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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!-- JAL-2314, -->Test suite expanded and debugged (over 940 functional unit tests, only 3 failing due to ongoing work!)
  83           </ul>
  84           <em>Application</em>
  85           <ul>
  86           <li><!--  --></li>
  87           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  88           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  89
  90           </ul>
  91           <em>Applet</em>
  92           <ul>
  93           <li><!--  --></li>
  94           </ul>
  95           </div></td><td><div align="left">
  96           <em>General</em>
  97           <ul>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 100               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 101               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 105               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 106               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 107               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 108               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 109               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 110               Jalview's PCAs were different to those produced by
 111               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 112               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 113               behaviour<br />
 114               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 115               2.10.1 mode<br />
 116               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 117               restore 2.10.2 mode
 118             </li>
 119             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 120           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 121           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 122           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 123           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 124           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 125           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 126           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 127           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 128           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 129           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 130           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 131           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 132           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 133           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 134           </ul>
 135           <em>Application</em>
 136           <ul>
 137           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 138           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 139           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 140           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 141           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 142           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 143           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 144           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 145           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 146           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 147           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 148
 149           </ul>
 150           <em>Applet</em>
 151           <ul>
 152           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 153           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 154           </ul>
 155           <em>New Known Issues</em>
 156           <ul>
 157           <li></li>
 158           </ul>
 159
 160           </div>
 161     <tr>
 162       <td width="60" nowrap>
 163         <div align="center">
 164           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 165             <em>29/11/2016</em></strong>
 166         </div>
 167       </td>
 168       <td><div align="left">
 169           <em>General</em>
 170           <ul>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 173               for all consensus calculations
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 177             </li>
 178             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 179               for 2016-2017</li>
 180           </ul>
 181           <em>Application</em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 185               set of database cross-references, sorted alphabetically
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 189               from database cross references. Users with custom links
 190               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 191                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 195               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 196               Chimera session
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 200               the Chimera it is connected to is shut down
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 204               columns menu item to mark columns containing
 205               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 206               of a Find operation)
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 210               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 211               MSAviewer
 212             </li>
 213           </ul>
 214         </div></td>
 215       <td>
 216         <div align="left">
 217           <em>General</em>
 218           <ul>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 221               are not coloured or thresholded according to percent
 222               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 226               hydrophobic
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 230               threshold, amino acid properties)
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 234               reported as mapped to residues in a structure file in the
 235               View Mapping report
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 239               could be added multiple times to a sequence
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 243               bond features shown as two highlighted residues rather
 244               than a range in linked structure views, and treated
 245               correctly when selecting and computing trees from features
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 249               cross-references are matched to database name regardless
 250               of case
 251             </li>
 252
 253           </ul>
 254           <em>Application</em>
 255           <ul>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 258               names without regular expressions also offer links from
 259               Sequence ID
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 263               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 264               update Jalview configuration
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 268               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 272               files with similarly named sequences if dropped onto the
 273               alignment
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 277               entries where more chains exist in the PDB accession than
 278               are reported in the SIFTS file
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 282               the structure view when displayed with Chimera
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 286               panel's View->Show Chains submenu
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 290               work for wrapped alignment views
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 294               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 298               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 299               first annotation row
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 303               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 304             </li>
 305             <li>
 306             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 307             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 308           </ul>
 309 <!--           <em>New Known Issues</em>
 310           <ul>
 311             <li></li>
 312           </ul> -->
 313         </div>
 314       </td>
 315     </tr>
 316       <td width="60" nowrap>
 317         <div align="center">
 318           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 319             <em>25/10/2016</em></strong>
 320         </div>
 321       </td>
 322       <td><em>Application</em>
 323         <ul>
 324           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 325             view if structures already loaded</li>
 326           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 327             structure views</li>
 328         </ul></td>
 329       <td>
 330         <div align="left">
 331           <em>General</em>
 332           <ul>
 333             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 334               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 335             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 336               example sequences/projects/trees</li>
 337           </ul>
 338           <em>Application</em>
 339           <ul>
 340             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 341               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 342             <li>Multiple structure views can be opened and
 343               superposed without timeout for structures with multiple
 344               models or multiple sequences in alignment</li>
 345             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 346               a PDB ID HEADER line</li>
 347             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 348               superposition is performed</li>
 349             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 350               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 351             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 352             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 353               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 354               Refs UI option</li>
 355             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 356               view is created on the alignment</li>
 357             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 358               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 359               to open group pop-up menu</li>
 360           </ul>
 361           <em>Build and deployment</em>
 362           <ul>
 363             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 364               tags</li>
 365           </ul>
 366           <em>New Known Issues</em>
 367           <ul>
 368             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 369               work on Windows</li>
 370           </ul>
 371         </div>
 372       </td>
 373     </tr>
 374     <tr>
 375       <td width="60" nowrap>
 376         <div align="center">
 377           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 378         </div>
 379       </td>
 380       <td><em>General</em>
 381         <ul>
 382           <li>
 383           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 387             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 388             better PDB parsing.
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 392             reference sequence
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 396             mousing over sequence associated annotation
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 400             for manual entry
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 404             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 405             for each column
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 409             showing or hiding columns containing a feature
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 413             group and sequence associated annotation labels
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 417             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 418             dialogs
 419           </li>
 420
 421         </ul> <em>Application</em>
 422         <ul>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 425             gene/transcript view
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 429             dialog
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 433             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 437             Pfam sources to xfam.org
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 444             over sequences in Jalview
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 448             regions in ENA and EMBL
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 452             for record retrieval via ENA rest API
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 456             complement operator
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 460             groovy script execution
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 464             alignment window's Calculate menu
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 468             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 472             calculation workers from groovy scripts
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 476             Jalview projects
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 480             associations are now saved/restored from project
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 484             before sequence fetcher is opened
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 488             database chooser opens a sequence fetcher
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 492             the UniProt REST API
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 496             the news reader opening
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 500             querying stored in preferences
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 504             search results
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 511             menu for nucleotide sequences
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 515             and feature counts preserves alignment ordering (and
 516             debugged for complex feature sets).
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 520             viewing structures with Jalview 2.10
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 524             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 525             Ensembl Genomes REST API
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 529             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 530             (Ensembl)
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 534             sequences
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 538             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 539             data from external database records.
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 543             efficient recovery of sequence coding and alignment
 544             annotation relationships.
