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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  86               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  90               extension when importing structure files without embedded
  91               names or PDB accessions
  92             </li>
  93           </ul>
  94           <em>Application</em>
  95           <ul>
  96             <li>
  97               <!-- JAL-2447 -->
  98               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
  99               menu to hide or show untested features in the application.
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 102           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 103           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 104           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 105           </ul>
 106           <em>Experimental features</em>
 107           <ul>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 110               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 111               features, and vice-versa.
 112             </li>
 113           </ul>
 114           <em>Applet</em>
 115           <ul>
 116           <li><!--  --></li>
 117           </ul>
 118           <em>Test Suite</em>
 119           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 120           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 121           <li><!--  -->
 122           </ul>
 123           </div></td><td><div align="left">
 124           <em>General</em>
 125           <ul>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 128               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 129               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 133               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 134               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 135               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 136               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 137               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 138               Jalview's PCAs were different to those produced by
 139               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 140               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 141               behaviour<br />
 142               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 143               2.10.1 mode<br />
 144               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 145               restore 2.10.2 mode
 146             </li>
 147             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 148           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 149           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 150           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 151           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 152           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 153           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 154           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 155           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 156           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 157           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 158           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 159           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 160           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 161           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 162           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 163           </ul>
 164           <em>Application</em>
 165           <ul>
 166           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 167           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 168           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 169           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 170           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 171           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 172           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 173           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 174           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 175           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 176           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 177           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 178           </ul>
 179           <em>Applet</em>
 180           <ul>
 181           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 182           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 183           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 184           </ul>
 185           <em>New Known Issues</em>
 186           <ul>
 187           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 188           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 189           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 190           </ul>
 191
 192           </div>
 193     <tr>
 194       <td width="60" nowrap>
 195         <div align="center">
 196           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 197             <em>29/11/2016</em></strong>
 198         </div>
 199       </td>
 200       <td><div align="left">
 201           <em>General</em>
 202           <ul>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 205               for all consensus calculations
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 209             </li>
 210             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 211               for 2016-2017</li>
 212           </ul>
 213           <em>Application</em>
 214           <ul>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 217               set of database cross-references, sorted alphabetically
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 221               from database cross references. Users with custom links
 222               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 223                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 227               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 228               Chimera session
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 232               the Chimera it is connected to is shut down
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 236               columns menu item to mark columns containing
 237               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 238               of a Find operation)
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 242               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 243               MSAviewer
 244             </li>
 245           </ul>
 246         </div></td>
 247       <td>
 248         <div align="left">
 249           <em>General</em>
 250           <ul>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 253               are not coloured or thresholded according to percent
 254               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 258               hydrophobic
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 262               threshold, amino acid properties)
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 266               reported as mapped to residues in a structure file in the
 267               View Mapping report
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 271               could be added multiple times to a sequence
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 275               bond features shown as two highlighted residues rather
 276               than a range in linked structure views, and treated
 277               correctly when selecting and computing trees from features
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 281               cross-references are matched to database name regardless
 282               of case
 283             </li>
 284
 285           </ul>
 286           <em>Application</em>
 287           <ul>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 290               names without regular expressions also offer links from
 291               Sequence ID
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 295               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 296               update Jalview configuration
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 300               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 304               files with similarly named sequences if dropped onto the
 305               alignment
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 309               entries where more chains exist in the PDB accession than
 310               are reported in the SIFTS file
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 314               the structure view when displayed with Chimera
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 318               panel's View->Show Chains submenu
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 322               work for wrapped alignment views
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 326               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 330               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 331               first annotation row
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 335               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 336             </li>
 337             <li>
 338             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 339             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 340           </ul>
 341 <!--           <em>New Known Issues</em>
 342           <ul>
 343             <li></li>
 344           </ul> -->
 345         </div>
 346       </td>
 347     </tr>
 348       <td width="60" nowrap>
 349         <div align="center">
 350           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 351             <em>25/10/2016</em></strong>
 352         </div>
 353       </td>
 354       <td><em>Application</em>
 355         <ul>
 356           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 357             view if structures already loaded</li>
 358           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 359             structure views</li>
 360         </ul></td>
 361       <td>
 362         <div align="left">
 363           <em>General</em>
 364           <ul>
 365             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 366               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 367             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 368               example sequences/projects/trees</li>
 369           </ul>
 370           <em>Application</em>
 371           <ul>
 372             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 373               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 374             <li>Multiple structure views can be opened and
 375               superposed without timeout for structures with multiple
 376               models or multiple sequences in alignment</li>
 377             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 378               a PDB ID HEADER line</li>
 379             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 380               superposition is performed</li>
 381             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 382               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 383             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 384             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 385               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 386               Refs UI option</li>
 387             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 388               view is created on the alignment</li>
 389             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 390               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 391               to open group pop-up menu</li>
 392           </ul>
 393           <em>Build and deployment</em>
 394           <ul>
 395             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 396               tags</li>
 397           </ul>
 398           <em>New Known Issues</em>
 399           <ul>
 400             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 401               work on Windows</li>
 402           </ul>
 403         </div>
 404       </td>
 405     </tr>
 406     <tr>
 407       <td width="60" nowrap>
 408         <div align="center">
 409           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 410         </div>
 411       </td>
 412       <td><em>General</em>
 413         <ul>
 414           <li>
 415           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 419             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 420             better PDB parsing.
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 424             reference sequence
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 428             mousing over sequence associated annotation
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 432             for manual entry
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 436             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 437             for each column
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 441             showing or hiding columns containing a feature
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 445             group and sequence associated annotation labels
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 449             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 450             dialogs
 451           </li>
 452
 453         </ul> <em>Application</em>
 454         <ul>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 457             gene/transcript view
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 461             dialog
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 465             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 469             Pfam sources to xfam.org
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 476             over sequences in Jalview
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 480             regions in ENA and EMBL
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 484             for record retrieval via ENA rest API
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 488             complement operator
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 492             groovy script execution
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 496             alignment window's Calculate menu
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 500             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 504             calculation workers from groovy scripts
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 508             Jalview projects
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 512             associations are now saved/restored from project
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 516             before sequence fetcher is opened
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 520             database chooser opens a sequence fetcher
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 524             the UniProt REST API
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 528             the news reader opening
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 532             querying stored in preferences
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 536             search results
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 543             menu for nucleotide sequences
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 547             and feature counts preserves alignment ordering (and
 548             debugged for complex feature sets).
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 552             viewing structures with Jalview 2.10
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 556             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 557             Ensembl Genomes REST API
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 561             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 562             (Ensembl)
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 566             sequences
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 570             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 571             data from external database records.
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 575             efficient recovery of sequence coding and alignment
 576             annotation relationships.
