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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>17/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100             <li><!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from Uniprot</li>
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105             <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul>
 109             <li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li>
 110           </ul>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 117             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 118             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 119             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 120             <li><!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000 takes a long time in Cursor mode</li>
 121           </ul>
 122           <em>Desktop</em>
 123           <ul>
 124             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 125             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 126             </li>
 127             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 128             </li>
 129             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 130             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 131             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 132             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 133             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 134             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 135             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 136             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 137             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 138             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 139             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 140             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 141             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 142             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of each selected sequence do not have correct start/end positions</li>
 143             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 144             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 145             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 146             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 147             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 148             <li><!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode if new selection moves alignment window</li>
 149             <li><!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using arrow key in cursor mode to pass hidden column marker</li>
 150            </ul>
 151           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 152            <ul>
 153             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 154           </ul>
 155           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 156           <ul>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 159           </li>
 160           </ul>
 161           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 162           <ul>
 163             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 164             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 165             OSX 10.10)
 166             </li>
 167           </ul>
 168           <strong>New Known Issues</strong>
 169           <ul>
 170           <li><!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate sequence features correctly (for many previous versions of Jalview)</li>
 171           <li><!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when using cursor in wrapped panel other than top</li>
 172           <li><!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores graduated colour threshold</li>
 173           </ul>
 174           </div>
 175       </td>
 176     </tr>
 177     <tr>
 178       <td width="60" nowrap>
 179         <div align="center">
 180           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 181             <em>2/10/2017</em></strong>
 182         </div>
 183       </td>
 184       <td><div align="left">
 185           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 186           <ul>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 189             </li>
 190             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 191             </li>
 192           </ul>
 193         </div></td>
 194       <td><div align="left">
 195         </div></td>
 196     </tr>
 197     <tr>
 198       <td width="60" nowrap>
 199         <div align="center">
 200           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 201             <em>7/9/2017</em></strong>
 202         </div>
 203       </td>
 204       <td><div align="left">
 205           <em></em>
 206           <ul>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 209               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 210               white)
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 214               Preferences
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 218               in size and progress bar shown as higher resolution
 219               overview is recalculated
 220             </li>
 221
 222           </ul>
 223         </div></td>
 224       <td><div align="left">
 225           <em></em>
 226           <ul>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 229               column region row by row
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 233               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 237               format setting is unticked
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 241               if group has show boxes format setting unticked
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 245               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 246               include sequences and columns not currently displayed
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 250               assemblies are imported via CIF file
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 254               displayed when threshold or conservation colouring is also
 255               enabled.
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 259               server version
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 263               dragging a selected region off the visible region of the
 264               alignment
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 268               colourscheme to all groups in a view
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 272               initially after font size change using the Font chooser or
 273               middle-mouse zoom
 274             </li>
 275           </ul>
 276         </div></td>
 277     </tr>
 278     <tr>
 279       <td width="60" nowrap>
 280         <div align="center">
 281           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 282         </div>
 283       </td>
 284       <td><div align="left">
 285           <em>Calculations</em>
 286           <ul>
 287
 288             <li>
 289               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 290               ungapped positions in each column of the alignment.
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 294               a calculation dialog box
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 298               and memory efficiency (~30x faster)
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 302               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 303               and other calculations
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 307               files within the Jalview codebase
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 311               Similarity may have different topology due to increased
 312               precision
 313             </li>
 314           </ul>
 315           <em>Rendering</em>
 316           <ul>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 319               model for alignments and groups
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 323               scripts
 324             </li>
 325           </ul>
 326           <em>Overview</em>
 327           <ul>
 328             <li>
 329               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 330               with alignment and overview windows
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 334               overview
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 338               omitted in Overview
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 342               adjustment of visible position
 343             </li>
 344           </ul>
 345
 346           <em>Data import/export</em>
 347           <ul>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 350               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 354               annotation input/output via stockholm flatfile
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 358               extension when importing structure files without embedded
 359               names or PDB accessions
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 363               format sequence substitution matrices
 364             </li>
 365           </ul>
 366           <em>User Interface</em>
 367           <ul>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 370               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 371               the application.
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 375               via Overview or sequence motif search operations
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 379               opened by double clicking gaps within sequence feature
 380               extent
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 384               aligned positions were available to create a 3D structure
 385               superposition.
 386             </li>
 387           </ul>
 388           <em>3D Structure</em>
 389           <ul>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 392               coloured in linked structure views
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 396               file-based command exchange
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 400               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 401               structures are already available for sequences
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 405               the Jalview project rather than downloaded again when the
 406               project is reopened.
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 410               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 411               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 412                 Feature</strong>)
 413             </li>
 414           </ul>
 415           <em>Web Services</em>
 416           <ul>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 422               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 423               Analysis services
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 427               cross-references provided by identifiers.org and the
 428               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 429             </li>
 430           </ul>
 431
 432           <em>Scripting</em>
 433           <ul>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 436               identifying file formats (instead of String constants)
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 440               efficiency when counting all displayed features (not
 441               backwards compatible with 2.10.1)
 442             </li>
 443           </ul>
 444           <em>Example files</em>
 445           <ul>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 448               included in the example feature file
 449             </li>
 450           </ul>
 451           <em>Documentation</em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 455               with the built-in Java help viewer
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 459               sequence description' option
 460             </li>
 461           </ul>
 462           <em>Test Suite</em>
 463           <ul>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 466               Uniprot REST Free Text Search Client
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 473               during tests
 474             </li>
 475           </ul>
 476         </div></td>
 477       <td><div align="left">
 478           <em>Calculations</em>
 479           <ul>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 482               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 483               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 484             </li>
 485             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 486               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 487               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 488               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 489               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 490               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 491               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 492               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 493               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 494               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 495               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 496               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 497               // for 2.10.1 mode <br />
 498               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 499               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 500                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 501                 calculations (not recommended)</em></li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 504               scaling of branch lengths for trees computed using
 505               Sequence Feature Similarity.
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 509               generating output report when working with highly
 510               redundant alignments
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 514               right of selected region when gaps present on right-hand
 515               boundary
 516             </li>
 517           </ul>
 518           <em>User Interface</em>
 519           <ul>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 522               doesn't reselect a specific sequence's associated
 523               annotation after it was used for colouring a view
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 527               opened on a region of alignment without groups
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 531               of an alignment with overlapping groups
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 535               name and description match
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 539               hidden regions results in incorrect hidden regions
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 543               changing colour does not apply Conservation slider value
 544               to all groups
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 548               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 552               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 556               gaps before start of features
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 560               restored to UI when feature colour is edited
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 564               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 568               as graduate feature colour settings are modified via the
 569               dialog box
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 573               when a group defined on the alignment is resized
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 577               wrapped view result in positional status updates
 578             </li>
 579
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 582               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 586               alignment included gapped columns
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 590               widgets don't permanently disappear
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 594               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 595               T-Coffee column reliability scores)
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 599               sequence feature on gaps only
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 603               button from a Find inherit previously defined feature type
 604               rather than the Find query string
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 608               exporting tree calculated in Jalview
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 612               and then revealing them reorders sequences on the
 613               alignment
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 617               doesn't update to reflect available set of groups after
 618               interactively adding or modifying features
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 622               Linux
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 626               only excluded gaps in current sequence and ignored
 627               selection.
