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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 100               model for alignments and groups
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 104               scripts
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 108               via Overview or sequence motif search operations
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 112               with alignment and overview windows
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 116               omitted in Overview
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 120               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 124               extension when importing structure files without embedded
 125               names or PDB accessions
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 129               opened by double clicking gaps within sequence feature
 130               extent
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 134               included in the example feature file
 135             </li>
 136           </ul>
 137           <em>Application</em>
 138           <ul>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 141               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 142               the application.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 146               there are not enough columns to superimpose structures in
 147               Chimera
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 151               file-based command exchange
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 155               cross-references provided by identifiers.org and the
 156               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 163               format sequence substitution matrices
 164             </li>
 165           </ul>
 166           <em>Experimental features</em>
 167           <ul>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 170               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 171               features, and vice-versa.
 172             </li>
 173           </ul>
 174           <em>Applet</em>
 175           <ul>
 176             <li>
 177               <!--  -->
 178             </li>
 179           </ul>
 180           <em>Test Suite</em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 187               during tests
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!--  --> <em>Scripting</em>
 191               <ul>
 192                 <li>
 193                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 194                   and identifying file formats (instead of String
 195                   constants)
 196                 </li>
 197                 <li>
 198                   <!-- JAL- -->
 199                 </li>
 200
 201
 202               </ul>
 203           </ul>
 204         </div></td>
 205       <td><div align="left">
 206           <em>General</em>
 207           <ul>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 210               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 211               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 215               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 216               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 217               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 218               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 219               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 220               Jalview's PCAs were different to those produced by
 221               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 222               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 223               behaviour<br />
 224               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 225               2.10.1 mode<br />
 226               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 227               restore 2.10.2 mode
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 231               doesn't reselect a specific sequence's associated
 232               annotation after it was used for colouring a view
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 236               coloured in linked structure views
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 240               opened on a region of alignment without groups
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 244               of an alignment with overlapping groups
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 248               name and description match
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 252               hidden regions results in incorrect hidden regions
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 256               generating output report when working with highly
 257               redundant alignments
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 261               lightGray or darkGray via features file
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 265               erratically when hidden rows or columns are present
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 269               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 270               sequence colouring
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 274               colour and group colour menu for protein alignments
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 278               changing colour does not apply Conservation slider value
 279               to all groups
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 283               reflect currently selected view or group's shading
 284               thresholds
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 288               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 292               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 296               gaps before start of features
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 300               load
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 304               restored to UI when feature colour is edited
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 308               when rendered on overview and structures when opacity at
 309               100%
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 313               as graduate feature colour settings are modified via the
 314               dialog box
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 318               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 322               when a group defined on the alignment is resized
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 326               wrapped view result in positional status updates
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 330               amino acid and nucleotide symbols
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 334               alignment included gapped columns
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 338               overview when features overlaid on alignment
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL- -->
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL- -->
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL- -->
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL- -->
 351             </li>
 352           </ul>
 353           <strong>Documentation</strong>
 354           <ul>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 357               with the built-in Java help viewer
 358             </li>
 359           </ul>
 360           <em>Application</em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 364               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 365               new documentation and tooltips added)
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 369               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 373               new features are added to alignment
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 377               selection menu changes colours of alignment views
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 381               appear enabled in Preferences->Connections
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 385               from alignment calculation workers after alignment has
 386               been closed
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 390               groups now 'Create Group'
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 394               Create/Undefine group doesn't always work
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 398               shown again after pressing 'Cancel'
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 402               removed from console output
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 406               when alignment view imported from project
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure
 410               and sequences extracted from structure files imported via
 411               URL
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 415               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 416               the project is loaded and the structure viewed
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 420               adjusts start position in wrap mode
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 424               ambiguous amino acids
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 428               gaps in selection, current sequence and only within
 429               selected columns
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 433               Ensembl by Peptide ID
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 437               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 438               proteins
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus not shown
 442             </li>
 443
 444
 445           </ul>
 446           <em>Applet</em>
 447           <ul>
 448             <li>
 449               <!-- JAL- -->
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 453               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 457               overview or linked structure view
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 461               work (since 2.8)
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 465               user-defined colourscheme doesn't restore original
 466               colourscheme
 467             </li>
 468           </ul>
 469           <em>New Known Issues</em>
 470           <ul>
 471             <li>
 472               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 473               phase after a sequence motif find operation
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 477               containing just upper and lower case letters are
 478               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 482               ortholog database
 483             </li>
 484           </ul>
 485           <em>Test Suite</em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 489               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL- -->
 493             </li>
 494           </ul>
 495         </div>
 496     <tr>
 497       <td width="60" nowrap>
 498         <div align="center">
 499           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 500         </div>
 501       </td>
 502       <td><div align="left">
 503           <em>General</em>
 504           <ul>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 507               for all consensus calculations
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 511               3rd Oct 2016)
 512             </li>
 513             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 514               for 2016-2017</li>
 515           </ul>
 516           <em>Application</em>
 517           <ul>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 520               set of database cross-references, sorted alphabetically
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 524               from database cross references. Users with custom links
 525               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 526                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 530               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 531               Chimera session
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 535               the Chimera it is connected to is shut down
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 539               columns menu item to mark columns containing highlighted
 540               regions (e.g. from structure selections or results of a
 541               Find operation)
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 545               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 546               MSAviewer
 547             </li>
 548           </ul>
 549         </div></td>
 550       <td>
 551         <div align="left">
 552           <em>General</em>
 553           <ul>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 556               are not coloured or thresholded according to percent
 557               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 561               hydrophobic
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 565               threshold, amino acid properties)
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 569               reported as mapped to residues in a structure file in the
 570               View Mapping report
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 574               could be added multiple times to a sequence
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 578               bond features shown as two highlighted residues rather
 579               than a range in linked structure views, and treated
 580               correctly when selecting and computing trees from features
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 584               cross-references are matched to database name regardless
 585               of case
 586             </li>
 587
 588           </ul>
 589           <em>Application</em>
 590           <ul>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 593               names without regular expressions also offer links from
 594               Sequence ID
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 598               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 599               update Jalview configuration
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 603               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 607               files with similarly named sequences if dropped onto the
 608               alignment
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 612               entries where more chains exist in the PDB accession than
 613               are reported in the SIFTS file
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 617               the structure view when displayed with Chimera
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 621               panel's View->Show Chains submenu
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 625               work for wrapped alignment views
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 629               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 633               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 634               first annotation row
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 638               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 642               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 643             </li>
 644             <!-- JAL-2319 -->
 645             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 646             coordindate data
 647             </li>
 648           </ul>
 649           <!--           <em>New Known Issues</em>
 650           <ul>
 651             <li></li>
 652           </ul> -->
 653         </div>
 654       </td>
 655     </tr>
 656     <td width="60" nowrap>
 657       <div align="center">
 658         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 659           <em>25/10/2016</em></strong>
 660       </div>
 661     </td>
 662     <td><em>Application</em>
 663       <ul>
 664         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 665           view if structures already loaded</li>
 666         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 667           structure views</li>
 668       </ul></td>
 669     <td>
 670       <div align="left">
 671         <em>General</em>
 672         <ul>
 673           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 674             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 675           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 676             example sequences/projects/trees</li>
 677         </ul>
 678         <em>Application</em>
 679         <ul>
 680           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 681             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 682           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 683             without timeout for structures with multiple models or
 684             multiple sequences in alignment</li>
 685           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 686             PDB ID HEADER line</li>
 687           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 688             is performed</li>
 689           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 690             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 691           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 692           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 693             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 694             option</li>
 695           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 696             is created on the alignment</li>
 697           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 698             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 699             pop-up menu</li>
 700         </ul>
 701         <em>Build and deployment</em>
 702         <ul>
 703           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 704             tags</li>
 705         </ul>
 706         <em>New Known Issues</em>
 707         <ul>
 708           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 709             on Windows</li>
 710         </ul>
 711       </div>
 712     </td>
 713     </tr>
 714     <tr>
 715       <td width="60" nowrap>
 716         <div align="center">
 717           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 718         </div>
 719       </td>
 720       <td><em>General</em>
 721         <ul>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 727             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 728             better PDB parsing.
