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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
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  32
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  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
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  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
 100           <em>Testing and Deployment</em>
 101           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <em>General</em>
 106           <ul>
 107             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 108             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 109             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 110             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 111           </ul>
 112           <em>Desktop</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 115             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 116             </li>
 117             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 118             </li>
 119             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 120             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 121             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 122             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 123             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 124             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 125             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 126             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 127             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 128             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 129             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 130             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 131             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 132            </ul>
 133           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 134            <ul>
 135             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 136           </ul>
 137           </div>
 138       </td>
 139     </tr>
 140     <tr>
 141       <td width="60" nowrap>
 142         <div align="center">
 143           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 144             <em>2/10/2017</em></strong>
 145         </div>
 146       </td>
 147       <td><div align="left">
 148           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 149           <ul>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 152             </li>
 153             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 154             </li>
 155           </ul>
 156         </div></td>
 157       <td><div align="left">
 158         </div></td>
 159     </tr>
 160     <tr>
 161       <td width="60" nowrap>
 162         <div align="center">
 163           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 164             <em>7/9/2017</em></strong>
 165         </div>
 166       </td>
 167       <td><div align="left">
 168           <em></em>
 169           <ul>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 172               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 173               white)
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 177               Preferences
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 181               in size and progress bar shown as higher resolution
 182               overview is recalculated
 183             </li>
 184
 185           </ul>
 186         </div></td>
 187       <td><div align="left">
 188           <em></em>
 189           <ul>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 192               column region row by row
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 196               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 200               format setting is unticked
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 204               if group has show boxes format setting unticked
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 208               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 209               include sequences and columns not currently displayed
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 213               assemblies are imported via CIF file
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 217               displayed when threshold or conservation colouring is also
 218               enabled.
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 222               server version
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 226               dragging a selected region off the visible region of the
 227               alignment
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 231               colourscheme to all groups in a view
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 235               initially after font size change using the Font chooser or
 236               middle-mouse zoom
 237             </li>
 238           </ul>
 239         </div></td>
 240     </tr>
 241     <tr>
 242       <td width="60" nowrap>
 243         <div align="center">
 244           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 245         </div>
 246       </td>
 247       <td><div align="left">
 248           <em>Calculations</em>
 249           <ul>
 250
 251             <li>
 252               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 253               ungapped positions in each column of the alignment.
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 257               a calculation dialog box
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 261               and memory efficiency (~30x faster)
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 265               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 266               and other calculations
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 270               files within the Jalview codebase
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 274               Similarity may have different topology due to increased
 275               precision
 276             </li>
 277           </ul>
 278           <em>Rendering</em>
 279           <ul>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 282               model for alignments and groups
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 286               scripts
 287             </li>
 288           </ul>
 289           <em>Overview</em>
 290           <ul>
 291             <li>
 292               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 293               with alignment and overview windows
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 297               overview
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 301               omitted in Overview
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 305               adjustment of visible position
 306             </li>
 307           </ul>
 308
 309           <em>Data import/export</em>
 310           <ul>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 313               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 317               annotation input/output via stockholm flatfile
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 321               extension when importing structure files without embedded
 322               names or PDB accessions
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 326               format sequence substitution matrices
 327             </li>
 328           </ul>
 329           <em>User Interface</em>
 330           <ul>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 333               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 334               the application.
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 338               via Overview or sequence motif search operations
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 342               opened by double clicking gaps within sequence feature
 343               extent
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 347               aligned positions were available to create a 3D structure
 348               superposition.
 349             </li>
 350           </ul>
 351           <em>3D Structure</em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 355               coloured in linked structure views
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 359               file-based command exchange
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 363               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 364               structures are already available for sequences
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 368               the Jalview project rather than downloaded again when the
 369               project is reopened.
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 373               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 374               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 375                 Feature</strong>)
 376             </li>
 377           </ul>
 378           <em>Web Services</em>
 379           <ul>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 385               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 386               Analysis services
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 390               cross-references provided by identifiers.org and the
 391               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 392             </li>
 393           </ul>
 394
 395           <em>Scripting</em>
 396           <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 399               identifying file formats (instead of String constants)
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 403               efficiency when counting all displayed features (not
 404               backwards compatible with 2.10.1)
 405             </li>
 406           </ul>
 407           <em>Example files</em>
 408           <ul>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 411               included in the example feature file
 412             </li>
 413           </ul>
 414           <em>Documentation</em>
 415           <ul>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 418               with the built-in Java help viewer
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 422               sequence description' option
 423             </li>
 424           </ul>
 425           <em>Test Suite</em>
 426           <ul>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 429               Uniprot REST Free Text Search Client
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 436               during tests
 437             </li>
 438           </ul>
 439         </div></td>
 440       <td><div align="left">
 441           <em>Calculations</em>
 442           <ul>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 445               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 446               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 447             </li>
 448             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 449               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 450               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 451               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 452               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 453               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 454               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 455               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 456               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 457               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 458               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 459               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 460               // for 2.10.1 mode <br />
 461               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 462               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 463                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 464                 calculations (not recommended)</em></li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 467               scaling of branch lengths for trees computed using
 468               Sequence Feature Similarity.
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 472               generating output report when working with highly
 473               redundant alignments
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 477               right of selected region when gaps present on right-hand
 478               boundary
 479             </li>
 480           </ul>
 481           <em>User Interface</em>
 482           <ul>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 485               doesn't reselect a specific sequence's associated
 486               annotation after it was used for colouring a view
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 490               opened on a region of alignment without groups
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 494               of an alignment with overlapping groups
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 498               name and description match
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 502               hidden regions results in incorrect hidden regions
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 506               changing colour does not apply Conservation slider value
 507               to all groups
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 511               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 515               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 519               gaps before start of features
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 523               restored to UI when feature colour is edited
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 527               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 531               as graduate feature colour settings are modified via the
 532               dialog box
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 536               when a group defined on the alignment is resized
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 540               wrapped view result in positional status updates
 541             </li>
 542
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 545               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 549               alignment included gapped columns
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 553               widgets don't permanently disappear
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 557               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 558               T-Coffee column reliability scores)
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 562               sequence feature on gaps only
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 566               button from a Find inherit previously defined feature type
 567               rather than the Find query string
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 571               exporting tree calculated in Jalview
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 575               and then revealing them reorders sequences on the
 576               alignment
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 580               doesn't update to reflect available set of groups after
 581               interactively adding or modifying features
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 585               Linux
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 589               only excluded gaps in current sequence and ignored
 590               selection.
 591             </li>
 592           </ul>
 593           <em>Rendering</em>
 594           <ul>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 597               erratically when hidden rows or columns are present
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 601               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 602               sequence colouring
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 606               colour and group colour menu for protein alignments
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 610               reflect currently selected view or group's shading
 611               thresholds
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 615               when rendered on overview and structures when opacity at
 616               100%
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 620               overview when features overlaid on alignment
 621             </li>
 622           </ul>
 623           <em>Data import/export</em>
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 627               load
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 631               added after a sequence was imported are not written to
 632               Stockholm File
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 636               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 640               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 644               with lightGray or darkGray via features file (but can
 645               specify lightgray)
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 649               when alignment view imported from project
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 653               structure and sequences extracted from structure files
 654               imported via URL and viewed in Jmol
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 658               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 659               the project is loaded and the structure viewed
 660             </li>
 661           </ul>
 662           <em>Web Services</em>
 663           <ul>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 666               release of Ensembl v.88
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 670               appear enabled in Preferences->Connections
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 674               removed from console output
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 678               Ensembl by Peptide ID
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 682               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 683               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 684               due to 'null' string rather than empty string used for
 685               residues with no corresponding PDB mapping).