 628             </li>
 629           </ul>
 630           <em>Rendering</em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 634               erratically when hidden rows or columns are present
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 638               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 639               sequence colouring
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 643               colour and group colour menu for protein alignments
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 647               reflect currently selected view or group's shading
 648               thresholds
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 652               when rendered on overview and structures when opacity at
 653               100%
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 657               overview when features overlaid on alignment
 658             </li>
 659           </ul>
 660           <em>Data import/export</em>
 661           <ul>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 664               load
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 668               added after a sequence was imported are not written to
 669               Stockholm File
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 673               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 677               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 681               with lightGray or darkGray via features file (but can
 682               specify lightgray)
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 686               when alignment view imported from project
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 690               structure and sequences extracted from structure files
 691               imported via URL and viewed in Jmol
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 695               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 696               the project is loaded and the structure viewed
 697             </li>
 698           </ul>
 699           <em>Web Services</em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 703               release of Ensembl v.88
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 707               appear enabled in Preferences->Connections
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 711               removed from console output
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 715               Ensembl by Peptide ID
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 719               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 720               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 721               due to 'null' string rather than empty string used for
 722               residues with no corresponding PDB mapping).
 723             </li>
 724           </ul>
 725           <em>Application UI</em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 729               menu
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 733               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 734               new documentation and tooltips added)
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 738               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 742               new features are added to alignment
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 746               changes to feature colours via the Amend features dialog
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 750               edit graduated feature colour via amend features dialog
 751               box
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 755               selection menu changes colours of alignment views
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 759               from alignment calculation workers after alignment has
 760               been closed
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 764               groups now 'Create Group'
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 768               Create/Undefine group doesn't always work
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 772               shown again after pressing 'Cancel'
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 776               adjusts start position in wrap mode
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 780               ambiguous amino acids
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 784               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 785               proteins
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 789               Defined' don't appear in Colours menu
 790             </li>
 791           </ul>
 792           <em>Applet</em>
 793           <ul>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 796               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 800               overview or linked structure view
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 804               work (since 2.8)
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 808               user-defined colourscheme doesn't restore original
 809               colourscheme
 810             </li>
 811           </ul>
 812           <em>Test Suite</em>
 813           <ul>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 816               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 820               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 821               problems with deep array comparison equality asserts in
 822               successive versions of TestNG
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 826               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 827             </li>
 828           </ul>
 829           <em>New Known Issues</em>
 830           <ul>
 831             <li>
 832               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 833               phase after a sequence motif find operation
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 837               containing just upper and lower case letters are
 838               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 842               reliably from eggnog Ortholog database
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 846               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 847               to mark columns containing highlighted regions.
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 851               doesn't always add secondary structure annotation.
 852             </li>
 853           </ul>
 854         </div>
 855     <tr>
 856       <td width="60" nowrap>
 857         <div align="center">
 858           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 859         </div>
 860       </td>
 861       <td><div align="left">
 862           <em>General</em>
 863           <ul>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 866               for all consensus calculations
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 870               3rd Oct 2016)
 871             </li>
 872             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 873               for 2016-2017</li>
 874           </ul>
 875           <em>Application</em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 879               set of database cross-references, sorted alphabetically
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 883               from database cross references. Users with custom links
 884               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 885                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 889               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 890               Chimera session
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 894               the Chimera it is connected to is shut down
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 898               columns menu item to mark columns containing highlighted
 899               regions (e.g. from structure selections or results of a
 900               Find operation)
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 904               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 905               MSAviewer
 906             </li>
 907           </ul>
 908         </div></td>
 909       <td>
 910         <div align="left">
 911           <em>General</em>
 912           <ul>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 915               are not coloured or thresholded according to percent
 916               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 920               hydrophobic
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 924               threshold, amino acid properties)
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 928               reported as mapped to residues in a structure file in the
 929               View Mapping report
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 933               could be added multiple times to a sequence
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 937               bond features shown as two highlighted residues rather
 938               than a range in linked structure views, and treated
 939               correctly when selecting and computing trees from features
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 943               cross-references are matched to database name regardless
 944               of case
 945             </li>
 946
 947           </ul>
 948           <em>Application</em>
 949           <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 952               names without regular expressions also offer links from
 953               Sequence ID
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 957               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 958               update Jalview configuration
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 962               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 966               files with similarly named sequences if dropped onto the
 967               alignment
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 971               entries where more chains exist in the PDB accession than
 972               are reported in the SIFTS file
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 976               the structure view when displayed with Chimera
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 980               panel's View->Show Chains submenu
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 984               work for wrapped alignment views
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 988               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 992               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 993               first annotation row
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 997               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1001               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1002             </li>
1003             <!-- JAL-2319 -->
1004             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1005             coordindate data
1006             </li>
1007           </ul>
1008           <!--           <em>New Known Issues</em>
1009           <ul>
1010             <li></li>
1011           </ul> -->
1012         </div>
1013       </td>
1014     </tr>
1015     <td width="60" nowrap>
1016       <div align="center">
1017         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1018           <em>25/10/2016</em></strong>
1019       </div>
1020     </td>
1021     <td><em>Application</em>
1022       <ul>
1023         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1024           view if structures already loaded</li>
1025         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1026           structure views</li>
1027       </ul></td>
1028     <td>
1029       <div align="left">
1030         <em>General</em>
1031         <ul>
1032           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1033             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1034           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1035             example sequences/projects/trees</li>
1036         </ul>
1037         <em>Application</em>
1038         <ul>
1039           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1040             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1041           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1042             without timeout for structures with multiple models or
1043             multiple sequences in alignment</li>
1044           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1045             PDB ID HEADER line</li>
1046           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1047             is performed</li>
1048           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1049             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1050           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1051           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1052             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1053             option</li>
1054           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1055             is created on the alignment</li>
1056           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1057             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1058             pop-up menu</li>
1059         </ul>
1060         <em>Build and deployment</em>
1061         <ul>
1062           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1063             tags</li>
1064         </ul>
1065         <em>New Known Issues</em>
1066         <ul>
1067           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1068             on Windows</li>
1069         </ul>
1070       </div>
1071     </td>
1072     </tr>
1073     <tr>
1074       <td width="60" nowrap>
1075         <div align="center">
1076           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1077         </div>
1078       </td>
1079       <td><em>General</em>
1080         <ul>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1086             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1087             better PDB parsing.
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1091             reference sequence
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1095             mousing over sequence associated annotation
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1099             for manual entry
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1103             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1104             for each column
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1108             showing or hiding columns containing a feature
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1112             group and sequence associated annotation labels
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1116             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1117             dialogs
1118           </li>
1119
1120         </ul> <em>Application</em>
1121         <ul>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1124             gene/transcript view
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1128             dialog
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1132             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1136             Pfam sources to xfam.org
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1143             over sequences in Jalview
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1147             regions in ENA and EMBL
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1151             for record retrieval via ENA rest API
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1155             complement operator
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1159             groovy script execution
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1163             alignment window's Calculate menu
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1167             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1171             calculation workers from groovy scripts
1172           </li>
1173           <li>
1174             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1175             Jalview projects
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1179             associations are now saved/restored from project
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1183             before sequence fetcher is opened
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1187             database chooser opens a sequence fetcher
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1191             the UniProt REST API
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1195             the news reader opening
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1199             querying stored in preferences
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1203             search results
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1210             menu for nucleotide sequences
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1214             and feature counts preserves alignment ordering (and
1215             debugged for complex feature sets).
1216           </li>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1219             viewing structures with Jalview 2.10
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1223             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1224             Ensembl Genomes REST API
1225           </li>
1226           <li>
1227             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1228             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1229             (Ensembl)
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1233             sequences
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1237             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1238             data from external database records.
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1242             efficient recovery of sequence coding and alignment
1243             annotation relationships.