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 732             reference sequence
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 736             mousing over sequence associated annotation
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 740             for manual entry
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 744             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 745             for each column
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 749             showing or hiding columns containing a feature
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 753             group and sequence associated annotation labels
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 757             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 758             dialogs
 759           </li>
 760
 761         </ul> <em>Application</em>
 762         <ul>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 765             gene/transcript view
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 769             dialog
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 773             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 777             Pfam sources to xfam.org
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 784             over sequences in Jalview
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 788             regions in ENA and EMBL
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 792             for record retrieval via ENA rest API
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 796             complement operator
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 800             groovy script execution
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 804             alignment window's Calculate menu
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 808             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 812             calculation workers from groovy scripts
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 816             Jalview projects
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 820             associations are now saved/restored from project
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 824             before sequence fetcher is opened
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 828             database chooser opens a sequence fetcher
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 832             the UniProt REST API
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 836             the news reader opening
 837           </li>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 840             querying stored in preferences
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 844             search results
 845           </li>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 848           </li>
 849           <li>
 850             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 851             menu for nucleotide sequences
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 855             and feature counts preserves alignment ordering (and
 856             debugged for complex feature sets).
 857           </li>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 860             viewing structures with Jalview 2.10
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 864             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 865             Ensembl Genomes REST API
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 869             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 870             (Ensembl)
 871           </li>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 874             sequences
 875           </li>
 876           <li>
 877             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 878             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 879             data from external database records.
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 883             efficient recovery of sequence coding and alignment
 884             annotation relationships.
 885           </li>
 886         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 887         <ul>
 888           <li>
 889             -- JAL---
 890           </li>
 891         </ul> --></td>
 892       <td>
 893         <div align="left">
 894           <em>General</em>
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 898               menu on OSX
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 902               includes graduated colourschemes
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 906               working with big alignments and lots of hidden columns
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 910               at right of alignment window
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 914               contents
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 918               for DNA alignments
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 922               based tree calculation
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 926               unconserved enabled for group on alignment
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 930               set as reference
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 934               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 935               annotation
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 939               hidden columns present
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 943               user created annotation added to alignment
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 947               '()' base pair annotation
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 951               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 952               Consensus
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 956               feature not working
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 960               beginning of sequence
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 964               entry 3a6s
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 968               from a tree when t-coffee scores are shown
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 972               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 976               some structures
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 980               to Clustal, PIR and PileUp output
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 984               not visible causes alignment window to repaint
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 988               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 989               scores associated with features and annotation rows
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 993               calculation should be case independent
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 997               columns
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1001               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1002               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1006               problems when reference sequence defined and 'show
1007               non-conserved' enabled
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1011               load even when Consensus calculation is disabled
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1015               alignment does nothing
1016             </li>
1017           </ul>
1018           <em>Application</em>
1019           <ul>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1022               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1023               yet fixed for El Capitan)
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1027               output when running on non-gb/us i18n platforms
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1031               hidden sequences as flat-file alignment
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1035               launching Chimera
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1039               (also hotfix for 2.9.0b2)
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1043               reference sequence defined
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1047               alignments and views when revealing hidden columns
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1051               view in a cDNA/Protein splitframe
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1055               sequence from project when only one sequence is
1056               represented
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1060               in Structure Chooser
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1064               structure consensus didn't refresh annotation panel
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1068               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1072               dialogs format columns correctly, don't display array
1073               data, sort columns according to type
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1077               file chooser is cancelled during an image export
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1081               sequence name containing special characters
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1085               case insensitive
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1089               formatting don't wrap
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1093               truncated so L looks like I in consensus annotation
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1097               currently displayed features for the current selection or
1098               view
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1102               after fetching cross-references, and restoring from
1103               project
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1107               followed in the structure viewer
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1111               splitframe not restored from project
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1115               trailing end of protein alignment in transcript/product
1116               splitview when pad-gaps not enabled by default
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1120               is case dependent
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1124               article has been read (reopened issue due to
1125               internationalisation problems)
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1129               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1130               cross-references
1131             </li>
1132
1133             <li>
1134               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1135               alignment as HTML
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1139               multiple structures are shown for one or more sequences.
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1143               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1144               is enabled.
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1148               specific PDB id for sequence
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1152               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1153               columns' is disabled.
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1157               selects lowest rather than highest resolution structures
1158               for each sequence
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1162               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1166               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1170               after clicking on it to create new annotation for a
1171               column.
1172             </li>
1173             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1174             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1175           </ul>
1176           <em>Applet</em>
1177           <ul>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1180               hidden columns present before start of sequence
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1184               (JSON jars)
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1188               sequences are hidden in applet
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1192               deployment on examples pages.
