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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>24/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55             <em>General</em>
  56             <ul>
  57               <li><!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used for all consensus calculations</li>
  58               <li><!-- JAL-2177 -->Updated Jmol shipped with applet and desktop to 14.6.4</li>
  59           <li><!--  --></li>
  60
  61           </ul>
  62           <em>Application</em>
  63           <ul>
  64         <li><!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tips have been tamed (databases sorted alphabetically, abridged ID sets) </li>
  65             <li><!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em> from database cross references. Users with custom links will receive a warning dialog asking them to update their preferences.</li>
  66             <li><!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on dialog warning user about disconnecting Jalview from a Chimera session</li>
  67             <li><!-- JAL-2281-->Custom URL links for database cross-references are matched to database name regardless of case</li>
  68             <li><!-- JAL-1738-->Select highlighted columns menu item and keystroke (B) to mark columns containing highlighted regions from structure selections or results of a Find operation</li>
  69         <li><!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation of HTML pages rendering alignment data with the BioJS MSAviewer</li>
  70
  71
  72           </ul>
  73           <em>Applet</em>
  74           <ul>
  75           </ul>
  76           <em>Build and deployment</em>
  77           <ul>
  78             <li></li>
  79           </ul>
  80           </div>
  81       </td>
  82       <td>
  83         <div align="left">
  84           <em>General</em>
  85           <ul>
  86             <li><!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue are not coloured or thresholded according to percent identity (first observed in Jalview 2.8.2)</li>
  87             <li><!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not hydrophobic</li>
  88             <li><!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID threshold, amino acid properties)</li>
  89             <li><!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not reported as mapped to residues in a structure file in the View Mapping report</li>
  90         <li><!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores could be added multiple times to a sequence</li>
  91
  92           </ul>
  93           <em>Application</em>
  94           <ul>
  95             <li><!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database names without regular expressions also offer links from Sequence ID</li>
  96             <li><!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the URL links pane in Connections preferences doesn't actually update Jalview configuration</li>
  97             <li><!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan</li>
  98             <li><!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF files with similarly named sequences if dropped onto the alignment</li>
  99             <li><!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB entries where more chains exist in the PDB accession than are reported in the SIFTS file</li>
 100             <li><!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to the structure view when displayed with Chimera</li>
 101             <li><!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view panel's View->Show Chains submenu</li>
 102         <li><!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't work for wrapped alignment views</li>
 103             <li>
 104               <!--JAL-2335 -->Disulphide bond features shown as two
 105               highlighted residues rather than a range in linked
 106               structure views, and treated correctly when selecting and
 107               computing trees from features
 108             </li>
 109         <li><!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred predictions from 'JNet' to 'JPred'</li>
 110
 111             <li><!--JAL- --></li>
 112
 113       <li><!-- --></li>
 114             <li><!-- --></li>
 115           </ul>
 116           <em>Applet</em>
 117           <ul>
 118           </ul>
 119           <em>Build and deployment</em>
 120           <ul>
 121             <li><!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests</li>
 122           </ul>
 123           <em>New Known Issues</em>
 124           <ul>
 125             <li></li>
 126           </ul>
 127         </div>
 128       </td>
 129     </tr>
 130       <td width="60" nowrap>
 131         <div align="center">
 132           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 133             <em>25/10/2016</em></strong>
 134         </div>
 135       </td>
 136       <td><em>Application</em>
 137         <ul>
 138           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 139             view if structures already loaded</li>
 140           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 141             structure views</li>
 142         </ul></td>
 143       <td>
 144         <div align="left">
 145           <em>General</em>
 146           <ul>
 147             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 148               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 149             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 150               example sequences/projects/trees</li>
 151           </ul>
 152           <em>Application</em>
 153           <ul>
 154             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 155               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 156             <li>Multiple structure views can be opened and
 157               superposed without timeout for structures with multiple
 158               models or multiple sequences in alignment</li>
 159             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 160               a PDB ID HEADER line</li>
 161             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 162               superposition is performed</li>
 163             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 164               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 165             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 166             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 167               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 168               Refs UI option</li>
 169             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 170               view is created on the alignment</li>
 171             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 172               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 173               to open group pop-up menu</li>
 174           </ul>
 175           <em>Build and deployment</em>
 176           <ul>
 177             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 178               tags</li>
 179           </ul>
 180           <em>New Known Issues</em>
 181           <ul>
 182             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 183               work on Windows</li>
 184           </ul>
 185         </div>
 186       </td>
 187     </tr>
 188     <tr>
 189       <td width="60" nowrap>
 190         <div align="center">
 191           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 192         </div>
 193       </td>
 194       <td><em>General</em>
 195         <ul>
 196           <li>
 197           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 201             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 202             better PDB parsing.
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 206             reference sequence
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 210             mousing over sequence associated annotation
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 214             for manual entry
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 218             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 219             for each column
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 223             showing or hiding columns containing a feature
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 227             group and sequence associated annotation labels
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 231             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 232             dialogs
 233           </li>
 234
 235         </ul> <em>Application</em>
 236         <ul>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 239             gene/transcript view
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 243             dialog
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 247             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 251             Pfam sources to xfam.org
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 258             over sequences in Jalview
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 262             regions in ENA and EMBL
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 266             for record retrieval via ENA rest API
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 270             complement operator
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 274             groovy script execution
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 278             alignment window's Calculate menu
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 282             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 286             calculation workers from groovy scripts
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 290             Jalview projects
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 294             associations are now saved/restored from project
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 298             before sequence fetcher is opened
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 302             database chooser opens a sequence fetcher
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 306             the UniProt REST API
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 310             the news reader opening
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 314             querying stored in preferences
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 318             search results
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 325             menu for nucleotide sequences
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 329             and feature counts preserves alignment ordering (and
 330             debugged for complex feature sets).
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 334             viewing structures with Jalview 2.10
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 338             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 339             Ensembl Genomes REST API
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 343             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 344             (Ensembl)
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 348             sequences
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 352             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 353             data from external database records.
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 357             efficient recovery of sequence coding and alignment
 358             annotation relationships.