 545           </li>
 546         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 547         <ul>
 548           <li>
 549             -- JAL---
 550           </li>
 551         </ul> --></td>
 552       <td>
 553         <div align="left">
 554           <em>General</em>
 555           <ul>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 558               menu on OSX
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 562               includes graduated colourschemes
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 566               working with big alignments and lots of hidden columns
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 570               at right of alignment window
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 574               contents
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 578               for DNA alignments
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 582               based tree calculation
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 586               unconserved enabled for group on alignment
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 590               set as reference
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 594               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 595               annotation
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 599               hidden columns present
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 603               user created annotation added to alignment
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 607               '()' base pair annotation
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 611               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 612               Consensus
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 616               feature not working
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 620               beginning of sequence
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 624               entry 3a6s
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 628               from a tree when t-coffee scores are shown
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 632               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 636               some structures
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 640               to Clustal, PIR and PileUp output
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 644               not visible causes alignment window to repaint
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 648               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 649               scores associated with features and annotation rows
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 653               calculation should be case independent
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 657               columns
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 661               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 662               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 666               problems when reference sequence defined and 'show
 667               non-conserved' enabled
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 671               load even when Consensus calculation is disabled
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 675               alignment does nothing
 676             </li>
 677           </ul>
 678           <em>Application</em>
 679           <ul>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 682               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 683               yet fixed for El Capitan)
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 687               output when running on non-gb/us i18n platforms
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 691               hidden sequences as flat-file alignment
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 695               launching Chimera
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 699               (also hotfix for 2.9.0b2)
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 703               reference sequence defined
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 707               alignments and views when revealing hidden columns
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 711               view in a cDNA/Protein splitframe
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 715               sequence from project when only one sequence is
 716               represented
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 720               in Structure Chooser
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 724               structure consensus didn't refresh annotation panel
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 728               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 732               dialogs format columns correctly, don't display array
 733               data, sort columns according to type
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 737               file chooser is cancelled during an image export
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 741               sequence name containing special characters
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 745               case insensitive
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 749               formatting don't wrap
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 753               truncated so L looks like I in consensus annotation
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 757               currently displayed features for the current selection or
 758               view
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 762               after fetching cross-references, and restoring from project
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 766               followed in the structure viewer
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 770               splitframe not restored from project
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 774               trailing end of protein alignment in transcript/product
 775               splitview when pad-gaps not enabled by default
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 779               is case dependent
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 783               article has been read (reopened issue due to
 784               internationalisation problems)
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 788               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 789               cross-references
 790             </li>
 791
 792             <li>
 793               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 794               alignment as HTML
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 798               multiple structures are shown for one or more sequences.
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 802               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 803               is enabled.
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 807               specific PDB id for sequence
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 811               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 812               columns' is disabled.
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 816               selects lowest rather than highest resolution structures
 817               for each sequence
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 821               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 825               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 826             </li>
 827             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 828               after clicking on it to create new annotation for a
 829               column.
 830             </li>
 831             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 832             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 833           </ul>
 834           <em>Applet</em>
 835           <ul>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 838               hidden columns present before start of sequence
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 842               (JSON jars)
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 846               sequences are hidden in applet
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 850               deployment on examples pages.
 851             </li>
 852           </ul>
 853         </div>
 854       </td>
 855     </tr>
 856     <tr>
 857       <td width="60" nowrap>
 858         <div align="center">
 859           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 860             <em>16/10/2015</em></strong>
 861         </div>
 862       </td>
 863       <td><em>General</em>
 864         <ul>
 865           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 866             jars</li>
 867         </ul></td>
 868       <td>
 869         <div align="left">
 870           <em>Application</em>
 871           <ul>
 872             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 873               shown when tree is partitioned</li>
 874             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 875               multiple cDNA/Protein split views</li>
 876           </ul>
 877         </div>
 878       </td>
 879     </tr>
 880     <tr>
 881       <td width="60" nowrap>
 882         <div align="center">
 883           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 884             <em>8/10/2015</em></strong>
 885         </div>
 886       </td>
 887       <td><em>General</em>
 888         <ul>
 889           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 890             2.9</li>
 891         </ul> <em>Application</em>
 892         <ul>
 893           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 894           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 895           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 896         </ul> <em>Applet</em>
 897         <ul>
 898           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 899         </ul><em>Build and Deployment</em>
 900         <ul>
 901           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 902         </ul></td>
 903       <td>
 904         <div align="left">
 905           <em>General</em>
 906           <ul>
 907             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 908               incorrect when sequence start > 1</li>
 909             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 910               documentation</li>
 911             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 912             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 913               loading a features file containing HTML tags in feature
 914               description</li>
 915
 916           </ul>
 917           <em>Application</em>
 918           <ul>
 919             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 920               reimport</li>
 921             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 922               with 'trim retrieved sequences'</li>
 923             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 924               deleting selected columns</li>
 925             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 926               JNLP templates for webstart launch</li>
 927             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 928               unreleased structures for download or viewing</li>
 929             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 930               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 931             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 932               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 933             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 934               recovered from jalview project</li>
 935             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 936               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 937               alignment view</li>
 938             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 939               color schemes from BioJSON</li>
 940           </ul>
 941           <em>Applet</em>
 942           <ul>
 943             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 944               frame</li>
 945             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 946           </ul>
 947         </div>
 948       </td>
 949     </tr>
 950     <tr>
 951       <td><div align="center">
 952           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 953         </div></td>
 954       <td><em>General</em>
 955         <ul>
 956           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 957             alignments:
 958             <ul>
 959               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 960                 and DNA alignment views</li>
 961               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 962                 cDNA alignment views</li>
 963               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 964                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 965               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 966                 protein sequences</li>
 967             </ul>
 968           </li>
 969           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 970           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 971             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 972           <li>New alignment annotation file statements for
 973             reference sequences and marking hidden columns</li>
 974           <li>Reference sequence based alignment shading to
 975             highlight variation</li>
 976           <li>Select or hide columns according to alignment
 977             annotation</li>
 978           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 979           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 980             acid conservation row</li>
 981           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 982         </ul> <em>Application</em>
 983         <ul>
 984           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 985             <ul>
 986               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 987                 view with cDNA/Protein</li>
 988               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 989                 sequences are placed in the same alignment</li>
 990               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 991                 projects</li>
 992             </ul>
 993           </li>
 994
 995           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 996           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 997             Jalview windows</li>
 998
