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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Release History</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Release History</strong></p>
  24 <table border="1">
  25         <tr>
  26                 <td width="60" nowrap>
  27                 <div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div>
  28                 </td>
  29                 <td>
  30                 <div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div>
  31                 </td>
  32                 <td>
  33                 <div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div>
  34                 </td>
  35         </tr>
  36         <tr>
  37                 <td>
  38                 <div align="center"><strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br>
  39                 <em>14/6/2010</em></div>
  40                 </td>
  41                 <td></td>
  42                 <td>
  43                 <ul>
  44                         <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long sequence IDs
  45                         </li>
  46                         <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when both
  47                         D+E are present in over 50% of the column</li>
  48                         <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not import
  49                         correctly</li>
  50                         <li>More columns get selected than were clicked on when a number
  51                         of columns are hidden</li>
  52                         <li>annotation label popup menu not providing correct
  53                         add/hide/show options when rows are hidden or none are present</li>
  54                         <li>Stockholm format shown in list of readable formats, and
  55                         parser copes better with alignments from RFAM.</li>
  56                         <li>CSV output of consensus only includes the percentage of all
  57                         symbols if sequence logo display is enabled</li>
  58
  59                 </ul>
  60                 <em>Applet</em>
  61                 <ul>
  62                         <li>annotation panel disappears when annotation is
  63                         hidden/removed</li>
  64                 </ul>
  65                 <em>Application</em>
  66                 <ul>
  67                         <li>Alignment view not redrawn properly when new alignment
  68                         opened where annotation panel is visible but no annotations are
  69                         present on alignment</li>
  70                         <li>pasted region containing hidden columns is incorrectly
  71                         displayed in new alignment window</li>
  72                         <li>Jalview slow to complete operations when stdout is flooded
  73                         (fix is to close the Jalview console)</li>
  74                         <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
  75                         selected Rregions menu item.</li>
  76                         <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry 'Un' or
  77                         'Non'conserved</li>
  78                         <li>Sequence feature settings are being shared by multiple
  79                         distinct alignments</li>
  80                         <li>group annotation not recreated when tree partition is
  81                         changed</li>
  82                         <li>double click on group annotation to select sequences does
  83                         not propagate to associated trees</li>
  84                         <li>Mac OSX specific issues:
  85                         <ul>
  86                                 <li>exception raised when mouse clicked on desktop window
  87                                 background</li>
  88                                 <li>Desktop menu placed on menu bar and application name set
  89                                 correctly</li>
  90                                 <li>sequence feature settings not wide enough for the save
  91                                 feature colourscheme button</li>
  92                         </ul>
  93                         </li>
  94                 </ul>
  95                 </td>
  96         </tr>
  97         <tr>
  98
  99                 <td>
 100                 <div align="center"><strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br>
 101                 <em>30/4/2010</em></div>
 102                 </td>
 103                 <td>
 104                 <em>New Capabilities</em>
 105                 <ul>
 106                         <li>URL links generated from description line for
 107                         regular-expression based URL links (applet and application)
 108                         <li>Non-positional feature URL links are shown in link menu</li>
 109                         <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and structures</li>
 110                         <li>Automatic Scrolling option in View menu to display the
 111                         currently highlighted region of an alignment.</li>
 112                         <li>Order an alignment by sequence length, or using the average score or total feature count for each sequence.</li>
 113                         <li>Shading features by score or associated description</li>
 114                         <li>Subdivide alignment and groups based on identity of selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
 115                         <li>New hide/show options including Shift+Control+H to hide everything but the currently selected region.</li>