 359           </li>
 360         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 361         <ul>
 362           <li>
 363             -- JAL---
 364           </li>
 365         </ul> --></td>
 366       <td>
 367         <div align="left">
 368           <em>General</em>
 369           <ul>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 372               menu on OSX
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 376               includes graduated colourschemes
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 380               working with big alignments and lots of hidden columns
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 384               at right of alignment window
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 388               contents
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 392               for DNA alignments
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 396               based tree calculation
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 400               unconserved enabled for group on alignment
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 404               set as reference
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 408               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 409               annotation
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 413               hidden columns present
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 417               user created annotation added to alignment
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 421               '()' base pair annotation
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 425               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 426               Consensus
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 430               feature not working
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 434               beginning of sequence
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 438               entry 3a6s
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 442               from a tree when t-coffee scores are shown
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 446               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 450               some structures
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 454               to Clustal, PIR and PileUp output
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 458               not visible causes alignment window to repaint
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 462               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 463               scores associated with features and annotation rows
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 467               calculation should be case independent
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 471               columns
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 475               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 476               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 480               problems when reference sequence defined and 'show
 481               non-conserved' enabled
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 485               load even when Consensus calculation is disabled
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 489               alignment does nothing
 490             </li>
 491           </ul>
 492           <em>Application</em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 496               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 497               yet fixed for El Capitan)
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 501               output when running on non-gb/us i18n platforms
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 505               hidden sequences as flat-file alignment
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 509               launching Chimera
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 513               (also hotfix for 2.9.0b2)
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 517               reference sequence defined
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 521               alignments and views when revealing hidden columns
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 525               view in a cDNA/Protein splitframe
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 529               sequence from project when only one sequence is
 530               represented
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 534               in Structure Chooser
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 538               structure consensus didn't refresh annotation panel
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 542               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 546               dialogs format columns correctly, don't display array
 547               data, sort columns according to type
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 551               file chooser is cancelled during an image export
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 555               sequence name containing special characters
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 559               case insensitive
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 563               formatting don't wrap
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 567               truncated so L looks like I in consensus annotation
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 571               currently displayed features for the current selection or
 572               view
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 576               after fetching cross-references, and restoring from project
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 580               followed in the structure viewer
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 584               splitframe not restored from project
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 588               trailing end of protein alignment in transcript/product
 589               splitview when pad-gaps not enabled by default
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 593               is case dependent
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 597               article has been read (reopened issue due to
 598               internationalisation problems)
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 602               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 603               cross-references
 604             </li>
 605
 606             <li>
 607               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 608               alignment as HTML
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 612               multiple structures are shown for one or more sequences.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 616               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 617               is enabled.
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 621               specific PDB id for sequence
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 625               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 626               columns' is disabled.
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 630               selects lowest rather than highest resolution structures
 631               for each sequence
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 635               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 639               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 640             </li>
 641             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 642               after clicking on it to create new annotation for a
 643               column.
 644             </li>
 645             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 646             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 647           </ul>
 648           <em>Applet</em>
 649           <ul>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 652               hidden columns present before start of sequence
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 656               (JSON jars)
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 660               sequences are hidden in applet
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 664               deployment on examples pages.
 665             </li>
 666           </ul>
 667         </div>
 668       </td>
 669     </tr>
 670     <tr>
 671       <td width="60" nowrap>
 672         <div align="center">
 673           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 674             <em>16/10/2015</em></strong>
 675         </div>
 676       </td>
 677       <td><em>General</em>
 678         <ul>
 679           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 680             jars</li>
 681         </ul></td>
 682       <td>
 683         <div align="left">
 684           <em>Application</em>
 685           <ul>
 686             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 687               shown when tree is partitioned</li>
 688             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 689               multiple cDNA/Protein split views</li>
 690           </ul>
 691         </div>
 692       </td>
 693     </tr>
 694     <tr>
 695       <td width="60" nowrap>
 696         <div align="center">
 697           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 698             <em>8/10/2015</em></strong>
 699         </div>
 700       </td>
 701       <td><em>General</em>
 702         <ul>
 703           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 704             2.9</li>
 705         </ul> <em>Application</em>
 706         <ul>
 707           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 708           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 709           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 710         </ul> <em>Applet</em>
 711         <ul>
 712           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 713         </ul><em>Build and Deployment</em>
 714         <ul>
 715           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 716         </ul></td>
 717       <td>
 718         <div align="left">
 719           <em>General</em>
 720           <ul>
 721             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 722               incorrect when sequence start > 1</li>
 723             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 724               documentation</li>
 725             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 726             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 727               loading a features file containing HTML tags in feature
 728               description</li>
 729
 730           </ul>
 731           <em>Application</em>
 732           <ul>
 733             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 734               reimport</li>
 735             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 736               with 'trim retrieved sequences'</li>
 737             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 738               deleting selected columns</li>
 739             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 740               JNLP templates for webstart launch</li>
 741             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 742               unreleased structures for download or viewing</li>
 743             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 744               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 745             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 746               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 747             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 748               recovered from jalview project</li>
 749             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 750               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 751               alignment view</li>
 752             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 753               color schemes from BioJSON</li>
 754           </ul>
 755           <em>Applet</em>
 756           <ul>
 757             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 758               frame</li>
 759             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 760           </ul>
 761         </div>
 762       </td>
 763     </tr>
 764     <tr>
 765       <td><div align="center">
 766           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 767         </div></td>
 768       <td><em>General</em>
 769         <ul>
 770           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 771             alignments:
 772             <ul>
 773               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 774                 and DNA alignment views</li>
 775               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 776                 cDNA alignment views</li>
 777               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 778                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 779               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 780                 protein sequences</li>
 781             </ul>
 782           </li>
 783           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 784           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 785             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 786           <li>New alignment annotation file statements for
 787             reference sequences and marking hidden columns</li>
 788           <li>Reference sequence based alignment shading to
 789             highlight variation</li>
 790           <li>Select or hide columns according to alignment
 791             annotation</li>
 792           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 793           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 794             acid conservation row</li>
 795           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 796         </ul> <em>Application</em>
 797         <ul>
 798           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 799             <ul>
 800               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 801                 view with cDNA/Protein</li>
 802               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 803                 sequences are placed in the same alignment</li>
 804               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 805                 projects</li>
 806             </ul>
 807           </li>
 808
 809           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 810           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 811             Jalview windows</li>
 812