1244           </li>
1245         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1246         <ul>
1247           <li>
1248             -- JAL---
1249           </li>
1250         </ul> --></td>
1251       <td>
1252         <div align="left">
1253           <em>General</em>
1254           <ul>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1257               menu on OSX
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1261               includes graduated colourschemes
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1265               working with big alignments and lots of hidden columns
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1269               at right of alignment window
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1273               contents
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1277               for DNA alignments
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1281               based tree calculation
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1285               unconserved enabled for group on alignment
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1289               set as reference
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1293               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1294               annotation
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1298               hidden columns present
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1302               user created annotation added to alignment
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1306               '()' base pair annotation
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1310               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1311               Consensus
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1315               feature not working
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1319               beginning of sequence
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1323               entry 3a6s
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1327               from a tree when t-coffee scores are shown
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1331               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1335               some structures
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1339               to Clustal, PIR and PileUp output
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1343               not visible causes alignment window to repaint
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1347               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1348               scores associated with features and annotation rows
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1352               calculation should be case independent
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1356               columns
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1360               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1361               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1365               problems when reference sequence defined and 'show
1366               non-conserved' enabled
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1370               load even when Consensus calculation is disabled
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1374               alignment does nothing
1375             </li>
1376           </ul>
1377           <em>Application</em>
1378           <ul>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1381               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1382               yet fixed for El Capitan)
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1386               output when running on non-gb/us i18n platforms
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1390               hidden sequences as flat-file alignment
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1394               launching Chimera
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1398               (also hotfix for 2.9.0b2)
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1402               reference sequence defined
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1406               alignments and views when revealing hidden columns
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1410               view in a cDNA/Protein splitframe
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1414               sequence from project when only one sequence is
1415               represented
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1419               in Structure Chooser
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1423               structure consensus didn't refresh annotation panel
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1427               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1431               dialogs format columns correctly, don't display array
1432               data, sort columns according to type
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1436               file chooser is cancelled during an image export
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1440               sequence name containing special characters
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1444               case insensitive
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1448               formatting don't wrap
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1452               truncated so L looks like I in consensus annotation
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1456               currently displayed features for the current selection or
1457               view
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1461               after fetching cross-references, and restoring from
1462               project
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1466               followed in the structure viewer
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1470               splitframe not restored from project
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1474               trailing end of protein alignment in transcript/product
1475               splitview when pad-gaps not enabled by default
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1479               is case dependent
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1483               article has been read (reopened issue due to
1484               internationalisation problems)
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1488               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1489               cross-references
1490             </li>
1491
1492             <li>
1493               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1494               alignment as HTML
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1498               multiple structures are shown for one or more sequences.
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1502               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1503               is enabled.
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1507               specific PDB id for sequence
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1511               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1512               columns' is disabled.
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1516               selects lowest rather than highest resolution structures
1517               for each sequence
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1521               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1525               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1529               after clicking on it to create new annotation for a
1530               column.
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1534               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1535             </li>
1536             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1537             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1538           </ul>
1539           <em>Applet</em>
1540           <ul>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1543               hidden columns present before start of sequence
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1547               (JSON jars)
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1551               sequences are hidden in applet
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1555               deployment on examples pages.
1556             </li>
1557           </ul>
1558         </div>
1559       </td>
1560     </tr>
1561     <tr>
1562       <td width="60" nowrap>
1563         <div align="center">
1564           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1565             <em>16/10/2015</em></strong>
1566         </div>
1567       </td>
1568       <td><em>General</em>
1569         <ul>
1570           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1571             jars</li>
1572         </ul></td>
1573       <td>
1574         <div align="left">
1575           <em>Application</em>
1576           <ul>
1577             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1578               shown when tree is partitioned</li>
1579             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1580               multiple cDNA/Protein split views</li>
1581           </ul>
1582         </div>
1583       </td>
1584     </tr>
1585     <tr>
1586       <td width="60" nowrap>
1587         <div align="center">
1588           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1589             <em>8/10/2015</em></strong>
1590         </div>
1591       </td>
1592       <td><em>General</em>
1593         <ul>
1594           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1595             2.9</li>
1596         </ul> <em>Application</em>
1597         <ul>
1598           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1599           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1600           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1601         </ul> <em>Applet</em>
1602         <ul>
1603           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1604         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1605         <ul>
1606           <li>
1607             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1608             suite
1609           </li>
1610         </ul></td>
1611       <td>
1612         <div align="left">
1613           <em>General</em>
1614           <ul>
1615             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1616               incorrect when sequence start > 1</li>
1617             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1618               documentation</li>
1619             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1620             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1621               loading a features file containing HTML tags in feature
1622               description</li>
1623
1624           </ul>
1625           <em>Application</em>
1626           <ul>
1627             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1628               reimport</li>
1629             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1630               with 'trim retrieved sequences'</li>
1631             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1632               deleting selected columns</li>
1633             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1634               JNLP templates for webstart launch</li>
1635             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1636               unreleased structures for download or viewing</li>
1637             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1638               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1639             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1640               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1641             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1642               recovered from jalview project</li>
1643             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1644               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1645               alignment view</li>
1646             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1647               color schemes from BioJSON</li>
1648           </ul>
1649           <em>Applet</em>
1650           <ul>
1651             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1652               frame</li>
1653             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1654           </ul>
1655         </div>
1656       </td>
1657     </tr>
1658     <tr>
1659       <td><div align="center">
1660           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1661         </div></td>
1662       <td><em>General</em>
1663         <ul>
1664           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1665             alignments:
1666             <ul>
1667               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1668                 and DNA alignment views</li>
1669               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1670                 cDNA alignment views</li>
1671               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1672                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1673               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1674                 protein sequences</li>
1675             </ul>
1676           </li>
1677           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1678           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1679             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1680           <li>New alignment annotation file statements for
1681             reference sequences and marking hidden columns</li>
1682           <li>Reference sequence based alignment shading to
1683             highlight variation</li>
1684           <li>Select or hide columns according to alignment
1685             annotation</li>
1686           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1687           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1688             acid conservation row</li>
1689           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1690         </ul> <em>Application</em>
1691         <ul>
1692           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1693             <ul>
1694               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1695                 view with cDNA/Protein</li>
1696               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1697                 sequences are placed in the same alignment</li>
1698               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1699                 projects</li>
1700             </ul>
1701           </li>
1702
1703           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1704           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1705             Jalview windows</li>
1706
1707           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1708           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1709           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1710             be shown in VARNA</li>
1711
1712           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1713             as the active selected region</li>
1714
1715           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1716             similarity</li>
1717           <li>New Export options
1718             <ul>
1719               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1720                 region export in flat file generation</li>
1721
1722               <li>Export alignment views for display with the <a
1723                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1724
1725               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1726               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1727                 alignment figures to HTML</li>
1728           </li>
1729           <li>3D structure retrieval and display
1730             <ul>
1731               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1732                 Search API</li>
1733               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1734                 PDB structures for a sequence set</li>
1735             </ul>
1736           </li>
1737
1738           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1739             predictions</li>
1740           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1741             for one or a group of sequences</li>
1742           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1743             from the JPred4 web server</li>
1744           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1745             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1746             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1747           </li>
1748           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1749             VARNA 2D Structure'</li>
1750           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1751             Structure ..."</li>
1752
1753         </ul> <em>Applet</em>
1754         <ul>
1755           <li>New layout for applet example pages</li>
1756           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1757             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1758           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1759             Protein alignments</li>
1760         </ul> <em>Development and deployment</em>
1761         <ul>
1762           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1763           <li>Include installation type and git revision in build
1764             properties and console log output</li>
1765           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1766             storing BioJsMSA Templates</li>
1767           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1768         </ul></td>
1769       <td>
1770         <!-- <em>General</em>
1771         <ul>
1772         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1773         <ul>
1774           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1775           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1776           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1777             predictions are not highlighted in amber</li>
1778           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1779             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1780           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1781             associated structure views</li>
1782           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1783             width checkbox not enabled</li>
1784           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1785             creating user defined colours</li>
1786           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1787             mappings for just that viewer's sequences</li>
1788           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1789             multiple models in Chimera</li>
1790           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1791             over Jmol structure</li>
1792           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1793             output to text box</li>
1794           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1795             have incorrect sequence start/end</li>
1796           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1797             Jalview fails</li>
