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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85           </ul>
  86         </div></td>
  87       <td><div align="left">
  88           <em></em>
  89           <ul>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
  92               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
  93             </li>
  94             <li>  <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
  95               format setting is unticked
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
  99               if group has show boxes format setting unticked
 100             </li>
 101           </ul>
 102         </div></td>
 103
 104     <tr>
 105       <td width="60" nowrap>
 106         <div align="center">
 107           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 108         </div>
 109       </td>
 110       <td><div align="left">
 111           <em>Calculations</em>
 112           <ul>
 113
 114             <li>
 115               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 116               ungapped positions in each column of the alignment.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 120               a calculation dialog box
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 124               and memory efficiency (~30x faster)
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 128               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 129               and other calculations
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 133               files within the Jalview codebase
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 137               Similarity may have different topology due to increased
 138               precision
 139             </li>
 140           </ul>
 141           <em>Rendering</em>
 142           <ul>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 145               model for alignments and groups
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 149               scripts
 150             </li>
 151           </ul>
 152           <em>Overview</em>
 153           <ul>
 154             <li>
 155               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 156               with alignment and overview windows
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 160               overview
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 164               omitted in Overview
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 168               adjustment of visible position
 169             </li>
 170           </ul>
 171
 172           <em>Data import/export</em>
 173           <ul>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 176               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 180               annotation input/output via stockholm flatfile
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 184               extension when importing structure files without embedded
 185               names or PDB accessions
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 189               format sequence substitution matrices
 190             </li>
 191           </ul>
 192           <em>User Interface</em>
 193           <ul>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 196               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 197               the application.
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 201               via Overview or sequence motif search operations
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 205               opened by double clicking gaps within sequence feature
 206               extent
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 210               aligned positions were available to create a 3D structure
 211               superposition.
 212             </li>
 213           </ul>
 214           <em>3D Structure</em>
 215           <ul>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 218               coloured in linked structure views
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 222               file-based command exchange
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 226               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 227               structures are already available for sequences
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 231               the Jalview project rather than downloaded again when the
 232               project is reopened.
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 236               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 237               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 238                 Feature</strong>)
 239             </li>
 240           </ul>
 241           <em>Web Services</em>
 242           <ul>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 248               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 249               Analysis services
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 253               cross-references provided by identifiers.org and the
 254               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 255             </li>
 256           </ul>
 257
 258           <em>Scripting</em>
 259           <ul>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 262               identifying file formats (instead of String constants)
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 266               efficiency when counting all displayed features (not
 267               backwards compatible with 2.10.1)
 268             </li>
 269           </ul>
 270           <em>Example files</em>
 271           <ul>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 274               included in the example feature file
 275             </li>
 276           </ul>
 277           <em>Documentation</em>
 278           <ul>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 281               with the built-in Java help viewer
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 285               sequence description' option
 286             </li>
 287           </ul>
 288           <em>Test Suite</em>
 289           <ul>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 292               Uniprot REST Free Text Search Client
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 299               during tests
 300             </li>
 301           </ul>
 302         </div></td>
 303       <td><div align="left">
 304           <em>Calculations</em>
 305           <ul>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 308               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 309               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 310             </li>
 311             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 312               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 313               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 314               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 315               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 316               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 317               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 318               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 319               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 320               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 321               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 322               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 323               // for 2.10.1 mode <br />
 324               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 325               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 326                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 327                 calculations (not recommended)</em></li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 330               scaling of branch lengths for trees computed using
 331               Sequence Feature Similarity.
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 335               generating output report when working with highly
 336               redundant alignments
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 340               right of selected region when gaps present on right-hand
 341               boundary
 342             </li>
 343           </ul>
 344           <em>User Interface</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 348               doesn't reselect a specific sequence's associated
 349               annotation after it was used for colouring a view
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 353               opened on a region of alignment without groups
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 357               of an alignment with overlapping groups
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 361               name and description match
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 365               hidden regions results in incorrect hidden regions
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 369               changing colour does not apply Conservation slider value
 370               to all groups
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 374               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 378               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 382               gaps before start of features
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 386               restored to UI when feature colour is edited
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 390               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 394               as graduate feature colour settings are modified via the
 395               dialog box
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 399               when a group defined on the alignment is resized
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 403               wrapped view result in positional status updates
 404             </li>
 405
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 408               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 412               alignment included gapped columns
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 416               widgets don't permanently disappear
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 420               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 421               T-Coffee column reliability scores)
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 425               sequence feature on gaps only
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 429               button from a Find inherit previously defined feature type
 430               rather than the Find query string
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 434               exporting tree calculated in Jalview
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 438               and then revealing them reorders sequences on the
 439               alignment
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 443               doesn't update to reflect available set of groups after
 444               interactively adding or modifying features
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 448               Linux
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 452               only excluded gaps in current sequence and ignored
 453               selection.
 454             </li>
 455           </ul>
 456           <em>Rendering</em>
 457           <ul>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 460               erratically when hidden rows or columns are present
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 464               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 465               sequence colouring
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 469               colour and group colour menu for protein alignments
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 473               reflect currently selected view or group's shading
 474               thresholds
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 478               when rendered on overview and structures when opacity at
 479               100%
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 483               overview when features overlaid on alignment
 484             </li>
 485           </ul>
 486           <em>Data import/export</em>
 487           <ul>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 490               load
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 494               added after a sequence was imported are not written to
 495               Stockholm File
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 499               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 503               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 507               with lightGray or darkGray via features file (but can
 508               specify lightgray)
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 512               when alignment view imported from project
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 516               structure and sequences extracted from structure files
 517               imported via URL and viewed in Jmol
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 521               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 522               the project is loaded and the structure viewed
 523             </li>
 524           </ul>
 525           <em>Web Services</em>
 526           <ul>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 529               release of Ensembl v.88
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 533               appear enabled in Preferences->Connections
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 537               removed from console output
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 541               Ensembl by Peptide ID
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 545               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 546               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 547               due to 'null' string rather than empty string used for
 548               residues with no corresponding PDB mapping).
 549             </li>
 550           </ul>
 551           <em>Application UI</em>
 552           <ul>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 555               menu
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 559               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 560               new documentation and tooltips added)
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 564               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 568               new features are added to alignment
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 572               changes to feature colours via the Amend features dialog
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 576               edit graduated feature colour via amend features dialog
 577               box
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 581               selection menu changes colours of alignment views
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 585               from alignment calculation workers after alignment has
 586               been closed
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 590               groups now 'Create Group'
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 594               Create/Undefine group doesn't always work
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 598               shown again after pressing 'Cancel'
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 602               adjusts start position in wrap mode
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 606               ambiguous amino acids
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 610               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 611               proteins
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 615               Defined' don't appear in Colours menu
 616             </li>
 617           </ul>
 618           <em>Applet</em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 622               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 626               overview or linked structure view
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 630               work (since 2.8)
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 634               user-defined colourscheme doesn't restore original
 635               colourscheme
 636             </li>
 637           </ul>
 638           <em>Test Suite</em>
 639           <ul>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 642               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 646               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 647               problems with deep array comparison equality asserts in
 648               successive versions of TestNG
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 652               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 653             </li>
 654           </ul>
 655           <em>New Known Issues</em>
 656           <ul>
 657             <li>
 658               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 659               phase after a sequence motif find operation
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 663               containing just upper and lower case letters are
 664               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 668               reliably from eggnog Ortholog database
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 672               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 673               to mark columns containing highlighted regions.
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 677               doesn't always add secondary structure annotation.