 116                         <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
 117 </ul>
 118 <em>Application</em>
 119 <ul>
 120         <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to support
 121         retrieval from DAS sequence sources</li>
 122         <li>Local DAS Sequence sources can be added via the command line
 123         or via the Add local source dialog box.</li>
 124         <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as database
 125         references and protein_name is parsed as description line (BioSapiens
 126         terms).</li>
 127         <li>Enable or disable non-positional feature and database
 128         references in sequence ID tooltip from View menu in application.</li>
 129         <!--                    <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
 130                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
 131         <li>Group-associated consensus, sequence logos and conservation
 132         plots</li>
 133         <li>Symbol distributions for each column can be exported and
 134         visualized as sequence logos</li>
 135         <li>Optionally scale multi-character column labels to fit within
 136         each column of annotation row<!-- todo for applet --></li>
 137         <li>Optional automatic sort of associated alignment view when a
 138         new tree is opened.</li>
 139         <li>Jalview Java Console</li>
 140         <li>Better placement of desktop window when moving between different screens.</li>
 141         <li>New preference items for sequence ID tooltip and consensus
 142         annotation</li>
 143         <li>Client to submit sequences and IDs to <a
 144                 href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a> Workflows</li>
 145         <li><em>Vamsas Capabilities</em>
 146         <ul>
 147                 <li>Improved VAMSAS synchronization (jalview archive used to
 148                 preserve views, structures, and tree display settings)</li>
 149                 <li>Import of vamsas documents from disk or URL via command line</li>
 150                 <li>Sharing of selected regions between views and with other
 151                 VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
 152                 <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
 153         </ul>
 154         </li>
 155 </ul>
 156 <em>Applet</em>
 157 <ul>
 158         <li>Middle button resizes annotation row height</li>
 159         <li>New Parameters
 160         <ul>
 161                 <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the associated
 162                 alignment view by the tree when a new tree is opened.</li>
 163                 <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide branch
 164                 bootstraps (default is to show them if available)</li>
 165                 <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide branch lengths
 166                 (default is to show them if available)</li>
 167                 <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if unassociated
 168                 nodes should be highlighted in the tree view</li>
 169                 <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) - increase the
 170                 height or width of a cell in the alignment grid relative to the
 171                 current font size.</li>
 172         </ul>
 173         </li>
 174         <li>Non-positional features displayed in sequence ID tooltip</li>
 175 </ul>
 176 <em>Other</em>
 177 <ul>
 178         <li>Features format: graduated colour definitions and
 179         specification of feature scores</li>
 180         <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
 181         associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display properties
 182         (ROW_PROPERTIES)</li>
 183         <li>XML formats extended to support graduated feature
 184         colourschemes, group associated annotation, and profile visualization
 185         settings.</li>
 186         </td>
 187         <td>
 188         <ul>
 189                 <li>Source field in GFF files parsed as feature source rather
 190                 than description</li>
 191                 <li>Non-positional features are now included in sequence feature
 192                 and gff files (controlled via non-positional feature visibility in
 193                 tooltip).</li>
 194                 <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
 195                 <li>Added URL embedding instructions to features file
 196                 documentation.</li>
 197                 <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as 'X' in
 198                 peptide product</li>
 199                 <li>Match case switch in find dialog box works for both sequence
 200                 ID and sequence string and query strings do not have to be in upper
 201                 case to match case-insensitively.</li>
 202                 <li>AMSA files only contain first column of multi-character
 203                 column annotation labels</li>
 204                 <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent with
 205                 documentation (e.g. Stockholm annotation can be exported and
 206                 re-imported)</li>
 207                 <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly name</li>
 208                 <li>Find incrementally searches ID string matches as well as
 209                 subsequence matches, and correctly reports total number of both.</li>
 210                 <li>Application:
 211                 <ul>
 212                         <li>Better handling of exceptions during sequence retrieval</li>
 213                         <li>Dasobert generated non-positional feature URL link text
 214                         excludes the start_end suffix</li>
 215                         <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled when fetch
 216                         or registry operations in progress.</li>
 217                         <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
 218                         <li>Sequence description lines properly shared via VAMSAS</li>
 219                         <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all data
 220                         sources</li>
 221                         <li>Ensured that command line das feature retrieval completes
 222                         before alignment figures are generated.</li>
 223                         <li>Reduced time taken when opening file browser for first time.</li>
 224                         <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or submitting
 225                         an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
 226                         <li>User defined group colours properly recovered from Jalview projects.</li>
 227                 </ul>
 228                 </li>
 229         </ul>
 230         </td>
 231
 232         </tr>
 233         <tr>
 234                 <td>
 235                 <div align="center"><strong>2.4.0.b2</strong><br>
 236                 28/10/2009</div>
 237                 </td>
 238                 <td>
 239                 <ul>
 240                         <li>Experimental support for google analytics usage tracking.</li>
 241                         <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
 242                 </ul>
 243                 </td>
 244                 <td>
 245                 <ul>
 246                         <li>Race condition in applet preventing startup in jre1.6.0u12+.</li>
 247                         <li>Exception when feature created from selection beyond length
 248                         of sequence.</li>
 249                         <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
 250                         <li>Sequence associated annotation rows associate with all
 251                         sequences with a given id</li>
 252                         <li>Find function matches case-insensitively for sequence ID
 253                         string searches</li>
 254                         <li>Non-standard characters do not cause pairwise alignment to
 255                         fail with exception</li>
 256                 </ul>
 257                 <em>Application Issues</em>
 258                 <ul>
 259                         <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
 260                         <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all data
 261                         sources</li>
 262                 </ul>
 263                 <em>InstallAnywhere Issues</em>
 264                 <ul>
 265                         <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update issue with
 266                         installAnywhere mechanism)</li>
 267                         <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere version
 268                         (java class versioning error fixed)</li>
 269                 </ul>
 270                 </td>
 271         </tr>
 272         <tr>
 273                 <td>
 274
 275                 <div align="center"><strong>2.4</strong><br>
 276                 27/8/2008</div>
 277                 </td>
 278                 <td><em>User Interface</em>
 279                 <ul>
 280                         <li>Linked highlighting of codon and amino acid from translation
 281                         and protein products</li>
 282                         <li>Linked highlighting of structure associated with residue
 283                         mapping to codon position</li>
 284                         <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers and
 285                         'clear' button</li>
 286                         <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's Tools menu</li>
 287                         <li>Extract score function to parse whitespace separated numeric
 288                         data in description line</li>
 289                         <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
 290                         <li>Tooltip for sequence associated annotation give name of
 291                         sequence</li>
 292                 </ul>
 293                 <em>Web Services and URL fetching</em>
 294                 <ul>
 295                         <li>JPred3 web service</li>
 296                         <li>Prototype sequence search client (no public services
 297                         available yet)</li>
 298                         <li>Fetch either seed alignment or full alignment from PFAM</li>
 299                         <li>URL Links created for matching database cross references as
 300                         well as sequence ID</li>
 301                         <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
 302                 </ul>
 303                 <em>Sequence Database Connectivity</em>
 304                 <ul>
 305                         <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other databases
 306                         </li>
 307                         <li>Generalised database reference retrieval and validation to
 308                         all fetchable databases</li>