1798           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1799             work for nucleotide</li>
1800           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1801             to a grey/invisible alignment window</li>
1802           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1803             imports to different position</li>
1804           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1805             on some platforms</li>
1806           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1807             populated</li>
1808           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1809             console if Chimera has been opened</li>
1810           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1811           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1812             retrieved</li>
1813           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1814           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1815             either sequence shows on first structure</li>
1816           <li>'Show annotations' options should not make
1817             non-positional annotations visible</li>
1818           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1819             in right place after 'view flanking regions'</li>
1820           <li>File Save As type unset when current file format is
1821             unknown</li>
1822           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1823             projects</li>
1824           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1825             responsive</li>
1826           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1827             several views on same alignment</li>
1828           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1829           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1830             spaces</li>
1831         </ul> <em>Applet</em>
1832         <ul>
1833           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1834           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1835             descriptions containing angle brackets</li>
1836         </ul> <em>General</em>
1837         <ul>
1838           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1839             via jalview annotation file</li>
1840           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1841             with RNA secondary structure</li>
1842           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1843             translation doesn't work.</li>
1844           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1845           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1846             positions</li>
1847           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1848             choosing 1pt font</li>
1849           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1850             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1851             'h'</li>
1852           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1853             new feature</li>
1854           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1855             order dependent</li>
1856           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1857             sequences</li>
1858           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1859         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1860         <ul>
1861           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1862             www.jalview.org</li>
1863         </ul> <em>Application Known issues</em>
1864         <ul>
1865           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1866           <li>Misleading message appears after trying to delete
1867             solid column.</li>
1868           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1869             version launches</li>
1870           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1871             fails with a sequence mismatch</li>
1872           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1873             scrolling alignment to right</li>
1874           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1875             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1876           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1877             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1878           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1879             ultra-high resolution</li>
1880           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1881             quality and conservation</li>
1882           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1883             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1884         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1885         <ul>
1886           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1887           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1888             window is being resized</li>
1889
1890         </ul>
1891       </td>
1892     </tr>
1893     <tr>
1894       <td><div align="center">
1895           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1896         </div></td>
1897       <td><em>General</em>
1898         <ul>
1899           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1900             Certum.PL.</li>
1901           <li>Features and annotation preserved when performing
1902             pairwise alignment</li>
1903           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1904             imported/exported/displayed</li>
1905           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1906             protein secondary structure</li>
1907           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1908               post-hoc with 2.9 release</em>)
1909           </li>
1910
1911         </ul> <em>Application</em>
1912         <ul>
1913           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1914             with 3D structures</li>
1915           <li>Support for parsing RNAML</li>
1916           <li>Annotations menu for layout
1917             <ul>
1918               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1919               <li>place sequence annotation above/below alignment
1920                 annotation</li>
1921             </ul>
1922           <li>Output in Stockholm format</li>
1923           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1924             translation</li>
1925           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1926           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1927             shared between alignments</li>
1928           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1929             Jalview</li>
1930           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1931             all or current selection</li>
1932           <li>disorder and secondary structure predictions
1933             available as dataset annotation</li>
1934           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1935
1936
1937           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1938             alignments from Rfam</li>
1939           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1940
1941           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1942             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1943           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1944           <li>include installation type in build properties and
1945             console log output</li>
1946           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1947             annotation</li>
1948         </ul></td>
1949       <td>
1950         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1951         <ul>
1952           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1953             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1954           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1955             alignment</li>
1956           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1957           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1958           <li>Double click on sequence associated annotation
1959             selects only first column</li>
1960           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1961             leaves shown in tree</li>
1962           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1963             properly</li>
1964           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1965           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1966             screen and buttons not visible</li>
1967           <li>author list isn't updated if already written to
1968             Jalview properties</li>
1969           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1970             from database</li>
1971           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1972           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1973             browser search window</li>
1974           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1975             in feature settings dialog</li>
1976           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1977             desktop</li>
1978           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1979             pass validation</li>
1980           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1981             fit on screen</li>
1982           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1983             tooltip</li>
1984           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1985             defined user preset</li>
1986           <li>MSA web services warns user if they were launched
1987             with invalid input</li>
1988           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1989             Java 8</li>
1990           <li>
1991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1992             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1993             created
1994           </li>
1995
1996         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1997         <ul>
1998         </ul> <em>General</em>
1999         <ul>
2000         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2001         <ul>
2002           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2003             memory allocation</li>
2004           <li>launchApp service doesn't automatically open
2005             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2006           <li>
2007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2008             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2009             1.7_055 is available
2010           </li>
2011         </ul> <em>Application Known issues</em>
2012         <ul>
2013           <li>
2014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2015             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2016             alignment to right
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2020             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2021             with large number of ID
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2025             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2026             start/end
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2030             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2031             structure tracks are rearranged
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2035             invalid rna structure positional highlighting does not
2036             highlight position of invalid base pairs
2037           </li>
2038           <li>
2039             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2040             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2041             project from alignment window file menu
2042           </li>
2043           <li>
2044             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2045             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2046             structures
2047           </li>
2048           <li>
2049             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2050             colour by RNA Helices not enabled when user created
2051             annotation added to alignment
2052           </li>
2053           <li>
2054             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2055             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2056           </li>
2057         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2058         <ul>
2059           <li>
2060             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2061             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2062           </li>
2063           <li>
2064             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2065             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2066           </li>
2067
2068           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2069             when selected</li>
2070         </ul>
2071       </td>
2072     </tr>
2073     <tr>
2074       <td><div align="center">
2075           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2076         </div></td>
2077       <td>
2078         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2079         <em>General</em>
2080         <ul>
2081           <li>Internationalisation of user interface (usually
2082             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2083           <li>Define/Undefine group on current selection with
2084             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2085           <li>Improved group creation/removal options in
2086             alignment/sequence Popup menu</li>
2087           <li>Sensible precision for symbol distribution
2088             percentages shown in logo tooltip.</li>
2089           <li>Annotation panel height set according to amount of
2090             annotation when alignment first opened</li>
2091         </ul> <em>Application</em>
2092         <ul>
2093           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2094             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2095           <li>Select columns containing particular features from
2096             Feature Settings dialog</li>
2097           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2098             sequences</li>
2099           <li>Update Jalview project format:
2100             <ul>
2101               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2102               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2103                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2104               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2105                 colouring</li>
2106             </ul>
2107           </li>
2108           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2109             (PAM250)</li>
2110           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2111             flanking regions for an alignment</li>
2112         </ul>
2113       </td>
2114       <td>
2115         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2116         <ul>
2117           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2118             running after job is cancelled</li>
2119           <li>cannot export features from alignments imported from
2120             Jalview/VAMSAS projects</li>
2121           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2122             float values</li>
2123           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2124             have 'display all symbols' flag set</li>
2125           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2126             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2127           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2128             Jalview</li>
2129           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2130             Lion/Webstart</li>
2131           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2132           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2133           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2134             alignment onto desktop</li>
2135           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2136             'extract scores' function</li>
2137           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2138             alignment window</li>
2139           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2140             performing IUPred disorder prediction</li>
2141           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2142             changing 'normalise logo' display setting</li>
2143           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2144             nothing matches query</li>
2145           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2146             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2147           </li>
2148           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2149             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2150           </li>
2151           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2152             Jalview's menu</li>
2153           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2154             'invalid literal/length code'</li>
2155           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2156             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2157           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2158             colourscheme</li>
2159
2160         </ul> <em>Applet</em>
2161         <ul>
2162           <li>Remove group option is shown even when selection is
2163             not a group</li>
2164           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2165             don't affect groups</li>
2166           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2167             colourscheme name</li>
2168           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2169             Annotation panel is not displayed</li>
2170           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2171             embedded windows</li>
2172         </ul> <em>Other</em>
2173         <ul>
2174           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2175             single sequence were not calculated</li>
2176           <li>annotation files that contain only groups imported as
2177             annotation and junk sequences</li>
2178           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2179             recognised as PFAM or BLC</li>
2180           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2181             doesn't affect background (2.8.0b1)
2182           <li></li>
2183           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2184           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2185             trailing gaps</li>
2186           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2187             registered correctly on import</li>
2188           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2189             certain alignments</li>
2190           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2191             existing annotation based 'use original colours'
2192             colourscheme loses original colours setting</li>
2193         </ul>
2194       </td>
2195     </tr>
2196     <tr>
2197       <td><div align="center">
2198           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2199             <em>30/1/2014</em></strong>
2200         </div></td>
2201       <td>
2202         <ul>
2203           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2204             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2205             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2206             open source project).
