help/html/webServices/mafft.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>MAFFT Multiple Sequence Alignments</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignments</strong></p>\r
   5 <p> Katoh, K., K. Kuma, K., Toh, H., and Miyata, T. (2005) &quot;MAFFT version \r
   6   5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.&quot; Nucleic Acids \r
   7   Research, 33 511-518</p>\r
   8 <p>MAFFT is a program for the multiple alignment of nucleic acid or protein\r
   9 sequences, and is available from the <strong>Web\r
  10 Service&#8594;Alignment&#8594;MAFFT Multiple Sequence\r
  11 Alignment</strong> entry in the web services menu.</p>\r
  12 <p>MAFFT utilizes algorithms for spectral correlation to identify\r
  13 homologous regions in a fast-fourier transform representation of each\r
  14 sequence. The Jalview web service runs MAFFT using the\r
  15 '--auto' option which picks optimal parameters\r
  16 for the set of sequences to be aligned.</p>\r
  17 </body>\r
  18 </html>\r