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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  12  *
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>24/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55             <em>General</em>
  56             <ul>
  57               <li><!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used for all consensus calculations</li>
  58               <li><!-- JAL-2177 -->Updated Jmol shipped with applet and desktop to 14.6.4</li>
  59           <li><!--  --></li>
  60
  61           </ul>
  62           <em>Application</em>
  63           <ul>
  64         <li><!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tips have been tamed (databases sorted alphabetically, abridged ID sets) </li>
  65             <li><!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em> from database cross references. Users with custom links will receive a warning dialog asking them to update their preferences.</li>
  66             <li><!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on dialog warning user about disconnecting Jalview from a Chimera session</li>
  67         <li><!-- JAL-2320-->Jalview's chimera control window closes if the Chimera it is connected to is shut down</li>
  68             <li><!-- JAL-2281-->Custom URL links for database cross-references are matched to database name regardless of case</li>
  69             <li><!-- JAL-1738-->Select highlighted columns menu item and keystroke (B) to mark columns containing highlighted regions from structure selections or results of a Find operation</li>
  70         <li><!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation of HTML pages rendering alignment data with the BioJS MSAviewer</li>
  71
  72
  73           </ul>
  74           <em>Applet</em>
  75           <ul>
  76           </ul>
  77           <em>Build and deployment</em>
  78           <ul>
  79             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate for 2016-2017</li>
  80           </ul>
  81           </div>
  82       </td>
  83       <td>
  84         <div align="left">
  85           <em>General</em>
  86           <ul>
  87             <li><!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue are not coloured or thresholded according to percent identity (first observed in Jalview 2.8.2)</li>
  88             <li><!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not hydrophobic</li>
  89             <li><!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID threshold, amino acid properties)</li>
  90             <li><!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not reported as mapped to residues in a structure file in the View Mapping report</li>
  91         <li><!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores could be added multiple times to a sequence</li>
  92
  93           </ul>
  94           <em>Application</em>
  95           <ul>
  96             <li><!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database names without regular expressions also offer links from Sequence ID</li>
  97             <li><!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the URL links pane in Connections preferences doesn't actually update Jalview configuration</li>
  98             <li><!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan</li>
  99             <li><!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF files with similarly named sequences if dropped onto the alignment</li>
 100             <li><!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB entries where more chains exist in the PDB accession than are reported in the SIFTS file</li>
 101             <li><!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to the structure view when displayed with Chimera</li>
 102             <li><!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view panel's View->Show Chains submenu</li>
 103         <li><!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't work for wrapped alignment views</li>
 104             <li>
 105               <!--JAL-2335 -->Disulphide bond features shown as two
 106               highlighted residues rather than a range in linked
 107               structure views, and treated correctly when selecting and
 108               computing trees from features
 109             </li>
 110         <li><!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred predictions from 'JNet' to 'JPred'</li>
 111         <li><!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is corrupted when annotation panel vertical scroll is not at first annotation row</li>
 112         <li><!--JAL- --></li>
 113           </ul>
 114           <em>Applet</em>
 115           <ul>
 116           </ul>
 117           <em>Build and deployment</em>
 118           <ul>
 119             <li><!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests</li>
 120           </ul>
 121           <em>New Known Issues</em>
 122           <ul>
 123             <li></li>
 124           </ul>
 125         </div>
 126       </td>
 127     </tr>
 128       <td width="60" nowrap>
 129         <div align="center">
 130           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 131             <em>25/10/2016</em></strong>
 132         </div>
 133       </td>
 134       <td><em>Application</em>
 135         <ul>
 136           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 137             view if structures already loaded</li>
 138           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 139             structure views</li>
 140         </ul></td>
 141       <td>
 142         <div align="left">
 143           <em>General</em>
 144           <ul>
 145             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 146               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 147             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 148               example sequences/projects/trees</li>
 149           </ul>
 150           <em>Application</em>
 151           <ul>
 152             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 153               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 154             <li>Multiple structure views can be opened and
 155               superposed without timeout for structures with multiple
 156               models or multiple sequences in alignment</li>
 157             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 158               a PDB ID HEADER line</li>
 159             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 160               superposition is performed</li>
 161             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 162               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 163             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 164             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 165               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 166               Refs UI option</li>
 167             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 168               view is created on the alignment</li>
 169             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 170               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 171               to open group pop-up menu</li>
 172           </ul>
 173           <em>Build and deployment</em>
 174           <ul>
 175             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 176               tags</li>
 177           </ul>
 178           <em>New Known Issues</em>
 179           <ul>
 180             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 181               work on Windows</li>
 182           </ul>
 183         </div>
 184       </td>
 185     </tr>
 186     <tr>
 187       <td width="60" nowrap>
 188         <div align="center">
 189           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 190         </div>
 191       </td>
 192       <td><em>General</em>
 193         <ul>
 194           <li>
 195           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 199             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 200             better PDB parsing.
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 204             reference sequence
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 208             mousing over sequence associated annotation
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 212             for manual entry
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 216             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 217             for each column
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 221             showing or hiding columns containing a feature
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 225             group and sequence associated annotation labels
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 229             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 230             dialogs
 231           </li>
 232
 233         </ul> <em>Application</em>
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 237             gene/transcript view
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 241             dialog
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 245             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 249             Pfam sources to xfam.org
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 256             over sequences in Jalview
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 260             regions in ENA and EMBL
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 264             for record retrieval via ENA rest API
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 268             complement operator
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 272             groovy script execution
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 276             alignment window's Calculate menu
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 280             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 284             calculation workers from groovy scripts
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 288             Jalview projects
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 292             associations are now saved/restored from project
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 296             before sequence fetcher is opened
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 300             database chooser opens a sequence fetcher
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 304             the UniProt REST API
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 308             the news reader opening
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 312             querying stored in preferences
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 316             search results
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 323             menu for nucleotide sequences
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 327             and feature counts preserves alignment ordering (and
 328             debugged for complex feature sets).
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 332             viewing structures with Jalview 2.10
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 336             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 337             Ensembl Genomes REST API
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 341             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 342             (Ensembl)
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 346             sequences
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 350             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 351             data from external database records.
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 355             efficient recovery of sequence coding and alignment
 356             annotation relationships.
