</em>
1709         <ul>
1710           <li>New layout for applet example pages</li>
1711           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1712             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1713           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1714             Protein alignments</li>
1715         </ul> <em>Development and deployment</em>
1716         <ul>
1717           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1718           <li>Include installation type and git revision in build
1719             properties and console log output</li>
1720           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1721             storing BioJsMSA Templates</li>
1722           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1723         </ul></td>
1724       <td>
1725         <!-- <em>General</em>
1726         <ul>
1727         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1728         <ul>
1729           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1730           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1731           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1732             predictions are not highlighted in amber</li>
1733           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1734             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1735           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1736             associated structure views</li>
1737           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1738             width checkbox not enabled</li>
1739           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1740             creating user defined colours</li>
1741           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1742             mappings for just that viewer's sequences</li>
1743           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1744             multiple models in Chimera</li>
1745           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1746             over Jmol structure</li>
1747           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1748             output to text box</li>
1749           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1750             have incorrect sequence start/end</li>
1751           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1752             Jalview fails</li>
1753           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1754             work for nucleotide</li>
1755           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1756             to a grey/invisible alignment window</li>
1757           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1758             imports to different position</li>
1759           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1760             on some platforms</li>
1761           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1762             populated</li>
1763           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1764             console if Chimera has been opened</li>
1765           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1766           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1767             retrieved</li>
1768           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1769           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1770             either sequence shows on first structure</li>
1771           <li>'Show annotations' options should not make
1772             non-positional annotations visible</li>
1773           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1774             in right place after 'view flanking regions'</li>
1775           <li>File Save As type unset when current file format is
1776             unknown</li>
1777           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1778             projects</li>
1779           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1780             responsive</li>
1781           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1782             several views on same alignment</li>
1783           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1784           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1785             spaces</li>
1786         </ul> <em>Applet</em>
1787         <ul>
1788           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1789           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1790             descriptions containing angle brackets</li>
1791         </ul> <em>General</em>
1792         <ul>
1793           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1794             via jalview annotation file</li>
1795           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1796             with RNA secondary structure</li>
1797           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1798             translation doesn't work.</li>
1799           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1800           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1801             positions</li>
1802           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1803             choosing 1pt font</li>
1804           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1805             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1806             'h'</li>
1807           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1808             new feature</li>
1809           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1810             order dependent</li>
1811           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1812             sequences</li>
1813           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1814         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1815         <ul>
1816           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1817             www.jalview.org</li>
1818         </ul> <em>Application Known issues</em>
1819         <ul>
1820           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1821           <li>Misleading message appears after trying to delete
1822             solid column.</li>
1823           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1824             version launches</li>
1825           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1826             fails with a sequence mismatch</li>
1827           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1828             scrolling alignment to right</li>
1829           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1830             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1831           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1832             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1833           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1834             ultra-high resolution</li>
1835           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1836             quality and conservation</li>
1837           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1838             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1839         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1840         <ul>
1841           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1842           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1843             window is being resized</li>
1844
1845         </ul>
1846       </td>
1847     </tr>
1848     <tr>
1849       <td><div align="center">
1850           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1851         </div></td>
1852       <td><em>General</em>
1853         <ul>
1854           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1855             Certum.PL.</li>
1856           <li>Features and annotation preserved when performing
1857             pairwise alignment</li>
1858           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1859             imported/exported/displayed</li>
1860           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1861             protein secondary structure</li>
1862           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1863               post-hoc with 2.9 release</em>)
1864           </li>
1865
1866         </ul> <em>Application</em>
1867         <ul>
1868           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1869             with 3D structures</li>
1870           <li>Support for parsing RNAML</li>
1871           <li>Annotations menu for layout
1872             <ul>
1873               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1874               <li>place sequence annotation above/below alignment
1875                 annotation</li>
1876             </ul>
1877           <li>Output in Stockholm format</li>
1878           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1879             translation</li>
1880           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1881           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1882             shared between alignments</li>
1883           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1884             Jalview</li>
1885           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1886             all or current selection</li>
1887           <li>disorder and secondary structure predictions
1888             available as dataset annotation</li>
1889           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1890
1891
1892           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1893             alignments from Rfam</li>
1894           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1895
1896           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1897             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1898           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1899           <li>include installation type in build properties and
1900             console log output</li>
1901           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1902             annotation</li>
1903         </ul></td>
1904       <td>
1905         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1906         <ul>
1907           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1908             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1909           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1910             alignment</li>
1911           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1912           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1913           <li>Double click on sequence associated annotation
1914             selects only first column</li>
1915           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1916             leaves shown in tree</li>
1917           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1918             properly</li>
1919           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1920           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1921             screen and buttons not visible</li>
1922           <li>author list isn't updated if already written to