 577           </li>
 578         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 579         <ul>
 580           <li>
 581             -- JAL---
 582           </li>
 583         </ul> --></td>
 584       <td>
 585         <div align="left">
 586           <em>General</em>
 587           <ul>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 590               menu on OSX
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 594               includes graduated colourschemes
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 598               working with big alignments and lots of hidden columns
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 602               at right of alignment window
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 606               contents
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 610               for DNA alignments
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 614               based tree calculation
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 618               unconserved enabled for group on alignment
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 622               set as reference
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 626               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 627               annotation
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 631               hidden columns present
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 635               user created annotation added to alignment
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 639               '()' base pair annotation
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 643               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 644               Consensus
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 648               feature not working
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 652               beginning of sequence
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 656               entry 3a6s
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 660               from a tree when t-coffee scores are shown
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 664               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 668               some structures
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 672               to Clustal, PIR and PileUp output
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 676               not visible causes alignment window to repaint
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 680               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 681               scores associated with features and annotation rows
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 685               calculation should be case independent
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 689               columns
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 693               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 694               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 698               problems when reference sequence defined and 'show
 699               non-conserved' enabled
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 703               load even when Consensus calculation is disabled
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 707               alignment does nothing
 708             </li>
 709           </ul>
 710           <em>Application</em>
 711           <ul>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 714               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 715               yet fixed for El Capitan)
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 719               output when running on non-gb/us i18n platforms
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 723               hidden sequences as flat-file alignment
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 727               launching Chimera
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 731               (also hotfix for 2.9.0b2)
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 735               reference sequence defined
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 739               alignments and views when revealing hidden columns
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 743               view in a cDNA/Protein splitframe
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 747               sequence from project when only one sequence is
 748               represented
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 752               in Structure Chooser
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 756               structure consensus didn't refresh annotation panel
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 760               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 764               dialogs format columns correctly, don't display array
 765               data, sort columns according to type
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 769               file chooser is cancelled during an image export
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 773               sequence name containing special characters
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 777               case insensitive
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 781               formatting don't wrap
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 785               truncated so L looks like I in consensus annotation
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 789               currently displayed features for the current selection or
 790               view
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 794               after fetching cross-references, and restoring from project
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 798               followed in the structure viewer
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 802               splitframe not restored from project
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 806               trailing end of protein alignment in transcript/product
 807               splitview when pad-gaps not enabled by default
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 811               is case dependent
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 815               article has been read (reopened issue due to
 816               internationalisation problems)
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 820               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 821               cross-references
 822             </li>
 823
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 826               alignment as HTML
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 830               multiple structures are shown for one or more sequences.
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 834               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 835               is enabled.
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 839               specific PDB id for sequence
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 843               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 844               columns' is disabled.
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 848               selects lowest rather than highest resolution structures
 849               for each sequence
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 853               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 857               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 858             </li>
 859             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 860               after clicking on it to create new annotation for a
 861               column.
 862             </li>
 863             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 864             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 865           </ul>
 866           <em>Applet</em>
 867           <ul>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 870               hidden columns present before start of sequence
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 874               (JSON jars)
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 878               sequences are hidden in applet
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 882               deployment on examples pages.
 883             </li>
 884           </ul>
 885         </div>
 886       </td>
 887     </tr>
 888     <tr>
 889       <td width="60" nowrap>
 890         <div align="center">
 891           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 892             <em>16/10/2015</em></strong>
 893         </div>
 894       </td>
 895       <td><em>General</em>
 896         <ul>
 897           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 898             jars</li>
 899         </ul></td>
 900       <td>
 901         <div align="left">
 902           <em>Application</em>
 903           <ul>
 904             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 905               shown when tree is partitioned</li>
 906             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 907               multiple cDNA/Protein split views</li>
 908           </ul>
 909         </div>
 910       </td>
 911     </tr>
 912     <tr>
 913       <td width="60" nowrap>
 914         <div align="center">
 915           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 916             <em>8/10/2015</em></strong>
 917         </div>
 918       </td>
 919       <td><em>General</em>
 920         <ul>
 921           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 922             2.9</li>
 923         </ul> <em>Application</em>
 924         <ul>
 925           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 926           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 927           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 928         </ul> <em>Applet</em>
 929         <ul>
 930           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 931         </ul><em>Build and Deployment</em>
 932         <ul>
 933           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 934         </ul></td>
 935       <td>
 936         <div align="left">
 937           <em>General</em>
 938           <ul>
 939             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 940               incorrect when sequence start > 1</li>
 941             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 942               documentation</li>
 943             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 944             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 945               loading a features file containing HTML tags in feature
 946               description</li>
 947
 948           </ul>
 949           <em>Application</em>
 950           <ul>
 951             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 952               reimport</li>
 953             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 954               with 'trim retrieved sequences'</li>
 955             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 956               deleting selected columns</li>
 957             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 958               JNLP templates for webstart launch</li>
 959             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 960               unreleased structures for download or viewing</li>
 961             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 962               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 963             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 964               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 965             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 966               recovered from jalview project</li>
 967             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 968               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 969               alignment view</li>
 970             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 971               color schemes from BioJSON</li>
 972           </ul>
 973           <em>Applet</em>
 974           <ul>
 975             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 976               frame</li>
 977             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 978           </ul>
 979         </div>
 980       </td>
 981     </tr>
 982     <tr>
 983       <td><div align="center">
 984           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 985         </div></td>
 986       <td><em>General</em>
 987         <ul>
 988           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 989             alignments:
 990             <ul>
 991               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 992                 and DNA alignment views</li>
 993               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 994                 cDNA alignment views</li>
 995               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 996                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 997               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 998                 protein sequences</li>
 999             </ul>
1000           </li>
1001           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1002           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1003             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1004           <li>New alignment annotation file statements for
1005             reference sequences and marking hidden columns</li>
1006           <li>Reference sequence based alignment shading to
1007             highlight variation</li>
1008           <li>Select or hide columns according to alignment
1009             annotation</li>
1010           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1011           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1012             acid conservation row</li>
1013           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1014         </ul> <em>Application</em>
1015         <ul>
1016           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1017             <ul>
1018               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1019                 view with cDNA/Protein</li>
1020               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1021                 sequences are placed in the same alignment</li>
1022               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1023                 projects</li>
1024             </ul>
1025           </li>
1026
1027           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1028           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1029             Jalview windows</li>
1030