2207           </li>
2208           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2209           <li>Output in Stockholm format</li>
2210           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2211           <li>Export/import group and sequence associated line
2212             graph thresholds</li>
2213           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2214             ambiguity codes</li>
2215           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2216             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2217             works</li>
2218           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2219         </ul> <em>Other improvements</em>
2220         <ul>
2221           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2222           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2223             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2224           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2225             files</li>
2226           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2227           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2228             link but no description</li>
2229           <li>Select primary source when selecting authority in
2230             database fetcher GUI</li>
2231           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2232             Jalview</li>
2233           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2234         </ul>
2235       </td>
2236       <td>
2237         <ul>
2238           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2239             displayed</li>
2240           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2241             secondary structure annotation line</li>
2242           <li>Sequence database accessions not imported when
2243             fetching alignments from Rfam</li>
2244           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2245             identical IDs</li>
2246           <li>View all structures does not always superpose
2247             structures</li>
2248           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2249             reflect user or preset settings</li>
2250           <li>Null pointer exceptions for some services without
2251             presets or adjustable parameters</li>
2252           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2253             discover PDB xRefs</li>
2254           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2255             features with DAS</li>
2256           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2257             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2258           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2259             residue follows a gap</li>
2260           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2261             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2262           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2263             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2264           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2265             annotation already exists on alignment</li>
2266           <li>oninit javascript function should be called after
2267             initialisation completes</li>
2268           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2269             alignment window display</li>
2270           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2271           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2272             to annotation file</li>
2273           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2274             groups created</li>
2275           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2276             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2277           <li>Pressing return several times causes Number Format
2278             exceptions in keyboard mode</li>
2279           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2280             correct partitions for input data</li>
2281           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2282           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2283           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2284           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2285             mode</li>
2286           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2287             changes one row&#39;s threshold</li>
2288           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2289             doesn&#39;t open</li>
2290           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2291             quality histograms</li>
2292         </ul>
2293       </td>
2294     </tr>
2295     <tr>
2296       <td><div align="center">
2297           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2298         </div></td>
2299       <td><em>Application</em>
2300         <ul>
2301           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2302             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2303           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2304             preferences</li>
2305           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2306             in Jalview alignment window</li>
2307           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2308             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2309           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2310             RNA and ambiguity codes</li>
2311
2312           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2313           <li>Support fetching and database reference look up
2314             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2315             refs')</li>
2316           <li>Jalview project improvements
2317             <ul>
2318               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2319                 flag for annotation</li>
2320               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2321                 alignment</li>
2322               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2323                 Jalview project</li>
2324
2325             </ul>
2326           </li>
2327           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2328           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2329             running</li>
2330           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2331           <li>visual indication that web service results are still
2332             being retrieved from server</li>
2333           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2334             starts up for first time</li>
2335           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2336             services</li>
2337           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2338             client library</li>
2339           <li>Examples directory and Groovy library included in
2340             InstallAnywhere distribution</li>
2341         </ul> <em>Applet</em>
2342         <ul>
2343           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2344             visualization applet example</li>
2345         </ul> <em>General</em>
2346         <ul>
2347           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2348           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2349             defaults</li>
2350           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2351             calculation</li>
2352           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2353             matrices
2354           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2355             in HTML</li>
2356           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2357             structure contacts</li>
2358           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2359           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2360           <li>Parse sequence associated secondary structure
2361             information in Stockholm files</li>
2362           <li>HTML Export database accessions and annotation
2363             information presented in tooltip for sequences</li>
2364           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2365             style RNA alignment files</li>
2366           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2367             alignment</li>
2368           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2369             shade each sequence according to its associated alignment
2370             annotation</li>
2371           <li>New Jalview Logo</li>
2372         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2373         <ul>
2374           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2375           <li>New Website!</li>
2376         </ul></td>
2377       <td><em>Application</em>
2378         <ul>
2379           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2380             wsdbfetch REST service</li>
2381           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2382           <li>Filetype associations not installed for webstart
2383             launch</li>
2384           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2385             job execution in full once it is complete</li>
2386           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2387             uploaded via ali_file parameter</li>
2388           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2389           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2390           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2391             submitted for prediction</li>
2392           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2393             desktop window</li>
2394           <li>Putting fractional value into integer text box in
2395             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2396           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2397             windows 7</li>
2398           <li>View all structures fails with exception shown in
2399             structure view</li>
2400           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2401             escaped in a platform independent way</li>
2402           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2403             using proxy</li>
2404           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2405             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2406           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2407             failure when java web start temporary file caching is
2408             disabled</li>
2409           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2410             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2411           <li>Errors during processing of command line arguments
2412             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2413           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2414             DAS sources in sequence fetcher</li>
2415           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2416             dialog is shown</li>
2417           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2418           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2419           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2420           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2421             on OSX Mountain Lion</li>
2422           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2423             sequences with alignment annotation are pasted into the
2424             alignment</li>
2425           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2426             when loaded from Jalview project</li>
2427           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2428           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2429             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2430           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2431             associated with all views</li>
2432           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2433             annotation rows to new window</li>
2434         </ul> <em>Applet</em>
2435         <ul>
2436           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2437             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2438           <li>loading features via javascript API automatically
2439             enables feature display</li>
2440           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2441             work</li>
2442         </ul> <em>General</em>
2443         <ul>
2444           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2445           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2446             and then deselected</li>
2447           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2448           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2449             coloured with clustalx</li>
2450           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2451             exceptions and redraw errors</li>
2452           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2453             reconfigured view</li>
2454           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2455             colour</li>
2456           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2457             for lots of labels</li>
2458         </ul>
2459     </tr>
2460     <tr>
2461       <td>
2462         <div align="center">
2463           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2464         </div>
2465       </td>
2466       <td><em>Application</em>
2467         <ul>
2468           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2469           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2470           <li>View/alignment association menu to enable user to
2471             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2472             its colours/correspondences from</li>
2473           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2474           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2475             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2476           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2477           <li>Annotation row column label formatting attributes
2478             stored in project file</li>
2479           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2480             rows preserved in Jalview project file</li>
2481           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2482             saved using Desktop window menu</li>
2483           <li>Visual indication that command line arguments are
2484             still being processed</li>
2485           <li>Groovy script execution from URL</li>
2486           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2487             preferences</li>
2488           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2489             alignment with sequences that have high similarity and
2490             matching IDs</li>
2491           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2492           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2493             structures in same window</li>
2494           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2495           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2496             analysis function in its own submenu</li>
2497         </ul> <em>Applet</em>
2498         <ul>
2499           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2500             groups</li>
2501           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2502           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2503           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2504           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2505           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2506             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2507           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2508           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2509             parameters are treated as such</li>
2510           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2511             <ul>
2512               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2513               <li>Javascript callbacks for
2514                 <ul>
2515                   <li>Applet initialisation</li>
2516                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2517                 </ul>