 686             </li>
 687           </ul>
 688           <em>Application UI</em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 692               menu
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 696               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 697               new documentation and tooltips added)
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 701               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 705               new features are added to alignment
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 709               changes to feature colours via the Amend features dialog
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 713               edit graduated feature colour via amend features dialog
 714               box
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 718               selection menu changes colours of alignment views
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 722               from alignment calculation workers after alignment has
 723               been closed
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 727               groups now 'Create Group'
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 731               Create/Undefine group doesn't always work
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 735               shown again after pressing 'Cancel'
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 739               adjusts start position in wrap mode
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 743               ambiguous amino acids
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 747               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 748               proteins
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 752               Defined' don't appear in Colours menu
 753             </li>
 754           </ul>
 755           <em>Applet</em>
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 759               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 763               overview or linked structure view
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 767               work (since 2.8)
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 771               user-defined colourscheme doesn't restore original
 772               colourscheme
 773             </li>
 774           </ul>
 775           <em>Test Suite</em>
 776           <ul>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 779               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 783               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 784               problems with deep array comparison equality asserts in
 785               successive versions of TestNG
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 789               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 790             </li>
 791           </ul>
 792           <em>New Known Issues</em>
 793           <ul>
 794             <li>
 795               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 796               phase after a sequence motif find operation
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 800               containing just upper and lower case letters are
 801               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 805               reliably from eggnog Ortholog database
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 809               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 810               to mark columns containing highlighted regions.
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 814               doesn't always add secondary structure annotation.
 815             </li>
 816           </ul>
 817         </div>
 818     <tr>
 819       <td width="60" nowrap>
 820         <div align="center">
 821           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 822         </div>
 823       </td>
 824       <td><div align="left">
 825           <em>General</em>
 826           <ul>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 829               for all consensus calculations
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 833               3rd Oct 2016)
 834             </li>
 835             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 836               for 2016-2017</li>
 837           </ul>
 838           <em>Application</em>
 839           <ul>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 842               set of database cross-references, sorted alphabetically
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 846               from database cross references. Users with custom links
 847               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 848                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 852               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 853               Chimera session
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 857               the Chimera it is connected to is shut down
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 861               columns menu item to mark columns containing highlighted
 862               regions (e.g. from structure selections or results of a
 863               Find operation)
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 867               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 868               MSAviewer
 869             </li>
 870           </ul>
 871         </div></td>
 872       <td>
 873         <div align="left">
 874           <em>General</em>
 875           <ul>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 878               are not coloured or thresholded according to percent
 879               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 883               hydrophobic
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 887               threshold, amino acid properties)
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 891               reported as mapped to residues in a structure file in the
 892               View Mapping report
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 896               could be added multiple times to a sequence
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 900               bond features shown as two highlighted residues rather
 901               than a range in linked structure views, and treated
 902               correctly when selecting and computing trees from features
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 906               cross-references are matched to database name regardless
 907               of case
 908             </li>
 909
 910           </ul>
 911           <em>Application</em>
 912           <ul>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 915               names without regular expressions also offer links from
 916               Sequence ID
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 920               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 921               update Jalview configuration
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 925               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 929               files with similarly named sequences if dropped onto the
 930               alignment
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 934               entries where more chains exist in the PDB accession than
 935               are reported in the SIFTS file
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 939               the structure view when displayed with Chimera
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 943               panel's View->Show Chains submenu
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 947               work for wrapped alignment views
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 951               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 955               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 956               first annotation row
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 960               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 964               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 965             </li>
 966             <!-- JAL-2319 -->
 967             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 968             coordindate data
 969             </li>
 970           </ul>
 971           <!--           <em>New Known Issues</em>
 972           <ul>
 973             <li></li>
 974           </ul> -->
 975         </div>
 976       </td>
 977     </tr>
 978     <td width="60" nowrap>
 979       <div align="center">
 980         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 981           <em>25/10/2016</em></strong>
 982       </div>
 983     </td>
 984     <td><em>Application</em>
 985       <ul>
 986         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 987           view if structures already loaded</li>
 988         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 989           structure views</li>
 990       </ul></td>
 991     <td>
 992       <div align="left">
 993         <em>General</em>
 994         <ul>
 995           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 996             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 997           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 998             example sequences/projects/trees</li>
 999         </ul>
1000         <em>Application</em>
1001         <ul>
1002           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1003             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1004           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1005             without timeout for structures with multiple models or
1006             multiple sequences in alignment</li>
1007           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1008             PDB ID HEADER line</li>
1009           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1010             is performed</li>
1011           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1012             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1013           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1014           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1015             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1016             option</li>
1017           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1018             is created on the alignment</li>
1019           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1020             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1021             pop-up menu</li>
1022         </ul>
1023         <em>Build and deployment</em>
1024         <ul>
1025           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1026             tags</li>
1027         </ul>
1028         <em>New Known Issues</em>
1029         <ul>
1030           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1031             on Windows</li>
1032         </ul>
1033       </div>
1034     </td>
1035     </tr>
1036     <tr>
1037       <td width="60" nowrap>
1038         <div align="center">
1039           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1040         </div>
1041       </td>
1042       <td><em>General</em>
1043         <ul>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1049             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1050             better PDB parsing.
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1054             reference sequence
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1058             mousing over sequence associated annotation
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1062             for manual entry
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1066             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1067             for each column
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1071             showing or hiding columns containing a feature
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1075             group and sequence associated annotation labels
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1079             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1080             dialogs
1081           </li>
1082
1083         </ul> <em>Application</em>
1084         <ul>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1087             gene/transcript view
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1091             dialog
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1095             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1099             Pfam sources to xfam.org
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1106             over sequences in Jalview
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1110             regions in ENA and EMBL
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1114             for record retrieval via ENA rest API
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1118             complement operator
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1122             groovy script execution
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1126             alignment window's Calculate menu
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1130             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1134             calculation workers from groovy scripts
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1138             Jalview projects
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1142             associations are now saved/restored from project
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1146             before sequence fetcher is opened
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1150             database chooser opens a sequence fetcher
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1154             the UniProt REST API
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1158             the news reader opening
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1162             querying stored in preferences
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1166             search results
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1170           </li>
1171           <li>
1172             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1173             menu for nucleotide sequences
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1177             and feature counts preserves alignment ordering (and
1178             debugged for complex feature sets).
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1182             viewing structures with Jalview 2.10
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1186             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1187             Ensembl Genomes REST API
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1191             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1192             (Ensembl)
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1196             sequences
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1200             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1201             data from external database records.
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1205             efficient recovery of sequence coding and alignment
1206             annotation relationships.