1031           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1032           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1033           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1034             be shown in VARNA</li>
1035
1036           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1037             as the active selected region</li>
1038
1039           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1040             similarity</li>
1041           <li>New Export options
1042             <ul>
1043               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1044                 region export in flat file generation</li>
1045
1046               <li>Export alignment views for display with the <a
1047                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1048
1049               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1050               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1051                 alignment figures to HTML</li>
1052           </li>
1053           <li>3D structure retrieval and display
1054             <ul>
1055               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1056                 Search API</li>
1057               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1058                 PDB structures for a sequence set</li>
1059             </ul>
1060           </li>
1061
1062           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1063             predictions</li>
1064           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1065             for one or a group of sequences</li>
1066           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1067             from the JPred4 web server</li>
1068           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1069             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1070             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1071           </li>
1072           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1073             VARNA 2D Structure'</li>
1074           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1075             Structure ..."</li>
1076
1077         </ul> <em>Applet</em>
1078         <ul>
1079           <li>New layout for applet example pages</li>
1080           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1081             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1082           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1083             Protein alignments</li>
1084         </ul> <em>Development and deployment</em>
1085         <ul>
1086           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1087           <li>Include installation type and git revision in build
1088             properties and console log output</li>
1089           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1090             storing BioJsMSA Templates</li>
1091           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1092         </ul></td>
1093       <td>
1094         <!-- <em>General</em>
1095         <ul>
1096         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1097         <ul>
1098           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1099           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1100           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1101             predictions are not highlighted in amber</li>
1102           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1103             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1104           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1105             associated structure views</li>
1106           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1107             width checkbox not enabled</li>
1108           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1109             creating user defined colours</li>
1110           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1111             mappings for just that viewer's sequences</li>
1112           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1113             multiple models in Chimera</li>
1114           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1115             over Jmol structure</li>
1116           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1117             output to text box</li>
1118           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1119             have incorrect sequence start/end</li>
1120           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1121             Jalview fails</li>
1122           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1123             work for nucleotide</li>
1124           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1125             to a grey/invisible alignment window</li>
1126           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1127             imports to different position</li>
1128           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1129             on some platforms</li>
1130           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1131             populated</li>
1132           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1133             console if Chimera has been opened</li>
1134           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1135           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1136             retrieved</li>
1137           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1138           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1139             either sequence shows on first structure</li>
1140           <li>'Show annotations' options should not make
1141             non-positional annotations visible</li>
1142           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1143             in right place after 'view flanking regions'</li>
1144           <li>File Save As type unset when current file format is
1145             unknown</li>
1146           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1147             projects</li>
1148           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1149             responsive</li>
1150           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1151             several views on same alignment</li>
1152           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1153           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1154             spaces</li>
1155         </ul> <em>Applet</em>
1156         <ul>
1157           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1158           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1159             descriptions containing angle brackets</li>
1160         </ul> <em>General</em>
1161         <ul>
1162           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1163             via jalview annotation file</li>
1164           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1165             with RNA secondary structure</li>
1166           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1167             translation doesn't work.</li>
1168           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1169           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1170             positions</li>
1171           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1172             choosing 1pt font</li>
1173           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1174             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1175             'h'</li>
1176           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1177             new feature</li>
1178           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1179             order dependent</li>
1180           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1181             sequences</li>
1182           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1183         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1184         <ul>
1185           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1186             www.jalview.org</li>
1187         </ul> <em>Application Known issues</em>
1188         <ul>
1189           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1190           <li>Misleading message appears after trying to delete
1191             solid column.</li>
1192           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1193             version launches</li>
1194           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1195             fails with a sequence mismatch</li>
1196           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1197             scrolling alignment to right</li>
1198           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1199             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1200           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1201             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1202           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1203             ultra-high resolution</li>
1204           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1205             quality and conservation</li>
1206           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1207             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1208         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1209         <ul>
1210           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1211           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1212             window is being resized</li>
1213
1214         </ul>
1215       </td>
1216     </tr>
1217     <tr>
1218       <td><div align="center">
1219           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1220         </div></td>
1221       <td><em>General</em>
1222         <ul>
1223           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1224             Certum.PL.</li>
1225           <li>Features and annotation preserved when performing
1226             pairwise alignment</li>
1227           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1228             imported/exported/displayed</li>
1229           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1230             protein secondary structure</li>
1231           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1232               post-hoc with 2.9 release</em>)
1233           </li>
1234
1235         </ul> <em>Application</em>
1236         <ul>
1237           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1238             with 3D structures</li>
1239           <li>Support for parsing RNAML</li>
1240           <li>Annotations menu for layout
1241             <ul>
1242               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1243               <li>place sequence annotation above/below alignment
1244                 annotation</li>
1245             </ul>
1246           <li>Output in Stockholm format</li>
1247           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1248             translation</li>
1249           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1250           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1251             shared between alignments</li>
1252           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1253             Jalview</li>
1254           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1255             all or current selection</li>
1256           <li>disorder and secondary structure predictions
1257             available as dataset annotation</li>
1258           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1259
1260
1261           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1262             alignments from Rfam</li>
1263           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1264
1265           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1266             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1267           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1268           <li>include installation type in build properties and
1269             console log output</li>
1270           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1271             annotation</li>
1272         </ul></td>
1273       <td>
1274         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1275         <ul>
1276           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1277             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1278           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1279             alignment</li>
1280           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1281           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1282           <li>Double click on sequence associated annotation
1283             selects only first column</li>
1284           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1285             leaves shown in tree</li>
1286           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1287             properly</li>
1288           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1289           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1290             screen and buttons not visible</li>
1291           <li>author list isn't updated if already written to
1292             Jalview properties</li>
1293           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1294             from database</li>
1295           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1296           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1297             browser search window</li>
1298           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1299             in feature settings dialog</li>
1300           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1301             desktop</li>
1302           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1303             pass validation</li>
1304           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1305             fit on screen</li>
1306           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1307             tooltip</li>
1308           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1309             defined user preset</li>
1310           <li>MSA web services warns user if they were launched
1311             with invalid input</li>
1312           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1313             Java 8</li>
1314           <li>
1315             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1316             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1317             created
1318           </li>
1319
1320         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1321                                 <ul>
1322                                 </ul> <em>General</em>
1323                                 <ul>
1324                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1325         <ul>
1326           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1327             memory allocation</li>
1328           <li>launchApp service doesn't automatically open
1329             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1330           <li>
