help/html/releases.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Release History</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Release History</strong> </p>\r
   5 <table border="1">\r
   6   <tr> \r
   7     <td width="60" nowrap><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>\r
   8     <td ><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>\r
   9     <td ><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>\r
  10   </tr>\r
  11   <tr> \r
  12     <td>\r
  13 <div align="center"><strong>2.1.1</strong><br>\r
  14         12/9/06</div></td>\r
  15     <td><ul>\r
  16         <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>\r
  17       </ul></td>\r
  18     <td><ul>\r
  19         <li>Image output - rightmost residues are rendered if sequence id panel \r
  20           has been resized</li>\r
  21         <li>Image output - all offscreen group boundaries are rendered </li>\r
  22         <li>Annotation files with sequence references - all elements in file are \r
  23           relative to sequence position</li>\r
  24         <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>\r
  25       </ul></td>\r
  26   </tr>\r
  27   <tr> \r
  28     <td><div align="center"><strong>2.1</strong><br>\r
  29         22/8/06</div></td>\r
  30     <td><ul>\r
  31         <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>\r
  32         <li>DAS Feature fetching</li>\r
  33         <li>Hide sequences and columns</li>\r
  34         <li>Export Annotations and Features</li>\r
  35         <li>GFF file reading / writing</li>\r
  36         <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>\r
  37         <li>Add sequences to exisiting alignment</li>\r
  38         <li>Recently opened files / URL lists</li>\r
  39         <li>Applet can launch the full application</li>\r
  40         <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>\r
  41         <li>Applet has user defined colours parameter</li>\r
  42         <li>Applet can load sequences from parameter &quot;sequence<em>x</em>&quot;</li>\r
  43       </ul></td>\r
  44     <td><ul>\r
  45         <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>\r
  46         <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>\r
  47         <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>\r
  48       </ul></td>\r
  49   </tr>\r
  50   <tr> \r
  51     <td><div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>\r
  52         2/5/06</div></td>\r
  53     <td><ul>\r
  54         <li>Change case of selected region from Popup menu</li>\r
  55         <li>Choose to match case when searching</li>\r
  56         <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand the visible \r
  57           width and height of the alignment</li>\r
  58       </ul></td>\r
  59     <td><ul>\r
  60         <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>\r
  61       </ul></td>\r
  62   </tr>\r
  63   <tr> \r
  64     <td><div align="center"><strong>2.08b</strong><br>\r
  65         18/4/06</div></td>\r
  66     <td>&nbsp;</td>\r
  67     <td><ul>\r
  68         <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>\r
  69         <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>\r
  70       </ul></td>\r
  71   </tr>\r
  72   <tr> \r
  73     <td><div align="center"><strong>2.08</strong><br>\r
  74         10/4/06</div></td>\r
  75     <td><ul>\r
  76         <li>Editing can be locked to the selection area</li>\r
  77         <li>Keyboard editing</li>\r
  78         <li>Create sequence features from searches</li>\r
  79         <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>\r
  80         <li>Features file allows grouping of features</li>\r
  81         <li>Annotation Colouring scheme added</li>\r
  82         <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>\r
  83         <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>\r
  84       </ul></td>\r
  85     <td><ul>\r
  86         <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>\r
  87         <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved. \r
  88         </li>\r
  89       </ul></td>\r
  90   </tr>\r
  91   <tr> \r
  92     <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>\r
  93         12/12/05</div></td>\r
  94     <td><ul>\r
  95         <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>\r
  96         <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>\r
  97         <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>\r
  98         <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>\r
  99         <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML \r
 100           form input</li>\r
 101       </ul></td>\r
 102     <td><ul>\r
 103         <li>HTML output writes groups and features</li>\r
 104         <li>Group editing is Control and mouse click</li>\r
 105         <li>File IO bugs</li>\r
 106       </ul></td>\r
 107   </tr>\r
 108   <tr> \r
 109     <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>\r
 110         28/9/05</div></td>\r
 111     <td><ul>\r
 112         <li>View annotations in wrapped mode</li>\r
 113         <li>More options for PCA viewer</li>\r
 114       </ul></td>\r
 115     <td><ul>\r
 116         <li>GUI bugs resolved</li>\r
 117         <li>Runs with -nodisplay from command line</li>\r
 118       </ul></td>\r
 119   </tr>\r
 120   <tr> \r
 121     <td height="63"> <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>\r
 122         15/9/05</div></td>\r
 123     <td><ul>\r
 124         <li>Choose EPS export as lineart or text</li>\r
 125         <li>Jar files are executable</li>\r
 126         <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>\r
 127       </ul></td>\r
 128     <td><ul>\r
 129         <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>\r
 130         <li>Overview window calculated more efficiently</li>\r
 131         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 132       </ul></td>\r
 133   </tr>\r
 134   <tr> \r
 135     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>\r
 136         30/8/05</div></td>\r
 137     <td><ul>\r
 138         <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>\r
 139       </ul></td>\r
 140     <td><ul>\r
 141         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 142       </ul></td>\r
 143   </tr>\r
 144   <tr> \r
 145     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>\r
 146         24/8/05</div></td>\r
 147     <td><ul>\r
 148         <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>\r
 149       </ul></td>\r
 150     <td><ul>\r
 151         <li>Improved JPred client reliability</li>\r
 152         <li>Improved loading of Jalview files</li>\r
 153       </ul></td>\r
 154   </tr>\r
 155   <tr> \r
 156     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>\r
 157         18/8/05</div></td>\r
 158     <td><ul>\r
 159         <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>\r
 160         <li>Multiple URL links from sequence ids</li>\r
 161         <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>\r
 162         <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>\r
 163         <li>Unix users can set default web browser</li>\r
 164         <li>Runs without GUI for batch processing</li>\r
 165         <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>\r
 166       </ul></td>\r
 167     <td><ul>\r
 168         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>\r
 169       </ul></td>\r
 170   </tr>\r
 171   <tr> \r
 172     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>\r
 173         18/7/05</div></td>\r
 174     <td>&nbsp;</td>\r
 175     <td><ul>\r
 176         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>\r
 177       </ul></td>\r
 178   </tr>\r
 179   <tr> \r
 180     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>\r
 181         12/7/05</div></td>\r
 182     <td><ul>\r
 183         <li>Use delete key for deleting selection.</li>\r
 184         <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>\r
 185         <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>\r
 186         <li>Version and build date written to build properties file.</li>\r
 187         <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>\r
 188       </ul></td>\r
 189     <td><ul>\r
 190         <li>Delete gaps bug fixed.</li>\r
 191         <li>FileChooser sorts columns.</li>\r
 192         <li>Can remove groups one by one.</li>\r
 193         <li>Filechooser icons installed.</li>\r
 194         <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate \r
 195           a search.<br>\r
 196         </li>\r
 197       </ul></td>\r
 198   </tr>\r
 199   <tr> \r
 200     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>\r
 201         20/6/05</div></td>\r
 202     <td ><ul>\r
 203         <li> New codebase</li>\r
 204       </ul></td>\r
 205     <td >&nbsp;</td>\r
 206   </tr>\r
 207 </table>\r
 208 <p>&nbsp;</p>\r
 209 </body>\r
 210 </html>\r