 678             </li>
 679           </ul>
 680         </div>
 681     <tr>
 682       <td width="60" nowrap>
 683         <div align="center">
 684           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 685         </div>
 686       </td>
 687       <td><div align="left">
 688           <em>General</em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 692               for all consensus calculations
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 696               3rd Oct 2016)
 697             </li>
 698             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 699               for 2016-2017</li>
 700           </ul>
 701           <em>Application</em>
 702           <ul>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 705               set of database cross-references, sorted alphabetically
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 709               from database cross references. Users with custom links
 710               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 711                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 715               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 716               Chimera session
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 720               the Chimera it is connected to is shut down
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 724               columns menu item to mark columns containing highlighted
 725               regions (e.g. from structure selections or results of a
 726               Find operation)
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 730               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 731               MSAviewer
 732             </li>
 733           </ul>
 734         </div></td>
 735       <td>
 736         <div align="left">
 737           <em>General</em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 741               are not coloured or thresholded according to percent
 742               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 746               hydrophobic
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 750               threshold, amino acid properties)
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 754               reported as mapped to residues in a structure file in the
 755               View Mapping report
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 759               could be added multiple times to a sequence
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 763               bond features shown as two highlighted residues rather
 764               than a range in linked structure views, and treated
 765               correctly when selecting and computing trees from features
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 769               cross-references are matched to database name regardless
 770               of case
 771             </li>
 772
 773           </ul>
 774           <em>Application</em>
 775           <ul>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 778               names without regular expressions also offer links from
 779               Sequence ID
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 783               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 784               update Jalview configuration
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 788               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 792               files with similarly named sequences if dropped onto the
 793               alignment
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 797               entries where more chains exist in the PDB accession than
 798               are reported in the SIFTS file
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 802               the structure view when displayed with Chimera
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 806               panel's View->Show Chains submenu
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 810               work for wrapped alignment views
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 814               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 818               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 819               first annotation row
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 823               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 827               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 828             </li>
 829             <!-- JAL-2319 -->
 830             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 831             coordindate data
 832             </li>
 833           </ul>
 834           <!--           <em>New Known Issues</em>
 835           <ul>
 836             <li></li>
 837           </ul> -->
 838         </div>
 839       </td>
 840     </tr>
 841     <td width="60" nowrap>
 842       <div align="center">
 843         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 844           <em>25/10/2016</em></strong>
 845       </div>
 846     </td>
 847     <td><em>Application</em>
 848       <ul>
 849         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 850           view if structures already loaded</li>
 851         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 852           structure views</li>
 853       </ul></td>
 854     <td>
 855       <div align="left">
 856         <em>General</em>
 857         <ul>
 858           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 859             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 860           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 861             example sequences/projects/trees</li>
 862         </ul>
 863         <em>Application</em>
 864         <ul>
 865           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 866             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 867           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 868             without timeout for structures with multiple models or
 869             multiple sequences in alignment</li>
 870           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 871             PDB ID HEADER line</li>
 872           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 873             is performed</li>
 874           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 875             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 876           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 877           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 878             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 879             option</li>
 880           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 881             is created on the alignment</li>
 882           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 883             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 884             pop-up menu</li>
 885         </ul>
 886         <em>Build and deployment</em>
 887         <ul>
 888           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 889             tags</li>
 890         </ul>
 891         <em>New Known Issues</em>
 892         <ul>
 893           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 894             on Windows</li>
 895         </ul>
 896       </div>
 897     </td>
 898     </tr>
 899     <tr>
 900       <td width="60" nowrap>
 901         <div align="center">
 902           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 903         </div>
 904       </td>
 905       <td><em>General</em>
 906         <ul>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 912             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 913             better PDB parsing.
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 917             reference sequence
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 921             mousing over sequence associated annotation
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 925             for manual entry
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 929             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 930             for each column
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 934             showing or hiding columns containing a feature
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 938             group and sequence associated annotation labels
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 942             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 943             dialogs
 944           </li>
 945
 946         </ul> <em>Application</em>
 947         <ul>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 950             gene/transcript view
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 954             dialog
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 958             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 962             Pfam sources to xfam.org
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 969             over sequences in Jalview
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 973             regions in ENA and EMBL
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 977             for record retrieval via ENA rest API
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 981             complement operator
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 985             groovy script execution
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 989             alignment window's Calculate menu
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 993             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 997             calculation workers from groovy scripts
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1001             Jalview projects
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1005             associations are now saved/restored from project
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1009             before sequence fetcher is opened
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1013             database chooser opens a sequence fetcher
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1017             the UniProt REST API
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1021             the news reader opening
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1025             querying stored in preferences
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1029             search results
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1036             menu for nucleotide sequences
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1040             and feature counts preserves alignment ordering (and
1041             debugged for complex feature sets).
1042           </li>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1045             viewing structures with Jalview 2.10
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1049             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1050             Ensembl Genomes REST API
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1054             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1055             (Ensembl)
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1059             sequences
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1063             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1064             data from external database records.
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1068             efficient recovery of sequence coding and alignment
1069             annotation relationships.
1070           </li>
1071         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1072         <ul>
1073           <li>
1074             -- JAL---
1075           </li>
1076         </ul> --></td>
1077       <td>
1078         <div align="left">
1079           <em>General</em>
1080           <ul>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1083               menu on OSX
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1087               includes graduated colourschemes
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1091               working with big alignments and lots of hidden columns
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1095               at right of alignment window
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1099               contents
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1103               for DNA alignments
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1107               based tree calculation
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1111               unconserved enabled for group on alignment
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1115               set as reference
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1119               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1120               annotation
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1124               hidden columns present
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1128               user created annotation added to alignment
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1132               '()' base pair annotation
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1136               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1137               Consensus
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1141               feature not working
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1145               beginning of sequence
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1149               entry 3a6s
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1153               from a tree when t-coffee scores are shown
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1157               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1161               some structures
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1165               to Clustal, PIR and PileUp output
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1169               not visible causes alignment window to repaint
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1173               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1174               scores associated with features and annotation rows
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1178               calculation should be case independent
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1182               columns
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1186               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1187               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1191               problems when reference sequence defined and 'show
1192               non-conserved' enabled
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1196               load even when Consensus calculation is disabled
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1200               alignment does nothing
1201             </li>
1202           </ul>
1203           <em>Application</em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1207               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1208               yet fixed for El Capitan)
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1212               output when running on non-gb/us i18n platforms
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1216               hidden sequences as flat-file alignment
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1220               launching Chimera
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1224               (also hotfix for 2.9.0b2)
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1228               reference sequence defined
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1232               alignments and views when revealing hidden columns
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1236               view in a cDNA/Protein splitframe
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1240               sequence from project when only one sequence is
1241               represented
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1245               in Structure Chooser
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1249               structure consensus didn't refresh annotation panel
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1253               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1257               dialogs format columns correctly, don't display array
1258               data, sort columns according to type
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1262               file chooser is cancelled during an image export
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1266               sequence name containing special characters
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1270               case insensitive
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1274               formatting don't wrap
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1278               truncated so L looks like I in consensus annotation
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1282               currently displayed features for the current selection or
1283               view
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1287               after fetching cross-references, and restoring from
1288               project
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1292               followed in the structure viewer
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1296               splitframe not restored from project
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1300               trailing end of protein alignment in transcript/product
1301               splitview when pad-gaps not enabled by default
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1305               is case dependent
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1309               article has been read (reopened issue due to
1310               internationalisation problems)
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1314               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1315               cross-references
1316             </li>
1317
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1320               alignment as HTML
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1324               multiple structures are shown for one or more sequences.
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1328               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1329               is enabled.
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1333               specific PDB id for sequence
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1337               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1338               columns' is disabled.