1331             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1332             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1333             1.7_055 is available
1334           </li>
1335         </ul> <em>Application Known issues</em>
1336         <ul>
1337           <li>
1338             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1339             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1340             alignment to right
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1344             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1345             with large number of ID
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1349             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1350             start/end
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1354             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1355             structure tracks are rearranged
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1359             invalid rna structure positional highlighting does not
1360             highlight position of invalid base pairs
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1364             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1365             project from alignment window file menu
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1369             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1370             structures
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1374             colour by RNA Helices not enabled when user created
1375             annotation added to alignment
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1379             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1380           </li>
1381         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1382         <ul>
1383           <li>
1384             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1385             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1389             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1390           </li>
1391
1392           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1393             when selected</li>
1394         </ul>
1395       </td>
1396     </tr>
1397     <tr>
1398       <td><div align="center">
1399           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1400         </div></td>
1401       <td>
1402         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1403         <em>General</em>
1404         <ul>
1405           <li>Internationalisation of user interface (usually
1406             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1407           <li>Define/Undefine group on current selection with
1408             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1409           <li>Improved group creation/removal options in
1410             alignment/sequence Popup menu</li>
1411           <li>Sensible precision for symbol distribution
1412             percentages shown in logo tooltip.</li>
1413           <li>Annotation panel height set according to amount of
1414             annotation when alignment first opened</li>
1415         </ul> <em>Application</em>
1416         <ul>
1417           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1418             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1419           <li>Select columns containing particular features from
1420             Feature Settings dialog</li>
1421           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1422             sequences</li>
1423           <li>Update Jalview project format:
1424             <ul>
1425               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1426               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1427                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1428               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1429                 colouring</li>
1430             </ul>
1431           </li>
1432           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1433             (PAM250)</li>
1434           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1435             flanking regions for an alignment</li>
1436         </ul>
1437       </td>
1438       <td>
1439         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1440         <ul>
1441           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1442             running after job is cancelled</li>
1443           <li>cannot export features from alignments imported from
1444             Jalview/VAMSAS projects</li>
1445           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1446             float values</li>
1447           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1448             have 'display all symbols' flag set</li>
1449           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1450             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1451           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1452             Jalview</li>
1453           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1454             Lion/Webstart</li>
1455           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1456           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1457           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1458             alignment onto desktop</li>
1459           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1460             'extract scores' function</li>
1461           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1462             alignment window</li>
1463           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1464             performing IUPred disorder prediction</li>
1465           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1466             changing 'normalise logo' display setting</li>
1467           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1468             nothing matches query</li>
1469           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1470             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1471           </li>
1472           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1473             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1474           </li>
1475           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1476             Jalview's menu</li>
1477           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1478             'invalid literal/length code'</li>
1479           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1480             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1481           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1482             colourscheme</li>
1483
1484         </ul> <em>Applet</em>
1485         <ul>
1486           <li>Remove group option is shown even when selection is
1487             not a group</li>
1488           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1489             don't affect groups</li>
1490           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1491             colourscheme name</li>
1492           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1493             Annotation panel is not displayed</li>
1494           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1495             embedded windows</li>
1496         </ul> <em>Other</em>
1497         <ul>
1498           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1499             single sequence were not calculated</li>
1500           <li>annotation files that contain only groups imported as
1501             annotation and junk sequences</li>
1502           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1503             recognised as PFAM or BLC</li>
1504           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1505             doesn't affect background (2.8.0b1)
1506           <li></li>
1507           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1508           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1509             trailing gaps</li>
1510           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1511             registered correctly on import</li>
1512           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1513             certain alignments</li>
1514           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1515             existing annotation based 'use original colours'
1516             colourscheme loses original colours setting</li>
1517         </ul>
1518       </td>
1519     </tr>
1520     <tr>
1521       <td><div align="center">
1522           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1523             <em>30/1/2014</em></strong>
1524         </div></td>
1525       <td>
1526         <ul>
1527           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1528             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1529             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1530             open source project).
1531           </li>
1532           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1533           </li>
1534           <li>Output in Stockholm format</li>
1535           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1536           <li>Export/import group and sequence associated line
1537             graph thresholds</li>
1538           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1539             ambiguity codes</li>
1540           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1541             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1542             works</li>
1543           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1544         </ul> <em>Other improvements</em>
1545         <ul>
1546           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1547           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1548             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1549           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1550             files</li>
1551           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1552           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1553             link but no description</li>
1554           <li>Select primary source when selecting authority in
1555             database fetcher GUI</li>
1556           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1557             Jalview</li>
1558           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1559         </ul>
1560       </td>
1561       <td>
1562         <ul>
1563           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1564             displayed</li>
1565           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1566             secondary structure annotation line</li>
1567           <li>Sequence database accessions not imported when
1568             fetching alignments from Rfam</li>
1569           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1570             identical IDs</li>
1571           <li>View all structures does not always superpose
1572             structures</li>
1573           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1574             reflect user or preset settings</li>
1575           <li>Null pointer exceptions for some services without
1576             presets or adjustable parameters</li>
1577           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1578             discover PDB xRefs</li>
1579           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1580             features with DAS</li>
1581           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1582             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1583           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1584             residue follows a gap</li>
1585           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1586             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1587           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1588             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1589           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1590             annotation already exists on alignment</li>
1591           <li>oninit javascript function should be called after
1592             initialisation completes</li>
1593           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1594             alignment window display</li>
1595           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1596           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1597             to annotation file</li>
1598           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1599             groups created</li>
1600           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1601             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1602           <li>Pressing return several times causes Number Format
1603             exceptions in keyboard mode</li>
1604           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1605             correct partitions for input data</li>
1606           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1607           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1608           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1609           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1610             mode</li>
1611           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1612             changes one row&#39;s threshold</li>
1613           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1614             doesn&#39;t open</li>
1615           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1616             quality histograms</li>
1617         </ul>
1618       </td>
1619     </tr>
1620     <tr>
1621       <td><div align="center">
1622           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1623         </div></td>
1624       <td><em>Application</em>
1625         <ul>
1626           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1627             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1628           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1629             preferences</li>
1630           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1631             in Jalview alignment window</li>
1632           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1633             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1634           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1635             RNA and ambiguity codes</li>
1636
1637           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1638           <li>Support fetching and database reference look up
1639             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1640             refs')</li>
1641           <li>Jalview project improvements
1642             <ul>
1643               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1644                 flag for annotation</li>
1645               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1646                 alignment</li>