1207           </li>
1208         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1209         <ul>
1210           <li>
1211             -- JAL---
1212           </li>
1213         </ul> --></td>
1214       <td>
1215         <div align="left">
1216           <em>General</em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1220               menu on OSX
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1224               includes graduated colourschemes
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1228               working with big alignments and lots of hidden columns
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1232               at right of alignment window
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1236               contents
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1240               for DNA alignments
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1244               based tree calculation
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1248               unconserved enabled for group on alignment
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1252               set as reference
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1256               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1257               annotation
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1261               hidden columns present
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1265               user created annotation added to alignment
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1269               '()' base pair annotation
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1273               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1274               Consensus
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1278               feature not working
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1282               beginning of sequence
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1286               entry 3a6s
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1290               from a tree when t-coffee scores are shown
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1294               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1298               some structures
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1302               to Clustal, PIR and PileUp output
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1306               not visible causes alignment window to repaint
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1310               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1311               scores associated with features and annotation rows
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1315               calculation should be case independent
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1319               columns
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1323               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1324               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1328               problems when reference sequence defined and 'show
1329               non-conserved' enabled
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1333               load even when Consensus calculation is disabled
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1337               alignment does nothing
1338             </li>
1339           </ul>
1340           <em>Application</em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1344               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1345               yet fixed for El Capitan)
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1349               output when running on non-gb/us i18n platforms
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1353               hidden sequences as flat-file alignment
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1357               launching Chimera
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1361               (also hotfix for 2.9.0b2)
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1365               reference sequence defined
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1369               alignments and views when revealing hidden columns
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1373               view in a cDNA/Protein splitframe
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1377               sequence from project when only one sequence is
1378               represented
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1382               in Structure Chooser
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1386               structure consensus didn't refresh annotation panel
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1390               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1394               dialogs format columns correctly, don't display array
1395               data, sort columns according to type
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1399               file chooser is cancelled during an image export
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1403               sequence name containing special characters
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1407               case insensitive
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1411               formatting don't wrap
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1415               truncated so L looks like I in consensus annotation
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1419               currently displayed features for the current selection or
1420               view
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1424               after fetching cross-references, and restoring from
1425               project
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1429               followed in the structure viewer
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1433               splitframe not restored from project
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1437               trailing end of protein alignment in transcript/product
1438               splitview when pad-gaps not enabled by default
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1442               is case dependent
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1446               article has been read (reopened issue due to
1447               internationalisation problems)
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1451               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1452               cross-references
1453             </li>
1454
1455             <li>
1456               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1457               alignment as HTML
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1461               multiple structures are shown for one or more sequences.
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1465               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1466               is enabled.
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1470               specific PDB id for sequence
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1474               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1475               columns' is disabled.
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1479               selects lowest rather than highest resolution structures
1480               for each sequence
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1484               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1488               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1492               after clicking on it to create new annotation for a
1493               column.
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1497               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1498             </li>
1499             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1500             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1501           </ul>
1502           <em>Applet</em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1506               hidden columns present before start of sequence
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1510               (JSON jars)
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1514               sequences are hidden in applet
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1518               deployment on examples pages.
1519             </li>
1520           </ul>
1521         </div>
1522       </td>
1523     </tr>
1524     <tr>
1525       <td width="60" nowrap>
1526         <div align="center">
1527           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1528             <em>16/10/2015</em></strong>
1529         </div>
1530       </td>
1531       <td><em>General</em>
1532         <ul>
1533           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1534             jars</li>
1535         </ul></td>
1536       <td>
1537         <div align="left">
1538           <em>Application</em>
1539           <ul>
1540             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1541               shown when tree is partitioned</li>
1542             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1543               multiple cDNA/Protein split views</li>
1544           </ul>
1545         </div>
1546       </td>
1547     </tr>
1548     <tr>
1549       <td width="60" nowrap>
1550         <div align="center">
1551           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1552             <em>8/10/2015</em></strong>
1553         </div>
1554       </td>
1555       <td><em>General</em>
1556         <ul>
1557           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1558             2.9</li>
1559         </ul> <em>Application</em>
1560         <ul>
1561           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1562           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1563           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1564         </ul> <em>Applet</em>
1565         <ul>
1566           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1567         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1568         <ul>
1569           <li>
1570             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1571             suite
1572           </li>
1573         </ul></td>
1574       <td>
1575         <div align="left">
1576           <em>General</em>
1577           <ul>
1578             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1579               incorrect when sequence start > 1</li>
1580             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1581               documentation</li>
1582             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1583             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1584               loading a features file containing HTML tags in feature
1585               description</li>
1586
1587           </ul>
1588           <em>Application</em>
1589           <ul>
1590             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1591               reimport</li>
1592             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1593               with 'trim retrieved sequences'</li>
1594             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1595               deleting selected columns</li>
1596             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1597               JNLP templates for webstart launch</li>
1598             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1599               unreleased structures for download or viewing</li>
1600             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1601               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1602             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1603               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1604             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1605               recovered from jalview project</li>
1606             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1607               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1608               alignment view</li>
1609             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1610               color schemes from BioJSON</li>
1611           </ul>
1612           <em>Applet</em>
1613           <ul>
1614             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1615               frame</li>
1616             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1617           </ul>
1618         </div>
1619       </td>
1620     </tr>
1621     <tr>
1622       <td><div align="center">
1623           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1624         </div></td>
1625       <td><em>General</em>
1626         <ul>
1627           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1628             alignments:
1629             <ul>
1630               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1631                 and DNA alignment views</li>
1632               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1633                 cDNA alignment views</li>
1634               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1635                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1636               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1637                 protein sequences</li>
1638             </ul>
1639           </li>
1640           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1641           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1642             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1643           <li>New alignment annotation file statements for
1644             reference sequences and marking hidden columns</li>
1645           <li>Reference sequence based alignment shading to
1646             highlight variation</li>
1647           <li>Select or hide columns according to alignment
1648             annotation</li>
1649           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1650           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1651             acid conservation row</li>
1652           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1653         </ul> <em>Application</em>
1654         <ul>
1655           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1656             <ul>
1657               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1658                 view with cDNA/Protein</li>
1659               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1660                 sequences are placed in the same alignment</li>
1661               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1662                 projects</li>
1663             </ul>
1664           </li>
1665
1666           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1667           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1668             Jalview windows</li>
1669
1670           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1671           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1672           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1673             be shown in VARNA</li>
1674
1675           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1676             as the active selected region</li>
1677
1678           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1679             similarity</li>
1680           <li>New Export options
1681             <ul>
1682               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1683                 region export in flat file generation</li>
1684
1685               <li>Export alignment views for display with the <a
1686                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1687
1688               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1689               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1690                 alignment figures to HTML</li>
1691           </li>
1692           <li>3D structure retrieval and display
1693             <ul>
1694               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1695                 Search API</li>
1696               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1697                 PDB structures for a sequence set</li>
1698             </ul>
1699           </li>
1700
1701           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1702             predictions</li>
1703           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1704             for one or a group of sequences</li>
1705           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1706             from the JPred4 web server</li>
1707           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1708             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1709             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1710           </li>
1711           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1712             VARNA 2D Structure'</li>
1713           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1714             Structure ..."</li>
1715
1716         </ul> <em>Applet</em>
1717         <ul>
1718           <li>New layout for applet example pages</li>
1719           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1720             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1721           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1722             Protein alignments</li>
1723         </ul> <em>Development and deployment</em>
1724         <ul>
1725           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1726           <li>Include installation type and git revision in build
1727             properties and console log output</li>
1728           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1729             storing BioJsMSA Templates</li>
1730           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1731         </ul></td>
1732       <td>
1733         <!-- <em>General</em>
1734         <ul>
1735         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1736         <ul>
1737           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1738           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1739           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1740             predictions are not highlighted in amber</li>
1741           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1742             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1743           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1744             associated structure views</li>
1745           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1746             width checkbox not enabled</li>
1747           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1748             creating user defined colours</li>
1749           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1750             mappings for just that viewer's sequences</li>
1751           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1752             multiple models in Chimera</li>
1753           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1754             over Jmol structure</li>
1755           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1756             output to text box</li>
1757           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1758             have incorrect sequence start/end</li>
1759           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1760             Jalview fails</li>