1923             Jalview properties</li>
1924           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1925             from database</li>
1926           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1927           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1928             browser search window</li>
1929           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1930             in feature settings dialog</li>
1931           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1932             desktop</li>
1933           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1934             pass validation</li>
1935           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1936             fit on screen</li>
1937           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1938             tooltip</li>
1939           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1940             defined user preset</li>
1941           <li>MSA web services warns user if they were launched
1942             with invalid input</li>
1943           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1944             Java 8</li>
1945           <li>
1946             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1947             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1948             created
1949           </li>
1950
1951         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1952         <ul>
1953         </ul> <em>General</em>
1954         <ul>
1955         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1956         <ul>
1957           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1958             memory allocation</li>
1959           <li>launchApp service doesn't automatically open
1960             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1961           <li>
1962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1963             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1964             1.7_055 is available
1965           </li>
1966         </ul> <em>Application Known issues</em>
1967         <ul>
1968           <li>
1969             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1970             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1971             alignment to right
1972           </li>
1973           <li>
1974             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1975             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1976             with large number of ID
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1980             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1981             start/end
1982           </li>
1983           <li>
1984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1985             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1986             structure tracks are rearranged
1987           </li>
1988           <li>
1989             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1990             invalid rna structure positional highlighting does not
1991             highlight position of invalid base pairs
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1995             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1996             project from alignment window file menu
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2000             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2001             structures
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2005             colour by RNA Helices not enabled when user created
2006             annotation added to alignment
2007           </li>
2008           <li>
2009             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2010             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2011           </li>
2012         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2013         <ul>
2014           <li>
2015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2016             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2020             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2021           </li>
2022
2023           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2024             when selected</li>
2025         </ul>
2026       </td>
2027     </tr>
2028     <tr>
2029       <td><div align="center">
2030           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2031         </div></td>
2032       <td>
2033         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2034         <em>General</em>
2035         <ul>
2036           <li>Internationalisation of user interface (usually
2037             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2038           <li>Define/Undefine group on current selection with
2039             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2040           <li>Improved group creation/removal options in
2041             alignment/sequence Popup menu</li>
2042           <li>Sensible precision for symbol distribution
2043             percentages shown in logo tooltip.</li>
2044           <li>Annotation panel height set according to amount of
2045             annotation when alignment first opened</li>
2046         </ul> <em>Application</em>
2047         <ul>
2048           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2049             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2050           <li>Select columns containing particular features from
2051             Feature Settings dialog</li>
2052           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2053             sequences</li>
2054           <li>Update Jalview project format:
2055             <ul>
2056               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2057               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2058                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2059               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2060                 colouring</li>
2061             </ul>
2062           </li>
2063           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2064             (PAM250)</li>
2065           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2066             flanking regions for an alignment</li>
2067         </ul>
2068       </td>
2069       <td>
2070         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2071         <ul>
2072           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2073             running after job is cancelled</li>
2074           <li>cannot export features from alignments imported from
2075             Jalview/VAMSAS projects</li>
2076           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2077             float values</li>
2078           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2079             have 'display all symbols' flag set</li>
2080           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2081             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2082           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2083             Jalview</li>
2084           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2085             Lion/Webstart</li>
2086           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2087           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2088           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2089             alignment onto desktop</li>
2090           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2091             'extract scores' function</li>
2092           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2093             alignment window</li>
2094           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2095             performing IUPred disorder prediction</li>
2096           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2097             changing 'normalise logo' display setting</li>
2098           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2099             nothing matches query</li>
2100           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2101             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2102           </li>
2103           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2104             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2105           </li>
2106           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2107             Jalview's menu</li>
2108           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2109             'invalid literal/length code'</li>
2110           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2111             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2112           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2113             colourscheme</li>
2114
2115         </ul> <em>Applet</em>
2116         <ul>
2117           <li>Remove group option is shown even when selection is
2118             not a group</li>
2119           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2120             don't affect groups</li>
2121           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2122             colourscheme name</li>
2123           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2124             Annotation panel is not displayed</li>
2125           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2126             embedded windows</li>
2127         </ul> <em>Other</em>
2128         <ul>
2129           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2130             single sequence were not calculated</li>
2131           <li>annotation files that contain only groups imported as
2132             annotation and junk sequences</li>
2133           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2134             recognised as PFAM or BLC</li>
2135           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2136             doesn't affect background (2.8.0b1)
2137           <li></li>
2138           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2139           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2140             trailing gaps</li>
2141           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2142             registered correctly on import</li>
2143           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2144             certain alignments</li>
2145           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2146             existing annotation based 'use original colours'
2147             colourscheme loses original colours setting</li>
2148         </ul>
2149       </td>
2150     </tr>
2151     <tr>
2152       <td><div align="center">
2153           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2154             <em>30/1/2014</em></strong>
2155         </div></td>
2156       <td>
2157         <ul>
2158           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2159             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2160             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2161             open source project).
