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   1 <html>
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  27 <p>
  28     Secondary structure prediction methods attempts to infer the likely
  29     secondary structure for a protein based on its amino acid
  30     composition and similarity to sequences with known secondary
  31     structure. The most recent version of the method, JPred4, employs a
  32     series of neural networks trained to predict different secondary
  33     structure types from a sequence profile, and when necessary, employs
  34     a jury network to identify the most likely secondary structure
  35     prediction.<br><ul><li>Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)<br/>
  36 JPred4: a protein secondary structure prediction server<br/>
  37 <em>Nucleic Acids Research</em>, <strong>Web Server issue</strong> (first published 15th April 2015)<br/>
  38 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332">http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332</a>
  39   </li>
  40         <li>Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3
  41         secondary structure prediction server <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong>
  42         W197-W201</li>
  43         <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
  44         multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
  45         structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li>
  46 </ul>
  47 </p>
  48 The function available from the
  49 <strong>Web Service&#8594;Secondary Structure
  50 Prediction&#8594;JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  51 menu does two different kinds of prediction, dependent upon the
  52 currently selected region:
  53 </p>
  54 <ul>
  55         <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to
  56         be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence
  57         in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first
  58         sequence will be submitted for prediction.</li>
  59         <li>If just one sequence (or a region on one sequence) has been
  60         selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server
  61         for homolog detection and prediction.</li>
  62         <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be
  63         aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
  64         sequence selected in the set (that is, the one nearest the top of the
  65         alignment window).</li>
  66 </ul>
  67 <p><strong>Note</strong>: JNet secondary structure prediction is a
  68 'non-column-separable' service - predictions are based on the sequence
  69 profile of contiguous stretches of amino-acid sequence. A prediction
  70 will only be made on the visible parts of a sequence (see <a
  71         href="../features/hiddenRegions.html">hiding columns</a>) as if it were
  72 a contiguous polypeptide chain. Prediction accuracy at the hidden column
  73 boundaries may therefore be less than indicated by JNet's own
  74 reliability score (see below).</p>
  75 <p>The result of a JNet prediction for a sequence is a new annotated
  76 alignment window:</p>
  77 <img src="jnetprediction.gif">
  78 <p>The sequence for which the prediction was made is the first one
  79 in the alignment. If a sequence based prediction was made then the
  80 remaining sequences in the alignment are the aligned parts of homologs
  81 which were used to construct a sequence profile for the prediction. If
  82 the prediction was made using a multiple alignment, then the original
  83 multiple alignment will be returned, annotated with the prediction.</p>
  84 The annotation bars below the alignment are as follows:
  85 </p>
  86 <ul>
  87         <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br>
  88         <em>Coiled-coil predictions for the sequence. These are binary
  89         predictions for each location.</em></li>
  90         <li>JNETSOL25,JNETSOL5,JNETSOL0<br>
  91         <em>Solvent accessibility predictions - binary predictions of 25%,
  92         5% or 0% solvent accessibility.</em></li>
  93         <li>JNetPRED<br>
  94         <em>The consensus prediction - helices are marked as red tubes,
  95         and sheets as dark green arrows.</em></li>
  96         <li>JNetCONF<br>
  97         <em>The confidence estimate for the prediction. High values mean
  98         high confidence. prediction - helices are marked as red tubes, and
  99         sheets as dark green arrows.</em></li>
 100         <li>JNetALIGN<br>
 101         <em>Alignment based prediction - helices are marked as red tubes,
 102         and sheets as dark green arrows.</em></li>
 103         <li>JNetHMM<br>
 104         <em>HMM profile based prediction - helices are marked as red
 105         tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 106         <li>jpred<br>
 107         <em>Jpred prediction - helices are marked as red tubes, and sheets
 108         as dark green arrows.</em></li>
 109         <li>JNETPSSM<br>
 110         <em>PSSM based prediction - helices are marked as red tubes, and
 111         sheets as dark green arrows.</em></li>
 112         <li>JNETFREQ<br>
 113         <em>Amino Acid frequency based prediction - helices are marked as
 114         red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 115         <li>JNETJURY<br>
 116         <em>A '*' in this annotation indicates that the JNETJURY was
 117         invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
 118 </ul>
 119 </p>
 120         <em>JNet annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions
 121                 can be displayed on other alignments via the <a
 122                 href="../features/annotation.html#seqannots">Add reference
 123                         annotation</a> Sequence ID popup menu option.
 124         </em>
 125         <em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
 126 'Secondary structure prediction' submenu should be considered a legacy
 127 Jalview SOAP service, and will be replaced in the near future by a
 128 JPred4 Rest service.</em>
 129
 130 </body>
 131 </html>