help/html/webServices/msaclient.html

   1 <html>\r
   2 <head>\r
   3 <title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>\r
   4 </head>\r
   5 <body>\r
   6 <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>\r
   7 <p>\r
   8 Multiple sequence alignment services are accessed from the <strong>Web\r
   9 Service&#8594;Alignment</strong> menu. When an entry from this menu is\r
  10 selected, either the currently selected residues, or the whole\r
  11 sequence set (if there is no selection or only one sequence is\r
  12 selected) will be submitted for multiple sequence alignment.\r
  13 </p>\r
  14 <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations\r
  15 available:<ul>\r
  16 <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from the input\r
  17 </li>\r
  18 <li><em>realignment</em> -\r
  19 where any existing alignments in the input are passed to the service\r
  20 for profile based alignment.\r
  21 </li>\r
  22 </ul>\r
  23 </p>\r
  24 <p>\r
  25 <strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden columns</strong><br>\r
  26 Multiple alignment services are 'column separable' analysis\r
  27 operations. If the input contains <a\r
  28 href="../features/hiddenRegions.html">hidden columns</a> then each\r
  29 visible segment of the input sequence set will be submitted for\r
  30 alignment separately, and the results concatenated (with the hidden\r
  31 regions preserved) once all alignment functions have completed. Each\r
  32 sub-job's state is reported in its own tab:\r
  33 <p><center><strong>Multiple Multiple Sequence Alignment sub jobs running at\r
  34 once</strong><center></p>\r
  35 <center><img src="multimafftjbs.gif" align="centre"></center>\r
  36 </p>\r
  37 </body>\r
  38 </html>\r