1761           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1762             work for nucleotide</li>
1763           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1764             to a grey/invisible alignment window</li>
1765           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1766             imports to different position</li>
1767           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1768             on some platforms</li>
1769           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1770             populated</li>
1771           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1772             console if Chimera has been opened</li>
1773           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1774           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1775             retrieved</li>
1776           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1777           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1778             either sequence shows on first structure</li>
1779           <li>'Show annotations' options should not make
1780             non-positional annotations visible</li>
1781           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1782             in right place after 'view flanking regions'</li>
1783           <li>File Save As type unset when current file format is
1784             unknown</li>
1785           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1786             projects</li>
1787           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1788             responsive</li>
1789           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1790             several views on same alignment</li>
1791           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1792           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1793             spaces</li>
1794         </ul> <em>Applet</em>
1795         <ul>
1796           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1797           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1798             descriptions containing angle brackets</li>
1799         </ul> <em>General</em>
1800         <ul>
1801           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1802             via jalview annotation file</li>
1803           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1804             with RNA secondary structure</li>
1805           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1806             translation doesn't work.</li>
1807           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1808           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1809             positions</li>
1810           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1811             choosing 1pt font</li>
1812           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1813             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1814             'h'</li>
1815           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1816             new feature</li>
1817           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1818             order dependent</li>
1819           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1820             sequences</li>
1821           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1822         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1823         <ul>
1824           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1825             www.jalview.org</li>
1826         </ul> <em>Application Known issues</em>
1827         <ul>
1828           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1829           <li>Misleading message appears after trying to delete
1830             solid column.</li>
1831           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1832             version launches</li>
1833           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1834             fails with a sequence mismatch</li>
1835           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1836             scrolling alignment to right</li>
1837           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1838             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1839           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1840             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1841           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1842             ultra-high resolution</li>
1843           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1844             quality and conservation</li>
1845           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1846             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1847         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1848         <ul>
1849           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1850           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1851             window is being resized</li>
1852
1853         </ul>
1854       </td>
1855     </tr>
1856     <tr>
1857       <td><div align="center">
1858           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1859         </div></td>
1860       <td><em>General</em>
1861         <ul>
1862           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1863             Certum.PL.</li>
1864           <li>Features and annotation preserved when performing
1865             pairwise alignment</li>
1866           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1867             imported/exported/displayed</li>
1868           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1869             protein secondary structure</li>
1870           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1871               post-hoc with 2.9 release</em>)
1872           </li>
1873
1874         </ul> <em>Application</em>
1875         <ul>
1876           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1877             with 3D structures</li>
1878           <li>Support for parsing RNAML</li>
1879           <li>Annotations menu for layout
1880             <ul>
1881               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1882               <li>place sequence annotation above/below alignment
1883                 annotation</li>
1884             </ul>
1885           <li>Output in Stockholm format</li>
1886           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1887             translation</li>
1888           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1889           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1890             shared between alignments</li>
1891           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1892             Jalview</li>
1893           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1894             all or current selection</li>
1895           <li>disorder and secondary structure predictions
1896             available as dataset annotation</li>
1897           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1898
1899
1900           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1901             alignments from Rfam</li>
1902           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1903
1904           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1905             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1906           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1907           <li>include installation type in build properties and
1908             console log output</li>
1909           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1910             annotation</li>
1911         </ul></td>
1912       <td>
1913         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1914         <ul>
1915           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1916             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1917           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1918             alignment</li>
1919           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1920           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1921           <li>Double click on sequence associated annotation
1922             selects only first column</li>
1923           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1924             leaves shown in tree</li>
1925           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1926             properly</li>
1927           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1928           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1929             screen and buttons not visible</li>
1930           <li>author list isn't updated if already written to
1931             Jalview properties</li>
1932           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1933             from database</li>
1934           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1935           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1936             browser search window</li>
1937           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1938             in feature settings dialog</li>
1939           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1940             desktop</li>
1941           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1942             pass validation</li>
1943           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1944             fit on screen</li>
1945           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1946             tooltip</li>
1947           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1948             defined user preset</li>
1949           <li>MSA web services warns user if they were launched
1950             with invalid input</li>
1951           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1952             Java 8</li>
1953           <li>
1954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1955             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1956             created
1957           </li>
1958
1959         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1960         <ul>
1961         </ul> <em>General</em>
1962         <ul>
1963         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1964         <ul>
1965           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1966             memory allocation</li>
1967           <li>launchApp service doesn't automatically open
1968             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1969           <li>
1970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1971             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1972             1.7_055 is available
1973           </li>
1974         </ul> <em>Application Known issues</em>
1975         <ul>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1978             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1979             alignment to right
1980           </li>
1981           <li>
1982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1983             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1984             with large number of ID
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1988             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1989             start/end
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1993             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1994             structure tracks are rearranged
1995           </li>
1996           <li>
1997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1998             invalid rna structure positional highlighting does not
1999             highlight position of invalid base pairs
2000           </li>
2001           <li>
2002             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2003             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2004             project from alignment window file menu
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2008             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2009             structures
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2013             colour by RNA Helices not enabled when user created
2014             annotation added to alignment
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2018             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2019           </li>
2020         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2021         <ul>
2022           <li>
2023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2024             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2028             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2029           </li>
2030
2031           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2032             when selected</li>
2033         </ul>
2034       </td>
2035     </tr>
2036     <tr>
2037       <td><div align="center">
2038           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2039         </div></td>
2040       <td>
2041         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2042         <em>General</em>
2043         <ul>
2044           <li>Internationalisation of user interface (usually
2045             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2046           <li>Define/Undefine group on current selection with
2047             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2048           <li>Improved group creation/removal options in
2049             alignment/sequence Popup menu</li>
2050           <li>Sensible precision for symbol distribution
2051             percentages shown in logo tooltip.</li>
2052           <li>Annotation panel height set according to amount of
2053             annotation when alignment first opened</li>
2054         </ul> <em>Application</em>
2055         <ul>
2056           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2057             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2058           <li>Select columns containing particular features from
2059             Feature Settings dialog</li>
2060           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2061             sequences</li>
2062           <li>Update Jalview project format:
2063             <ul>
2064               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2065               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2066                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2067               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2068                 colouring</li>
2069             </ul>
2070           </li>
2071           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2072             (PAM250)</li>
2073           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2074             flanking regions for an alignment</li>
2075         </ul>
2076       </td>
2077       <td>
2078         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2079         <ul>
2080           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2081             running after job is cancelled</li>
2082           <li>cannot export features from alignments imported from
2083             Jalview/VAMSAS projects</li>
2084           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2085             float values</li>
2086           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2087             have 'display all symbols' flag set</li>
2088           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2089             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2090           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2091             Jalview</li>
2092           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2093             Lion/Webstart</li>
2094           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2095           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2096           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2097             alignment onto desktop</li>
2098           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2099             'extract scores' function</li>
2100           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2101             alignment window</li>
2102           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2103             performing IUPred disorder prediction</li>
2104           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2105             changing 'normalise logo' display setting</li>
2106           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2107             nothing matches query</li>
2108           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2109             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2110           </li>
2111           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2112             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2113           </li>
2114           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2115             Jalview's menu</li>
2116           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2117             'invalid literal/length code'</li>
2118           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2119             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2120           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2121             colourscheme</li>
2122
2123         </ul> <em>Applet</em>
2124         <ul>
2125           <li>Remove group option is shown even when selection is
2126             not a group</li>
2127           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2128             don't affect groups</li>
2129           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2130             colourscheme name</li>
2131           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2132             Annotation panel is not displayed</li>
2133           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2134             embedded windows</li>
2135         </ul> <em>Other</em>
2136         <ul>
2137           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2138             single sequence were not calculated</li>
2139           <li>annotation files that contain only groups imported as
2140             annotation and junk sequences</li>
2141           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2142             recognised as PFAM or BLC</li>
2143           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2144             doesn't affect background (2.8.0b1)
2145           <li></li>
2146           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2147           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2148             trailing gaps</li>
2149           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2150             registered correctly on import</li>
2151           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2152             certain alignments</li>
2153           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2154             existing annotation based 'use original colours'
2155             colourscheme loses original colours setting</li>
2156         </ul>
2157       </td>
2158     </tr>
2159     <tr>
2160       <td><div align="center">
2161           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2162             <em>30/1/2014</em></strong>
2163         </div></td>
2164       <td>
2165         <ul>
2166           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2167             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2168             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2169             open source project).