 813           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 814           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 815           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 816             be shown in VARNA</li>
 817
 818           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 819             as the active selected region</li>
 820
 821           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 822             similarity</li>
 823           <li>New Export options
 824             <ul>
 825               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 826                 region export in flat file generation</li>
 827
 828               <li>Export alignment views for display with the <a
 829                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 830
 831               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 832               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 833                 alignment figures to HTML</li>
 834           </li>
 835           <li>3D structure retrieval and display
 836             <ul>
 837               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 838                 Search API</li>
 839               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 840                 PDB structures for a sequence set</li>
 841             </ul>
 842           </li>
 843
 844           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 845             predictions</li>
 846           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 847             for one or a group of sequences</li>
 848           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 849             from the JPred4 web server</li>
 850           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 851             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 852             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 853           </li>
 854           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 855             VARNA 2D Structure'</li>
 856           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 857             Structure ..."</li>
 858
 859         </ul> <em>Applet</em>
 860         <ul>
 861           <li>New layout for applet example pages</li>
 862           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 863             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 864           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 865             Protein alignments</li>
 866         </ul> <em>Development and deployment</em>
 867         <ul>
 868           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 869           <li>Include installation type and git revision in build
 870             properties and console log output</li>
 871           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 872             storing BioJsMSA Templates</li>
 873           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 874         </ul></td>
 875       <td>
 876         <!-- <em>General</em>
 877         <ul>
 878         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 879         <ul>
 880           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 881           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 882           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 883             predictions are not highlighted in amber</li>
 884           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 885             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 886           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 887             associated structure views</li>
 888           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 889             width checkbox not enabled</li>
 890           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 891             creating user defined colours</li>
 892           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 893             mappings for just that viewer's sequences</li>
 894           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 895             multiple models in Chimera</li>
 896           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 897             over Jmol structure</li>
 898           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 899             output to text box</li>
 900           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 901             have incorrect sequence start/end</li>
 902           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 903             Jalview fails</li>
 904           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 905             work for nucleotide</li>
 906           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 907             to a grey/invisible alignment window</li>
 908           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 909             imports to different position</li>
 910           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 911             on some platforms</li>
 912           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 913             populated</li>
 914           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 915             console if Chimera has been opened</li>
 916           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 917           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 918             retrieved</li>
 919           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 920           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 921             either sequence shows on first structure</li>
 922           <li>'Show annotations' options should not make
 923             non-positional annotations visible</li>
 924           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 925             in right place after 'view flanking regions'</li>
 926           <li>File Save As type unset when current file format is
 927             unknown</li>
 928           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 929             projects</li>
 930           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 931             responsive</li>
 932           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 933             several views on same alignment</li>
 934           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 935           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 936             spaces</li>
 937         </ul> <em>Applet</em>
 938         <ul>
 939           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 940           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 941             descriptions containing angle brackets</li>
 942         </ul> <em>General</em>
 943         <ul>
 944           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 945             via jalview annotation file</li>
 946           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 947             with RNA secondary structure</li>
 948           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 949             translation doesn't work.</li>
 950           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 951           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 952             positions</li>
 953           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 954             choosing 1pt font</li>
 955           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 956             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 957             'h'</li>
 958           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 959             new feature</li>
 960           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 961             order dependent</li>
 962           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 963             sequences</li>
 964           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 965         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 966         <ul>
 967           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 968             www.jalview.org</li>
 969         </ul> <em>Application Known issues</em>
 970         <ul>
 971           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 972           <li>Misleading message appears after trying to delete
 973             solid column.</li>
 974           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 975             version launches</li>
 976           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 977             fails with a sequence mismatch</li>
 978           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 979             scrolling alignment to right</li>
 980           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 981             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 982           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 983             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 984           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 985             ultra-high resolution</li>
 986           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 987             quality and conservation</li>
 988           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 989             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 990         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 991         <ul>
 992           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 993           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 994             window is being resized</li>
 995
 996         </ul>
 997       </td>
 998     </tr>
 999     <tr>
1000       <td><div align="center">
1001           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1002         </div></td>
1003       <td><em>General</em>
1004         <ul>
1005           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1006             Certum.PL.</li>
1007           <li>Features and annotation preserved when performing
1008             pairwise alignment</li>
1009           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1010             imported/exported/displayed</li>
1011           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1012             protein secondary structure</li>
1013           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1014               post-hoc with 2.9 release</em>)
1015           </li>
1016
1017         </ul> <em>Application</em>
1018         <ul>
1019           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1020             with 3D structures</li>
1021           <li>Support for parsing RNAML</li>
1022           <li>Annotations menu for layout
1023             <ul>
1024               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1025               <li>place sequence annotation above/below alignment
1026                 annotation</li>
1027             </ul>
1028           <li>Output in Stockholm format</li>
1029           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1030             translation</li>
1031           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1032           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1033             shared between alignments</li>
1034           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1035             Jalview</li>
1036           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1037             all or current selection</li>
1038           <li>disorder and secondary structure predictions
1039             available as dataset annotation</li>
1040           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1041
1042
1043           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1044             alignments from Rfam</li>
1045           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1046
1047           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1048             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1049           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1050           <li>include installation type in build properties and
1051             console log output</li>
1052           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1053             annotation</li>
1054         </ul></td>
1055       <td>
1056         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1057         <ul>
1058           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1059             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1060           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1061             alignment</li>
1062           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1063           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1064           <li>Double click on sequence associated annotation
1065             selects only first column</li>
1066           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1067             leaves shown in tree</li>
1068           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1069             properly</li>
1070           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1071           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1072             screen and buttons not visible</li>
1073           <li>author list isn't updated if already written to
1074             Jalview properties</li>
1075           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1076             from database</li>
1077           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1078           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1079             browser search window</li>
1080           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1081             in feature settings dialog</li>
1082           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1083             desktop</li>
1084           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1085             pass validation</li>
1086           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1087             fit on screen</li>
1088           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1089             tooltip</li>
1090           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1091             defined user preset</li>
1092           <li>MSA web services warns user if they were launched
1093             with invalid input</li>
1094           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1095             Java 8</li>
1096           <li>
1097             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1098             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1099             created
1100           </li>
1101
1102         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1103                                 <ul>
1104                                 </ul> <em>General</em>
1105                                 <ul>
1106                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1107         <ul>
1108           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1109             memory allocation</li>
1110           <li>launchApp service doesn't automatically open
1111             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1112           <li>