2162           </li>
2163           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2164           <li>Output in Stockholm format</li>
2165           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2166           <li>Export/import group and sequence associated line
2167             graph thresholds</li>
2168           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2169             ambiguity codes</li>
2170           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2171             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2172             works</li>
2173           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2174         </ul> <em>Other improvements</em>
2175         <ul>
2176           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2177           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2178             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2179           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2180             files</li>
2181           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2182           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2183             link but no description</li>
2184           <li>Select primary source when selecting authority in
2185             database fetcher GUI</li>
2186           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2187             Jalview</li>
2188           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2189         </ul>
2190       </td>
2191       <td>
2192         <ul>
2193           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2194             displayed</li>
2195           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2196             secondary structure annotation line</li>
2197           <li>Sequence database accessions not imported when
2198             fetching alignments from Rfam</li>
2199           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2200             identical IDs</li>
2201           <li>View all structures does not always superpose
2202             structures</li>
2203           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2204             reflect user or preset settings</li>
2205           <li>Null pointer exceptions for some services without
2206             presets or adjustable parameters</li>
2207           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2208             discover PDB xRefs</li>
2209           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2210             features with DAS</li>
2211           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2212             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2213           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2214             residue follows a gap</li>
2215           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2216             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2217           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2218             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2219           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2220             annotation already exists on alignment</li>
2221           <li>oninit javascript function should be called after
2222             initialisation completes</li>
2223           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2224             alignment window display</li>
2225           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2226           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2227             to annotation file</li>
2228           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2229             groups created</li>
2230           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2231             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2232           <li>Pressing return several times causes Number Format
2233             exceptions in keyboard mode</li>
2234           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2235             correct partitions for input data</li>
2236           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2237           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2238           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2239           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2240             mode</li>
2241           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2242             changes one row&#39;s threshold</li>
2243           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2244             doesn&#39;t open</li>
2245           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2246             quality histograms</li>
2247         </ul>
2248       </td>
2249     </tr>
2250     <tr>
2251       <td><div align="center">
2252           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2253         </div></td>
2254       <td><em>Application</em>
2255         <ul>
2256           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2257             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2258           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2259             preferences</li>
2260           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2261             in Jalview alignment window</li>
2262           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2263             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2264           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2265             RNA and ambiguity codes</li>
2266
2267           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2268           <li>Support fetching and database reference look up
2269             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2270             refs')</li>
2271           <li>Jalview project improvements
2272             <ul>
2273               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2274                 flag for annotation</li>
2275               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2276                 alignment</li>
2277               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2278                 Jalview project</li>
2279
2280             </ul>
2281           </li>
2282           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2283           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2284             running</li>
2285           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2286           <li>visual indication that web service results are still
2287             being retrieved from server</li>
2288           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2289             starts up for first time</li>
2290           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2291             services</li>
2292           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2293             client library</li>
2294           <li>Examples directory and Groovy library included in
2295             InstallAnywhere distribution</li>
2296         </ul> <em>Applet</em>
2297         <ul>
2298           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2299             visualization applet example</li>
2300         </ul> <em>General</em>
2301         <ul>
2302           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2303           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2304             defaults</li>
2305           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2306             calculation</li>
2307           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2308             matrices
2309           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2310             in HTML</li>
2311           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2312             structure contacts</li>
2313           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2314           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2315           <li>Parse sequence associated secondary structure
2316             information in Stockholm files</li>
2317           <li>HTML Export database accessions and annotation
2318             information presented in tooltip for sequences</li>
2319           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2320             style RNA alignment files</li>
2321           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2322             alignment</li>
2323           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2324             shade each sequence according to its associated alignment
2325             annotation</li>
2326           <li>New Jalview Logo</li>
2327         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2328         <ul>
2329           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2330           <li>New Website!</li>
2331         </ul></td>
2332       <td><em>Application</em>
2333         <ul>
2334           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2335             wsdbfetch REST service</li>
2336           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2337           <li>Filetype associations not installed for webstart
2338             launch</li>
2339           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2340             job execution in full once it is complete</li>
2341           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2342             uploaded via ali_file parameter</li>
2343           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2344           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2345           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2346             submitted for prediction</li>
2347           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2348             desktop window</li>
2349           <li>Putting fractional value into integer text box in
2350             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2351           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2352             windows 7</li>
2353           <li>View all structures fails with exception shown in
2354             structure view</li>
2355           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2356             escaped in a platform independent way</li>
2357           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2358             using proxy</li>
2359           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2360             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2361           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2362             failure when java web start temporary file caching is
2363             disabled</li>
2364           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2365             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2366           <li>Errors during processing of command line arguments