2170           </li>
2171           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2172           <li>Output in Stockholm format</li>
2173           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2174           <li>Export/import group and sequence associated line
2175             graph thresholds</li>
2176           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2177             ambiguity codes</li>
2178           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2179             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2180             works</li>
2181           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2182         </ul> <em>Other improvements</em>
2183         <ul>
2184           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2185           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2186             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2187           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2188             files</li>
2189           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2190           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2191             link but no description</li>
2192           <li>Select primary source when selecting authority in
2193             database fetcher GUI</li>
2194           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2195             Jalview</li>
2196           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2197         </ul>
2198       </td>
2199       <td>
2200         <ul>
2201           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2202             displayed</li>
2203           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2204             secondary structure annotation line</li>
2205           <li>Sequence database accessions not imported when
2206             fetching alignments from Rfam</li>
2207           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2208             identical IDs</li>
2209           <li>View all structures does not always superpose
2210             structures</li>
2211           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2212             reflect user or preset settings</li>
2213           <li>Null pointer exceptions for some services without
2214             presets or adjustable parameters</li>
2215           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2216             discover PDB xRefs</li>
2217           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2218             features with DAS</li>
2219           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2220             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2221           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2222             residue follows a gap</li>
2223           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2224             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2225           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2226             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2227           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2228             annotation already exists on alignment</li>
2229           <li>oninit javascript function should be called after
2230             initialisation completes</li>
2231           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2232             alignment window display</li>
2233           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2234           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2235             to annotation file</li>
2236           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2237             groups created</li>
2238           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2239             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2240           <li>Pressing return several times causes Number Format
2241             exceptions in keyboard mode</li>
2242           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2243             correct partitions for input data</li>
2244           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2245           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2246           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2247           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2248             mode</li>
2249           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2250             changes one row&#39;s threshold</li>
2251           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2252             doesn&#39;t open</li>
2253           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2254             quality histograms</li>
2255         </ul>
2256       </td>
2257     </tr>
2258     <tr>
2259       <td><div align="center">
2260           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2261         </div></td>
2262       <td><em>Application</em>
2263         <ul>
2264           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2265             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2266           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2267             preferences</li>
2268           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2269             in Jalview alignment window</li>
2270           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2271             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2272           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2273             RNA and ambiguity codes</li>
2274
2275           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2276           <li>Support fetching and database reference look up
2277             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2278             refs')</li>
2279           <li>Jalview project improvements
2280             <ul>
2281               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2282                 flag for annotation</li>
2283               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2284                 alignment</li>
2285               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2286                 Jalview project</li>
2287
2288             </ul>
2289           </li>
2290           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2291           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2292             running</li>
2293           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2294           <li>visual indication that web service results are still
2295             being retrieved from server</li>
2296           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2297             starts up for first time</li>
2298           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2299             services</li>
2300           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2301             client library</li>
2302           <li>Examples directory and Groovy library included in
2303             InstallAnywhere distribution</li>
2304         </ul> <em>Applet</em>
2305         <ul>
2306           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2307             visualization applet example</li>
2308         </ul> <em>General</em>
2309         <ul>
2310           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2311           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2312             defaults</li>
2313           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2314             calculation</li>
2315           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2316             matrices
2317           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2318             in HTML</li>
2319           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2320             structure contacts</li>
2321           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2322           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2323           <li>Parse sequence associated secondary structure
2324             information in Stockholm files</li>
2325           <li>HTML Export database accessions and annotation
2326             information presented in tooltip for sequences</li>
2327           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2328             style RNA alignment files</li>
2329           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2330             alignment</li>
2331           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2332             shade each sequence according to its associated alignment
2333             annotation</li>
2334           <li>New Jalview Logo</li>
2335         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2336         <ul>
2337           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2338           <li>New Website!</li>
2339         </ul></td>
2340       <td><em>Application</em>
2341         <ul>
2342           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2343             wsdbfetch REST service</li>
2344           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2345           <li>Filetype associations not installed for webstart
2346             launch</li>
2347           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2348             job execution in full once it is complete</li>
2349           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2350             uploaded via ali_file parameter</li>
2351           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2352           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2353           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2354             submitted for prediction</li>
2355           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2356             desktop window</li>
2357           <li>Putting fractional value into integer text box in
2358             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2359           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2360             windows 7</li>
2361           <li>View all structures fails with exception shown in
2362             structure view</li>
2363           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2364             escaped in a platform independent way</li>
2365           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2366             using proxy</li>
2367           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2368             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2369           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2370             failure when java web start temporary file caching is
2371             disabled</li>
2372           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2373             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2374           <li>Errors during processing of command line arguments
2375             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2376           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2377             DAS sources in sequence fetcher</li>
2378           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2379             dialog is shown</li>
2380           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2381           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2382           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2383           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2384             on OSX Mountain Lion</li>
2385           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2386             sequences with alignment annotation are pasted into the
2387             alignment</li>
2388           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2389             when loaded from Jalview project</li>
2390           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2391           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2392             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2393           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2394             associated with all views</li>
2395           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2396             annotation rows to new window</li>
2397         </ul> <em>Applet</em>
2398         <ul>
2399           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2400             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2401           <li>loading features via javascript API automatically
2402             enables feature display</li>
2403           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2404             work</li>
2405         </ul> <em>General</em>
2406         <ul>
2407           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2408           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2409             and then deselected</li>
2410           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2411           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2412             coloured with clustalx</li>
2413           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2414             exceptions and redraw errors</li>
2415           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2416             reconfigured view</li>
2417           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2418             colour</li>
2419           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2420             for lots of labels</li>
2421         </ul>
2422     </tr>
2423     <tr>
2424       <td>
2425         <div align="center">
2426           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2427         </div>
2428       </td>
2429       <td><em>Application</em>
2430         <ul>
2431           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2432           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2433           <li>View/alignment association menu to enable user to
2434             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2435             its colours/correspondences from</li>
2436           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2437           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2438             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2439           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2440           <li>Annotation row column label formatting attributes
2441             stored in project file</li>
2442           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2443             rows preserved in Jalview project file</li>
2444           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2445             saved using Desktop window menu</li>
2446           <li>Visual indication that command line arguments are
2447             still being processed</li>
2448           <li>Groovy script execution from URL</li>
2449           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2450             preferences</li>
2451           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2452             alignment with sequences that have high similarity and
2453             matching IDs</li>
2454           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2455           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2456             structures in same window</li>
2457           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2458           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2459             analysis function in its own submenu</li>
2460         </ul> <em>Applet</em>
2461         <ul>
2462           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2463             groups</li>
2464           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2465           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2466           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2467           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2468           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2469             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2470           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2471           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2472             parameters are treated as such</li>
2473           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2474             <ul>
2475               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2476               <li>Javascript callbacks for
2477                 <ul>
2478                   <li>Applet initialisation</li>
2479                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2480                 </ul>