1113             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1114             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1115             1.7_055 is available
1116           </li>
1117         </ul> <em>Application Known issues</em>
1118         <ul>
1119           <li>
1120             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1121             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1122             alignment to right
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1126             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1127             with large number of ID
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1131             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1132             start/end
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1136             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1137             structure tracks are rearranged
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1141             invalid rna structure positional highlighting does not
1142             highlight position of invalid base pairs
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1146             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1147             project from alignment window file menu
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1151             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1152             structures
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1156             colour by RNA Helices not enabled when user created
1157             annotation added to alignment
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1161             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1162           </li>
1163         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1164         <ul>
1165           <li>
1166             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1167             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1171             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1172           </li>
1173
1174           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1175             when selected</li>
1176         </ul>
1177       </td>
1178     </tr>
1179     <tr>
1180       <td><div align="center">
1181           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1182         </div></td>
1183       <td>
1184         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1185         <em>General</em>
1186         <ul>
1187           <li>Internationalisation of user interface (usually
1188             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1189           <li>Define/Undefine group on current selection with
1190             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1191           <li>Improved group creation/removal options in
1192             alignment/sequence Popup menu</li>
1193           <li>Sensible precision for symbol distribution
1194             percentages shown in logo tooltip.</li>
1195           <li>Annotation panel height set according to amount of
1196             annotation when alignment first opened</li>
1197         </ul> <em>Application</em>
1198         <ul>
1199           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1200             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1201           <li>Select columns containing particular features from
1202             Feature Settings dialog</li>
1203           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1204             sequences</li>
1205           <li>Update Jalview project format:
1206             <ul>
1207               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1208               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1209                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1210               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1211                 colouring</li>
1212             </ul>
1213           </li>
1214           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1215             (PAM250)</li>
1216           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1217             flanking regions for an alignment</li>
1218         </ul>
1219       </td>
1220       <td>
1221         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1222         <ul>
1223           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1224             running after job is cancelled</li>
1225           <li>cannot export features from alignments imported from
1226             Jalview/VAMSAS projects</li>
1227           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1228             float values</li>
1229           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1230             have 'display all symbols' flag set</li>
1231           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1232             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1233           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1234             Jalview</li>
1235           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1236             Lion/Webstart</li>
1237           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1238           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1239           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1240             alignment onto desktop</li>
1241           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1242             'extract scores' function</li>
1243           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1244             alignment window</li>
1245           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1246             performing IUPred disorder prediction</li>
1247           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1248             changing 'normalise logo' display setting</li>
1249           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1250             nothing matches query</li>
1251           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1252             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1253           </li>
1254           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1255             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1256           </li>
1257           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1258             Jalview's menu</li>
1259           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1260             'invalid literal/length code'</li>
1261           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1262             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1263           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1264             colourscheme</li>
1265
1266         </ul> <em>Applet</em>
1267         <ul>
1268           <li>Remove group option is shown even when selection is
1269             not a group</li>
1270           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1271             don't affect groups</li>
1272           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1273             colourscheme name</li>
1274           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1275             Annotation panel is not displayed</li>
1276           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1277             embedded windows</li>
1278         </ul> <em>Other</em>
1279         <ul>
1280           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1281             single sequence were not calculated</li>
1282           <li>annotation files that contain only groups imported as
1283             annotation and junk sequences</li>
1284           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1285             recognised as PFAM or BLC</li>
1286           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1287             doesn't affect background (2.8.0b1)
1288           <li></li>
1289           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1290           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1291             trailing gaps</li>
1292           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1293             registered correctly on import</li>
1294           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1295             certain alignments</li>
1296           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1297             existing annotation based 'use original colours'
1298             colourscheme loses original colours setting</li>
1299         </ul>
1300       </td>
1301     </tr>
1302     <tr>
1303       <td><div align="center">
1304           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1305             <em>30/1/2014</em></strong>
1306         </div></td>
1307       <td>
1308         <ul>
1309           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1310             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1311             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1312             open source project).
1313           </li>
1314           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1315           </li>
1316           <li>Output in Stockholm format</li>
1317           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1318           <li>Export/import group and sequence associated line
1319             graph thresholds</li>
1320           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1321             ambiguity codes</li>
1322           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1323             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1324             works</li>
1325           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1326         </ul> <em>Other improvements</em>
1327         <ul>
1328           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1329           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1330             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1331           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1332             files</li>
1333           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1334           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1335             link but no description</li>
1336           <li>Select primary source when selecting authority in
1337             database fetcher GUI</li>
1338           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1339             Jalview</li>
1340           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1341         </ul>
1342       </td>
1343       <td>
1344         <ul>
1345           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1346             displayed</li>
1347           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1348             secondary structure annotation line</li>
1349           <li>Sequence database accessions not imported when
1350             fetching alignments from Rfam</li>
1351           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1352             identical IDs</li>
1353           <li>View all structures does not always superpose
1354             structures</li>
1355           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1356             reflect user or preset settings</li>
1357           <li>Null pointer exceptions for some services without
1358             presets or adjustable parameters</li>
1359           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1360             discover PDB xRefs</li>
1361           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1362             features with DAS</li>
1363           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1364             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1365           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1366             residue follows a gap</li>
1367           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1368             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1369           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1370             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1371           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1372             annotation already exists on alignment</li>
1373           <li>oninit javascript function should be called after
1374             initialisation completes</li>
1375           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1376             alignment window display</li>
1377           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1378           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1379             to annotation file</li>
1380           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1381             groups created</li>
1382           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1383             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1384           <li>Pressing return several times causes Number Format
1385             exceptions in keyboard mode</li>
1386           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1387             correct partitions for input data</li>
1388           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1389           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1390           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1391           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1392             mode</li>
1393           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1394             changes one row&#39;s threshold</li>
1395           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1396             doesn&#39;t open</li>
1397           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1398             quality histograms</li>
1399         </ul>
1400       </td>
1401     </tr>
1402     <tr>
1403       <td><div align="center">
1404           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1405         </div></td>
1406       <td><em>Application</em>
1407         <ul>
1408           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1409             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1410           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1411             preferences</li>
1412           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1413             in Jalview alignment window</li>
1414           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1415             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1416           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1417             RNA and ambiguity codes</li>
1418
1419           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1420           <li>Support fetching and database reference look up
1421             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1422             refs')</li>
1423           <li>Jalview project improvements
1424             <ul>
1425               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1426                 flag for annotation</li>
1427               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1428                 alignment</li>