2367             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2368           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2369             DAS sources in sequence fetcher</li>
2370           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2371             dialog is shown</li>
2372           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2373           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2374           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2375           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2376             on OSX Mountain Lion</li>
2377           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2378             sequences with alignment annotation are pasted into the
2379             alignment</li>
2380           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2381             when loaded from Jalview project</li>
2382           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2383           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2384             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2385           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2386             associated with all views</li>
2387           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2388             annotation rows to new window</li>
2389         </ul> <em>Applet</em>
2390         <ul>
2391           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2392             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2393           <li>loading features via javascript API automatically
2394             enables feature display</li>
2395           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2396             work</li>
2397         </ul> <em>General</em>
2398         <ul>
2399           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2400           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2401             and then deselected</li>
2402           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2403           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2404             coloured with clustalx</li>
2405           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2406             exceptions and redraw errors</li>
2407           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2408             reconfigured view</li>
2409           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2410             colour</li>
2411           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2412             for lots of labels</li>
2413         </ul>
2414     </tr>
2415     <tr>
2416       <td>
2417         <div align="center">
2418           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2419         </div>
2420       </td>
2421       <td><em>Application</em>
2422         <ul>
2423           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2424           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2425           <li>View/alignment association menu to enable user to
2426             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2427             its colours/correspondences from</li>
2428           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2429           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2430             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2431           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2432           <li>Annotation row column label formatting attributes
2433             stored in project file</li>
2434           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2435             rows preserved in Jalview project file</li>
2436           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2437             saved using Desktop window menu</li>
2438           <li>Visual indication that command line arguments are
2439             still being processed</li>
2440           <li>Groovy script execution from URL</li>
2441           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2442             preferences</li>
2443           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2444             alignment with sequences that have high similarity and
2445             matching IDs</li>
2446           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2447           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2448             structures in same window</li>
2449           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2450           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2451             analysis function in its own submenu</li>
2452         </ul> <em>Applet</em>
2453         <ul>
2454           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2455             groups</li>
2456           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2457           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2458           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2459           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2460           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2461             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2462           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2463           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2464             parameters are treated as such</li>
2465           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2466             <ul>
2467               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2468               <li>Javascript callbacks for
2469                 <ul>
2470                   <li>Applet initialisation</li>
2471                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2472                 </ul>
2473               </li>
2474               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2475                 functions</li>
2476               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2477               <li>javascript structure viewer harness to pass
2478                 messages between Jmol and Jalview when running as
2479                 distinct applets</li>
2480               <li>sortBy method</li>
2481               <li>Set of applet and application examples shipped
2482                 with documentation</li>
2483               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2484                 javascript message exchange</li>
2485             </ul>
2486         </ul> <em>General</em>
2487         <ul>
2488           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2489             multiple alignments</li>
2490           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2491           <li>User configurable link to enable redirects to a
2492             www.Jalview.org mirror</li>
2493           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2494           <li>Configurable newline string when writing alignment
2495             and other flat files</li>
2496           <li>Allow alignment annotation description lines to
2497             contain html tags</li>
2498         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2499         <ul>
2500           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2501             examples</li>
2502           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2503             using a web service before displaying the result in the
2504             Jalview desktop</li>
2505           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2506           <li>Ant target to publish example html files with applet
2507             archive</li>
2508           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2509           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2510         </ul></td>
2511       <td><em>Application</em>
2512         <ul>
2513           <li>User defined colourscheme throws exception when
2514             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2515           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2516             dialog for valid filename/format</li>
2517           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2518           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2519             P37173</li>
2520           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2521             which sequence is to be associated with the file</li>
2522           <li>Find All raises null pointer exception when query
2523             only matches sequence IDs</li>
2524           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2525           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2526             2.4 cannot be loaded</li>
2527           <li>Filetype associations not installed for webstart
2528             launch</li>
2529           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2530             with sequences in different alignments do not get coloured
2531             by their associated sequence</li>
2532           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2533             not preserved when project is loaded</li>
2534           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2535             stored in Jalview project</li>
2536           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2537             Jalview project</li>
2538           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2539           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2540             by conservation</li>
2541           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2542             created on new view</li>
2543           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2544             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2545           <li>Alignment quality not updated after alignment
2546             annotation row is hidden then shown</li>
2547           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2548             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2549           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2550             properly</li>
2551           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2552             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2553           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2554           <li>Structures imported from file and saved in project
2555             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2556           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2557             job execution in full once it is complete</li>
2558         </ul> <em>Applet</em>
2559         <ul>
2560           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2561             annotation rows are displayed</li>
2562           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2563             codebase</li>
2564           <li>View follows highlighting does not work for positions
2565             in sequences</li>
2566           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2567           <li>Export features raises exception when no features
2568             exist</li>