1647               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1648                 Jalview project</li>
1649
1650             </ul>
1651           </li>
1652           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1653           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1654             running</li>
1655           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1656           <li>visual indication that web service results are still
1657             being retrieved from server</li>
1658           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1659             starts up for first time</li>
1660           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1661             services</li>
1662           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1663             client library</li>
1664           <li>Examples directory and Groovy library included in
1665             InstallAnywhere distribution</li>
1666         </ul> <em>Applet</em>
1667         <ul>
1668           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1669             visualization applet example</li>
1670         </ul> <em>General</em>
1671         <ul>
1672           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1673           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1674             defaults</li>
1675           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1676             calculation</li>
1677           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1678             matrices
1679           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1680             in HTML</li>
1681           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1682             structure contacts</li>
1683           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1684           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1685           <li>Parse sequence associated secondary structure
1686             information in Stockholm files</li>
1687           <li>HTML Export database accessions and annotation
1688             information presented in tooltip for sequences</li>
1689           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1690             style RNA alignment files</li>
1691           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1692             alignment</li>
1693           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1694             shade each sequence according to its associated alignment
1695             annotation</li>
1696           <li>New Jalview Logo</li>
1697         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1698         <ul>
1699           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1700           <li>New Website!</li>
1701         </ul></td>
1702       <td><em>Application</em>
1703         <ul>
1704           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1705             wsdbfetch REST service</li>
1706           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1707           <li>Filetype associations not installed for webstart
1708             launch</li>
1709           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1710             job execution in full once it is complete</li>
1711           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1712             uploaded via ali_file parameter</li>
1713           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1714           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1715           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1716             submitted for prediction</li>
1717           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1718             desktop window</li>
1719           <li>Putting fractional value into integer text box in
1720             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1721           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1722             windows 7</li>
1723           <li>View all structures fails with exception shown in
1724             structure view</li>
1725           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1726             escaped in a platform independent way</li>
1727           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1728             using proxy</li>
1729           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1730             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1731           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1732             failure when java web start temporary file caching is
1733             disabled</li>
1734           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1735             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1736           <li>Errors during processing of command line arguments
1737             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1738           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1739             DAS sources in sequence fetcher</li>
1740           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1741             dialog is shown</li>
1742           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1743           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1744           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1745           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1746             on OSX Mountain Lion</li>
1747           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1748             sequences with alignment annotation are pasted into the
1749             alignment</li>
1750           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1751             when loaded from Jalview project</li>
1752           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1753           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1754             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1755           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1756             associated with all views</li>
1757           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1758             annotation rows to new window</li>
1759         </ul> <em>Applet</em>
1760         <ul>
1761           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1762             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1763           <li>loading features via javascript API automatically
1764             enables feature display</li>
1765           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1766             work</li>
1767         </ul> <em>General</em>
1768         <ul>
1769           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1770           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1771             and then deselected</li>
1772           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1773           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1774             coloured with clustalx</li>
1775           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1776             exceptions and redraw errors</li>
1777           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1778             reconfigured view</li>
1779           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1780             colour</li>
1781           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1782             for lots of labels</li>
1783         </ul>
1784     </tr>
1785     <tr>
1786       <td>
1787         <div align="center">
1788           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1789         </div>
1790       </td>
1791       <td><em>Application</em>
1792         <ul>
1793           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1794           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1795           <li>View/alignment association menu to enable user to
1796             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1797             its colours/correspondences from</li>
1798           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1799           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1800             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1801           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1802           <li>Annotation row column label formatting attributes
1803             stored in project file</li>
1804           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1805             rows preserved in Jalview project file</li>
1806           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1807             saved using Desktop window menu</li>
1808           <li>Visual indication that command line arguments are
1809             still being processed</li>
1810           <li>Groovy script execution from URL</li>
1811           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1812             preferences</li>
1813           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1814             alignment with sequences that have high similarity and
1815             matching IDs</li>
1816           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1817           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1818             structures in same window</li>
1819           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1820           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1821             analysis function in its own submenu</li>
1822         </ul> <em>Applet</em>
1823         <ul>
1824           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1825             groups</li>
1826           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1827           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1828           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1829           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1830           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1831             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1832           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1833           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1834             parameters are treated as such</li>
1835           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1836             <ul>
1837               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1838               <li>Javascript callbacks for
1839                 <ul>
1840                   <li>Applet initialisation</li>
1841                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1842                 </ul>
1843               </li>
1844               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1845                 functions</li>
1846               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1847               <li>javascript structure viewer harness to pass
1848                 messages between Jmol and Jalview when running as
1849                 distinct applets</li>
1850               <li>sortBy method</li>
1851               <li>Set of applet and application examples shipped
1852                 with documentation</li>
1853               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1854                 javascript message exchange</li>
1855             </ul>
1856         </ul> <em>General</em>
1857         <ul>
1858           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1859             multiple alignments</li>
1860           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1861           <li>User configurable link to enable redirects to a
1862             www.Jalview.org mirror</li>
1863           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1864           <li>Configurable newline string when writing alignment
1865             and other flat files</li>
1866           <li>Allow alignment annotation description lines to
1867             contain html tags</li>
1868         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1869         <ul>
1870           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1871             examples</li>
1872           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1873             using a web service before displaying the result in the
1874             Jalview desktop</li>
1875           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1876           <li>Ant target to publish example html files with applet
1877             archive</li>
1878           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1879           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1880         </ul></td>
1881       <td><em>Application</em>
1882         <ul>
1883           <li>User defined colourscheme throws exception when
1884             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1885           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1886             dialog for valid filename/format</li>
1887           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1888           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1889             P37173</li>
1890           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1891             which sequence is to be associated with the file</li>
1892           <li>Find All raises null pointer exception when query
1893             only matches sequence IDs</li>
1894           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1895           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1896             2.4 cannot be loaded</li>
1897           <li>Filetype associations not installed for webstart
1898             launch</li>
1899           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1900             with sequences in different alignments do not get coloured
1901             by their associated sequence</li>
1902           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1903             not preserved when project is loaded</li>
1904           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1905             stored in Jalview project</li>
1906           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1907             Jalview project</li>
1908           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1909           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1910             by conservation</li>
1911           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1912             created on new view</li>
1913           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1914             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1915           <li>Alignment quality not updated after alignment
1916             annotation row is hidden then shown</li>
1917           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1918             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1919           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1920             properly</li>
1921           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1922             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1923           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1924           <li>Structures imported from file and saved in project