1429               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1430                 Jalview project</li>
1431
1432             </ul>
1433           </li>
1434           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1435           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1436             running</li>
1437           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1438           <li>visual indication that web service results are still
1439             being retrieved from server</li>
1440           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1441             starts up for first time</li>
1442           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1443             services</li>
1444           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1445             client library</li>
1446           <li>Examples directory and Groovy library included in
1447             InstallAnywhere distribution</li>
1448         </ul> <em>Applet</em>
1449         <ul>
1450           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1451             visualization applet example</li>
1452         </ul> <em>General</em>
1453         <ul>
1454           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1455           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1456             defaults</li>
1457           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1458             calculation</li>
1459           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1460             matrices
1461           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1462             in HTML</li>
1463           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1464             structure contacts</li>
1465           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1466           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1467           <li>Parse sequence associated secondary structure
1468             information in Stockholm files</li>
1469           <li>HTML Export database accessions and annotation
1470             information presented in tooltip for sequences</li>
1471           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1472             style RNA alignment files</li>
1473           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1474             alignment</li>
1475           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1476             shade each sequence according to its associated alignment
1477             annotation</li>
1478           <li>New Jalview Logo</li>
1479         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1480         <ul>
1481           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1482           <li>New Website!</li>
1483         </ul></td>
1484       <td><em>Application</em>
1485         <ul>
1486           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1487             wsdbfetch REST service</li>
1488           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1489           <li>Filetype associations not installed for webstart
1490             launch</li>
1491           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1492             job execution in full once it is complete</li>
1493           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1494             uploaded via ali_file parameter</li>
1495           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1496           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1497           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1498             submitted for prediction</li>
1499           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1500             desktop window</li>
1501           <li>Putting fractional value into integer text box in
1502             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1503           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1504             windows 7</li>
1505           <li>View all structures fails with exception shown in
1506             structure view</li>
1507           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1508             escaped in a platform independent way</li>
1509           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1510             using proxy</li>
1511           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1512             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1513           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1514             failure when java web start temporary file caching is
1515             disabled</li>
1516           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1517             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1518           <li>Errors during processing of command line arguments
1519             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1520           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1521             DAS sources in sequence fetcher</li>
1522           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1523             dialog is shown</li>
1524           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1525           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1526           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1527           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1528             on OSX Mountain Lion</li>
1529           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1530             sequences with alignment annotation are pasted into the
1531             alignment</li>
1532           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1533             when loaded from Jalview project</li>
1534           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1535           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1536             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1537           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1538             associated with all views</li>
1539           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1540             annotation rows to new window</li>
1541         </ul> <em>Applet</em>
1542         <ul>
1543           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1544             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1545           <li>loading features via javascript API automatically
1546             enables feature display</li>
1547           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1548             work</li>
1549         </ul> <em>General</em>
1550         <ul>
1551           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1552           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1553             and then deselected</li>
1554           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1555           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1556             coloured with clustalx</li>
1557           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1558             exceptions and redraw errors</li>
1559           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1560             reconfigured view</li>
1561           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1562             colour</li>
1563           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1564             for lots of labels</li>
1565         </ul>
1566     </tr>
1567     <tr>
1568       <td>
1569         <div align="center">
1570           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1571         </div>
1572       </td>
1573       <td><em>Application</em>
1574         <ul>
1575           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1576           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1577           <li>View/alignment association menu to enable user to
1578             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1579             its colours/correspondences from</li>
1580           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1581           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1582             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1583           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1584           <li>Annotation row column label formatting attributes
1585             stored in project file</li>
1586           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1587             rows preserved in Jalview project file</li>
1588           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1589             saved using Desktop window menu</li>
1590           <li>Visual indication that command line arguments are
1591             still being processed</li>
1592           <li>Groovy script execution from URL</li>
1593           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1594             preferences</li>
1595           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1596             alignment with sequences that have high similarity and
1597             matching IDs</li>
1598           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1599           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1600             structures in same window</li>
1601           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1602           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1603             analysis function in its own submenu</li>
1604         </ul> <em>Applet</em>
1605         <ul>
1606           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1607             groups</li>
1608           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1609           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1610           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1611           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1612           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1613             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1614           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1615           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1616             parameters are treated as such</li>
1617           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1618             <ul>
1619               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1620               <li>Javascript callbacks for
1621                 <ul>
1622                   <li>Applet initialisation</li>
1623                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1624                 </ul>
1625               </li>
1626               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1627                 functions</li>
1628               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1629               <li>javascript structure viewer harness to pass
1630                 messages between Jmol and Jalview when running as
1631                 distinct applets</li>
1632               <li>sortBy method</li>
1633               <li>Set of applet and application examples shipped
1634                 with documentation</li>
1635               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1636                 javascript message exchange</li>
1637             </ul>
1638         </ul> <em>General</em>
1639         <ul>
1640           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1641             multiple alignments</li>
1642           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1643           <li>User configurable link to enable redirects to a
1644             www.Jalview.org mirror</li>
1645           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1646           <li>Configurable newline string when writing alignment
1647             and other flat files</li>
1648           <li>Allow alignment annotation description lines to
1649             contain html tags</li>
1650         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1651         <ul>
1652           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1653             examples</li>
1654           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1655             using a web service before displaying the result in the
1656             Jalview desktop</li>
1657           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1658           <li>Ant target to publish example html files with applet
1659             archive</li>
1660           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1661           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1662         </ul></td>
1663       <td><em>Application</em>
1664         <ul>
1665           <li>User defined colourscheme throws exception when
1666             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1667           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1668             dialog for valid filename/format</li>
1669           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1670           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1671             P37173</li>
1672           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1673             which sequence is to be associated with the file</li>
1674           <li>Find All raises null pointer exception when query
1675             only matches sequence IDs</li>
1676           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1677           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1678             2.4 cannot be loaded</li>
1679           <li>Filetype associations not installed for webstart
1680             launch</li>
1681           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1682             with sequences in different alignments do not get coloured
1683             by their associated sequence</li>
1684           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1685             not preserved when project is loaded</li>
1686           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1687             stored in Jalview project</li>
1688           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1689             Jalview project</li>
1690           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1691           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1692             by conservation</li>
1693           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1694             created on new view</li>
1695           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1696             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1697           <li>Alignment quality not updated after alignment
1698             annotation row is hidden then shown</li>
1699           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1700             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1701           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1702             properly</li>
1703           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1704             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1705           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1706           <li>Structures imported from file and saved in project