2569           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2570             for javascript api is modified when separator string
2571             provided as parameter</li>
2572           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2573             alignment with no existing selection</li>
2574           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2575             to applet&#39;s codebase</li>
2576           <li>Status bar not updated after finished searching and
2577             search wraps around to first result</li>
2578           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2579             several Jalview applets causes race conditions and memory
2580             leaks</li>
2581           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2582             not sent from Jmol in applet</li>
2583           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2584             applet API fatally hang browser</li>
2585         </ul> <em>General</em>
2586         <ul>
2587           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2588             position with wrapped view and hidden regions</li>
2589           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2590             with/without hidden columns</li>
2591           <li>Sequence length given in alignment properties window
2592             is off by 1</li>
2593           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2594             import PDB like structure files</li>
2595           <li>Positional search results are only highlighted
2596             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2597           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2598           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2599             given sequence position</li>
2600           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2601             output</li>
2602           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2603             from nucleotide chains correctly</li>
2604           <li>Structure colours not updated when tree partition
2605             changed in alignment</li>
2606           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2607             parsed in interleaved stockholm</li>
2608           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2609             state</li>
2610           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2611             properly</li>
2612           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2613             properly associated with their pdb files</li>
2614         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2615         <ul>
2616           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2617             ApplyCopyright tool</li>
2618         </ul></td>
2619     </tr>
2620     <tr>
2621       <td>
2622         <div align="center">
2623           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2624         </div>
2625       </td>
2626       <td><em>Application</em>
2627         <ul>
2628           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2629             contact web services</li>
2630           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2631             service job window</li>
2632           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2633         </ul></td>
2634       <td>
2635         <ul>
2636           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2637             pir file emitted by Jalview</li>
2638           <li>Existing feature settings transferred to new
2639             alignment view created from cut'n'paste</li>
2640           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2641             parsing PDB files</li>
2642           <li>Consensus and conservation annotation rows
2643             occasionally become blank for all new windows</li>
2644           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2645             in wrapped view mode</li>
2646         </ul> <em>Application</em>
2647         <ul>
2648           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2649             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2650           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2651             parameter names</li>
2652           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2653             is down</li>
2654         </ul>
2655       </td>
2656     </tr>
2657     <tr>
2658       <td>
2659         <div align="center">
2660           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2661         </div>
2662       </td>
2663       <td><em>Application</em>
2664         <ul>
2665           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2666             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2667             (JABAWS)
2668           </li>
2669           <li>Web Services preference tab</li>
2670           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2671             preferences</li>
2672           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2673           <li>Superpose structures using associated sequence
2674             alignment</li>
2675           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2676             viewer</li>
2677         </ul> <em>Applet</em>
2678         <ul>
2679           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2680             link out mechanism</li>
2681         </ul> <em>Other</em>
2682         <ul>
2683           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2684             series 12</li>
2685           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2686             require Java 1.5</li>
2687           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2688             sequence annotation files</li>
2689           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2690             type colour specification</li>
2691           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2692             script to check if it being run in an interactive session or
2693             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2694         </ul></td>
2695       <td>
2696         <ul>
2697           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2698             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2699         </ul> <em>Application</em>
2700         <ul>
2701           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2702             selected Regions menu item</li>
2703           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2704             part of a valid accession ID</li>
2705           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2706             runs out of memory</li>
2707           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2708             analysis results</li>
2709           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2710             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2711           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2712         </ul> <em>Applet</em>
2713         <ul>
2714           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2715             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2716             defined.</li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719     </tr>
2720     <tr>
2721       <td>
2722         <div align="center">
2723           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2724         </div>
2725       </td>
2726       <td></td>
2727       <td>
2728         <ul>
2729           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2730             sequence IDs</li>
2731           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2732             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2733           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2734             import correctly</li>
2735           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2736             number of columns are hidden</li>
2737           <li>annotation label popup menu not providing correct
2738             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2739             present</li>
2740           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2741             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2742           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2743             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2744
2745         </ul> <em>Applet</em>
2746         <ul>
2747           <li>annotation panel disappears when annotation is
2748             hidden/removed</li>
2749         </ul> <em>Application</em>
2750         <ul>
2751           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2752             alignment opened where annotation panel is visible but no
2753             annotations are present on alignment</li>
2754           <li>pasted region containing hidden columns is
2755             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2756           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2757             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2758           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2759             selected Rregions menu item.</li>
2760           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2761             'Un' or 'Non'conserved</li>
2762           <li>Sequence feature settings are being shared by
2763             multiple distinct alignments</li>
2764           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2765             changed</li>
2766           <li>double click on group annotation to select sequences
2767             does not propagate to associated trees</li>
2768           <li>Mac OSX specific issues:
2769             <ul>
2770               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2771                 window background</li>
2772               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2773                 name set correctly</li>
2774               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2775                 save feature colourscheme button</li>
2776             </ul>
2777           </li>
2778         </ul>
2779       </td>
2780     </tr>
2781     <tr>
2782
2783       <td>
2784         <div align="center">
2785           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2786         </div>
2787       </td>
2788       <td><em>New Capabilities</em>
2789         <ul>
2790           <li>URL links generated from description line for
2791             regular-expression based URL links (applet and application)
2792
2793           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2794             menu</li>
2795           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2796             structures</li>
2797           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2798             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2799           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2800             average score or total feature count for each sequence.</li>