1193             </li>
1194           </ul>
1195         </div>
1196       </td>
1197     </tr>
1198     <tr>
1199       <td width="60" nowrap>
1200         <div align="center">
1201           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1202             <em>16/10/2015</em></strong>
1203         </div>
1204       </td>
1205       <td><em>General</em>
1206         <ul>
1207           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1208             jars</li>
1209         </ul></td>
1210       <td>
1211         <div align="left">
1212           <em>Application</em>
1213           <ul>
1214             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1215               shown when tree is partitioned</li>
1216             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1217               multiple cDNA/Protein split views</li>
1218           </ul>
1219         </div>
1220       </td>
1221     </tr>
1222     <tr>
1223       <td width="60" nowrap>
1224         <div align="center">
1225           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1226             <em>8/10/2015</em></strong>
1227         </div>
1228       </td>
1229       <td><em>General</em>
1230         <ul>
1231           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1232             2.9</li>
1233         </ul> <em>Application</em>
1234         <ul>
1235           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1236           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1237           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1238         </ul> <em>Applet</em>
1239         <ul>
1240           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1241         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1242         <ul>
1243           <li>
1244             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1245             suite
1246           </li>
1247         </ul></td>
1248       <td>
1249         <div align="left">
1250           <em>General</em>
1251           <ul>
1252             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1253               incorrect when sequence start > 1</li>
1254             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1255               documentation</li>
1256             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1257             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1258               loading a features file containing HTML tags in feature
1259               description</li>
1260
1261           </ul>
1262           <em>Application</em>
1263           <ul>
1264             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1265               reimport</li>
1266             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1267               with 'trim retrieved sequences'</li>
1268             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1269               deleting selected columns</li>
1270             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1271               JNLP templates for webstart launch</li>
1272             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1273               unreleased structures for download or viewing</li>
1274             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1275               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1276             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1277               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1278             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1279               recovered from jalview project</li>
1280             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1281               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1282               alignment view</li>
1283             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1284               color schemes from BioJSON</li>
1285           </ul>
1286           <em>Applet</em>
1287           <ul>
1288             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1289               frame</li>
1290             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1291           </ul>
1292         </div>
1293       </td>
1294     </tr>
1295     <tr>
1296       <td><div align="center">
1297           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1298         </div></td>
1299       <td><em>General</em>
1300         <ul>
1301           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1302             alignments:
1303             <ul>
1304               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1305                 and DNA alignment views</li>
1306               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1307                 cDNA alignment views</li>
1308               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1309                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1310               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1311                 protein sequences</li>
1312             </ul>
1313           </li>
1314           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1315           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1316             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1317           <li>New alignment annotation file statements for
1318             reference sequences and marking hidden columns</li>
1319           <li>Reference sequence based alignment shading to
1320             highlight variation</li>
1321           <li>Select or hide columns according to alignment
1322             annotation</li>
1323           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1324           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1325             acid conservation row</li>
1326           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1327         </ul> <em>Application</em>
1328         <ul>
1329           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1330             <ul>
1331               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1332                 view with cDNA/Protein</li>
1333               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1334                 sequences are placed in the same alignment</li>
1335               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1336                 projects</li>
1337             </ul>
1338           </li>
1339
1340           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1341           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1342             Jalview windows</li>
1343
1344           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1345           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1346           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1347             be shown in VARNA</li>
1348
1349           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1350             as the active selected region</li>
1351
1352           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1353             similarity</li>
1354           <li>New Export options
1355             <ul>
1356               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1357                 region export in flat file generation</li>
1358
1359               <li>Export alignment views for display with the <a
1360                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1361
1362               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1363               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1364                 alignment figures to HTML</li>
1365           </li>
1366           <li>3D structure retrieval and display
1367             <ul>
1368               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1369                 Search API</li>
1370               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1371                 PDB structures for a sequence set</li>
1372             </ul>
1373           </li>
1374
1375           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1376             predictions</li>
1377           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1378             for one or a group of sequences</li>
1379           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1380             from the JPred4 web server</li>
1381           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1382             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1383             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1384           </li>
1385           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1386             VARNA 2D Structure'</li>
1387           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1388             Structure ..."</li>
1389
1390         </ul> <em>Applet</em>
1391         <ul>
1392           <li>New layout for applet example pages</li>
1393           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1394             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1395           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1396             Protein alignments</li>
1397         </ul> <em>Development and deployment</em>
1398         <ul>
1399           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1400           <li>Include installation type and git revision in build
1401             properties and console log output</li>
1402           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1403             storing BioJsMSA Templates</li>
1404           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1405         </ul></td>
1406       <td>
1407         <!-- <em>General</em>
1408         <ul>
1409         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1410         <ul>
1411           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1412           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1413           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1414             predictions are not highlighted in amber</li>
1415           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1416             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1417           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1418             associated structure views</li>
1419           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1420             width checkbox not enabled</li>
1421           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1422             creating user defined colours</li>
1423           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1424             mappings for just that viewer's sequences</li>
1425           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1426             multiple models in Chimera</li>
1427           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1428             over Jmol structure</li>
1429           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1430             output to text box</li>
1431           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1432             have incorrect sequence start/end</li>
1433           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1434             Jalview fails</li>
1435           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1436             work for nucleotide</li>
1437           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1438             to a grey/invisible alignment window</li>
1439           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1440             imports to different position</li>
1441           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1442             on some platforms</li>
1443           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1444             populated</li>
1445           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1446             console if Chimera has been opened</li>
1447           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1448           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1449             retrieved</li>
1450           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1451           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1452             either sequence shows on first structure</li>
1453           <li>'Show annotations' options should not make
1454             non-positional annotations visible</li>
1455           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1456             in right place after 'view flanking regions'</li>
1457           <li>File Save As type unset when current file format is
1458             unknown</li>
1459           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1460             projects</li>
1461           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1462             responsive</li>
1463           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1464             several views on same alignment</li>
1465           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1466           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1467             spaces</li>
1468         </ul> <em>Applet</em>
1469         <ul>
1470           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1471           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1472             descriptions containing angle brackets</li>
1473         </ul> <em>General</em>
1474         <ul>
1475           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1476             via jalview annotation file</li>
1477           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1478             with RNA secondary structure</li>
1479           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1480             translation doesn't work.</li>
1481           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1482           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1483             positions</li>
1484           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1485             choosing 1pt font</li>
1486           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1487             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1488             'h'</li>
1489           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1490             new feature</li>
1491           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1492             order dependent</li>
1493           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1494             sequences</li>
1495           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1496         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1497         <ul>
1498           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1499             www.jalview.org</li>
1500         </ul> <em>Application Known issues</em>
1501         <ul>
1502           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1503           <li>Misleading message appears after trying to delete
1504             solid column.</li>
1505           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1506             version launches</li>
1507           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1508             fails with a sequence mismatch</li>
1509           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1510             scrolling alignment to right</li>
1511           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1512             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1513           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1514             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1515           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1516             ultra-high resolution</li>
1517           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1518             quality and conservation</li>
1519           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1520             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1521         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1522         <ul>
1523           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1524           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1525             window is being resized</li>
1526
1527         </ul>
1528       </td>
1529     </tr>
1530     <tr>
1531       <td><div align="center">