2481               </li>
2482               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2483                 functions</li>
2484               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2485               <li>javascript structure viewer harness to pass
2486                 messages between Jmol and Jalview when running as
2487                 distinct applets</li>
2488               <li>sortBy method</li>
2489               <li>Set of applet and application examples shipped
2490                 with documentation</li>
2491               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2492                 javascript message exchange</li>
2493             </ul>
2494         </ul> <em>General</em>
2495         <ul>
2496           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2497             multiple alignments</li>
2498           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2499           <li>User configurable link to enable redirects to a
2500             www.Jalview.org mirror</li>
2501           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2502           <li>Configurable newline string when writing alignment
2503             and other flat files</li>
2504           <li>Allow alignment annotation description lines to
2505             contain html tags</li>
2506         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2507         <ul>
2508           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2509             examples</li>
2510           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2511             using a web service before displaying the result in the
2512             Jalview desktop</li>
2513           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2514           <li>Ant target to publish example html files with applet
2515             archive</li>
2516           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2517           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2518         </ul></td>
2519       <td><em>Application</em>
2520         <ul>
2521           <li>User defined colourscheme throws exception when
2522             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2523           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2524             dialog for valid filename/format</li>
2525           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2526           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2527             P37173</li>
2528           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2529             which sequence is to be associated with the file</li>
2530           <li>Find All raises null pointer exception when query
2531             only matches sequence IDs</li>
2532           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2533           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2534             2.4 cannot be loaded</li>
2535           <li>Filetype associations not installed for webstart
2536             launch</li>
2537           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2538             with sequences in different alignments do not get coloured
2539             by their associated sequence</li>
2540           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2541             not preserved when project is loaded</li>
2542           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2543             stored in Jalview project</li>
2544           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2545             Jalview project</li>
2546           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2547           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2548             by conservation</li>
2549           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2550             created on new view</li>
2551           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2552             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2553           <li>Alignment quality not updated after alignment
2554             annotation row is hidden then shown</li>
2555           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2556             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2557           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2558             properly</li>
2559           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2560             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2561           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2562           <li>Structures imported from file and saved in project
2563             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2564           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2565             job execution in full once it is complete</li>
2566         </ul> <em>Applet</em>
2567         <ul>
2568           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2569             annotation rows are displayed</li>
2570           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2571             codebase</li>
2572           <li>View follows highlighting does not work for positions
2573             in sequences</li>
2574           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2575           <li>Export features raises exception when no features
2576             exist</li>
2577           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2578             for javascript api is modified when separator string
2579             provided as parameter</li>
2580           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2581             alignment with no existing selection</li>
2582           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2583             to applet&#39;s codebase</li>
2584           <li>Status bar not updated after finished searching and
2585             search wraps around to first result</li>
2586           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2587             several Jalview applets causes race conditions and memory
2588             leaks</li>
2589           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2590             not sent from Jmol in applet</li>
2591           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2592             applet API fatally hang browser</li>
2593         </ul> <em>General</em>
2594         <ul>
2595           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2596             position with wrapped view and hidden regions</li>
2597           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2598             with/without hidden columns</li>
2599           <li>Sequence length given in alignment properties window
2600             is off by 1</li>
2601           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2602             import PDB like structure files</li>
2603           <li>Positional search results are only highlighted
2604             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2605           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2606           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2607             given sequence position</li>
2608           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2609             output</li>
2610           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2611             from nucleotide chains correctly</li>
2612           <li>Structure colours not updated when tree partition
2613             changed in alignment</li>
2614           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2615             parsed in interleaved stockholm</li>
2616           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2617             state</li>
2618           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2619             properly</li>
2620           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2621             properly associated with their pdb files</li>
2622         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2623         <ul>
2624           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2625             ApplyCopyright tool</li>
2626         </ul></td>
2627     </tr>
2628     <tr>
2629       <td>
2630         <div align="center">
2631           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2632         </div>
2633       </td>
2634       <td><em>Application</em>
2635         <ul>
2636           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2637             contact web services</li>
2638           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2639             service job window</li>
2640           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2641         </ul></td>
2642       <td>
2643         <ul>
2644           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2645             pir file emitted by Jalview</li>
2646           <li>Existing feature settings transferred to new
2647             alignment view created from cut'n'paste</li>
2648           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2649             parsing PDB files</li>
2650           <li>Consensus and conservation annotation rows
2651             occasionally become blank for all new windows</li>
2652           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2653             in wrapped view mode</li>
2654         </ul> <em>Application</em>
2655         <ul>
2656           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2657             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2658           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2659             parameter names</li>
2660           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2661             is down</li>
2662         </ul>
2663       </td>
2664     </tr>
2665     <tr>
2666       <td>
2667         <div align="center">
2668           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2669         </div>
2670       </td>
2671       <td><em>Application</em>
2672         <ul>
2673           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2674             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2675             (JABAWS)
2676           </li>
2677           <li>Web Services preference tab</li>
2678           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2679             preferences</li>
2680           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2681           <li>Superpose structures using associated sequence
2682             alignment</li>
2683           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2684             viewer</li>
2685         </ul> <em>Applet</em>
2686         <ul>
2687           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2688             link out mechanism</li>
2689         </ul> <em>Other</em>
2690         <ul>
2691           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2692             series 12</li>
2693           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2694             require Java 1.5</li>
2695           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2696             sequence annotation files</li>
2697           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2698             type colour specification</li>
2699           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2700             script to check if it being run in an interactive session or
2701             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2702         </ul></td>
2703       <td>
2704         <ul>
2705           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2706             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2707         </ul> <em>Application</em>
2708         <ul>
2709           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2710             selected Regions menu item</li>
2711           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2712             part of a valid accession ID</li>
2713           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2714             runs out of memory</li>
2715           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2716             analysis results</li>
2717           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2718             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2719           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2720         </ul> <em>Applet</em>
2721         <ul>
2722           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2723             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2724             defined.</li>
2725         </ul>
2726       </td>
2727     </tr>
2728     <tr>
2729       <td>
2730         <div align="center">
2731           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2732         </div>
2733       </td>
2734       <td></td>
2735       <td>
2736         <ul>
2737           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2738             sequence IDs</li>
2739           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2740             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2741           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2742             import correctly</li>
2743           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2744             number of columns are hidden</li>
2745           <li>annotation label popup menu not providing correct
2746             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2747             present</li>
2748           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2749             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2750           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2751             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2752
2753         </ul> <em>Applet</em>
2754         <ul>
2755           <li>annotation panel disappears when annotation is
2756             hidden/removed</li>
2757         </ul> <em>Application</em>
2758         <ul>
2759           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2760             alignment opened where annotation panel is visible but no
2761             annotations are present on alignment</li>
2762           <li>pasted region containing hidden columns is
2763             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2764           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2765             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2766           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2767             selected Rregions menu item.</li>
2768           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2769             'Un' or 'Non'conserved</li>
2770           <li>Sequence feature settings are being shared by
2771             multiple distinct alignments</li>
2772           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2773             changed</li>
2774           <li>double click on group annotation to select sequences
2775             does not propagate to associated trees</li>
2776           <li>Mac OSX specific issues:
2777             <ul>
2778               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2779                 window background</li>
2780               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2781                 name set correctly</li>
2782               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2783                 save feature colourscheme button</li>
2784             </ul>
2785           </li>
2786         </ul>
2787       </td>
2788     </tr>
2789     <tr>
2790
2791       <td>
2792         <div align="center">
2793           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2794         </div>
2795       </td>
2796       <td><em>New Capabilities</em>
2797         <ul>
2798           <li>URL links generated from description line for
2799             regular-expression based URL links (applet and application)
2800
2801           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2802             menu</li>
2803           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2804             structures</li>
2805           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2806             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2807           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2808             average score or total feature count for each sequence.</li>
2809           <li>Shading features by score or associated description</li>