2801           <li>Shading features by score or associated description</li>
2802           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2803             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2804           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2805             hide everything but the currently selected region.</li>
2806           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2807         </ul> <em>Application</em>
2808         <ul>
2809           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2810             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2811           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2812             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2813           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2814             database references and protein_name is parsed as
2815             description line (BioSapiens terms).</li>
2816           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2817             references in sequence ID tooltip from View menu in
2818             application.</li>
2819           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2820       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2821           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2822             conservation plots</li>
2823           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2824             and visualized as sequence logos</li>
2825           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2826             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2827           </li>
2828           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2829             when a new tree is opened.</li>
2830           <li>Jalview Java Console</li>
2831           <li>Better placement of desktop window when moving
2832             between different screens.</li>
2833           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2834             consensus annotation</li>
2835           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2836             Workflows</li>
2837           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2838             <ul>
2839               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2840                 used to preserve views, structures, and tree display
2841                 settings)</li>
2842               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2843                 command line</li>
2844               <li>Sharing of selected regions between views and
2845                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2846               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2847             </ul></li>
2848         </ul> <em>Applet</em>
2849         <ul>
2850           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2851           <li>New Parameters
2852             <ul>
2853               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2854                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2855                 opened.</li>
2856               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2857                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2858               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2859                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2860               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2861                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2862                 view</li>
2863               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2864                 increase the height or width of a cell in the alignment
2865                 grid relative to the current font size.</li>
2866             </ul>
2867           </li>
2868           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2869             tooltip</li>
2870         </ul> <em>Other</em>
2871         <ul>
2872           <li>Features format: graduated colour definitions and
2873             specification of feature scores</li>
2874           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2875             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2876             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2877           <li>XML formats extended to support graduated feature
2878             colourschemes, group associated annotation, and profile
2879             visualization settings.</li></td>
2880       <td>
2881         <ul>
2882           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2883             rather than description</li>
2884           <li>Non-positional features are now included in sequence
2885             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2886             visibility in tooltip).</li>
2887           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2888           <li>Added URL embedding instructions to features file
2889             documentation.</li>
2890           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2891             'X' in peptide product</li>
2892           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2893             sequence ID and sequence string and query strings do not
2894             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2895           <li>AMSA files only contain first column of
2896             multi-character column annotation labels</li>
2897           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2898             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2899             exported and re-imported)</li>
2900           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2901             name</li>
2902           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2903             as subsequence matches, and correctly reports total number
2904             of both.</li>
2905           <li>Application:
2906             <ul>
2907               <li>Better handling of exceptions during sequence
2908                 retrieval</li>
2909               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2910                 link text excludes the start_end suffix</li>
2911               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2912                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2913               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2914               <li>Sequence description lines properly shared via
2915                 VAMSAS</li>
2916               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2917                 data sources</li>
2918               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2919                 completes before alignment figures are generated.</li>
2920               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2921                 first time.</li>
2922               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2923                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2924               <li>User defined group colours properly recovered
2925                 from Jalview projects.</li>
2926             </ul>
2927           </li>
2928         </ul>
2929       </td>
2930
2931     </tr>
2932     <tr>
2933       <td>
2934         <div align="center">
2935           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2936         </div>
2937       </td>
2938       <td>
2939         <ul>
2940           <li>Experimental support for google analytics usage
2941             tracking.</li>
2942           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2943         </ul>
2944       </td>
2945       <td>
2946         <ul>
2947           <li>Race condition in applet preventing startup in
2948             jre1.6.0u12+.</li>
2949           <li>Exception when feature created from selection beyond
2950             length of sequence.</li>
2951           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2952           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2953             all sequences with a given id</li>
2954           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2955             ID string searches</li>
2956           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2957             alignment to fail with exception</li>
2958         </ul> <em>Application Issues</em>
2959         <ul>
2960           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2961           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2962             data sources</li>
2963         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2964         <ul>
2965           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2966             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2967           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2968             version (java class versioning error fixed)</li>
2969         </ul>
2970       </td>
2971     </tr>
2972     <tr>
2973       <td>
2974
2975         <div align="center">
2976           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2977         </div>
2978       </td>
2979       <td><em>User Interface</em>
2980         <ul>
2981           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2982             translation and protein products</li>
2983           <li>Linked highlighting of structure associated with
2984             residue mapping to codon position</li>
2985           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2986             and 'clear' button</li>
2987           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2988             Tools menu</li>
2989           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2990             numeric data in description line</li>
2991           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2992           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2993             of sequence</li>
2994         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2995         <ul>
2996           <li>JPred3 web service</li>
2997           <li>Prototype sequence search client (no public services
2998             available yet)</li>
2999           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3000             PFAM</li>
3001           <li>URL Links created for matching database cross
3002             references as well as sequence ID</li>
3003           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3004         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3005         <ul>
3006           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3007             databases</li>
3008           <li>Generalised database reference retrieval and
3009             validation to all fetchable databases</li>
3010           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3011             sequence command</li>
3012         </ul> <em>Import and Export</em>