 357           </li>
 358         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 359         <ul>
 360           <li>
 361             -- JAL---
 362           </li>
 363         </ul> --></td>
 364       <td>
 365         <div align="left">
 366           <em>General</em>
 367           <ul>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 370               menu on OSX
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 374               includes graduated colourschemes
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 378               working with big alignments and lots of hidden columns
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 382               at right of alignment window
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 386               contents
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 390               for DNA alignments
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 394               based tree calculation
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 398               unconserved enabled for group on alignment
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 402               set as reference
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 406               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 407               annotation
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 411               hidden columns present
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 415               user created annotation added to alignment
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 419               '()' base pair annotation
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 423               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 424               Consensus
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 428               feature not working
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 432               beginning of sequence
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 436               entry 3a6s
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 440               from a tree when t-coffee scores are shown
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 444               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 448               some structures
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 452               to Clustal, PIR and PileUp output
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 456               not visible causes alignment window to repaint
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 460               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 461               scores associated with features and annotation rows
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 465               calculation should be case independent
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 469               columns
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 473               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 474               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 478               problems when reference sequence defined and 'show
 479               non-conserved' enabled
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 483               load even when Consensus calculation is disabled
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 487               alignment does nothing
 488             </li>
 489           </ul>
 490           <em>Application</em>
 491           <ul>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 494               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 495               yet fixed for El Capitan)
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 499               output when running on non-gb/us i18n platforms
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 503               hidden sequences as flat-file alignment
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 507               launching Chimera
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 511               (also hotfix for 2.9.0b2)
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 515               reference sequence defined
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 519               alignments and views when revealing hidden columns
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 523               view in a cDNA/Protein splitframe
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 527               sequence from project when only one sequence is
 528               represented
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 532               in Structure Chooser
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 536               structure consensus didn't refresh annotation panel
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 540               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 544               dialogs format columns correctly, don't display array
 545               data, sort columns according to type
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 549               file chooser is cancelled during an image export
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 553               sequence name containing special characters
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 557               case insensitive
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 561               formatting don't wrap
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 565               truncated so L looks like I in consensus annotation
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 569               currently displayed features for the current selection or
 570               view
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 574               after fetching cross-references, and restoring from project
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 578               followed in the structure viewer
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 582               splitframe not restored from project
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 586               trailing end of protein alignment in transcript/product
 587               splitview when pad-gaps not enabled by default
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 591               is case dependent
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 595               article has been read (reopened issue due to
 596               internationalisation problems)
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 600               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 601               cross-references
 602             </li>
 603
 604             <li>
 605               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 606               alignment as HTML
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 610               multiple structures are shown for one or more sequences.
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 614               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 615               is enabled.
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 619               specific PDB id for sequence
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 623               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 624               columns' is disabled.
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 628               selects lowest rather than highest resolution structures
 629               for each sequence
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 633               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 637               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 638             </li>
 639             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 640               after clicking on it to create new annotation for a
 641               column.
 642             </li>
 643             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 644             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 645           </ul>
 646           <em>Applet</em>
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 650               hidden columns present before start of sequence
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 654               (JSON jars)
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 658               sequences are hidden in applet
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 662               deployment on examples pages.
 663             </li>
 664           </ul>
 665         </div>
 666       </td>
 667     </tr>
 668     <tr>
 669       <td width="60" nowrap>
 670         <div align="center">
 671           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 672             <em>16/10/2015</em></strong>
 673         </div>
 674       </td>
 675       <td><em>General</em>
 676         <ul>
 677           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 678             jars</li>
 679         </ul></td>
 680       <td>
 681         <div align="left">
 682           <em>Application</em>
 683           <ul>
 684             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 685               shown when tree is partitioned</li>
 686             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 687               multiple cDNA/Protein split views</li>
 688           </ul>
 689         </div>
 690       </td>
 691     </tr>
 692     <tr>
 693       <td width="60" nowrap>
 694         <div align="center">
 695           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 696             <em>8/10/2015</em></strong>
 697         </div>
 698       </td>
 699       <td><em>General</em>
 700         <ul>
 701           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 702             2.9</li>
 703         </ul> <em>Application</em>
 704         <ul>
 705           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 706           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 707           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 708         </ul> <em>Applet</em>
 709         <ul>
 710           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 711         </ul><em>Build and Deployment</em>
 712         <ul>
 713           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 714         </ul></td>
 715       <td>
 716         <div align="left">
 717           <em>General</em>
 718           <ul>
 719             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 720               incorrect when sequence start > 1</li>
 721             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 722               documentation</li>
 723             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 724             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 725               loading a features file containing HTML tags in feature
 726               description</li>
 727
 728           </ul>
 729           <em>Application</em>
 730           <ul>
 731             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 732               reimport</li>
 733             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 734               with 'trim retrieved sequences'</li>
 735             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 736               deleting selected columns</li>
 737             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 738               JNLP templates for webstart launch</li>
 739             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 740               unreleased structures for download or viewing</li>
 741             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 742               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 743             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 744               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 745             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 746               recovered from jalview project</li>
 747             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 748               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 749               alignment view</li>
 750             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 751               color schemes from BioJSON</li>
 752           </ul>
 753           <em>Applet</em>
 754           <ul>
 755             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 756               frame</li>
 757             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 758           </ul>
 759         </div>
 760       </td>
 761     </tr>
 762     <tr>
 763       <td><div align="center">
 764           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 765         </div></td>
 766       <td><em>General</em>
 767         <ul>
 768           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 769             alignments:
 770             <ul>
 771               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 772                 and DNA alignment views</li>
 773               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 774                 cDNA alignment views</li>
 775               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 776                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 777               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 778                 protein sequences</li>
 779             </ul>
 780           </li>
 781           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 782           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 783             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 784           <li>New alignment annotation file statements for
 785             reference sequences and marking hidden columns</li>
 786           <li>Reference sequence based alignment shading to
 787             highlight variation</li>
 788           <li>Select or hide columns according to alignment
 789             annotation</li>
 790           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 791           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 792             acid conservation row</li>
 793           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 794         </ul> <em>Application</em>
 795         <ul>
 796           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 797             <ul>
 798               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 799                 view with cDNA/Protein</li>
 800               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 801                 sequences are placed in the same alignment</li>
 802               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 803                 projects</li>
 804             </ul>
 805           </li>
 806
 807           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 808           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 809             Jalview windows</li>
 810
