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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2777 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93       </td>
  94       <td><div align="left">
  95           <em></em>
  96           <ul>
  97             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
  98             </li>
  99             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 100             </li>
 101           </ul>
 102       </td>
 103     </tr>
 104     <tr>
 105       <td width="60" nowrap>
 106         <div align="center">
 107           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 108             <em>2/10/2017</em></strong>
 109         </div>
 110       </td>
 111       <td><div align="left">
 112           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 113           <ul>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 116             </li>
 117             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 118             </li>
 119           </ul>
 120         </div></td>
 121       <td><div align="left">
 122         </div></td>
 123     </tr>
 124     <tr>
 125       <td width="60" nowrap>
 126         <div align="center">
 127           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 128             <em>7/9/2017</em></strong>
 129         </div>
 130       </td>
 131       <td><div align="left">
 132           <em></em>
 133           <ul>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 136               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 137               white)
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 141               Preferences
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 145               in size and progress bar shown as higher resolution
 146               overview is recalculated
 147             </li>
 148
 149           </ul>
 150         </div></td>
 151       <td><div align="left">
 152           <em></em>
 153           <ul>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 156               column region row by row
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 160               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 164               format setting is unticked
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 168               if group has show boxes format setting unticked
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 172               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 173               include sequences and columns not currently displayed
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 177               assemblies are imported via CIF file
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 181               displayed when threshold or conservation colouring is also
 182               enabled.
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 186               server version
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 190               dragging a selected region off the visible region of the
 191               alignment
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 195               colourscheme to all groups in a view
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 199               initially after font size change using the Font chooser or
 200               middle-mouse zoom
 201             </li>
 202           </ul>
 203         </div></td>
 204     </tr>
 205     <tr>
 206       <td width="60" nowrap>
 207         <div align="center">
 208           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 209         </div>
 210       </td>
 211       <td><div align="left">
 212           <em>Calculations</em>
 213           <ul>
 214
 215             <li>
 216               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 217               ungapped positions in each column of the alignment.
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 221               a calculation dialog box
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 225               and memory efficiency (~30x faster)
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 229               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 230               and other calculations
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 234               files within the Jalview codebase
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 238               Similarity may have different topology due to increased
 239               precision
 240             </li>
 241           </ul>
 242           <em>Rendering</em>
 243           <ul>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 246               model for alignments and groups
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 250               scripts
 251             </li>
 252           </ul>
 253           <em>Overview</em>
 254           <ul>
 255             <li>
 256               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 257               with alignment and overview windows
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 261               overview
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 265               omitted in Overview
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 269               adjustment of visible position
 270             </li>
 271           </ul>
 272
 273           <em>Data import/export</em>
 274           <ul>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 277               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 281               annotation input/output via stockholm flatfile
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 285               extension when importing structure files without embedded
 286               names or PDB accessions
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 290               format sequence substitution matrices
 291             </li>
 292           </ul>
 293           <em>User Interface</em>
 294           <ul>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 297               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 298               the application.
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 302               via Overview or sequence motif search operations
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 306               opened by double clicking gaps within sequence feature
 307               extent
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 311               aligned positions were available to create a 3D structure
 312               superposition.
 313             </li>
 314           </ul>
 315           <em>3D Structure</em>
 316           <ul>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 319               coloured in linked structure views
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 323               file-based command exchange
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 327               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 328               structures are already available for sequences
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 332               the Jalview project rather than downloaded again when the
 333               project is reopened.
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 337               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 338               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 339                 Feature</strong>)
 340             </li>
 341           </ul>
 342           <em>Web Services</em>
 343           <ul>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 349               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 350               Analysis services
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 354               cross-references provided by identifiers.org and the
 355               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 356             </li>
 357           </ul>
 358
 359           <em>Scripting</em>
 360           <ul>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 363               identifying file formats (instead of String constants)
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 367               efficiency when counting all displayed features (not
 368               backwards compatible with 2.10.1)
 369             </li>
 370           </ul>
 371           <em>Example files</em>
 372           <ul>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 375               included in the example feature file
 376             </li>
 377           </ul>
 378           <em>Documentation</em>
 379           <ul>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 382               with the built-in Java help viewer
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 386               sequence description' option
 387             </li>
 388           </ul>
 389           <em>Test Suite</em>
 390           <ul>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 393               Uniprot REST Free Text Search Client
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 400               during tests
 401             </li>
 402           </ul>
 403         </div></td>
 404       <td><div align="left">
 405           <em>Calculations</em>
 406           <ul>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 409               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 410               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 411             </li>
 412             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 413               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 414               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 415               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 416               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 417               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 418               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 419               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 420               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 421               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 422               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 423               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 424               // for 2.10.1 mode <br />
 425               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 426               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 427                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 428                 calculations (not recommended)</em></li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 431               scaling of branch lengths for trees computed using
 432               Sequence Feature Similarity.
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 436               generating output report when working with highly
 437               redundant alignments
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 441               right of selected region when gaps present on right-hand
 442               boundary
 443             </li>
 444           </ul>
 445           <em>User Interface</em>
 446           <ul>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 449               doesn't reselect a specific sequence's associated
 450               annotation after it was used for colouring a view
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 454               opened on a region of alignment without groups
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 458               of an alignment with overlapping groups
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 462               name and description match
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 466               hidden regions results in incorrect hidden regions
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 470               changing colour does not apply Conservation slider value
 471               to all groups
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 475               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 479               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 483               gaps before start of features
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 487               restored to UI when feature colour is edited
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 491               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 495               as graduate feature colour settings are modified via the
 496               dialog box
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 500               when a group defined on the alignment is resized
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 504               wrapped view result in positional status updates
 505             </li>
 506
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 509               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 513               alignment included gapped columns
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 517               widgets don't permanently disappear
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 521               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 522               T-Coffee column reliability scores)
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 526               sequence feature on gaps only
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 530               button from a Find inherit previously defined feature type
 531               rather than the Find query string
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 535               exporting tree calculated in Jalview
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 539               and then revealing them reorders sequences on the
 540               alignment
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 544               doesn't update to reflect available set of groups after
 545               interactively adding or modifying features
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 549               Linux
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 553               only excluded gaps in current sequence and ignored
 554               selection.
 555             </li>
 556           </ul>
 557           <em>Rendering</em>
 558           <ul>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 561               erratically when hidden rows or columns are present
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 565               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 566               sequence colouring
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 570               colour and group colour menu for protein alignments
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 574               reflect currently selected view or group's shading
 575               thresholds
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 579               when rendered on overview and structures when opacity at
 580               100%
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 584               overview when features overlaid on alignment
 585             </li>
 586           </ul>
 587           <em>Data import/export</em>
 588           <ul>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 591               load
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 595               added after a sequence was imported are not written to
 596               Stockholm File
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 600               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 604               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 608               with lightGray or darkGray via features file (but can
 609               specify lightgray)
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 613               when alignment view imported from project
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 617               structure and sequences extracted from structure files
 618               imported via URL and viewed in Jmol
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 622               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 623               the project is loaded and the structure viewed
 624             </li>
 625           </ul>
 626           <em>Web Services</em>
 627           <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 630               release of Ensembl v.88
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 634               appear enabled in Preferences->Connections
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 638               removed from console output
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 642               Ensembl by Peptide ID
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 646               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 647               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 648               due to 'null' string rather than empty string used for
 649               residues with no corresponding PDB mapping).