 309                         <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the sequence
 310                         command</li>
 311                 </ul>
 312                 <em>Import and Export</em>
 313                 <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
 314                 <li>Jalview projects record alignment dataset associations, EMBL
 315                 products, and cDNA sequence mappings</li>
 316                 <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation File</li>
 317                 <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
 318                 triplet as name of colourscheme</li>
 319 </ul>
 320 <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
 321 <ul>
 322         <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
 323         <li>local editing and update of sequences in VAMSAS alignments
 324         (experimental)</li>
 325         <li>Create new or select existing session to join</li>
 326         <li>load and save of vamsas documents</li>
 327 </ul>
 328 <em>Application command line</em>
 329 <ul>
 330         <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing from
 331         applet)</li>
 332         <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames of DAS
 333         servers to query for alignment features</li>
 334         <li>-dasserver command line argument to add new servers that are
 335         also automatically queried for features</li>
 336         <li>-groovy command line argument executes a given groovy script
 337         after all input data has been loaded and parsed</li>
 338 </ul>
 339 <em>Applet-Application data exchange</em>
 340 <ul>
 341         <li>Trees passed as applet parameters can be passed to application
 342         (when using &quot;View in full application&quot;)</li>
 343 </ul>
 344 <em>Applet Parameters</em>
 345 <ul>
 346         <li>feature group display control parameter</li>
 347         <li>debug parameter</li>
 348         <li>showbutton parameter</li>
 349 </ul>
 350 <em>Applet API methods</em>
 351 <ul>
 352         <li>newView public method</li>
 353         <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
 354         <li>Feature display control methods</li>
 355         <li>get list of currently selected sequences</li>
 356 </ul>
 357 <em>New Jalview distribution features</em>
 358 <ul>
 359         <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
 360         <li>RELEASE file gives build properties for the latest Jalview
 361         release.</li>
 362         <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate property
 363         controls execution of obfuscator</li>
 364         <li>Build target for generating source distribution</li>
 365         <li>Debug flag for javacc</li>
 366         <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
 367         jalview.bin.Cache</li>
 368         <li>Continuous Build Integration for stable and development
 369         version of Application, Applet and source distribution</li>
 370 </ul>
 371
 372 </td>
 373 <td>
 374 <ul>
 375         <li>selected region output includes visible annotations (for
 376         certain formats)</li>
 377         <li>edit label/displaychar contains existing label/char for
 378         editing</li>
 379         <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
 380         <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
 381         <li>Newick string generator makes compact representations</li>
 382         <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with comments</li>
 383         <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing filenames
 384         containing a ':'</li>
 385         <li>Fixed exception when parsing GFF files containing global
 386         sequence features</li>
 387         <li>Alignment datasets are finalized only when number of
 388         references from alignment sequences goes to zero</li>
 389         <li>Close of tree branch colour box without colour selection
 390         causes cascading exceptions</li>
 391         <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
 392         <li>better reporting of non-fatal warnings to user when file
 393         parsing fails.</li>
 394         <li>Save works when Jalview project is default format</li>
 395         <li>Save as dialog opened if current alignment format is not a
 396         valid output format</li>
 397         <li>Uniprot canonical names introduced for both das and vamsas</li>
 398         <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
 399         <li>error messages passed up and output when data read fails</li>
 400         <li>edit undo recovers previous dataset sequence when sequence is
 401         edited</li>
 402         <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like those
 403         generated by MODELLER) to be read in properly</li>
 404         <li>allow reading of JPred concise files as a normal filetype</li>
 405         <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties import
 406         fixed for PFAM records</li>
 407         <li>Structure view windows have correct name in Desktop window
 408         list</li>
 409         <li>annotation consisting of sequence associated scores can be
 410         read and written correctly to annotation file</li>
 411         <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works correctly</li>
 412         <li>Fixed display of hidden sequence markers and non-italic font
 413         for representatives in Applet</li>
 414         <li>Applet Menus are always embedded in applet window on Macs.</li>