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1342               selects lowest rather than highest resolution structures
1343               for each sequence
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1347               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1351               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1355               after clicking on it to create new annotation for a
1356               column.
1357             </li>
1358             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1359             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1360           </ul>
1361           <em>Applet</em>
1362           <ul>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1365               hidden columns present before start of sequence
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1369               (JSON jars)
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1373               sequences are hidden in applet
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1377               deployment on examples pages.
1378             </li>
1379           </ul>
1380         </div>
1381       </td>
1382     </tr>
1383     <tr>
1384       <td width="60" nowrap>
1385         <div align="center">
1386           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1387             <em>16/10/2015</em></strong>
1388         </div>
1389       </td>
1390       <td><em>General</em>
1391         <ul>
1392           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1393             jars</li>
1394         </ul></td>
1395       <td>
1396         <div align="left">
1397           <em>Application</em>
1398           <ul>
1399             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1400               shown when tree is partitioned</li>
1401             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1402               multiple cDNA/Protein split views</li>
1403           </ul>
1404         </div>
1405       </td>
1406     </tr>
1407     <tr>
1408       <td width="60" nowrap>
1409         <div align="center">
1410           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1411             <em>8/10/2015</em></strong>
1412         </div>
1413       </td>
1414       <td><em>General</em>
1415         <ul>
1416           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1417             2.9</li>
1418         </ul> <em>Application</em>
1419         <ul>
1420           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1421           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1422           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1423         </ul> <em>Applet</em>
1424         <ul>
1425           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1426         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1427         <ul>
1428           <li>
1429             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1430             suite
1431           </li>
1432         </ul></td>
1433       <td>
1434         <div align="left">
1435           <em>General</em>
1436           <ul>
1437             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1438               incorrect when sequence start > 1</li>
1439             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1440               documentation</li>
1441             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1442             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1443               loading a features file containing HTML tags in feature
1444               description</li>
1445
1446           </ul>
1447           <em>Application</em>
1448           <ul>
1449             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1450               reimport</li>
1451             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1452               with 'trim retrieved sequences'</li>
1453             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1454               deleting selected columns</li>
1455             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1456               JNLP templates for webstart launch</li>
1457             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1458               unreleased structures for download or viewing</li>
1459             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1460               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1461             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1462               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1463             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1464               recovered from jalview project</li>
1465             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1466               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1467               alignment view</li>
1468             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1469               color schemes from BioJSON</li>
1470           </ul>
1471           <em>Applet</em>
1472           <ul>
1473             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1474               frame</li>
1475             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1476           </ul>
1477         </div>
1478       </td>
1479     </tr>
1480     <tr>
1481       <td><div align="center">
1482           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1483         </div></td>
1484       <td><em>General</em>
1485         <ul>
1486           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1487             alignments:
1488             <ul>
1489               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1490                 and DNA alignment views</li>
1491               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1492                 cDNA alignment views</li>
1493               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1494                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1495               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1496                 protein sequences</li>
1497             </ul>
1498           </li>
1499           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1500           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1501             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1502           <li>New alignment annotation file statements for
1503             reference sequences and marking hidden columns</li>
1504           <li>Reference sequence based alignment shading to
1505             highlight variation</li>
1506           <li>Select or hide columns according to alignment
1507             annotation</li>
1508           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1509           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1510             acid conservation row</li>
1511           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1512         </ul> <em>Application</em>
1513         <ul>
1514           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1515             <ul>
1516               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1517                 view with cDNA/Protein</li>
1518               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1519                 sequences are placed in the same alignment</li>
1520               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1521                 projects</li>
1522             </ul>
1523           </li>
1524
1525           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1526           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1527             Jalview windows</li>
1528
1529           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1530           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1531           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1532             be shown in VARNA</li>
1533
1534           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1535             as the active selected region</li>
1536
1537           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1538             similarity</li>
1539           <li>New Export options
1540             <ul>
1541               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1542                 region export in flat file generation</li>
1543
1544               <li>Export alignment views for display with the <a
1545                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1546
1547               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1548               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1549                 alignment figures to HTML</li>
1550           </li>
1551           <li>3D structure retrieval and display
1552             <ul>
1553               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1554                 Search API</li>
1555               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1556                 PDB structures for a sequence set</li>
1557             </ul>
1558           </li>
1559
1560           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1561             predictions</li>
1562           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1563             for one or a group of sequences</li>
1564           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1565             from the JPred4 web server</li>
1566           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1567             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1568             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1569           </li>
1570           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1571             VARNA 2D Structure'</li>
1572           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1573             Structure ..."</li>
1574
1575         </ul> <em>Applet</em>
1576         <ul>
1577           <li>New layout for applet example pages</li>
1578           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1579             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1580           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1581             Protein alignments</li>
1582         </ul> <em>Development and deployment</em>
1583         <ul>
1584           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1585           <li>Include installation type and git revision in build
1586             properties and console log output</li>
1587           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1588             storing BioJsMSA Templates</li>
1589           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1590         </ul></td>
1591       <td>
1592         <!-- <em>General</em>
1593         <ul>
1594         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1595         <ul>
1596           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1597           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1598           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1599             predictions are not highlighted in amber</li>
1600           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1601             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1602           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1603             associated structure views</li>
1604           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1605             width checkbox not enabled</li>
1606           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1607             creating user defined colours</li>
1608           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1609             mappings for just that viewer's sequences</li>
1610           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1611             multiple models in Chimera</li>
1612           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1613             over Jmol structure</li>
1614           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1615             output to text box</li>
1616           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1617             have incorrect sequence start/end</li>
1618           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1619             Jalview fails</li>
1620           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1621             work for nucleotide</li>
1622           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1623             to a grey/invisible alignment window</li>
1624           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1625             imports to different position</li>
1626           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1627             on some platforms</li>
1628           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1629             populated</li>
1630           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1631             console if Chimera has been opened</li>
1632           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1633           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1634             retrieved</li>
1635           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1636           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1637             either sequence shows on first structure</li>
1638           <li>'Show annotations' options should not make
1639             non-positional annotations visible</li>
1640           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1641             in right place after 'view flanking regions'</li>
1642           <li>File Save As type unset when current file format is
1643             unknown</li>
1644           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1645             projects</li>
1646           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1647             responsive</li>
1648           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1649             several views on same alignment</li>
1650           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1651           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1652             spaces</li>
1653         </ul> <em>Applet</em>
1654         <ul>
1655           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1656           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1657             descriptions containing angle brackets</li>
1658         </ul> <em>General</em>
1659         <ul>
1660           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1661             via jalview annotation file</li>
1662           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1663             with RNA secondary structure</li>
1664           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1665             translation doesn't work.</li>
1666           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1667           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1668             positions</li>
1669           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1670             choosing 1pt font</li>
1671           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1672             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1673             'h'</li>
1674           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1675             new feature</li>
1676           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1677             order dependent</li>
1678           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1679             sequences</li>
1680           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1681         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1682         <ul>
1683           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1684             www.jalview.org</li>
1685         </ul> <em>Application Known issues</em>
1686         <ul>
1687           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1688           <li>Misleading message appears after trying to delete
1689             solid column.</li>
1690           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1691             version launches</li>
1692           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1693             fails with a sequence mismatch</li>