1532           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1533         </div></td>
1534       <td><em>General</em>
1535         <ul>
1536           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1537             Certum.PL.</li>
1538           <li>Features and annotation preserved when performing
1539             pairwise alignment</li>
1540           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1541             imported/exported/displayed</li>
1542           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1543             protein secondary structure</li>
1544           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1545               post-hoc with 2.9 release</em>)
1546           </li>
1547
1548         </ul> <em>Application</em>
1549         <ul>
1550           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1551             with 3D structures</li>
1552           <li>Support for parsing RNAML</li>
1553           <li>Annotations menu for layout
1554             <ul>
1555               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1556               <li>place sequence annotation above/below alignment
1557                 annotation</li>
1558             </ul>
1559           <li>Output in Stockholm format</li>
1560           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1561             translation</li>
1562           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1563           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1564             shared between alignments</li>
1565           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1566             Jalview</li>
1567           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1568             all or current selection</li>
1569           <li>disorder and secondary structure predictions
1570             available as dataset annotation</li>
1571           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1572
1573
1574           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1575             alignments from Rfam</li>
1576           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1577
1578           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1579             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1580           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1581           <li>include installation type in build properties and
1582             console log output</li>
1583           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1584             annotation</li>
1585         </ul></td>
1586       <td>
1587         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1588         <ul>
1589           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1590             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1591           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1592             alignment</li>
1593           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1594           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1595           <li>Double click on sequence associated annotation
1596             selects only first column</li>
1597           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1598             leaves shown in tree</li>
1599           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1600             properly</li>
1601           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1602           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1603             screen and buttons not visible</li>
1604           <li>author list isn't updated if already written to
1605             Jalview properties</li>
1606           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1607             from database</li>
1608           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1609           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1610             browser search window</li>
1611           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1612             in feature settings dialog</li>
1613           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1614             desktop</li>
1615           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1616             pass validation</li>
1617           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1618             fit on screen</li>
1619           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1620             tooltip</li>
1621           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1622             defined user preset</li>
1623           <li>MSA web services warns user if they were launched
1624             with invalid input</li>
1625           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1626             Java 8</li>
1627           <li>
1628             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1629             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1630             created
1631           </li>
1632
1633         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1634         <ul>
1635         </ul> <em>General</em>
1636         <ul>
1637         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1638         <ul>
1639           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1640             memory allocation</li>
1641           <li>launchApp service doesn't automatically open
1642             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1643           <li>
1644             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1645             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1646             1.7_055 is available
1647           </li>
1648         </ul> <em>Application Known issues</em>
1649         <ul>
1650           <li>
1651             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1652             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1653             alignment to right
1654           </li>
1655           <li>
1656             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1657             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1658             with large number of ID
1659           </li>
1660           <li>
1661             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1662             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1663             start/end
1664           </li>
1665           <li>
1666             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1667             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1668             structure tracks are rearranged
1669           </li>
1670           <li>
1671             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1672             invalid rna structure positional highlighting does not
1673             highlight position of invalid base pairs
1674           </li>
1675           <li>
1676             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1677             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1678             project from alignment window file menu
1679           </li>
1680           <li>
1681             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1682             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1683             structures
1684           </li>
1685           <li>
1686             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1687             colour by RNA Helices not enabled when user created
1688             annotation added to alignment
1689           </li>
1690           <li>
1691             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1692             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1693           </li>
1694         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1695         <ul>
1696           <li>
1697             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1698             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1699           </li>
1700           <li>
1701             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1702             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1703           </li>
1704
1705           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1706             when selected</li>
1707         </ul>
1708       </td>
1709     </tr>
1710     <tr>
1711       <td><div align="center">
1712           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1713         </div></td>
1714       <td>
1715         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1716         <em>General</em>
1717         <ul>
1718           <li>Internationalisation of user interface (usually
1719             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1720           <li>Define/Undefine group on current selection with
1721             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1722           <li>Improved group creation/removal options in
1723             alignment/sequence Popup menu</li>
1724           <li>Sensible precision for symbol distribution
1725             percentages shown in logo tooltip.</li>
1726           <li>Annotation panel height set according to amount of
1727             annotation when alignment first opened</li>
1728         </ul> <em>Application</em>
1729         <ul>
1730           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1731             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1732           <li>Select columns containing particular features from
1733             Feature Settings dialog</li>
1734           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1735             sequences</li>
1736           <li>Update Jalview project format:
1737             <ul>
1738               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1739               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1740                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1741               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1742                 colouring</li>
1743             </ul>
1744           </li>
1745           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1746             (PAM250)</li>
1747           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1748             flanking regions for an alignment</li>
1749         </ul>
1750       </td>
1751       <td>
1752         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1753         <ul>
1754           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1755             running after job is cancelled</li>
1756           <li>cannot export features from alignments imported from
1757             Jalview/VAMSAS projects</li>
1758           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1759             float values</li>
1760           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1761             have 'display all symbols' flag set</li>
1762           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1763             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1764           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1765             Jalview</li>
1766           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1767             Lion/Webstart</li>
1768           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1769           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1770           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1771             alignment onto desktop</li>
1772           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1773             'extract scores' function</li>
1774           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1775             alignment window</li>
1776           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1777             performing IUPred disorder prediction</li>
1778           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1779             changing 'normalise logo' display setting</li>
1780           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1781             nothing matches query</li>
1782           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1783             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1784           </li>
1785           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1786             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1787           </li>
1788           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1789             Jalview's menu</li>
1790           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1791             'invalid literal/length code'</li>
1792           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1793             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1794           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1795             colourscheme</li>
1796
1797         </ul> <em>Applet</em>
1798         <ul>
1799           <li>Remove group option is shown even when selection is
1800             not a group</li>
1801           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1802             don't affect groups</li>
1803           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1804             colourscheme name</li>
1805           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1806             Annotation panel is not displayed</li>
1807           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1808             embedded windows</li>
1809         </ul> <em>Other</em>
1810         <ul>
1811           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1812             single sequence were not calculated</li>
1813           <li>annotation files that contain only groups imported as
1814             annotation and junk sequences</li>
1815           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1816             recognised as PFAM or BLC</li>
1817           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1818             doesn't affect background (2.8.0b1)
1819           <li></li>
1820           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1821           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1822             trailing gaps</li>
1823           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1824             registered correctly on import</li>
1825           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1826             certain alignments</li>
1827           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1828             existing annotation based 'use original colours'
1829             colourscheme loses original colours setting</li>
1830         </ul>
1831       </td>
1832     </tr>
1833     <tr>
1834       <td><div align="center">
1835           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1836             <em>30/1/2014</em></strong>
1837         </div></td>
1838       <td>
1839         <ul>
1840           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1841             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1842             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1843             open source project).
1844           </li>
1845           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1846           <li>Output in Stockholm format</li>
1847           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1848           <li>Export/import group and sequence associated line
1849             graph thresholds</li>
1850           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1851             ambiguity codes</li>
1852           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1853             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1854             works</li>
1855           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1856         </ul> <em>Other improvements</em>
1857         <ul>
1858           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1859           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1860             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1861           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1862             files</li>
1863           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1864           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1865             link but no description</li>