 415         <li>Newly shown features appear at top of stack (in Applet)</li>
 416         <li>Annotations added via parameter not drawn properly due to null
 417         pointer exceptions</li>
 418         <li>Secondary structure lines are drawn starting from first column
 419         of alignment</li>
 420         <li>Uniprot XML import updated for new schema release in July 2008</li>
 421         <li>Sequence feature to sequence ID match for Features file is
 422         case-insensitive</li>
 423         <li>Sequence features read from Features file appended to all
 424         sequences with matching IDs</li>
 425         <li>PDB structure coloured correctly for associated views
 426         containing a sub-sequence</li>
 427         <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
 428         <li>feature and annotation file applet parameters referring to
 429         different directories are retrieved correctly</li>
 430         <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
 431         <li>Fixed application hang whilst waiting for splash-screen
 432         version check to complete</li>
 433         <li>Applet properly URLencodes input parameter values when passing
 434         them to the launchApp service</li>
 435         <li>display name and local features preserved in results retrieved
 436         from web service</li>
 437         <li>Visual delay indication for sequence retrieval and sequence
 438         fetcher initialisation</li>
 439         <li>updated Application to use DAS 1.53e version of dasobert DAS
 440         client</li>
 441         <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file association</li>
 442         <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
 443         sequences</li>
 444 </ul>
 445 </td>
 446 </tr>
 447 <tr>
 448         <td>
 449         <div align="center"><strong>2.3</strong><br>
 450         9/5/07</div>
 451         </td>
 452         <td>
 453         <ul>
 454                 <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
 455                 <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
 456                 <li>Slide sequences</li>
 457                 <li>Edit sequence in place</li>
 458                 <li>EMBL CDS features</li>
 459                 <li>DAS Feature mapping</li>
 460                 <li>Feature ordering</li>
 461                 <li>Alignment Properties</li>
 462                 <li>Annotation Scores</li>
 463                 <li>Sort by scores</li>
 464                 <li>Feature/annotation editing in applet</li>
 465         </ul>
 466         </td>
 467         <td>
 468         <ul>
 469                 <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
 470                 <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
 471                 <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
 472                 <li>Feature group display state in XML</li>
 473                 <li>Feature ordering in XML</li>
 474                 <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
 475                 <li>Stockholm alignment properties</li>
 476                 <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
 477                 <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
 478                 <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
 479                 <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
 480         </ul>
 481         </td>
 482
 483 </tr>
 484 <tr>
 485         <td>
 486         <div align="center"><strong>2.2.1</strong><br>
 487         12/2/07</div>
 488         </td>
 489         <td>
 490         <ul>
 491                 <li>Non standard characters can be read and displayed
 492                 <li>Annotations/Features can be imported/exported to the applet
 493                 via textbox
 494                 <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group name &amp;
 495                 description
 496                 <li>Preference setting to display sequence name in italics
 497                 <li>Annotation file format extended to allow Sequence_groups to
 498                 be defined
 499                 <li>Default opening of alignment overview panel can be specified
 500                 in preferences
 501                 <li>PDB residue numbering annotation added to associated
 502                 sequences
 503         </ul>
 504         </td>
 505         <td>
 506         <ul>
 507                 <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6 installed
 508                 <li>Annotation file export / import bugs fixed
 509                 <li>PNG / EPS image output bugs fixed
 510         </ul>
 511         </td>
 512 </tr>
 513 <tr>
 514         <td>
 515         <div align="center"><strong>2.2</strong><br>
 516         27/11/06</div>
 517         </td>
 518         <td>
 519         <ul>
 520                 <li>Multiple views on alignment
 521                 <li>Sequence feature editing
 522                 <li>&quot;Reload&quot; alignment
 523                 <li>&quot;Save&quot; to current filename
 524                 <li>Background dependent text colour
 525                 <li>Right align sequence ids
 526                 <li>User-defined lower case residue colours
 527                 <li>Format Menu
 528                 <li>Select Menu
 529                 <li>Menu item accelerator keys
 530                 <li>Control-V pastes to current alignment
 531                 <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
 532                 <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
 533                 <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