2810           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2811             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2812           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2813             hide everything but the currently selected region.</li>
2814           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2815         </ul> <em>Application</em>
2816         <ul>
2817           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2818             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2819           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2820             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2821           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2822             database references and protein_name is parsed as
2823             description line (BioSapiens terms).</li>
2824           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2825             references in sequence ID tooltip from View menu in
2826             application.</li>
2827           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2828       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2829           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2830             conservation plots</li>
2831           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2832             and visualized as sequence logos</li>
2833           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2834             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2835           </li>
2836           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2837             when a new tree is opened.</li>
2838           <li>Jalview Java Console</li>
2839           <li>Better placement of desktop window when moving
2840             between different screens.</li>
2841           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2842             consensus annotation</li>
2843           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2844             Workflows</li>
2845           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2846             <ul>
2847               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2848                 used to preserve views, structures, and tree display
2849                 settings)</li>
2850               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2851                 command line</li>
2852               <li>Sharing of selected regions between views and
2853                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2854               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2855             </ul></li>
2856         </ul> <em>Applet</em>
2857         <ul>
2858           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2859           <li>New Parameters
2860             <ul>
2861               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2862                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2863                 opened.</li>
2864               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2865                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2866               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2867                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2868               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2869                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2870                 view</li>
2871               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2872                 increase the height or width of a cell in the alignment
2873                 grid relative to the current font size.</li>
2874             </ul>
2875           </li>
2876           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2877             tooltip</li>
2878         </ul> <em>Other</em>
2879         <ul>
2880           <li>Features format: graduated colour definitions and
2881             specification of feature scores</li>
2882           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2883             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2884             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2885           <li>XML formats extended to support graduated feature
2886             colourschemes, group associated annotation, and profile
2887             visualization settings.</li></td>
2888       <td>
2889         <ul>
2890           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2891             rather than description</li>
2892           <li>Non-positional features are now included in sequence
2893             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2894             visibility in tooltip).</li>
2895           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2896           <li>Added URL embedding instructions to features file
2897             documentation.</li>
2898           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2899             'X' in peptide product</li>
2900           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2901             sequence ID and sequence string and query strings do not
2902             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2903           <li>AMSA files only contain first column of
2904             multi-character column annotation labels</li>
2905           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2906             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2907             exported and re-imported)</li>
2908           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2909             name</li>
2910           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2911             as subsequence matches, and correctly reports total number
2912             of both.</li>
2913           <li>Application:
2914             <ul>
2915               <li>Better handling of exceptions during sequence
2916                 retrieval</li>
2917               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2918                 link text excludes the start_end suffix</li>
2919               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2920                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2921               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2922               <li>Sequence description lines properly shared via
2923                 VAMSAS</li>
2924               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2925                 data sources</li>
2926               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2927                 completes before alignment figures are generated.</li>
2928               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2929                 first time.</li>
2930               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2931                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2932               <li>User defined group colours properly recovered
2933                 from Jalview projects.</li>
2934             </ul>
2935           </li>
2936         </ul>
2937       </td>
2938
2939     </tr>
2940     <tr>
2941       <td>
2942         <div align="center">
2943           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2944         </div>
2945       </td>
2946       <td>
2947         <ul>
2948           <li>Experimental support for google analytics usage
2949             tracking.</li>
2950           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2951         </ul>
2952       </td>
2953       <td>
2954         <ul>
2955           <li>Race condition in applet preventing startup in
2956             jre1.6.0u12+.</li>
2957           <li>Exception when feature created from selection beyond
2958             length of sequence.</li>
2959           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2960           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2961             all sequences with a given id</li>
2962           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2963             ID string searches</li>
2964           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2965             alignment to fail with exception</li>
2966         </ul> <em>Application Issues</em>
2967         <ul>
2968           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2969           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2970             data sources</li>
2971         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2972         <ul>
2973           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2974             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2975           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2976             version (java class versioning error fixed)</li>
2977         </ul>
2978       </td>
2979     </tr>
2980     <tr>
2981       <td>
2982
2983         <div align="center">
2984           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2985         </div>
2986       </td>
2987       <td><em>User Interface</em>
2988         <ul>
2989           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2990             translation and protein products</li>
2991           <li>Linked highlighting of structure associated with
2992             residue mapping to codon position</li>
2993           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2994             and 'clear' button</li>
2995           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2996             Tools menu</li>
2997           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2998             numeric data in description line</li>
2999           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3000           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3001             of sequence</li>
3002         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3003         <ul>
3004           <li>JPred3 web service</li>
3005           <li>Prototype sequence search client (no public services
3006             available yet)</li>
3007           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3008             PFAM</li>
3009           <li>URL Links created for matching database cross
3010             references as well as sequence ID</li>
3011           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3012         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3013         <ul>
3014           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3015             databases</li>
3016           <li>Generalised database reference retrieval and
3017             validation to all fetchable databases</li>
3018           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3019             sequence command</li>
3020         </ul> <em>Import and Export</em>
3021         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3022         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3023           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3024         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3025           File</li>
3026         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3027           triplet as name of colourscheme</li>
3028         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3029         <ul>
3030           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3031           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3032             alignments (experimental)</li>
3033           <li>Create new or select existing session to join</li>
3034           <li>load and save of vamsas documents</li>
3035         </ul> <em>Application command line</em>
3036         <ul>
3037           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3038             from applet)</li>
3039           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3040             of DAS servers to query for alignment features</li>
3041           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3042             that are also automatically queried for features</li>
3043           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3044             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3045         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3046         <ul>
3047           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3048             application (when using &quot;View in full
3049             application&quot;)</li>
3050         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3051         <ul>
3052           <li>feature group display control parameter</li>
3053           <li>debug parameter</li>
3054           <li>showbutton parameter</li>
3055         </ul> <em>Applet API methods</em>
3056         <ul>
3057           <li>newView public method</li>
3058           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3059           <li>Feature display control methods</li>
3060           <li>get list of currently selected sequences</li>
3061         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3062         <ul>
3063           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3064           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3065             Jalview release.</li>
3066           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3067             property controls execution of obfuscator</li>
3068           <li>Build target for generating source distribution</li>
3069           <li>Debug flag for javacc</li>
3070           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3071             jalview.bin.Cache</li>
3072           <li>Continuous Build Integration for stable and
3073             development version of Application, Applet and source
3074             distribution</li>
3075         </ul></td>
3076       <td>
3077         <ul>
3078           <li>selected region output includes visible annotations
3079             (for certain formats)</li>
3080           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3081             for editing</li>
3082           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3083           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3084           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3085           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3086             comments</li>
3087           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3088             filenames containing a ':'</li>
3089           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3090             global sequence features</li>
3091           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3092             references from alignment sequences goes to zero</li>
3093           <li>Close of tree branch colour box without colour
3094             selection causes cascading exceptions</li>
3095           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3096           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3097             file parsing fails.</li>
3098           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3099           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3100             not a valid output format</li>
3101           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3102             vamsas</li>
3103           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3104           <li>error messages passed up and output when data read
3105             fails</li>
3106           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3107             sequence is edited</li>
3108           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3109             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3110           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3111             filetype</li>
3112           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3113             import fixed for PFAM records</li>
3114           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3115             window list</li>
3116           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3117             can be read and written correctly to annotation file</li>
3118           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3119             correctly</li>
3120           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3121             non-italic font for representatives in Applet</li>
3122           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3123             Macs.</li>
3124           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3125             Applet)</li>
3126           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3127             due to null pointer exceptions</li>