 650             </li>
 651           </ul>
 652           <em>Application UI</em>
 653           <ul>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 656               menu
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 660               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 661               new documentation and tooltips added)
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 665               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 669               new features are added to alignment
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 673               changes to feature colours via the Amend features dialog
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 677               edit graduated feature colour via amend features dialog
 678               box
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 682               selection menu changes colours of alignment views
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 686               from alignment calculation workers after alignment has
 687               been closed
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 691               groups now 'Create Group'
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 695               Create/Undefine group doesn't always work
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 699               shown again after pressing 'Cancel'
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 703               adjusts start position in wrap mode
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 707               ambiguous amino acids
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 711               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 712               proteins
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 716               Defined' don't appear in Colours menu
 717             </li>
 718           </ul>
 719           <em>Applet</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 723               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 727               overview or linked structure view
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 731               work (since 2.8)
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 735               user-defined colourscheme doesn't restore original
 736               colourscheme
 737             </li>
 738           </ul>
 739           <em>Test Suite</em>
 740           <ul>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 743               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 747               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 748               problems with deep array comparison equality asserts in
 749               successive versions of TestNG
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 753               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 754             </li>
 755           </ul>
 756           <em>New Known Issues</em>
 757           <ul>
 758             <li>
 759               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 760               phase after a sequence motif find operation
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 764               containing just upper and lower case letters are
 765               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 769               reliably from eggnog Ortholog database
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 773               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 774               to mark columns containing highlighted regions.
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 778               doesn't always add secondary structure annotation.
 779             </li>
 780           </ul>
 781         </div>
 782     <tr>
 783       <td width="60" nowrap>
 784         <div align="center">
 785           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 786         </div>
 787       </td>
 788       <td><div align="left">
 789           <em>General</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 793               for all consensus calculations
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 797               3rd Oct 2016)
 798             </li>
 799             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 800               for 2016-2017</li>
 801           </ul>
 802           <em>Application</em>
 803           <ul>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 806               set of database cross-references, sorted alphabetically
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 810               from database cross references. Users with custom links
 811               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 812                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 816               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 817               Chimera session
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 821               the Chimera it is connected to is shut down
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 825               columns menu item to mark columns containing highlighted
 826               regions (e.g. from structure selections or results of a
 827               Find operation)
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 831               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 832               MSAviewer
 833             </li>
 834           </ul>
 835         </div></td>
 836       <td>
 837         <div align="left">
 838           <em>General</em>
 839           <ul>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 842               are not coloured or thresholded according to percent
 843               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 847               hydrophobic
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 851               threshold, amino acid properties)
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 855               reported as mapped to residues in a structure file in the
 856               View Mapping report
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 860               could be added multiple times to a sequence
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 864               bond features shown as two highlighted residues rather
 865               than a range in linked structure views, and treated
 866               correctly when selecting and computing trees from features
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 870               cross-references are matched to database name regardless
 871               of case
 872             </li>
 873
 874           </ul>
 875           <em>Application</em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 879               names without regular expressions also offer links from
 880               Sequence ID
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 884               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 885               update Jalview configuration
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 889               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 893               files with similarly named sequences if dropped onto the
 894               alignment
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 898               entries where more chains exist in the PDB accession than
 899               are reported in the SIFTS file
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 903               the structure view when displayed with Chimera
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 907               panel's View->Show Chains submenu
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 911               work for wrapped alignment views
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 915               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 919               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 920               first annotation row
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 924               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 928               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 929             </li>
 930             <!-- JAL-2319 -->
 931             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 932             coordindate data
 933             </li>
 934           </ul>
 935           <!--           <em>New Known Issues</em>
 936           <ul>
 937             <li></li>
 938           </ul> -->
 939         </div>
 940       </td>
 941     </tr>
 942     <td width="60" nowrap>
 943       <div align="center">
 944         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 945           <em>25/10/2016</em></strong>
 946       </div>
 947     </td>
 948     <td><em>Application</em>
 949       <ul>
 950         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 951           view if structures already loaded</li>
 952         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 953           structure views</li>
 954       </ul></td>
 955     <td>
 956       <div align="left">
 957         <em>General</em>
 958         <ul>
 959           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 960             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 961           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 962             example sequences/projects/trees</li>
 963         </ul>
 964         <em>Application</em>
 965         <ul>
 966           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 967             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 968           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 969             without timeout for structures with multiple models or
 970             multiple sequences in alignment</li>
 971           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 972             PDB ID HEADER line</li>
 973           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 974             is performed</li>
 975           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 976             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 977           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 978           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 979             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 980             option</li>
 981           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 982             is created on the alignment</li>
 983           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 984             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 985             pop-up menu</li>
 986         </ul>
 987         <em>Build and deployment</em>
 988         <ul>
 989           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 990             tags</li>
 991         </ul>
 992         <em>New Known Issues</em>
 993         <ul>
 994           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 995             on Windows</li>
 996         </ul>
 997       </div>
 998     </td>
 999     </tr>
1000     <tr>
1001       <td width="60" nowrap>
1002         <div align="center">
1003           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1004         </div>
1005       </td>
1006       <td><em>General</em>
1007         <ul>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1013             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1014             better PDB parsing.
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1018             reference sequence
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1022             mousing over sequence associated annotation
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1026             for manual entry
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1030             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1031             for each column
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1035             showing or hiding columns containing a feature
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1039             group and sequence associated annotation labels
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1043             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1044             dialogs
1045           </li>
1046
1047         </ul> <em>Application</em>
1048         <ul>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1051             gene/transcript view
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1055             dialog
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1059             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1063             Pfam sources to xfam.org
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1070             over sequences in Jalview
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1074             regions in ENA and EMBL
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1078             for record retrieval via ENA rest API
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1082             complement operator
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1086             groovy script execution
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1090             alignment window's Calculate menu
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1094             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1098             calculation workers from groovy scripts
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1102             Jalview projects
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1106             associations are now saved/restored from project
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1110             before sequence fetcher is opened
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1114             database chooser opens a sequence fetcher
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1118             the UniProt REST API
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1122             the news reader opening
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1126             querying stored in preferences
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1130             search results
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1137             menu for nucleotide sequences
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1141             and feature counts preserves alignment ordering (and
1142             debugged for complex feature sets).
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1146             viewing structures with Jalview 2.10
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1150             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1151             Ensembl Genomes REST API
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1155             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1156             (Ensembl)
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1160             sequences
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1164             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1165             data from external database records.
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1169             efficient recovery of sequence coding and alignment
1170             annotation relationships.
1171           </li>
1172         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1173         <ul>
1174           <li>
1175             -- JAL---
1176           </li>
1177         </ul> --></td>
1178       <td>
1179         <div align="left">
1180           <em>General</em>
1181           <ul>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1184               menu on OSX
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1188               includes graduated colourschemes
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1192               working with big alignments and lots of hidden columns
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1196               at right of alignment window
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1200               contents
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1204               for DNA alignments
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1208               based tree calculation
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1212               unconserved enabled for group on alignment
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1216               set as reference
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1220               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1221               annotation
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1225               hidden columns present
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1229               user created annotation added to alignment
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1233               '()' base pair annotation
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1237               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1238               Consensus
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1242               feature not working
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1246               beginning of sequence
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1250               entry 3a6s
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1254               from a tree when t-coffee scores are shown
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1258               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1262               some structures
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1266               to Clustal, PIR and PileUp output
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1270               not visible causes alignment window to repaint
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1274               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1275               scores associated with features and annotation rows
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1279               calculation should be case independent
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1283               columns
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1287               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1288               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1292               problems when reference sequence defined and 'show
1293               non-conserved' enabled
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1297               load even when Consensus calculation is disabled
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1301               alignment does nothing
1302             </li>
1303           </ul>
1304           <em>Application</em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1308               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1309               yet fixed for El Capitan)
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1313               output when running on non-gb/us i18n platforms
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1317               hidden sequences as flat-file alignment
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1321               launching Chimera
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1325               (also hotfix for 2.9.0b2)
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1329               reference sequence defined
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1333               alignments and views when revealing hidden columns
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1337               view in a cDNA/Protein splitframe
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1341               sequence from project when only one sequence is
1342               represented
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1346               in Structure Chooser
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1350               structure consensus didn't refresh annotation panel
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1354               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1358               dialogs format columns correctly, don't display array
1359               data, sort columns according to type
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1363               file chooser is cancelled during an image export
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1367               sequence name containing special characters
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1371               case insensitive
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1375               formatting don't wrap
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1379               truncated so L looks like I in consensus annotation
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1383               currently displayed features for the current selection or
1384               view
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1388               after fetching cross-references, and restoring from
1389               project
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1393               followed in the structure viewer
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1397               splitframe not restored from project
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1401               trailing end of protein alignment in transcript/product
1402               splitview when pad-gaps not enabled by default
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1406               is case dependent
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1410               article has been read (reopened issue due to
1411               internationalisation problems)
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1415               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1416               cross-references
1417             </li>
1418
1419             <li>
1420               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1421               alignment as HTML
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1425               multiple structures are shown for one or more sequences.