1707             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1708           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1709             job execution in full once it is complete</li>
1710         </ul> <em>Applet</em>
1711         <ul>
1712           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1713             annotation rows are displayed</li>
1714           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1715             codebase</li>
1716           <li>View follows highlighting does not work for positions
1717             in sequences</li>
1718           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1719           <li>Export features raises exception when no features
1720             exist</li>
1721           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1722             for javascript api is modified when separator string
1723             provided as parameter</li>
1724           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1725             alignment with no existing selection</li>
1726           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1727             to applet&#39;s codebase</li>
1728           <li>Status bar not updated after finished searching and
1729             search wraps around to first result</li>
1730           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1731             several Jalview applets causes race conditions and memory
1732             leaks</li>
1733           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1734             not sent from Jmol in applet</li>
1735           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1736             applet API fatally hang browser</li>
1737         </ul> <em>General</em>
1738         <ul>
1739           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1740             position with wrapped view and hidden regions</li>
1741           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1742             with/without hidden columns</li>
1743           <li>Sequence length given in alignment properties window
1744             is off by 1</li>
1745           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1746             import PDB like structure files</li>
1747           <li>Positional search results are only highlighted
1748             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1749           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1750           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1751             given sequence position</li>
1752           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1753             output</li>
1754           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1755             from nucleotide chains correctly</li>
1756           <li>Structure colours not updated when tree partition
1757             changed in alignment</li>
1758           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1759             parsed in interleaved stockholm</li>
1760           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1761             state</li>
1762           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1763             properly</li>
1764           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1765             properly associated with their pdb files</li>
1766         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1767         <ul>
1768           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1769             ApplyCopyright tool</li>
1770         </ul></td>
1771     </tr>
1772     <tr>
1773       <td>
1774         <div align="center">
1775           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1776         </div>
1777       </td>
1778       <td><em>Application</em>
1779         <ul>
1780           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1781             contact web services</li>
1782           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1783             service job window</li>
1784           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1785         </ul></td>
1786       <td>
1787         <ul>
1788           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1789             pir file emitted by Jalview</li>
1790           <li>Existing feature settings transferred to new
1791             alignment view created from cut'n'paste</li>
1792           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1793             parsing PDB files</li>
1794           <li>Consensus and conservation annotation rows
1795             occasionally become blank for all new windows</li>
1796           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1797             in wrapped view mode</li>
1798         </ul> <em>Application</em>
1799         <ul>
1800           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1801             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1802           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1803             parameter names</li>
1804           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1805             is down</li>
1806         </ul>
1807       </td>
1808     </tr>
1809     <tr>
1810       <td>
1811         <div align="center">
1812           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1813         </div>
1814       </td>
1815       <td><em>Application</em>
1816         <ul>
1817           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1818             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1819             (JABAWS)
1820           </li>
1821           <li>Web Services preference tab</li>
1822           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1823             preferences</li>
1824           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1825           <li>Superpose structures using associated sequence
1826             alignment</li>
1827           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1828             viewer</li>
1829         </ul> <em>Applet</em>
1830         <ul>
1831           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1832             link out mechanism</li>
1833         </ul> <em>Other</em>
1834         <ul>
1835           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1836             series 12</li>
1837           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1838             require Java 1.5</li>
1839           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1840             sequence annotation files</li>
1841           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1842             type colour specification</li>
1843           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1844             script to check if it being run in an interactive session or
1845             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1846         </ul></td>
1847       <td>
1848         <ul>
1849           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1850             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1851         </ul> <em>Application</em>
1852         <ul>
1853           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1854             selected Regions menu item</li>
1855           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1856             part of a valid accession ID</li>
1857           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1858             runs out of memory</li>
1859           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1860             analysis results</li>
1861           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1862             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1863           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1864         </ul> <em>Applet</em>
1865         <ul>
1866           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1867             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1868             defined.</li>
1869         </ul>
1870       </td>
1871     </tr>
1872     <tr>
1873       <td>
1874         <div align="center">
1875           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1876         </div>
1877       </td>
1878       <td></td>
1879       <td>
1880         <ul>
1881           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1882             sequence IDs</li>
1883           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1884             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1885           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1886             import correctly</li>
1887           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1888             number of columns are hidden</li>
1889           <li>annotation label popup menu not providing correct
1890             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1891             present</li>
1892           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1893             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1894           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1895             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1896
1897         </ul> <em>Applet</em>
1898         <ul>
1899           <li>annotation panel disappears when annotation is
1900             hidden/removed</li>
1901         </ul> <em>Application</em>
1902         <ul>
1903           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1904             alignment opened where annotation panel is visible but no
1905             annotations are present on alignment</li>
1906           <li>pasted region containing hidden columns is
1907             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1908           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1909             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1910           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1911             selected Rregions menu item.</li>
1912           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1913             'Un' or 'Non'conserved</li>
1914           <li>Sequence feature settings are being shared by
1915             multiple distinct alignments</li>
1916           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1917             changed</li>
1918           <li>double click on group annotation to select sequences
1919             does not propagate to associated trees</li>
1920           <li>Mac OSX specific issues:
1921             <ul>
1922               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1923                 window background</li>
1924               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1925                 name set correctly</li>
1926               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1927                 save feature colourscheme button</li>
1928             </ul>
1929           </li>
1930         </ul>
1931       </td>
1932     </tr>
1933     <tr>
1934
1935       <td>
1936         <div align="center">
1937           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1938         </div>
1939       </td>
1940       <td><em>New Capabilities</em>
1941         <ul>
1942           <li>URL links generated from description line for
1943             regular-expression based URL links (applet and application)
1944
1945
1946
1947
1948
1949
1950           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1951             menu</li>
1952           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1953             structures</li>
1954           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1955             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1956           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1957             average score or total feature count for each sequence.</li>
1958           <li>Shading features by score or associated description</li>
1959           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1960             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1961           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1962             hide everything but the currently selected region.</li>
1963           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1964         </ul> <em>Application</em>
1965         <ul>
1966           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1967             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1968           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1969             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1970           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1971             database references and protein_name is parsed as
1972             description line (BioSapiens terms).</li>
1973           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1974             references in sequence ID tooltip from View menu in
1975             application.</li>
1976           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1977                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1978           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1979             conservation plots</li>
1980           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1981             and visualized as sequence logos</li>
1982           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1983             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1984           </li>
1985           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1986             when a new tree is opened.</li>
1987           <li>Jalview Java Console</li>
1988           <li>Better placement of desktop window when moving
1989             between different screens.</li>
1990           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1991             consensus annotation</li>
1992           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1993             Workflows</li>
1994           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1995             <ul>
1996               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1997                 used to preserve views, structures, and tree display
1998                 settings)</li>
1999               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2000                 command line</li>
2001               <li>Sharing of selected regions between views and
2002                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2003               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2004             </ul></li>
2005         </ul> <em>Applet</em>
2006         <ul>
2007           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2008           <li>New Parameters
2009             <ul>
2010               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2011                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2012                 opened.</li>
2013               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2014                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2015               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2016                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2017               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2018                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2019                 view</li>