3013         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3014         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3015           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3016         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3017           File</li>
3018         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3019           triplet as name of colourscheme</li>
3020         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3021         <ul>
3022           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3023           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3024             alignments (experimental)</li>
3025           <li>Create new or select existing session to join</li>
3026           <li>load and save of vamsas documents</li>
3027         </ul> <em>Application command line</em>
3028         <ul>
3029           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3030             from applet)</li>
3031           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3032             of DAS servers to query for alignment features</li>
3033           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3034             that are also automatically queried for features</li>
3035           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3036             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3037         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3038         <ul>
3039           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3040             application (when using &quot;View in full
3041             application&quot;)</li>
3042         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3043         <ul>
3044           <li>feature group display control parameter</li>
3045           <li>debug parameter</li>
3046           <li>showbutton parameter</li>
3047         </ul> <em>Applet API methods</em>
3048         <ul>
3049           <li>newView public method</li>
3050           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3051           <li>Feature display control methods</li>
3052           <li>get list of currently selected sequences</li>
3053         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3054         <ul>
3055           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3056           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3057             Jalview release.</li>
3058           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3059             property controls execution of obfuscator</li>
3060           <li>Build target for generating source distribution</li>
3061           <li>Debug flag for javacc</li>
3062           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3063             jalview.bin.Cache</li>
3064           <li>Continuous Build Integration for stable and
3065             development version of Application, Applet and source
3066             distribution</li>
3067         </ul></td>
3068       <td>
3069         <ul>
3070           <li>selected region output includes visible annotations
3071             (for certain formats)</li>
3072           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3073             for editing</li>
3074           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3075           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3076           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3077           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3078             comments</li>
3079           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3080             filenames containing a ':'</li>
3081           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3082             global sequence features</li>
3083           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3084             references from alignment sequences goes to zero</li>
3085           <li>Close of tree branch colour box without colour
3086             selection causes cascading exceptions</li>
3087           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3088           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3089             file parsing fails.</li>
3090           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3091           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3092             not a valid output format</li>
3093           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3094             vamsas</li>
3095           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3096           <li>error messages passed up and output when data read
3097             fails</li>
3098           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3099             sequence is edited</li>
3100           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3101             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3102           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3103             filetype</li>
3104           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3105             import fixed for PFAM records</li>
3106           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3107             window list</li>
3108           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3109             can be read and written correctly to annotation file</li>
3110           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3111             correctly</li>
3112           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3113             non-italic font for representatives in Applet</li>
3114           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3115             Macs.</li>
3116           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3117             Applet)</li>
3118           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3119             due to null pointer exceptions</li>
3120           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3121             first column of alignment</li>
3122           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3123             July 2008</li>
3124           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3125             file is case-insensitive</li>
3126           <li>Sequence features read from Features file appended to
3127             all sequences with matching IDs</li>
3128           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3129             containing a sub-sequence</li>
3130           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3131           <li>feature and annotation file applet parameters
3132             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3133           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3134           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3135             splash-screen version check to complete</li>
3136           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3137             when passing them to the launchApp service</li>
3138           <li>display name and local features preserved in results
3139             retrieved from web service</li>
3140           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3141             sequence fetcher initialisation</li>
3142           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3143             dasobert DAS client</li>
3144           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3145             association</li>
3146           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3147             sequences
3148           </li>
3149         </ul>
3150       </td>
3151     </tr>
3152     <tr>
3153       <td>
3154         <div align="center">
3155           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3156         </div>
3157       </td>
3158       <td>
3159         <ul>
3160           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3161           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3162           <li>Slide sequences</li>
3163           <li>Edit sequence in place</li>
3164           <li>EMBL CDS features</li>
3165           <li>DAS Feature mapping</li>
3166           <li>Feature ordering</li>
3167           <li>Alignment Properties</li>
3168           <li>Annotation Scores</li>
3169           <li>Sort by scores</li>
3170           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3171         </ul>
3172       </td>
3173       <td>
3174         <ul>
3175           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3176           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3177           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3178           <li>Feature group display state in XML</li>
3179           <li>Feature ordering in XML</li>
3180           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3181           <li>Stockholm alignment properties</li>
3182           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3183           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3184           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3185           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3186         </ul>
3187       </td>
3188
3189     </tr>
3190     <tr>
3191       <td>
3192         <div align="center">
3193           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3194         </div>
3195       </td>
3196       <td>
3197         <ul>
3198           <li>Non standard characters can be read and displayed
3199           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3200             applet via textbox
3201           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3202             name &amp; description
3203           <li>Preference setting to display sequence name in
3204             italics
3205           <li>Annotation file format extended to allow
3206             Sequence_groups to be defined
3207           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3208             specified in preferences
3209           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3210             sequences
3211         </ul>
3212       </td>
3213       <td>
3214         <ul>
3215           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3216             installed
3217           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3218           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3219         </ul>
3220       </td>
3221     </tr>
3222     <tr>
3223       <td>
3224         <div align="center">
3225           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3226         </div>
3227       </td>
3228       <td>
3229         <ul>
3230           <li>Multiple views on alignment
3231           <li>Sequence feature editing
3232           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3233           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3234           <li>Background dependent text colour
3235           <li>Right align sequence ids
3236           <li>User-defined lower case residue colours