 999           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1000           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1001           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1002             be shown in VARNA</li>
1003
1004           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1005             as the active selected region</li>
1006
1007           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1008             similarity</li>
1009           <li>New Export options
1010             <ul>
1011               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1012                 region export in flat file generation</li>
1013
1014               <li>Export alignment views for display with the <a
1015                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1016
1017               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1018               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1019                 alignment figures to HTML</li>
1020           </li>
1021           <li>3D structure retrieval and display
1022             <ul>
1023               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1024                 Search API</li>
1025               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1026                 PDB structures for a sequence set</li>
1027             </ul>
1028           </li>
1029
1030           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1031             predictions</li>
1032           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1033             for one or a group of sequences</li>
1034           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1035             from the JPred4 web server</li>
1036           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1037             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1038             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1039           </li>
1040           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1041             VARNA 2D Structure'</li>
1042           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1043             Structure ..."</li>
1044
1045         </ul> <em>Applet</em>
1046         <ul>
1047           <li>New layout for applet example pages</li>
1048           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1049             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1050           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1051             Protein alignments</li>
1052         </ul> <em>Development and deployment</em>
1053         <ul>
1054           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1055           <li>Include installation type and git revision in build
1056             properties and console log output</li>
1057           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1058             storing BioJsMSA Templates</li>
1059           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1060         </ul></td>
1061       <td>
1062         <!-- <em>General</em>
1063         <ul>
1064         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1065         <ul>
1066           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1067           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1068           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1069             predictions are not highlighted in amber</li>
1070           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1071             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1072           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1073             associated structure views</li>
1074           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1075             width checkbox not enabled</li>
1076           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1077             creating user defined colours</li>
1078           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1079             mappings for just that viewer's sequences</li>
1080           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1081             multiple models in Chimera</li>
1082           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1083             over Jmol structure</li>
1084           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1085             output to text box</li>
1086           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1087             have incorrect sequence start/end</li>
1088           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1089             Jalview fails</li>
1090           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1091             work for nucleotide</li>
1092           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1093             to a grey/invisible alignment window</li>
1094           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1095             imports to different position</li>
1096           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1097             on some platforms</li>
1098           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1099             populated</li>
1100           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1101             console if Chimera has been opened</li>
1102           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1103           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1104             retrieved</li>
1105           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1106           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1107             either sequence shows on first structure</li>
1108           <li>'Show annotations' options should not make
1109             non-positional annotations visible</li>
1110           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1111             in right place after 'view flanking regions'</li>
1112           <li>File Save As type unset when current file format is
1113             unknown</li>
1114           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1115             projects</li>
1116           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1117             responsive</li>
1118           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1119             several views on same alignment</li>
1120           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1121           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1122             spaces</li>
1123         </ul> <em>Applet</em>
1124         <ul>
1125           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1126           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1127             descriptions containing angle brackets</li>
1128         </ul> <em>General</em>
1129         <ul>
1130           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1131             via jalview annotation file</li>
1132           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1133             with RNA secondary structure</li>
1134           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1135             translation doesn't work.</li>
1136           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1137           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1138             positions</li>
1139           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1140             choosing 1pt font</li>
1141           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1142             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1143             'h'</li>
1144           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1145             new feature</li>
1146           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1147             order dependent</li>
1148           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1149             sequences</li>
1150           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1151         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1152         <ul>
1153           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1154             www.jalview.org</li>
1155         </ul> <em>Application Known issues</em>
1156         <ul>
1157           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1158           <li>Misleading message appears after trying to delete
1159             solid column.</li>
1160           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1161             version launches</li>
1162           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1163             fails with a sequence mismatch</li>
1164           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1165             scrolling alignment to right</li>
1166           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1167             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1168           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1169             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1170           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1171             ultra-high resolution</li>
1172           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1173             quality and conservation</li>
1174           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1175             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1176         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1177         <ul>
1178           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1179           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1180             window is being resized</li>
1181
1182         </ul>
1183       </td>
1184     </tr>
1185     <tr>
1186       <td><div align="center">
1187           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1188         </div></td>
1189       <td><em>General</em>
1190         <ul>
1191           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1192             Certum.PL.</li>
1193           <li>Features and annotation preserved when performing
1194             pairwise alignment</li>
1195           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1196             imported/exported/displayed</li>
1197           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1198             protein secondary structure</li>
1199           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1200               post-hoc with 2.9 release</em>)
1201           </li>
1202
1203         </ul> <em>Application</em>
1204         <ul>
1205           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1206             with 3D structures</li>
1207           <li>Support for parsing RNAML</li>
1208           <li>Annotations menu for layout
1209             <ul>
1210               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1211               <li>place sequence annotation above/below alignment
1212                 annotation</li>
1213             </ul>
1214           <li>Output in Stockholm format</li>
1215           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1216             translation</li>
1217           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1218           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1219             shared between alignments</li>
1220           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1221             Jalview</li>
1222           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1223             all or current selection</li>
1224           <li>disorder and secondary structure predictions
1225             available as dataset annotation</li>
1226           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1227
1228
1229           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1230             alignments from Rfam</li>
1231           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1232
1233           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1234             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1235           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1236           <li>include installation type in build properties and
1237             console log output</li>
1238           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1239             annotation</li>
1240         </ul></td>
1241       <td>
1242         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1243         <ul>
1244           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1245             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1246           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1247             alignment</li>
1248           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1249           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1250           <li>Double click on sequence associated annotation
1251             selects only first column</li>
1252           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1253             leaves shown in tree</li>
1254           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1255             properly</li>
1256           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1257           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1258             screen and buttons not visible</li>
1259           <li>author list isn't updated if already written to
1260             Jalview properties</li>
1261           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1262             from database</li>
1263           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1264           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1265             browser search window</li>
1266           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1267             in feature settings dialog</li>
1268           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1269             desktop</li>
1270           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1271             pass validation</li>
1272           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1273             fit on screen</li>
1274           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1275             tooltip</li>
1276           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1277             defined user preset</li>
1278           <li>MSA web services warns user if they were launched
1279             with invalid input</li>
1280           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1281             Java 8</li>
1282           <li>
1283             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1284             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1285             created
1286           </li>
1287
1288         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1289                                 <ul>
1290                                 </ul> <em>General</em>
1291                                 <ul>
1292                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1293         <ul>
1294           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1295             memory allocation</li>
1296           <li>launchApp service doesn't automatically open
1297             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1298           <li>