2020               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2021                 increase the height or width of a cell in the alignment
2022                 grid relative to the current font size.</li>
2023             </ul>
2024           </li>
2025           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2026             tooltip</li>
2027         </ul> <em>Other</em>
2028         <ul>
2029           <li>Features format: graduated colour definitions and
2030             specification of feature scores</li>
2031           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2032             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2033             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2034           <li>XML formats extended to support graduated feature
2035             colourschemes, group associated annotation, and profile
2036             visualization settings.</li></td>
2037       <td>
2038         <ul>
2039           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2040             rather than description</li>
2041           <li>Non-positional features are now included in sequence
2042             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2043             visibility in tooltip).</li>
2044           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2045           <li>Added URL embedding instructions to features file
2046             documentation.</li>
2047           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2048             'X' in peptide product</li>
2049           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2050             sequence ID and sequence string and query strings do not
2051             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2052           <li>AMSA files only contain first column of
2053             multi-character column annotation labels</li>
2054           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2055             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2056             exported and re-imported)</li>
2057           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2058             name</li>
2059           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2060             as subsequence matches, and correctly reports total number
2061             of both.</li>
2062           <li>Application:
2063             <ul>
2064               <li>Better handling of exceptions during sequence
2065                 retrieval</li>
2066               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2067                 link text excludes the start_end suffix</li>
2068               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2069                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2070               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2071               <li>Sequence description lines properly shared via
2072                 VAMSAS</li>
2073               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2074                 data sources</li>
2075               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2076                 completes before alignment figures are generated.</li>
2077               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2078                 first time.</li>
2079               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2080                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2081               <li>User defined group colours properly recovered
2082                 from Jalview projects.</li>
2083             </ul>
2084           </li>
2085         </ul>
2086       </td>
2087
2088     </tr>
2089     <tr>
2090       <td>
2091         <div align="center">
2092           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2093         </div>
2094       </td>
2095       <td>
2096         <ul>
2097           <li>Experimental support for google analytics usage
2098             tracking.</li>
2099           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2100         </ul>
2101       </td>
2102       <td>
2103         <ul>
2104           <li>Race condition in applet preventing startup in
2105             jre1.6.0u12+.</li>
2106           <li>Exception when feature created from selection beyond
2107             length of sequence.</li>
2108           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2109           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2110             all sequences with a given id</li>
2111           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2112             ID string searches</li>
2113           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2114             alignment to fail with exception</li>
2115         </ul> <em>Application Issues</em>
2116         <ul>
2117           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2118           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2119             data sources</li>
2120         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2121         <ul>
2122           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2123             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2124           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2125             version (java class versioning error fixed)</li>
2126         </ul>
2127       </td>
2128     </tr>
2129     <tr>
2130       <td>
2131
2132         <div align="center">
2133           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2134         </div>
2135       </td>
2136       <td><em>User Interface</em>
2137         <ul>
2138           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2139             translation and protein products</li>
2140           <li>Linked highlighting of structure associated with
2141             residue mapping to codon position</li>
2142           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2143             and 'clear' button</li>
2144           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2145             Tools menu</li>
2146           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2147             numeric data in description line</li>
2148           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2149           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2150             of sequence</li>
2151         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2152         <ul>
2153           <li>JPred3 web service</li>
2154           <li>Prototype sequence search client (no public services
2155             available yet)</li>
2156           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2157             PFAM</li>
2158           <li>URL Links created for matching database cross
2159             references as well as sequence ID</li>
2160           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2161         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2162         <ul>
2163           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2164             databases</li>
2165           <li>Generalised database reference retrieval and
2166             validation to all fetchable databases</li>
2167           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2168             sequence command</li>
2169         </ul> <em>Import and Export</em>
2170         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2171         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2172           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2173         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2174           File</li>
2175         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2176           triplet as name of colourscheme</li>
2177         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2178         <ul>
2179           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2180           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2181             alignments (experimental)</li>
2182           <li>Create new or select existing session to join</li>
2183           <li>load and save of vamsas documents</li>
2184         </ul> <em>Application command line</em>
2185         <ul>
2186           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2187             from applet)</li>
2188           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2189             of DAS servers to query for alignment features</li>
2190           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2191             that are also automatically queried for features</li>
2192           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2193             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2194         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2195         <ul>
2196           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2197             application (when using &quot;View in full
2198             application&quot;)</li>
2199         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2200         <ul>
2201           <li>feature group display control parameter</li>
2202           <li>debug parameter</li>
2203           <li>showbutton parameter</li>
2204         </ul> <em>Applet API methods</em>
2205         <ul>
2206           <li>newView public method</li>
2207           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2208           <li>Feature display control methods</li>
2209           <li>get list of currently selected sequences</li>
2210         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2211         <ul>
2212           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2213           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2214             Jalview release.</li>
2215           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2216             property controls execution of obfuscator</li>
2217           <li>Build target for generating source distribution</li>
2218           <li>Debug flag for javacc</li>
2219           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2220             jalview.bin.Cache</li>
2221           <li>Continuous Build Integration for stable and
2222             development version of Application, Applet and source
2223             distribution</li>
2224         </ul></td>
2225       <td>
2226         <ul>
2227           <li>selected region output includes visible annotations
2228             (for certain formats)</li>
2229           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2230             for editing</li>
2231           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2232           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2233           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2234           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2235             comments</li>
2236           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2237             filenames containing a ':'</li>
2238           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2239             global sequence features</li>
2240           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2241             references from alignment sequences goes to zero</li>
2242           <li>Close of tree branch colour box without colour
2243             selection causes cascading exceptions</li>
2244           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2245           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2246             file parsing fails.</li>
2247           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2248           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2249             not a valid output format</li>
2250           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2251             vamsas</li>
2252           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2253           <li>error messages passed up and output when data read
2254             fails</li>
2255           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2256             sequence is edited</li>
2257           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2258             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2259           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2260             filetype</li>
2261           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2262             import fixed for PFAM records</li>
2263           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2264             window list</li>
2265           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2266             can be read and written correctly to annotation file</li>
2267           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2268             correctly</li>
2269           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2270             non-italic font for representatives in Applet</li>
2271           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2272             Macs.</li>
2273           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2274             Applet)</li>
2275           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2276             due to null pointer exceptions</li>
2277           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2278             first column of alignment</li>
2279           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2280             July 2008</li>
2281           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2282             file is case-insensitive</li>
2283           <li>Sequence features read from Features file appended to
2284             all sequences with matching IDs</li>
2285           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2286             containing a sub-sequence</li>
2287           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2288           <li>feature and annotation file applet parameters
2289             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2290           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2291           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2292             splash-screen version check to complete</li>
2293           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2294             when passing them to the launchApp service</li>
2295           <li>display name and local features preserved in results
2296             retrieved from web service</li>
2297           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2298             sequence fetcher initialisation</li>
2299           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2300             dasobert DAS client</li>
2301           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2302             association</li>
2303           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2304             sequences
2305           </li>
2306         </ul>
2307       </td>
2308     </tr>
2309     <tr>
2310       <td>
2311         <div align="center">