1694           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1695             scrolling alignment to right</li>
1696           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1697             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1698           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1699             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1700           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1701             ultra-high resolution</li>
1702           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1703             quality and conservation</li>
1704           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1705             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1706         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1707         <ul>
1708           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1709           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1710             window is being resized</li>
1711
1712         </ul>
1713       </td>
1714     </tr>
1715     <tr>
1716       <td><div align="center">
1717           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1718         </div></td>
1719       <td><em>General</em>
1720         <ul>
1721           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1722             Certum.PL.</li>
1723           <li>Features and annotation preserved when performing
1724             pairwise alignment</li>
1725           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1726             imported/exported/displayed</li>
1727           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1728             protein secondary structure</li>
1729           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1730               post-hoc with 2.9 release</em>)
1731           </li>
1732
1733         </ul> <em>Application</em>
1734         <ul>
1735           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1736             with 3D structures</li>
1737           <li>Support for parsing RNAML</li>
1738           <li>Annotations menu for layout
1739             <ul>
1740               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1741               <li>place sequence annotation above/below alignment
1742                 annotation</li>
1743             </ul>
1744           <li>Output in Stockholm format</li>
1745           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1746             translation</li>
1747           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1748           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1749             shared between alignments</li>
1750           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1751             Jalview</li>
1752           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1753             all or current selection</li>
1754           <li>disorder and secondary structure predictions
1755             available as dataset annotation</li>
1756           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1757
1758
1759           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1760             alignments from Rfam</li>
1761           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1762
1763           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1764             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1765           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1766           <li>include installation type in build properties and
1767             console log output</li>
1768           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1769             annotation</li>
1770         </ul></td>
1771       <td>
1772         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1773         <ul>
1774           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1775             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1776           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1777             alignment</li>
1778           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1779           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1780           <li>Double click on sequence associated annotation
1781             selects only first column</li>
1782           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1783             leaves shown in tree</li>
1784           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1785             properly</li>
1786           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1787           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1788             screen and buttons not visible</li>
1789           <li>author list isn't updated if already written to
1790             Jalview properties</li>
1791           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1792             from database</li>
1793           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1794           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1795             browser search window</li>
1796           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1797             in feature settings dialog</li>
1798           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1799             desktop</li>
1800           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1801             pass validation</li>
1802           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1803             fit on screen</li>
1804           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1805             tooltip</li>
1806           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1807             defined user preset</li>
1808           <li>MSA web services warns user if they were launched
1809             with invalid input</li>
1810           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1811             Java 8</li>
1812           <li>
1813             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1814             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1815             created
1816           </li>
1817
1818         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1819         <ul>
1820         </ul> <em>General</em>
1821         <ul>
1822         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1823         <ul>
1824           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1825             memory allocation</li>
1826           <li>launchApp service doesn't automatically open
1827             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1828           <li>
1829             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1830             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1831             1.7_055 is available
1832           </li>
1833         </ul> <em>Application Known issues</em>
1834         <ul>
1835           <li>
1836             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1837             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1838             alignment to right
1839           </li>
1840           <li>
1841             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1842             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1843             with large number of ID
1844           </li>
1845           <li>
1846             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1847             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1848             start/end
1849           </li>
1850           <li>
1851             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1852             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1853             structure tracks are rearranged
1854           </li>
1855           <li>
1856             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1857             invalid rna structure positional highlighting does not
1858             highlight position of invalid base pairs
1859           </li>
1860           <li>
1861             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1862             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1863             project from alignment window file menu
1864           </li>
1865           <li>
1866             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1867             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1868             structures
1869           </li>
1870           <li>
1871             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1872             colour by RNA Helices not enabled when user created
1873             annotation added to alignment
1874           </li>
1875           <li>
1876             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1877             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1878           </li>
1879         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1880         <ul>
1881           <li>
1882             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1883             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1884           </li>
1885           <li>
1886             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1887             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1888           </li>
1889
1890           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1891             when selected</li>
1892         </ul>
1893       </td>
1894     </tr>
1895     <tr>
1896       <td><div align="center">
1897           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1898         </div></td>
1899       <td>
1900         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1901         <em>General</em>
1902         <ul>
1903           <li>Internationalisation of user interface (usually
1904             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1905           <li>Define/Undefine group on current selection with
1906             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1907           <li>Improved group creation/removal options in
1908             alignment/sequence Popup menu</li>
1909           <li>Sensible precision for symbol distribution
1910             percentages shown in logo tooltip.</li>
1911           <li>Annotation panel height set according to amount of
1912             annotation when alignment first opened</li>
1913         </ul> <em>Application</em>
1914         <ul>
1915           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1916             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1917           <li>Select columns containing particular features from
1918             Feature Settings dialog</li>
1919           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1920             sequences</li>
1921           <li>Update Jalview project format:
1922             <ul>
1923               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1924               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1925                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1926               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1927                 colouring</li>
1928             </ul>
1929           </li>
1930           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1931             (PAM250)</li>
1932           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1933             flanking regions for an alignment</li>
1934         </ul>
1935       </td>
1936       <td>
1937         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1938         <ul>
1939           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1940             running after job is cancelled</li>
1941           <li>cannot export features from alignments imported from
1942             Jalview/VAMSAS projects</li>
1943           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1944             float values</li>
1945           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1946             have 'display all symbols' flag set</li>
1947           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1948             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1949           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1950             Jalview</li>
1951           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1952             Lion/Webstart</li>
1953           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1954           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1955           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1956             alignment onto desktop</li>
1957           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1958             'extract scores' function</li>
1959           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1960             alignment window</li>
1961           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1962             performing IUPred disorder prediction</li>
1963           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1964             changing 'normalise logo' display setting</li>
1965           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1966             nothing matches query</li>
1967           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1968             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1969           </li>
1970           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1971             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1972           </li>
1973           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1974             Jalview's menu</li>
1975           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1976             'invalid literal/length code'</li>
1977           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1978             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1979           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1980             colourscheme</li>
1981
1982         </ul> <em>Applet</em>
1983         <ul>
1984           <li>Remove group option is shown even when selection is
1985             not a group</li>
1986           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1987             don't affect groups</li>
1988           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1989             colourscheme name</li>
1990           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1991             Annotation panel is not displayed</li>
1992           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1993             embedded windows</li>
1994         </ul> <em>Other</em>
1995         <ul>
1996           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1997             single sequence were not calculated</li>
1998           <li>annotation files that contain only groups imported as
1999             annotation and junk sequences</li>
2000           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2001             recognised as PFAM or BLC</li>
2002           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2003             doesn't affect background (2.8.0b1)
2004           <li></li>
2005           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2006           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2007             trailing gaps</li>
2008           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2009             registered correctly on import</li>
2010           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2011             certain alignments</li>
2012           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2013             existing annotation based 'use original colours'
2014             colourscheme loses original colours setting</li>
2015         </ul>
2016       </td>
2017     </tr>
2018     <tr>
2019       <td><div align="center">
2020           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2021             <em>30/1/2014</em></strong>
2022         </div></td>
2023       <td>
2024         <ul>
2025           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2026             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2027             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2028             open source project).