2518               </li>
2519               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2520                 functions</li>
2521               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2522               <li>javascript structure viewer harness to pass
2523                 messages between Jmol and Jalview when running as
2524                 distinct applets</li>
2525               <li>sortBy method</li>
2526               <li>Set of applet and application examples shipped
2527                 with documentation</li>
2528               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2529                 javascript message exchange</li>
2530             </ul>
2531         </ul> <em>General</em>
2532         <ul>
2533           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2534             multiple alignments</li>
2535           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2536           <li>User configurable link to enable redirects to a
2537             www.Jalview.org mirror</li>
2538           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2539           <li>Configurable newline string when writing alignment
2540             and other flat files</li>
2541           <li>Allow alignment annotation description lines to
2542             contain html tags</li>
2543         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2544         <ul>
2545           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2546             examples</li>
2547           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2548             using a web service before displaying the result in the
2549             Jalview desktop</li>
2550           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2551           <li>Ant target to publish example html files with applet
2552             archive</li>
2553           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2554           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2555         </ul></td>
2556       <td><em>Application</em>
2557         <ul>
2558           <li>User defined colourscheme throws exception when
2559             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2560           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2561             dialog for valid filename/format</li>
2562           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2563           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2564             P37173</li>
2565           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2566             which sequence is to be associated with the file</li>
2567           <li>Find All raises null pointer exception when query
2568             only matches sequence IDs</li>
2569           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2570           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2571             2.4 cannot be loaded</li>
2572           <li>Filetype associations not installed for webstart
2573             launch</li>
2574           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2575             with sequences in different alignments do not get coloured
2576             by their associated sequence</li>
2577           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2578             not preserved when project is loaded</li>
2579           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2580             stored in Jalview project</li>
2581           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2582             Jalview project</li>
2583           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2584           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2585             by conservation</li>
2586           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2587             created on new view</li>
2588           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2589             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2590           <li>Alignment quality not updated after alignment
2591             annotation row is hidden then shown</li>
2592           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2593             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2594           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2595             properly</li>
2596           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2597             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2598           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2599           <li>Structures imported from file and saved in project
2600             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2601           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2602             job execution in full once it is complete</li>
2603         </ul> <em>Applet</em>
2604         <ul>
2605           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2606             annotation rows are displayed</li>
2607           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2608             codebase</li>
2609           <li>View follows highlighting does not work for positions
2610             in sequences</li>
2611           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2612           <li>Export features raises exception when no features
2613             exist</li>
2614           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2615             for javascript api is modified when separator string
2616             provided as parameter</li>
2617           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2618             alignment with no existing selection</li>
2619           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2620             to applet&#39;s codebase</li>
2621           <li>Status bar not updated after finished searching and
2622             search wraps around to first result</li>
2623           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2624             several Jalview applets causes race conditions and memory
2625             leaks</li>
2626           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2627             not sent from Jmol in applet</li>
2628           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2629             applet API fatally hang browser</li>
2630         </ul> <em>General</em>
2631         <ul>
2632           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2633             position with wrapped view and hidden regions</li>
2634           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2635             with/without hidden columns</li>
2636           <li>Sequence length given in alignment properties window
2637             is off by 1</li>
2638           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2639             import PDB like structure files</li>
2640           <li>Positional search results are only highlighted
2641             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2642           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2643           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2644             given sequence position</li>
2645           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2646             output</li>
2647           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2648             from nucleotide chains correctly</li>
2649           <li>Structure colours not updated when tree partition
2650             changed in alignment</li>
2651           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2652             parsed in interleaved stockholm</li>
2653           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2654             state</li>
2655           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2656             properly</li>
2657           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2658             properly associated with their pdb files</li>
2659         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2660         <ul>
2661           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2662             ApplyCopyright tool</li>
2663         </ul></td>
2664     </tr>
2665     <tr>
2666       <td>
2667         <div align="center">
2668           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2669         </div>
2670       </td>
2671       <td><em>Application</em>
2672         <ul>
2673           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2674             contact web services</li>
2675           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2676             service job window</li>
2677           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2678         </ul></td>
2679       <td>
2680         <ul>
2681           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2682             pir file emitted by Jalview</li>
2683           <li>Existing feature settings transferred to new
2684             alignment view created from cut'n'paste</li>
2685           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2686             parsing PDB files</li>
2687           <li>Consensus and conservation annotation rows
2688             occasionally become blank for all new windows</li>
2689           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2690             in wrapped view mode</li>
2691         </ul> <em>Application</em>
2692         <ul>
2693           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2694             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2695           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2696             parameter names</li>
2697           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2698             is down</li>
2699         </ul>
2700       </td>
2701     </tr>
2702     <tr>
2703       <td>
2704         <div align="center">
2705           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2706         </div>
2707       </td>
2708       <td><em>Application</em>
2709         <ul>
2710           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2711             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2712             (JABAWS)
2713           </li>
2714           <li>Web Services preference tab</li>
2715           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2716             preferences</li>
2717           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2718           <li>Superpose structures using associated sequence
2719             alignment</li>
2720           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2721             viewer</li>
2722         </ul> <em>Applet</em>
2723         <ul>
2724           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2725             link out mechanism</li>
2726         </ul> <em>Other</em>
2727         <ul>
2728           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2729             series 12</li>
2730           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2731             require Java 1.5</li>
2732           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2733             sequence annotation files</li>
2734           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2735             type colour specification</li>
2736           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2737             script to check if it being run in an interactive session or
2738             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2739         </ul></td>
2740       <td>
2741         <ul>
2742           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2743             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2744         </ul> <em>Application</em>
2745         <ul>
2746           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2747             selected Regions menu item</li>
2748           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2749             part of a valid accession ID</li>
2750           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2751             runs out of memory</li>
2752           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2753             analysis results</li>
2754           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2755             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2756           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2757         </ul> <em>Applet</em>
2758         <ul>
2759           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2760             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2761             defined.</li>
2762         </ul>
2763       </td>
2764     </tr>
2765     <tr>
2766       <td>
2767         <div align="center">
2768           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2769         </div>
2770       </td>
2771       <td></td>
2772       <td>
2773         <ul>
2774           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2775             sequence IDs</li>
2776           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2777             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2778           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2779             import correctly</li>
2780           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2781             number of columns are hidden</li>
2782           <li>annotation label popup menu not providing correct
2783             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2784             present</li>
2785           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2786             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2787           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2788             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2789
2790         </ul> <em>Applet</em>
2791         <ul>
2792           <li>annotation panel disappears when annotation is
2793             hidden/removed</li>
2794         </ul> <em>Application</em>
2795         <ul>
2796           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2797             alignment opened where annotation panel is visible but no
2798             annotations are present on alignment</li>
2799           <li>pasted region containing hidden columns is
2800             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2801           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2802             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2803           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2804             selected Rregions menu item.</li>
2805           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2806             'Un' or 'Non'conserved</li>
2807           <li>Sequence feature settings are being shared by
2808             multiple distinct alignments</li>
2809           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2810             changed</li>
2811           <li>double click on group annotation to select sequences
2812             does not propagate to associated trees</li>
2813           <li>Mac OSX specific issues:
2814             <ul>
2815               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2816                 window background</li>
2817               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2818                 name set correctly</li>
2819               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2820                 save feature colourscheme button</li>
2821             </ul>
2822           </li>
2823         </ul>
2824       </td>
2825     </tr>
2826     <tr>
2827
2828       <td>
2829         <div align="center">
2830           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2831         </div>
2832       </td>
2833       <td><em>New Capabilities</em>
2834         <ul>
2835           <li>URL links generated from description line for
2836             regular-expression based URL links (applet and application)
2837
2838           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2839             menu</li>
2840           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2841             structures</li>
2842           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2843             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2844           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2845             average score or total feature count for each sequence.</li>
2846           <li>Shading features by score or associated description</li>