1925             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1926           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1927             job execution in full once it is complete</li>
1928         </ul> <em>Applet</em>
1929         <ul>
1930           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1931             annotation rows are displayed</li>
1932           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1933             codebase</li>
1934           <li>View follows highlighting does not work for positions
1935             in sequences</li>
1936           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1937           <li>Export features raises exception when no features
1938             exist</li>
1939           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1940             for javascript api is modified when separator string
1941             provided as parameter</li>
1942           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1943             alignment with no existing selection</li>
1944           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1945             to applet&#39;s codebase</li>
1946           <li>Status bar not updated after finished searching and
1947             search wraps around to first result</li>
1948           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1949             several Jalview applets causes race conditions and memory
1950             leaks</li>
1951           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1952             not sent from Jmol in applet</li>
1953           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1954             applet API fatally hang browser</li>
1955         </ul> <em>General</em>
1956         <ul>
1957           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1958             position with wrapped view and hidden regions</li>
1959           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1960             with/without hidden columns</li>
1961           <li>Sequence length given in alignment properties window
1962             is off by 1</li>
1963           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1964             import PDB like structure files</li>
1965           <li>Positional search results are only highlighted
1966             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1967           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1968           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1969             given sequence position</li>
1970           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1971             output</li>
1972           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1973             from nucleotide chains correctly</li>
1974           <li>Structure colours not updated when tree partition
1975             changed in alignment</li>
1976           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1977             parsed in interleaved stockholm</li>
1978           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1979             state</li>
1980           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1981             properly</li>
1982           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1983             properly associated with their pdb files</li>
1984         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1985         <ul>
1986           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1987             ApplyCopyright tool</li>
1988         </ul></td>
1989     </tr>
1990     <tr>
1991       <td>
1992         <div align="center">
1993           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1994         </div>
1995       </td>
1996       <td><em>Application</em>
1997         <ul>
1998           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1999             contact web services</li>
2000           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2001             service job window</li>
2002           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2003         </ul></td>
2004       <td>
2005         <ul>
2006           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2007             pir file emitted by Jalview</li>
2008           <li>Existing feature settings transferred to new
2009             alignment view created from cut'n'paste</li>
2010           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2011             parsing PDB files</li>
2012           <li>Consensus and conservation annotation rows
2013             occasionally become blank for all new windows</li>
2014           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2015             in wrapped view mode</li>
2016         </ul> <em>Application</em>
2017         <ul>
2018           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2019             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2020           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2021             parameter names</li>
2022           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2023             is down</li>
2024         </ul>
2025       </td>
2026     </tr>
2027     <tr>
2028       <td>
2029         <div align="center">
2030           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2031         </div>
2032       </td>
2033       <td><em>Application</em>
2034         <ul>
2035           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2036             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2037             (JABAWS)
2038           </li>
2039           <li>Web Services preference tab</li>
2040           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2041             preferences</li>
2042           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2043           <li>Superpose structures using associated sequence
2044             alignment</li>
2045           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2046             viewer</li>
2047         </ul> <em>Applet</em>
2048         <ul>
2049           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2050             link out mechanism</li>
2051         </ul> <em>Other</em>
2052         <ul>
2053           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2054             series 12</li>
2055           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2056             require Java 1.5</li>
2057           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2058             sequence annotation files</li>
2059           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2060             type colour specification</li>
2061           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2062             script to check if it being run in an interactive session or
2063             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2064         </ul></td>
2065       <td>
2066         <ul>
2067           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2068             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2069         </ul> <em>Application</em>
2070         <ul>
2071           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2072             selected Regions menu item</li>
2073           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2074             part of a valid accession ID</li>
2075           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2076             runs out of memory</li>
2077           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2078             analysis results</li>
2079           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2080             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2081           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2082         </ul> <em>Applet</em>
2083         <ul>
2084           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2085             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2086             defined.</li>
2087         </ul>
2088       </td>
2089     </tr>
2090     <tr>
2091       <td>
2092         <div align="center">
2093           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2094         </div>
2095       </td>
2096       <td></td>
2097       <td>
2098         <ul>
2099           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2100             sequence IDs</li>
2101           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2102             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2103           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2104             import correctly</li>
2105           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2106             number of columns are hidden</li>
2107           <li>annotation label popup menu not providing correct
2108             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2109             present</li>
2110           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2111             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2112           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2113             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2114
2115         </ul> <em>Applet</em>
2116         <ul>
2117           <li>annotation panel disappears when annotation is
2118             hidden/removed</li>
2119         </ul> <em>Application</em>
2120         <ul>
2121           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2122             alignment opened where annotation panel is visible but no
2123             annotations are present on alignment</li>
2124           <li>pasted region containing hidden columns is
2125             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2126           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2127             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2128           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2129             selected Rregions menu item.</li>
2130           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2131             'Un' or 'Non'conserved</li>
2132           <li>Sequence feature settings are being shared by
2133             multiple distinct alignments</li>
2134           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2135             changed</li>
2136           <li>double click on group annotation to select sequences
2137             does not propagate to associated trees</li>
2138           <li>Mac OSX specific issues:
2139             <ul>
2140               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2141                 window background</li>
2142               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2143                 name set correctly</li>
2144               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2145                 save feature colourscheme button</li>
2146             </ul>
2147           </li>
2148         </ul>
2149       </td>
2150     </tr>
2151     <tr>
2152
2153       <td>
2154         <div align="center">
2155           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2156         </div>
2157       </td>
2158       <td><em>New Capabilities</em>
2159         <ul>
2160           <li>URL links generated from description line for
2161             regular-expression based URL links (applet and application)
2162
2163
2164
2165
2166
2167
2168           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2169             menu</li>
2170           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2171             structures</li>
2172           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2173             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2174           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2175             average score or total feature count for each sequence.</li>
2176           <li>Shading features by score or associated description</li>
2177           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2178             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2179           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2180             hide everything but the currently selected region.</li>
2181           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2182         </ul> <em>Application</em>
2183         <ul>
2184           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2185             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2186           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2187             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2188           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2189             database references and protein_name is parsed as
2190             description line (BioSapiens terms).</li>
2191           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2192             references in sequence ID tooltip from View menu in
2193             application.</li>
2194           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2195                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2196           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2197             conservation plots</li>
2198           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2199             and visualized as sequence logos</li>
2200           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2201             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2202           </li>
2203           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2204             when a new tree is opened.</li>
2205           <li>Jalview Java Console</li>
2206           <li>Better placement of desktop window when moving
2207             between different screens.</li>
2208           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2209             consensus annotation</li>
2210           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2211             Workflows</li>
2212           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2213             <ul>
2214               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2215                 used to preserve views, structures, and tree display
2216                 settings)</li>
2217               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2218                 command line</li>
2219               <li>Sharing of selected regions between views and
2220                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2221               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2222             </ul></li>
2223         </ul> <em>Applet</em>
2224         <ul>
2225           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2226           <li>New Parameters
2227             <ul>
2228               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2229                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2230                 opened.</li>
2231               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2232                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2233               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2234                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2235               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2236                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2237                 view</li>