2029           </li>
2030           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2031           <li>Output in Stockholm format</li>
2032           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2033           <li>Export/import group and sequence associated line
2034             graph thresholds</li>
2035           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2036             ambiguity codes</li>
2037           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2038             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2039             works</li>
2040           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2041         </ul> <em>Other improvements</em>
2042         <ul>
2043           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2044           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2045             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2046           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2047             files</li>
2048           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2049           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2050             link but no description</li>
2051           <li>Select primary source when selecting authority in
2052             database fetcher GUI</li>
2053           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2054             Jalview</li>
2055           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2056         </ul>
2057       </td>
2058       <td>
2059         <ul>
2060           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2061             displayed</li>
2062           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2063             secondary structure annotation line</li>
2064           <li>Sequence database accessions not imported when
2065             fetching alignments from Rfam</li>
2066           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2067             identical IDs</li>
2068           <li>View all structures does not always superpose
2069             structures</li>
2070           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2071             reflect user or preset settings</li>
2072           <li>Null pointer exceptions for some services without
2073             presets or adjustable parameters</li>
2074           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2075             discover PDB xRefs</li>
2076           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2077             features with DAS</li>
2078           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2079             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2080           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2081             residue follows a gap</li>
2082           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2083             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2084           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2085             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2086           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2087             annotation already exists on alignment</li>
2088           <li>oninit javascript function should be called after
2089             initialisation completes</li>
2090           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2091             alignment window display</li>
2092           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2093           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2094             to annotation file</li>
2095           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2096             groups created</li>
2097           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2098             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2099           <li>Pressing return several times causes Number Format
2100             exceptions in keyboard mode</li>
2101           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2102             correct partitions for input data</li>
2103           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2104           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2105           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2106           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2107             mode</li>
2108           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2109             changes one row&#39;s threshold</li>
2110           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2111             doesn&#39;t open</li>
2112           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2113             quality histograms</li>
2114         </ul>
2115       </td>
2116     </tr>
2117     <tr>
2118       <td><div align="center">
2119           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2120         </div></td>
2121       <td><em>Application</em>
2122         <ul>
2123           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2124             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2125           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2126             preferences</li>
2127           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2128             in Jalview alignment window</li>
2129           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2130             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2131           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2132             RNA and ambiguity codes</li>
2133
2134           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2135           <li>Support fetching and database reference look up
2136             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2137             refs')</li>
2138           <li>Jalview project improvements
2139             <ul>
2140               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2141                 flag for annotation</li>
2142               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2143                 alignment</li>
2144               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2145                 Jalview project</li>
2146
2147             </ul>
2148           </li>
2149           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2150           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2151             running</li>
2152           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2153           <li>visual indication that web service results are still
2154             being retrieved from server</li>
2155           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2156             starts up for first time</li>
2157           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2158             services</li>
2159           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2160             client library</li>
2161           <li>Examples directory and Groovy library included in
2162             InstallAnywhere distribution</li>
2163         </ul> <em>Applet</em>
2164         <ul>
2165           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2166             visualization applet example</li>
2167         </ul> <em>General</em>
2168         <ul>
2169           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2170           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2171             defaults</li>
2172           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2173             calculation</li>
2174           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2175             matrices
2176           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2177             in HTML</li>
2178           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2179             structure contacts</li>
2180           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2181           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2182           <li>Parse sequence associated secondary structure
2183             information in Stockholm files</li>
2184           <li>HTML Export database accessions and annotation
2185             information presented in tooltip for sequences</li>
2186           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2187             style RNA alignment files</li>
2188           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2189             alignment</li>
2190           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2191             shade each sequence according to its associated alignment
2192             annotation</li>
2193           <li>New Jalview Logo</li>
2194         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2195         <ul>
2196           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2197           <li>New Website!</li>
2198         </ul></td>
2199       <td><em>Application</em>
2200         <ul>
2201           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2202             wsdbfetch REST service</li>
2203           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2204           <li>Filetype associations not installed for webstart
2205             launch</li>
2206           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2207             job execution in full once it is complete</li>
2208           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2209             uploaded via ali_file parameter</li>
2210           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2211           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2212           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2213             submitted for prediction</li>
2214           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2215             desktop window</li>
2216           <li>Putting fractional value into integer text box in
2217             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2218           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2219             windows 7</li>
2220           <li>View all structures fails with exception shown in
2221             structure view</li>
2222           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2223             escaped in a platform independent way</li>
2224           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2225             using proxy</li>
2226           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2227             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2228           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2229             failure when java web start temporary file caching is
2230             disabled</li>
2231           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2232             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2233           <li>Errors during processing of command line arguments
2234             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2235           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2236             DAS sources in sequence fetcher</li>
2237           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2238             dialog is shown</li>
2239           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2240           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2241           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2242           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2243             on OSX Mountain Lion</li>
2244           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2245             sequences with alignment annotation are pasted into the
2246             alignment</li>
2247           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2248             when loaded from Jalview project</li>
2249           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2250           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2251             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2252           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2253             associated with all views</li>
2254           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2255             annotation rows to new window</li>
2256         </ul> <em>Applet</em>
2257         <ul>
2258           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2259             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2260           <li>loading features via javascript API automatically
2261             enables feature display</li>
2262           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2263             work</li>
2264         </ul> <em>General</em>
2265         <ul>
2266           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2267           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2268             and then deselected</li>
2269           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2270           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2271             coloured with clustalx</li>
2272           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2273             exceptions and redraw errors</li>
2274           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2275             reconfigured view</li>
2276           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2277             colour</li>
2278           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2279             for lots of labels</li>
2280         </ul>
2281     </tr>
2282     <tr>
2283       <td>
2284         <div align="center">
2285           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2286         </div>
2287       </td>
2288       <td><em>Application</em>
2289         <ul>
2290           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2291           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2292           <li>View/alignment association menu to enable user to
2293             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2294             its colours/correspondences from</li>
2295           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2296           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2297             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2298           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2299           <li>Annotation row column label formatting attributes
2300             stored in project file</li>
2301           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2302             rows preserved in Jalview project file</li>
2303           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2304             saved using Desktop window menu</li>
2305           <li>Visual indication that command line arguments are
2306             still being processed</li>
2307           <li>Groovy script execution from URL</li>
2308           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2309             preferences</li>
2310           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2311             alignment with sequences that have high similarity and
2312             matching IDs</li>
2313           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2314           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2315             structures in same window</li>
2316           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2317           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2318             analysis function in its own submenu</li>
2319         </ul> <em>Applet</em>
2320         <ul>
2321           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2322             groups</li>
2323           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2324           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2325           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2326           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2327           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2328             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2329           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2330           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2331             parameters are treated as such</li>
2332           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2333             <ul>
2334               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2335               <li>Javascript callbacks for
2336                 <ul>
2337                   <li>Applet initialisation</li>
2338                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2339                 </ul>
2340               </li>