1866           <li>Select primary source when selecting authority in
1867             database fetcher GUI</li>
1868           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1869             Jalview</li>
1870           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1871         </ul>
1872       </td>
1873       <td>
1874         <ul>
1875           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1876             displayed</li>
1877           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1878             secondary structure annotation line</li>
1879           <li>Sequence database accessions not imported when
1880             fetching alignments from Rfam</li>
1881           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1882             identical IDs</li>
1883           <li>View all structures does not always superpose
1884             structures</li>
1885           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1886             reflect user or preset settings</li>
1887           <li>Null pointer exceptions for some services without
1888             presets or adjustable parameters</li>
1889           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1890             discover PDB xRefs</li>
1891           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1892             features with DAS</li>
1893           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1894             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1895           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1896             residue follows a gap</li>
1897           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1898             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1899           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1900             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1901           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1902             annotation already exists on alignment</li>
1903           <li>oninit javascript function should be called after
1904             initialisation completes</li>
1905           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1906             alignment window display</li>
1907           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1908           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1909             to annotation file</li>
1910           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1911             groups created</li>
1912           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1913             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1914           <li>Pressing return several times causes Number Format
1915             exceptions in keyboard mode</li>
1916           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1917             correct partitions for input data</li>
1918           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1919           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1920           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1921           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1922             mode</li>
1923           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1924             changes one row&#39;s threshold</li>
1925           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1926             doesn&#39;t open</li>
1927           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1928             quality histograms</li>
1929         </ul>
1930       </td>
1931     </tr>
1932     <tr>
1933       <td><div align="center">
1934           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1935         </div></td>
1936       <td><em>Application</em>
1937         <ul>
1938           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1939             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1940           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1941             preferences</li>
1942           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1943             in Jalview alignment window</li>
1944           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1945             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1946           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1947             RNA and ambiguity codes</li>
1948
1949           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1950           <li>Support fetching and database reference look up
1951             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1952             refs')</li>
1953           <li>Jalview project improvements
1954             <ul>
1955               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1956                 flag for annotation</li>
1957               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1958                 alignment</li>
1959               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1960                 Jalview project</li>
1961
1962             </ul>
1963           </li>
1964           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1965           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1966             running</li>
1967           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1968           <li>visual indication that web service results are still
1969             being retrieved from server</li>
1970           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1971             starts up for first time</li>
1972           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1973             services</li>
1974           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1975             client library</li>
1976           <li>Examples directory and Groovy library included in
1977             InstallAnywhere distribution</li>
1978         </ul> <em>Applet</em>
1979         <ul>
1980           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1981             visualization applet example</li>
1982         </ul> <em>General</em>
1983         <ul>
1984           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1985           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1986             defaults</li>
1987           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1988             calculation</li>
1989           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1990             matrices
1991           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1992             in HTML</li>
1993           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1994             structure contacts</li>
1995           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1996           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1997           <li>Parse sequence associated secondary structure
1998             information in Stockholm files</li>
1999           <li>HTML Export database accessions and annotation
2000             information presented in tooltip for sequences</li>
2001           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2002             style RNA alignment files</li>
2003           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2004             alignment</li>
2005           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2006             shade each sequence according to its associated alignment
2007             annotation</li>
2008           <li>New Jalview Logo</li>
2009         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2010         <ul>
2011           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2012           <li>New Website!</li>
2013         </ul></td>
2014       <td><em>Application</em>
2015         <ul>
2016           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2017             wsdbfetch REST service</li>
2018           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2019           <li>Filetype associations not installed for webstart
2020             launch</li>
2021           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2022             job execution in full once it is complete</li>
2023           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2024             uploaded via ali_file parameter</li>
2025           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2026           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2027           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2028             submitted for prediction</li>
2029           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2030             desktop window</li>
2031           <li>Putting fractional value into integer text box in
2032             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2033           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2034             windows 7</li>
2035           <li>View all structures fails with exception shown in
2036             structure view</li>
2037           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2038             escaped in a platform independent way</li>
2039           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2040             using proxy</li>
2041           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2042             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2043           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2044             failure when java web start temporary file caching is
2045             disabled</li>
2046           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2047             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2048           <li>Errors during processing of command line arguments
2049             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2050           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2051             DAS sources in sequence fetcher</li>
2052           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2053             dialog is shown</li>
2054           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2055           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2056           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2057           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2058             on OSX Mountain Lion</li>
2059           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2060             sequences with alignment annotation are pasted into the
2061             alignment</li>
2062           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2063             when loaded from Jalview project</li>
2064           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2065           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2066             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2067           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2068             associated with all views</li>
2069           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2070             annotation rows to new window</li>
2071         </ul> <em>Applet</em>
2072         <ul>
2073           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2074             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2075           <li>loading features via javascript API automatically
2076             enables feature display</li>
2077           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2078             work</li>
2079         </ul> <em>General</em>
2080         <ul>
2081           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2082           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2083             and then deselected</li>
2084           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2085           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2086             coloured with clustalx</li>
2087           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2088             exceptions and redraw errors</li>
2089           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2090             reconfigured view</li>
2091           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2092             colour</li>
2093           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2094             for lots of labels</li>
2095         </ul>
2096     </tr>
2097     <tr>
2098       <td>
2099         <div align="center">
2100           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2101         </div>
2102       </td>
2103       <td><em>Application</em>
2104         <ul>
2105           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2106           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2107           <li>View/alignment association menu to enable user to
2108             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2109             its colours/correspondences from</li>
2110           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2111           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2112             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2113           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2114           <li>Annotation row column label formatting attributes
2115             stored in project file</li>
2116           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2117             rows preserved in Jalview project file</li>
2118           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2119             saved using Desktop window menu</li>
2120           <li>Visual indication that command line arguments are
2121             still being processed</li>
2122           <li>Groovy script execution from URL</li>
2123           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2124             preferences</li>
2125           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2126             alignment with sequences that have high similarity and
2127             matching IDs</li>
2128           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2129           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2130             structures in same window</li>
2131           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2132           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2133             analysis function in its own submenu</li>
2134         </ul> <em>Applet</em>
2135         <ul>
2136           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2137             groups</li>
2138           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2139           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2140           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2141           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2142           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2143             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2144           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2145           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2146             parameters are treated as such</li>
2147           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2148             <ul>
2149               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2150               <li>Javascript callbacks for
2151                 <ul>
2152                   <li>Applet initialisation</li>
2153                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2154                 </ul>
2155               </li>
2156               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2157                 functions</li>
2158               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2159               <li>javascript structure viewer harness to pass
2160                 messages between Jmol and Jalview when running as
2161                 distinct applets</li>
2162               <li>sortBy method</li>
2163               <li>Set of applet and application examples shipped
2164                 with documentation</li>
2165               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2166                 javascript message exchange</li>
2167             </ul>
2168         </ul> <em>General</em>
2169         <ul>
2170           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2171             multiple alignments</li>