 811           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 812           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 813           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 814             be shown in VARNA</li>
 815
 816           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 817             as the active selected region</li>
 818
 819           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 820             similarity</li>
 821           <li>New Export options
 822             <ul>
 823               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 824                 region export in flat file generation</li>
 825
 826               <li>Export alignment views for display with the <a
 827                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 828
 829               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 830               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 831                 alignment figures to HTML</li>
 832           </li>
 833           <li>3D structure retrieval and display
 834             <ul>
 835               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 836                 Search API</li>
 837               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 838                 PDB structures for a sequence set</li>
 839             </ul>
 840           </li>
 841
 842           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 843             predictions</li>
 844           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 845             for one or a group of sequences</li>
 846           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 847             from the JPred4 web server</li>
 848           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 849             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 850             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 851           </li>
 852           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 853             VARNA 2D Structure'</li>
 854           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 855             Structure ..."</li>
 856
 857         </ul> <em>Applet</em>
 858         <ul>
 859           <li>New layout for applet example pages</li>
 860           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 861             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 862           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 863             Protein alignments</li>
 864         </ul> <em>Development and deployment</em>
 865         <ul>
 866           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 867           <li>Include installation type and git revision in build
 868             properties and console log output</li>
 869           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 870             storing BioJsMSA Templates</li>
 871           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 872         </ul></td>
 873       <td>
 874         <!-- <em>General</em>
 875         <ul>
 876         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 877         <ul>
 878           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 879           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 880           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 881             predictions are not highlighted in amber</li>
 882           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 883             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 884           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 885             associated structure views</li>
 886           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 887             width checkbox not enabled</li>
 888           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 889             creating user defined colours</li>
 890           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 891             mappings for just that viewer's sequences</li>
 892           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 893             multiple models in Chimera</li>
 894           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 895             over Jmol structure</li>
 896           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 897             output to text box</li>
 898           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 899             have incorrect sequence start/end</li>
 900           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 901             Jalview fails</li>
 902           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 903             work for nucleotide</li>
 904           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 905             to a grey/invisible alignment window</li>
 906           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 907             imports to different position</li>
 908           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 909             on some platforms</li>
 910           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 911             populated</li>
 912           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 913             console if Chimera has been opened</li>
 914           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 915           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 916             retrieved</li>
 917           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 918           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 919             either sequence shows on first structure</li>
 920           <li>'Show annotations' options should not make
 921             non-positional annotations visible</li>
 922           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 923             in right place after 'view flanking regions'</li>
 924           <li>File Save As type unset when current file format is
 925             unknown</li>
 926           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 927             projects</li>
 928           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 929             responsive</li>
 930           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 931             several views on same alignment</li>
 932           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 933           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 934             spaces</li>
 935         </ul> <em>Applet</em>
 936         <ul>
 937           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 938           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 939             descriptions containing angle brackets</li>
 940         </ul> <em>General</em>
 941         <ul>
 942           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 943             via jalview annotation file</li>
 944           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 945             with RNA secondary structure</li>
 946           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 947             translation doesn't work.</li>
 948           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 949           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 950             positions</li>
 951           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 952             choosing 1pt font</li>
 953           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 954             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 955             'h'</li>
 956           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 957             new feature</li>
 958           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 959             order dependent</li>
 960           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 961             sequences</li>
 962           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 963         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 964         <ul>
 965           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 966             www.jalview.org</li>
 967         </ul> <em>Application Known issues</em>
 968         <ul>
 969           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 970           <li>Misleading message appears after trying to delete
 971             solid column.</li>
 972           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 973             version launches</li>
 974           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 975             fails with a sequence mismatch</li>
 976           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 977             scrolling alignment to right</li>
 978           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 979             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 980           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 981             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 982           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 983             ultra-high resolution</li>
 984           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 985             quality and conservation</li>
 986           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 987             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 988         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 989         <ul>
 990           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 991           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 992             window is being resized</li>
 993
 994         </ul>
 995       </td>
 996     </tr>
 997     <tr>
 998       <td><div align="center">
 999           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1000         </div></td>
1001       <td><em>General</em>
1002         <ul>
1003           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1004             Certum.PL.</li>
1005           <li>Features and annotation preserved when performing
1006             pairwise alignment</li>
1007           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1008             imported/exported/displayed</li>
1009           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1010             protein secondary structure</li>
1011           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1012               post-hoc with 2.9 release</em>)
1013           </li>
1014
1015         </ul> <em>Application</em>
1016         <ul>
1017           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1018             with 3D structures</li>
1019           <li>Support for parsing RNAML</li>
1020           <li>Annotations menu for layout
1021             <ul>
1022               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1023               <li>place sequence annotation above/below alignment
1024                 annotation</li>
1025             </ul>
1026           <li>Output in Stockholm format</li>
1027           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1028             translation</li>
1029           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1030           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1031             shared between alignments</li>
1032           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1033             Jalview</li>
1034           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1035             all or current selection</li>
1036           <li>disorder and secondary structure predictions
1037             available as dataset annotation</li>
1038           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1039
1040
1041           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1042             alignments from Rfam</li>
1043           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1044
1045           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1046             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1047           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1048           <li>include installation type in build properties and
1049             console log output</li>
1050           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1051             annotation</li>
1052         </ul></td>
1053       <td>
1054         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1055         <ul>
1056           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1057             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1058           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1059             alignment</li>
1060           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1061           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1062           <li>Double click on sequence associated annotation
1063             selects only first column</li>
1064           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1065             leaves shown in tree</li>
1066           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1067             properly</li>
1068           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1069           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1070             screen and buttons not visible</li>
1071           <li>author list isn't updated if already written to
1072             Jalview properties</li>
1073           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1074             from database</li>
1075           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1076           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1077             browser search window</li>
1078           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1079             in feature settings dialog</li>
1080           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1081             desktop</li>
1082           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1083             pass validation</li>
1084           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1085             fit on screen</li>
1086           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1087             tooltip</li>
1088           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1089             defined user preset</li>
1090           <li>MSA web services warns user if they were launched
1091             with invalid input</li>
1092           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1093             Java 8</li>
1094           <li>
1095             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1096             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1097             created
1098           </li>
1099
1100         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1101                                 <ul>
1102                                 </ul> <em>General</em>
1103                                 <ul>
1104                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1105         <ul>
1106           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1107             memory allocation</li>
1108           <li>launchApp service doesn't automatically open
1109             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1110           <li>