1299             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1300             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1301             1.7_055 is available
1302           </li>
1303         </ul> <em>Application Known issues</em>
1304         <ul>
1305           <li>
1306             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1307             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1308             alignment to right
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1312             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1313             with large number of ID
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1317             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1318             start/end
1319           </li>
1320           <li>
1321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1322             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1323             structure tracks are rearranged
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1327             invalid rna structure positional highlighting does not
1328             highlight position of invalid base pairs
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1332             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1333             project from alignment window file menu
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1337             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1338             structures
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1342             colour by RNA Helices not enabled when user created
1343             annotation added to alignment
1344           </li>
1345           <li>
1346             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1347             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1348           </li>
1349         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1350         <ul>
1351           <li>
1352             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1353             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1357             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1358           </li>
1359
1360           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1361             when selected</li>
1362         </ul>
1363       </td>
1364     </tr>
1365     <tr>
1366       <td><div align="center">
1367           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1368         </div></td>
1369       <td>
1370         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1371         <em>General</em>
1372         <ul>
1373           <li>Internationalisation of user interface (usually
1374             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1375           <li>Define/Undefine group on current selection with
1376             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1377           <li>Improved group creation/removal options in
1378             alignment/sequence Popup menu</li>
1379           <li>Sensible precision for symbol distribution
1380             percentages shown in logo tooltip.</li>
1381           <li>Annotation panel height set according to amount of
1382             annotation when alignment first opened</li>
1383         </ul> <em>Application</em>
1384         <ul>
1385           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1386             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1387           <li>Select columns containing particular features from
1388             Feature Settings dialog</li>
1389           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1390             sequences</li>
1391           <li>Update Jalview project format:
1392             <ul>
1393               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1394               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1395                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1396               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1397                 colouring</li>
1398             </ul>
1399           </li>
1400           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1401             (PAM250)</li>
1402           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1403             flanking regions for an alignment</li>
1404         </ul>
1405       </td>
1406       <td>
1407         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1408         <ul>
1409           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1410             running after job is cancelled</li>
1411           <li>cannot export features from alignments imported from
1412             Jalview/VAMSAS projects</li>
1413           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1414             float values</li>
1415           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1416             have 'display all symbols' flag set</li>
1417           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1418             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1419           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1420             Jalview</li>
1421           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1422             Lion/Webstart</li>
1423           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1424           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1425           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1426             alignment onto desktop</li>
1427           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1428             'extract scores' function</li>
1429           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1430             alignment window</li>
1431           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1432             performing IUPred disorder prediction</li>
1433           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1434             changing 'normalise logo' display setting</li>
1435           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1436             nothing matches query</li>
1437           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1438             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1439           </li>
1440           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1441             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1442           </li>
1443           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1444             Jalview's menu</li>
1445           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1446             'invalid literal/length code'</li>
1447           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1448             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1449           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1450             colourscheme</li>
1451
1452         </ul> <em>Applet</em>
1453         <ul>
1454           <li>Remove group option is shown even when selection is
1455             not a group</li>
1456           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1457             don't affect groups</li>
1458           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1459             colourscheme name</li>
1460           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1461             Annotation panel is not displayed</li>
1462           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1463             embedded windows</li>
1464         </ul> <em>Other</em>
1465         <ul>
1466           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1467             single sequence were not calculated</li>
1468           <li>annotation files that contain only groups imported as
1469             annotation and junk sequences</li>
1470           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1471             recognised as PFAM or BLC</li>
1472           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1473             doesn't affect background (2.8.0b1)
1474           <li></li>
1475           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1476           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1477             trailing gaps</li>
1478           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1479             registered correctly on import</li>
1480           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1481             certain alignments</li>
1482           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1483             existing annotation based 'use original colours'
1484             colourscheme loses original colours setting</li>
1485         </ul>
1486       </td>
1487     </tr>
1488     <tr>
1489       <td><div align="center">
1490           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1491             <em>30/1/2014</em></strong>
1492         </div></td>
1493       <td>
1494         <ul>
1495           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1496             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1497             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1498             open source project).
1499           </li>
1500           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1501           </li>
1502           <li>Output in Stockholm format</li>
1503           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1504           <li>Export/import group and sequence associated line
1505             graph thresholds</li>
1506           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1507             ambiguity codes</li>
1508           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1509             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1510             works</li>
1511           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1512         </ul> <em>Other improvements</em>
1513         <ul>
1514           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1515           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1516             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1517           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1518             files</li>
1519           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1520           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1521             link but no description</li>
1522           <li>Select primary source when selecting authority in
1523             database fetcher GUI</li>
1524           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1525             Jalview</li>
1526           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1527         </ul>
1528       </td>
1529       <td>
1530         <ul>
1531           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1532             displayed</li>
1533           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1534             secondary structure annotation line</li>
1535           <li>Sequence database accessions not imported when
1536             fetching alignments from Rfam</li>
1537           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1538             identical IDs</li>
1539           <li>View all structures does not always superpose
1540             structures</li>
1541           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1542             reflect user or preset settings</li>
1543           <li>Null pointer exceptions for some services without
1544             presets or adjustable parameters</li>
1545           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1546             discover PDB xRefs</li>
1547           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1548             features with DAS</li>
1549           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1550             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1551           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1552             residue follows a gap</li>
1553           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1554             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1555           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1556             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1557           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1558             annotation already exists on alignment</li>
1559           <li>oninit javascript function should be called after
1560             initialisation completes</li>
1561           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1562             alignment window display</li>
1563           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1564           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1565             to annotation file</li>
1566           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1567             groups created</li>
1568           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1569             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1570           <li>Pressing return several times causes Number Format
1571             exceptions in keyboard mode</li>
1572           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1573             correct partitions for input data</li>
1574           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1575           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1576           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1577           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1578             mode</li>
1579           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1580             changes one row&#39;s threshold</li>
1581           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1582             doesn&#39;t open</li>
1583           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1584             quality histograms</li>
1585         </ul>
1586       </td>
1587     </tr>
1588     <tr>
1589       <td><div align="center">
1590           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1591         </div></td>
1592       <td><em>Application</em>
1593         <ul>
1594           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1595             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1596           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1597             preferences</li>
1598           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1599             in Jalview alignment window</li>
1600           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1601             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1602           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1603             RNA and ambiguity codes</li>
1604
1605           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1606           <li>Support fetching and database reference look up
1607             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1608             refs')</li>
1609           <li>Jalview project improvements
1610             <ul>
1611               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1612                 flag for annotation</li>