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1429               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1430               is enabled.
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1434               specific PDB id for sequence
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1438               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1439               columns' is disabled.
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1443               selects lowest rather than highest resolution structures
1444               for each sequence
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1448               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1452               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1456               after clicking on it to create new annotation for a
1457               column.
1458             </li>
1459             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1460             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1461           </ul>
1462           <em>Applet</em>
1463           <ul>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1466               hidden columns present before start of sequence
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1470               (JSON jars)
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1474               sequences are hidden in applet
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1478               deployment on examples pages.
1479             </li>
1480           </ul>
1481         </div>
1482       </td>
1483     </tr>
1484     <tr>
1485       <td width="60" nowrap>
1486         <div align="center">
1487           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1488             <em>16/10/2015</em></strong>
1489         </div>
1490       </td>
1491       <td><em>General</em>
1492         <ul>
1493           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1494             jars</li>
1495         </ul></td>
1496       <td>
1497         <div align="left">
1498           <em>Application</em>
1499           <ul>
1500             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1501               shown when tree is partitioned</li>
1502             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1503               multiple cDNA/Protein split views</li>
1504           </ul>
1505         </div>
1506       </td>
1507     </tr>
1508     <tr>
1509       <td width="60" nowrap>
1510         <div align="center">
1511           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1512             <em>8/10/2015</em></strong>
1513         </div>
1514       </td>
1515       <td><em>General</em>
1516         <ul>
1517           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1518             2.9</li>
1519         </ul> <em>Application</em>
1520         <ul>
1521           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1522           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1523           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1524         </ul> <em>Applet</em>
1525         <ul>
1526           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1527         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1528         <ul>
1529           <li>
1530             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1531             suite
1532           </li>
1533         </ul></td>
1534       <td>
1535         <div align="left">
1536           <em>General</em>
1537           <ul>
1538             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1539               incorrect when sequence start > 1</li>
1540             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1541               documentation</li>
1542             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1543             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1544               loading a features file containing HTML tags in feature
1545               description</li>
1546
1547           </ul>
1548           <em>Application</em>
1549           <ul>
1550             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1551               reimport</li>
1552             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1553               with 'trim retrieved sequences'</li>
1554             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1555               deleting selected columns</li>
1556             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1557               JNLP templates for webstart launch</li>
1558             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1559               unreleased structures for download or viewing</li>
1560             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1561               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1562             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1563               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1564             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1565               recovered from jalview project</li>
1566             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1567               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1568               alignment view</li>
1569             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1570               color schemes from BioJSON</li>
1571           </ul>
1572           <em>Applet</em>
1573           <ul>
1574             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1575               frame</li>
1576             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1577           </ul>
1578         </div>
1579       </td>
1580     </tr>
1581     <tr>
1582       <td><div align="center">
1583           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1584         </div></td>
1585       <td><em>General</em>
1586         <ul>
1587           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1588             alignments:
1589             <ul>
1590               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1591                 and DNA alignment views</li>
1592               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1593                 cDNA alignment views</li>
1594               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1595                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1596               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1597                 protein sequences</li>
1598             </ul>
1599           </li>
1600           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1601           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1602             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1603           <li>New alignment annotation file statements for
1604             reference sequences and marking hidden columns</li>
1605           <li>Reference sequence based alignment shading to
1606             highlight variation</li>
1607           <li>Select or hide columns according to alignment
1608             annotation</li>
1609           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1610           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1611             acid conservation row</li>
1612           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1613         </ul> <em>Application</em>
1614         <ul>
1615           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1616             <ul>
1617               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1618                 view with cDNA/Protein</li>
1619               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1620                 sequences are placed in the same alignment</li>
1621               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1622                 projects</li>
1623             </ul>
1624           </li>
1625
1626           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1627           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1628             Jalview windows</li>
1629
1630           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1631           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1632           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1633             be shown in VARNA</li>
1634
1635           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1636             as the active selected region</li>
1637
1638           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1639             similarity</li>
1640           <li>New Export options
1641             <ul>
1642               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1643                 region export in flat file generation</li>
1644
1645               <li>Export alignment views for display with the <a
1646                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1647
1648               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1649               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1650                 alignment figures to HTML</li>
1651           </li>
1652           <li>3D structure retrieval and display
1653             <ul>
1654               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1655                 Search API</li>
1656               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1657                 PDB structures for a sequence set</li>
1658             </ul>
1659           </li>
1660
1661           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1662             predictions</li>
1663           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1664             for one or a group of sequences</li>
1665           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1666             from the JPred4 web server</li>
1667           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1668             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1669             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1670           </li>
1671           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1672             VARNA 2D Structure'</li>
1673           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1674             Structure ..."</li>
1675
1676         </ul> <em>Applet</em>
1677         <ul>
1678           <li>New layout for applet example pages</li>
1679           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1680             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1681           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1682             Protein alignments</li>
1683         </ul> <em>Development and deployment</em>
1684         <ul>
1685           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1686           <li>Include installation type and git revision in build
1687             properties and console log output</li>
1688           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1689             storing BioJsMSA Templates</li>
1690           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1691         </ul></td>
1692       <td>
1693         <!-- <em>General</em>
1694         <ul>
1695         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1696         <ul>
1697           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1698           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1699           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1700             predictions are not highlighted in amber</li>
1701           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1702             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1703           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1704             associated structure views</li>
1705           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1706             width checkbox not enabled</li>
1707           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1708             creating user defined colours</li>
1709           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1710             mappings for just that viewer's sequences</li>
1711           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1712             multiple models in Chimera</li>
1713           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1714             over Jmol structure</li>
1715           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1716             output to text box</li>
1717           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1718             have incorrect sequence start/end</li>
1719           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1720             Jalview fails</li>
1721           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1722             work for nucleotide</li>
1723           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1724             to a grey/invisible alignment window</li>
1725           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1726             imports to different position</li>
1727           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1728             on some platforms</li>
1729           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1730             populated</li>
1731           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1732             console if Chimera has been opened</li>
1733           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1734           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1735             retrieved</li>
1736           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1737           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1738             either sequence shows on first structure</li>
1739           <li>'Show annotations' options should not make
1740             non-positional annotations visible</li>
1741           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1742             in right place after 'view flanking regions'</li>
1743           <li>File Save As type unset when current file format is
1744             unknown</li>
1745           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1746             projects</li>
1747           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1748             responsive</li>
1749           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1750             several views on same alignment</li>
1751           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1752           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1753             spaces</li>
1754         </ul> <em>Applet</em>
1755         <ul>
1756           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1757           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1758             descriptions containing angle brackets</li>
1759         </ul> <em>General</em>
1760         <ul>
1761           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1762             via jalview annotation file</li>
1763           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1764             with RNA secondary structure</li>
1765           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1766             translation doesn't work.</li>
1767           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1768           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1769             positions</li>
1770           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1771             choosing 1pt font</li>
1772           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1773             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1774             'h'</li>
1775           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1776             new feature</li>
1777           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1778             order dependent</li>
1779           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1780             sequences</li>
1781           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1782         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1783         <ul>
1784           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1785             www.jalview.org</li>
1786         </ul> <em>Application Known issues</em>
1787         <ul>