2341               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2342                 functions</li>
2343               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2344               <li>javascript structure viewer harness to pass
2345                 messages between Jmol and Jalview when running as
2346                 distinct applets</li>
2347               <li>sortBy method</li>
2348               <li>Set of applet and application examples shipped
2349                 with documentation</li>
2350               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2351                 javascript message exchange</li>
2352             </ul>
2353         </ul> <em>General</em>
2354         <ul>
2355           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2356             multiple alignments</li>
2357           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2358           <li>User configurable link to enable redirects to a
2359             www.Jalview.org mirror</li>
2360           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2361           <li>Configurable newline string when writing alignment
2362             and other flat files</li>
2363           <li>Allow alignment annotation description lines to
2364             contain html tags</li>
2365         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2366         <ul>
2367           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2368             examples</li>
2369           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2370             using a web service before displaying the result in the
2371             Jalview desktop</li>
2372           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2373           <li>Ant target to publish example html files with applet
2374             archive</li>
2375           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2376           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2377         </ul></td>
2378       <td><em>Application</em>
2379         <ul>
2380           <li>User defined colourscheme throws exception when
2381             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2382           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2383             dialog for valid filename/format</li>
2384           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2385           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2386             P37173</li>
2387           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2388             which sequence is to be associated with the file</li>
2389           <li>Find All raises null pointer exception when query
2390             only matches sequence IDs</li>
2391           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2392           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2393             2.4 cannot be loaded</li>
2394           <li>Filetype associations not installed for webstart
2395             launch</li>
2396           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2397             with sequences in different alignments do not get coloured
2398             by their associated sequence</li>
2399           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2400             not preserved when project is loaded</li>
2401           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2402             stored in Jalview project</li>
2403           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2404             Jalview project</li>
2405           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2406           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2407             by conservation</li>
2408           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2409             created on new view</li>
2410           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2411             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2412           <li>Alignment quality not updated after alignment
2413             annotation row is hidden then shown</li>
2414           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2415             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2416           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2417             properly</li>
2418           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2419             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2420           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2421           <li>Structures imported from file and saved in project
2422             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2423           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2424             job execution in full once it is complete</li>
2425         </ul> <em>Applet</em>
2426         <ul>
2427           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2428             annotation rows are displayed</li>
2429           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2430             codebase</li>
2431           <li>View follows highlighting does not work for positions
2432             in sequences</li>
2433           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2434           <li>Export features raises exception when no features
2435             exist</li>
2436           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2437             for javascript api is modified when separator string
2438             provided as parameter</li>
2439           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2440             alignment with no existing selection</li>
2441           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2442             to applet&#39;s codebase</li>
2443           <li>Status bar not updated after finished searching and
2444             search wraps around to first result</li>
2445           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2446             several Jalview applets causes race conditions and memory
2447             leaks</li>
2448           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2449             not sent from Jmol in applet</li>
2450           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2451             applet API fatally hang browser</li>
2452         </ul> <em>General</em>
2453         <ul>
2454           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2455             position with wrapped view and hidden regions</li>
2456           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2457             with/without hidden columns</li>
2458           <li>Sequence length given in alignment properties window
2459             is off by 1</li>
2460           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2461             import PDB like structure files</li>
2462           <li>Positional search results are only highlighted
2463             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2464           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2465           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2466             given sequence position</li>
2467           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2468             output</li>
2469           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2470             from nucleotide chains correctly</li>
2471           <li>Structure colours not updated when tree partition
2472             changed in alignment</li>
2473           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2474             parsed in interleaved stockholm</li>
2475           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2476             state</li>
2477           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2478             properly</li>
2479           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2480             properly associated with their pdb files</li>
2481         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2482         <ul>
2483           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2484             ApplyCopyright tool</li>
2485         </ul></td>
2486     </tr>
2487     <tr>
2488       <td>
2489         <div align="center">
2490           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2491         </div>
2492       </td>
2493       <td><em>Application</em>
2494         <ul>
2495           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2496             contact web services</li>
2497           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2498             service job window</li>
2499           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2500         </ul></td>
2501       <td>
2502         <ul>
2503           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2504             pir file emitted by Jalview</li>
2505           <li>Existing feature settings transferred to new
2506             alignment view created from cut'n'paste</li>
2507           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2508             parsing PDB files</li>
2509           <li>Consensus and conservation annotation rows
2510             occasionally become blank for all new windows</li>
2511           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2512             in wrapped view mode</li>
2513         </ul> <em>Application</em>
2514         <ul>
2515           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2516             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2517           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2518             parameter names</li>
2519           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2520             is down</li>
2521         </ul>
2522       </td>
2523     </tr>
2524     <tr>
2525       <td>
2526         <div align="center">
2527           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2528         </div>
2529       </td>
2530       <td><em>Application</em>
2531         <ul>
2532           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2533             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2534             (JABAWS)
2535           </li>
2536           <li>Web Services preference tab</li>
2537           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2538             preferences</li>
2539           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2540           <li>Superpose structures using associated sequence
2541             alignment</li>
2542           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2543             viewer</li>
2544         </ul> <em>Applet</em>
2545         <ul>
2546           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2547             link out mechanism</li>
2548         </ul> <em>Other</em>
2549         <ul>
2550           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2551             series 12</li>
2552           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2553             require Java 1.5</li>
2554           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2555             sequence annotation files</li>
2556           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2557             type colour specification</li>
2558           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2559             script to check if it being run in an interactive session or
2560             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2561         </ul></td>
2562       <td>
2563         <ul>
2564           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2565             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2566         </ul> <em>Application</em>
2567         <ul>
2568           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2569             selected Regions menu item</li>
2570           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2571             part of a valid accession ID</li>
2572           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2573             runs out of memory</li>
2574           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2575             analysis results</li>
2576           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2577             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2578           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2579         </ul> <em>Applet</em>
2580         <ul>
2581           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2582             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2583             defined.</li>
2584         </ul>
2585       </td>
2586     </tr>
2587     <tr>
2588       <td>
2589         <div align="center">
2590           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2591         </div>
2592       </td>
2593       <td></td>
2594       <td>
2595         <ul>
2596           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2597             sequence IDs</li>
2598           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2599             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2600           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2601             import correctly</li>
2602           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2603             number of columns are hidden</li>
2604           <li>annotation label popup menu not providing correct
2605             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2606             present</li>
2607           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2608             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2609           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2610             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2611
2612         </ul> <em>Applet</em>
2613         <ul>
2614           <li>annotation panel disappears when annotation is
2615             hidden/removed</li>
2616         </ul> <em>Application</em>
2617         <ul>
2618           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2619             alignment opened where annotation panel is visible but no
2620             annotations are present on alignment</li>
2621           <li>pasted region containing hidden columns is
2622             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2623           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2624             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2625           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2626             selected Rregions menu item.</li>
2627           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2628             'Un' or 'Non'conserved</li>
2629           <li>Sequence feature settings are being shared by
2630             multiple distinct alignments</li>
2631           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2632             changed</li>
2633           <li>double click on group annotation to select sequences
2634             does not propagate to associated trees</li>
2635           <li>Mac OSX specific issues:
2636             <ul>
2637               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2638                 window background</li>
2639               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2640                 name set correctly</li>
2641               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2642                 save feature colourscheme button</li>
2643             </ul>
2644           </li>
2645         </ul>
2646       </td>
2647     </tr>
2648     <tr>
2649
2650       <td>
2651         <div align="center">
2652           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2653         </div>
2654       </td>
2655       <td><em>New Capabilities</em>
2656         <ul>
2657           <li>URL links generated from description line for
2658             regular-expression based URL links (applet and application)
2659
2660           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2661             menu</li>
2662           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2663             structures</li>
2664           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2665             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2666           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2667             average score or total feature count for each sequence.</li>
2668           <li>Shading features by score or associated description</li>
2669           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2670             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2671           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2672             hide everything but the currently selected region.</li>