1613               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1614                 alignment</li>
1615               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1616                 Jalview project</li>
1617
1618             </ul>
1619           </li>
1620           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1621           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1622             running</li>
1623           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1624           <li>visual indication that web service results are still
1625             being retrieved from server</li>
1626           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1627             starts up for first time</li>
1628           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1629             services</li>
1630           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1631             client library</li>
1632           <li>Examples directory and Groovy library included in
1633             InstallAnywhere distribution</li>
1634         </ul> <em>Applet</em>
1635         <ul>
1636           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1637             visualization applet example</li>
1638         </ul> <em>General</em>
1639         <ul>
1640           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1641           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1642             defaults</li>
1643           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1644             calculation</li>
1645           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1646             matrices
1647           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1648             in HTML</li>
1649           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1650             structure contacts</li>
1651           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1652           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1653           <li>Parse sequence associated secondary structure
1654             information in Stockholm files</li>
1655           <li>HTML Export database accessions and annotation
1656             information presented in tooltip for sequences</li>
1657           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1658             style RNA alignment files</li>
1659           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1660             alignment</li>
1661           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1662             shade each sequence according to its associated alignment
1663             annotation</li>
1664           <li>New Jalview Logo</li>
1665         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1666         <ul>
1667           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1668           <li>New Website!</li>
1669         </ul></td>
1670       <td><em>Application</em>
1671         <ul>
1672           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1673             wsdbfetch REST service</li>
1674           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1675           <li>Filetype associations not installed for webstart
1676             launch</li>
1677           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1678             job execution in full once it is complete</li>
1679           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1680             uploaded via ali_file parameter</li>
1681           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1682           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1683           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1684             submitted for prediction</li>
1685           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1686             desktop window</li>
1687           <li>Putting fractional value into integer text box in
1688             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1689           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1690             windows 7</li>
1691           <li>View all structures fails with exception shown in
1692             structure view</li>
1693           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1694             escaped in a platform independent way</li>
1695           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1696             using proxy</li>
1697           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1698             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1699           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1700             failure when java web start temporary file caching is
1701             disabled</li>
1702           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1703             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1704           <li>Errors during processing of command line arguments
1705             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1706           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1707             DAS sources in sequence fetcher</li>
1708           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1709             dialog is shown</li>
1710           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1711           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1712           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1713           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1714             on OSX Mountain Lion</li>
1715           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1716             sequences with alignment annotation are pasted into the
1717             alignment</li>
1718           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1719             when loaded from Jalview project</li>
1720           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1721           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1722             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1723           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1724             associated with all views</li>
1725           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1726             annotation rows to new window</li>
1727         </ul> <em>Applet</em>
1728         <ul>
1729           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1730             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1731           <li>loading features via javascript API automatically
1732             enables feature display</li>
1733           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1734             work</li>
1735         </ul> <em>General</em>
1736         <ul>
1737           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1738           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1739             and then deselected</li>
1740           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1741           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1742             coloured with clustalx</li>
1743           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1744             exceptions and redraw errors</li>
1745           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1746             reconfigured view</li>
1747           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1748             colour</li>
1749           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1750             for lots of labels</li>
1751         </ul>
1752     </tr>
1753     <tr>
1754       <td>
1755         <div align="center">
1756           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1757         </div>
1758       </td>
1759       <td><em>Application</em>
1760         <ul>
1761           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1762           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1763           <li>View/alignment association menu to enable user to
1764             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1765             its colours/correspondences from</li>
1766           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1767           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1768             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1769           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1770           <li>Annotation row column label formatting attributes
1771             stored in project file</li>
1772           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1773             rows preserved in Jalview project file</li>
1774           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1775             saved using Desktop window menu</li>
1776           <li>Visual indication that command line arguments are
1777             still being processed</li>
1778           <li>Groovy script execution from URL</li>
1779           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1780             preferences</li>
1781           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1782             alignment with sequences that have high similarity and
1783             matching IDs</li>
1784           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1785           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1786             structures in same window</li>
1787           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1788           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1789             analysis function in its own submenu</li>
1790         </ul> <em>Applet</em>
1791         <ul>
1792           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1793             groups</li>
1794           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1795           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1796           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1797           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1798           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1799             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1800           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1801           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1802             parameters are treated as such</li>
1803           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1804             <ul>
1805               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1806               <li>Javascript callbacks for
1807                 <ul>
1808                   <li>Applet initialisation</li>
1809                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1810                 </ul>
1811               </li>
1812               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1813                 functions</li>
1814               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1815               <li>javascript structure viewer harness to pass
1816                 messages between Jmol and Jalview when running as
1817                 distinct applets</li>
1818               <li>sortBy method</li>
1819               <li>Set of applet and application examples shipped
1820                 with documentation</li>
1821               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1822                 javascript message exchange</li>
1823             </ul>
1824         </ul> <em>General</em>
1825         <ul>
1826           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1827             multiple alignments</li>
1828           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1829           <li>User configurable link to enable redirects to a
1830             www.Jalview.org mirror</li>
1831           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1832           <li>Configurable newline string when writing alignment
1833             and other flat files</li>
1834           <li>Allow alignment annotation description lines to
1835             contain html tags</li>
1836         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1837         <ul>
1838           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1839             examples</li>
1840           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1841             using a web service before displaying the result in the
1842             Jalview desktop</li>
1843           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1844           <li>Ant target to publish example html files with applet
1845             archive</li>
1846           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1847           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1848         </ul></td>
1849       <td><em>Application</em>
1850         <ul>
1851           <li>User defined colourscheme throws exception when
1852             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1853           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1854             dialog for valid filename/format</li>
1855           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1856           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1857             P37173</li>
1858           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1859             which sequence is to be associated with the file</li>
1860           <li>Find All raises null pointer exception when query
1861             only matches sequence IDs</li>
1862           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1863           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1864             2.4 cannot be loaded</li>
1865           <li>Filetype associations not installed for webstart
1866             launch</li>
1867           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1868             with sequences in different alignments do not get coloured
1869             by their associated sequence</li>
1870           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1871             not preserved when project is loaded</li>
1872           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1873             stored in Jalview project</li>
1874           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1875             Jalview project</li>
1876           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1877           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1878             by conservation</li>
1879           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1880             created on new view</li>
1881           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1882             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1883           <li>Alignment quality not updated after alignment
1884             annotation row is hidden then shown</li>
1885           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1886             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1887           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1888             properly</li>
1889           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1890             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1891           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1892           <li>Structures imported from file and saved in project