3237           <li>Format Menu
3238           <li>Select Menu
3239           <li>Menu item accelerator keys
3240           <li>Control-V pastes to current alignment
3241           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3242           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3243           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3244
3245           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3246         </ul>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3251           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3252             calculations
3253           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3254             edits
3255           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3256             of alignment)
3257           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3258
3259           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3260             display correctly
3261           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3262           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3263             analysis results
3264           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3265             &#8739;
3266           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3267           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3268           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3269
3270         </ul>
3271       </td>
3272     </tr>
3273     <tr>
3274       <td>
3275         <div align="center">
3276           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3277         </div>
3278       </td>
3279       <td>
3280         <ul>
3281           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3282         </ul>
3283       </td>
3284       <td>
3285         <ul>
3286           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3287             sequence id panel has been resized</li>
3288           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3289             rendered</li>
3290           <li>Annotation files with sequence references - all
3291             elements in file are relative to sequence position</li>
3292           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3293         </ul>
3294       </td>
3295     </tr>
3296     <tr>
3297       <td>
3298         <div align="center">
3299           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3300         </div>
3301       </td>
3302       <td>
3303         <ul>
3304           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3305           <li>DAS Feature fetching</li>
3306           <li>Hide sequences and columns</li>
3307           <li>Export Annotations and Features</li>
3308           <li>GFF file reading / writing</li>
3309           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3310             files</li>
3311           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3312           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3313           <li>Applet can launch the full application</li>
3314           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3315             required)</li>
3316           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3317           <li>Applet can load sequences from parameter
3318             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3319           </li>
3320         </ul>
3321       </td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3325           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3326           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329     </tr>
3330     <tr>
3331       <td>
3332         <div align="center">
3333           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3334         </div>
3335       </td>
3336       <td>
3337         <ul>
3338           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3339           <li>Choose to match case when searching</li>
3340           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3341             expand the visible width and height of the alignment</li>
3342         </ul>
3343       </td>
3344       <td>
3345         <ul>
3346           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td>
3352         <div align="center">
3353           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td>&nbsp;</td>
3357       <td>
3358         <ul>
3359           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3360           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3361             value</li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364     </tr>
3365     <tr>
3366       <td>
3367         <div align="center">
3368           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3369         </div>
3370       </td>
3371       <td>
3372         <ul>
3373           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3374           <li>Keyboard editing</li>
3375           <li>Create sequence features from searches</li>
3376           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3377             alignments</li>
3378           <li>Features file allows grouping of features</li>
3379           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3380           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3381           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3387           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3388             descriptions saved.</li>
3389         </ul>
3390       </td>
3391     </tr>
3392     <tr>
3393       <td>
3394         <div align="center">
3395           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3396         </div>
3397       </td>
3398       <td>
3399         <ul>
3400           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3401           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3402           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3403             name for file output</li>
3404           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3405           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3406             used for HTML form input</li>
3407         </ul>
3408       </td>
3409       <td>
3410         <ul>
3411           <li>HTML output writes groups and features</li>
3412           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3413           <li>File IO bugs</li>
3414         </ul>
3415       </td>
3416     </tr>
3417     <tr>
3418       <td>
3419         <div align="center">
3420           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3421         </div>
3422       </td>
3423       <td>
3424         <ul>
3425           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3426           <li>More options for PCA viewer</li>
3427         </ul>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>GUI bugs resolved</li>
3432           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3433         </ul>
3434       </td>
3435     </tr>
3436     <tr>
3437       <td height="63">
3438         <div align="center">
3439           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3440         </div>
3441       </td>
3442       <td>
3443         <ul>
3444           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3445           <li>Jar files are executable</li>
3446           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3447         </ul>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3452           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3453           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td>
3459         <div align="center">
3460           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3461         </div>
3462       </td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3466         </ul>
3467       </td>
3468       <td>
3469         <ul>
3470           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473     </tr>
3474     <tr>
3475       <td>
3476         <div align="center">
3477           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3478         </div>
3479       </td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3483             size</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486       <td>
3487         <ul>
3488           <li>Improved JPred client reliability</li>
3489           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3490         </ul>
3491       </td>
3492     </tr>
3493     <tr>
3494       <td>
3495         <div align="center">
3496           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3497         </div>
3498       </td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3502           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3503           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3504             to Colour Menu</li>
3505           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3506           <li>Unix users can set default web browser</li>
3507           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3508           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516     </tr>
3517     <tr>
3518       <td>
3519         <div align="center">
3520           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3521         </div>
3522       </td>
3523       <td>&nbsp;</td>
3524       <td>
3525         <ul>
3526           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3527             alignment order.</li>
3528         </ul>
3529       </td>
3530     </tr>
3531     <tr>
3532       <td>
3533         <div align="center">
3534           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3535         </div>
3536       </td>
3537       <td>
3538         <ul>
3539           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3540           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3541           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3542             annotations.</li>
3543           <li>Version and build date written to build properties
3544             file.</li>
3545           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3546             at launch of Jalview.</li>
3547         </ul>
3548       </td>
3549       <td>
3550         <ul>
3551           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3552           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3553           <li>Can remove groups one by one.</li>
3554           <li>Filechooser icons installed.</li>
3555           <li>Finder ignores return character when searching.
3556             Return key will initiate a search.<br>
3557           </li>
3558         </ul>
3559       </td>
3560     </tr>
3561     <tr>
3562       <td>
3563         <div align="center">
3564           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3565         </div>
3566       </td>
3567       <td>
3568         <ul>
3569           <li>New codebase</li>
3570         </ul>
3571       </td>
3572       <td>&nbsp;</td>
3573     </tr>
3574   </table>
3575   <p>&nbsp;</p>
3576 </body>
3577 </html>