3128           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3129             first column of alignment</li>
3130           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3131             July 2008</li>
3132           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3133             file is case-insensitive</li>
3134           <li>Sequence features read from Features file appended to
3135             all sequences with matching IDs</li>
3136           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3137             containing a sub-sequence</li>
3138           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3139           <li>feature and annotation file applet parameters
3140             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3141           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3142           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3143             splash-screen version check to complete</li>
3144           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3145             when passing them to the launchApp service</li>
3146           <li>display name and local features preserved in results
3147             retrieved from web service</li>
3148           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3149             sequence fetcher initialisation</li>
3150           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3151             dasobert DAS client</li>
3152           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3153             association</li>
3154           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3155             sequences
3156           </li>
3157         </ul>
3158       </td>
3159     </tr>
3160     <tr>
3161       <td>
3162         <div align="center">
3163           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3164         </div>
3165       </td>
3166       <td>
3167         <ul>
3168           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3169           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3170           <li>Slide sequences</li>
3171           <li>Edit sequence in place</li>
3172           <li>EMBL CDS features</li>
3173           <li>DAS Feature mapping</li>
3174           <li>Feature ordering</li>
3175           <li>Alignment Properties</li>
3176           <li>Annotation Scores</li>
3177           <li>Sort by scores</li>
3178           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3179         </ul>
3180       </td>
3181       <td>
3182         <ul>
3183           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3184           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3185           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3186           <li>Feature group display state in XML</li>
3187           <li>Feature ordering in XML</li>
3188           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3189           <li>Stockholm alignment properties</li>
3190           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3191           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3192           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3193           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3194         </ul>
3195       </td>
3196
3197     </tr>
3198     <tr>
3199       <td>
3200         <div align="center">
3201           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3202         </div>
3203       </td>
3204       <td>
3205         <ul>
3206           <li>Non standard characters can be read and displayed
3207           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3208             applet via textbox
3209           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3210             name &amp; description
3211           <li>Preference setting to display sequence name in
3212             italics
3213           <li>Annotation file format extended to allow
3214             Sequence_groups to be defined
3215           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3216             specified in preferences
3217           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3218             sequences
3219         </ul>
3220       </td>
3221       <td>
3222         <ul>
3223           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3224             installed
3225           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3226           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3227         </ul>
3228       </td>
3229     </tr>
3230     <tr>
3231       <td>
3232         <div align="center">
3233           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3234         </div>
3235       </td>
3236       <td>
3237         <ul>
3238           <li>Multiple views on alignment
3239           <li>Sequence feature editing
3240           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3241           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3242           <li>Background dependent text colour
3243           <li>Right align sequence ids
3244           <li>User-defined lower case residue colours
3245           <li>Format Menu
3246           <li>Select Menu
3247           <li>Menu item accelerator keys
3248           <li>Control-V pastes to current alignment
3249           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3250           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3251           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3252
3253           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3254         </ul>
3255       </td>
3256       <td>
3257         <ul>
3258           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3259           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3260             calculations
3261           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3262             edits
3263           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3264             of alignment)
3265           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3266
3267           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3268             display correctly
3269           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3270           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3271             analysis results
3272           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3273             &#8739;
3274           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3275           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3276           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3277
3278         </ul>
3279       </td>
3280     </tr>
3281     <tr>
3282       <td>
3283         <div align="center">
3284           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3285         </div>
3286       </td>
3287       <td>
3288         <ul>
3289           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3290         </ul>
3291       </td>
3292       <td>
3293         <ul>
3294           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3295             sequence id panel has been resized</li>
3296           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3297             rendered</li>
3298           <li>Annotation files with sequence references - all
3299             elements in file are relative to sequence position</li>
3300           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3301         </ul>
3302       </td>
3303     </tr>
3304     <tr>
3305       <td>
3306         <div align="center">
3307           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3308         </div>
3309       </td>
3310       <td>
3311         <ul>
3312           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3313           <li>DAS Feature fetching</li>
3314           <li>Hide sequences and columns</li>
3315           <li>Export Annotations and Features</li>
3316           <li>GFF file reading / writing</li>
3317           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3318             files</li>
3319           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3320           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3321           <li>Applet can launch the full application</li>
3322           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3323             required)</li>
3324           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3325           <li>Applet can load sequences from parameter
3326             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3327           </li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3333           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3334           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3335         </ul>
3336       </td>
3337     </tr>
3338     <tr>
3339       <td>
3340         <div align="center">
3341           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3342         </div>
3343       </td>
3344       <td>
3345         <ul>
3346           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3347           <li>Choose to match case when searching</li>
3348           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3349             expand the visible width and height of the alignment</li>
3350         </ul>
3351       </td>
3352       <td>
3353         <ul>
3354           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3355         </ul>
3356       </td>
3357     </tr>
3358     <tr>
3359       <td>
3360         <div align="center">
3361           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3362         </div>
3363       </td>
3364       <td>&nbsp;</td>
3365       <td>
3366         <ul>
3367           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3368           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3369             value</li>
3370         </ul>
3371       </td>
3372     </tr>
3373     <tr>
3374       <td>
3375         <div align="center">
3376           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3377         </div>
3378       </td>
3379       <td>
3380         <ul>
3381           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3382           <li>Keyboard editing</li>
3383           <li>Create sequence features from searches</li>
3384           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3385             alignments</li>
3386           <li>Features file allows grouping of features</li>
3387           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3388           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3389           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392       <td>
3393         <ul>
3394           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3395           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3396             descriptions saved.</li>
3397         </ul>
3398       </td>
3399     </tr>
3400     <tr>
3401       <td>
3402         <div align="center">
3403           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3404         </div>
3405       </td>
3406       <td>
3407         <ul>
3408           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3409           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3410           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3411             name for file output</li>
3412           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3413           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3414             used for HTML form input</li>
3415         </ul>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>HTML output writes groups and features</li>
3420           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3421           <li>File IO bugs</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424     </tr>
3425     <tr>
3426       <td>
3427         <div align="center">
3428           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3429         </div>
3430       </td>
3431       <td>
3432         <ul>
3433           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3434           <li>More options for PCA viewer</li>
3435         </ul>
3436       </td>
3437       <td>
3438         <ul>
3439           <li>GUI bugs resolved</li>
3440           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3441         </ul>
3442       </td>
3443     </tr>
3444     <tr>
3445       <td height="63">
3446         <div align="center">
3447           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3448         </div>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3453           <li>Jar files are executable</li>
3454           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457       <td>
3458         <ul>
3459           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3460           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3461           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464     </tr>
3465     <tr>
3466       <td>
3467         <div align="center">
3468           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3469         </div>
3470       </td>
3471       <td>
3472         <ul>
3473           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3474         </ul>
3475       </td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481     </tr>
3482     <tr>
3483       <td>
3484         <div align="center">
3485           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3486         </div>
3487       </td>
3488       <td>
3489         <ul>
3490           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3491             size</li>
3492         </ul>
3493       </td>
3494       <td>
3495         <ul>
3496           <li>Improved JPred client reliability</li>
3497           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3498         </ul>
3499       </td>
3500     </tr>
3501     <tr>
3502       <td>
3503         <div align="center">
3504           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3505         </div>
3506       </td>
3507       <td>
3508         <ul>
3509           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3510           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3511           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3512             to Colour Menu</li>
3513           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3514           <li>Unix users can set default web browser</li>
3515           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3516           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3517         </ul>
3518       </td>
3519       <td>
3520         <ul>
3521           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3522         </ul>
3523       </td>
3524     </tr>
3525     <tr>
3526       <td>
3527         <div align="center">
3528           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3529         </div>
3530       </td>
3531       <td>&nbsp;</td>
3532       <td>
3533         <ul>
3534           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3535             alignment order.</li>
3536         </ul>
3537       </td>
3538     </tr>
3539     <tr>
3540       <td>
3541         <div align="center">
3542           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3543         </div>
3544       </td>
3545       <td>
3546         <ul>
3547           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3548           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3549           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3550             annotations.</li>
3551           <li>Version and build date written to build properties
3552             file.</li>
3553           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3554             at launch of Jalview.</li>
3555         </ul>
3556       </td>
3557       <td>
3558         <ul>
3559           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3560           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3561           <li>Can remove groups one by one.</li>
3562           <li>Filechooser icons installed.</li>
3563           <li>Finder ignores return character when searching.
3564             Return key will initiate a search.<br>
3565           </li>
3566         </ul>
3567       </td>
3568     </tr>
3569     <tr>
3570       <td>
3571         <div align="center">
3572           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3573         </div>
3574       </td>
3575       <td>
3576         <ul>
3577           <li>New codebase</li>
3578         </ul>
3579       </td>
3580       <td>&nbsp;</td>
3581     </tr>
3582   </table>
3583   <p>&nbsp;</p>
3584 </body>
3585 </html>