1788           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1789           <li>Misleading message appears after trying to delete
1790             solid column.</li>
1791           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1792             version launches</li>
1793           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1794             fails with a sequence mismatch</li>
1795           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1796             scrolling alignment to right</li>
1797           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1798             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1799           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1800             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1801           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1802             ultra-high resolution</li>
1803           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1804             quality and conservation</li>
1805           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1806             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1807         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1808         <ul>
1809           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1810           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1811             window is being resized</li>
1812
1813         </ul>
1814       </td>
1815     </tr>
1816     <tr>
1817       <td><div align="center">
1818           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1819         </div></td>
1820       <td><em>General</em>
1821         <ul>
1822           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1823             Certum.PL.</li>
1824           <li>Features and annotation preserved when performing
1825             pairwise alignment</li>
1826           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1827             imported/exported/displayed</li>
1828           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1829             protein secondary structure</li>
1830           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1831               post-hoc with 2.9 release</em>)
1832           </li>
1833
1834         </ul> <em>Application</em>
1835         <ul>
1836           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1837             with 3D structures</li>
1838           <li>Support for parsing RNAML</li>
1839           <li>Annotations menu for layout
1840             <ul>
1841               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1842               <li>place sequence annotation above/below alignment
1843                 annotation</li>
1844             </ul>
1845           <li>Output in Stockholm format</li>
1846           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1847             translation</li>
1848           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1849           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1850             shared between alignments</li>
1851           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1852             Jalview</li>
1853           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1854             all or current selection</li>
1855           <li>disorder and secondary structure predictions
1856             available as dataset annotation</li>
1857           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1858
1859
1860           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1861             alignments from Rfam</li>
1862           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1863
1864           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1865             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1866           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1867           <li>include installation type in build properties and
1868             console log output</li>
1869           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1870             annotation</li>
1871         </ul></td>
1872       <td>
1873         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1874         <ul>
1875           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1876             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1877           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1878             alignment</li>
1879           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1880           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1881           <li>Double click on sequence associated annotation
1882             selects only first column</li>
1883           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1884             leaves shown in tree</li>
1885           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1886             properly</li>
1887           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1888           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1889             screen and buttons not visible</li>
1890           <li>author list isn't updated if already written to
1891             Jalview properties</li>
1892           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1893             from database</li>
1894           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1895           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1896             browser search window</li>
1897           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1898             in feature settings dialog</li>
1899           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1900             desktop</li>
1901           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1902             pass validation</li>
1903           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1904             fit on screen</li>
1905           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1906             tooltip</li>
1907           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1908             defined user preset</li>
1909           <li>MSA web services warns user if they were launched
1910             with invalid input</li>
1911           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1912             Java 8</li>
1913           <li>
1914             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1915             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1916             created
1917           </li>
1918
1919         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1920         <ul>
1921         </ul> <em>General</em>
1922         <ul>
1923         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1924         <ul>
1925           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1926             memory allocation</li>
1927           <li>launchApp service doesn't automatically open
1928             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1929           <li>
1930             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1931             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1932             1.7_055 is available
1933           </li>
1934         </ul> <em>Application Known issues</em>
1935         <ul>
1936           <li>
1937             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1938             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1939             alignment to right
1940           </li>
1941           <li>
1942             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1943             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1944             with large number of ID
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1948             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1949             start/end
1950           </li>
1951           <li>
1952             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1953             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1954             structure tracks are rearranged
1955           </li>
1956           <li>
1957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1958             invalid rna structure positional highlighting does not
1959             highlight position of invalid base pairs
1960           </li>
1961           <li>
1962             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1963             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1964             project from alignment window file menu
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1968             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1969             structures
1970           </li>
1971           <li>
1972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1973             colour by RNA Helices not enabled when user created
1974             annotation added to alignment
1975           </li>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1978             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1979           </li>
1980         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1981         <ul>
1982           <li>
1983             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1984             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1988             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1989           </li>
1990
1991           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1992             when selected</li>
1993         </ul>
1994       </td>
1995     </tr>
1996     <tr>
1997       <td><div align="center">
1998           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1999         </div></td>
2000       <td>
2001         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2002         <em>General</em>
2003         <ul>
2004           <li>Internationalisation of user interface (usually
2005             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2006           <li>Define/Undefine group on current selection with
2007             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2008           <li>Improved group creation/removal options in
2009             alignment/sequence Popup menu</li>
2010           <li>Sensible precision for symbol distribution
2011             percentages shown in logo tooltip.</li>
2012           <li>Annotation panel height set according to amount of
2013             annotation when alignment first opened</li>
2014         </ul> <em>Application</em>
2015         <ul>
2016           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2017             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2018           <li>Select columns containing particular features from
2019             Feature Settings dialog</li>
2020           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2021             sequences</li>
2022           <li>Update Jalview project format:
2023             <ul>
2024               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2025               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2026                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2027               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2028                 colouring</li>
2029             </ul>
2030           </li>
2031           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2032             (PAM250)</li>
2033           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2034             flanking regions for an alignment</li>
2035         </ul>
2036       </td>
2037       <td>
2038         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2039         <ul>
2040           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2041             running after job is cancelled</li>
2042           <li>cannot export features from alignments imported from
2043             Jalview/VAMSAS projects</li>
2044           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2045             float values</li>
2046           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2047             have 'display all symbols' flag set</li>
2048           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2049             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2050           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2051             Jalview</li>
2052           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2053             Lion/Webstart</li>
2054           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2055           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2056           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2057             alignment onto desktop</li>
2058           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2059             'extract scores' function</li>
2060           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2061             alignment window</li>
2062           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2063             performing IUPred disorder prediction</li>
2064           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2065             changing 'normalise logo' display setting</li>
2066           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2067             nothing matches query</li>
2068           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2069             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2070           </li>
2071           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2072             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2073           </li>
2074           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2075             Jalview's menu</li>
2076           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2077             'invalid literal/length code'</li>
2078           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2079             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2080           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2081             colourscheme</li>
2082
2083         </ul> <em>Applet</em>
2084         <ul>
2085           <li>Remove group option is shown even when selection is
2086             not a group</li>
2087           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2088             don't affect groups</li>
2089           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2090             colourscheme name</li>
2091           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2092             Annotation panel is not displayed</li>
2093           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2094             embedded windows</li>
2095         </ul> <em>Other</em>
2096         <ul>
2097           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2098             single sequence were not calculated</li>
2099           <li>annotation files that contain only groups imported as
2100             annotation and junk sequences</li>
2101           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2102             recognised as PFAM or BLC</li>
2103           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2104             doesn't affect background (2.8.0b1)
2105           <li></li>
2106           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2107           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2108             trailing gaps</li>
2109           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2110             registered correctly on import</li>
2111           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2112             certain alignments</li>
2113           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2114             existing annotation based 'use original colours'
2115             colourscheme loses original colours setting</li>
2116         </ul>
2117       </td>
2118     </tr>
2119     <tr>
2120       <td><div align="center">
2121           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2122             <em>30/1/2014</em></strong>
2123         </div></td>
2124       <td>
2125         <ul>
2126           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2127             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2128             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2129             open source project).