2673           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2674         </ul> <em>Application</em>
2675         <ul>
2676           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2677             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2678           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2679             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2680           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2681             database references and protein_name is parsed as
2682             description line (BioSapiens terms).</li>
2683           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2684             references in sequence ID tooltip from View menu in
2685             application.</li>
2686           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2687       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2688           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2689             conservation plots</li>
2690           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2691             and visualized as sequence logos</li>
2692           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2693             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2694           </li>
2695           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2696             when a new tree is opened.</li>
2697           <li>Jalview Java Console</li>
2698           <li>Better placement of desktop window when moving
2699             between different screens.</li>
2700           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2701             consensus annotation</li>
2702           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2703             Workflows</li>
2704           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2705             <ul>
2706               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2707                 used to preserve views, structures, and tree display
2708                 settings)</li>
2709               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2710                 command line</li>
2711               <li>Sharing of selected regions between views and
2712                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2713               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2714             </ul></li>
2715         </ul> <em>Applet</em>
2716         <ul>
2717           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2718           <li>New Parameters
2719             <ul>
2720               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2721                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2722                 opened.</li>
2723               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2724                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2725               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2726                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2727               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2728                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2729                 view</li>
2730               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2731                 increase the height or width of a cell in the alignment
2732                 grid relative to the current font size.</li>
2733             </ul>
2734           </li>
2735           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2736             tooltip</li>
2737         </ul> <em>Other</em>
2738         <ul>
2739           <li>Features format: graduated colour definitions and
2740             specification of feature scores</li>
2741           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2742             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2743             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2744           <li>XML formats extended to support graduated feature
2745             colourschemes, group associated annotation, and profile
2746             visualization settings.</li></td>
2747       <td>
2748         <ul>
2749           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2750             rather than description</li>
2751           <li>Non-positional features are now included in sequence
2752             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2753             visibility in tooltip).</li>
2754           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2755           <li>Added URL embedding instructions to features file
2756             documentation.</li>
2757           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2758             'X' in peptide product</li>
2759           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2760             sequence ID and sequence string and query strings do not
2761             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2762           <li>AMSA files only contain first column of
2763             multi-character column annotation labels</li>
2764           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2765             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2766             exported and re-imported)</li>
2767           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2768             name</li>
2769           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2770             as subsequence matches, and correctly reports total number
2771             of both.</li>
2772           <li>Application:
2773             <ul>
2774               <li>Better handling of exceptions during sequence
2775                 retrieval</li>
2776               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2777                 link text excludes the start_end suffix</li>
2778               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2779                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2780               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2781               <li>Sequence description lines properly shared via
2782                 VAMSAS</li>
2783               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2784                 data sources</li>
2785               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2786                 completes before alignment figures are generated.</li>
2787               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2788                 first time.</li>
2789               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2790                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2791               <li>User defined group colours properly recovered
2792                 from Jalview projects.</li>
2793             </ul>
2794           </li>
2795         </ul>
2796       </td>
2797
2798     </tr>
2799     <tr>
2800       <td>
2801         <div align="center">
2802           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2803         </div>
2804       </td>
2805       <td>
2806         <ul>
2807           <li>Experimental support for google analytics usage
2808             tracking.</li>
2809           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2810         </ul>
2811       </td>
2812       <td>
2813         <ul>
2814           <li>Race condition in applet preventing startup in
2815             jre1.6.0u12+.</li>
2816           <li>Exception when feature created from selection beyond
2817             length of sequence.</li>
2818           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2819           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2820             all sequences with a given id</li>
2821           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2822             ID string searches</li>
2823           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2824             alignment to fail with exception</li>
2825         </ul> <em>Application Issues</em>
2826         <ul>
2827           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2828           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2829             data sources</li>
2830         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2831         <ul>
2832           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2833             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2834           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2835             version (java class versioning error fixed)</li>
2836         </ul>
2837       </td>
2838     </tr>
2839     <tr>
2840       <td>
2841
2842         <div align="center">
2843           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2844         </div>
2845       </td>
2846       <td><em>User Interface</em>
2847         <ul>
2848           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2849             translation and protein products</li>
2850           <li>Linked highlighting of structure associated with
2851             residue mapping to codon position</li>
2852           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2853             and 'clear' button</li>
2854           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2855             Tools menu</li>
2856           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2857             numeric data in description line</li>
2858           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2859           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2860             of sequence</li>
2861         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2862         <ul>
2863           <li>JPred3 web service</li>
2864           <li>Prototype sequence search client (no public services
2865             available yet)</li>
2866           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2867             PFAM</li>
2868           <li>URL Links created for matching database cross
2869             references as well as sequence ID</li>
2870           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2871         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2872         <ul>
2873           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2874             databases</li>
2875           <li>Generalised database reference retrieval and
2876             validation to all fetchable databases</li>
2877           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2878             sequence command</li>
2879         </ul> <em>Import and Export</em>
2880         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2881         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2882           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2883         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2884           File</li>
2885         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2886           triplet as name of colourscheme</li>
2887         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2888         <ul>
2889           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2890           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2891             alignments (experimental)</li>
2892           <li>Create new or select existing session to join</li>
2893           <li>load and save of vamsas documents</li>
2894         </ul> <em>Application command line</em>
2895         <ul>
2896           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2897             from applet)</li>
2898           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2899             of DAS servers to query for alignment features</li>
2900           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2901             that are also automatically queried for features</li>
2902           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2903             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2904         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2905         <ul>
2906           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2907             application (when using &quot;View in full
2908             application&quot;)</li>
2909         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2910         <ul>
2911           <li>feature group display control parameter</li>
2912           <li>debug parameter</li>
2913           <li>showbutton parameter</li>
2914         </ul> <em>Applet API methods</em>
2915         <ul>
2916           <li>newView public method</li>
2917           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2918           <li>Feature display control methods</li>
2919           <li>get list of currently selected sequences</li>
2920         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2921         <ul>
2922           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2923           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2924             Jalview release.</li>
2925           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2926             property controls execution of obfuscator</li>
2927           <li>Build target for generating source distribution</li>
2928           <li>Debug flag for javacc</li>
2929           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2930             jalview.bin.Cache</li>
2931           <li>Continuous Build Integration for stable and
2932             development version of Application, Applet and source
2933             distribution</li>
2934         </ul></td>
2935       <td>
2936         <ul>
2937           <li>selected region output includes visible annotations
2938             (for certain formats)</li>
2939           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2940             for editing</li>
2941           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2942           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2943           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2944           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2945             comments</li>
2946           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2947             filenames containing a ':'</li>
2948           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2949             global sequence features</li>
2950           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2951             references from alignment sequences goes to zero</li>
2952           <li>Close of tree branch colour box without colour
2953             selection causes cascading exceptions</li>
2954           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2955           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2956             file parsing fails.</li>
2957           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2958           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2959             not a valid output format</li>
2960           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2961             vamsas</li>
2962           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2963           <li>error messages passed up and output when data read
2964             fails</li>
2965           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2966             sequence is edited</li>
2967           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2968             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2969           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2970             filetype</li>
2971           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2972             import fixed for PFAM records</li>
2973           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2974             window list</li>
2975           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2976             can be read and written correctly to annotation file</li>
2977           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2978             correctly</li>
2979           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2980             non-italic font for representatives in Applet</li>
2981           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2982             Macs.</li>
2983           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2984             Applet)</li>
2985           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2986             due to null pointer exceptions</li>
2987           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2988             first column of alignment</li>
2989           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2990             July 2008</li>