1893             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1894           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1895             job execution in full once it is complete</li>
1896         </ul> <em>Applet</em>
1897         <ul>
1898           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1899             annotation rows are displayed</li>
1900           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1901             codebase</li>
1902           <li>View follows highlighting does not work for positions
1903             in sequences</li>
1904           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1905           <li>Export features raises exception when no features
1906             exist</li>
1907           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1908             for javascript api is modified when separator string
1909             provided as parameter</li>
1910           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1911             alignment with no existing selection</li>
1912           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1913             to applet&#39;s codebase</li>
1914           <li>Status bar not updated after finished searching and
1915             search wraps around to first result</li>
1916           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1917             several Jalview applets causes race conditions and memory
1918             leaks</li>
1919           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1920             not sent from Jmol in applet</li>
1921           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1922             applet API fatally hang browser</li>
1923         </ul> <em>General</em>
1924         <ul>
1925           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1926             position with wrapped view and hidden regions</li>
1927           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1928             with/without hidden columns</li>
1929           <li>Sequence length given in alignment properties window
1930             is off by 1</li>
1931           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1932             import PDB like structure files</li>
1933           <li>Positional search results are only highlighted
1934             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1935           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1936           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1937             given sequence position</li>
1938           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1939             output</li>
1940           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1941             from nucleotide chains correctly</li>
1942           <li>Structure colours not updated when tree partition
1943             changed in alignment</li>
1944           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1945             parsed in interleaved stockholm</li>
1946           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1947             state</li>
1948           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1949             properly</li>
1950           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1951             properly associated with their pdb files</li>
1952         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1953         <ul>
1954           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1955             ApplyCopyright tool</li>
1956         </ul></td>
1957     </tr>
1958     <tr>
1959       <td>
1960         <div align="center">
1961           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1962         </div>
1963       </td>
1964       <td><em>Application</em>
1965         <ul>
1966           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1967             contact web services</li>
1968           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1969             service job window</li>
1970           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1971         </ul></td>
1972       <td>
1973         <ul>
1974           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1975             pir file emitted by Jalview</li>
1976           <li>Existing feature settings transferred to new
1977             alignment view created from cut'n'paste</li>
1978           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1979             parsing PDB files</li>
1980           <li>Consensus and conservation annotation rows
1981             occasionally become blank for all new windows</li>
1982           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1983             in wrapped view mode</li>
1984         </ul> <em>Application</em>
1985         <ul>
1986           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1987             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1988           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1989             parameter names</li>
1990           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1991             is down</li>
1992         </ul>
1993       </td>
1994     </tr>
1995     <tr>
1996       <td>
1997         <div align="center">
1998           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1999         </div>
2000       </td>
2001       <td><em>Application</em>
2002         <ul>
2003           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2004             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2005             (JABAWS)
2006           </li>
2007           <li>Web Services preference tab</li>
2008           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2009             preferences</li>
2010           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2011           <li>Superpose structures using associated sequence
2012             alignment</li>
2013           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2014             viewer</li>
2015         </ul> <em>Applet</em>
2016         <ul>
2017           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2018             link out mechanism</li>
2019         </ul> <em>Other</em>
2020         <ul>
2021           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2022             series 12</li>
2023           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2024             require Java 1.5</li>
2025           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2026             sequence annotation files</li>
2027           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2028             type colour specification</li>
2029           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2030             script to check if it being run in an interactive session or
2031             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2032         </ul></td>
2033       <td>
2034         <ul>
2035           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2036             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2037         </ul> <em>Application</em>
2038         <ul>
2039           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2040             selected Regions menu item</li>
2041           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2042             part of a valid accession ID</li>
2043           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2044             runs out of memory</li>
2045           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2046             analysis results</li>
2047           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2048             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2049           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2050         </ul> <em>Applet</em>
2051         <ul>
2052           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2053             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2054             defined.</li>
2055         </ul>
2056       </td>
2057     </tr>
2058     <tr>
2059       <td>
2060         <div align="center">
2061           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2062         </div>
2063       </td>
2064       <td></td>
2065       <td>
2066         <ul>
2067           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2068             sequence IDs</li>
2069           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2070             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2071           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2072             import correctly</li>
2073           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2074             number of columns are hidden</li>
2075           <li>annotation label popup menu not providing correct
2076             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2077             present</li>
2078           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2079             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2080           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2081             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2082
2083         </ul> <em>Applet</em>
2084         <ul>
2085           <li>annotation panel disappears when annotation is
2086             hidden/removed</li>
2087         </ul> <em>Application</em>
2088         <ul>
2089           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2090             alignment opened where annotation panel is visible but no
2091             annotations are present on alignment</li>
2092           <li>pasted region containing hidden columns is
2093             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2094           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2095             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2096           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2097             selected Rregions menu item.</li>
2098           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2099             'Un' or 'Non'conserved</li>
2100           <li>Sequence feature settings are being shared by
2101             multiple distinct alignments</li>
2102           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2103             changed</li>
2104           <li>double click on group annotation to select sequences
2105             does not propagate to associated trees</li>
2106           <li>Mac OSX specific issues:
2107             <ul>
2108               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2109                 window background</li>
2110               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2111                 name set correctly</li>
2112               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2113                 save feature colourscheme button</li>
2114             </ul>
2115           </li>
2116         </ul>
2117       </td>
2118     </tr>
2119     <tr>
2120
2121       <td>
2122         <div align="center">
2123           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2124         </div>
2125       </td>
2126       <td><em>New Capabilities</em>
2127         <ul>
2128           <li>URL links generated from description line for
2129             regular-expression based URL links (applet and application)
2130
2131
2132
2133
2134
2135
2136           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2137             menu</li>
2138           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2139             structures</li>
2140           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2141             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2142           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2143             average score or total feature count for each sequence.</li>
2144           <li>Shading features by score or associated description</li>
2145           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2146             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2147           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2148             hide everything but the currently selected region.</li>
2149           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2150         </ul> <em>Application</em>
2151         <ul>
2152           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2153             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2154           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2155             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2156           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2157             database references and protein_name is parsed as
2158             description line (BioSapiens terms).</li>
2159           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2160             references in sequence ID tooltip from View menu in
2161             application.</li>
2162           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2163                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2164           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2165             conservation plots</li>
2166           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2167             and visualized as sequence logos</li>
2168           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2169             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2170           </li>
2171           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2172             when a new tree is opened.</li>
2173           <li>Jalview Java Console</li>
2174           <li>Better placement of desktop window when moving
2175             between different screens.</li>
2176           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2177             consensus annotation</li>
2178           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2179             Workflows</li>
2180           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2181             <ul>
2182               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2183                 used to preserve views, structures, and tree display
2184                 settings)</li>
2185               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2186                 command line</li>
2187               <li>Sharing of selected regions between views and
2188                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2189               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2190             </ul></li>
2191         </ul> <em>Applet</em>
2192         <ul>
2193           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2194           <li>New Parameters
2195             <ul>
2196               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2197                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2198                 opened.</li>
2199               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2200                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2201               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2202                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2203               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2204                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2205                 view</li>