2130           </li>
2131           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2132           <li>Output in Stockholm format</li>
2133           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2134           <li>Export/import group and sequence associated line
2135             graph thresholds</li>
2136           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2137             ambiguity codes</li>
2138           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2139             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2140             works</li>
2141           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2142         </ul> <em>Other improvements</em>
2143         <ul>
2144           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2145           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2146             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2147           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2148             files</li>
2149           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2150           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2151             link but no description</li>
2152           <li>Select primary source when selecting authority in
2153             database fetcher GUI</li>
2154           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2155             Jalview</li>
2156           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2157         </ul>
2158       </td>
2159       <td>
2160         <ul>
2161           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2162             displayed</li>
2163           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2164             secondary structure annotation line</li>
2165           <li>Sequence database accessions not imported when
2166             fetching alignments from Rfam</li>
2167           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2168             identical IDs</li>
2169           <li>View all structures does not always superpose
2170             structures</li>
2171           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2172             reflect user or preset settings</li>
2173           <li>Null pointer exceptions for some services without
2174             presets or adjustable parameters</li>
2175           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2176             discover PDB xRefs</li>
2177           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2178             features with DAS</li>
2179           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2180             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2181           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2182             residue follows a gap</li>
2183           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2184             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2185           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2186             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2187           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2188             annotation already exists on alignment</li>
2189           <li>oninit javascript function should be called after
2190             initialisation completes</li>
2191           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2192             alignment window display</li>
2193           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2194           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2195             to annotation file</li>
2196           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2197             groups created</li>
2198           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2199             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2200           <li>Pressing return several times causes Number Format
2201             exceptions in keyboard mode</li>
2202           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2203             correct partitions for input data</li>
2204           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2205           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2206           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2207           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2208             mode</li>
2209           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2210             changes one row&#39;s threshold</li>
2211           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2212             doesn&#39;t open</li>
2213           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2214             quality histograms</li>
2215         </ul>
2216       </td>
2217     </tr>
2218     <tr>
2219       <td><div align="center">
2220           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2221         </div></td>
2222       <td><em>Application</em>
2223         <ul>
2224           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2225             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2226           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2227             preferences</li>
2228           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2229             in Jalview alignment window</li>
2230           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2231             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2232           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2233             RNA and ambiguity codes</li>
2234
2235           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2236           <li>Support fetching and database reference look up
2237             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2238             refs')</li>
2239           <li>Jalview project improvements
2240             <ul>
2241               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2242                 flag for annotation</li>
2243               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2244                 alignment</li>
2245               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2246                 Jalview project</li>
2247
2248             </ul>
2249           </li>
2250           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2251           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2252             running</li>
2253           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2254           <li>visual indication that web service results are still
2255             being retrieved from server</li>
2256           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2257             starts up for first time</li>
2258           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2259             services</li>
2260           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2261             client library</li>
2262           <li>Examples directory and Groovy library included in
2263             InstallAnywhere distribution</li>
2264         </ul> <em>Applet</em>
2265         <ul>
2266           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2267             visualization applet example</li>
2268         </ul> <em>General</em>
2269         <ul>
2270           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2271           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2272             defaults</li>
2273           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2274             calculation</li>
2275           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2276             matrices
2277           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2278             in HTML</li>
2279           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2280             structure contacts</li>
2281           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2282           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2283           <li>Parse sequence associated secondary structure
2284             information in Stockholm files</li>
2285           <li>HTML Export database accessions and annotation
2286             information presented in tooltip for sequences</li>
2287           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2288             style RNA alignment files</li>
2289           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2290             alignment</li>
2291           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2292             shade each sequence according to its associated alignment
2293             annotation</li>
2294           <li>New Jalview Logo</li>
2295         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2296         <ul>
2297           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2298           <li>New Website!</li>
2299         </ul></td>
2300       <td><em>Application</em>
2301         <ul>
2302           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2303             wsdbfetch REST service</li>
2304           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2305           <li>Filetype associations not installed for webstart
2306             launch</li>
2307           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2308             job execution in full once it is complete</li>
2309           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2310             uploaded via ali_file parameter</li>
2311           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2312           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2313           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2314             submitted for prediction</li>
2315           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2316             desktop window</li>
2317           <li>Putting fractional value into integer text box in
2318             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2319           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2320             windows 7</li>
2321           <li>View all structures fails with exception shown in
2322             structure view</li>
2323           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2324             escaped in a platform independent way</li>
2325           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2326             using proxy</li>
2327           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2328             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2329           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2330             failure when java web start temporary file caching is
2331             disabled</li>
2332           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2333             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2334           <li>Errors during processing of command line arguments
2335             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2336           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2337             DAS sources in sequence fetcher</li>
2338           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2339             dialog is shown</li>
2340           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2341           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2342           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2343           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2344             on OSX Mountain Lion</li>
2345           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2346             sequences with alignment annotation are pasted into the
2347             alignment</li>
2348           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2349             when loaded from Jalview project</li>
2350           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2351           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2352             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2353           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2354             associated with all views</li>
2355           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2356             annotation rows to new window</li>
2357         </ul> <em>Applet</em>
2358         <ul>
2359           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2360             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2361           <li>loading features via javascript API automatically
2362             enables feature display</li>
2363           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2364             work</li>
2365         </ul> <em>General</em>
2366         <ul>
2367           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2368           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2369             and then deselected</li>
2370           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2371           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2372             coloured with clustalx</li>
2373           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2374             exceptions and redraw errors</li>
2375           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2376             reconfigured view</li>
2377           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2378             colour</li>
2379           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2380             for lots of labels</li>
2381         </ul>
2382     </tr>
2383     <tr>
2384       <td>
2385         <div align="center">
2386           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2387         </div>
2388       </td>
2389       <td><em>Application</em>
2390         <ul>
2391           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2392           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2393           <li>View/alignment association menu to enable user to
2394             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2395             its colours/correspondences from</li>
2396           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2397           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2398             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2399           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2400           <li>Annotation row column label formatting attributes
2401             stored in project file</li>
2402           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2403             rows preserved in Jalview project file</li>
2404           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2405             saved using Desktop window menu</li>
2406           <li>Visual indication that command line arguments are
2407             still being processed</li>
2408           <li>Groovy script execution from URL</li>
2409           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2410             preferences</li>
2411           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2412             alignment with sequences that have high similarity and
2413             matching IDs</li>
2414           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2415           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2416             structures in same window</li>
2417           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2418           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2419             analysis function in its own submenu</li>
2420         </ul> <em>Applet</em>
2421         <ul>
2422           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2423             groups</li>
2424           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2425           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2426           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2427           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2428           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2429             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2430           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2431           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2432             parameters are treated as such</li>
2433           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2434             <ul>
2435               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2436               <li>Javascript callbacks for
2437                 <ul>
2438                   <li>Applet initialisation</li>
2439                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2440                 </ul>
2441               </li>