2238               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2239                 increase the height or width of a cell in the alignment
2240                 grid relative to the current font size.</li>
2241             </ul>
2242           </li>
2243           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2244             tooltip</li>
2245         </ul> <em>Other</em>
2246         <ul>
2247           <li>Features format: graduated colour definitions and
2248             specification of feature scores</li>
2249           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2250             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2251             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2252           <li>XML formats extended to support graduated feature
2253             colourschemes, group associated annotation, and profile
2254             visualization settings.</li></td>
2255       <td>
2256         <ul>
2257           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2258             rather than description</li>
2259           <li>Non-positional features are now included in sequence
2260             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2261             visibility in tooltip).</li>
2262           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2263           <li>Added URL embedding instructions to features file
2264             documentation.</li>
2265           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2266             'X' in peptide product</li>
2267           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2268             sequence ID and sequence string and query strings do not
2269             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2270           <li>AMSA files only contain first column of
2271             multi-character column annotation labels</li>
2272           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2273             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2274             exported and re-imported)</li>
2275           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2276             name</li>
2277           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2278             as subsequence matches, and correctly reports total number
2279             of both.</li>
2280           <li>Application:
2281             <ul>
2282               <li>Better handling of exceptions during sequence
2283                 retrieval</li>
2284               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2285                 link text excludes the start_end suffix</li>
2286               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2287                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2288               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2289               <li>Sequence description lines properly shared via
2290                 VAMSAS</li>
2291               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2292                 data sources</li>
2293               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2294                 completes before alignment figures are generated.</li>
2295               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2296                 first time.</li>
2297               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2298                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2299               <li>User defined group colours properly recovered
2300                 from Jalview projects.</li>
2301             </ul>
2302           </li>
2303         </ul>
2304       </td>
2305
2306     </tr>
2307     <tr>
2308       <td>
2309         <div align="center">
2310           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2311         </div>
2312       </td>
2313       <td>
2314         <ul>
2315           <li>Experimental support for google analytics usage
2316             tracking.</li>
2317           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2318         </ul>
2319       </td>
2320       <td>
2321         <ul>
2322           <li>Race condition in applet preventing startup in
2323             jre1.6.0u12+.</li>
2324           <li>Exception when feature created from selection beyond
2325             length of sequence.</li>
2326           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2327           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2328             all sequences with a given id</li>
2329           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2330             ID string searches</li>
2331           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2332             alignment to fail with exception</li>
2333         </ul> <em>Application Issues</em>
2334         <ul>
2335           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2336           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2337             data sources</li>
2338         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2339         <ul>
2340           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2341             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2342           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2343             version (java class versioning error fixed)</li>
2344         </ul>
2345       </td>
2346     </tr>
2347     <tr>
2348       <td>
2349
2350         <div align="center">
2351           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2352         </div>
2353       </td>
2354       <td><em>User Interface</em>
2355         <ul>
2356           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2357             translation and protein products</li>
2358           <li>Linked highlighting of structure associated with
2359             residue mapping to codon position</li>
2360           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2361             and 'clear' button</li>
2362           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2363             Tools menu</li>
2364           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2365             numeric data in description line</li>
2366           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2367           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2368             of sequence</li>
2369         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2370         <ul>
2371           <li>JPred3 web service</li>
2372           <li>Prototype sequence search client (no public services
2373             available yet)</li>
2374           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2375             PFAM</li>
2376           <li>URL Links created for matching database cross
2377             references as well as sequence ID</li>
2378           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2379         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2380         <ul>
2381           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2382             databases</li>
2383           <li>Generalised database reference retrieval and
2384             validation to all fetchable databases</li>
2385           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2386             sequence command</li>
2387         </ul> <em>Import and Export</em>
2388         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2389         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2390           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2391         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2392           File</li>
2393         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2394           triplet as name of colourscheme</li>
2395         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2396         <ul>
2397           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2398           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2399             alignments (experimental)</li>
2400           <li>Create new or select existing session to join</li>
2401           <li>load and save of vamsas documents</li>
2402         </ul> <em>Application command line</em>
2403         <ul>
2404           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2405             from applet)</li>
2406           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2407             of DAS servers to query for alignment features</li>
2408           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2409             that are also automatically queried for features</li>
2410           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2411             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2412         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2413         <ul>
2414           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2415             application (when using &quot;View in full
2416             application&quot;)</li>
2417         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2418         <ul>
2419           <li>feature group display control parameter</li>
2420           <li>debug parameter</li>
2421           <li>showbutton parameter</li>
2422         </ul> <em>Applet API methods</em>
2423         <ul>
2424           <li>newView public method</li>
2425           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2426           <li>Feature display control methods</li>
2427           <li>get list of currently selected sequences</li>
2428         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2429         <ul>
2430           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2431           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2432             Jalview release.</li>
2433           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2434             property controls execution of obfuscator</li>
2435           <li>Build target for generating source distribution</li>
2436           <li>Debug flag for javacc</li>
2437           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2438             jalview.bin.Cache</li>
2439           <li>Continuous Build Integration for stable and
2440             development version of Application, Applet and source
2441             distribution</li>
2442         </ul></td>
2443       <td>
2444         <ul>
2445           <li>selected region output includes visible annotations
2446             (for certain formats)</li>
2447           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2448             for editing</li>
2449           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2450           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2451           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2452           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2453             comments</li>
2454           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2455             filenames containing a ':'</li>
2456           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2457             global sequence features</li>
2458           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2459             references from alignment sequences goes to zero</li>
2460           <li>Close of tree branch colour box without colour
2461             selection causes cascading exceptions</li>
2462           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2463           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2464             file parsing fails.</li>
2465           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2466           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2467             not a valid output format</li>
2468           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2469             vamsas</li>
2470           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2471           <li>error messages passed up and output when data read
2472             fails</li>
2473           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2474             sequence is edited</li>
2475           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2476             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2477           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2478             filetype</li>
2479           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2480             import fixed for PFAM records</li>
2481           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2482             window list</li>
2483           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2484             can be read and written correctly to annotation file</li>
2485           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2486             correctly</li>
2487           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2488             non-italic font for representatives in Applet</li>
2489           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2490             Macs.</li>
2491           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2492             Applet)</li>
2493           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2494             due to null pointer exceptions</li>
2495           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2496             first column of alignment</li>
2497           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2498             July 2008</li>
2499           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2500             file is case-insensitive</li>
2501           <li>Sequence features read from Features file appended to
2502             all sequences with matching IDs</li>
2503           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2504             containing a sub-sequence</li>
2505           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2506           <li>feature and annotation file applet parameters
2507             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2508           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2509           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2510             splash-screen version check to complete</li>
2511           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2512             when passing them to the launchApp service</li>
2513           <li>display name and local features preserved in results
2514             retrieved from web service</li>
2515           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2516             sequence fetcher initialisation</li>
2517           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2518             dasobert DAS client</li>
2519           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2520             association</li>
2521           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2522             sequences
2523           </li>
2524         </ul>
2525       </td>
2526     </tr>
2527     <tr>
2528       <td>
2529         <div align="center">
2530           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2531         </div>