2172           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2173           <li>User configurable link to enable redirects to a
2174             www.Jalview.org mirror</li>
2175           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2176           <li>Configurable newline string when writing alignment
2177             and other flat files</li>
2178           <li>Allow alignment annotation description lines to
2179             contain html tags</li>
2180         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2181         <ul>
2182           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2183             examples</li>
2184           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2185             using a web service before displaying the result in the
2186             Jalview desktop</li>
2187           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2188           <li>Ant target to publish example html files with applet
2189             archive</li>
2190           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2191           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2192         </ul></td>
2193       <td><em>Application</em>
2194         <ul>
2195           <li>User defined colourscheme throws exception when
2196             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2197           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2198             dialog for valid filename/format</li>
2199           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2200           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2201             P37173</li>
2202           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2203             which sequence is to be associated with the file</li>
2204           <li>Find All raises null pointer exception when query
2205             only matches sequence IDs</li>
2206           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2207           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2208             2.4 cannot be loaded</li>
2209           <li>Filetype associations not installed for webstart
2210             launch</li>
2211           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2212             with sequences in different alignments do not get coloured
2213             by their associated sequence</li>
2214           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2215             not preserved when project is loaded</li>
2216           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2217             stored in Jalview project</li>
2218           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2219             Jalview project</li>
2220           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2221           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2222             by conservation</li>
2223           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2224             created on new view</li>
2225           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2226             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2227           <li>Alignment quality not updated after alignment
2228             annotation row is hidden then shown</li>
2229           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2230             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2231           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2232             properly</li>
2233           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2234             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2235           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2236           <li>Structures imported from file and saved in project
2237             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2238           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2239             job execution in full once it is complete</li>
2240         </ul> <em>Applet</em>
2241         <ul>
2242           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2243             annotation rows are displayed</li>
2244           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2245             codebase</li>
2246           <li>View follows highlighting does not work for positions
2247             in sequences</li>
2248           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2249           <li>Export features raises exception when no features
2250             exist</li>
2251           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2252             for javascript api is modified when separator string
2253             provided as parameter</li>
2254           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2255             alignment with no existing selection</li>
2256           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2257             to applet&#39;s codebase</li>
2258           <li>Status bar not updated after finished searching and
2259             search wraps around to first result</li>
2260           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2261             several Jalview applets causes race conditions and memory
2262             leaks</li>
2263           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2264             not sent from Jmol in applet</li>
2265           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2266             applet API fatally hang browser</li>
2267         </ul> <em>General</em>
2268         <ul>
2269           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2270             position with wrapped view and hidden regions</li>
2271           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2272             with/without hidden columns</li>
2273           <li>Sequence length given in alignment properties window
2274             is off by 1</li>
2275           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2276             import PDB like structure files</li>
2277           <li>Positional search results are only highlighted
2278             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2279           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2280           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2281             given sequence position</li>
2282           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2283             output</li>
2284           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2285             from nucleotide chains correctly</li>
2286           <li>Structure colours not updated when tree partition
2287             changed in alignment</li>
2288           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2289             parsed in interleaved stockholm</li>
2290           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2291             state</li>
2292           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2293             properly</li>
2294           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2295             properly associated with their pdb files</li>
2296         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2297         <ul>
2298           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2299             ApplyCopyright tool</li>
2300         </ul></td>
2301     </tr>
2302     <tr>
2303       <td>
2304         <div align="center">
2305           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2306         </div>
2307       </td>
2308       <td><em>Application</em>
2309         <ul>
2310           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2311             contact web services</li>
2312           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2313             service job window</li>
2314           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2315         </ul></td>
2316       <td>
2317         <ul>
2318           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2319             pir file emitted by Jalview</li>
2320           <li>Existing feature settings transferred to new
2321             alignment view created from cut'n'paste</li>
2322           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2323             parsing PDB files</li>
2324           <li>Consensus and conservation annotation rows
2325             occasionally become blank for all new windows</li>
2326           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2327             in wrapped view mode</li>
2328         </ul> <em>Application</em>
2329         <ul>
2330           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2331             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2332           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2333             parameter names</li>
2334           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2335             is down</li>
2336         </ul>
2337       </td>
2338     </tr>
2339     <tr>
2340       <td>
2341         <div align="center">
2342           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2343         </div>
2344       </td>
2345       <td><em>Application</em>
2346         <ul>
2347           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2348             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2349             (JABAWS)
2350           </li>
2351           <li>Web Services preference tab</li>
2352           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2353             preferences</li>
2354           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2355           <li>Superpose structures using associated sequence
2356             alignment</li>
2357           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2358             viewer</li>
2359         </ul> <em>Applet</em>
2360         <ul>
2361           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2362             link out mechanism</li>
2363         </ul> <em>Other</em>
2364         <ul>
2365           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2366             series 12</li>
2367           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2368             require Java 1.5</li>
2369           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2370             sequence annotation files</li>
2371           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2372             type colour specification</li>
2373           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2374             script to check if it being run in an interactive session or
2375             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2376         </ul></td>
2377       <td>
2378         <ul>
2379           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2380             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2381         </ul> <em>Application</em>
2382         <ul>
2383           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2384             selected Regions menu item</li>
2385           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2386             part of a valid accession ID</li>
2387           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2388             runs out of memory</li>
2389           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2390             analysis results</li>
2391           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2392             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2393           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2394         </ul> <em>Applet</em>
2395         <ul>
2396           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2397             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2398             defined.</li>
2399         </ul>
2400       </td>
2401     </tr>
2402     <tr>
2403       <td>
2404         <div align="center">
2405           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2406         </div>
2407       </td>
2408       <td></td>
2409       <td>
2410         <ul>
2411           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2412             sequence IDs</li>
2413           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2414             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2415           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2416             import correctly</li>
2417           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2418             number of columns are hidden</li>
2419           <li>annotation label popup menu not providing correct
2420             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2421             present</li>
2422           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2423             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2424           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2425             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2426
2427         </ul> <em>Applet</em>
2428         <ul>
2429           <li>annotation panel disappears when annotation is
2430             hidden/removed</li>
2431         </ul> <em>Application</em>
2432         <ul>
2433           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2434             alignment opened where annotation panel is visible but no
2435             annotations are present on alignment</li>
2436           <li>pasted region containing hidden columns is
2437             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2438           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2439             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2440           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2441             selected Rregions menu item.</li>
2442           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2443             'Un' or 'Non'conserved</li>
2444           <li>Sequence feature settings are being shared by
2445             multiple distinct alignments</li>
2446           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2447             changed</li>
2448           <li>double click on group annotation to select sequences
2449             does not propagate to associated trees</li>
2450           <li>Mac OSX specific issues:
2451             <ul>
2452               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2453                 window background</li>
2454               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2455                 name set correctly</li>
2456               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2457                 save feature colourscheme button</li>
2458             </ul>
2459           </li>
2460         </ul>
2461       </td>
2462     </tr>
2463     <tr>
2464
2465       <td>
2466         <div align="center">
2467           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2468         </div>
2469       </td>
2470       <td><em>New Capabilities</em>
2471         <ul>
2472           <li>URL links generated from description line for
2473             regular-expression based URL links (applet and application)
2474
2475           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2476             menu</li>
2477           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2478             structures</li>
2479           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2480             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2481           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2482             average score or total feature count for each sequence.</li>
2483           <li>Shading features by score or associated description</li>
2484           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2485             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2486           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2487             hide everything but the currently selected region.</li>
2488           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2489         </ul> <em>Application</em>
2490         <ul>
2491           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2492             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2493           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2494             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2495           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2496             database references and protein_name is parsed as