1111             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1112             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1113             1.7_055 is available
1114           </li>
1115         </ul> <em>Application Known issues</em>
1116         <ul>
1117           <li>
1118             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1119             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1120             alignment to right
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1124             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1125             with large number of ID
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1129             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1130             start/end
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1134             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1135             structure tracks are rearranged
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1139             invalid rna structure positional highlighting does not
1140             highlight position of invalid base pairs
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1144             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1145             project from alignment window file menu
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1149             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1150             structures
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1154             colour by RNA Helices not enabled when user created
1155             annotation added to alignment
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1159             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1160           </li>
1161         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1162         <ul>
1163           <li>
1164             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1165             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1169             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1170           </li>
1171
1172           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1173             when selected</li>
1174         </ul>
1175       </td>
1176     </tr>
1177     <tr>
1178       <td><div align="center">
1179           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1180         </div></td>
1181       <td>
1182         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1183         <em>General</em>
1184         <ul>
1185           <li>Internationalisation of user interface (usually
1186             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1187           <li>Define/Undefine group on current selection with
1188             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1189           <li>Improved group creation/removal options in
1190             alignment/sequence Popup menu</li>
1191           <li>Sensible precision for symbol distribution
1192             percentages shown in logo tooltip.</li>
1193           <li>Annotation panel height set according to amount of
1194             annotation when alignment first opened</li>
1195         </ul> <em>Application</em>
1196         <ul>
1197           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1198             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1199           <li>Select columns containing particular features from
1200             Feature Settings dialog</li>
1201           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1202             sequences</li>
1203           <li>Update Jalview project format:
1204             <ul>
1205               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1206               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1207                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1208               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1209                 colouring</li>
1210             </ul>
1211           </li>
1212           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1213             (PAM250)</li>
1214           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1215             flanking regions for an alignment</li>
1216         </ul>
1217       </td>
1218       <td>
1219         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1220         <ul>
1221           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1222             running after job is cancelled</li>
1223           <li>cannot export features from alignments imported from
1224             Jalview/VAMSAS projects</li>
1225           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1226             float values</li>
1227           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1228             have 'display all symbols' flag set</li>
1229           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1230             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1231           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1232             Jalview</li>
1233           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1234             Lion/Webstart</li>
1235           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1236           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1237           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1238             alignment onto desktop</li>
1239           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1240             'extract scores' function</li>
1241           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1242             alignment window</li>
1243           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1244             performing IUPred disorder prediction</li>
1245           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1246             changing 'normalise logo' display setting</li>
1247           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1248             nothing matches query</li>
1249           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1250             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1251           </li>
1252           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1253             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1254           </li>
1255           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1256             Jalview's menu</li>
1257           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1258             'invalid literal/length code'</li>
1259           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1260             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1261           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1262             colourscheme</li>
1263
1264         </ul> <em>Applet</em>
1265         <ul>
1266           <li>Remove group option is shown even when selection is
1267             not a group</li>
1268           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1269             don't affect groups</li>
1270           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1271             colourscheme name</li>
1272           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1273             Annotation panel is not displayed</li>
1274           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1275             embedded windows</li>
1276         </ul> <em>Other</em>
1277         <ul>
1278           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1279             single sequence were not calculated</li>
1280           <li>annotation files that contain only groups imported as
1281             annotation and junk sequences</li>
1282           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1283             recognised as PFAM or BLC</li>
1284           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1285             doesn't affect background (2.8.0b1)
1286           <li></li>
1287           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1288           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1289             trailing gaps</li>
1290           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1291             registered correctly on import</li>
1292           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1293             certain alignments</li>
1294           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1295             existing annotation based 'use original colours'
1296             colourscheme loses original colours setting</li>
1297         </ul>
1298       </td>
1299     </tr>
1300     <tr>
1301       <td><div align="center">
1302           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1303             <em>30/1/2014</em></strong>
1304         </div></td>
1305       <td>
1306         <ul>
1307           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1308             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1309             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1310             open source project).
1311           </li>
1312           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1313           </li>
1314           <li>Output in Stockholm format</li>
1315           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1316           <li>Export/import group and sequence associated line
1317             graph thresholds</li>
1318           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1319             ambiguity codes</li>
1320           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1321             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1322             works</li>
1323           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1324         </ul> <em>Other improvements</em>
1325         <ul>
1326           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1327           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1328             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1329           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1330             files</li>
1331           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1332           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1333             link but no description</li>
1334           <li>Select primary source when selecting authority in
1335             database fetcher GUI</li>
1336           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1337             Jalview</li>
1338           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1339         </ul>
1340       </td>
1341       <td>
1342         <ul>
1343           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1344             displayed</li>
1345           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1346             secondary structure annotation line</li>
1347           <li>Sequence database accessions not imported when
1348             fetching alignments from Rfam</li>
1349           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1350             identical IDs</li>
1351           <li>View all structures does not always superpose
1352             structures</li>
1353           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1354             reflect user or preset settings</li>
1355           <li>Null pointer exceptions for some services without
1356             presets or adjustable parameters</li>
1357           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1358             discover PDB xRefs</li>
1359           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1360             features with DAS</li>
1361           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1362             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1363           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1364             residue follows a gap</li>
1365           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1366             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1367           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1368             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1369           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1370             annotation already exists on alignment</li>
1371           <li>oninit javascript function should be called after
1372             initialisation completes</li>
1373           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1374             alignment window display</li>
1375           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1376           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1377             to annotation file</li>
1378           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1379             groups created</li>
1380           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1381             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1382           <li>Pressing return several times causes Number Format
1383             exceptions in keyboard mode</li>
1384           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1385             correct partitions for input data</li>
1386           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1387           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1388           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1389           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1390             mode</li>
1391           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1392             changes one row&#39;s threshold</li>
1393           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1394             doesn&#39;t open</li>
1395           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1396             quality histograms</li>
1397         </ul>
1398       </td>
1399     </tr>
1400     <tr>
1401       <td><div align="center">
1402           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1403         </div></td>
1404       <td><em>Application</em>
1405         <ul>
1406           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1407             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1408           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1409             preferences</li>
1410           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1411             in Jalview alignment window</li>
1412           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1413             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1414           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1415             RNA and ambiguity codes</li>
1416
1417           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1418           <li>Support fetching and database reference look up
1419             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1420             refs')</li>
1421           <li>Jalview project improvements
1422             <ul>
1423               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1424                 flag for annotation</li>
1425               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1426                 alignment</li>