2847           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2848             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2849           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2850             hide everything but the currently selected region.</li>
2851           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2852         </ul> <em>Application</em>
2853         <ul>
2854           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2855             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2856           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2857             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2858           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2859             database references and protein_name is parsed as
2860             description line (BioSapiens terms).</li>
2861           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2862             references in sequence ID tooltip from View menu in
2863             application.</li>
2864           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2865       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2866           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2867             conservation plots</li>
2868           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2869             and visualized as sequence logos</li>
2870           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2871             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2872           </li>
2873           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2874             when a new tree is opened.</li>
2875           <li>Jalview Java Console</li>
2876           <li>Better placement of desktop window when moving
2877             between different screens.</li>
2878           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2879             consensus annotation</li>
2880           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2881             Workflows</li>
2882           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2883             <ul>
2884               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2885                 used to preserve views, structures, and tree display
2886                 settings)</li>
2887               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2888                 command line</li>
2889               <li>Sharing of selected regions between views and
2890                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2891               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2892             </ul></li>
2893         </ul> <em>Applet</em>
2894         <ul>
2895           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2896           <li>New Parameters
2897             <ul>
2898               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2899                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2900                 opened.</li>
2901               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2902                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2903               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2904                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2905               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2906                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2907                 view</li>
2908               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2909                 increase the height or width of a cell in the alignment
2910                 grid relative to the current font size.</li>
2911             </ul>
2912           </li>
2913           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2914             tooltip</li>
2915         </ul> <em>Other</em>
2916         <ul>
2917           <li>Features format: graduated colour definitions and
2918             specification of feature scores</li>
2919           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2920             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2921             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2922           <li>XML formats extended to support graduated feature
2923             colourschemes, group associated annotation, and profile
2924             visualization settings.</li></td>
2925       <td>
2926         <ul>
2927           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2928             rather than description</li>
2929           <li>Non-positional features are now included in sequence
2930             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2931             visibility in tooltip).</li>
2932           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2933           <li>Added URL embedding instructions to features file
2934             documentation.</li>
2935           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2936             'X' in peptide product</li>
2937           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2938             sequence ID and sequence string and query strings do not
2939             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2940           <li>AMSA files only contain first column of
2941             multi-character column annotation labels</li>
2942           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2943             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2944             exported and re-imported)</li>
2945           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2946             name</li>
2947           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2948             as subsequence matches, and correctly reports total number
2949             of both.</li>
2950           <li>Application:
2951             <ul>
2952               <li>Better handling of exceptions during sequence
2953                 retrieval</li>
2954               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2955                 link text excludes the start_end suffix</li>
2956               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2957                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2958               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2959               <li>Sequence description lines properly shared via
2960                 VAMSAS</li>
2961               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2962                 data sources</li>
2963               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2964                 completes before alignment figures are generated.</li>
2965               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2966                 first time.</li>
2967               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2968                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2969               <li>User defined group colours properly recovered
2970                 from Jalview projects.</li>
2971             </ul>
2972           </li>
2973         </ul>
2974       </td>
2975
2976     </tr>
2977     <tr>
2978       <td>
2979         <div align="center">
2980           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2981         </div>
2982       </td>
2983       <td>
2984         <ul>
2985           <li>Experimental support for google analytics usage
2986             tracking.</li>
2987           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2988         </ul>
2989       </td>
2990       <td>
2991         <ul>
2992           <li>Race condition in applet preventing startup in
2993             jre1.6.0u12+.</li>
2994           <li>Exception when feature created from selection beyond
2995             length of sequence.</li>
2996           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2997           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2998             all sequences with a given id</li>
2999           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3000             ID string searches</li>
3001           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3002             alignment to fail with exception</li>
3003         </ul> <em>Application Issues</em>
3004         <ul>
3005           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3006           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3007             data sources</li>
3008         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3009         <ul>
3010           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3011             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3012           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3013             version (java class versioning error fixed)</li>
3014         </ul>
3015       </td>
3016     </tr>
3017     <tr>
3018       <td>
3019
3020         <div align="center">
3021           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3022         </div>
3023       </td>
3024       <td><em>User Interface</em>
3025         <ul>
3026           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3027             translation and protein products</li>
3028           <li>Linked highlighting of structure associated with
3029             residue mapping to codon position</li>
3030           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3031             and 'clear' button</li>
3032           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3033             Tools menu</li>
3034           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3035             numeric data in description line</li>
3036           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3037           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3038             of sequence</li>
3039         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3040         <ul>
3041           <li>JPred3 web service</li>
3042           <li>Prototype sequence search client (no public services
3043             available yet)</li>
3044           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3045             PFAM</li>
3046           <li>URL Links created for matching database cross
3047             references as well as sequence ID</li>
3048           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3049         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3050         <ul>
3051           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3052             databases</li>
3053           <li>Generalised database reference retrieval and
3054             validation to all fetchable databases</li>
3055           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3056             sequence command</li>
3057         </ul> <em>Import and Export</em>
3058         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3059         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3060           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3061         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3062           File</li>
3063         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3064           triplet as name of colourscheme</li>
3065         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3066         <ul>
3067           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3068           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3069             alignments (experimental)</li>
3070           <li>Create new or select existing session to join</li>
3071           <li>load and save of vamsas documents</li>
3072         </ul> <em>Application command line</em>
3073         <ul>
3074           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3075             from applet)</li>
3076           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3077             of DAS servers to query for alignment features</li>
3078           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3079             that are also automatically queried for features</li>
3080           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3081             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3082         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3083         <ul>
3084           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3085             application (when using &quot;View in full
3086             application&quot;)</li>
3087         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3088         <ul>
3089           <li>feature group display control parameter</li>
3090           <li>debug parameter</li>
3091           <li>showbutton parameter</li>
3092         </ul> <em>Applet API methods</em>
3093         <ul>
3094           <li>newView public method</li>
3095           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3096           <li>Feature display control methods</li>
3097           <li>get list of currently selected sequences</li>
3098         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3099         <ul>
3100           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3101           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3102             Jalview release.</li>
3103           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3104             property controls execution of obfuscator</li>
3105           <li>Build target for generating source distribution</li>
3106           <li>Debug flag for javacc</li>
3107           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3108             jalview.bin.Cache</li>
3109           <li>Continuous Build Integration for stable and
3110             development version of Application, Applet and source
3111             distribution</li>
3112         </ul></td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>selected region output includes visible annotations
3116             (for certain formats)</li>
3117           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3118             for editing</li>
3119           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3120           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3121           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3122           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3123             comments</li>
3124           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3125             filenames containing a ':'</li>
3126           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3127             global sequence features</li>
3128           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3129             references from alignment sequences goes to zero</li>
3130           <li>Close of tree branch colour box without colour
3131             selection causes cascading exceptions</li>
3132           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3133           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3134             file parsing fails.</li>
3135           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3136           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3137             not a valid output format</li>
3138           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3139             vamsas</li>
3140           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3141           <li>error messages passed up and output when data read
3142             fails</li>
3143           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3144             sequence is edited</li>
3145           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3146             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3147           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3148             filetype</li>
3149           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3150             import fixed for PFAM records</li>
3151           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3152             window list</li>
3153           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3154             can be read and written correctly to annotation file</li>
3155           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3156             correctly</li>
3157           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3158             non-italic font for representatives in Applet</li>
3159           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3160             Macs.</li>
3161           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3162             Applet)</li>
3163           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3164             due to null pointer exceptions</li>