2497             description line (BioSapiens terms).</li>
2498           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2499             references in sequence ID tooltip from View menu in
2500             application.</li>
2501           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2502       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2503           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2504             conservation plots</li>
2505           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2506             and visualized as sequence logos</li>
2507           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2508             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2509           </li>
2510           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2511             when a new tree is opened.</li>
2512           <li>Jalview Java Console</li>
2513           <li>Better placement of desktop window when moving
2514             between different screens.</li>
2515           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2516             consensus annotation</li>
2517           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2518             Workflows</li>
2519           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2520             <ul>
2521               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2522                 used to preserve views, structures, and tree display
2523                 settings)</li>
2524               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2525                 command line</li>
2526               <li>Sharing of selected regions between views and
2527                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2528               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2529             </ul></li>
2530         </ul> <em>Applet</em>
2531         <ul>
2532           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2533           <li>New Parameters
2534             <ul>
2535               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2536                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2537                 opened.</li>
2538               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2539                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2540               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2541                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2542               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2543                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2544                 view</li>
2545               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2546                 increase the height or width of a cell in the alignment
2547                 grid relative to the current font size.</li>
2548             </ul>
2549           </li>
2550           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2551             tooltip</li>
2552         </ul> <em>Other</em>
2553         <ul>
2554           <li>Features format: graduated colour definitions and
2555             specification of feature scores</li>
2556           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2557             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2558             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2559           <li>XML formats extended to support graduated feature
2560             colourschemes, group associated annotation, and profile
2561             visualization settings.</li></td>
2562       <td>
2563         <ul>
2564           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2565             rather than description</li>
2566           <li>Non-positional features are now included in sequence
2567             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2568             visibility in tooltip).</li>
2569           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2570           <li>Added URL embedding instructions to features file
2571             documentation.</li>
2572           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2573             'X' in peptide product</li>
2574           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2575             sequence ID and sequence string and query strings do not
2576             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2577           <li>AMSA files only contain first column of
2578             multi-character column annotation labels</li>
2579           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2580             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2581             exported and re-imported)</li>
2582           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2583             name</li>
2584           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2585             as subsequence matches, and correctly reports total number
2586             of both.</li>
2587           <li>Application:
2588             <ul>
2589               <li>Better handling of exceptions during sequence
2590                 retrieval</li>
2591               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2592                 link text excludes the start_end suffix</li>
2593               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2594                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2595               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2596               <li>Sequence description lines properly shared via
2597                 VAMSAS</li>
2598               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2599                 data sources</li>
2600               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2601                 completes before alignment figures are generated.</li>
2602               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2603                 first time.</li>
2604               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2605                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2606               <li>User defined group colours properly recovered
2607                 from Jalview projects.</li>
2608             </ul>
2609           </li>
2610         </ul>
2611       </td>
2612
2613     </tr>
2614     <tr>
2615       <td>
2616         <div align="center">
2617           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2618         </div>
2619       </td>
2620       <td>
2621         <ul>
2622           <li>Experimental support for google analytics usage
2623             tracking.</li>
2624           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2625         </ul>
2626       </td>
2627       <td>
2628         <ul>
2629           <li>Race condition in applet preventing startup in
2630             jre1.6.0u12+.</li>
2631           <li>Exception when feature created from selection beyond
2632             length of sequence.</li>
2633           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2634           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2635             all sequences with a given id</li>
2636           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2637             ID string searches</li>
2638           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2639             alignment to fail with exception</li>
2640         </ul> <em>Application Issues</em>
2641         <ul>
2642           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2643           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2644             data sources</li>
2645         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2646         <ul>
2647           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2648             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2649           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2650             version (java class versioning error fixed)</li>
2651         </ul>
2652       </td>
2653     </tr>
2654     <tr>
2655       <td>
2656
2657         <div align="center">
2658           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2659         </div>
2660       </td>
2661       <td><em>User Interface</em>
2662         <ul>
2663           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2664             translation and protein products</li>
2665           <li>Linked highlighting of structure associated with
2666             residue mapping to codon position</li>
2667           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2668             and 'clear' button</li>
2669           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2670             Tools menu</li>
2671           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2672             numeric data in description line</li>
2673           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2674           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2675             of sequence</li>
2676         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2677         <ul>
2678           <li>JPred3 web service</li>
2679           <li>Prototype sequence search client (no public services
2680             available yet)</li>
2681           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2682             PFAM</li>
2683           <li>URL Links created for matching database cross
2684             references as well as sequence ID</li>
2685           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2686         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2687         <ul>
2688           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2689             databases</li>
2690           <li>Generalised database reference retrieval and
2691             validation to all fetchable databases</li>
2692           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2693             sequence command</li>
2694         </ul> <em>Import and Export</em>
2695         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2696         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2697           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2698         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2699           File</li>
2700         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2701           triplet as name of colourscheme</li>
2702         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2703         <ul>
2704           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2705           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2706             alignments (experimental)</li>
2707           <li>Create new or select existing session to join</li>
2708           <li>load and save of vamsas documents</li>
2709         </ul> <em>Application command line</em>
2710         <ul>
2711           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2712             from applet)</li>
2713           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2714             of DAS servers to query for alignment features</li>
2715           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2716             that are also automatically queried for features</li>
2717           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2718             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2719         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2720         <ul>
2721           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2722             application (when using &quot;View in full
2723             application&quot;)</li>
2724         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2725         <ul>
2726           <li>feature group display control parameter</li>
2727           <li>debug parameter</li>
2728           <li>showbutton parameter</li>
2729         </ul> <em>Applet API methods</em>
2730         <ul>
2731           <li>newView public method</li>
2732           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2733           <li>Feature display control methods</li>
2734           <li>get list of currently selected sequences</li>
2735         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2736         <ul>
2737           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2738           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2739             Jalview release.</li>
2740           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2741             property controls execution of obfuscator</li>
2742           <li>Build target for generating source distribution</li>
2743           <li>Debug flag for javacc</li>
2744           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2745             jalview.bin.Cache</li>
2746           <li>Continuous Build Integration for stable and
2747             development version of Application, Applet and source
2748             distribution</li>
2749         </ul></td>
2750       <td>
2751         <ul>
2752           <li>selected region output includes visible annotations
2753             (for certain formats)</li>
2754           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2755             for editing</li>
2756           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2757           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2758           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2759           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2760             comments</li>
2761           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2762             filenames containing a ':'</li>
2763           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2764             global sequence features</li>
2765           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2766             references from alignment sequences goes to zero</li>
2767           <li>Close of tree branch colour box without colour
2768             selection causes cascading exceptions</li>
2769           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2770           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2771             file parsing fails.</li>
2772           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2773           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2774             not a valid output format</li>
2775           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2776             vamsas</li>
2777           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2778           <li>error messages passed up and output when data read
2779             fails</li>
2780           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2781             sequence is edited</li>
2782           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2783             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2784           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2785             filetype</li>
2786           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2787             import fixed for PFAM records</li>
2788           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2789             window list</li>
2790           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2791             can be read and written correctly to annotation file</li>
2792           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2793             correctly</li>
2794           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2795             non-italic font for representatives in Applet</li>
2796           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2797             Macs.</li>
2798           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2799             Applet)</li>
2800           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2801             due to null pointer exceptions</li>
2802           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2803             first column of alignment</li>
2804           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2805             July 2008</li>
2806           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2807             file is case-insensitive</li>
2808           <li>Sequence features read from Features file appended to