2442               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2443                 functions</li>
2444               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2445               <li>javascript structure viewer harness to pass
2446                 messages between Jmol and Jalview when running as
2447                 distinct applets</li>
2448               <li>sortBy method</li>
2449               <li>Set of applet and application examples shipped
2450                 with documentation</li>
2451               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2452                 javascript message exchange</li>
2453             </ul>
2454         </ul> <em>General</em>
2455         <ul>
2456           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2457             multiple alignments</li>
2458           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2459           <li>User configurable link to enable redirects to a
2460             www.Jalview.org mirror</li>
2461           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2462           <li>Configurable newline string when writing alignment
2463             and other flat files</li>
2464           <li>Allow alignment annotation description lines to
2465             contain html tags</li>
2466         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2467         <ul>
2468           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2469             examples</li>
2470           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2471             using a web service before displaying the result in the
2472             Jalview desktop</li>
2473           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2474           <li>Ant target to publish example html files with applet
2475             archive</li>
2476           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2477           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2478         </ul></td>
2479       <td><em>Application</em>
2480         <ul>
2481           <li>User defined colourscheme throws exception when
2482             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2483           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2484             dialog for valid filename/format</li>
2485           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2486           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2487             P37173</li>
2488           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2489             which sequence is to be associated with the file</li>
2490           <li>Find All raises null pointer exception when query
2491             only matches sequence IDs</li>
2492           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2493           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2494             2.4 cannot be loaded</li>
2495           <li>Filetype associations not installed for webstart
2496             launch</li>
2497           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2498             with sequences in different alignments do not get coloured
2499             by their associated sequence</li>
2500           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2501             not preserved when project is loaded</li>
2502           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2503             stored in Jalview project</li>
2504           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2505             Jalview project</li>
2506           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2507           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2508             by conservation</li>
2509           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2510             created on new view</li>
2511           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2512             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2513           <li>Alignment quality not updated after alignment
2514             annotation row is hidden then shown</li>
2515           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2516             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2517           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2518             properly</li>
2519           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2520             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2521           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2522           <li>Structures imported from file and saved in project
2523             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2524           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2525             job execution in full once it is complete</li>
2526         </ul> <em>Applet</em>
2527         <ul>
2528           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2529             annotation rows are displayed</li>
2530           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2531             codebase</li>
2532           <li>View follows highlighting does not work for positions
2533             in sequences</li>
2534           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2535           <li>Export features raises exception when no features
2536             exist</li>
2537           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2538             for javascript api is modified when separator string
2539             provided as parameter</li>
2540           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2541             alignment with no existing selection</li>
2542           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2543             to applet&#39;s codebase</li>
2544           <li>Status bar not updated after finished searching and
2545             search wraps around to first result</li>
2546           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2547             several Jalview applets causes race conditions and memory
2548             leaks</li>
2549           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2550             not sent from Jmol in applet</li>
2551           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2552             applet API fatally hang browser</li>
2553         </ul> <em>General</em>
2554         <ul>
2555           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2556             position with wrapped view and hidden regions</li>
2557           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2558             with/without hidden columns</li>
2559           <li>Sequence length given in alignment properties window
2560             is off by 1</li>
2561           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2562             import PDB like structure files</li>
2563           <li>Positional search results are only highlighted
2564             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2565           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2566           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2567             given sequence position</li>
2568           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2569             output</li>
2570           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2571             from nucleotide chains correctly</li>
2572           <li>Structure colours not updated when tree partition
2573             changed in alignment</li>
2574           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2575             parsed in interleaved stockholm</li>
2576           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2577             state</li>
2578           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2579             properly</li>
2580           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2581             properly associated with their pdb files</li>
2582         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2583         <ul>
2584           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2585             ApplyCopyright tool</li>
2586         </ul></td>
2587     </tr>
2588     <tr>
2589       <td>
2590         <div align="center">
2591           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2592         </div>
2593       </td>
2594       <td><em>Application</em>
2595         <ul>
2596           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2597             contact web services</li>
2598           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2599             service job window</li>
2600           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2601         </ul></td>
2602       <td>
2603         <ul>
2604           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2605             pir file emitted by Jalview</li>
2606           <li>Existing feature settings transferred to new
2607             alignment view created from cut'n'paste</li>
2608           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2609             parsing PDB files</li>
2610           <li>Consensus and conservation annotation rows
2611             occasionally become blank for all new windows</li>
2612           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2613             in wrapped view mode</li>
2614         </ul> <em>Application</em>
2615         <ul>
2616           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2617             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2618           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2619             parameter names</li>
2620           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2621             is down</li>
2622         </ul>
2623       </td>
2624     </tr>
2625     <tr>
2626       <td>
2627         <div align="center">
2628           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2629         </div>
2630       </td>
2631       <td><em>Application</em>
2632         <ul>
2633           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2634             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2635             (JABAWS)
2636           </li>
2637           <li>Web Services preference tab</li>
2638           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2639             preferences</li>
2640           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2641           <li>Superpose structures using associated sequence
2642             alignment</li>
2643           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2644             viewer</li>
2645         </ul> <em>Applet</em>
2646         <ul>
2647           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2648             link out mechanism</li>
2649         </ul> <em>Other</em>
2650         <ul>
2651           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2652             series 12</li>
2653           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2654             require Java 1.5</li>
2655           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2656             sequence annotation files</li>
2657           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2658             type colour specification</li>
2659           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2660             script to check if it being run in an interactive session or
2661             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2662         </ul></td>
2663       <td>
2664         <ul>
2665           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2666             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2667         </ul> <em>Application</em>
2668         <ul>
2669           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2670             selected Regions menu item</li>
2671           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2672             part of a valid accession ID</li>
2673           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2674             runs out of memory</li>
2675           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2676             analysis results</li>
2677           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2678             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2679           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2680         </ul> <em>Applet</em>
2681         <ul>
2682           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2683             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2684             defined.</li>
2685         </ul>
2686       </td>
2687     </tr>
2688     <tr>
2689       <td>
2690         <div align="center">
2691           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2692         </div>
2693       </td>
2694       <td></td>
2695       <td>
2696         <ul>
2697           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2698             sequence IDs</li>
2699           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2700             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2701           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2702             import correctly</li>
2703           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2704             number of columns are hidden</li>
2705           <li>annotation label popup menu not providing correct
2706             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2707             present</li>
2708           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2709             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2710           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2711             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2712
2713         </ul> <em>Applet</em>
2714         <ul>
2715           <li>annotation panel disappears when annotation is
2716             hidden/removed</li>
2717         </ul> <em>Application</em>
2718         <ul>
2719           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2720             alignment opened where annotation panel is visible but no
2721             annotations are present on alignment</li>
2722           <li>pasted region containing hidden columns is
2723             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2724           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2725             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2726           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2727             selected Rregions menu item.</li>
2728           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2729             'Un' or 'Non'conserved</li>
2730           <li>Sequence feature settings are being shared by
2731             multiple distinct alignments</li>
2732           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2733             changed</li>
2734           <li>double click on group annotation to select sequences
2735             does not propagate to associated trees</li>
2736           <li>Mac OSX specific issues:
2737             <ul>
2738               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2739                 window background</li>
2740               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2741                 name set correctly</li>
2742               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2743                 save feature colourscheme button</li>
2744             </ul>
2745           </li>
2746         </ul>
2747       </td>
2748     </tr>
2749     <tr>
2750
2751       <td>
2752         <div align="center">
2753           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2754         </div>
2755       </td>
2756       <td><em>New Capabilities</em>
2757         <ul>
2758           <li>URL links generated from description line for
2759             regular-expression based URL links (applet and application)
2760
2761           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2762             menu</li>
2763           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2764             structures</li>
2765           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2766             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2767           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2768             average score or total feature count for each sequence.</li>
2769           <li>Shading features by score or associated description</li>
2770           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2771             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2772           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2773             hide everything but the currently selected region.</li>