2206               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2207                 increase the height or width of a cell in the alignment
2208                 grid relative to the current font size.</li>
2209             </ul>
2210           </li>
2211           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2212             tooltip</li>
2213         </ul> <em>Other</em>
2214         <ul>
2215           <li>Features format: graduated colour definitions and
2216             specification of feature scores</li>
2217           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2218             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2219             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2220           <li>XML formats extended to support graduated feature
2221             colourschemes, group associated annotation, and profile
2222             visualization settings.</li></td>
2223       <td>
2224         <ul>
2225           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2226             rather than description</li>
2227           <li>Non-positional features are now included in sequence
2228             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2229             visibility in tooltip).</li>
2230           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2231           <li>Added URL embedding instructions to features file
2232             documentation.</li>
2233           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2234             'X' in peptide product</li>
2235           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2236             sequence ID and sequence string and query strings do not
2237             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2238           <li>AMSA files only contain first column of
2239             multi-character column annotation labels</li>
2240           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2241             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2242             exported and re-imported)</li>
2243           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2244             name</li>
2245           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2246             as subsequence matches, and correctly reports total number
2247             of both.</li>
2248           <li>Application:
2249             <ul>
2250               <li>Better handling of exceptions during sequence
2251                 retrieval</li>
2252               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2253                 link text excludes the start_end suffix</li>
2254               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2255                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2256               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2257               <li>Sequence description lines properly shared via
2258                 VAMSAS</li>
2259               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2260                 data sources</li>
2261               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2262                 completes before alignment figures are generated.</li>
2263               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2264                 first time.</li>
2265               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2266                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2267               <li>User defined group colours properly recovered
2268                 from Jalview projects.</li>
2269             </ul>
2270           </li>
2271         </ul>
2272       </td>
2273
2274     </tr>
2275     <tr>
2276       <td>
2277         <div align="center">
2278           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2279         </div>
2280       </td>
2281       <td>
2282         <ul>
2283           <li>Experimental support for google analytics usage
2284             tracking.</li>
2285           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2286         </ul>
2287       </td>
2288       <td>
2289         <ul>
2290           <li>Race condition in applet preventing startup in
2291             jre1.6.0u12+.</li>
2292           <li>Exception when feature created from selection beyond
2293             length of sequence.</li>
2294           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2295           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2296             all sequences with a given id</li>
2297           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2298             ID string searches</li>
2299           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2300             alignment to fail with exception</li>
2301         </ul> <em>Application Issues</em>
2302         <ul>
2303           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2304           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2305             data sources</li>
2306         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2307         <ul>
2308           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2309             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2310           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2311             version (java class versioning error fixed)</li>
2312         </ul>
2313       </td>
2314     </tr>
2315     <tr>
2316       <td>
2317
2318         <div align="center">
2319           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2320         </div>
2321       </td>
2322       <td><em>User Interface</em>
2323         <ul>
2324           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2325             translation and protein products</li>
2326           <li>Linked highlighting of structure associated with
2327             residue mapping to codon position</li>
2328           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2329             and 'clear' button</li>
2330           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2331             Tools menu</li>
2332           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2333             numeric data in description line</li>
2334           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2335           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2336             of sequence</li>
2337         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2338         <ul>
2339           <li>JPred3 web service</li>
2340           <li>Prototype sequence search client (no public services
2341             available yet)</li>
2342           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2343             PFAM</li>
2344           <li>URL Links created for matching database cross
2345             references as well as sequence ID</li>
2346           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2347         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2348         <ul>
2349           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2350             databases</li>
2351           <li>Generalised database reference retrieval and
2352             validation to all fetchable databases</li>
2353           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2354             sequence command</li>
2355         </ul> <em>Import and Export</em>
2356         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2357         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2358           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2359         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2360           File</li>
2361         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2362           triplet as name of colourscheme</li>
2363         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2364         <ul>
2365           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2366           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2367             alignments (experimental)</li>
2368           <li>Create new or select existing session to join</li>
2369           <li>load and save of vamsas documents</li>
2370         </ul> <em>Application command line</em>
2371         <ul>
2372           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2373             from applet)</li>
2374           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2375             of DAS servers to query for alignment features</li>
2376           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2377             that are also automatically queried for features</li>
2378           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2379             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2380         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2381         <ul>
2382           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2383             application (when using &quot;View in full
2384             application&quot;)</li>
2385         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2386         <ul>
2387           <li>feature group display control parameter</li>
2388           <li>debug parameter</li>
2389           <li>showbutton parameter</li>
2390         </ul> <em>Applet API methods</em>
2391         <ul>
2392           <li>newView public method</li>
2393           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2394           <li>Feature display control methods</li>
2395           <li>get list of currently selected sequences</li>
2396         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2397         <ul>
2398           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2399           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2400             Jalview release.</li>
2401           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2402             property controls execution of obfuscator</li>
2403           <li>Build target for generating source distribution</li>
2404           <li>Debug flag for javacc</li>
2405           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2406             jalview.bin.Cache</li>
2407           <li>Continuous Build Integration for stable and
2408             development version of Application, Applet and source
2409             distribution</li>
2410         </ul></td>
2411       <td>
2412         <ul>
2413           <li>selected region output includes visible annotations
2414             (for certain formats)</li>
2415           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2416             for editing</li>
2417           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2418           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2419           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2420           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2421             comments</li>
2422           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2423             filenames containing a ':'</li>
2424           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2425             global sequence features</li>
2426           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2427             references from alignment sequences goes to zero</li>
2428           <li>Close of tree branch colour box without colour
2429             selection causes cascading exceptions</li>
2430           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2431           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2432             file parsing fails.</li>
2433           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2434           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2435             not a valid output format</li>
2436           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2437             vamsas</li>
2438           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2439           <li>error messages passed up and output when data read
2440             fails</li>
2441           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2442             sequence is edited</li>
2443           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2444             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2445           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2446             filetype</li>
2447           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2448             import fixed for PFAM records</li>
2449           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2450             window list</li>
2451           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2452             can be read and written correctly to annotation file</li>
2453           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2454             correctly</li>
2455           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2456             non-italic font for representatives in Applet</li>
2457           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2458             Macs.</li>
2459           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2460             Applet)</li>
2461           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2462             due to null pointer exceptions</li>
2463           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2464             first column of alignment</li>
2465           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2466             July 2008</li>
2467           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2468             file is case-insensitive</li>
2469           <li>Sequence features read from Features file appended to
2470             all sequences with matching IDs</li>
2471           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2472             containing a sub-sequence</li>
2473           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2474           <li>feature and annotation file applet parameters
2475             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2476           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2477           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2478             splash-screen version check to complete</li>
2479           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2480             when passing them to the launchApp service</li>
2481           <li>display name and local features preserved in results
2482             retrieved from web service</li>
2483           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2484             sequence fetcher initialisation</li>
2485           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2486             dasobert DAS client</li>
2487           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2488             association</li>
2489           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2490             sequences
2491           </li>
2492         </ul>
2493       </td>
2494     </tr>
2495     <tr>
2496       <td>
2497         <div align="center">
2498           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2499         </div>