1427               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1428                 Jalview project</li>
1429
1430             </ul>
1431           </li>
1432           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1433           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1434             running</li>
1435           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1436           <li>visual indication that web service results are still
1437             being retrieved from server</li>
1438           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1439             starts up for first time</li>
1440           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1441             services</li>
1442           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1443             client library</li>
1444           <li>Examples directory and Groovy library included in
1445             InstallAnywhere distribution</li>
1446         </ul> <em>Applet</em>
1447         <ul>
1448           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1449             visualization applet example</li>
1450         </ul> <em>General</em>
1451         <ul>
1452           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1453           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1454             defaults</li>
1455           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1456             calculation</li>
1457           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1458             matrices
1459           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1460             in HTML</li>
1461           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1462             structure contacts</li>
1463           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1464           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1465           <li>Parse sequence associated secondary structure
1466             information in Stockholm files</li>
1467           <li>HTML Export database accessions and annotation
1468             information presented in tooltip for sequences</li>
1469           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1470             style RNA alignment files</li>
1471           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1472             alignment</li>
1473           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1474             shade each sequence according to its associated alignment
1475             annotation</li>
1476           <li>New Jalview Logo</li>
1477         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1478         <ul>
1479           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1480           <li>New Website!</li>
1481         </ul></td>
1482       <td><em>Application</em>
1483         <ul>
1484           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1485             wsdbfetch REST service</li>
1486           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1487           <li>Filetype associations not installed for webstart
1488             launch</li>
1489           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1490             job execution in full once it is complete</li>
1491           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1492             uploaded via ali_file parameter</li>
1493           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1494           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1495           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1496             submitted for prediction</li>
1497           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1498             desktop window</li>
1499           <li>Putting fractional value into integer text box in
1500             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1501           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1502             windows 7</li>
1503           <li>View all structures fails with exception shown in
1504             structure view</li>
1505           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1506             escaped in a platform independent way</li>
1507           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1508             using proxy</li>
1509           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1510             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1511           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1512             failure when java web start temporary file caching is
1513             disabled</li>
1514           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1515             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1516           <li>Errors during processing of command line arguments
1517             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1518           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1519             DAS sources in sequence fetcher</li>
1520           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1521             dialog is shown</li>
1522           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1523           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1524           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1525           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1526             on OSX Mountain Lion</li>
1527           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1528             sequences with alignment annotation are pasted into the
1529             alignment</li>
1530           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1531             when loaded from Jalview project</li>
1532           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1533           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1534             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1535           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1536             associated with all views</li>
1537           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1538             annotation rows to new window</li>
1539         </ul> <em>Applet</em>
1540         <ul>
1541           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1542             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1543           <li>loading features via javascript API automatically
1544             enables feature display</li>
1545           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1546             work</li>
1547         </ul> <em>General</em>
1548         <ul>
1549           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1550           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1551             and then deselected</li>
1552           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1553           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1554             coloured with clustalx</li>
1555           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1556             exceptions and redraw errors</li>
1557           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1558             reconfigured view</li>
1559           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1560             colour</li>
1561           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1562             for lots of labels</li>
1563         </ul>
1564     </tr>
1565     <tr>
1566       <td>
1567         <div align="center">
1568           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1569         </div>
1570       </td>
1571       <td><em>Application</em>
1572         <ul>
1573           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1574           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1575           <li>View/alignment association menu to enable user to
1576             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1577             its colours/correspondences from</li>
1578           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1579           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1580             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1581           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1582           <li>Annotation row column label formatting attributes
1583             stored in project file</li>
1584           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1585             rows preserved in Jalview project file</li>
1586           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1587             saved using Desktop window menu</li>
1588           <li>Visual indication that command line arguments are
1589             still being processed</li>
1590           <li>Groovy script execution from URL</li>
1591           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1592             preferences</li>
1593           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1594             alignment with sequences that have high similarity and
1595             matching IDs</li>
1596           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1597           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1598             structures in same window</li>
1599           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1600           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1601             analysis function in its own submenu</li>
1602         </ul> <em>Applet</em>
1603         <ul>
1604           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1605             groups</li>
1606           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1607           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1608           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1609           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1610           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1611             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1612           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1613           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1614             parameters are treated as such</li>
1615           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1616             <ul>
1617               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1618               <li>Javascript callbacks for
1619                 <ul>
1620                   <li>Applet initialisation</li>
1621                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1622                 </ul>
1623               </li>
1624               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1625                 functions</li>
1626               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1627               <li>javascript structure viewer harness to pass
1628                 messages between Jmol and Jalview when running as
1629                 distinct applets</li>
1630               <li>sortBy method</li>
1631               <li>Set of applet and application examples shipped
1632                 with documentation</li>
1633               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1634                 javascript message exchange</li>
1635             </ul>
1636         </ul> <em>General</em>
1637         <ul>
1638           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1639             multiple alignments</li>
1640           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1641           <li>User configurable link to enable redirects to a
1642             www.Jalview.org mirror</li>
1643           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1644           <li>Configurable newline string when writing alignment
1645             and other flat files</li>
1646           <li>Allow alignment annotation description lines to
1647             contain html tags</li>
1648         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1649         <ul>
1650           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1651             examples</li>
1652           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1653             using a web service before displaying the result in the
1654             Jalview desktop</li>
1655           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1656           <li>Ant target to publish example html files with applet
1657             archive</li>
1658           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1659           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1660         </ul></td>
1661       <td><em>Application</em>
1662         <ul>
1663           <li>User defined colourscheme throws exception when
1664             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1665           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1666             dialog for valid filename/format</li>
1667           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1668           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1669             P37173</li>
1670           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1671             which sequence is to be associated with the file</li>
1672           <li>Find All raises null pointer exception when query
1673             only matches sequence IDs</li>
1674           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1675           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1676             2.4 cannot be loaded</li>
1677           <li>Filetype associations not installed for webstart
1678             launch</li>
1679           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1680             with sequences in different alignments do not get coloured
1681             by their associated sequence</li>
1682           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1683             not preserved when project is loaded</li>
1684           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1685             stored in Jalview project</li>
1686           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1687             Jalview project</li>
1688           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1689           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1690             by conservation</li>
1691           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1692             created on new view</li>
1693           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1694             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1695           <li>Alignment quality not updated after alignment
1696             annotation row is hidden then shown</li>
1697           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1698             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1699           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1700             properly</li>
1701           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1702             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1703           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1704           <li>Structures imported from file and saved in project