2809             all sequences with matching IDs</li>
2810           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2811             containing a sub-sequence</li>
2812           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2813           <li>feature and annotation file applet parameters
2814             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2815           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2816           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2817             splash-screen version check to complete</li>
2818           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2819             when passing them to the launchApp service</li>
2820           <li>display name and local features preserved in results
2821             retrieved from web service</li>
2822           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2823             sequence fetcher initialisation</li>
2824           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2825             dasobert DAS client</li>
2826           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2827             association</li>
2828           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2829             sequences
2830           </li>
2831         </ul>
2832       </td>
2833     </tr>
2834     <tr>
2835       <td>
2836         <div align="center">
2837           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2838         </div>
2839       </td>
2840       <td>
2841         <ul>
2842           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2843           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2844           <li>Slide sequences</li>
2845           <li>Edit sequence in place</li>
2846           <li>EMBL CDS features</li>
2847           <li>DAS Feature mapping</li>
2848           <li>Feature ordering</li>
2849           <li>Alignment Properties</li>
2850           <li>Annotation Scores</li>
2851           <li>Sort by scores</li>
2852           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2853         </ul>
2854       </td>
2855       <td>
2856         <ul>
2857           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2858           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2859           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2860           <li>Feature group display state in XML</li>
2861           <li>Feature ordering in XML</li>
2862           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2863           <li>Stockholm alignment properties</li>
2864           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2865           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2866           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2867           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2868         </ul>
2869       </td>
2870
2871     </tr>
2872     <tr>
2873       <td>
2874         <div align="center">
2875           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2876         </div>
2877       </td>
2878       <td>
2879         <ul>
2880           <li>Non standard characters can be read and displayed
2881           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2882             applet via textbox
2883           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2884             name &amp; description
2885           <li>Preference setting to display sequence name in
2886             italics
2887           <li>Annotation file format extended to allow
2888             Sequence_groups to be defined
2889           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2890             specified in preferences
2891           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2892             sequences
2893         </ul>
2894       </td>
2895       <td>
2896         <ul>
2897           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2898             installed
2899           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2900           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2901         </ul>
2902       </td>
2903     </tr>
2904     <tr>
2905       <td>
2906         <div align="center">
2907           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2908         </div>
2909       </td>
2910       <td>
2911         <ul>
2912           <li>Multiple views on alignment
2913           <li>Sequence feature editing
2914           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2915           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2916           <li>Background dependent text colour
2917           <li>Right align sequence ids
2918           <li>User-defined lower case residue colours
2919           <li>Format Menu
2920           <li>Select Menu
2921           <li>Menu item accelerator keys
2922           <li>Control-V pastes to current alignment
2923           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2924           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2925           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2926
2927           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2928         </ul>
2929       </td>
2930       <td>
2931         <ul>
2932           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2933           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2934             calculations
2935           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2936             edits
2937           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2938             of alignment)
2939           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2940
2941           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2942             display correctly
2943           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2944           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2945             analysis results
2946           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2947             &#8739;
2948           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2949           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2950           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2951
2952         </ul>
2953       </td>
2954     </tr>
2955     <tr>
2956       <td>
2957         <div align="center">
2958           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2959         </div>
2960       </td>
2961       <td>
2962         <ul>
2963           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2964         </ul>
2965       </td>
2966       <td>
2967         <ul>
2968           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2969             sequence id panel has been resized</li>
2970           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2971             rendered</li>
2972           <li>Annotation files with sequence references - all
2973             elements in file are relative to sequence position</li>
2974           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2975         </ul>
2976       </td>
2977     </tr>
2978     <tr>
2979       <td>
2980         <div align="center">
2981           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2982         </div>
2983       </td>
2984       <td>
2985         <ul>
2986           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2987           <li>DAS Feature fetching</li>
2988           <li>Hide sequences and columns</li>
2989           <li>Export Annotations and Features</li>
2990           <li>GFF file reading / writing</li>
2991           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2992             files</li>
2993           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2994           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2995           <li>Applet can launch the full application</li>
2996           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2997             required)</li>
2998           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2999           <li>Applet can load sequences from parameter
3000             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3001           </li>
3002         </ul>
3003       </td>
3004       <td>
3005         <ul>
3006           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3007           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3008           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3009         </ul>
3010       </td>
3011     </tr>
3012     <tr>
3013       <td>
3014         <div align="center">
3015           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3016         </div>
3017       </td>
3018       <td>
3019         <ul>
3020           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3021           <li>Choose to match case when searching</li>
3022           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3023             expand the visible width and height of the alignment</li>
3024         </ul>
3025       </td>
3026       <td>
3027         <ul>
3028           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3029         </ul>
3030       </td>
3031     </tr>
3032     <tr>
3033       <td>
3034         <div align="center">
3035           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3036         </div>
3037       </td>
3038       <td>&nbsp;</td>
3039       <td>
3040         <ul>
3041           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3042           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3043             value</li>
3044         </ul>
3045       </td>
3046     </tr>
3047     <tr>
3048       <td>
3049         <div align="center">
3050           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3051         </div>
3052       </td>
3053       <td>
3054         <ul>
3055           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3056           <li>Keyboard editing</li>
3057           <li>Create sequence features from searches</li>
3058           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3059             alignments</li>
3060           <li>Features file allows grouping of features</li>
3061           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3062           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3063           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3064         </ul>
3065       </td>
3066       <td>
3067         <ul>
3068           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3069           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3070             descriptions saved.</li>
3071         </ul>
3072       </td>
3073     </tr>
3074     <tr>
3075       <td>
3076         <div align="center">
3077           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3078         </div>
3079       </td>
3080       <td>
3081         <ul>
3082           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3083           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3084           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3085             name for file output</li>
3086           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3087           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3088             used for HTML form input</li>
3089         </ul>
3090       </td>
3091       <td>
3092         <ul>
3093           <li>HTML output writes groups and features</li>
3094           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3095           <li>File IO bugs</li>
3096         </ul>
3097       </td>
3098     </tr>
3099     <tr>
3100       <td>
3101         <div align="center">
3102           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3103         </div>
3104       </td>
3105       <td>
3106         <ul>
3107           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3108           <li>More options for PCA viewer</li>
3109         </ul>
3110       </td>
3111       <td>
3112         <ul>
3113           <li>GUI bugs resolved</li>
3114           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3115         </ul>
3116       </td>
3117     </tr>
3118     <tr>
3119       <td height="63">
3120         <div align="center">
3121           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3122         </div>
3123       </td>
3124       <td>
3125         <ul>
3126           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3127           <li>Jar files are executable</li>
3128           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3129         </ul>
3130       </td>
3131       <td>
3132         <ul>
3133           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3134           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3135           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3136         </ul>
3137       </td>
3138     </tr>
3139     <tr>
3140       <td>
3141         <div align="center">
3142           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3143         </div>
3144       </td>
3145       <td>
3146         <ul>
3147           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3148         </ul>
3149       </td>
3150       <td>
3151         <ul>
3152           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3153         </ul>
3154       </td>
3155     </tr>
3156     <tr>
3157       <td>
3158         <div align="center">
3159           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3160         </div>
3161       </td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3165             size</li>
3166         </ul>
3167       </td>
3168       <td>
3169         <ul>
3170           <li>Improved JPred client reliability</li>
3171           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174     </tr>
3175     <tr>
3176       <td>
3177         <div align="center">
3178           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3179         </div>
3180       </td>
3181       <td>
3182         <ul>
3183           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3184           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3185           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3186             to Colour Menu</li>
3187           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3188           <li>Unix users can set default web browser</li>
3189           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3190           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193       <td>
3194         <ul>
3195           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3196         </ul>
3197       </td>
3198     </tr>
3199     <tr>
3200       <td>
3201         <div align="center">
3202           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3203         </div>
3204       </td>
3205       <td>&nbsp;</td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3209             alignment order.</li>
3210         </ul>
3211       </td>
3212     </tr>
3213     <tr>
3214       <td>
3215         <div align="center">
3216           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3217         </div>
3218       </td>
3219       <td>
3220         <ul>
3221           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3222           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3223           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3224             annotations.</li>
3225           <li>Version and build date written to build properties
3226             file.</li>
3227           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3228             at launch of Jalview.</li>
3229         </ul>
3230       </td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3234           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3235           <li>Can remove groups one by one.</li>
3236           <li>Filechooser icons installed.</li>
3237           <li>Finder ignores return character when searching.
3238             Return key will initiate a search.<br>
3239           </li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td>
3245         <div align="center">
3246           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3247         </div>
3248       </td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>New codebase</li>
3252         </ul>
3253       </td>
3254       <td>&nbsp;</td>
3255     </tr>
3256   </table>
3257   <p>&nbsp;</p>
3258 </body>
3259 </html>