2532       </td>
2533       <td>
2534         <ul>
2535           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2536           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2537           <li>Slide sequences</li>
2538           <li>Edit sequence in place</li>
2539           <li>EMBL CDS features</li>
2540           <li>DAS Feature mapping</li>
2541           <li>Feature ordering</li>
2542           <li>Alignment Properties</li>
2543           <li>Annotation Scores</li>
2544           <li>Sort by scores</li>
2545           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2546         </ul>
2547       </td>
2548       <td>
2549         <ul>
2550           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2551           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2552           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2553           <li>Feature group display state in XML</li>
2554           <li>Feature ordering in XML</li>
2555           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2556           <li>Stockholm alignment properties</li>
2557           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2558           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2559           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2560           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2561         </ul>
2562       </td>
2563
2564     </tr>
2565     <tr>
2566       <td>
2567         <div align="center">
2568           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2569         </div>
2570       </td>
2571       <td>
2572         <ul>
2573           <li>Non standard characters can be read and displayed
2574           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2575             applet via textbox
2576           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2577             name &amp; description
2578           <li>Preference setting to display sequence name in
2579             italics
2580           <li>Annotation file format extended to allow
2581             Sequence_groups to be defined
2582           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2583             specified in preferences
2584           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2585             sequences
2586         </ul>
2587       </td>
2588       <td>
2589         <ul>
2590           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2591             installed
2592           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2593           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2594         </ul>
2595       </td>
2596     </tr>
2597     <tr>
2598       <td>
2599         <div align="center">
2600           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2601         </div>
2602       </td>
2603       <td>
2604         <ul>
2605           <li>Multiple views on alignment
2606           <li>Sequence feature editing
2607           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2608           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2609           <li>Background dependent text colour
2610           <li>Right align sequence ids
2611           <li>User-defined lower case residue colours
2612           <li>Format Menu
2613           <li>Select Menu
2614           <li>Menu item accelerator keys
2615           <li>Control-V pastes to current alignment
2616           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2617           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2618           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2619
2620
2621
2622
2623
2624
2625           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2626         </ul>
2627       </td>
2628       <td>
2629         <ul>
2630           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2631           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2632             calculations
2633           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2634             edits
2635           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2636             of alignment)
2637           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2638
2639
2640
2641
2642
2643
2644           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2645             display correctly
2646           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2647           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2648             analysis results
2649           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2650             &#8739;
2651           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2652           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2653           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2654
2655
2656
2657
2658
2659
2660         </ul>
2661       </td>
2662     </tr>
2663     <tr>
2664       <td>
2665         <div align="center">
2666           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2667         </div>
2668       </td>
2669       <td>
2670         <ul>
2671           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2672         </ul>
2673       </td>
2674       <td>
2675         <ul>
2676           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2677             sequence id panel has been resized</li>
2678           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2679             rendered</li>
2680           <li>Annotation files with sequence references - all
2681             elements in file are relative to sequence position</li>
2682           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2683         </ul>
2684       </td>
2685     </tr>
2686     <tr>
2687       <td>
2688         <div align="center">
2689           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2690         </div>
2691       </td>
2692       <td>
2693         <ul>
2694           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2695           <li>DAS Feature fetching</li>
2696           <li>Hide sequences and columns</li>
2697           <li>Export Annotations and Features</li>
2698           <li>GFF file reading / writing</li>
2699           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2700             files</li>
2701           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2702           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2703           <li>Applet can launch the full application</li>
2704           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2705             required)</li>
2706           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2707           <li>Applet can load sequences from parameter
2708             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2709           </li>
2710         </ul>
2711       </td>
2712       <td>
2713         <ul>
2714           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2715           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2716           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719     </tr>
2720     <tr>
2721       <td>
2722         <div align="center">
2723           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2724         </div>
2725       </td>
2726       <td>
2727         <ul>
2728           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2729           <li>Choose to match case when searching</li>
2730           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2731             expand the visible width and height of the alignment</li>
2732         </ul>
2733       </td>
2734       <td>
2735         <ul>
2736           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2737         </ul>
2738       </td>
2739     </tr>
2740     <tr>
2741       <td>
2742         <div align="center">
2743           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2744         </div>
2745       </td>
2746       <td>&nbsp;</td>
2747       <td>
2748         <ul>
2749           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2750           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2751             value</li>
2752         </ul>
2753       </td>
2754     </tr>
2755     <tr>
2756       <td>
2757         <div align="center">
2758           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2759         </div>
2760       </td>
2761       <td>
2762         <ul>
2763           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2764           <li>Keyboard editing</li>
2765           <li>Create sequence features from searches</li>
2766           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2767             alignments</li>
2768           <li>Features file allows grouping of features</li>
2769           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2770           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2771           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2772         </ul>
2773       </td>
2774       <td>
2775         <ul>
2776           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2777           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2778             descriptions saved.</li>
2779         </ul>
2780       </td>
2781     </tr>
2782     <tr>
2783       <td>
2784         <div align="center">
2785           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2786         </div>
2787       </td>
2788       <td>
2789         <ul>
2790           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2791           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2792           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2793             name for file output</li>
2794           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2795           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2796             used for HTML form input</li>
2797         </ul>
2798       </td>
2799       <td>
2800         <ul>
2801           <li>HTML output writes groups and features</li>
2802           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2803           <li>File IO bugs</li>
2804         </ul>
2805       </td>
2806     </tr>
2807     <tr>
2808       <td>
2809         <div align="center">
2810           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2811         </div>
2812       </td>
2813       <td>
2814         <ul>
2815           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2816           <li>More options for PCA viewer</li>
2817         </ul>
2818       </td>
2819       <td>
2820         <ul>
2821           <li>GUI bugs resolved</li>
2822           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2823         </ul>
2824       </td>
2825     </tr>
2826     <tr>
2827       <td height="63">
2828         <div align="center">
2829           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2830         </div>
2831       </td>
2832       <td>
2833         <ul>
2834           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2835           <li>Jar files are executable</li>
2836           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2837         </ul>
2838       </td>
2839       <td>
2840         <ul>
2841           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2842           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2843           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2844         </ul>
2845       </td>
2846     </tr>
2847     <tr>
2848       <td>
2849         <div align="center">
2850           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2851         </div>
2852       </td>
2853       <td>
2854         <ul>
2855           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2856         </ul>
2857       </td>
2858       <td>
2859         <ul>
2860           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2861         </ul>
2862       </td>
2863     </tr>
2864     <tr>
2865       <td>
2866         <div align="center">
2867           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2868         </div>
2869       </td>
2870       <td>
2871         <ul>
2872           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2873             size</li>
2874         </ul>
2875       </td>
2876       <td>
2877         <ul>
2878           <li>Improved JPred client reliability</li>
2879           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2880         </ul>
2881       </td>
2882     </tr>
2883     <tr>
2884       <td>
2885         <div align="center">
2886           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2887         </div>
2888       </td>
2889       <td>
2890         <ul>
2891           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2892           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2893           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2894             to Colour Menu</li>
2895           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2896           <li>Unix users can set default web browser</li>
2897           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2898           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2899         </ul>
2900       </td>
2901       <td>
2902         <ul>
2903           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2904         </ul>
2905       </td>
2906     </tr>
2907     <tr>
2908       <td>
2909         <div align="center">
2910           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2911         </div>
2912       </td>
2913       <td>&nbsp;</td>
2914       <td>
2915         <ul>
2916           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2917             alignment order.</li>
2918         </ul>
2919       </td>
2920     </tr>
2921     <tr>
2922       <td>
2923         <div align="center">
2924           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2925         </div>
2926       </td>
2927       <td>
2928         <ul>
2929           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2930           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2931           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2932             annotations.</li>
2933           <li>Version and build date written to build properties
2934             file.</li>
2935           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2936             at launch of Jalview.</li>
2937         </ul>
2938       </td>
2939       <td>
2940         <ul>
2941           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2942           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2943           <li>Can remove groups one by one.</li>
2944           <li>Filechooser icons installed.</li>
2945           <li>Finder ignores return character when searching.
2946             Return key will initiate a search.<br>
2947           </li>
2948         </ul>
2949       </td>
2950     </tr>
2951     <tr>
2952       <td>
2953         <div align="center">
2954           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2955         </div>
2956       </td>
2957       <td>
2958         <ul>
2959           <li>New codebase</li>
2960         </ul>
2961       </td>
2962       <td>&nbsp;</td>
2963     </tr>
2964   </table>
2965   <p>&nbsp;</p>
2966 </body>
2967 </html>