1705             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1706           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1707             job execution in full once it is complete</li>
1708         </ul> <em>Applet</em>
1709         <ul>
1710           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1711             annotation rows are displayed</li>
1712           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1713             codebase</li>
1714           <li>View follows highlighting does not work for positions
1715             in sequences</li>
1716           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1717           <li>Export features raises exception when no features
1718             exist</li>
1719           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1720             for javascript api is modified when separator string
1721             provided as parameter</li>
1722           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1723             alignment with no existing selection</li>
1724           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1725             to applet&#39;s codebase</li>
1726           <li>Status bar not updated after finished searching and
1727             search wraps around to first result</li>
1728           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1729             several Jalview applets causes race conditions and memory
1730             leaks</li>
1731           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1732             not sent from Jmol in applet</li>
1733           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1734             applet API fatally hang browser</li>
1735         </ul> <em>General</em>
1736         <ul>
1737           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1738             position with wrapped view and hidden regions</li>
1739           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1740             with/without hidden columns</li>
1741           <li>Sequence length given in alignment properties window
1742             is off by 1</li>
1743           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1744             import PDB like structure files</li>
1745           <li>Positional search results are only highlighted
1746             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1747           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1748           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1749             given sequence position</li>
1750           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1751             output</li>
1752           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1753             from nucleotide chains correctly</li>
1754           <li>Structure colours not updated when tree partition
1755             changed in alignment</li>
1756           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1757             parsed in interleaved stockholm</li>
1758           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1759             state</li>
1760           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1761             properly</li>
1762           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1763             properly associated with their pdb files</li>
1764         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1765         <ul>
1766           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1767             ApplyCopyright tool</li>
1768         </ul></td>
1769     </tr>
1770     <tr>
1771       <td>
1772         <div align="center">
1773           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1774         </div>
1775       </td>
1776       <td><em>Application</em>
1777         <ul>
1778           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1779             contact web services</li>
1780           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1781             service job window</li>
1782           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1783         </ul></td>
1784       <td>
1785         <ul>
1786           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1787             pir file emitted by Jalview</li>
1788           <li>Existing feature settings transferred to new
1789             alignment view created from cut'n'paste</li>
1790           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1791             parsing PDB files</li>
1792           <li>Consensus and conservation annotation rows
1793             occasionally become blank for all new windows</li>
1794           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1795             in wrapped view mode</li>
1796         </ul> <em>Application</em>
1797         <ul>
1798           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1799             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1800           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1801             parameter names</li>
1802           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1803             is down</li>
1804         </ul>
1805       </td>
1806     </tr>
1807     <tr>
1808       <td>
1809         <div align="center">
1810           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1811         </div>
1812       </td>
1813       <td><em>Application</em>
1814         <ul>
1815           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1816             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1817             (JABAWS)
1818           </li>
1819           <li>Web Services preference tab</li>
1820           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1821             preferences</li>
1822           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1823           <li>Superpose structures using associated sequence
1824             alignment</li>
1825           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1826             viewer</li>
1827         </ul> <em>Applet</em>
1828         <ul>
1829           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1830             link out mechanism</li>
1831         </ul> <em>Other</em>
1832         <ul>
1833           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1834             series 12</li>
1835           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1836             require Java 1.5</li>
1837           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1838             sequence annotation files</li>
1839           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1840             type colour specification</li>
1841           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1842             script to check if it being run in an interactive session or
1843             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1844         </ul></td>
1845       <td>
1846         <ul>
1847           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1848             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1849         </ul> <em>Application</em>
1850         <ul>
1851           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1852             selected Regions menu item</li>
1853           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1854             part of a valid accession ID</li>
1855           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1856             runs out of memory</li>
1857           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1858             analysis results</li>
1859           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1860             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1861           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1862         </ul> <em>Applet</em>
1863         <ul>
1864           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1865             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1866             defined.</li>
1867         </ul>
1868       </td>
1869     </tr>
1870     <tr>
1871       <td>
1872         <div align="center">
1873           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1874         </div>
1875       </td>
1876       <td></td>
1877       <td>
1878         <ul>
1879           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1880             sequence IDs</li>
1881           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1882             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1883           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1884             import correctly</li>
1885           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1886             number of columns are hidden</li>
1887           <li>annotation label popup menu not providing correct
1888             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1889             present</li>
1890           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1891             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1892           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1893             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1894
1895         </ul> <em>Applet</em>
1896         <ul>
1897           <li>annotation panel disappears when annotation is
1898             hidden/removed</li>
1899         </ul> <em>Application</em>
1900         <ul>
1901           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1902             alignment opened where annotation panel is visible but no
1903             annotations are present on alignment</li>
1904           <li>pasted region containing hidden columns is
1905             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1906           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1907             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1908           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1909             selected Rregions menu item.</li>
1910           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1911             'Un' or 'Non'conserved</li>
1912           <li>Sequence feature settings are being shared by
1913             multiple distinct alignments</li>
1914           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1915             changed</li>
1916           <li>double click on group annotation to select sequences
1917             does not propagate to associated trees</li>
1918           <li>Mac OSX specific issues:
1919             <ul>
1920               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1921                 window background</li>
1922               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1923                 name set correctly</li>
1924               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1925                 save feature colourscheme button</li>
1926             </ul>
1927           </li>
1928         </ul>
1929       </td>
1930     </tr>
1931     <tr>
1932
1933       <td>
1934         <div align="center">
1935           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1936         </div>
1937       </td>
1938       <td><em>New Capabilities</em>
1939         <ul>
1940           <li>URL links generated from description line for
1941             regular-expression based URL links (applet and application)
1942
1943
1944
1945
1946
1947
1948           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1949             menu</li>
1950           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1951             structures</li>
1952           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1953             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1954           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1955             average score or total feature count for each sequence.</li>
1956           <li>Shading features by score or associated description</li>
1957           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1958             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1959           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1960             hide everything but the currently selected region.</li>
1961           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1962         </ul> <em>Application</em>
1963         <ul>
1964           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1965             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1966           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1967             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1968           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1969             database references and protein_name is parsed as
1970             description line (BioSapiens terms).</li>
1971           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1972             references in sequence ID tooltip from View menu in
1973             application.</li>
1974           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1975                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1976           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1977             conservation plots</li>
1978           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1979             and visualized as sequence logos</li>
1980           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1981             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1982           </li>
1983           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1984             when a new tree is opened.</li>
1985           <li>Jalview Java Console</li>
1986           <li>Better placement of desktop window when moving
1987             between different screens.</li>
1988           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1989             consensus annotation</li>
1990           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1991             Workflows</li>
1992           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1993             <ul>
1994               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1995                 used to preserve views, structures, and tree display
1996                 settings)</li>
1997               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1998                 command line</li>
1999               <li>Sharing of selected regions between views and
2000                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2001               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2002             </ul></li>
2003         </ul> <em>Applet</em>
2004         <ul>
2005           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2006           <li>New Parameters
2007             <ul>
2008               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2009                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2010                 opened.</li>
2011               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2012                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2013               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2014                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2015               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2016                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2017                 view</li>