2774           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2775         </ul> <em>Application</em>
2776         <ul>
2777           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2778             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2779           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2780             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2781           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2782             database references and protein_name is parsed as
2783             description line (BioSapiens terms).</li>
2784           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2785             references in sequence ID tooltip from View menu in
2786             application.</li>
2787           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2788       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2789           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2790             conservation plots</li>
2791           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2792             and visualized as sequence logos</li>
2793           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2794             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2795           </li>
2796           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2797             when a new tree is opened.</li>
2798           <li>Jalview Java Console</li>
2799           <li>Better placement of desktop window when moving
2800             between different screens.</li>
2801           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2802             consensus annotation</li>
2803           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2804             Workflows</li>
2805           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2806             <ul>
2807               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2808                 used to preserve views, structures, and tree display
2809                 settings)</li>
2810               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2811                 command line</li>
2812               <li>Sharing of selected regions between views and
2813                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2814               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2815             </ul></li>
2816         </ul> <em>Applet</em>
2817         <ul>
2818           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2819           <li>New Parameters
2820             <ul>
2821               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2822                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2823                 opened.</li>
2824               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2825                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2826               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2827                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2828               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2829                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2830                 view</li>
2831               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2832                 increase the height or width of a cell in the alignment
2833                 grid relative to the current font size.</li>
2834             </ul>
2835           </li>
2836           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2837             tooltip</li>
2838         </ul> <em>Other</em>
2839         <ul>
2840           <li>Features format: graduated colour definitions and
2841             specification of feature scores</li>
2842           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2843             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2844             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2845           <li>XML formats extended to support graduated feature
2846             colourschemes, group associated annotation, and profile
2847             visualization settings.</li></td>
2848       <td>
2849         <ul>
2850           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2851             rather than description</li>
2852           <li>Non-positional features are now included in sequence
2853             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2854             visibility in tooltip).</li>
2855           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2856           <li>Added URL embedding instructions to features file
2857             documentation.</li>
2858           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2859             'X' in peptide product</li>
2860           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2861             sequence ID and sequence string and query strings do not
2862             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2863           <li>AMSA files only contain first column of
2864             multi-character column annotation labels</li>
2865           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2866             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2867             exported and re-imported)</li>
2868           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2869             name</li>
2870           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2871             as subsequence matches, and correctly reports total number
2872             of both.</li>
2873           <li>Application:
2874             <ul>
2875               <li>Better handling of exceptions during sequence
2876                 retrieval</li>
2877               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2878                 link text excludes the start_end suffix</li>
2879               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2880                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2881               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2882               <li>Sequence description lines properly shared via
2883                 VAMSAS</li>
2884               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2885                 data sources</li>
2886               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2887                 completes before alignment figures are generated.</li>
2888               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2889                 first time.</li>
2890               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2891                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2892               <li>User defined group colours properly recovered
2893                 from Jalview projects.</li>
2894             </ul>
2895           </li>
2896         </ul>
2897       </td>
2898
2899     </tr>
2900     <tr>
2901       <td>
2902         <div align="center">
2903           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2904         </div>
2905       </td>
2906       <td>
2907         <ul>
2908           <li>Experimental support for google analytics usage
2909             tracking.</li>
2910           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2911         </ul>
2912       </td>
2913       <td>
2914         <ul>
2915           <li>Race condition in applet preventing startup in
2916             jre1.6.0u12+.</li>
2917           <li>Exception when feature created from selection beyond
2918             length of sequence.</li>
2919           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2920           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2921             all sequences with a given id</li>
2922           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2923             ID string searches</li>
2924           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2925             alignment to fail with exception</li>
2926         </ul> <em>Application Issues</em>
2927         <ul>
2928           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2929           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2930             data sources</li>
2931         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2932         <ul>
2933           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2934             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2935           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2936             version (java class versioning error fixed)</li>
2937         </ul>
2938       </td>
2939     </tr>
2940     <tr>
2941       <td>
2942
2943         <div align="center">
2944           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2945         </div>
2946       </td>
2947       <td><em>User Interface</em>
2948         <ul>
2949           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2950             translation and protein products</li>
2951           <li>Linked highlighting of structure associated with
2952             residue mapping to codon position</li>
2953           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2954             and 'clear' button</li>
2955           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2956             Tools menu</li>
2957           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2958             numeric data in description line</li>
2959           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2960           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2961             of sequence</li>
2962         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2963         <ul>
2964           <li>JPred3 web service</li>
2965           <li>Prototype sequence search client (no public services
2966             available yet)</li>
2967           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2968             PFAM</li>
2969           <li>URL Links created for matching database cross
2970             references as well as sequence ID</li>
2971           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2972         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2973         <ul>
2974           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2975             databases</li>
2976           <li>Generalised database reference retrieval and
2977             validation to all fetchable databases</li>
2978           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2979             sequence command</li>
2980         </ul> <em>Import and Export</em>
2981         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2982         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2983           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2984         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2985           File</li>
2986         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2987           triplet as name of colourscheme</li>
2988         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2989         <ul>
2990           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2991           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2992             alignments (experimental)</li>
2993           <li>Create new or select existing session to join</li>
2994           <li>load and save of vamsas documents</li>
2995         </ul> <em>Application command line</em>
2996         <ul>
2997           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2998             from applet)</li>
2999           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3000             of DAS servers to query for alignment features</li>
3001           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3002             that are also automatically queried for features</li>
3003           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3004             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3005         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3006         <ul>
3007           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3008             application (when using &quot;View in full
3009             application&quot;)</li>
3010         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3011         <ul>
3012           <li>feature group display control parameter</li>
3013           <li>debug parameter</li>
3014           <li>showbutton parameter</li>
3015         </ul> <em>Applet API methods</em>
3016         <ul>
3017           <li>newView public method</li>
3018           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3019           <li>Feature display control methods</li>
3020           <li>get list of currently selected sequences</li>
3021         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3022         <ul>
3023           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3024           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3025             Jalview release.</li>
3026           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3027             property controls execution of obfuscator</li>
3028           <li>Build target for generating source distribution</li>
3029           <li>Debug flag for javacc</li>
3030           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3031             jalview.bin.Cache</li>
3032           <li>Continuous Build Integration for stable and
3033             development version of Application, Applet and source
3034             distribution</li>
3035         </ul></td>
3036       <td>
3037         <ul>
3038           <li>selected region output includes visible annotations
3039             (for certain formats)</li>
3040           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3041             for editing</li>
3042           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3043           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3044           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3045           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3046             comments</li>
3047           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3048             filenames containing a ':'</li>
3049           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3050             global sequence features</li>
3051           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3052             references from alignment sequences goes to zero</li>
3053           <li>Close of tree branch colour box without colour
3054             selection causes cascading exceptions</li>
3055           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3056           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3057             file parsing fails.</li>
3058           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3059           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3060             not a valid output format</li>
3061           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3062             vamsas</li>
3063           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3064           <li>error messages passed up and output when data read
3065             fails</li>
3066           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3067             sequence is edited</li>
3068           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3069             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3070           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3071             filetype</li>
3072           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3073             import fixed for PFAM records</li>
3074           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3075             window list</li>
3076           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3077             can be read and written correctly to annotation file</li>
3078           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3079             correctly</li>
3080           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3081             non-italic font for representatives in Applet</li>
3082           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3083             Macs.</li>
3084           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3085             Applet)</li>
3086           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3087             due to null pointer exceptions</li>
3088           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3089             first column of alignment</li>
3090           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3091             July 2008</li>