2312           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2313         </div>
2314       </td>
2315       <td>
2316         <ul>
2317           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2318           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2319           <li>Slide sequences</li>
2320           <li>Edit sequence in place</li>
2321           <li>EMBL CDS features</li>
2322           <li>DAS Feature mapping</li>
2323           <li>Feature ordering</li>
2324           <li>Alignment Properties</li>
2325           <li>Annotation Scores</li>
2326           <li>Sort by scores</li>
2327           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2328         </ul>
2329       </td>
2330       <td>
2331         <ul>
2332           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2333           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2334           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2335           <li>Feature group display state in XML</li>
2336           <li>Feature ordering in XML</li>
2337           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2338           <li>Stockholm alignment properties</li>
2339           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2340           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2341           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2342           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2343         </ul>
2344       </td>
2345
2346     </tr>
2347     <tr>
2348       <td>
2349         <div align="center">
2350           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2351         </div>
2352       </td>
2353       <td>
2354         <ul>
2355           <li>Non standard characters can be read and displayed
2356           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2357             applet via textbox
2358           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2359             name &amp; description
2360           <li>Preference setting to display sequence name in
2361             italics
2362           <li>Annotation file format extended to allow
2363             Sequence_groups to be defined
2364           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2365             specified in preferences
2366           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2367             sequences
2368         </ul>
2369       </td>
2370       <td>
2371         <ul>
2372           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2373             installed
2374           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2375           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2376         </ul>
2377       </td>
2378     </tr>
2379     <tr>
2380       <td>
2381         <div align="center">
2382           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2383         </div>
2384       </td>
2385       <td>
2386         <ul>
2387           <li>Multiple views on alignment
2388           <li>Sequence feature editing
2389           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2390           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2391           <li>Background dependent text colour
2392           <li>Right align sequence ids
2393           <li>User-defined lower case residue colours
2394           <li>Format Menu
2395           <li>Select Menu
2396           <li>Menu item accelerator keys
2397           <li>Control-V pastes to current alignment
2398           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2399           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2400           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2401
2402
2403
2404
2405
2406
2407           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2408         </ul>
2409       </td>
2410       <td>
2411         <ul>
2412           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2413           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2414             calculations
2415           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2416             edits
2417           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2418             of alignment)
2419           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2420
2421
2422
2423
2424
2425
2426           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2427             display correctly
2428           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2429           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2430             analysis results
2431           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2432             &#8739;
2433           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2434           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2435           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2436
2437
2438
2439
2440
2441
2442         </ul>
2443       </td>
2444     </tr>
2445     <tr>
2446       <td>
2447         <div align="center">
2448           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2449         </div>
2450       </td>
2451       <td>
2452         <ul>
2453           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2454         </ul>
2455       </td>
2456       <td>
2457         <ul>
2458           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2459             sequence id panel has been resized</li>
2460           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2461             rendered</li>
2462           <li>Annotation files with sequence references - all
2463             elements in file are relative to sequence position</li>
2464           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2465         </ul>
2466       </td>
2467     </tr>
2468     <tr>
2469       <td>
2470         <div align="center">
2471           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2472         </div>
2473       </td>
2474       <td>
2475         <ul>
2476           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2477           <li>DAS Feature fetching</li>
2478           <li>Hide sequences and columns</li>
2479           <li>Export Annotations and Features</li>
2480           <li>GFF file reading / writing</li>
2481           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2482             files</li>
2483           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2484           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2485           <li>Applet can launch the full application</li>
2486           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2487             required)</li>
2488           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2489           <li>Applet can load sequences from parameter
2490             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2491           </li>
2492         </ul>
2493       </td>
2494       <td>
2495         <ul>
2496           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2497           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2498           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2499         </ul>
2500       </td>
2501     </tr>
2502     <tr>
2503       <td>
2504         <div align="center">
2505           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2506         </div>
2507       </td>
2508       <td>
2509         <ul>
2510           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2511           <li>Choose to match case when searching</li>
2512           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2513             expand the visible width and height of the alignment</li>
2514         </ul>
2515       </td>
2516       <td>
2517         <ul>
2518           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2519         </ul>
2520       </td>
2521     </tr>
2522     <tr>
2523       <td>
2524         <div align="center">
2525           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2526         </div>
2527       </td>
2528       <td>&nbsp;</td>
2529       <td>
2530         <ul>
2531           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2532           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2533             value</li>
2534         </ul>
2535       </td>
2536     </tr>
2537     <tr>
2538       <td>
2539         <div align="center">
2540           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2541         </div>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2546           <li>Keyboard editing</li>
2547           <li>Create sequence features from searches</li>
2548           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2549             alignments</li>
2550           <li>Features file allows grouping of features</li>
2551           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2552           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2553           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2554         </ul>
2555       </td>
2556       <td>
2557         <ul>
2558           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2559           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2560             descriptions saved.</li>
2561         </ul>
2562       </td>
2563     </tr>
2564     <tr>
2565       <td>
2566         <div align="center">
2567           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2568         </div>
2569       </td>
2570       <td>
2571         <ul>
2572           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2573           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2574           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2575             name for file output</li>
2576           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2577           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2578             used for HTML form input</li>
2579         </ul>
2580       </td>
2581       <td>
2582         <ul>
2583           <li>HTML output writes groups and features</li>
2584           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2585           <li>File IO bugs</li>
2586         </ul>
2587       </td>
2588     </tr>
2589     <tr>
2590       <td>
2591         <div align="center">
2592           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2593         </div>
2594       </td>
2595       <td>
2596         <ul>
2597           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2598           <li>More options for PCA viewer</li>
2599         </ul>
2600       </td>
2601       <td>
2602         <ul>
2603           <li>GUI bugs resolved</li>
2604           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2605         </ul>
2606       </td>
2607     </tr>
2608     <tr>
2609       <td height="63">
2610         <div align="center">
2611           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2612         </div>
2613       </td>
2614       <td>
2615         <ul>
2616           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2617           <li>Jar files are executable</li>
2618           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2619         </ul>
2620       </td>
2621       <td>
2622         <ul>
2623           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2624           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2625           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2626         </ul>
2627       </td>
2628     </tr>
2629     <tr>
2630       <td>
2631         <div align="center">
2632           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2633         </div>
2634       </td>
2635       <td>
2636         <ul>
2637           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2638         </ul>
2639       </td>
2640       <td>
2641         <ul>
2642           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2643         </ul>
2644       </td>
2645     </tr>
2646     <tr>
2647       <td>
2648         <div align="center">
2649           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2650         </div>
2651       </td>
2652       <td>
2653         <ul>
2654           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2655             size</li>
2656         </ul>
2657       </td>
2658       <td>
2659         <ul>
2660           <li>Improved JPred client reliability</li>
2661           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2662         </ul>
2663       </td>
2664     </tr>
2665     <tr>
2666       <td>
2667         <div align="center">
2668           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2669         </div>
2670       </td>
2671       <td>
2672         <ul>
2673           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2674           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2675           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2676             to Colour Menu</li>
2677           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2678           <li>Unix users can set default web browser</li>
2679           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2680           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2681         </ul>
2682       </td>
2683       <td>
2684         <ul>
2685           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2686         </ul>
2687       </td>
2688     </tr>
2689     <tr>
2690       <td>
2691         <div align="center">
2692           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2693         </div>
2694       </td>
2695       <td>&nbsp;</td>
2696       <td>
2697         <ul>
2698           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2699             alignment order.</li>
2700         </ul>
2701       </td>
2702     </tr>
2703     <tr>
2704       <td>
2705         <div align="center">
2706           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2707         </div>
2708       </td>
2709       <td>
2710         <ul>
2711           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2712           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2713           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2714             annotations.</li>
2715           <li>Version and build date written to build properties
2716             file.</li>
2717           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2718             at launch of Jalview.</li>
2719         </ul>
2720       </td>
2721       <td>
2722         <ul>
2723           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2724           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2725           <li>Can remove groups one by one.</li>
2726           <li>Filechooser icons installed.</li>
2727           <li>Finder ignores return character when searching.
2728             Return key will initiate a search.<br>
2729           </li>
2730         </ul>
2731       </td>
2732     </tr>
2733     <tr>
2734       <td>
2735         <div align="center">
2736           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2737         </div>
2738       </td>
2739       <td>
2740         <ul>
2741           <li>New codebase</li>
2742         </ul>
2743       </td>
2744       <td>&nbsp;</td>
2745     </tr>
2746   </table>
2747   <p>&nbsp;</p>
2748 </body>
2749 </html>