2018               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2019                 increase the height or width of a cell in the alignment
2020                 grid relative to the current font size.</li>
2021             </ul>
2022           </li>
2023           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2024             tooltip</li>
2025         </ul> <em>Other</em>
2026         <ul>
2027           <li>Features format: graduated colour definitions and
2028             specification of feature scores</li>
2029           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2030             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2031             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2032           <li>XML formats extended to support graduated feature
2033             colourschemes, group associated annotation, and profile
2034             visualization settings.</li></td>
2035       <td>
2036         <ul>
2037           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2038             rather than description</li>
2039           <li>Non-positional features are now included in sequence
2040             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2041             visibility in tooltip).</li>
2042           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2043           <li>Added URL embedding instructions to features file
2044             documentation.</li>
2045           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2046             'X' in peptide product</li>
2047           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2048             sequence ID and sequence string and query strings do not
2049             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2050           <li>AMSA files only contain first column of
2051             multi-character column annotation labels</li>
2052           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2053             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2054             exported and re-imported)</li>
2055           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2056             name</li>
2057           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2058             as subsequence matches, and correctly reports total number
2059             of both.</li>
2060           <li>Application:
2061             <ul>
2062               <li>Better handling of exceptions during sequence
2063                 retrieval</li>
2064               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2065                 link text excludes the start_end suffix</li>
2066               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2067                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2068               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2069               <li>Sequence description lines properly shared via
2070                 VAMSAS</li>
2071               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2072                 data sources</li>
2073               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2074                 completes before alignment figures are generated.</li>
2075               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2076                 first time.</li>
2077               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2078                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2079               <li>User defined group colours properly recovered
2080                 from Jalview projects.</li>
2081             </ul>
2082           </li>
2083         </ul>
2084       </td>
2085
2086     </tr>
2087     <tr>
2088       <td>
2089         <div align="center">
2090           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2091         </div>
2092       </td>
2093       <td>
2094         <ul>
2095           <li>Experimental support for google analytics usage
2096             tracking.</li>
2097           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2098         </ul>
2099       </td>
2100       <td>
2101         <ul>
2102           <li>Race condition in applet preventing startup in
2103             jre1.6.0u12+.</li>
2104           <li>Exception when feature created from selection beyond
2105             length of sequence.</li>
2106           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2107           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2108             all sequences with a given id</li>
2109           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2110             ID string searches</li>
2111           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2112             alignment to fail with exception</li>
2113         </ul> <em>Application Issues</em>
2114         <ul>
2115           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2116           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2117             data sources</li>
2118         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2119         <ul>
2120           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2121             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2122           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2123             version (java class versioning error fixed)</li>
2124         </ul>
2125       </td>
2126     </tr>
2127     <tr>
2128       <td>
2129
2130         <div align="center">
2131           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2132         </div>
2133       </td>
2134       <td><em>User Interface</em>
2135         <ul>
2136           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2137             translation and protein products</li>
2138           <li>Linked highlighting of structure associated with
2139             residue mapping to codon position</li>
2140           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2141             and 'clear' button</li>
2142           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2143             Tools menu</li>
2144           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2145             numeric data in description line</li>
2146           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2147           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2148             of sequence</li>
2149         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2150         <ul>
2151           <li>JPred3 web service</li>
2152           <li>Prototype sequence search client (no public services
2153             available yet)</li>
2154           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2155             PFAM</li>
2156           <li>URL Links created for matching database cross
2157             references as well as sequence ID</li>
2158           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2159         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2160         <ul>
2161           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2162             databases</li>
2163           <li>Generalised database reference retrieval and
2164             validation to all fetchable databases</li>
2165           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2166             sequence command</li>
2167         </ul> <em>Import and Export</em>
2168         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2169         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2170           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2171         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2172           File</li>
2173         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2174           triplet as name of colourscheme</li>
2175         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2176         <ul>
2177           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2178           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2179             alignments (experimental)</li>
2180           <li>Create new or select existing session to join</li>
2181           <li>load and save of vamsas documents</li>
2182         </ul> <em>Application command line</em>
2183         <ul>
2184           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2185             from applet)</li>
2186           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2187             of DAS servers to query for alignment features</li>
2188           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2189             that are also automatically queried for features</li>
2190           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2191             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2192         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2193         <ul>
2194           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2195             application (when using &quot;View in full
2196             application&quot;)</li>
2197         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2198         <ul>
2199           <li>feature group display control parameter</li>
2200           <li>debug parameter</li>
2201           <li>showbutton parameter</li>
2202         </ul> <em>Applet API methods</em>
2203         <ul>
2204           <li>newView public method</li>
2205           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2206           <li>Feature display control methods</li>
2207           <li>get list of currently selected sequences</li>
2208         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2209         <ul>
2210           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2211           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2212             Jalview release.</li>
2213           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2214             property controls execution of obfuscator</li>
2215           <li>Build target for generating source distribution</li>
2216           <li>Debug flag for javacc</li>
2217           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2218             jalview.bin.Cache</li>
2219           <li>Continuous Build Integration for stable and
2220             development version of Application, Applet and source
2221             distribution</li>
2222         </ul></td>
2223       <td>
2224         <ul>
2225           <li>selected region output includes visible annotations
2226             (for certain formats)</li>
2227           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2228             for editing</li>
2229           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2230           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2231           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2232           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2233             comments</li>
2234           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2235             filenames containing a ':'</li>
2236           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2237             global sequence features</li>
2238           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2239             references from alignment sequences goes to zero</li>
2240           <li>Close of tree branch colour box without colour
2241             selection causes cascading exceptions</li>
2242           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2243           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2244             file parsing fails.</li>
2245           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2246           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2247             not a valid output format</li>
2248           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2249             vamsas</li>
2250           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2251           <li>error messages passed up and output when data read
2252             fails</li>
2253           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2254             sequence is edited</li>
2255           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2256             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2257           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2258             filetype</li>
2259           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2260             import fixed for PFAM records</li>
2261           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2262             window list</li>
2263           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2264             can be read and written correctly to annotation file</li>
2265           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2266             correctly</li>
2267           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2268             non-italic font for representatives in Applet</li>
2269           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2270             Macs.</li>
2271           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2272             Applet)</li>
2273           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2274             due to null pointer exceptions</li>
2275           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2276             first column of alignment</li>
2277           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2278             July 2008</li>
2279           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2280             file is case-insensitive</li>
2281           <li>Sequence features read from Features file appended to
2282             all sequences with matching IDs</li>
2283           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2284             containing a sub-sequence</li>
2285           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2286           <li>feature and annotation file applet parameters
2287             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2288           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2289           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2290             splash-screen version check to complete</li>
2291           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2292             when passing them to the launchApp service</li>
2293           <li>display name and local features preserved in results
2294             retrieved from web service</li>
2295           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2296             sequence fetcher initialisation</li>
2297           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2298             dasobert DAS client</li>
2299           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2300             association</li>
2301           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2302             sequences
2303           </li>
2304         </ul>
2305       </td>
2306     </tr>
2307     <tr>
2308       <td>
2309         <div align="center">