 534                 <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
 535         </ul>
 536         </td>
 537         <td>
 538         <ul>
 539                 <li>New memory efficient Undo/Redo System
 540                 <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
 541                 calculations
 542                 <li>Region Conservation/Consensus recalculated after edits
 543                 <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end of
 544                 alignment)
 545                 <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
 546                 <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions display
 547                 correctly
 548                 <li>Re-instated Zoom function for PCA
 549                 <li>Sequence descriptions conserved in web service analysis
 550                 results
 551                 <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by &#8739;
 552                 <li>WsDbFetch query/result association resolved
 553                 <li>Tree leaf to sequence mapping improved
 554                 <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
 555         </ul>
 556         </td>
 557 </tr>
 558 <tr>
 559         <td>
 560         <div align="center"><strong>2.1.1</strong><br>
 561         12/9/06</div>
 562         </td>
 563         <td>
 564         <ul>
 565                 <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
 566         </ul>
 567         </td>
 568         <td>
 569         <ul>
 570                 <li>Image output - rightmost residues are rendered if sequence id
 571                 panel has been resized</li>
 572                 <li>Image output - all offscreen group boundaries are rendered</li>
 573                 <li>Annotation files with sequence references - all elements in
 574                 file are relative to sequence position</li>
 575                 <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
 576         </ul>
 577         </td>
 578 </tr>
 579 <tr>
 580         <td>
 581         <div align="center"><strong>2.1</strong><br>
 582         22/8/06</div>
 583         </td>
 584         <td>
 585         <ul>
 586                 <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
 587                 <li>DAS Feature fetching</li>
 588                 <li>Hide sequences and columns</li>
 589                 <li>Export Annotations and Features</li>
 590                 <li>GFF file reading / writing</li>
 591                 <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>
 592                 <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
 593                 <li>Recently opened files / URL lists</li>
 594                 <li>Applet can launch the full application</li>
 595                 <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>
 596                 <li>Applet has user defined colours parameter</li>
 597                 <li>Applet can load sequences from parameter &quot;sequence<em>x</em>&quot;</li>
 598         </ul>
 599         </td>
 600         <td>
 601         <ul>
 602                 <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
 603                 <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
 604                 <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
 605         </ul>
 606         </td>
 607 </tr>
 608 <tr>
 609         <td>
 610         <div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>
 611         2/5/06</div>
 612         </td>
 613         <td>
 614         <ul>
 615                 <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
 616                 <li>Choose to match case when searching</li>
 617                 <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand
 618                 the visible width and height of the alignment</li>
 619         </ul>
 620         </td>
 621         <td>
 622         <ul>
 623                 <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
 624         </ul>
 625         </td>
 626 </tr>
 627 <tr>
 628         <td>
 629         <div align="center"><strong>2.08b</strong><br>
 630         18/4/06</div>
 631         </td>
 632         <td>&nbsp;</td>
 633         <td>
 634         <ul>
 635                 <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
 636                 <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>
 637         </ul>
 638         </td>
 639 </tr>
 640 <tr>
 641         <td>
 642         <div align="center"><strong>2.08</strong><br>
 643         10/4/06</div>
 644         </td>
 645         <td>
 646         <ul>
 647                 <li>Editing can be locked to the selection area</li>
 648                 <li>Keyboard editing</li>
 649                 <li>Create sequence features from searches</li>
 650                 <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>
 651                 <li>Features file allows grouping of features</li>
 652                 <li>Annotation Colouring scheme added</li>
 653                 <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
 654                 <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
 655         </ul>
 656         </td>
 657         <td>
 658         <ul>
 659                 <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
 660                 <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
 661                 descriptions saved.</li>
 662         </ul>
 663         </td>
 664 </tr>
 665 <tr>
 666         <td>
 667         <div align="center"><strong>2.07</strong><br>
 668         12/12/05</div>
 669         </td>
 670         <td>
 671         <ul>