2500       </td>
2501       <td>
2502         <ul>
2503           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2504           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2505           <li>Slide sequences</li>
2506           <li>Edit sequence in place</li>
2507           <li>EMBL CDS features</li>
2508           <li>DAS Feature mapping</li>
2509           <li>Feature ordering</li>
2510           <li>Alignment Properties</li>
2511           <li>Annotation Scores</li>
2512           <li>Sort by scores</li>
2513           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2514         </ul>
2515       </td>
2516       <td>
2517         <ul>
2518           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2519           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2520           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2521           <li>Feature group display state in XML</li>
2522           <li>Feature ordering in XML</li>
2523           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2524           <li>Stockholm alignment properties</li>
2525           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2526           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2527           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2528           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2529         </ul>
2530       </td>
2531
2532     </tr>
2533     <tr>
2534       <td>
2535         <div align="center">
2536           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2537         </div>
2538       </td>
2539       <td>
2540         <ul>
2541           <li>Non standard characters can be read and displayed
2542           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2543             applet via textbox
2544           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2545             name &amp; description
2546           <li>Preference setting to display sequence name in
2547             italics
2548           <li>Annotation file format extended to allow
2549             Sequence_groups to be defined
2550           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2551             specified in preferences
2552           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2553             sequences
2554         </ul>
2555       </td>
2556       <td>
2557         <ul>
2558           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2559             installed
2560           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2561           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2562         </ul>
2563       </td>
2564     </tr>
2565     <tr>
2566       <td>
2567         <div align="center">
2568           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2569         </div>
2570       </td>
2571       <td>
2572         <ul>
2573           <li>Multiple views on alignment
2574           <li>Sequence feature editing
2575           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2576           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2577           <li>Background dependent text colour
2578           <li>Right align sequence ids
2579           <li>User-defined lower case residue colours
2580           <li>Format Menu
2581           <li>Select Menu
2582           <li>Menu item accelerator keys
2583           <li>Control-V pastes to current alignment
2584           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2585           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2586           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2587
2588
2589
2590
2591
2592
2593           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2594         </ul>
2595       </td>
2596       <td>
2597         <ul>
2598           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2599           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2600             calculations
2601           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2602             edits
2603           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2604             of alignment)
2605           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2606
2607
2608
2609
2610
2611
2612           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2613             display correctly
2614           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2615           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2616             analysis results
2617           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2618             &#8739;
2619           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2620           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2621           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2622
2623
2624
2625
2626
2627
2628         </ul>
2629       </td>
2630     </tr>
2631     <tr>
2632       <td>
2633         <div align="center">
2634           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2635         </div>
2636       </td>
2637       <td>
2638         <ul>
2639           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2640         </ul>
2641       </td>
2642       <td>
2643         <ul>
2644           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2645             sequence id panel has been resized</li>
2646           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2647             rendered</li>
2648           <li>Annotation files with sequence references - all
2649             elements in file are relative to sequence position</li>
2650           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2651         </ul>
2652       </td>
2653     </tr>
2654     <tr>
2655       <td>
2656         <div align="center">
2657           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2658         </div>
2659       </td>
2660       <td>
2661         <ul>
2662           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2663           <li>DAS Feature fetching</li>
2664           <li>Hide sequences and columns</li>
2665           <li>Export Annotations and Features</li>
2666           <li>GFF file reading / writing</li>
2667           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2668             files</li>
2669           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2670           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2671           <li>Applet can launch the full application</li>
2672           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2673             required)</li>
2674           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2675           <li>Applet can load sequences from parameter
2676             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2677           </li>
2678         </ul>
2679       </td>
2680       <td>
2681         <ul>
2682           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2683           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2684           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2685         </ul>
2686       </td>
2687     </tr>
2688     <tr>
2689       <td>
2690         <div align="center">
2691           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2692         </div>
2693       </td>
2694       <td>
2695         <ul>
2696           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2697           <li>Choose to match case when searching</li>
2698           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2699             expand the visible width and height of the alignment</li>
2700         </ul>
2701       </td>
2702       <td>
2703         <ul>
2704           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2705         </ul>
2706       </td>
2707     </tr>
2708     <tr>
2709       <td>
2710         <div align="center">
2711           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2712         </div>
2713       </td>
2714       <td>&nbsp;</td>
2715       <td>
2716         <ul>
2717           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2718           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2719             value</li>
2720         </ul>
2721       </td>
2722     </tr>
2723     <tr>
2724       <td>
2725         <div align="center">
2726           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2727         </div>
2728       </td>
2729       <td>
2730         <ul>
2731           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2732           <li>Keyboard editing</li>
2733           <li>Create sequence features from searches</li>
2734           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2735             alignments</li>
2736           <li>Features file allows grouping of features</li>
2737           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2738           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2739           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2740         </ul>
2741       </td>
2742       <td>
2743         <ul>
2744           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2745           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2746             descriptions saved.</li>
2747         </ul>
2748       </td>
2749     </tr>
2750     <tr>
2751       <td>
2752         <div align="center">
2753           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2754         </div>
2755       </td>
2756       <td>
2757         <ul>
2758           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2759           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2760           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2761             name for file output</li>
2762           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2763           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2764             used for HTML form input</li>
2765         </ul>
2766       </td>
2767       <td>
2768         <ul>
2769           <li>HTML output writes groups and features</li>
2770           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2771           <li>File IO bugs</li>
2772         </ul>
2773       </td>
2774     </tr>
2775     <tr>
2776       <td>
2777         <div align="center">
2778           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2779         </div>
2780       </td>
2781       <td>
2782         <ul>
2783           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2784           <li>More options for PCA viewer</li>
2785         </ul>
2786       </td>
2787       <td>
2788         <ul>
2789           <li>GUI bugs resolved</li>
2790           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2791         </ul>
2792       </td>
2793     </tr>
2794     <tr>
2795       <td height="63">
2796         <div align="center">
2797           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2798         </div>
2799       </td>
2800       <td>
2801         <ul>
2802           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2803           <li>Jar files are executable</li>
2804           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2805         </ul>
2806       </td>
2807       <td>
2808         <ul>
2809           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2810           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2811           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2812         </ul>
2813       </td>
2814     </tr>
2815     <tr>
2816       <td>
2817         <div align="center">
2818           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2819         </div>
2820       </td>
2821       <td>
2822         <ul>
2823           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2824         </ul>
2825       </td>
2826       <td>
2827         <ul>
2828           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2829         </ul>
2830       </td>
2831     </tr>
2832     <tr>
2833       <td>
2834         <div align="center">
2835           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2836         </div>
2837       </td>
2838       <td>
2839         <ul>
2840           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2841             size</li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844       <td>
2845         <ul>
2846           <li>Improved JPred client reliability</li>
2847           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2848         </ul>
2849       </td>
2850     </tr>
2851     <tr>
2852       <td>
2853         <div align="center">
2854           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2855         </div>
2856       </td>
2857       <td>
2858         <ul>
2859           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2860           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2861           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2862             to Colour Menu</li>
2863           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2864           <li>Unix users can set default web browser</li>
2865           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2866           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2867         </ul>
2868       </td>
2869       <td>
2870         <ul>
2871           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2872         </ul>
2873       </td>
2874     </tr>
2875     <tr>
2876       <td>
2877         <div align="center">
2878           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2879         </div>
2880       </td>
2881       <td>&nbsp;</td>
2882       <td>
2883         <ul>
2884           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2885             alignment order.</li>
2886         </ul>
2887       </td>
2888     </tr>
2889     <tr>
2890       <td>
2891         <div align="center">
2892           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2893         </div>
2894       </td>
2895       <td>
2896         <ul>
2897           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2898           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2899           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2900             annotations.</li>
2901           <li>Version and build date written to build properties
2902             file.</li>
2903           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2904             at launch of Jalview.</li>
2905         </ul>
2906       </td>
2907       <td>
2908         <ul>
2909           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2910           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2911           <li>Can remove groups one by one.</li>
2912           <li>Filechooser icons installed.</li>
2913           <li>Finder ignores return character when searching.
2914             Return key will initiate a search.<br>
2915           </li>
2916         </ul>
2917       </td>
2918     </tr>
2919     <tr>
2920       <td>
2921         <div align="center">
2922           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2923         </div>
2924       </td>
2925       <td>
2926         <ul>
2927           <li>New codebase</li>
2928         </ul>
2929       </td>
2930       <td>&nbsp;</td>
2931     </tr>
2932   </table>
2933   <p>&nbsp;</p>
2934 </body>
2935 </html>