2310           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2311         </div>
2312       </td>
2313       <td>
2314         <ul>
2315           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2316           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2317           <li>Slide sequences</li>
2318           <li>Edit sequence in place</li>
2319           <li>EMBL CDS features</li>
2320           <li>DAS Feature mapping</li>
2321           <li>Feature ordering</li>
2322           <li>Alignment Properties</li>
2323           <li>Annotation Scores</li>
2324           <li>Sort by scores</li>
2325           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2326         </ul>
2327       </td>
2328       <td>
2329         <ul>
2330           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2331           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2332           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2333           <li>Feature group display state in XML</li>
2334           <li>Feature ordering in XML</li>
2335           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2336           <li>Stockholm alignment properties</li>
2337           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2338           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2339           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2340           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2341         </ul>
2342       </td>
2343
2344     </tr>
2345     <tr>
2346       <td>
2347         <div align="center">
2348           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2349         </div>
2350       </td>
2351       <td>
2352         <ul>
2353           <li>Non standard characters can be read and displayed
2354           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2355             applet via textbox
2356           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2357             name &amp; description
2358           <li>Preference setting to display sequence name in
2359             italics
2360           <li>Annotation file format extended to allow
2361             Sequence_groups to be defined
2362           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2363             specified in preferences
2364           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2365             sequences
2366         </ul>
2367       </td>
2368       <td>
2369         <ul>
2370           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2371             installed
2372           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2373           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2374         </ul>
2375       </td>
2376     </tr>
2377     <tr>
2378       <td>
2379         <div align="center">
2380           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2381         </div>
2382       </td>
2383       <td>
2384         <ul>
2385           <li>Multiple views on alignment
2386           <li>Sequence feature editing
2387           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2388           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2389           <li>Background dependent text colour
2390           <li>Right align sequence ids
2391           <li>User-defined lower case residue colours
2392           <li>Format Menu
2393           <li>Select Menu
2394           <li>Menu item accelerator keys
2395           <li>Control-V pastes to current alignment
2396           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2397           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2398           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2399
2400
2401
2402
2403
2404
2405           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2406         </ul>
2407       </td>
2408       <td>
2409         <ul>
2410           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2411           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2412             calculations
2413           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2414             edits
2415           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2416             of alignment)
2417           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2418
2419
2420
2421
2422
2423
2424           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2425             display correctly
2426           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2427           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2428             analysis results
2429           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2430             &#8739;
2431           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2432           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2433           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2434
2435
2436
2437
2438
2439
2440         </ul>
2441       </td>
2442     </tr>
2443     <tr>
2444       <td>
2445         <div align="center">
2446           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2447         </div>
2448       </td>
2449       <td>
2450         <ul>
2451           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2452         </ul>
2453       </td>
2454       <td>
2455         <ul>
2456           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2457             sequence id panel has been resized</li>
2458           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2459             rendered</li>
2460           <li>Annotation files with sequence references - all
2461             elements in file are relative to sequence position</li>
2462           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2463         </ul>
2464       </td>
2465     </tr>
2466     <tr>
2467       <td>
2468         <div align="center">
2469           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2470         </div>
2471       </td>
2472       <td>
2473         <ul>
2474           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2475           <li>DAS Feature fetching</li>
2476           <li>Hide sequences and columns</li>
2477           <li>Export Annotations and Features</li>
2478           <li>GFF file reading / writing</li>
2479           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2480             files</li>
2481           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2482           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2483           <li>Applet can launch the full application</li>
2484           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2485             required)</li>
2486           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2487           <li>Applet can load sequences from parameter
2488             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2489           </li>
2490         </ul>
2491       </td>
2492       <td>
2493         <ul>
2494           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2495           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2496           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2497         </ul>
2498       </td>
2499     </tr>
2500     <tr>
2501       <td>
2502         <div align="center">
2503           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2504         </div>
2505       </td>
2506       <td>
2507         <ul>
2508           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2509           <li>Choose to match case when searching</li>
2510           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2511             expand the visible width and height of the alignment</li>
2512         </ul>
2513       </td>
2514       <td>
2515         <ul>
2516           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2517         </ul>
2518       </td>
2519     </tr>
2520     <tr>
2521       <td>
2522         <div align="center">
2523           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2524         </div>
2525       </td>
2526       <td>&nbsp;</td>
2527       <td>
2528         <ul>
2529           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2530           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2531             value</li>
2532         </ul>
2533       </td>
2534     </tr>
2535     <tr>
2536       <td>
2537         <div align="center">
2538           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2539         </div>
2540       </td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2544           <li>Keyboard editing</li>
2545           <li>Create sequence features from searches</li>
2546           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2547             alignments</li>
2548           <li>Features file allows grouping of features</li>
2549           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2550           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2551           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2552         </ul>
2553       </td>
2554       <td>
2555         <ul>
2556           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2557           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2558             descriptions saved.</li>
2559         </ul>
2560       </td>
2561     </tr>
2562     <tr>
2563       <td>
2564         <div align="center">
2565           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2566         </div>
2567       </td>
2568       <td>
2569         <ul>
2570           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2571           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2572           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2573             name for file output</li>
2574           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2575           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2576             used for HTML form input</li>
2577         </ul>
2578       </td>
2579       <td>
2580         <ul>
2581           <li>HTML output writes groups and features</li>
2582           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2583           <li>File IO bugs</li>
2584         </ul>
2585       </td>
2586     </tr>
2587     <tr>
2588       <td>
2589         <div align="center">
2590           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2591         </div>
2592       </td>
2593       <td>
2594         <ul>
2595           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2596           <li>More options for PCA viewer</li>
2597         </ul>
2598       </td>
2599       <td>
2600         <ul>
2601           <li>GUI bugs resolved</li>
2602           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td height="63">
2608         <div align="center">
2609           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2610         </div>
2611       </td>
2612       <td>
2613         <ul>
2614           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2615           <li>Jar files are executable</li>
2616           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2617         </ul>
2618       </td>
2619       <td>
2620         <ul>
2621           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2622           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2623           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2624         </ul>
2625       </td>
2626     </tr>
2627     <tr>
2628       <td>
2629         <div align="center">
2630           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2631         </div>
2632       </td>
2633       <td>
2634         <ul>
2635           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2636         </ul>
2637       </td>
2638       <td>
2639         <ul>
2640           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2641         </ul>
2642       </td>
2643     </tr>
2644     <tr>
2645       <td>
2646         <div align="center">
2647           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2648         </div>
2649       </td>
2650       <td>
2651         <ul>
2652           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2653             size</li>
2654         </ul>
2655       </td>
2656       <td>
2657         <ul>
2658           <li>Improved JPred client reliability</li>
2659           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2660         </ul>
2661       </td>
2662     </tr>
2663     <tr>
2664       <td>
2665         <div align="center">
2666           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2667         </div>
2668       </td>
2669       <td>
2670         <ul>
2671           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2672           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2673           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2674             to Colour Menu</li>
2675           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2676           <li>Unix users can set default web browser</li>
2677           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2678           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2679         </ul>
2680       </td>
2681       <td>
2682         <ul>
2683           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2684         </ul>
2685       </td>
2686     </tr>
2687     <tr>
2688       <td>
2689         <div align="center">
2690           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2691         </div>
2692       </td>
2693       <td>&nbsp;</td>
2694       <td>
2695         <ul>
2696           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2697             alignment order.</li>
2698         </ul>
2699       </td>
2700     </tr>
2701     <tr>
2702       <td>
2703         <div align="center">
2704           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2705         </div>
2706       </td>
2707       <td>
2708         <ul>
2709           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2710           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2711           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2712             annotations.</li>
2713           <li>Version and build date written to build properties
2714             file.</li>
2715           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2716             at launch of Jalview.</li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719       <td>
2720         <ul>
2721           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2722           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2723           <li>Can remove groups one by one.</li>
2724           <li>Filechooser icons installed.</li>
2725           <li>Finder ignores return character when searching.
2726             Return key will initiate a search.<br>
2727           </li>
2728         </ul>
2729       </td>
2730     </tr>
2731     <tr>
2732       <td>
2733         <div align="center">
2734           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2735         </div>
2736       </td>
2737       <td>
2738         <ul>
2739           <li>New codebase</li>
2740         </ul>
2741       </td>
2742       <td>&nbsp;</td>
2743     </tr>
2744   </table>
2745   <p>&nbsp;</p>
2746 </body>
2747 </html>