2991           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2992             file is case-insensitive</li>
2993           <li>Sequence features read from Features file appended to
2994             all sequences with matching IDs</li>
2995           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2996             containing a sub-sequence</li>
2997           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2998           <li>feature and annotation file applet parameters
2999             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3000           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3001           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3002             splash-screen version check to complete</li>
3003           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3004             when passing them to the launchApp service</li>
3005           <li>display name and local features preserved in results
3006             retrieved from web service</li>
3007           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3008             sequence fetcher initialisation</li>
3009           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3010             dasobert DAS client</li>
3011           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3012             association</li>
3013           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3014             sequences
3015           </li>
3016         </ul>
3017       </td>
3018     </tr>
3019     <tr>
3020       <td>
3021         <div align="center">
3022           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3023         </div>
3024       </td>
3025       <td>
3026         <ul>
3027           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3028           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3029           <li>Slide sequences</li>
3030           <li>Edit sequence in place</li>
3031           <li>EMBL CDS features</li>
3032           <li>DAS Feature mapping</li>
3033           <li>Feature ordering</li>
3034           <li>Alignment Properties</li>
3035           <li>Annotation Scores</li>
3036           <li>Sort by scores</li>
3037           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3038         </ul>
3039       </td>
3040       <td>
3041         <ul>
3042           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3043           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3044           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3045           <li>Feature group display state in XML</li>
3046           <li>Feature ordering in XML</li>
3047           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3048           <li>Stockholm alignment properties</li>
3049           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3050           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3051           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3052           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3053         </ul>
3054       </td>
3055
3056     </tr>
3057     <tr>
3058       <td>
3059         <div align="center">
3060           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3061         </div>
3062       </td>
3063       <td>
3064         <ul>
3065           <li>Non standard characters can be read and displayed
3066           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3067             applet via textbox
3068           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3069             name &amp; description
3070           <li>Preference setting to display sequence name in
3071             italics
3072           <li>Annotation file format extended to allow
3073             Sequence_groups to be defined
3074           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3075             specified in preferences
3076           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3077             sequences
3078         </ul>
3079       </td>
3080       <td>
3081         <ul>
3082           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3083             installed
3084           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3085           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3086         </ul>
3087       </td>
3088     </tr>
3089     <tr>
3090       <td>
3091         <div align="center">
3092           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3093         </div>
3094       </td>
3095       <td>
3096         <ul>
3097           <li>Multiple views on alignment
3098           <li>Sequence feature editing
3099           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3100           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3101           <li>Background dependent text colour
3102           <li>Right align sequence ids
3103           <li>User-defined lower case residue colours
3104           <li>Format Menu
3105           <li>Select Menu
3106           <li>Menu item accelerator keys
3107           <li>Control-V pastes to current alignment
3108           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3109           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3110           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3111
3112           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3113         </ul>
3114       </td>
3115       <td>
3116         <ul>
3117           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3118           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3119             calculations
3120           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3121             edits
3122           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3123             of alignment)
3124           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3125
3126           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3127             display correctly
3128           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3129           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3130             analysis results
3131           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3132             &#8739;
3133           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3134           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3135           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3136
3137         </ul>
3138       </td>
3139     </tr>
3140     <tr>
3141       <td>
3142         <div align="center">
3143           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3144         </div>
3145       </td>
3146       <td>
3147         <ul>
3148           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3149         </ul>
3150       </td>
3151       <td>
3152         <ul>
3153           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3154             sequence id panel has been resized</li>
3155           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3156             rendered</li>
3157           <li>Annotation files with sequence references - all
3158             elements in file are relative to sequence position</li>
3159           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3160         </ul>
3161       </td>
3162     </tr>
3163     <tr>
3164       <td>
3165         <div align="center">
3166           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3167         </div>
3168       </td>
3169       <td>
3170         <ul>
3171           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3172           <li>DAS Feature fetching</li>
3173           <li>Hide sequences and columns</li>
3174           <li>Export Annotations and Features</li>
3175           <li>GFF file reading / writing</li>
3176           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3177             files</li>
3178           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3179           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3180           <li>Applet can launch the full application</li>
3181           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3182             required)</li>
3183           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3184           <li>Applet can load sequences from parameter
3185             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3186           </li>
3187         </ul>
3188       </td>
3189       <td>
3190         <ul>
3191           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3192           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3193           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3194         </ul>
3195       </td>
3196     </tr>
3197     <tr>
3198       <td>
3199         <div align="center">
3200           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3201         </div>
3202       </td>
3203       <td>
3204         <ul>
3205           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3206           <li>Choose to match case when searching</li>
3207           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3208             expand the visible width and height of the alignment</li>
3209         </ul>
3210       </td>
3211       <td>
3212         <ul>
3213           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3214         </ul>
3215       </td>
3216     </tr>
3217     <tr>
3218       <td>
3219         <div align="center">
3220           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3221         </div>
3222       </td>
3223       <td>&nbsp;</td>
3224       <td>
3225         <ul>
3226           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3227           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3228             value</li>
3229         </ul>
3230       </td>
3231     </tr>
3232     <tr>
3233       <td>
3234         <div align="center">
3235           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3236         </div>
3237       </td>
3238       <td>
3239         <ul>
3240           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3241           <li>Keyboard editing</li>
3242           <li>Create sequence features from searches</li>
3243           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3244             alignments</li>
3245           <li>Features file allows grouping of features</li>
3246           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3247           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3248           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3249         </ul>
3250       </td>
3251       <td>
3252         <ul>
3253           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3254           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3255             descriptions saved.</li>
3256         </ul>
3257       </td>
3258     </tr>
3259     <tr>
3260       <td>
3261         <div align="center">
3262           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3263         </div>
3264       </td>
3265       <td>
3266         <ul>
3267           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3268           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3269           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3270             name for file output</li>
3271           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3272           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3273             used for HTML form input</li>
3274         </ul>
3275       </td>
3276       <td>
3277         <ul>
3278           <li>HTML output writes groups and features</li>
3279           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3280           <li>File IO bugs</li>
3281         </ul>
3282       </td>
3283     </tr>
3284     <tr>
3285       <td>
3286         <div align="center">
3287           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3288         </div>
3289       </td>
3290       <td>
3291         <ul>
3292           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3293           <li>More options for PCA viewer</li>
3294         </ul>
3295       </td>
3296       <td>
3297         <ul>
3298           <li>GUI bugs resolved</li>
3299           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302     </tr>
3303     <tr>
3304       <td height="63">
3305         <div align="center">
3306           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3307         </div>
3308       </td>
3309       <td>
3310         <ul>
3311           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3312           <li>Jar files are executable</li>
3313           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3314         </ul>
3315       </td>
3316       <td>
3317         <ul>
3318           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3319           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3320           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3321         </ul>
3322       </td>
3323     </tr>
3324     <tr>
3325       <td>
3326         <div align="center">
3327           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3328         </div>
3329       </td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335       <td>
3336         <ul>
3337           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3338         </ul>
3339       </td>
3340     </tr>
3341     <tr>
3342       <td>
3343         <div align="center">
3344           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3345         </div>
3346       </td>
3347       <td>
3348         <ul>
3349           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3350             size</li>
3351         </ul>
3352       </td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Improved JPred client reliability</li>
3356           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3357         </ul>
3358       </td>
3359     </tr>
3360     <tr>
3361       <td>
3362         <div align="center">
3363           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3364         </div>
3365       </td>
3366       <td>
3367         <ul>
3368           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3369           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3370           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3371             to Colour Menu</li>
3372           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3373           <li>Unix users can set default web browser</li>
3374           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3375           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378       <td>
3379         <ul>
3380           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3381         </ul>
3382       </td>
3383     </tr>
3384     <tr>
3385       <td>
3386         <div align="center">
3387           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3388         </div>
3389       </td>
3390       <td>&nbsp;</td>
3391       <td>
3392         <ul>
3393           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3394             alignment order.</li>
3395         </ul>
3396       </td>
3397     </tr>
3398     <tr>
3399       <td>
3400         <div align="center">
3401           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3402         </div>
3403       </td>
3404       <td>
3405         <ul>
3406           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3407           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3408           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3409             annotations.</li>
3410           <li>Version and build date written to build properties
3411             file.</li>
3412           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3413             at launch of Jalview.</li>
3414         </ul>
3415       </td>
3416       <td>
3417         <ul>
3418           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3419           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3420           <li>Can remove groups one by one.</li>
3421           <li>Filechooser icons installed.</li>
3422           <li>Finder ignores return character when searching.
3423             Return key will initiate a search.<br>
3424           </li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427     </tr>
3428     <tr>
3429       <td>
3430         <div align="center">
3431           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3432         </div>
3433       </td>
3434       <td>
3435         <ul>
3436           <li>New codebase</li>
3437         </ul>
3438       </td>
3439       <td>&nbsp;</td>
3440     </tr>
3441   </table>
3442   <p>&nbsp;</p>
3443 </body>
3444 </html>