3165           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3166             first column of alignment</li>
3167           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3168             July 2008</li>
3169           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3170             file is case-insensitive</li>
3171           <li>Sequence features read from Features file appended to
3172             all sequences with matching IDs</li>
3173           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3174             containing a sub-sequence</li>
3175           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3176           <li>feature and annotation file applet parameters
3177             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3178           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3179           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3180             splash-screen version check to complete</li>
3181           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3182             when passing them to the launchApp service</li>
3183           <li>display name and local features preserved in results
3184             retrieved from web service</li>
3185           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3186             sequence fetcher initialisation</li>
3187           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3188             dasobert DAS client</li>
3189           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3190             association</li>
3191           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3192             sequences
3193           </li>
3194         </ul>
3195       </td>
3196     </tr>
3197     <tr>
3198       <td>
3199         <div align="center">
3200           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3201         </div>
3202       </td>
3203       <td>
3204         <ul>
3205           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3206           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3207           <li>Slide sequences</li>
3208           <li>Edit sequence in place</li>
3209           <li>EMBL CDS features</li>
3210           <li>DAS Feature mapping</li>
3211           <li>Feature ordering</li>
3212           <li>Alignment Properties</li>
3213           <li>Annotation Scores</li>
3214           <li>Sort by scores</li>
3215           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3216         </ul>
3217       </td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3221           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3222           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3223           <li>Feature group display state in XML</li>
3224           <li>Feature ordering in XML</li>
3225           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3226           <li>Stockholm alignment properties</li>
3227           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3228           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3229           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3230           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3231         </ul>
3232       </td>
3233
3234     </tr>
3235     <tr>
3236       <td>
3237         <div align="center">
3238           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3239         </div>
3240       </td>
3241       <td>
3242         <ul>
3243           <li>Non standard characters can be read and displayed
3244           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3245             applet via textbox
3246           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3247             name &amp; description
3248           <li>Preference setting to display sequence name in
3249             italics
3250           <li>Annotation file format extended to allow
3251             Sequence_groups to be defined
3252           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3253             specified in preferences
3254           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3255             sequences
3256         </ul>
3257       </td>
3258       <td>
3259         <ul>
3260           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3261             installed
3262           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3263           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3264         </ul>
3265       </td>
3266     </tr>
3267     <tr>
3268       <td>
3269         <div align="center">
3270           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3271         </div>
3272       </td>
3273       <td>
3274         <ul>
3275           <li>Multiple views on alignment
3276           <li>Sequence feature editing
3277           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3278           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3279           <li>Background dependent text colour
3280           <li>Right align sequence ids
3281           <li>User-defined lower case residue colours
3282           <li>Format Menu
3283           <li>Select Menu
3284           <li>Menu item accelerator keys
3285           <li>Control-V pastes to current alignment
3286           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3287           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3288           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3289
3290           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3291         </ul>
3292       </td>
3293       <td>
3294         <ul>
3295           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3296           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3297             calculations
3298           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3299             edits
3300           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3301             of alignment)
3302           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3303
3304           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3305             display correctly
3306           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3307           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3308             analysis results
3309           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3310             &#8739;
3311           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3312           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3313           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3314
3315         </ul>
3316       </td>
3317     </tr>
3318     <tr>
3319       <td>
3320         <div align="center">
3321           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3322         </div>
3323       </td>
3324       <td>
3325         <ul>
3326           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329       <td>
3330         <ul>
3331           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3332             sequence id panel has been resized</li>
3333           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3334             rendered</li>
3335           <li>Annotation files with sequence references - all
3336             elements in file are relative to sequence position</li>
3337           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3338         </ul>
3339       </td>
3340     </tr>
3341     <tr>
3342       <td>
3343         <div align="center">
3344           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3345         </div>
3346       </td>
3347       <td>
3348         <ul>
3349           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3350           <li>DAS Feature fetching</li>
3351           <li>Hide sequences and columns</li>
3352           <li>Export Annotations and Features</li>
3353           <li>GFF file reading / writing</li>
3354           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3355             files</li>
3356           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3357           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3358           <li>Applet can launch the full application</li>
3359           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3360             required)</li>
3361           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3362           <li>Applet can load sequences from parameter
3363             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3364           </li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3370           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3371           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3372         </ul>
3373       </td>
3374     </tr>
3375     <tr>
3376       <td>
3377         <div align="center">
3378           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3379         </div>
3380       </td>
3381       <td>
3382         <ul>
3383           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3384           <li>Choose to match case when searching</li>
3385           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3386             expand the visible width and height of the alignment</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394     </tr>
3395     <tr>
3396       <td>
3397         <div align="center">
3398           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3399         </div>
3400       </td>
3401       <td>&nbsp;</td>
3402       <td>
3403         <ul>
3404           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3405           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3406             value</li>
3407         </ul>
3408       </td>
3409     </tr>
3410     <tr>
3411       <td>
3412         <div align="center">
3413           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3414         </div>
3415       </td>
3416       <td>
3417         <ul>
3418           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3419           <li>Keyboard editing</li>
3420           <li>Create sequence features from searches</li>
3421           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3422             alignments</li>
3423           <li>Features file allows grouping of features</li>
3424           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3425           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3426           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3427         </ul>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3432           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3433             descriptions saved.</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436     </tr>
3437     <tr>
3438       <td>
3439         <div align="center">
3440           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3441         </div>
3442       </td>
3443       <td>
3444         <ul>
3445           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3446           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3447           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3448             name for file output</li>
3449           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3450           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3451             used for HTML form input</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454       <td>
3455         <ul>
3456           <li>HTML output writes groups and features</li>
3457           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3458           <li>File IO bugs</li>
3459         </ul>
3460       </td>
3461     </tr>
3462     <tr>
3463       <td>
3464         <div align="center">
3465           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3466         </div>
3467       </td>
3468       <td>
3469         <ul>
3470           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3471           <li>More options for PCA viewer</li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474       <td>
3475         <ul>
3476           <li>GUI bugs resolved</li>
3477           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3478         </ul>
3479       </td>
3480     </tr>
3481     <tr>
3482       <td height="63">
3483         <div align="center">
3484           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3485         </div>
3486       </td>
3487       <td>
3488         <ul>
3489           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3490           <li>Jar files are executable</li>
3491           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3492         </ul>
3493       </td>
3494       <td>
3495         <ul>
3496           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3497           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3498           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3499         </ul>
3500       </td>
3501     </tr>
3502     <tr>
3503       <td>
3504         <div align="center">
3505           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3506         </div>
3507       </td>
3508       <td>
3509         <ul>
3510           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3511         </ul>
3512       </td>
3513       <td>
3514         <ul>
3515           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3516         </ul>
3517       </td>
3518     </tr>
3519     <tr>
3520       <td>
3521         <div align="center">
3522           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3523         </div>
3524       </td>
3525       <td>
3526         <ul>
3527           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3528             size</li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531       <td>
3532         <ul>
3533           <li>Improved JPred client reliability</li>
3534           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3535         </ul>
3536       </td>
3537     </tr>
3538     <tr>
3539       <td>
3540         <div align="center">
3541           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3542         </div>
3543       </td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3547           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3548           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3549             to Colour Menu</li>
3550           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3551           <li>Unix users can set default web browser</li>
3552           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3553           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3554         </ul>
3555       </td>
3556       <td>
3557         <ul>
3558           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3559         </ul>
3560       </td>
3561     </tr>
3562     <tr>
3563       <td>
3564         <div align="center">
3565           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3566         </div>
3567       </td>
3568       <td>&nbsp;</td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3572             alignment order.</li>
3573         </ul>
3574       </td>
3575     </tr>
3576     <tr>
3577       <td>
3578         <div align="center">
3579           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3580         </div>
3581       </td>
3582       <td>
3583         <ul>
3584           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3585           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3586           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3587             annotations.</li>
3588           <li>Version and build date written to build properties
3589             file.</li>
3590           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3591             at launch of Jalview.</li>
3592         </ul>
3593       </td>
3594       <td>
3595         <ul>
3596           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3597           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3598           <li>Can remove groups one by one.</li>
3599           <li>Filechooser icons installed.</li>
3600           <li>Finder ignores return character when searching.
3601             Return key will initiate a search.<br>
3602           </li>
3603         </ul>
3604       </td>
3605     </tr>
3606     <tr>
3607       <td>
3608         <div align="center">
3609           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3610         </div>
3611       </td>
3612       <td>
3613         <ul>
3614           <li>New codebase</li>
3615         </ul>
3616       </td>
3617       <td>&nbsp;</td>
3618     </tr>
3619   </table>
3620   <p>&nbsp;</p>
3621 </body>
3622 </html>