3092           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3093             file is case-insensitive</li>
3094           <li>Sequence features read from Features file appended to
3095             all sequences with matching IDs</li>
3096           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3097             containing a sub-sequence</li>
3098           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3099           <li>feature and annotation file applet parameters
3100             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3101           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3102           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3103             splash-screen version check to complete</li>
3104           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3105             when passing them to the launchApp service</li>
3106           <li>display name and local features preserved in results
3107             retrieved from web service</li>
3108           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3109             sequence fetcher initialisation</li>
3110           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3111             dasobert DAS client</li>
3112           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3113             association</li>
3114           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3115             sequences
3116           </li>
3117         </ul>
3118       </td>
3119     </tr>
3120     <tr>
3121       <td>
3122         <div align="center">
3123           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3124         </div>
3125       </td>
3126       <td>
3127         <ul>
3128           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3129           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3130           <li>Slide sequences</li>
3131           <li>Edit sequence in place</li>
3132           <li>EMBL CDS features</li>
3133           <li>DAS Feature mapping</li>
3134           <li>Feature ordering</li>
3135           <li>Alignment Properties</li>
3136           <li>Annotation Scores</li>
3137           <li>Sort by scores</li>
3138           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3139         </ul>
3140       </td>
3141       <td>
3142         <ul>
3143           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3144           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3145           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3146           <li>Feature group display state in XML</li>
3147           <li>Feature ordering in XML</li>
3148           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3149           <li>Stockholm alignment properties</li>
3150           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3151           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3152           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3153           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3154         </ul>
3155       </td>
3156
3157     </tr>
3158     <tr>
3159       <td>
3160         <div align="center">
3161           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3162         </div>
3163       </td>
3164       <td>
3165         <ul>
3166           <li>Non standard characters can be read and displayed
3167           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3168             applet via textbox
3169           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3170             name &amp; description
3171           <li>Preference setting to display sequence name in
3172             italics
3173           <li>Annotation file format extended to allow
3174             Sequence_groups to be defined
3175           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3176             specified in preferences
3177           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3178             sequences
3179         </ul>
3180       </td>
3181       <td>
3182         <ul>
3183           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3184             installed
3185           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3186           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3187         </ul>
3188       </td>
3189     </tr>
3190     <tr>
3191       <td>
3192         <div align="center">
3193           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3194         </div>
3195       </td>
3196       <td>
3197         <ul>
3198           <li>Multiple views on alignment
3199           <li>Sequence feature editing
3200           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3201           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3202           <li>Background dependent text colour
3203           <li>Right align sequence ids
3204           <li>User-defined lower case residue colours
3205           <li>Format Menu
3206           <li>Select Menu
3207           <li>Menu item accelerator keys
3208           <li>Control-V pastes to current alignment
3209           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3210           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3211           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3212
3213           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3214         </ul>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <ul>
3218           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3219           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3220             calculations
3221           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3222             edits
3223           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3224             of alignment)
3225           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3226
3227           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3228             display correctly
3229           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3230           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3231             analysis results
3232           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3233             &#8739;
3234           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3235           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3236           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3237
3238         </ul>
3239       </td>
3240     </tr>
3241     <tr>
3242       <td>
3243         <div align="center">
3244           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3245         </div>
3246       </td>
3247       <td>
3248         <ul>
3249           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3250         </ul>
3251       </td>
3252       <td>
3253         <ul>
3254           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3255             sequence id panel has been resized</li>
3256           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3257             rendered</li>
3258           <li>Annotation files with sequence references - all
3259             elements in file are relative to sequence position</li>
3260           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3261         </ul>
3262       </td>
3263     </tr>
3264     <tr>
3265       <td>
3266         <div align="center">
3267           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3268         </div>
3269       </td>
3270       <td>
3271         <ul>
3272           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3273           <li>DAS Feature fetching</li>
3274           <li>Hide sequences and columns</li>
3275           <li>Export Annotations and Features</li>
3276           <li>GFF file reading / writing</li>
3277           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3278             files</li>
3279           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3280           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3281           <li>Applet can launch the full application</li>
3282           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3283             required)</li>
3284           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3285           <li>Applet can load sequences from parameter
3286             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3287           </li>
3288         </ul>
3289       </td>
3290       <td>
3291         <ul>
3292           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3293           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3294           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3295         </ul>
3296       </td>
3297     </tr>
3298     <tr>
3299       <td>
3300         <div align="center">
3301           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3302         </div>
3303       </td>
3304       <td>
3305         <ul>
3306           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3307           <li>Choose to match case when searching</li>
3308           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3309             expand the visible width and height of the alignment</li>
3310         </ul>
3311       </td>
3312       <td>
3313         <ul>
3314           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3315         </ul>
3316       </td>
3317     </tr>
3318     <tr>
3319       <td>
3320         <div align="center">
3321           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3322         </div>
3323       </td>
3324       <td>&nbsp;</td>
3325       <td>
3326         <ul>
3327           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3328           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3329             value</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332     </tr>
3333     <tr>
3334       <td>
3335         <div align="center">
3336           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3337         </div>
3338       </td>
3339       <td>
3340         <ul>
3341           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3342           <li>Keyboard editing</li>
3343           <li>Create sequence features from searches</li>
3344           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3345             alignments</li>
3346           <li>Features file allows grouping of features</li>
3347           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3348           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3349           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3350         </ul>
3351       </td>
3352       <td>
3353         <ul>
3354           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3355           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3356             descriptions saved.</li>
3357         </ul>
3358       </td>
3359     </tr>
3360     <tr>
3361       <td>
3362         <div align="center">
3363           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3364         </div>
3365       </td>
3366       <td>
3367         <ul>
3368           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3369           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3370           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3371             name for file output</li>
3372           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3373           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3374             used for HTML form input</li>
3375         </ul>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>HTML output writes groups and features</li>
3380           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3381           <li>File IO bugs</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384     </tr>
3385     <tr>
3386       <td>
3387         <div align="center">
3388           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3389         </div>
3390       </td>
3391       <td>
3392         <ul>
3393           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3394           <li>More options for PCA viewer</li>
3395         </ul>
3396       </td>
3397       <td>
3398         <ul>
3399           <li>GUI bugs resolved</li>
3400           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3401         </ul>
3402       </td>
3403     </tr>
3404     <tr>
3405       <td height="63">
3406         <div align="center">
3407           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3408         </div>
3409       </td>
3410       <td>
3411         <ul>
3412           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3413           <li>Jar files are executable</li>
3414           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3415         </ul>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3420           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3421           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424     </tr>
3425     <tr>
3426       <td>
3427         <div align="center">
3428           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3429         </div>
3430       </td>
3431       <td>
3432         <ul>
3433           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436       <td>
3437         <ul>
3438           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3439         </ul>
3440       </td>
3441     </tr>
3442     <tr>
3443       <td>
3444         <div align="center">
3445           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3446         </div>
3447       </td>
3448       <td>
3449         <ul>
3450           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3451             size</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454       <td>
3455         <ul>
3456           <li>Improved JPred client reliability</li>
3457           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3458         </ul>
3459       </td>
3460     </tr>
3461     <tr>
3462       <td>
3463         <div align="center">
3464           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3465         </div>
3466       </td>
3467       <td>
3468         <ul>
3469           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3470           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3471           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3472             to Colour Menu</li>
3473           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3474           <li>Unix users can set default web browser</li>
3475           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3476           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3477         </ul>
3478       </td>
3479       <td>
3480         <ul>
3481           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3482         </ul>
3483       </td>
3484     </tr>
3485     <tr>
3486       <td>
3487         <div align="center">
3488           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3489         </div>
3490       </td>
3491       <td>&nbsp;</td>
3492       <td>
3493         <ul>
3494           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3495             alignment order.</li>
3496         </ul>
3497       </td>
3498     </tr>
3499     <tr>
3500       <td>
3501         <div align="center">
3502           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3503         </div>
3504       </td>
3505       <td>
3506         <ul>
3507           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3508           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3509           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3510             annotations.</li>
3511           <li>Version and build date written to build properties
3512             file.</li>
3513           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3514             at launch of Jalview.</li>
3515         </ul>
3516       </td>
3517       <td>
3518         <ul>
3519           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3520           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3521           <li>Can remove groups one by one.</li>
3522           <li>Filechooser icons installed.</li>
3523           <li>Finder ignores return character when searching.
3524             Return key will initiate a search.<br>
3525           </li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528     </tr>
3529     <tr>
3530       <td>
3531         <div align="center">
3532           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3533         </div>
3534       </td>
3535       <td>
3536         <ul>
3537           <li>New codebase</li>
3538         </ul>
3539       </td>
3540       <td>&nbsp;</td>
3541     </tr>
3542   </table>
3543   <p>&nbsp;</p>
3544 </body>
3545 </html>