 672                 <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
 673                 <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
 674                 <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for
 675                 file output</li>
 676                 <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
 677                 <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for
 678                 HTML form input</li>
 679         </ul>
 680         </td>
 681         <td>
 682         <ul>
 683                 <li>HTML output writes groups and features</li>
 684                 <li>Group editing is Control and mouse click</li>
 685                 <li>File IO bugs</li>
 686         </ul>
 687         </td>
 688 </tr>
 689 <tr>
 690         <td>
 691         <div align="center"><strong>2.06</strong><br>
 692         28/9/05</div>
 693         </td>
 694         <td>
 695         <ul>
 696                 <li>View annotations in wrapped mode</li>
 697                 <li>More options for PCA viewer</li>
 698         </ul>
 699         </td>
 700         <td>
 701         <ul>
 702                 <li>GUI bugs resolved</li>
 703                 <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
 704         </ul>
 705         </td>
 706 </tr>
 707 <tr>
 708         <td height="63">
 709         <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>
 710         15/9/05</div>
 711         </td>
 712         <td>
 713         <ul>
 714                 <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
 715                 <li>Jar files are executable</li>
 716                 <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
 717         </ul>
 718         </td>
 719         <td>
 720         <ul>
 721                 <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
 722                 <li>Overview window calculated more efficiently</li>
 723                 <li>Several GUI bugs resolved</li>
 724         </ul>
 725         </td>
 726 </tr>
 727 <tr>
 728         <td>
 729         <div align="center"><strong>2.05</strong><br>
 730         30/8/05</div>
 731         </td>
 732         <td>
 733         <ul>
 734                 <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
 735         </ul>
 736         </td>
 737         <td>
 738         <ul>
 739                 <li>Several GUI bugs resolved</li>
 740         </ul>
 741         </td>
 742 </tr>
 743 <tr>
 744         <td>
 745         <div align="center"><strong>2.04</strong><br>
 746         24/8/05</div>
 747         </td>
 748         <td>
 749         <ul>
 750                 <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>
 751         </ul>
 752         </td>
 753         <td>
 754         <ul>
 755                 <li>Improved JPred client reliability</li>
 756                 <li>Improved loading of Jalview files</li>
 757         </ul>
 758         </td>
 759 </tr>
 760 <tr>
 761         <td>
 762         <div align="center"><strong>2.03</strong><br>
 763         18/8/05</div>
 764         </td>
 765         <td>
 766         <ul>
 767                 <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
 768                 <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
 769                 <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to
 770                 Colour Menu</li>
 771                 <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
 772                 <li>Unix users can set default web browser</li>
 773                 <li>Runs without GUI for batch processing</li>
 774                 <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
 775         </ul>
 776         </td>
 777         <td>
 778         <ul>
 779                 <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
 780         </ul>
 781         </td>
 782 </tr>
 783 <tr>
 784         <td>
 785         <div align="center"><strong>2.02</strong><br>
 786         18/7/05</div>
 787         </td>
 788         <td>&nbsp;</td>
 789         <td>
 790         <ul>
 791                 <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment
 792                 order.</li>
 793         </ul>
 794         </td>
 795 </tr>
 796 <tr>
 797         <td>
 798         <div align="center"><strong>2.01</strong><br>
 799         12/7/05</div>
 800         </td>
 801         <td>
 802         <ul>
 803                 <li>Use delete key for deleting selection.</li>
 804                 <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
 805                 <li>Help file updated to describe how to add alignment
 806                 annotations.</li>
 807                 <li>Version and build date written to build properties file.</li>
 808                 <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch
 809                 of Jalview.</li>
 810         </ul>
 811         </td>
 812         <td>
 813         <ul>
 814                 <li>Delete gaps bug fixed.</li>
 815                 <li>FileChooser sorts columns.</li>
 816                 <li>Can remove groups one by one.</li>
 817                 <li>Filechooser icons installed.</li>
 818                 <li>Finder ignores return character when searching. Return key
 819                 will initiate a search.<br>
 820                 </li>
 821         </ul>
 822         </td>
 823 </tr>
 824 <tr>
 825         <td>
 826         <div align="center"><strong>2.0</strong><br>
 827         20/6/05</div>
 828         </td>
 829         <td>
 830         <ul>
 831                 <li>New codebase</li>
 832         </ul>
 833         </td>
 834         <td>&nbsp;</td>
 835 </tr>
 836 </table>
 837 <p>&nbsp;</p>
 838 </body>
 839 </html>